BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G63680.1
Length=2721
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg315054 jgi|Araly1|315054|fgenesh1_pm.C_scaffold_2000087 3869 0.0
> Ahg315054 jgi|Araly1|315054|fgenesh1_pm.C_scaffold_2000087
Length=2304
Score = 3869 bits (2095), Expect = 0.0
Identities = 2234/2303 (97%), Gaps = 2/2303 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 25 atggcgttcacctttctctctcctcacccagtctttctctctctAACTGGAACAACCTCT 84
||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1 ATGGCGTTCACTTTTCTCTCTCCTAACCCAGTCTTTCTCTCTCTAACTGGAACCACCTCT 60
Query 85 TCCTTCTCCTACAAACCAGTTCTCTTACCATTCTCTCGAAATTCCCGTACTCTCACGGTT 144
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 61 TCCTTCTCCTACAAACCTGTTCTCTTACCATTCTCTCGAAATTCCCGTAATCTCACGGTT 120
Query 145 GCGGCGGGACCTGCTCGCCGGAATTCGTACCCGAACCCTGCTGATGACGATCCACCTGAA 204
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 121 GCGGCGGGACCTGCTCGCCGGAATTCGTACCCGAACCCTGCAGATGACGATCCACCTGAA 180
Query 205 GCACCGGAGGATTCAATGCACGGAGTTTCGAAGTTTCAGCAGATCCAGCGTCAAGCTGCT 264
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 181 GCACCGGAGGATTCAATGCACGGAGTATCGAAGTTTCAGCAGATACAGCGTCAAGCTGCT 240
Query 265 CGTGCACGGAAGCTAGAGGAAGAAGATTTCGAGAAGAATCGGAACACTTATCTCTCCGCT 324
||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 241 CGTGCACGGAAACTAGAGGAAGAAGATTTCGAAAAGAATCGGAACACTTACCTCTCCGCT 300
Query 325 ATCGCCGATGTGGAAGACGCGGCGGAGACGGGACGAGATGACGAAGAATCTGGTGGAGAC 384
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||
Sbjct 301 ATCGCCGATGTGGAAGACGCGGCGGAGACGGGACGAGATGATGAAGAATCTGGTGGCGAT 360
Query 385 TTGTTCTCTGATATCGATAGAGCAATCTCCATGAAACGTAGTGAGTTTGTTAAGCAAGGA 444
||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 TTGTTTTCAGATATCGATAGAGCAATCTCCATGAAACGTAGTGAGTTTGTTAAGCAAGGA 420
Query 445 TTGCTCAAACCTAATCCTCCCAAAACGGCATCGCTTAAGAAGATTGGGGAGGAGGGAAAT 504
|||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||||| ||
Sbjct 421 TTGCTCAAACCTAATCCTCCGAAAACGGCGTCGCTTAAGAAGATTGAGGAGGAGGGAGAT 480
Query 505 GAGGAAGAAGGTGATGTTACTGACGATGTTGATGAGCTTGATGAAGAAGAAGTTGTTGAT 564
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 GAGGAAGAAGGTGATGTTACTGACGTTGTTGATGAGCTTGATGAAGAAGAAGTTGTTGAT 540
Query 565 TTGGATGAAATTGATAAATTAACTGGATTAACAGAGATTTCTGATGAAGAAGATTGGGTT 624
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 TTGGATGAAATTGATAAATTAACTGGATTAACCGAGATTTCTGATGAAGAAGATTGGGTT 600
Query 625 GATGAGGAAGGTAACACTAGGATCAACAAGAAGAAGGAGTTTGGGTCTGATCATCAATTT 684
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 601 GATGAGGAAGGTGACACTAGGATCAACAAGAAGAAGGAGATTGGGTCTGATCATCAATTT 660
Query 685 GAATTCGATTTGGATGATTTTGGTGAATCTAAAGCGAGAATCGTGGAACCTAAGTTCAAA 744
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||
Sbjct 661 GAATTCGATTTGGATGATTTTGGTGAATCTAAAGTGAGAATTGTGGAACCTAAATTCAAA 720
Query 745 ATGTGCTTAGCTGAGCTTTTAGATGAGAGTAAAGTGGTACCAATCTCAGTTTACGGCGAT 804
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 ATGAGCTTAGCTGAGCTTTTAGATGAGAGTAAAGTGGTACCAATCTCAGTTTACGGCGAT 780
Query 805 TTAGATGTCGAAATCACCGGGATTCAACATGATTCGCGCGGTGTGAGCGCCGGAGATCTC 864
|||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 781 TTAGATGTCGAAATCACCGGGATTCAGCACGATTCGCGCGGTGTGAGTGCCGGAGATCTC 840
Query 865 TTCGTGTGTTGTTTAGGAAGTGAAAATTTCTTGAGTGAAGCAGATAAGAGAGGAGCAGTG 924
||||| |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 841 TTCGTTTGTTGTGTAGGAAGTGAAAGTTTCTTGAGTGAAGCAGATAAGAGAGGAGCAGTG 900
Query 925 GCGGTTGTAGCTAGCAAAGAGATTGATATTGAAGATACTTTAGGTTGCAGAGCACTTGTC 984
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 901 GCGGTTGTAGCTAGCAAAGAGATTGATATTGAAGATACTTTAGGTTGCAAAGCACTTGTC 960
Query 985 ATTGTTGAAGATACGAATGCAGTTTTAGCAGCTTTAGCTTCTTCCTTTTATAGGCATCCC 1044
||||||||||| || ||||| |||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||
Sbjct 961 ATTGTTGAAGACACTAATGCGGTTTTAGCAGCTTTGGCCTCTTCGTTTTATAGGCATCCG 1020
Query 1045 TCGAAGAACATGTCGGTGATTGGAGTTACTGGTACGGATGGGAAAACGACTACTACGTAT 1104
|||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1021 TCGAAGAACATGTCCGTGATCGGAGTTACTGGTACGGATGGGAAAACGACTACTACATAT 1080
Query 1105 TTGATTAAGAGCCTCTATGAAGCGATGGGTGTGAGAACAGGAATGTTTAGCACAGTTTCT 1164
||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1081 TTGATTAAGAGCCTCTATGAAGCGATGGGCGTGCGAACAGGAATGTTTAGCACAGTTTCT 1140
Query 1165 TGTTATATTCATGGCGATAACAAATTGGATACGCCTAATGCTACGATGAATCCTGATGCT 1224
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1141 TGTTATATTCATGGCGATAACAAATTGGATACGCCTAATGCTACGACGAATCCTGATGCT 1200
Query 1225 GTTTTGGTTCAGAGTTTGATGGCTAAGATGTTGCATAATGGAACTGAATCTTTGGTTATG 1284
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1201 GTTTTGGTTCAGAGTTTGATGGCTAAGATGTTGCATAATGGAACTGAAGCTTTGGTTATG 1260
Query 1285 GAAGCTTCTCCTCAAGAACTTGCTTTAGGGAAATGTGATGAAGTGGATTTCGACATTGCG 1344
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1261 GAAGCTTCTCCTCAAGAACTTGCTTTAGGGAAATGTGATGAAGTGGATTTCGACATTGCA 1320
Query 1345 GTTTTCACAAATTTGACTAGAGAAAATACGGATTTTCGTGGTACTGATGAAGAGTATAGA 1404
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1321 GTTTTCACAAATTTGACTAGAGAAAATACGGATTTTCGTGGTACCGATGAAGAGTATAGA 1380
Query 1405 GATGCTGAAGCCAAGTTGTTTTCAAGAATGGTTGATCCGGAAAGGCATAGGAAAGTGGTT 1464
||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1381 GATGCGGAAGCCAAGTTGTTTGCAAGAATGGTTGATCCGGAAAGGCATAGGAAAGTGGTT 1440
Query 1465 AACATAGATGATCCAAACGCAGCATTCTTTGTCCAGCAAGGGAATCCTAATGTTCCTGTT 1524
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||
Sbjct 1441 AACATAGATGATCCAAACGCAGCATTCTTCGTCCAGCAAGGAAATCCTTATGTTCCTGTT 1500
Query 1525 GTGACATTTGCCATGGAAAACACCAAAGCCGATGTTCACCCGTTAAAGTTTGAGCTTTCC 1584
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1501 GTGACATTTGCCATGGAAAACACTAAAGCCGATGTTCACCCATTAAAGTTTGAGCTTTCC 1560
Query 1585 TTGTTTGAGACACAGGTTTTGGTTAATACCCCTCAAGGTATACTGGAGATCTCTTCGGGT 1644
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1561 TTGTTTGAGACACAGGTTTTGGTTAATACCCCTCAAGGTATACTGGAGATCTCTTCAGGT 1620
Query 1645 TTGTTAGGACGGCATAACATTTATAATATTCTTGCTGCTGTGGCTGTTGGGATTGCTGTT 1704
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1621 TTGTTAGGACGGCATAACATTTATAATATTCTTGCTGCTGTGGCTGTTGGGATTGCTGTT 1680
Query 1705 GGAGCTCCTCTTGAGGATATTGTTAGAGGTGTTGAGGAAGTCGATGCAGTCCCAGGAAGG 1764
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||
Sbjct 1681 GGAGCTCCTCTTGAGGATATTGTTAGAGGTGTTGAGGAAGTCGATGCTGTCCCGGGAAGG 1740
Query 1765 TGTGAGTTGATTGATGAGGAACAAGCTTTTGGTGTTATTGTGGATCATGCAAACACACCT 1824
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1741 TGTGAGTTGATTGATGAGGAACAAGCTTTTGGTGTTATTGTGGATCATGCAAACACACCT 1800
Query 1825 GATGGCTTGTCAAGGCTGCTAGATTCAATTCGAGAGCTTAAACCGAGAAGAATCATTACC 1884
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1801 GATGGCTTGTCAAGGCTGCTAGATTCAATTCGAGAGCTTAAACCGAGAAGAATCATTACC 1860
Query 1885 GTTATTGGTTGTGAGGGTGAGAATGAAAGAGGGAAAAGACCGCTTATGACGAAAATTGCT 1944
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1861 GTTATTGGTTGTGAGGGTGAGAATGAAAGAGGGAAAAGACCGCTTATGACGAAAATTGCT 1920
Query 1945 ACTGAAAAGAGCGATGTGACGATGTTGACATCTGATAATCCGAGGAATGAAGATCCATTG 2004
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1921 ACTGAAAAGAGCGATGTGACGATGTTGACATCTGATAATCCGAGGAATGAAGATCCATTG 1980
Query 2005 GACATCTTGGATGACATGTTGTCTGGGATTGGATGGACGATGCAAGAGTATTTGAAACAT 2064
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1981 GACATCTTGGATGACATGTTGGCTGGGATTGGATGGACGATGCAAGAGTATTTGAAACAT 2040
Query 2065 GGCGAACACGATTACTATCCGCCTTTGGCAAATGGTCATAGACTCTTCCTTCACGATATT 2124
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2041 GGCGAACACGATTACTATCCGCCTTTGGCAAATGGTCATAGACTCTTCCTTCACGATATT 2100
Query 2125 AGACGTGTAGCTGTACGTTGTGCTGTTGCTATGGGTGAAGAAGGTGATATGGTTGTTGTA 2184
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2101 AGACGTGTAGCTGTGCGTTGTGCTGTTGCTATGGGTGAAGAAGGTGACATGGTTGTTGTA 2160
Query 2185 GCTGGGAAAGGGCATGAAGCGTATCAGCTTGAAGGTGAAAAGAAAGAGTT-TTATGATGA 2243
||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||
Sbjct 2161 GCTGGAAAAGGCCATGAAGCGTATCAGCTTGAAGGTGAAAAGAAAGAGTTCTT-TGATGA 2219
Query 2244 CAGAGAGGAATGTCGGGAAGCATTACAATACGTTGATGAGCTTCACCAAGCTGGAATAGA 2303
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2220 CAGAGAGGAATGCCGGGAAGCATTACAATACGTTGATGAGCTTCACCAAGCTGGAATAGA 2279
Query 2304 CACAAGCGAGTTCCCATGGCGGT 2326
|||||||||||||||||||||||
Sbjct 2280 CACAAGCGAGTTCCCATGGCGGT 2302
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 102653210275
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5