BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G63490.1
Length=3717
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg924607 jgi|Araly1|924607|scaffold_200168.1 5446 0.0
> Ahg924607 jgi|Araly1|924607|scaffold_200168.1
Length=4427
Score = 5446 bits (2949), Expect = 0.0
Identities = 3288/3457 (95%), Gaps = 2/3457 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 TTTGGTTCAGGAACAGTGTCTAGGACGCAGATAGAGAAAAAGTTTTGGGAGATAGTAGAA 60
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 972 TTTGGTTCAGGAACAGTGTCTAGGACGCAGATAGAGAAAAAGTTTTGGGAAATAGTAGAA 1031
Query 61 GGGTCAGGTGGTGAGGTTGAAGTTATGTATGGTAATGACTTGGATACTTCTGTTTACGGG 120
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1032 GGGTCAGGTGGAGAGGTTGAAGTTATGTATGGTAATGACTTGGACACTTCTGTTTACGGG 1091
Query 121 AGTGGTTTTCCTCGAATAGGCGACCAAAGACCAGAATCAGTTGAGGCAGATATATGGGAT 180
|||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||||
Sbjct 1092 AGTGGTTTTCCTCGAATAGGGGACCAAAGACCAGATTCAGTTGAGGCAAATATTTGGGAT 1151
Query 181 GAGTATTGTGGTAGCCCCTGGAATCTCAATAACATGCCTAAGTTGAAAGGATCTATGCTT 240
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1152 GAGTATTGTGGTAGCCCCTGGAATCTCAATAACATGCCTAAGTTGAAAGGATCTATGCTT 1211
Query 241 CAGGCCATTCGACATAACATTAATGGTGTTACAGTGCCTTGGCTATATCTTGGAATGCTC 300
|| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1212 CAAGCCATTCGGCATAACATTAATGGTGTTACAGTGCCTTGGCTGTATCTTGGAATGCTC 1271
Query 301 TTCTCTTCTTTTTGTTGGCATTTTGAGGACCATTGTTTTTACTCTGTCAATTATCTACAC 360
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1272 TTCTCTTCTTTTTGTTGGCATTTTGAGGACCATTGTTTTTACTCTGTCAATTATCTACAC 1331
Query 361 TGGGGAGAGGCAAAATGTTGGTATGGTATTCCAGGCAGTGCTGCTAGTGCTTTTGAAAAG 420
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1332 TGGGGAGAGGCAAAATGTTGGTATGGTGTTCCAGGCAGTGCTGCTAGTGCTTTTGAAAAG 1391
Query 421 GTCATGCGAAAAACCCTACCCGATCTCTTTGATGCTCAGCCAGATTTGCTCTTTCAACTA 480
|||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1392 GTCATGCGGAAAACCCTTCCCGATCTCTTTGATGCTCAGCCAGATTTGCTCTTTCAACTA 1451
Query 481 GTTACCATGTTGAGTCCGACTGTTTTACAAGAAAATAAAGTCCCGGTCTACACAGTATTA 540
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1452 GTTACCATGTTGAGTCCGACTGTTTTACAAGAAAATAAAGTCCCGGTCTACACAGTATTA 1511
Query 541 CAGGAGCCAGGAAACTTCGTGATCACATTTCCAAAATCCTTTCATGCTGGATTCAATTTT 600
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1512 CAGGAGCCAGGAAACTTCGTGATCACATTTCCAAAATCCTTTCATGCTGGATTCAATTTT 1571
Query 601 GGTCTAAATTGTGCAGAGGCCGTCAACTTTGCTACTGCTGATTGGCTACCTTATGGTGGT 660
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1572 GGTTTAAATTGTGCAGAGGCCGTCAACTTTGCTACTGCTGATTGGCTACCTCATGGTGGT 1631
Query 661 TCTGGGGCGGAGCTGTATCGGCTGTACCGGAAACCTTCAGTCATATCTCATGAAGAGCTT 720
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1632 TCTGGGGCGGAGCTGTATCGTCTGTACCGGAAACCTTCAGTGATATCTCATGAAGAGCTT 1691
Query 721 CTCTGCGTGGTAGCTAAGGGAAACTGCTGCAATAACGAAGGGTCAATACATTTGAAGAAA 780
|||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||| ||||||
Sbjct 1692 CTCTGCGTGGTAGCTAAGGGAAACTGTTGCAATACCGAAGGATCAATACATTTAAAGAAA 1751
Query 781 GAATTGCTCAGAATATACAGCAAGGAAAAAACCTGGAGAGAGCAGCTCTGGAAAAGTGGT 840
|||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1752 GAATTGCTGAGAATATACAGCAAGGAAAAAAACTGGAGAGAGCAGCTCTGGAAAAGTGGT 1811
Query 841 ATTTTGAGATCTTCTCCTATGTTTGTGCCTGAATGCGCTGATTCTGTGGGCATCGAAGAG 900
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1812 ATTTTGAGATCTTCTCCTATGTTTCTGCCTGAATGCCCTGATTCTGTGGGCATCGAAGAG 1871
Query 901 GATCCAACATGCATCATATGCCAGCAGTTTCTTCATCTTTCTGCTATCGTCTGCAATTGC 960
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1872 GATCCAACATGCATCATCTGCCAGCAGTTTCTTCATCTTTCTGCTATCGTCTGCCATTGC 1931
Query 961 AGGCCATCTGTTTTTGCATGCTTAGAGCACTGGAAGCATCTTTGTGAATGTGAACCTACG 1020
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1932 AGGCCATCTGTTTTTGCATGCTTGGAGCACTGGAAGCACCTTTGTGAATGTGAACCTACG 1991
Query 1021 AAGTTGCGACTTGAATATCGTTATACCCTTGCCGAGTTAGATATGATGGTACAAGAAGTT 1080
|||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||
Sbjct 1992 AAGTTGCGTCTTGTATATCGTTATACCCTTGCCGAGTTGGATAGGATGGTACAAGAAGTT 2051
Query 1081 GAAAAGTTTGGTGGGTGCAAAACACAAGAAACCAAAATCTCACAACGGCCGAGTTCAGGC 1140
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||
Sbjct 2052 GAAAAGTTTGGTGGCTGCAAAACACAAGAAACCAAAAACTCACAACGGCCAAGTTCAGGC 2111
Query 1141 ACCAAACGATCTATTGCTTTAAATAAAAAGCAGGAGGGAATGCAAGTGAGTCAGGCACGG 1200
|||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2112 ACCAAACGATCTATTGCTTTCAACAAAAAGCAGGAAGGAATGCAAGTGAGTCAGGCACGA 2171
Query 1201 CCAGCAGACAAATGGCTTCTTAGAGCATCAAAGGTTCTTGACGCTGCGTTTTCTAGTGTT 1260
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||
Sbjct 2172 CCAGCAGACAATTGGCTTCTTAGAGCATCAAAGGTTCTCGACGATGCCTTTTCTAGTGTT 2231
Query 1261 GAATATGCCACCCTTTTGAAGGAATCAGAACAGTTTCTTTGGGCTGGATCAGAAATGGAC 1320
||||||||||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2232 GAATATGCCACTCTTTTAAAGGAAGCAGAACAGTTTCTTTGGGCTGGATCAGAAATGGAC 2291
Query 1321 CGTGTACGAGATGTTACAAAAAGTTTGAACAAAGCAAAGATATGGGCTGAAGCTGTTAGT 1380
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2292 CGTGTACGAGATGTTACAAAAAGTTTGAACAAAGCAAAGATATGGGCTGAAGCTGTTAGT 2351
Query 1381 GACTGTCTTTCAAAAGTCGAAGGTGAAGTCAACGATGATTCAATGAAAGTTCACTTGGAA 1440
|||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2352 GACTGTCTTTCAAAAGTCGAAGGTGAAGCCAACAATGATTCAATGAAAGTTCACTTGGAA 2411
Query 1441 TTTATTGATGAGTTGCTGAGAGTTAATCCTGTTCCTTGCTTTAATTCTGGTTATCTGAAA 1500
||||||||| ||||| |||||||||| || |||||||||||| | |||||||||||||||
Sbjct 2412 TTTATTGATAAGTTGGTGAGAGTTAACCCCGTTCCTTGCTTTCAGTCTGGTTATCTGAAA 2471
Query 1501 CTAAAGGACTATGCTGAAGAAGCTAGAAAATTGTCCGAGAAAATCGATTCAGCTCTCTCG 1560
||||||| |||||||||| | |||||| ||||| |||||| | ||||||||||| ||
Sbjct 2472 TTAAAGGATTATGCTGAAGTGGTTAGAAAGTTGTCTGAGAAAGTTGATTCAGCTCTGTCA 2531
Query 1561 AGTAGCCCAACTATCACCCAGCTGGAGCTATTGCATTCTGAAGTCTCCAGATCGCCAATC 1620
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||
Sbjct 2532 AGTAGCCCAACTATCACCCAGCTGGAGCTTTTGCATTCTGAAGTCTCCAGTTCACCAATC 2591
Query 1621 TCCCTaaaaaaaCACGAGATCTTGTCAAAGAAAATCTCTTCCGCAAAGATGTTAGCTAAA 1680
||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2592 TCCCTAATAAAACACGAGATCTTATCAAAGAAAATCTCTTCCGCAAAGATGTTAGCTAAA 2651
Query 1681 AGGGCGAAACGCTATCTCACAGACGCTAAACCTCCAGGAATTGAAATGGATGCACTTTTC 1740
||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2652 AGGGCGAGACGCTATCTCGCAGACACTAAACCTCCAGGACTTGAAATGGATGCACTTTTC 2711
Query 1741 AAGCTAAATTCAGAGATGTTAGAGCTTCATGTTCAACTTCCAGAAACAGAAGGGATTCTG 1800
|||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2712 AAGCTAAAGTCAGAGATGTTAGAGCTTCAGGTGCAACTTCCAGAAACAGAAGGGATTTTG 2771
Query 1801 GATTTGGTAAAGAAATCAGAATCAGCCCGTGATAAAAGTAACAAAGTTTTGACTGGTTCT 1860
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2772 GATTTGGTAAAGAAATCAGAATTAGCCCGTGATAAAAGTAACAAAGTTTTGACTGGTTCT 2831
Query 1861 TTATCTCTCGAGAATGTGGAAGAGTTGCTTCATGAATTCGATAGTTTCAGCATTAACGTT 1920
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2832 TTATCTCTCGAGAATGTGGAAGAGCTGCTTCATGAATTCGATAGTTTCAGCATTAACGTT 2891
Query 1921 CCTGAGTTGAATATCCTGAGGCAGTATCATGTTGACACTTTGTCTTGGATTTCACGCTTT 1980
|||||||||| ||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2892 CCTGAGTTGACTATCCTGAGGCAGTACCACGTTGACACTTTGTCTTGGATTTCACGCTTC 2951
Query 1981 AATGATGTAATGGTTGATGTTCGTGAAGGCAAGGACCAACGAAAGCTAATTAGTGACCTC 2040
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2952 AATGATGTAATGGTTGATGTTCGTGAAGGCAAGGACCAACAAAAGCTAATTAGTGACCTG 3011
Query 2041 AGTTCCCTTCTACGGGATGGAGCATCCTTAGGCATTCAAGTTGAAGGACTCCCTCTTGTT 2100
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3012 AGTTCCCTTCTACGGGATGGGGCATCCTTAGGCATTCAAGTTGAAGGACTCCCTCTTGTT 3071
Query 2101 GAAGTTGAATTGAAGAAGGCATCTTGCCGGGAAAAAGCTCGAACGGTTTATACTGCAAGA 2160
||||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3072 GAAGTTGAATTAAAAAAGGCATCTTGCCGGAAAAAAGCTCGAACGGTTTATACTGCAAGA 3131
Query 2161 AAATCTCTGGATTTCATTGAGCAACTGCTCTCGGAAGCTGTTATACTACACATCGAAGAG 2220
| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||| ||||| |||
Sbjct 3132 AGGTCTCTGGATTTCATTGAGCAGCTGCTCTCGGAAGCTGTTGTTCTACAAATCGAGGAG 3191
Query 2221 GAGGAGATATTTGTTGAGATCTCGGGAATTTTGTCAACAGCACGGTGTTGGGAGGAAAGA 2280
|||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 3192 GAGGAGCTATTTGTTGAGATCTCTGGAATTTTGTCAACAGCACGGTGTTGGGAAGAAAGA 3251
Query 2281 GCAAGCACTATCCTTGAAAATGAAACTCAGATGTACGAGCTTAAAGATCTCGTAAGGATG 2340
||||||| |||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||
Sbjct 3252 GCAAGCAGTATCCTTGCTAGTGAAACTCAGATGTACGACCTTAAAGATCTGGCAAGGATG 3311
Query 2341 TCAGTCAACATTGATGCGGTTTTACCTACTCTGCAAGG-CATAGAGAACACAATCTCGTC 2399
||| ||||||||||||||||||| ||| ||||| |||| |||||||||||||||||| ||
Sbjct 3312 TCAATCAACATTGATGCGGTTTTGCCTTCTCTG-AAGGGCATAGAGAACACAATCTCATC 3370
Query 2400 GGCTGAAACTTGGCTTCAGAAATCTGAGCCTTTTCTATCAGCCACTTCCTCTATGGCATC 2459
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||
Sbjct 3371 GGCTGAAACTTGGCTTCAGAAATCTGAGCCTTTTTTATCAGCCATTTGCTCTATGGCATC 3430
Query 2460 ATCTCCATGTTCTATGCTTGAACTTCCTGTATTAAAGGATCTAGTTACTCAGGCTAAATT 2519
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||
Sbjct 3431 ATCTCCATGTTCTCTGCTTGAACTTCCTGTATTAAAGGACCTAGTTACTCAGTCTAAATC 3490
Query 2520 GCTCAATGTTCAGCTTCAAGAGCCACGAATTCTTGAAACATTGTTGCTTAACTGCGAGAG 2579
||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||
Sbjct 3491 GCTTAACGTTCAGCTTCAAGAGCCACGAATTCTTGAAACACTGTTGCTTAATTGCGAAAG 3550
Query 2580 GTGGCAGTGTGATAATCATCAGCTCTTGCAAGAAACTGAAGATTTGTTGGACAATGCGAA 2639
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 3551 GTGGCAGTGTGATAATCATCAGCTCTTGCAAGAAACTGAGGATTTGTTGGACAATGCGAA 3610
Query 2640 AATAGATGATGGCACGCATAGCAATATCCTTCCGAAGATAATGGATTTGATAACCAGAGT 2699
|||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 3611 AATAGATGATGGCATGCATAACAATATCCTTCCGAAGATTTTGGATTTGATAACCAGAGT 3670
Query 2700 GGACTCCGCTAGGAGATCTGGTCTGGCCCTTGGTCTCAATTTCGATGAACTTCCCAAACT 2759
|||||| ||||| | |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3671 GGACTCTGCTAGAAAATCTGGTCTGTCCCTTGGTCTCAATTTCGATGAACTTCCCAAACT 3730
Query 2760 TCGAACTGCAAGTCTAAAACTAGGATGGTGTTGTAAGACCATCACGTTAAGCTCTAGCTC 2819
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3731 TCAAACTGCAAGTCTAAAACTAGGATGGTGTTGTAAGACCATCACGTTAAGCTCTAGCTC 3790
Query 2820 ACCTACCTCTGAGTTGCTAGAAGATGTTGGAAAGCCCTCGTTACAGCATATTCAGCAGCA 2879
|||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 3791 ACCTTCCTCTGAGTTGCTAGAAGATGTAGGAAAGCCCTCGTTACAGCAAATTCAGCAGCA 3850
Query 2880 CTTAAAAGAGGGACAAACACTTGAAATATTACCTGAAGAGTATTACTTAGGCAAGAGACT 2939
| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3851 CATAAAAGAGGGACAAACACTGGAAATATTACCCGAAGAGTATTACTTAGGCAAGAGACT 3910
Query 2940 CATGGAGTTAAAAGACACTGGACTGGAGTGGGCAAAACGAGCTAGAAAGGTGGTAACAGA 2999
||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 3911 AATGGAGTTAGAAGGCACTGGACTGGAGTGGGCAAAACGAGCTAGAAAGGTGGTGACAGA 3970
Query 3000 CTCAGGTGCTCTTGCCTTGGAAGATGTTTTCGAGCTTATTTCTGAGGGTGAAAACTTACC 3059
||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3971 CTCGGGTGCTCTTGCCTTAGAAGATGTTTTTGAGCTTATTTCTGAGGGTGAAAACTTACC 4030
Query 3060 TGTTCATGCAGAGCAGGAACTTCAGTCTTTACGAGCTCGGAGTATGTTACACTGCATTTG 3119
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4031 TGTCCATGCAGAGCAGGAACTTCAGTCTTTACGAGCTCGGAGTATGTTACACTGCATTTG 4090
Query 3120 TCTAAAGCCATACAACTCAAGATCCATGGTTTCTTGTAGTCAATGTGGCGAATGGTATCA 3179
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4091 TCTAAAACCATACAACTCAAGATCCATGGTTTCTTGTAGTCAATGTGGCGAATGGTATCA 4150
Query 3180 CACCTATTGTTTAAAGCTTCATTGGCGGCCTAAGGCTTATGTCTGCTCCGCTTGCTGTCC 3239
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4151 CACCTATTGTTTAAAACTTCATTGGCGGCCTAAGGCTTATGTCTGCTCCGCTTGCTGTCC 4210
Query 3240 ACTGGCAGAAACCACTCCACAGATCGATCCCGCCAGAGCAACAGAGCCAGAGAGACCGTC 3299
|||||| ||| ||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||
Sbjct 4211 ACTGGCGGAATCCACTCCACTGATTGATCCCGCCAGAGCAAAAGAGCCAGAGACACCGTC 4270
Query 3300 TCTGAACCAAAGACGGACAAGAATGGTCGCGACTGATGCAGCAGTTAATGACTTAAAGTG 3359
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||||| |||
Sbjct 4271 TCTGAACCAAAGACGGACAAGAATGGTTGCGACTGATGCAGCGGTTGATGACTTACGGTG 4330
Query 3360 GAAAACCCGAAAACACATCAAACGGACAACTAAACGGAGTCCTCAGGTTCATATTCTTCC 3419
|||||||||||||||||||||||| | |||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 4331 GAAAACCCGAAAACACATCAAACGAATAACTAAACGGTGTCCTCAGGTTCATATTCTTCC 4390
Query 3420 CTGGTTTTTCACTTAAAAACCAACATAATAATCTCTT 3456
||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||
Sbjct 4391 CTGGTTTTTCACTTAAAAACCAAGACAATAAACTCTT 4427
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 140432444370
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5