BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G63430.2
Length=2847
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg475009 jgi|Araly1|475009|fgenesh2_kg.2__139__AT1G63430.1 3118 0.0
> Ahg475009 jgi|Araly1|475009|fgenesh2_kg.2__139__AT1G63430.1
Length=2568
Score = 3118 bits (1688), Expect = 0.0
Identities = 1909/2012 (95%), Gaps = 29/2012 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 123 TTATTGCTAAATCAATCAAATAATCTTGTCCAGTTTCACTTCTCTTTTACCATTTCCTTG 182
|||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1 TTATTGCTAAATCAATCATATAATCTTGTCCACTTTCACTTCTC-TTTACCATTTCCTTG 59
Query 183 TTCCATTCTTCAGCTtctctctctctcGCTCTTTACTTTACTAAACTTGGTCTCTTCTTG 242
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| |||||||||||||||
Sbjct 60 TTCCATTCTTCAGCTTCTCTCTCTCTCGTTCTTTACTTTGCTAATCTTGGTCTCTTCTTG 119
Query 243 AGCTT-ATACATCTCATTTCTGCAGAGAGTACTTGTCAAAGAAAGTTGTCGTCTTTCTCC 301
||||| | ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| | || || ||||
Sbjct 120 AGCTTAAAACATCTCATTTCTGC--AGAGTACTTCTCAAAGAAAG-T-TC-TC-TTCT-- 171
Query 302 AGATTCTTCTTGAGCTTATACTGTTGATCATCCGTGAAAGAATCTAGGTTCCGCTTC-TT 360
||| || || || |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||
Sbjct 172 ---TTC-TC--CAG---AT--TGTTGATCCTCCGTGAAAGAATCTGGGTTCCGCTTCTTT 220
Query 361 TTTTAATGAGCCGAATTTGAAGGAATCTTTC-AACAGACGATGAGATCGAAGTATTTTTG 419
|||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||
Sbjct 221 TTTTAATGAGTCGAATTTGAAGGAATCTTTCGAA-AGACGATGAGATCGAAG---TTTTG 276
Query 420 TTCGTTAGCTCTTGTTCTTGGT-CTCTTCTTCGTTTCTTGTGATGGGTTTGCCTCTAATG 478
|||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 277 GTCGTTAGCCCTTGTTCTT-GTGCTCTTCTTCGTTTCTTGTGATGGGTTTGCCTCTAATG 335
Query 479 AAGTTCAAGCACTTAGAAGATTCAAGGAAGCTATCTATGAGGACCCTTTGCTAGTTATGT 538
||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 336 AAGTTGGAGCACTTAGGAGATTCAAGGAAGCTATCTATGAGGACCCTTTGCTAGTTATGT 395
Query 539 CTAATTGGAATGACCCCAATTCAGATCCTTGTGATTGGACCGGCATTTATTGCTCTCCAT 598
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 396 CTAATTGGAATGACCCCAATTCAGATCCTTGTGATTGGACCGGCATTAATTGCTCTCCAT 455
Query 599 CTAAAGATCATGTTATCAAGATAAATATATCCGCTTCATCGATAAAAGGGTTTCTTGCGC 658
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 456 CTAAAGATCATGTTATCAAGATAAATATATCGGCTTCATCGATAAAAGGGTTTCTTGCGC 515
Query 659 CGGAATTGGGTCAAATAACGTACCTGCAGGAACTAATCCTACATGGGAACATTCTAATAG 718
||||| |||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |
Sbjct 516 CGGAACTGGGTCAAATCACCTACCTGCAGGAACTAATCCTACATGGGAACATTTTAATCG 575
Query 719 GGACAATACCTAAGGAGATAGGAAACTTAAAGAATCTCAAAATCTTGGACTTGGGAAACA 778
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 576 GGACAATACCTAAGGAGATAGGAAACCTAAAGAATCTCAAGATCTTGGACTTGGGAAACA 635
Query 779 ATCATCTTATGGGACCGATCCCTGCAGAGATCGGGAGTTTGTCCGGCATCATGATAATCA 838
| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 636 ACCATCTGATGGGACCGATCCCAGCAGAGATCGGGAGTTTGTCCGGCATCATGATAATAA 695
Query 839 ACCTTCAGTCCAATGGTTTGACTGGAAAGTTGCCTGCAGAGCTCGGTAACTTGAAGTACC 898
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 696 ACCTTCAGTCCAATGGTTTGACTGGAAAGTTGCCTGCAGAGCTCGGTAACTTGAAGTACC 755
Query 899 TTAGAGAACTTCATATTGACAGGAATAGGCTTCAAGGAAGTCTTCTTGTTGCTGGAGCAT 958
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 756 TTAGAGAACTTCATATTGACAGGAATAGGCTTCAAGGAAGTCTTCTTGTAGCTGGAGCAT 815
Query 959 CGGGCTATCAGTCGAAAGTGTATTCTTCAAATTCAAGTGCAAACATCGCTGGTTTGTGCA 1018
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 816 CGGGCTATCAGTCGAAAGTGTATTCTTCAAATTCAAGTGCAAACATCGCCGGTTTGTGCA 875
Query 1019 AATCTTTAAAAGTAGCTGACTTTTCATACAACTTTTTCGTGGGAAATATTCCAAAATGTT 1078
| ||| |||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||
Sbjct 876 AGTCTCTAAAAGTAGCCGATTTTTCATACAACTTTTTTGTGGGAAACATTCCAAAATGTT 935
Query 1079 TAGAAAACCTTCCAAGGACGAGCTTTCAAGGGAACTGCATGCAAAACAAGGATCTTAAGC 1138
|||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 936 TAGACTACCTTCCAAGAACGAGCTTTCAAGGGAACTGCATGCAAAACAAGGATCTTAAGC 995
Query 1139 ATAGATCTTCTTCCCAATGCGCTAATGCACAACTGGTCAAAACTCATGGAAGCCCGAGCG 1198
||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 996 ATAGACCTTCTTCCCAATGCGGTAATGCACAACTGGTCAAAACTCATGGAAGCCCGAGCG 1055
Query 1199 CTGCTCCTAAGCACCAATCAGCTCAAATGGTGGCTAAGCACCATAGAGCATCAAAACCTA 1258
| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1056 CCGCCCCTAAGCACCAGTCAGCTCAAATGGTGGCTAAGCACCATAGAGCATCAAAACCTA 1115
Query 1259 AATGGCTTCTAGCTCTTGAGATAGTCACAGGGTCAATGGTTGGTTTGCTCCTTCTGGTTG 1318
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1116 AATGGCTTCTAGCTCTTGAGATAGTCACAGGGTCAATGGTTGGTTTGCTCCTCCTGGTTG 1175
Query 1319 CACTTTTCTCTGCAGTTCACCGCTGGAACAATAGATCAACTCTCATCATTCCTTGGAAGA 1378
|||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| |
Sbjct 1176 CACTTTTCTCAGCAGTTCATCGCTGGAACAACAGATCATCTCTCATCATTCCTTGGAAAA 1235
Query 1379 AATCTTCAAGTGAAAAGGAAAAGTTCACAGTCTACGTAGATTCTGAAATGCTGAAGGATG 1438
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1236 AATCTTCAAGTGAAAAGGAAAAGTTCACAGTCTACGTAGATTCTGAAATGCTGAAGGATG 1295
Query 1439 TTTCGAGATTAACAAGACAAGAGCTCGAAGTGGCGTGTGAAGACTTTAGCAACATCATTG 1498
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1296 TTTCGAGATTAACAAGACAAGAGCTCGAAGTGGCGTGTGAAGACTTTAGCAATATCATTG 1355
Query 1499 GTTTATCAGCAGATAGTCAGATCTATAAAGGAACGCTGAAAGGTGGGTCTGAGATTGCGG 1558
||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1356 GTTTATCTGCAGATAGTCAGATCTATAAAGGAACACTGAAAGGTGGGTCTGAGATTGCCG 1415
Query 1559 TGATCTCTCTTTGTGTAAAGGAAGAAGATTGGACTGGATATCTTGAGCTCTATTTCCAGA 1618
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1416 TGATCTCTCTTTGTGTAAAGGAAGAAGATTGGACTGGATATCTTGAGCTCTATTTCCAGA 1475
Query 1619 GAGAGGTTGCAGATTTGGCTAGATTAAACCACGAGAACACAGCGAAATTACTTGGATATT 1678
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1476 GAGAGGCTGCAGATTTGGCTAGATTAAACCACGAGAACACAGCCAAATTACTTGGATATT 1535
Query 1679 GCAAAGAGATCTCACCATTTACAAGAATGCTTGTTTTTGAGTATGCATCAAACGGAACAC 1738
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1536 GTAAAGAGATCTCACCATTTACAAGAATGCTTGTTTTTGAGTATGCATCAAACGGAACAC 1595
Query 1739 TATATGAGCACCTTCACTACGGGGAAGCGGCGTTAGTATCGTGGGCAAGACGGATGAAGA 1798
|||| |||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1596 TATACGAGCACCTCCACTATGGGGAAGCGGCTTTAGTATCGTGGGCAAGACGGATGAAGA 1655
Query 1799 TTGTTATAGGCATCGCACGTGGTCTCAAGTACCTTCATATGGAACTTGATCCTCCGTTTA 1858
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1656 TTGTTATAGGCATCGCACGTGGTCTCAAGTACCTTCATATGGAACTTGATCCTCCATTTA 1715
Query 1859 CAATCTCTGAGCTGAGCTCAAACGCAATTTATCTCACAGAAGATTTTACTCCCAAGCTGG 1918
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| |||
Sbjct 1716 CAATCTCTGAGCTGAGCTCAAACGCAATCTATCTCACAGAAGACTTTACTCCCAAGTTGG 1775
Query 1919 TTGATTTCGAATGCTGGAAGACAATTCTTGCAAGATCAGAAAAGAATTTGAGAAATATTA 1978
||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1776 TTGATTTTGAATGCTGGAAGACGATTCTTGCGAGATCAGAAAAGAATTTGAGAAATATTA 1835
Query 1979 GTAGCCAGGGTTCGATATGTGTACTCCCAAACGGAATGGAGAGCCGATATCTTGATGTGT 2038
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1836 GTAGCCAGGGTTCGATATGTGTGCTCCCAAACGGAATGGAGAGCCGATATCTTGATGTGT 1895
Query 2039 CGGGTAATATCTATGCATTCGGGATTCTTTTGCTGGAAATTGTCAGTGGAAGACCTCCTT 2098
||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1896 CGGGTAATATCTATGCATTTGGCATTCTTTTGCTGGAAATTGTCAGTGGAAGACCTCCCT 1955
Query 2099 ATTGCAAAGACAAAGGATTCTTAATTGAATGG 2130
|||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1956 ATTGCAAAGACAAAGGTTTCTTAATTGAATGG 1987
Score = 867 bits (469), Expect = 0.0
Identities = 547/583 (94%), Gaps = 12/583 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 2202 GGCAAAGGAGTTCCTTGAAGCACCAGAGGCAATGTCGGGATTGGTGGATCCAGAGCTGAA 2261
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1987 GGCAAAGGAGTTCCTTGAAGCACCAGAGGCAATGGCGGGATTGGTGGATCCAGAGCTGAA 2046
Query 2262 ACATTTTAACCAAGAAGATCTTGAGACGGTATGCGAAGTGGCTAGCCAATGCTTGAACCG 2321
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |
Sbjct 2047 ACATTTTAACCAAGAAGAGCTTGAGACGGTATGCGAAGTGGCAAGCCAATGCTTGAACAG 2106
Query 2322 GGACCcaaccaacaacaacaacaatcacaacaaGCCCTCAGTGCAAGAGCTATGCGAGAC 2381
|||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2107 GGACCCGACCAACAACAACAACAATAACAACAAGCCCTCAGTGCAAGAGCTATGCGAGAC 2166
Query 2382 ATTGGAGAGCAGAATCAGTCTGTCTATTTCAGCGGAGCTTAGATCATCTTCTTTGGCTTG 2441
||||||||| |||||||||||||| ||||| || ||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2167 ATTGGAGAGTAGAATCAGTCTGTCAATTTCTGCAGAGCTAAGATCATCTTCTTTGGCTTG 2226
Query 2442 GGCCGAGCTGGCGCTTGACTCGTGATGAGAATGATGAAAG--GAAAG-AAA-AC----GA 2493
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||| | ||
Sbjct 2227 GGCCGAGCTGGCGCTTGACTCGTGATGAGAATGGTGAAAGAAGAAAGGAAAGAAAAAAGA 2286
Query 2494 GTGTTGAATGATGCAATGCTAACTAACTAAAAACCAAACTCTCAACTCTGTAAATCAATC 2553
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2287 GTGTTGAATGATGCAATGCTAACTAACTAAAAACCAAACCCTCAACTCTGTAAATCAATC 2346
Query 2554 GACTGATTACAACATTTGATATTGtttt-tttttGCTCTGATCTTGACGAGTGTGTCTGT 2612
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2347 GACTGATTACAACATTTGATATTGTTTTGTTTTTGCTCTGATCTTGACGAGTGTGTTTGT 2406
Query 2613 GTTCTTGATTAGTTTTGAGTTTTGGGTGGTTCAAAGTGTTTGTAAATGAAGAGATGAACA 2672
||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2407 GTTCTTGATTAGTTTTGTGTTTTGGGTG-TTCAAAGTGTTTGTAAAGGAAGAGATGAACA 2465
Query 2673 TAG--TTTCTGAAAGATTTTCTCTATTATTTGAAAATCTATGAGAGGTTGAAGAATGTTA 2730
||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2466 TAGAGTTTCTGAAAGATTTTCTCTATTATTTGGAAATCTATGAGAGGTTGAAGAATGTTA 2525
Query 2731 ATGTAGTGTGTTTGGATCTAACCTTTAATCTTATATTATATAG 2773
|| |||| |||||||||||| ||||| ||||||| ||| ||||
Sbjct 2526 ATATAGTATGTTTGGATCTATCCTTTTATCTTATGTTACATAG 2568
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 107452581145
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5