BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G63440.1
Length=2988
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg475008 jgi|Araly1|475008|fgenesh2_kg.2__138__AT1G63440.1 3330 0.0
> Ahg475008 jgi|Araly1|475008|fgenesh2_kg.2__138__AT1G63440.1
Length=2922
Score = 3330 bits (1803), Expect = 0.0
Identities = 1989/2081 (96%), Gaps = 3/2081 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 909 TTTGGTTTTTACAGTACCGGTGTTTTTGACAGCCATGGTCTTTATGTATATCCCTGGAAT 968
||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 844 TTTGG-TTTTACTGTACCGGTGTTTTTGACAGCCATGGTCTTTATGTATATCCCTGGAAT 902
Query 969 TAAAGATTTGCTCATGTTTAAGGTCATCAATATGCTCACCGTTGGAGAAATCATAAGGTG 1028
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||
Sbjct 903 TAAAGATTTGCTGATGTTTAAGGTCATCAATATGCTTACCATTGGAGAAATCATAAGGTG 962
Query 1029 TGTTTTGGCTACTCCTGTCCAGTTTGTCATTGGTTGGAGATTTTATACTGGCTCTTACAA 1088
||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 963 GGTTTTGGCTACCCCTGTCCAGTTTATCATCGGTTGGAGATTTTATACTGGCTCTTACAA 1022
Query 1089 GGCTTTACGCCGAGGATCGGCTAATATGGATGTTCTGATTGCTCTGGGGACAAATGCAGC 1148
|||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1023 GGCTATACGCCGAGGATCGGCTAACATGGATGTTCTGATTGCTCTGGGAACAAATGCAGC 1082
Query 1149 TTATTTCTATTCATTATACACAGTGTTGAGAGCTGCAACATCTCCTGATTTCAAGGGAGT 1208
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||
Sbjct 1083 TTATTTCTATTCATTATACACTGTGTTGAGAGCTGCAACCTCTCCTGATTTCAAGGGTGT 1142
Query 1209 AGATTTCTTTGAGACTAGTGCCATGCTCATTTCCTTTATCATACTAGGAAAATATTTGGA 1268
||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1143 AGATTTCTTTGAGACCAGTGCCATGCTCATTTCGTTTATCATACTGGGAAAATATTTGGA 1202
Query 1269 GGTTATGGCTAAAGGAAAAACATCTCAAGCGATCGCAAAGCTTATGAACTTGGCACCCGA 1328
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1203 GGTTATGGCTAAAGGAAAAACATCTCAAGCGATCGCAAAGCTTATGAACTTGGCACCGGA 1262
Query 1329 CACTGCGATATTGTTGAGTTTGGACAAGGAAGGGAATGTGACTGGTGAAGAGGAGATTGA 1388
||||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1263 CACTGCGATATTGTTGACTTTGGATAAGGAAGAGAATGTGACTGGTGAAGAAGAGATTGA 1322
Query 1389 TGGTCGATTGATACAGAAGAATGACGTGATCAAAATTGTTCCTGGTGCTAAAGTAGCTTC 1448
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1323 TGGTCGATTGATACAGAAGAATGATGTGATCAAAATTGTTCCTGGTGCTAAAGTAGCTTC 1382
Query 1449 AGATGGTTATGTCATATGGGGACAAAGTCATGTGAATGAAAGTATGATCACTGGAGAGGC 1508
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1383 AGATGGTTATGTCATATGGGGACAAAGTCATGTGAATGAAAGTATGATAACTGGAGAGGC 1442
Query 1509 TAGGCCAGTGGCAAAGAGAAAGGGTGATACAGTTATAGGAGGCACTTTGAACGAGAATGG 1568
||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1443 AAGGCCAGTGGCAAAGAGGAAGGGTGATACAGTGATAGGAGGGACTTTGAACGAGAATGG 1502
Query 1569 TGTTCTGCATGTTAAGGTTACAAGGGTTGGTTCAGAGAGTGCTCTTGCTCAGATTGTTCG 1628
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1503 AGTTCTACATGTTAAGGTTACAAGGGTTGGTTCAGAGAGTGCTCTTGCTCAGATTGTTCG 1562
Query 1629 ACTTGTTGAGTCCGCACAACTGGCCAAAGCTCCAGTACAGAAGTTGGCTGATCGGATTTC 1688
|||||||||||| || || || || |||||||||||||||||||||||||| || |||||
Sbjct 1563 ACTTGTTGAGTCTGCGCAGCTAGCGAAAGCTCCAGTACAGAAGTTGGCTGACCGAATTTC 1622
Query 1689 CAAGTTCTTTGTTCCTCTTGTAATTTTCCTCTCGTTCTCAACTTGGCTTGCCTGGTTCTT 1748
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1623 CAAGTTCTTTGTTCCTCTTGTAATTTTCCTCTCGTTCTCTACTTGGCTTGCCTGGTTCTT 1682
Query 1749 AGCTGGGAAACTGCATTGGTACCCTGAATCCTGGATACCTTCTTCGATGGATAGCTTTGA 1808
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||
Sbjct 1683 AGCTGGGAAACTGCATTGGTACTCTGAATCCTGGATACCTTCTTCAATGGATAGCTTCGA 1742
Query 1809 GCTAGCTCTTCAGTTCGGGATCTCTGTCATGGTCATAGCTTGTCCATGTGCTCTTGGGCT 1868
||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1743 GCTTGCTCTTCAGTTTGGGATCTCTGTAATGGTTATAGCTTGTCCATGTGCTCTTGGGCT 1802
Query 1869 GGCTACTCCAACTGCTGTTATGGTTGGTACTGGGGTTGGTGCATCCCAAGGTGTGCTGAT 1928
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1803 GGCTACTCCAACTGCTGTTATGGTTGGTACTGGGGTTGGTGCATCCCAAGGTGTACTGAT 1862
Query 1929 AAAGGGTGGCCAAGCCCTAGAAAGAGCACACAAGGTAAATTGCATTGTCTTTGACAAGAC 1988
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1863 AAAGGGTGGTCAAGCCCTAGAAAGAGCACACAAGGTAAACTGCATTGTCTTTGACAAGAC 1922
Query 1989 AGGAACTCTCACGATGGGGAAGCCCGTTGTTGTGAAAACAAAGCTCCTGAAAAACATGGT 2048
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1923 AGGAACTCTCACGATGGGGAAGCCCGTGGTTGTGAAAACAAAGCTCCTGAAAAACATGGT 1982
Query 2049 ACTTCGAGAGTTCTATGAACTTGTTGCTGCAACTGAGGTAAACAGTGAGCATCCGTTAGC 2108
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1983 ACTTCGAGAGTTCTATGAACTTGTTGCTGCAACTGAGGTCAACAGTGAGCATCCGTTAGC 2042
Query 2109 AAAGGCCATTGTCGAGTACGCGAAGAAATTCAGAGACGACGAAGAGAACCCTGCCTGGCC 2168
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2043 AAAGGCCATTGTCGAGTACGCGAAGAAATTCAGAGACGACGAAGAGAACCCTGCGTGGCC 2102
Query 2169 AGAAGCCTGTGATTTTGTGTCCATCACTGGAAAGGGAGTGAAAGCCACCGTTAAAGGTAG 2228
|||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2103 TGAAGCCCGTGACTTTGTGTCCATCACTGGAAAGGGAGTGAAAGCCACCGTTAAAGGAAG 2162
Query 2229 AGAGATTATGGTGGGGAACAAGAATCTGATGAATGATCATAAAGTTATTATTCCAGAT-G 2287
|||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||| | |
Sbjct 2163 AGAGATCATGGTGGGAAACAAGAATCTGATGGATGATTATAAAGTTTTTATTCCAG-TCG 2221
Query 2288 ATGCTGAAGAGTTGCTAGCTGACTCTGAAGATATGGCCCAGACCGGAATTCTTGTCTCCA 2347
||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
Sbjct 2222 ATGCTGAAGAGTTGCTAGCCGATTCTGAAGATATGGCCCAGACCGGGATTCTTGTCTCTA 2281
Query 2348 TAAACAGTGAACTGATTGGAGTTTTGTCTGTTTCGGATCCTCTAAAACCGAGTGCTCGAG 2407
|||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2282 TAAACAATGAACTGATAGGAGTTTTATCTGTTTCGGATCCTCTAAAACCGAGTGCTCGAG 2341
Query 2408 AAGCCATCTCCATTCTAAAATCCATGAATATCAAAAGCATCATGGTAACTGGTGACAACT 2467
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2342 AAGCCATCTCCATTTTAAAATCCATGAATATCAAAAGCATCATGGTAACTGGTGACAACT 2401
Query 2468 GGGGAACAGCAAACTCAATTGCTAGAGAAGTCGGTATCGACTCTGTTATCGCAGAAGCTA 2527
||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2402 GGGGAACAGCAAATTCCATTGCTAGAGAAGTCGGTATCGACTCTGTTATCGCAGAAGCTA 2461
Query 2528 AACCTGAGCAAAAAGCAGAGAAAGTCAAGGAATTACAGGCTGCGGGACATGTTGTGGCAA 2587
|||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2462 AACCAGAGCAGAAAGCAGAGAAAGTCAAGGAATTACAGGCTGCGGGACATGTTGTGGCAA 2521
Query 2588 TGGTAGGTGACGGAATCAATGACTCACCGGCTCTCGTGGCAGCGGATGTAGGTATGGCGA 2647
|||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| || || |
Sbjct 2522 TGGTGGGTGACGGAATCAATGACTCACCCGCTCTAGTGGCAGCGGATGTAGGCATCGCAA 2581
Query 2648 TAGGTGCAGGAACAGACATTGCTATAGAAGCAGCGGATATAGTTCTGATGAAAAGCAACT 2707
||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2582 TAGGTGCAGGAACCGACATTGCCATAGAAGCAGCTGATATAGTTCTGATGAAAAGCAACT 2641
Query 2708 TAGAAGATGTGATCACAGCCATTGATCTTTCAAGGAAAACGTTCTCAAGAATCCGTCTCA 2767
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2642 TAGAAGATGTGATCACAGCCATTGATCTTTCAAGGAAAACGTTCTCAAGAATCCGTCTCA 2701
Query 2768 ACTACGTATGGGCTCTCGGGTATAACCTCATGGGGATACCGATCGCTGCGGGAGTGCTTT 2827
||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2702 ACTACGTTTGGGCTCTCGGATACAACCTCATGGGGATACCGATCGCTGCGGGAGTGCTTT 2761
Query 2828 TCCCAGGGACACGTTTCAGGTTGCCTCCATGGATTGCAGGTGCTGCAATGGCTGCTTCTT 2887
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2762 TCCCAGCGACACGTTTCAGGTTGCCTCCATGGATTGCAGGTGCTGCAATGGCTGCTTCTT 2821
Query 2888 CTGTTAGTGTTGTGTGTTGCTCTCTCTTGCTTAAGAACTACAAGCGACCTAAGAAGCTTG 2947
|||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2822 CTGTTAGTGTAGTGTGTTGCTCTCTCTTGCTGAAGAATTACAAGCGACCTAAGAAGCTTG 2881
Query 2948 ATCATCTGGAGATTCGGGAGATTCAGGTGGAGCGAGTTTAA 2988
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2882 ATCATCTGGAGATCCGGGAGATTCAGGTGGAGCGAGTTTAA 2922
Score = 1308 bits (708), Expect = 0.0
Identities = 799/843 (95%), Gaps = 5/843 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGCGACGAAGCTTTTGTCGCTTACATGCATAAGGAAAGAGAGATTCAGCGAGCGTTAC 60
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGGCGACGAAGCTTTTGTCGCTTACATGCATAAGGAAAGAGAGATTCAGCGAGCGTTAC 60
Query 61 CCTCTGGTGCGGAAGCACCTTACCAGGTCTCGCGACGGCGGCGGAGGATCATCGTCGGAG 120
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 61 CCTCTGGTGCGGAAGCACCTAACCAGGTCTCGCGACGGCGGCGGA---TCATCGTCGGAG 117
Query 121 ACGGCGGCTTTTGAGATCGATGATCCGATTTCCAGGGCGGTTTTTCAAGTGTTAGGAATG 180
|||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| || |||
Sbjct 118 ACGGCGGCGTTTGAGATGGATGATGCGATTTCCAGGGCGGTTTTTCAAGTGTTGGGGATG 177
Query 181 ACTTGCTCTGCTTGCGCTGGATCTGTTGA-AAAGGCTATCAAGCGTCTCCCTGGAATTCA 239
||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 178 ACTTGCTCTGCTTGCGCTGGATCTGTTGAGAAAG-CTATCAAGCGTCTCCCTGGAATTCA 236
Query 240 CGATGCTGTCATCGATGCTCTGAATAATCGTGCTCAGATTCTGTTTTACCCTAACTCTGT 299
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 237 CGAAGCTGTCATCGATGCTCTGAATAATCGTGCTCAGATTCTGTTTTACCCTAAATCTGT 296
Query 300 CGATGTGGAGACAATTCGTGAGACTATTGAGGATGCTGGATTTGAAGCATCGTTGATCGA 359
| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 297 CCATGTGGAGACAATTCGTGAGACTATTGAAGATGCTGGATTTGAAGCATCGTTGATAGA 356
Query 360 AAATGAAGCGAATGAGAGGTCGAGACAAGTTTGTAGAATAAGAATTAATGGTATGACTTG 419
|||||||||||||||||| || | ||||||||| || |||||||||||||||||||||||
Sbjct 357 AAATGAAGCGAATGAGAGATCTAAACAAGTTTGCAGGATAAGAATTAATGGTATGACTTG 416
Query 420 TACTTCGTGTTCTTCAACAATCGAAAGAGTTTTGCAATCGGTTAATGGTGTACAAAGAGC 479
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||
Sbjct 417 TACTTCGTGTTCTTCAACAATCGAAAGAGTTTTGCAATCGGTCAATGGCGTACAAAGAGC 476
Query 480 ACATGTGGCTTTAGCAATTGAAGAAGCTGAGATTCATTATGATCCTAGACTCTCGAGCTA 539
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 477 TCATGTGGCTTTAGCAATTGAAGAAGCTGAGATTCATTATGATCCTAGACTCTTGAGCTA 536
Query 540 TGATAGACTATTGGAGGAGATAGAAAATGCTGGTTTTGAAGCTGTGCTTATAAGTACAGG 599
||||| |||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||
Sbjct 537 TGATAAACTACTGGAAGAGATTGAAAATGCTGGTTTTGAAGCTGTTCTTATAAGTACCGG 596
Query 600 CGAGGATGTGAGCAAGATTGATTTGAAGATTGATGGTGAGCTTACTGATGAATCCATGAA 659
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |
Sbjct 597 TGAGGATGTGAGCAAGATTGATTTGAAGATTGATGGTGAGTTTACTGATGAATCCATGGA 656
Query 660 GGTTATTGAAAGGTCGCTTGAAGCACTTCCTGGTGTTCAAAGTGTTGAGATCAGCCATGG 719
| | |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 657 GATCATTGAAAGATCGCTTGAAGCACTTCCTGGAGTTCAAAGTGTTGAGATCAGCCATGG 716
Query 720 AACTGATAAGATATCTGTATTGTACAAACCTGATGTGACGGGGCCGAGGAATTTCATTCA 779
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||
Sbjct 717 AACTGATAAGATATCTGTATTGTACAAACCTGATGTGACAGGGCCGAGGAATTTTATTCA 776
Query 780 GGTGATTGAGTCTACTGTCTTTGGTCATAGTGGTCACATCAAGGCAACAATATTCTCAGA 839
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||
Sbjct 777 GGTGATTGAGTCTATTGTCTTTGGTCATAGTGGTCACATCAAGGCAACGATATTTTCCGA 836
Query 840 GGG 842
|||
Sbjct 837 GGG 839
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 112823305690
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5