BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G63260.1
Length=1419
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg924636 jgi|Araly1|924636|scaffold_200197.1 1458 0.0
Ahg907085 jgi|Araly1|907085|Al_scaffold_0002_166 1280 0.0
Ahg907076 jgi|Araly1|907076|Al_scaffold_0002_157 1280 0.0
Ahg948849 jgi|Araly1|948849|scaffold_800736.1 58.4 1e-07
> Ahg924636 jgi|Araly1|924636|scaffold_200197.1
Length=944
Score = 1458 bits (789), Expect = 0.0
Identities = 836/859 (97%), Gaps = 2/859 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 131 TCACTGACCCATTTGTTTTCTCT-CAATCTTTTGCAGAACCCTGAACCAAATTTTGCATC 189
||||||||||||||||||||| | |||||||||| |||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1 TCACTGACCCATTTGTTTTCT-TGCAATCTTTTGTAGAACCCTGAACCAAAGTTTGCATC 59
Query 190 TTTCTCTTTGAATTTTGTGTCTTTCTTTAATTCTTTGGAGGGGTTTTTCAAAAGCAACAA 249
| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||
Sbjct 60 TCTCTCTTTAAATTTTGTGTCTTTCTTTAATTCTTTGGAGGGGTTTTTCAAAAGAAAGAA 119
Query 250 CCTTGAAAAAATGGGTATGGGCACAAGCACTTTCGTTATCAGATGGGTCAATCTTCTTAC 309
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 120 TCTTGAAAAAATGGGTATGGGCACAAGCACTTTCGTTATCAGATGGGTCAATCTTCTTAC 179
Query 310 AATGCTATTGGCTGTGGCAGTGATAATATTTGGGGTGTGGATGAGTACACACAATGATGG 369
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 180 AATGCTATTGGCTGTGGCAGTGATAATATTTGGGGTGTGGATGAGTACACACAATGATGG 239
Query 370 TTGCAGAAGGTCACTTACATTTCCAGTTATAGCTCTTGGTGGTTTCATCTTCTTGATATC 429
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 240 TTGCAGAAGGTCACTTACATTTCCAGTCATAGCTCTTGGTGGTTTCATCTTCTTGATATC 299
Query 430 CATAATCGGATTTCTTGGCGCGTGCAAGAGAAGTGTGGCGCTTCTTTGGATTTATCTTGC 489
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 300 CATAATCGGATTTCTTGGCGCGTGCAAGAGAAGTGTGGCGCTTCTTTGGATTTATCTTGC 359
Query 490 CGTGCTCCTGATCGTTTTGATCGCGATTCTTGTCTTTACCGTACTGGCGTTCATTGTAAC 549
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 360 TGTCCTCCTGATCGTTTTGATCGCGATTCTTGTCTTTACCGTACTAGCGTTCATTGTAAC 419
Query 550 AAACAATGGTTCTGGCCATACTAACCCTGGTTTAAGGTACAAGGAGTATAAGCTGAATGA 609
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 420 AAACAATGGTTCTGGCCATACTAACCCTGGTTTAAGGTACAAAGAGTATAAGCTGAATGA 479
Query 610 TTACAGCTCATGGTTTCTAAAACAGCTTAACAACACCAGTAACTGGATAAGACTAAAGAG 669
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 480 TTACAGCTCATGGTTTCTAAAACAGCTCAACAACACCAGTAACTGGATAAGACTAAAGAG 539
Query 670 TTGTCTTGTTAAATCCGAGCAATGTCGGAAGCTTTCCAAGAAATACAAGACCATCAAACA 729
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 540 TTGTCTTGTTAAATCCGAGCAATGTAGGAAGCTTTCCAAGAAATACAAGACCATCAAACA 599
Query 730 GTTGAAATCCGCAGAATTAACCCCGATAGAAGCTGGATGTTGTCGACCACCATCTGAGTG 789
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 600 ATTAAAATCCGCAGAATTAACCCCGATAGAAGCTGGATGTTGTCGACCACCATCTGAGTG 659
Query 790 TGGTTATCCTGCGGTGAATGCTTCTTACTATGACTTGAGCTTTCATTCGATAAGTTCTAA 849
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 660 TGGTTATCCTGCGGTGAATGCTTCTTACTATGACTTGAGCTTTCATTCGATAAGTTCTAA 719
Query 850 CAAAGATTGTAAGCTTTACAAGAATTTGAGGACTATCAAGTGCTACAACTGTGATTCTTG 909
||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 720 CAAAGATTGTAAGCTCTACAAGAATTTGAGGACCATCAAGTGCTACAATTGTGATTCTTG 779
Query 910 CAAAGCTGGAGTTGCTCAGTACATGAAAACCGAGTGGCGACTTGTTGCGATCTTCAATGT 969
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 780 CAAAGCTGGAGTAGCTCAGTACATGAAAACCGAGTGGCGACTTGTTGCGATCTTCAATGT 839
Query 970 GGTCCTGTTTGTTGTCTTG 988
||| |||||||||||||||
Sbjct 840 GGTTCTGTTTGTTGTCTTG 858
> Ahg907085 jgi|Araly1|907085|Al_scaffold_0002_166
Length=744
Score = 1280 bits (693), Expect = 0.0
Identities = 725/741 (98%), Gaps = 0/741 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 260 ATGGGTATGGGCACAAGCACTTTCGTTATCAGATGGGTCAATCTTCTTACAATGCTATTG 319
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGGGTATGGGCACAAGCACTTTCGTTATCAGATGGGTCAATCTTCTTACAATGCTATTG 60
Query 320 GCTGTGGCAGTGATAATATTTGGGGTGTGGATGAGTACACACAATGATGGTTGCAGAAGG 379
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 GCTGTGGCAGTGATAATATTTGGGGTGTGGATGAGTACACACAATGATGGTTGCAGAAGG 120
Query 380 TCACTTACATTTCCAGTTATAGCTCTTGGTGGTTTCATCTTCTTGATATCCATAATCGGA 439
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 TCACTTACATTTCCAGTCATAGCTCTTGGTGGTTTCATCTTCTTGATATCCATAATCGGA 180
Query 440 TTTCTTGGCGCGTGCAAGAGAAGTGTGGCGCTTCTTTGGATTTATCTTGCCGTGCTCCTG 499
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||
Sbjct 181 TTTCTTGGCGCGTGCAAGAGAAGTGTGGCGCTTCTTTGGATTTATCTTGCTGTCCTCCTG 240
Query 500 ATCGTTTTGATCGCGATTCTTGTCTTTACCGTACTGGCGTTCATTGTAACAAACAATGGT 559
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 ATCGTTTTGATCGCGATTCTTGTCTTTACCGTACTAGCGTTCATTGTAACAAACAATGGT 300
Query 560 TCTGGCCATACTAACCCTGGTTTAAGGTACAAGGAGTATAAGCTGAATGATTACAGCTCA 619
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 TCTGGCCATACTAACCCTGGTTTAAGGTACAAAGAGTATAAGCTGAATGATTACAGCTCA 360
Query 620 TGGTTTCTAAAACAGCTTAACAACACCAGTAACTGGATAAGACTAAAGAGTTGTCTTGTT 679
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 TGGTTTCTAAAACAGCTCAACAACACCAGTAACTGGATAAGACTAAAGAGTTGTCTTGTT 420
Query 680 AAATCCGAGCAATGTCGGAAGCTTTCCAAGAAATACAAGACCATCAAACAGTTGAAATCC 739
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||
Sbjct 421 AAATCCGAGCAATGTAGGAAGCTTTCCAAGAAATACAAGACCATCAAACAATTAAAATCC 480
Query 740 GCAGAATTAACCCCGATAGAAGCTGGATGTTGTCGACCACCATCTGAGTGTGGTTATCCT 799
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 GCAGAATTAACCCCGATAGAAGCTGGATGTTGTCGACCACCATCTGAGTGTGGTTATCCT 540
Query 800 GCGGTGAATGCTTCTTACTATGACTTGAGCTTTCATTCGATAAGTTCTAACAAAGATTGT 859
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 GCGGTGAATGCTTCTTACTATGACTTGAGCTTTCATTCGATAAGTTCTAACAAAGATTGT 600
Query 860 AAGCTTTACAAGAATTTGAGGACTATCAAGTGCTACAACTGTGATTCTTGCAAAGCTGGA 919
||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 601 AAGCTCTACAAGAATTTGAGGACCATCAAGTGCTACAATTGTGATTCTTGCAAAGCTGGA 660
Query 920 GTTGCTCAGTACATGAAAACCGAGTGGCGACTTGTTGCGATCTTCAATGTGGTCCTGTTT 979
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 661 GTAGCTCAGTACATGAAAACCGAGTGGCGACTTGTTGCGATCTTCAATGTGGTTCTGTTT 720
Query 980 GTTGTCTTGATAAGCTCTCTT 1000
||||||||| |||||| ||||
Sbjct 721 GTTGTCTTGGTAAGCTATCTT 741
> Ahg907076 jgi|Araly1|907076|Al_scaffold_0002_157
Length=744
Score = 1280 bits (693), Expect = 0.0
Identities = 725/741 (98%), Gaps = 0/741 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 260 ATGGGTATGGGCACAAGCACTTTCGTTATCAGATGGGTCAATCTTCTTACAATGCTATTG 319
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGGGTATGGGCACAAGCACTTTCGTTATCAGATGGGTCAATCTTCTTACAATGCTATTG 60
Query 320 GCTGTGGCAGTGATAATATTTGGGGTGTGGATGAGTACACACAATGATGGTTGCAGAAGG 379
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 GCTGTGGCAGTGATAATATTTGGGGTGTGGATGAGTACACACAATGATGGTTGCAGAAGG 120
Query 380 TCACTTACATTTCCAGTTATAGCTCTTGGTGGTTTCATCTTCTTGATATCCATAATCGGA 439
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 TCACTTACATTTCCAGTCATAGCTCTTGGTGGTTTCATCTTCTTGATATCCATAATCGGA 180
Query 440 TTTCTTGGCGCGTGCAAGAGAAGTGTGGCGCTTCTTTGGATTTATCTTGCCGTGCTCCTG 499
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||
Sbjct 181 TTTCTTGGCGCGTGCAAGAGAAGTGTGGCGCTTCTTTGGATTTATCTTGCTGTCCTCCTG 240
Query 500 ATCGTTTTGATCGCGATTCTTGTCTTTACCGTACTGGCGTTCATTGTAACAAACAATGGT 559
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 ATCGTTTTGATCGCGATTCTTGTCTTTACCGTACTAGCGTTCATTGTAACAAACAATGGT 300
Query 560 TCTGGCCATACTAACCCTGGTTTAAGGTACAAGGAGTATAAGCTGAATGATTACAGCTCA 619
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 TCTGGCCATACTAACCCTGGTTTAAGGTACAAAGAGTATAAGCTGAATGATTACAGCTCA 360
Query 620 TGGTTTCTAAAACAGCTTAACAACACCAGTAACTGGATAAGACTAAAGAGTTGTCTTGTT 679
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 TGGTTTCTAAAACAGCTCAACAACACCAGTAACTGGATAAGACTAAAGAGTTGTCTTGTT 420
Query 680 AAATCCGAGCAATGTCGGAAGCTTTCCAAGAAATACAAGACCATCAAACAGTTGAAATCC 739
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||
Sbjct 421 AAATCCGAGCAATGTAGGAAGCTTTCCAAGAAATACAAGACCATCAAACAATTAAAATCC 480
Query 740 GCAGAATTAACCCCGATAGAAGCTGGATGTTGTCGACCACCATCTGAGTGTGGTTATCCT 799
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 GCAGAATTAACCCCGATAGAAGCTGGATGTTGTCGACCACCATCTGAGTGTGGTTATCCT 540
Query 800 GCGGTGAATGCTTCTTACTATGACTTGAGCTTTCATTCGATAAGTTCTAACAAAGATTGT 859
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 GCGGTGAATGCTTCTTACTATGACTTGAGCTTTCATTCGATAAGTTCTAACAAAGATTGT 600
Query 860 AAGCTTTACAAGAATTTGAGGACTATCAAGTGCTACAACTGTGATTCTTGCAAAGCTGGA 919
||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 601 AAGCTCTACAAGAATTTGAGGACCATCAAGTGCTACAATTGTGATTCTTGCAAAGCTGGA 660
Query 920 GTTGCTCAGTACATGAAAACCGAGTGGCGACTTGTTGCGATCTTCAATGTGGTCCTGTTT 979
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 661 GTAGCTCAGTACATGAAAACCGAGTGGCGACTTGTTGCGATCTTCAATGTGGTTCTGTTT 720
Query 980 GTTGTCTTGATAAGCTCTCTT 1000
||||||||| |||||| ||||
Sbjct 721 GTTGTCTTGGTAAGCTATCTT 741
> Ahg948849 jgi|Araly1|948849|scaffold_800736.1
Length=305
Score = 58.4 bits (31), Expect = 1e-07
Identities = 31/31 (100%), Gaps = 0/31 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 396 TTATAGCTCTTGGTGGTTTCATCTTCTTGAT 426
|||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 148 TTATAGCTCTTGGTGGTTTCATCTTCTTGAT 178
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 53059711285
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5