BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G63770.5
Length=3420
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg924574 jgi|Araly1|924574|scaffold_200135.1 2495 0.0
> Ahg924574 jgi|Araly1|924574|scaffold_200135.1
Length=2975
Score = 2495 bits (1351), Expect = 0.0
Identities = 1451/1501 (97%), Gaps = 0/1501 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1649 CTGAGGTCGTCAGGATGTACAAAACTCTACTAGGAACTCAGGGGTTCCGAAAGGGAATTG 1708
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1468 CTGAGGTCGTCAGGATGTACAAAACTCTACTAGGAACTCAGGGGTTCCGAAAGGGAATTG 1527
Query 1709 ATCTCTATTTTGAAAGACATGATGAGCAAGCAGTGACTTGTGAAGACTTCTTTGCTGCTA 1768
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1528 ATCTCTATTTTGAAAGACATGATGAGCAAGCAGTGACTTGTGAAGACTTCTTTGCTGCTA 1587
Query 1769 TGCGTGATGCAAATAATGCAGACTTTGCTAATTTCTTGCAATGGTACTCTCAAGCTGGAA 1828
||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1588 TGCGTGATGCAAACAATGCAGATTTTGCTAATTTCTTGCAATGGTACTCTCAAGCTGGAA 1647
Query 1829 CGCCCGTTGTCAAAGTGGTATCCTCTTACAATGCTGACGCTCGTACTTTCTCTTTAAAAT 1888
|||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1648 CGCCAGTTGTCAAAGTGGTTTCCTCTTACGATGCTGAAGCTCGTACTTTCTCTTTAAAAT 1707
Query 1889 TCAGTCAGGAGATACCTCCAACTCCAGGCCAGCCAACAAAAGAACCTACATTTATTCCAG 1948
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1708 TCAGTCAGGAGATACCTCCGACTCCAGGCCAGCCAACAAAAGAACCTACATTTATACCAG 1767
Query 1949 TGGTTGTTGGTCTTTTGGACTCAAGTGGGAAAGACATTACTCTTTCCTCTGTTCATCATG 2008
|||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||
Sbjct 1768 TGGTTGTTGGTCTTCTGGACTCGAGTGGTAAAGACATTACACTCTCCTCTGTTCATCATG 1827
Query 2009 ATGGTACAGTGCAGACCATTTCAGGCAGCAGCACAATACTTCGAGTGACTAAGAAAGAAG 2068
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1828 ATGGTACAGTGCAGACCATTTCAAGCAGCAGCACAATACTTCGAGTGACTAAGAAAGAAG 1887
Query 2069 AAGAGTTTGTGTTTTCTGATATACCAGAAAGACCTGTTCCATCCCTATTTAGGGGATTCA 2128
|||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1888 AAGAATTTGTGTTTTCTGATATATCAGAAAGACCTGTTCCGTCCCTATTTAGGGGATTCA 1947
Query 2129 GTGCCCCAGTTCGTGTTGAAACTGATCTCTCTAATGATGACTTATTCTTCCTCCTAGCAC 2188
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
Sbjct 1948 GTGCCCCAGTTCGTGTTGAGACTGATCTCTCTAATGATGACTTGTTCTTCCTCCTAGCTC 2007
Query 2189 ATGATTCAGATGAATTCAATAGGTGGGAGGCCGGTCAAGTTCTGGCAAGAAAGCTGATGC 2248
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||
Sbjct 2008 ATGATTCAGATGAATTCAATCGGTGGGAGGCCGGTCAAGTTCTGGCGAGGAAGCTGATGT 2067
Query 2249 TGAACTTAGTTTCTGATTTCCAGCAAAATAAACCGTTGGCTCTAAACCCAAAATTTGTGC 2308
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||
Sbjct 2068 TGAACTTAGTTTCTGATTTCCAGCAAAATAAACCATTGGTTCTGAACCCAAAATTTGTGC 2127
Query 2309 AAGGTCTCGGCAGTGTGCTTTCTGACTCAAGCTTGGACAAGGAATTTATAGCCAAAGCAA 2368
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2128 AAGGTCTCGGCAGTGTTCTTTCTGACTCAAGCTTGGACAAGGAATTTATAGCCAAAGCAA 2187
Query 2369 TAACACTACCTGGGGAGGGAGAGATAATGGACATGATGGCCGTGGCGGATCCTGATGCTG 2428
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |
Sbjct 2188 TAACACTGCCTGGGGAGGGAGAGATAATGGACATGATGGCTGTGGCGGATCCTGATGCCG 2247
Query 2429 TTCATGCTGTTAGAAAGTTTGTACGAAAGCAGCTTGCATCTGAACTTAAGGAGGAGCTTC 2488
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | |||||||
Sbjct 2248 TTCATGCTGTTAGAAAGTTTGTAAGAAAGCAGCTTGCATCTGAACTTAAAGCTGAGCTTC 2307
Query 2489 TAAAGATAGTCGAGAACAATAGGAGCACAGAAGCTTATGTCTTTGACCACTCAAACATGG 2548
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2308 TAAAGATAGTCGAGAACAATAGGAGCACAGAAGCTTATGTCTTTGACCACCCAAACATGG 2367
Query 2549 CGAGGCGTGCTTTGAAGAATACAGCTCTAGCTTATCTTGCATCTCTCGAAGATCCAGCAT 2608
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||
Sbjct 2368 CGAGGCGTGCTTTGAAGAACACAGCTCTAGCTTATCTTGCATCTCTTGAGGATCCAGCAT 2427
Query 2609 ATATGGAACTTGCACTGAACGAATACAAGATGGCCACCAATTTGACCGACCAATTTGCTG 2668
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2428 ATATGGAACTTGCACTGAATGAATACAAGATGGCCACCAATTTGACCGACCAATTTGCTG 2487
Query 2669 CTTTGGCAGCTCTATCCCAGAACCCTGGTAAAACCCGTGACGACATTCTTGCCGACTTCT 2728
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2488 CTTTGGCAGCTCTTTCCCAGAACCCTGGTAAAACCCGTGACGACATTCTTGCCGACTTCT 2547
Query 2729 ATAACAAGTGGCAGGACGATTACTTGGTTGTTAATAAATGGTTCCTCCTTCAATCAACAT 2788
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2548 ATAACAAGTGGCAGGACGATTACTTGGTTGTTAATAAATGGTTCCTCCTTCAATCAACAT 2607
Query 2789 CCGACATTCCTGGCAATGTAGAGAATGTCAAGAAGCTTTTGGATCACCCAGCTTTCGATC 2848
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2608 CCGACATTCCTGGCAATGTAGAGAATGTCAAGAAGCTTTTGGATCACCCAGCTTTCGATC 2667
Query 2849 TGCGCAACCCAAACAAGGTTTATTCGCTTATTGGAGGGTTCTGCGGTTCCCCAGTGAATT 2908
|||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2668 TGCGCAACCCTAACAAGGTTTACTCGCTTATTGGAGGGTTCTGCGGTTCCCCAGTGAATT 2727
Query 2909 TCCATGCCAAGGATGGATCAGGTTACAAGTTCTTGGGTGACATTGTTGTCCAGTTAGACA 2968
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2728 TCCATGCCAAGGATGGATCAGGTTACAAGTTCTTGGGTGACATTGTCGTCCAGTTAGACA 2787
Query 2969 AATTGAACCCTCAGGTTGCTTCTCGTATGGTGTCTGCCTTTTCGAGGTGGAAGCGGTACG 3028
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2788 AATTGAACCCTCAGGTTGCTTCTCGTATGGTGTCTGCCTTTTCGAGGTGGAAGCGGTACG 2847
Query 3029 ATGAAACCCGTCAAGGTCTAGCCAAGGCACAATTGGAAATGATAATGTCTGCTAATGGGC 3088
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||
Sbjct 2848 ATGAAACCCGTCAAGGTCTAGCCAAGGCACAACTGGAGATGATAATGTCTGCAAATGGGC 2907
Query 3089 TGTCTGAGAATGTCTTTGAGATTGCCTCCAAGAGTTTGGCTGCTTGAGAGACACGTTAAG 3148
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||
Sbjct 2908 TGTCTGAGAATGTCTTTGAGATTGCCTCCAAGAGTTTGGCTGCTTGAGGGAAACTTTAAG 2967
Query 3149 A 3149
|
Sbjct 2968 A 2968
Score = 2435 bits (1318), Expect = 0.0
Identities = 1387/1421 (98%), Gaps = 2/1421 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 74 GAATTTGGGTGTTCTTTTAAATGGCTCGGTTGATAATTCCTTGTCGAAGTTCGTCTCTGG 133
||| |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3 GAA-TTGGGTATT-TTTTAAATGGCTCGGTTGATAATTCCTTGTCGAAGTTCGTCTCTGG 60
Query 134 CGAGAGTCAATCTTCTGGGTTTGCTCTCTCGTGCTCCTGTTCCTGTTAGAAGCAGTTGTC 193
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 CGAGAGTCAATCTTCTGGGTTTGCTCTCTCGTGCTCCTGTTCCTGTTAGAAGCAGTTGTC 120
Query 194 TTCGTAGTTCGGCAAACAGACTTACTCAACACAGACCGTTTCTTACTTCCGAGGCCATTT 253
|||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 TTCGTAGTTCGGCAAAGAGACTTACTCAATACAGACCGTTTCTTACTTCCGAGGCCATTT 180
Query 254 GTTTGAGGAAGAATCGGTTTCTACCCCATTCTGTTGATACACATAAGCAAAACAGCAGGA 313
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||
Sbjct 181 GTTTGAGGAAGAATCGGTTTCTACCCCATTCTGTTGATAGACAGAAGCAAAACAGCAGGA 240
Query 314 GGCTCATTTGTTCTGTTGCCACAGAATCAGTTCCGGATAAAGCTGAAGATTCCAAAATGG 373
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 241 GGCTCATTTGTTCTGTTGCCACAGAATCAGTTCCGGATAAAGCTGAAGAATCCAAAATGG 300
Query 374 ATGCACCTAAAGAAATATTTCTCAAGAACTACACAAAGCCTGATTACTACTTTGAAACTG 433
||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 ATGCACCAAAAGAAATATTTCTCAAGGACTACACAAAGCCTGATTACTACTTTGAAACTG 360
Query 434 TGGATCTGAGCTTCTCTCTAGGTGAAGAGAAAACAATTGTTAGCTCTAAAATCAAGGTTT 493
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 TGGATCTGAGCTTCTCTCTAGGTGAAGAGAAAACAATTGTTAGCTCTAAAATCAAGGTTT 420
Query 494 CTCCTCGAGTTAAAGGATCTTCTGCTGCATTGGTCTTGGATGGACATGACTTGAAGCTAC 553
| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 CCCCTCGAGTTAAAGGATCTTCCGCTGCATTGGTCTTGGATGGACATGACTTGAAGCTAC 480
Query 554 TTTCTGTCAAGGTTGAGGGGAAGCTTCTTAAGGAAGGGGATTACCAGTTGGACTCTCGCC 613
|||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 481 TTTCAGTTAAGGTTGAGGGGAAGCTTCTAAAGGAAGGGGATTACCAGTTGGACTCTCGTC 540
Query 614 ATCTAACTCTTCCTTCGCTTCCAGCTGAGGAGTCCTTTGTTTTGGAGATTGATACTGAGA 673
|||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 541 ATCTTACTATTCCTTCGCTTCCAGCTGAGGAGTCCTTTGTTTTGGAAATTGATACTGAGA 600
Query 674 TATACCCCCACAAGAATACTTCACTTGAGGGGCTTTACAAGTCTTCTGGGAATTTCTGCA 733
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 601 TATACCCCCACAAGAATACTTCACTTGAGGGGCTTTACAAGTCTTCTGGGAATTTTTGCA 660
Query 734 CACAGTGTGAAGCAGAAGGTTTCCGCAAAATTACATTTTACCAGGATCGTCCTGATATAA 793
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 661 CACAGTGCGAAGCAGAAGGTTTCCGCAAAATTACATTTTACCAGGATCGTCCTGACATAA 720
Query 794 TGGCTAAGTACACGTGTCGTGTGGAAGGTGACAAGACACTTTATCCTGTGTTATTGTCCA 853
|||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 TGGCAAAGTACACGTGTCGTGTGGAAGCTGACAAGACACTTTATCCTGTGTTATTGTCCA 780
Query 854 ATGGAAACCTCATTTCTCAAGGAGATATAGAGGGTGGTCGACACTATGCCTTATGGGAGG 913
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 781 ATGGAAACCTCATTTCTCAAGGAGATGTAGAGGGTGGTCGGCACTATGCCTTATGGGAGG 840
Query 914 ATCCATTCAAGAAACCGTGCTATCTATTTGCTTTGGTGGCTGGACAGCTAGTGAGCAGAG 973
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 841 ATCCATTCAAGAAACCGTGCTATCTATTTGCTCTGGTGGCTGGACAGCTAGTGAGCAGAG 900
Query 974 ATGATACATTTACCACACGCTCTGGTAGGCAGGTTTCCCTGAAAATCTGGACTCCTGCAG 1033
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 901 ATGATACATTTACCACACGCTCTGGTAGGCAGGTTTCCCTGAAAATCTGGACTCCTGCAG 960
Query 1034 AAGATCTACCAAAGACTGCCCATGCCATGTATTCCCTAAAAGCGGCCATGAAGTGGGATG 1093
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 961 AAGATCTACCAAAGACTGCCCATGCCATGTATTCCTTAAAAGCGGCCATGAAGTGGGATG 1020
Query 1094 AGGATGTGTTCGGGCTTGAGTATGACCTGGATCTCTTCAACATTGTTGCTGTTCCAGATT 1153
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1021 AGGATGTGTTTGGGCTTGAGTATGACCTGGATCTCTTCAACATTGTTGCTGTTCCAGATT 1080
Query 1154 TTAACATGGGAGCCATGGAAAACAAGAGTTTGAATATTTTTAATTCCAAGCTTGTCCTAG 1213
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1081 TTAACATGGGAGCCATGGAAAACAAGAGTTTGAATATTTTTAATTCCAAGCTTGTCCTAG 1140
Query 1214 CATCTCCAGAAACAGCAACAGATGCAGATTACGCTGCAATTTTGGGTGTTATTGGTCATG 1273
||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1141 CATCTCCAGAAACTGCAACAGATGCGGATTACGCTGCAATTTTGGGTGTTATTGGTCATG 1200
Query 1274 AGTACTTTCACAATTGGACAGGGAACAGGGTGACATGCCGTGACTGGTTCCAACTCAGTC 1333
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1201 AGTACTTTCACAATTGGACAGGGAACAGGGTGACATGCCGTGACTGGTTCCAACTCAGTC 1260
Query 1334 TAAAGGAAGGACTTACTGTCTTCCGTGACCAGGAATTTTCATCTGACATGGGAAGCCGAA 1393
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1261 TAAAGGAAGGACTTACTGTCTTCCGTGACCAGGAGTTTTCATCTGACATGGGAAGCCGAA 1320
Query 1394 CTGTAAAGCGAATTGCTGATGTTTCAAAGCTTCGGATCTATCAATTTCCGCAGGATGCTG 1453
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1321 CTGTAAAGCGCATTGCTGATGTTTCAAAGCTTCGGATCTATCAATTTCCGCAGGATGCTG 1380
Query 1454 GTCCTATGGCACATCCTGTTCGCCCACATTCATACATCAAG 1494
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1381 GTCCTATGGCACATCCTGTTCGCCCACATTCTTACATCAAG 1421
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 129129345189
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5