BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G62750.1
Length=2666
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg475077 jgi|Araly1|475077|fgenesh2_kg.2__207__AT1G62750.1 4146 0.0
> Ahg475077 jgi|Araly1|475077|fgenesh2_kg.2__207__AT1G62750.1
Length=2619
Score = 4146 bits (2245), Expect = 0.0
Identities = 2519/2647 (95%), Gaps = 36/2647 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 28 AGTGATACGTTAGCCAAAGAGTGTCACCAATTGATTCAATATC-CCaagaggaagaagaa 86
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||||
Sbjct 1 AGTGATACGTTAGCCAAAGAGTG--ACCAATTGATTCAATATCATCAAGAAGAAGAAGAA 58
Query 87 gaagcaag-agaagaagaagatagaagCGATTTTTATAAAAATGGCGGCGGATGCTCTGA 145
|||| ||| |||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 59 GAAG-AAGAAGAAGAAGAAGAAAGAAGCGATTTTGATAAAAATGGCGGCGGATGCTCTGA 117
Query 146 GAATCTCGAGTTCTAGTTCTGGTTCGTTGGTTTGTAATCTTAATGGTTCACAAAGACGAC 205
|||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 118 GAATTTCGAGTTCTAGTTCTGGTTCGTTAGTTTGTAATCTTAATGGTTCACAAAGACGAC 177
Query 206 CTGTTCTTCTTCCTCTGTCTCATCGTGCTACCTTTCTGGGTCTTCCTCCTCGTGCTTCAT 265
|||||||||||||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 178 CTGTTCTTCTTCCTCTGTCTCATCGTCCAACGTTTCTGGGTCTTCCTCCTCGAGCTTCAT 237
Query 266 CTTCTTCGATTTCTTCTTCAATTCCTCAGTTTCTGGGTACTTCTCGTATTGGGCTAGGTT 325
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 238 CTTCTTCCATTTCTTCTTCAATTCCTCAGTTTCTGGGTACTTCTCGTATTGGGCTTGGTT 297
Query 326 CTTCCAAGCTCTCACAAAAGAAGAAACAATTCTCAGTCTTCGCTGCAGCTGAAGCCGAGG 385
|||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 298 CTTCCAAGCTCTCACACAAGAAG--A-AATTCTCAGTCTTCGCTGCAGCTGAAGGAGAGG 354
Query 386 CGAAGCGGGCTGTACCGCTTAAAGATTACCGAAACATCGGTATTATGGCTCACATAGACG 445
| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 355 CTAAGCGCGCTGTACCGCTTAAAGATTACCGAAACATCGGTATTATGGCTCACATAGACG 414
Query 446 CGGGAAAGACGACAACAACCGAGAGGATTCTTTACTACACAGGAAGAAACTACAAAATCG 505
||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 415 CGGGAAAAACTACAACAACTGAGAGGATTCTTTACTACACAGGAAGAAACTACAAAATCG 474
Query 506 GTGAAGTGCATGAAGGGACAGCTACAATGGATTGGATGGAACAAGAGCAAGAACGAGGAA 565
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 475 GTGAAGTTCATGAAGGGACAGCTACAATGGATTGGATGGAACAAGAGCAAGAAAGAGGAA 534
Query 566 TCACCATTACTTCAGCTGCAACCACAACGTTTTGGGATAAACACAGGATCAATATTATTG 625
|||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||
Sbjct 535 TCACTATTACCTCAGCTGCAACCACAACGTTTTGGGACAAACATAGGATTAATATTATTG 594
Query 626 ATACACCGGGTCACGTCGATTTCACTCTGGAAGTTGAACGTGCT-TTAAGAGTTCTCGAT 684
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || ||||||||||||
Sbjct 595 ATACACCGGGTCACGTCGATTTCACTCTTGAAGTTGAACGTGCTCTT-AGAGTTCTCGAT 653
Query 685 GGAGCTATATGCTTGTTCGATAGTGTTGCTGGTGTTGAGCCTCAGTCTGAGACTGTGTGG 744
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 654 GGAGCTATATGCTTGTTTGATAGTGTTGCTGGTGTTGAGCCTCAGTCTGAGACTGTGTGG 713
Query 745 AGACAAGCTGATAAATATGGTGTGCCTAGGATTTGCTTTGTTAACAAGATGGACAGGCTT 804
||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | |||
Sbjct 714 AGACAAGCTGATAAATACGGTGTGCCTCGGATTTGCTTTGTTAACAAGATGGACCGTCTT 773
Query 805 GGAGCTAACTTTTTCAGGACTAGGGACATGATTGTGACCAATTTGGGTGCTAAGCCGCTG 864
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 774 GGAGCTAACTTTTTCAGGACTAGGGACATGATTGTGACCAATTTGGGTGCTAAGCCATTG 833
Query 865 GTGCTTCAGATACCAATTGGTGCTGAAGATGTCTTTAAAGGTGTTGTTGATCTTGTGAGG 924
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 834 GTGCTTCAGATTCCAATTGGTGCTGAAGATGTCTTTAAAGGTGTTGTTGATCTTGTGAGG 893
Query 925 ATGAAAGCTATAGTTTGGTCAGGAGAAGAGCTTGGTGCAAAGTTCAGTTACGAGGATATT 984
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 894 ATGAAAGCTATAGTTTGGTCAGGAGAAGAGCTTGGTGCCAAGTTCAGTTACGAGGATATT 953
Query 985 CCAGAAGATCTTGAAGATTTGGCTCAAGAGTATCGGGCGGCGATGATGGAATTGATTGTT 1044
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 954 CCAGTGGATCTTGAAGATTTGGCTCAAGAGTATCGGGCTGCGATGATGGAATTGATTGTT 1013
Query 1045 GATTTGGATGATGAGGTCATGGAGAACTATTTAGAAGGAGTTGAGCCTGACGAGGCCACG 1104
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1014 GATTTGGATGATGAGGTCATGGAGAACTATTTAGAAGGAGTTGAGCCTGACGAGGCCACG 1073
Query 1105 GTAAAGAGATTGGTTAGAAAAGGAACCATCACGGGCAAGTTTGTGCCAATTCTATGTGGT 1164
||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1074 GTAAAGAGATTAGTTAGAAAAGGAACCATCACCGGCAAGTTTGTGCCTATTCTATGTGGT 1133
Query 1165 TCAGCCTTTAAGAACAAAGGAGTGCAGCCATTGCTCGACGCTGTGGTCGATTATCTGCCT 1224
|||||||||||||| ||||| |||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||
Sbjct 1134 TCAGCCTTTAAGAATAAAGGTGTGCAGCCATTGCTTGATGCTGTGGTTGATTATCTGCCT 1193
Query 1225 TCGCCCGTTGAAGTCCCGCCGATGAATGGAACAGATCCTGAGAACCCGGAAATTACCATT 1284
||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1194 TCGCCGGTTGAAGTCCCGCCGATGAACGGAACAGATCCTGAGAACCCGGAAGTTACCATT 1253
Query 1285 ATACGGAAACCAGATGATGACGAGCCATTTGCTGGGCTAGCATTCAAGATCATGAGTGAT 1344
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1254 ATACGGAAACCAGATGATGATGAGCCATTTGCTGGGTTAGCATTCAAGATCATGAGTGAT 1313
Query 1345 CCTTTTGTGGGTTCTCTTACATTTGTGAGGGTTTACTCAGGGAAAATCTCAGCTGGTTCT 1404
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1314 CCTTTTGTGGGTTCTCTTACATTTGTGAGGGTTTACTCAGGGAAAATCTCGGCTGGTTCT 1373
Query 1405 TACGTGTTGAATGCTAACAAAGGAAAGAAGGAGAGAATCGGAAGACTCTTGGAAATGCAC 1464
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1374 TACGTGTTGAATGCTAACAAAGGAAAGAAGGAGAGAATCGGAAGACTATTGGAAATGCAC 1433
Query 1465 GCAAACAGCAGAGAAGATGTTAAAGTGGCTTTGACAGGTGACATTATCGCTCTTGCGGGT 1524
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1434 GCAAATAGCAGAGAAGATGTTAAAGTGGCTTTGACAGGTGACATTATCGCTCTTGCGGGT 1493
Query 1525 CTCAAAGATACAATCACTGGTGAAACCTTGAGTGATCCAGAAAACCCCGTTGTTCTTGAA 1584
||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1494 CTCAAAGATACAATCACTGGTGAGACCCTGAGTGATCCAGAAAACCCTGTTGTTCTTGAA 1553
Query 1585 CGAATGGACTTCCCTGATCCCGTCATCAAGGTAGCGATTGAGCCAAAAACAAAAGCAGAC 1644
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1554 CGAATGGACTTCCCTGATCCCGTCATCAAGGTAGCGATTGAGCCAAAAACGAAAGCAGAC 1613
Query 1645 ATCGACAAAATGGCGACAGGGTTGATCAAGCTCGCTCAAGAAGACCCGTCTTTCCATTTT 1704
|| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1614 ATTGATAAAATGGCGACAGGATTGATCAAGCTCGCTCAAGAAGACCCGTCTTTCCATTTT 1673
Query 1705 TCTCGTGATGAAGAGATGAACCAAACCGTCATTGAAGGAATGGGAGAACTTCATCTCGAG 1764
|| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1674 TCCCGTGATGAAGAGTTGAACCAAACCGTCATTGAAGGAATGGGAGAACTTCATCTCGAG 1733
Query 1765 ATTATCGTTGACAGACTTAAAAGAGAGTTCAAGGTGGAGGCTAACGTTGGTGCACCGCAA 1824
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1734 ATTATCGTTGACAGACTTAAAAGAGAGTTCAAGGTGGAGGCTAACGTTGGTGCACCACAA 1793
Query 1825 GTCAACTACCGTGAGAGTATCTCCAAAATAGCTGAAGTGAAATACACACACAAGAAGCAA 1884
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1794 GTCAACTACCGTGAGAGTATCTCCAAAATAGCGGAAGTGAAATACACACACAAGAAGCAA 1853
Query 1885 TCAGGTGGACAAGGTCAGTTTGCTGATATTACAGTCCGGTTTGAGCCATTGGAAGCAGGG 1944
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1854 TCAGGTGGACAAGGTCAGTTTGCTGATATTACAGTCCGGTTTGAGCCATTGGAAGCAGGA 1913
Query 1945 TCAGGATACGAATTCAAGAGTGAGATCAAAGGAGGAGCTGTGCCAAGAGAGTATATTCCT 2004
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1914 TCAGGATACGAATTCAAGAGTGAGATTAAAGGAGGAGCTGTGCCAAGAGAGTATATTCCC 1973
Query 2005 GGTGTCATGAAAGGACTTGAGGAGTGTATGAGCACCGGTGTGCTTGCTGGTT-TCCCGGT 2063
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||
Sbjct 1974 GGTGTCATGAAAGGACTTGAGGAGTGTATGAGCTCCGGTGTGCTTGCTGGTTAT-CCGGT 2032
Query 2064 TGTTGATGTCCGTGCTTGTCTAGTTGACGGATCTTACCATGACGTAGACTCAAGCGTGCT 2123
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||
Sbjct 2033 TGTTGATGTCCGTGCTTGTCTAGTTGACGGATCTTACCATGATGTGGACTCAAGTGTGCT 2092
Query 2124 AGCTTTCCAGCTTGCTGCAAGAGGAGCTTTCCGTGAAGGGATGAGGAAAGCGGGTCCGAG 2183
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2093 AGCTTTCCAGCTTGCTGCAAGAGGAGCTTTCCGTGAAGGGATGAGGAAAGCGGGTCCGAG 2152
Query 2184 AATGCTTGAACCTATCATGAGAGTTGAAGTTGTTACACCAGAAGAACATCTTGGTGATGT 2243
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2153 AATGCTTGAACCTATCATGAGAGTTGAAGTTGTTACACCAGAAGAACATCTTGGTGATGT 2212
Query 2244 CATTGGTGATCTTAACTCACGAAGAGGTCAAATTAACAGCTTCGGAGACAAACCCGGTGG 2303
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2213 CATTGGTGATCTTAACTCACGAAGAGGTCAAATTAACAGCTTCGGAGACAAACCCGGTGG 2272
Query 2304 TCTCAAGGTGGTCGACTCTCTGGTTCCATTGGCAGAGATGTTTCAGTACGTGAGTACATT 2363
|||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2273 TCTCAAGGTGGTGGATTCTCTGGTTCCATTAGCAGAGATGTTTCAGTATGTGAGTACATT 2332
Query 2364 GAGAGGGATGACAAAAGGTCGAGCTTCTTACACAATGCAACTGGCTAAGTTCGACGTTGT 2423
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2333 GAGAGGGATGACAAAAGGTCGAGCTTCTTACACAATGCAACTGGCTAAGTTCGATGTTGT 2392
Query 2424 TCCTCAACATATTCAGAACCAACTTTCATCCAAGGATCAAGAAGTTGCTGCTTA-AACAG 2482
|||||| |||||||||||| |||||||| ||| |||||||||||| ||||||| |||||
Sbjct 2393 TCCTCAGCATATTCAGAACAAACTTTCAGACAAAGATCAAGAAGTTACTGCTTAGAACAG 2452
Query 2483 ATTTTGTTTTGCCTAGACATAAAAACTTATTGTGATTTTGTTTGGTCTAT-ATA--GACA 2539
||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||
Sbjct 2453 ATTTTGTTTTGCCTACACTTAAAA-CTTATTGTGATTTTGTTTGGTTTATTATACAGACA 2511
Query 2540 TGTAAGCTAATCAAATTTGTGAAGACAAGGTTGTTATTGTCTTAAAACGCATGGATATGA 2599
|||||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2512 TGTAAGCTAATCAAATTTGT----------T----ATTGTCTTAAAACACATGGATATGA 2557
Query 2600 GAAAGAAAGAAAAATTGATATATCAGAAAAGTCTGAAAAATGAGAAGAATTCGATCTTAG 2659
|||| ||| | |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||
Sbjct 2558 GAAA-AAA-AT---TTGATATATCAGAAAAGTCTGAAAAATGGGACGAATTCGATCTTAG 2612
Query 2660 TGTTTGG 2666
|||||||
Sbjct 2613 TGTTTGG 2619
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 100558246800
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5