BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G63640.1
Length=3673
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg474991 jgi|Araly1|474991|fgenesh2_kg.2__121__AT1G63640.1 5417 0.0
Ahg330390 jgi|Araly1|330390|fgenesh1_pm.C_scaffold_7002617 580 2e-164
> Ahg474991 jgi|Araly1|474991|fgenesh2_kg.2__121__AT1G63640.1
Length=3749
Score = 5417 bits (2933), Expect = 0.0
Identities = 3240/3386 (96%), Gaps = 29/3386 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 265 AAATGAGCAGTCATCTGTCACAGGACGCCAATATGAATGGTGTCTATGTTCGATCAGATG 324
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 387 AAATGAGCAGTCATCTGGGACAGGACGCCAATATGAATGGGGTCTATGTTCGATCAGATG 446
Query 325 TGTCTAGCATGCTGAGTTTTGACGGATCAGAAAGTCGCGAAAGTATGGATGACAGTAAGA 384
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| |||||||
Sbjct 447 TGTCTAGCATGCTGAGTTTTGACGGATCAGATAGTCGTGAAAG---CGATGATAGTAAGA 503
Query 385 AAGGTCATCAGAGTTTGGTTGAGTGGTTAAATGAGACACTTCCTTATCTGAAGTTACCAT 444
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 504 AAGGTCATCAGAGTTTGGTGGAGTGGTTAAATGAGACACTTCCTTATCTGAAGTTACCAT 563
Query 445 GGGAAGCTTCAGAGGACGAACTGAGAGCATGCTTGAGGGATGGAACTGTCTTGTGTAGCC 504
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 564 GGGAAGCTTCAGAGGACGAACTGAGAGCATGCTTGAGGGATGGAACGGTCTTGTGTAGCC 623
Query 505 TTTTAAATCAGCTTAGTCCTGGGTCAATGAGAATGGGAGGCAGCTTTGAGCCTGCCAGTG 564
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 624 TTTTAAATCAGCTTAGTCCTGGGTCAATGAGAATGGGAGGCAGCTTTGAGCCTGCTAGTG 683
Query 565 TAAAAATTGAGCGGTTTCTGACTGCTATGGATGAAATGGCCCTGCCTAGGTTCGAAGTTT 624
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 684 TAAAAATTGAGCGGTTTCTGACTGCTATGGATGAAATGGCCCTGCCTAGGTTCGAAGTTT 743
Query 625 CAGATATAGAACAGGGGGATATGGTGCCAGTTTTACAGTCCCTGAAGGCGCTTAAAGCCA 684
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
Sbjct 744 CAGACATAGAACAGGGGGATATGGTGCCAGTTTTACAGTCCCTTAAGGCGCTTAAAGCAA 803
Query 685 GTTTTTCCGATGGTAGTTATGATAAGAACTCACTAGCTGCGAGGAGGAGATGGAGCTTGC 744
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |
Sbjct 804 GTTTTTCCGATGGTAGTTATGATAAGAACTCACTAGCTGCGAGGAGGAGATGGAGTTTAC 863
Query 745 CAGAGGACCACTCAGATTCAAGAGGAGATGACCGCAACTTTACTGATGGATTCCAGTCGA 804
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 864 CAGAGGACCACTCAGATTCAAGAGGAGATGACCGCAACTTTACGGATGGATTCCAGTCGA 923
Query 805 AGGAAGGATCTGAGATTGATATGTCTGATGCTAAAATTTCGGATTTACTTAAATCCAACA 864
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 924 AGGAAGGATCTGAGATTGATATATCTGATGCTAAAATTTCGGATTTACTTAAATCAAACA 983
Query 865 GTTTACGAAATGCTCCTACTAGGTCACTGTTTGACATGCTGGATAAGCTTCTAGATGAGA 924
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 984 GTTTACGAAATGCTCCTACTAGGTCACTGTTTGACATGCTGGATAAACTTCTAGATGAGA 1043
Query 925 GCATGACGAAGATGAATGGACATGTGTCTCATGCTATGGCATCTCTCTTGAGCGCACTTG 984
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1044 GTATGACGAAGATGAATGGACATGTGTCTCATGCTATGGCATCTCTCTTTAGCGCACTTG 1103
Query 985 TGCAAGTGATTGAACAAAGAATCTCAAATCAAGCTGATAACCTAAAGAATCAAAATATAC 1044
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1104 TGCAAGTGATTGAACAGAGAATCTCAAATCAAGCTGATAACCTAAAGAATCAAAATATAC 1163
Query 1045 TCTTTAGGGTACGTGAAGAAAAATACAGGTCAAGAATAAAGGTCTTAGAATCCTTGGCAG 1104
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1164 TCTTTCGGGTACGTGAAGAAAAATACAGGTCAAGAATAAAGGTCTTAGAAACCTTGGCAG 1223
Query 1105 CTGGGACAACAAAGGAAAACGAGATCGTTACGAACTGTATGGAGCATATAAAGCTTgaga 1164
||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1224 CTGGGACAACACAGGAAAACGAGATTGTTACGAACTGTATGGAGCATATAAAGCTTGAGA 1283
Query 1165 aaaccagaatagaagagaaagaacgatcagaagaaaaagatgttgtgagactgagaaagg 1224
||| |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1284 AAAACAGAATAGAAGAGAGAGAAAGATCAGAAGAAAAAGATGTGGTGAGACTGAGAAAGG 1343
Query 1225 aaaaagagCGCAGTGATGCTGAGATTCGCCAGCTGAAGCAGGAACTCAAATTGGTGAAAG 1284
||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1344 AAAAAGAGCGCAGCGATGCTGAGATTCGCAAGCTGAAGCAGGAACTCAAAGTGGTGAAAG 1403
Query 1285 AGACACATGAAAACCAATGCTTGGAATTAGAAGCAAAAGCACAAAAAACTAGAGATGAGT 1344
| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1404 AAACACATGAAAACCAATGCTTGGATTTAGAAGCAAAAGCACAAAAAACTAGAGACGAGT 1463
Query 1345 TGGAGAAGAAGTTAAAAGATGCGGAGTTACATGTTGTAGATTCAAGTAGGAAGGTGAAAG 1404
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1464 TGGAGAAGAAGTTAAAAGATGCAGAGTTACATGTTGTAGATTCAAGTAGGAAGGTGAAAG 1523
Query 1405 AACTTGAGAAGTTGTGCCAATCTAAATCTCAAAGATGGGAGAAAAAAGAGTGCATCTACC 1464
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1524 AGCTTGAGAAGTTGTGCCAATCTAAATCTCAAAGATGGGAGAAAAAAGAGTGCATCTACC 1583
Query 1465 AGAACTTCATAGACAACCATTCTGGAGCCTTGCAGGAGTTGAGTGCTACTTCGTTGTCTA 1524
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1584 AGAACTTCATAGACAACCATTCTGGAGCCTTGCAGGAGTTGAATGCTACTTCGTTGTCTA 1643
Query 1525 TAAAACATGAAGTCGTAAGGACACAGAGGAAATACTTTGAGGATTTAAATTACTACGGTT 1584
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1644 TAAAACATGAAGTCTTAAGGACACAGAGGAAATACTTTGAGGATCTAAATTACTACGGTT 1703
Query 1585 TGAAGCTCAAAGGAGTGGCTGATGCAGCAAAAAATTACCATGTTGTCCTTGAAGAAAATC 1644
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||
Sbjct 1704 TGAAGCTCAAAGGAGTGGCTGATGCAGCGAAAAATTACCATGTGGTCCTTGAGGAAAATC 1763
Query 1645 GAAGACTGTACAATGAAGTGCAAGAATTGAAAGGAAATATCAGAGTCTATTGCCGGATTA 1704
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1764 GAAGACTGTACAATGAAGTGCAAGAATTGAAAGGAAATATCAGAGTATATTGCCGGATTA 1823
Query 1705 GACCATTTCTTCCAGGGCAAAACAGTAGACAAACAACTATAGAATACATTGGTGAGA-CT 1763
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1824 GACCATTCCTTCCAGGGCAAAACAGTAGACAAACAACTATAGAATACATTGGTGAGAAC- 1882
Query 1764 GGTGAATTGGTGGTTGCGAATCCCTTTAAGCAAGGGAAAGATACGCATCGGTTATTTAAG 1823
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1883 GGTGAATTGGTGGTTGCGAATCCCTTTAAGCAAGGGAAAGATACGCATCGGTTATTTAAA 1942
Query 1824 TTCAACAAAGTTTTCGATCAAGCAGCAACACAAGAGGAGGTTTTCTTAGATACTCGACCA 1883
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1943 TTCAACAAAGTTTTCGATCAAGCAGCAACGCAAGAGGAGGTTTTCCTAGATACTCGACCG 2002
Query 1884 TTAATTCGATCCATTCTTGATGGCTATAATGTTTGTATATTTGCCTATGGTCAGACTGGT 1943
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2003 TTAATTCGATCCATTCTTGATGGCTATAATGTTTGTATATTTGCCTATGGTCAGACTGGT 2062
Query 1944 TCTGGAAAAACTTATACAATGAGTGGGCCAAGCATCACTTCAAAAGAAGACTGGGGTGTC 2003
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2063 TCTGGAAAAACTTATACAATGAGTGGGCCAAGCATTACTTCAAAAGAAGACTGGGGTGTC 2122
Query 2004 AATTATAGAGCTTTGAATGACTTGTTTCTCTTAACTCAGAGTAGACAAAACACTGTCATG 2063
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2123 AATTATAGAGCTTTGAATGACTTGTTTCTCTTAACTCAGAGTAGACAAAACTCTGTCATG 2182
Query 2064 TATGAAGTTGGTGTTCAAATGGTGGAGATATATAATGAGCAAGTTCGTGATATACTTTCT 2123
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2183 TATGAAGTTGGTGTTCAAATGGTGGAGATATATAATGAGCAAGTTCGTGATATACTTTCT 2242
Query 2124 GATGGTGGTTCCAGTCGAAGATTAGGGATTTGGAACACCGCCTTACCAAATGGGCTAGCA 2183
|||||||| | | || | ||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2243 GATGGTGG-----G---A---TT-----T--GGAACACCGCCTTGCCAAATGGGCTAGCA 2284
Query 2184 GTCCCTGATGCAAGCATGCATTGTGTGAGATCAACAGAAGATGTTCTTGAACTGATGAAT 2243
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2285 GTCCCTGATGCAAGCATGCATTGTGTGAGATCAACAGAAGATGTTCTTGAACTGATGAAT 2344
Query 2244 ATTGGACTAATGAACAGAACCGTGGGTGCTACAGCTCTCAATGAAAGGAGCAGTAGATCA 2303
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2345 ATTGGACTAATGAACAGAACCGTGGGTGCTACAGCTCTCAATGAAAGGAGCAGTAGATCA 2404
Query 2304 CACTGTGTTCTTTCTGTCCATGTACGAGGTGTCGACGTGGAAACCGATTCAATTTTGCGG 2363
|||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2405 CACTGTGTTCTTTCTGTCCATGTACGTGGTGTTGACGTGGAAACCGATTCAATTTTGCGG 2464
Query 2364 GGCAGTTTGCATTTAGTTGACCTTGCTGGAAGTGAGAGGGTTGATCGCTCTGAGGCAACC 2423
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2465 GGCAGTTTGCATTTAGTTGACCTTGCAGGAAGTGAGAGGGTTGATCGCTCTGAGGCAACC 2524
Query 2424 GGAGAGAGGCTCAAGGAAGCTCAGCATATCAACAAATCATTGTCAGCACTTGGGGATGTC 2483
|||||||| || ||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| ||||| || |||
Sbjct 2525 GGAGAGAGACTTAAGGAAGCTCAACATATAAACAAATCATTATCAGCCCTTGGCGACGTC 2584
Query 2484 ATATTTGCTTTAGCGCACAAGAACCCTCATGTTCCTTACAGAAACAGCAAATTGACTCAA 2543
|| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2585 ATCTTTGCTTTAGCGCACAAGAACCCTCATGTTCCGTACAGGAACAGCAAATTGACTCAA 2644
Query 2544 GTCCTTCAAAGTTCTTTGGGTGGACAGGCTAAAACTCTTATGTTTGTCCAAGTCAATCCT 2603
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2645 GTCCTTCAAAGTTCTTTGGGTGGACAGGCTAAAACTCTTATGTTTGTCCAAGTCAATCCT 2704
Query 2604 GATGGCGATTCTTATGCTGAGACAGTAAGCACTTTGAAATTCGCCGAAAGGGTTTCTGGT 2663
||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2705 GATGGAGATTCTTATGCTGAGACCGTAAGCACTTTGAAATTCGCTGAAAGGGTTTCTGGT 2764
Query 2664 GTGGAGTTAGGTGCTGCCAAAAGTAGTAAAGAGGGTCGAGATGTAAGACAACTCATGGAA 2723
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2765 GTGGAGTTAGGTGCTGCCAAAAGTAATAAAGAGGGTCGAGATGTCAGACAACTCATGGAA 2824
Query 2724 CAGGTATCGAACTTGAAGGATGTAATTGCTAAGAAAGATGAAGAGCTACAAAATTTTCAG 2783
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||
Sbjct 2825 CAGGTATCGAACTTGAAGGATGTAATTGCTAAGAAAGATGAAGAGCTTCAAAATTTCCAG 2884
Query 2784 AAGGTAAAAGGTAATAATGCAACATCCCTGAAACGTGGATTAAGCAATTTAAGGTTGGTG 2843
||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2885 AAGCTAAAAGGTAATAATGCAACATCTCTGAAACGTGGACTAAGCAATTTAAGGTTGGTA 2944
Query 2844 GGGCCTACATCACCTAGAAGACATTCTATTGGAGCGTCACCAAACGCTCGACGAGGAAAG 2903
|||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||
Sbjct 2945 GGGCCTTCATCACCTAGAAGACATTCTATTGGAGCTTCACCTAATGCTCGACGAGGAAAG 3004
Query 2904 GCCTCTGGTTTATTTGGAAGAGGAACCTCAGATGTTGACAACTGCTCTGAATATAGCAGC 2963
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 3005 GCCTCTGGTTTATTTGGAAGAGGAACCTCAGATGTTGACAACTGCTCCGAATATAGCAGC 3064
Query 2964 AAGCATTCGGATTCTGGTTCACAACAATCATCAGACGAACGTAAACATCAAAAAGATTAT 3023
|| ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||| |
Sbjct 3065 AAACATTCTGATTCTGGTTCACAACAATCATGTGACGAACGTAAACATCGAAAGGATTTT 3124
Query 3024 CACCAACCATCTAAATTTGCTGGTGCGGCGAAAGGAATCGATTTTGATGATGAAGATGTT 3083
|||||||||||||| |||||||| | |||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 3125 CACCAACCATCTAAGTTTGCTGGAGGGGCGAAAGGAATTGATTTTGATGATGAAGATGTT 3184
Query 3084 GAACTCGTAGGTCTTGCAGATGCAGATTCTGAGGACAGATTGAGTGATATCTCTGATAGT 3143
||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3185 GAACTCGTAGGCCTTGCAGATGCAGATTCTGAGGAAAGATTGAGTGATATCTCTGATAGT 3244
Query 3144 TGTCTTTCAATGGGAACAGAAACTGATGGATCCATAAGCAGTGCAGTAGAGTTGACTCTA 3203
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 3245 TGTCTTTCAATGGGAACAGAAACTGATGGATCCATAAGCAGTGCAGTGGAGTTGACTCTA 3304
Query 3204 TTCCCTGAAACTGCTAAGCCTCTTGAACTAATAGAACGACCTGAAGCACGCATGACTTCT 3263
||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||| |||
Sbjct 3305 TTCCCTGAAACTGCTAAGCCTCTTGAAATAACAGAACGACCTGAAGCACACATGACCTCT 3364
Query 3264 GAGAAACTCGAGAAATCAGTGAAAATGGGGAAAACCGAGCCAAAAGACAG-A-A-CTAAT 3320
||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | | |||||
Sbjct 3365 GAGAAACCCGAGAAATCAGTGAAAATGGGGAAAACTGAGCCAAAAGACAGCAGAACTAAT 3424
Query 3321 ATTCCATCGAAGATTCCAAAGCAGACCTTGAAACCACCAGGCCAAACCAGACCGTCTCGT 3380
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3425 ATTCCATCGAAGATTCCAAAGCAGACCTTAAAACCACCAGGCCAAACCAGACCGTCTCGT 3484
Query 3381 CTGTCAATTGCCACTAGCTCCTCCTCTAAGGCTTTAACAGGTGCTAAAAGGCCAACAATT 3440
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 3485 CTGTCAATTGCCACTAGCTCCTCCTCTAAGGCTTTAACAGGTGCTAAAAGACCAACAATT 3544
Query 3441 AGCACTTCATCTTCAGCGAAACCACTCAATAGAAGGCGGTGAAGACACAAGATTCATCTC 3500
|||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 3545 AGCACTTCATCTTCAGCGAAACCACTTAACAGAAGGCGGTGAAGACACAAGATTTATCTT 3604
Query 3501 GAGGGCTGGAAGAAGAAGATTTGTGATGGATTTGATCTGATGTTGTTTGGTAGCTAATTG 3560
|||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 3605 GAGGGCTGGAAGAAGAAGCTTTGTTATGGATTTGATCTGATGGTGTTTGGTAGCTAATTG 3664
Query 3561 TGTAACTAAGCATATGATGTCCTT-TTGTTCTTCTTTC-TTAACATAATTCAAACAAACA 3618
||||||||||||||||||||| || |||||||| ||| ||||| ||| ||||||||| |
Sbjct 3665 TGTAACTAAGCATATGATGTC-TTATTGTTCTTTTTTTGTTAACCTAAATCAAACAAATA 3723
Query 3619 CCTTAACTAAGTTTTCATATGTCTTA 3644
||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3724 CCTTAACTAAGTTTTCATATGTCTTA 3749
Score = 488 bits (264), Expect = 1e-136
Identities = 354/395 (90%), Gaps = 16/395 (4%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 AAAAAAGGAGGAACAGTGAGCAAAATCGTGCGACTGGGAAAAATTTCGAAttttt-ttCT 59
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1 AAAAAAGGAGGAACAGTGAGCAAAATCGTGCGACTGGGAAAAATTTCGAATTTTTCTTCT 60
Query 60 CTTCCGGCGAGGGATTCAAACTTCCGCCTCCAATTTCTCGCCGTGAATCTGAGttttttt 119
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 61 CTTCCGGCGAGGGATTCAAACTTCCGCCTCCAATTTCTCGCCGTGAATCTGAGTTTTCTT 120
Query 120 tttCCGTAGCATTTCAATAGGAGCAGTCTTCATTCTCCGTCGTCTACACTATAGAGAGGT 179
| || | ||||||||| | ||||| |||||||||| | ||| ||| | |||||||
Sbjct 121 ---C-GTGGAATTTCAATAAAACCAGTCGTCATTCTCCGGCTTCTTGACTCTCGAGAGGT 176
Query 180 TTATCTACAAGCTTCTTCTTCTCCTTATGGC--G-TTT--T---AGGGTCTTCTCGCTAC 231
||||||||||||||||||| ||| |||||| | ||| | ||||||||||| ||||
Sbjct 177 TTATCTACAAGCTTCTTCTCCTCATTATGGGTTGATTTGGTTTTAGGGTCTTCTCACTAC 236
Query 232 TATAATTCTGGGAGTCGCGTAATCTCTGAGTTGAAATGAGCAGTCATCTGTCACAGGACG 291
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||
Sbjct 237 TATAATTCTGGGAGTCGCGTAATCTCTGAGTTGAAATGAGCAGTCATCTGGGACAGAACG 296
Query 292 CCAATATGAATGGTGTCTATGTTCGATCAGATGTGTCTAGCATGCTGAGTTTTGACGGAT 351
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 297 CCAATATGAATGGGGTCTATGTTCGATCAGATGTGTCTAGCATGCTGAGTTTTGACGGAT 356
Query 352 CAGAAAGTCGCGAAAGTATGGATGACAGTAAGAAA 386
|||| ||||| ||||| | |||| |||||||||
Sbjct 357 CAGATAGTCGTGAAAGC--G-ATGATAGTAAGAAA 388
> Ahg330390 jgi|Araly1|330390|fgenesh1_pm.C_scaffold_7002617
Length=2982
Score = 580 bits (314), Expect = 2e-164
Identities = 511/608 (84%), Gaps = 6/608 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 2187 CCTGATGCAAGCATGCATTGTGTGAGATCAACAGAAGATGTTCTTGAACTGATGAATATT 2246
||||||||||||||||||| ||| | |||||| ||||||||||| ||| |||||||||||
Sbjct 1735 CCTGATGCAAGCATGCATTCTGTAAAATCAACTGAAGATGTTCTCGAATTGATGAATATT 1794
Query 2247 GGACTAATGAACAGAACCGTGGGTGCTACAGCTCTCAATGAAAGGAGCAGTAGATCACAC 2306
|| | ||||| ||||| || ||||| ||| | || ||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1795 GGGTTGATGAATAGAACTGTTGGTGCCACAACCCTTAATGAAAAGAGCAGTAGATCACAC 1854
Query 2307 TGTGTTCTTTCTGTCCATGTACGAGGTGTCGACGTGGAAACCGATTCAATTTTGCGGGGC 2366
||||||||||||| |||||||| ||||| || || ||||||| || | ||||| ||
Sbjct 1855 AGTGTTCTTTCTGTTCATGTACGCGGTGTTGATGTCAAAACCGAATCCGTCTTGCGTGGT 1914
Query 2367 AGTTTGCATTTAGTTGACCTTGCTGGAAGTGAGAGGGTTGATCGCTCTGAGGCAACCGGA 2426
||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||| | |||||||
Sbjct 1915 AGTTTGCATTTGGTTGATCTTGCTGGAAGTGAGAGAGTTGGTCGCTCTGAAGTAACCGGA 1974
Query 2427 GAGAGGCTCAAGGAAGCTCAGCATATCAACAAATCATTGTCAGCACTTGGGGATGTCATA 2486
||||| ||||| |||||||| |||| || ||||||||||| || || || ||||| |||
Sbjct 1975 GAGAGACTCAAAGAAGCTCAATATATAAAAAAATCATTGTCTGCTCTCGGAGATGTTATA 2034
Query 2487 TTTGCTTTAGCGCACAAGAACCCTCATGTTCCTTACAGAAACAGCAAATTGACTCAAGTC 2546
|| ||| | || || ||||| |||||||| || || ||||||||||| | || ||||||
Sbjct 2035 TTCGCTCTCGCACATAAGAATCCTCATGTACCGTATAGAAACAGCAAGCTAACACAAGTC 2094
Query 2547 CTTCA-AAGTTCTTTGGGTGGACAGGCTAAAACTCTTATGTTTGTCCAAGTCAATCCTGA 2605
|| || || |||||| || ||||| || ||||||||||||||||| ||| | ||||||||
Sbjct 2095 CTCCAGAA-TTCTTTAGGAGGACAAGCAAAAACTCTTATGTTTGTTCAAATTAATCCTGA 2153
Query 2606 TGGCGATTCTTATGCTGAGACAGTAAGCACTTTGAAATTCGCCGAAAGGGTTTCTGGTGT 2665
|| ||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| || ||||| |||||||||||
Sbjct 2154 TGAAGATTCATATGCTGAGACTGTAAGTACTTTGAAATTAGCGGAAAGAGTTTCTGGTGT 2213
Query 2666 GGAGTTAGGTGCTGCCAAAAG-TAGTAAAGAGGGTCGAGATGTAAGACAACTCATGGAAC 2724
||||||||||| || | ||| || ||| || || |||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2214 CGAGTTAGGTGCAGCTAGAAGCTA-TAAGGAAGGACGAGATGTTAGACAACTCATGGAAC 2272
Query 2725 AGGTATCGAACTTGA-AGGATGTAATTGCTAAGAAAGATGAAGAGCTACAAAATTTTCAG 2783
||||||||||||||| || || | ||||| |||||||||||||| || ||||| ||||||
Sbjct 2273 AGGTATCGAACTTGAGAG-ATATGATTGCCAAGAAAGATGAAGAACTTCAAAAGTTTCAG 2331
Query 2784 AAGGTAAA 2791
|| |||||
Sbjct 2332 AACGTAAA 2339
Score = 150 bits (81), Expect = 6e-35
Identities = 165/204 (81%), Gaps = 12/204 (6%)
Strand=Plus/Plus
Query 3033 TCTAAATTTGCTGGTGCGGCGAAAG-GAATCGATTTTGATGATGAAGATGTTGAACTCGT 3091
||||| ||| |||||| ||| |||| ||| || | | || ||| ||| ||||||| |
Sbjct 2515 TCTAAGTTTTCTGGTGGGGCTAAAGACAAT-GA-TAT-AT-TTGAGGATATTGAACTTTT 2570
Query 3092 AGGTCTTGCAGATGCAGATTCTGAGGACAGATTGAGTGATATCTCTGATAGTTGTCTTTC 3151
||| |||| |||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2571 AGGCCTTGAAGATTCAGATAATGAGGAAAGATTGAGTGATATCTCTGATAGTTGTCTTTC 2630
Query 3152 AATGGGAACAGAAACTGATGGATCCAT-A--AGCAGTGC-AGTAGAGTTGACTCTATTCC 3207
||||||||||||||||||||| || || | ||| |||| | | | |||||| || ||||
Sbjct 2631 AATGGGAACAGAAACTGATGGCTCGATTAGTAGCGGTGCGA-TGGGGTTGACACTCTTCC 2689
Query 3208 CTGAAAC-TGCTAAGCCTCTTGAA 3230
||||||| | | || |||| ||||
Sbjct 2690 CTGAAACCT-CAAATCCTCCTGAA 2712
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 138757911158
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5