BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G63810.1
Length=3447
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg474974 jgi|Araly1|474974|fgenesh2_kg.2__104__AT1G63810.1 5376 0.0
> Ahg474974 jgi|Araly1|474974|fgenesh2_kg.2__104__AT1G63810.1
Length=3389
Score = 5376 bits (2911), Expect = 0.0
Identities = 3229/3380 (96%), Gaps = 31/3380 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 45 CAAGCTTCGCCGTCGATTTTCTCCTCCTCTGAAGAAGAAGATAATTTAATTTCTAAA-T- 102
|||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |
Sbjct 30 CAAGCTCCGCCGTCGATTTTCTCAGAAGGAGAAGAAGAAGATAATCTAATTTCTAAATTG 89
Query 103 CATCGAGAATCCAGTACCAGTAACCATGGAGGCAGATACTAAGACAGACTCTCGTACTCT 162
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 90 CCTCGAGAATCCAGTACCAGTAACCATGGAGGCAGATACTAAGACAGACTCTCGTACTCT 149
Query 163 GAAAGTTAACGACTTGTTAAAAGATGCTCGCTTAGATTACGATTCTCTCAGGAAGCTTGT 222
|||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 150 GAAAGTTAACGACTTGTTAAAAGACGTTCGCTTAGATTACGATTCTCTCAGCAAGCTTGT 209
Query 223 TGATGATACCGTTTCGTCGATTAAAGAAGCTATTGATGGAATCCCTGAAAAATTTCAGGT 282
| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||
Sbjct 210 CGGTGATGCCGTTTCGTCGATTAAAGAAGCTATTGATGGAATCCCTGAAGATTTTAAGGT 269
Query 283 TACCTCGGAGTTAGCTCCTAGTTTTGTTGAGGACATTGGGGCAGATAAAGAAGTGGAGTT 342
|||||||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||| ||| | ||||||||||
Sbjct 270 TACCTCGGAGTTAGCTCCTAATTTTGTTAAGGATATTGGGGCGGAT--A-AAGTGGAGTT 326
Query 343 CAGTTTTAAGAAGCCAAATGGTTTCAATCTCTGTGGAAGTTACTCCATTTGTGGCATGGC 402
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 327 CAGTTTTAAGAAGCCAAATGGTTTCAGTCTCTGTGGAAGTTACTCCATTTGTGGCATGGC 386
Query 403 AAAGCCGGATACTTCTGTTGATCTTCTTGTTCACTTGCCTAAAGAATGTTTTTATGAGAA 462
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 387 GAAGCCGGATACTTGTGTTGATCTTCTTGTTCACTTGCCTAAGGAATGTTTTTATGAGAA 446
Query 463 GGATTACATGAATCATAGATACCATGCCAAAAGATGTCTATATCTTTGTGTTATTGAAAA 522
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 447 GGATTACATGAATCATAGATACCATGCCAAAAGATGTCTATATCTTTGTGTTATTGAAAA 506
Query 523 GCATTTGTTGTCGTCATCGTCCATTGAGAAGGTTGTATGGTCAACCTTACATAACGAAGC 582
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 507 GCATTTGTTGTCGTCATCGTCCATCGAGAAGGTTGTATGGTCAACCTTACAGAACGAAGC 566
Query 583 TAGGAAGCCAGTCCTTGTTGTTTTCCCAGCTAAGAAACTTGATCAGTTTCCTGGATTTTC 642
|| ||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 567 CAGAAAGCCAGTCCTAGTTGTTTTTCCAGCTAAGAAAGTTGATCAGTTTCCTGGATTTTC 626
Query 643 CATAAGGTTAATCCCTTCCGCAACATCACTGTTTAGTGTTGCAAAATTGAGTATTAGCAG 702
||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||
Sbjct 627 CATAAGGATAATCCCTTCAGCAACATCGCTGTTTAGTGTTGCAAAGTTGAGTATGAGCAG 686
Query 703 AAACAACGTCCGTTCTGTAACTGCAGATGGTGTCCCTGAGCCCACGCCAACTTACAACTC 762
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 687 AAACAACGTCCGTTCTGTGACTGCAGATGGTGTCCCTGAGCCCACGCCAACTTACAACTC 746
Query 763 AAGCATATTGGAGGACATGTTTCTGGAGGAAAATTCTGAGTTTCTCAAGAAAACCTTCTC 822
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 747 AAGCATATTGGAGGATATGTTTCTGGAGGAAAATTCTGAGCTTCTCAAGAAAACCTTCTC 806
Query 823 TGAGTGGAAGGAGTTGA-GCGATGCTTTGATTTTGCTGAAGATATGGGCAAGACAAAGGA 881
||||||||||||||| | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 807 TGAGTGGAAGGAGTT-AGGCGATGCTTTGATTTTACTGAAGATATGGGCAAGACAAAGGA 865
Query 882 GCTCGATATACGTCCACGATTGCTTGAACGGATTTCTAATCTCTGTGATACTTTCATATC 941
|||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 866 GCTCGATATACGTCCATGATTGCCTGAACGGATTTCTAATCTCTGTGATACTTTCATACC 925
Query 942 TTGCAACCCATTCCAAAATTAACAAGGCACTAAGTGCATTAGATATATTCAGAGTGACAT 1001
||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 926 TTGCAACCCATGCCAAAATTAACAAGGCACTAAACGCATTGGATATATTCAGAGTGACAT 985
Query 1002 TGGATTTCATAGCCACTTCTAAATTATGGGAGAGAGGTTTGTATCTTCCGCCACAGAGTG 1061
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 986 TGGATTTCATAGCCACTTCTAAATTATGGGAGAGGGGTTTATATCTTCCGCCACAGAGTG 1045
Query 1062 AAATTCGTGTCTCGAAGGAGGAGAAGATGCAGTTCAGAGAGTTGTTCCCTGTTGTTATAT 1121
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1046 AAATTCGTGTCTCGAAGGAGGAGAAGATGCAGTTCAGAGAGTTGTTCCCTGTTGTTATAT 1105
Query 1122 GCGATTCATCTACGTTTGTGAACTTGGCTTTCCGGATGACCAGTGTTGGATTCCTGGAGC 1181
| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1106 GTGATTCATCTACATTTGTGAATTTGGCTTTCCGGATGACCAGTGTTGGATTCCAGGAGC 1165
Query 1182 TTCAAGATGAGGCTTCTTTGACGCTTAAGTGTATGGAGAAACTCAGAGATGGGGGATTCG 1241
| |||||||||||| |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1166 TCCAAGATGAGGCTACTTTGATGCTTAAATGTATGGAGAAACTCAGAGATGGAGGATTCG 1225
Query 1242 AGGAGATTTTTATGACTAAGATTGACTATCCTGTTAAGTATGACCACTGCATAAGGTTAC 1301
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1226 AGGAGATTTTTATGACTAAGATTGACTATCCTGTCAAGTATGACCACTGCATAAGGCTAC 1285
Query 1302 AGCT-AAAGGGGAAAACAGCAGTGTCTCTGTCAGGGTTTTGTTTGGACAAGGAATGTTGG 1360
|||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1286 AGCTCAAA-GGGAAAACAGCAGTGTCTATGTCAGGGTTTTGTTTGGACAAGGAGTGTTGG 1344
Query 1361 AGACTCTATGAGCAGAAAGTGCATAGCCTGCTTTTAGAAGGACTCGGTGACAGAGCTAAA 1420
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||
Sbjct 1345 AGACTCTATGAGCAGAAAGTGCATAGCCTGCTGCTAGAAGGACTGGGTGACAGAGCAAAA 1404
Query 1421 TCAATCCGTGTAGTTTGGAGAAATACCAATCAAGATTGGCATGTAGAGAGTGGCTTGTCA 1480
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1405 TCAATCCGTGTTGTTTGGAGAAATACCAATCAAGATTGGCATGTAGAGAGTGGCTTGTCA 1464
Query 1481 GTTCTTGACAGAGAACCTCTTTTCATTGGCATATCTGTCAGCTCCACTGAAAAGGCTTAT 1540
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1465 GTTCTTGACAGAGAACCTCTTTTCATTGGCATATCTGTCAGCTCCACTGAAAAGGCTTAT 1524
Query 1541 AGAACAGTTGATATTGGGCCAGATGCTGAAAACAAGATAGAGGCACTTAGATTCCGGAAG 1600
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1525 AGAACAGTTGATATTGGGCCAGATGCTGAAAACAAGATAGAGGCACTTAGATTCCGGAAG 1584
Query 1601 TTTTGGGGTGAGAAGTCTGATCTAAGGAGGTTTAAAGATGGAAGAATATCTGAAAGCACA 1660
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||
Sbjct 1585 TTTTGGGGCGAGAAGTCTGATCTAAGGAGGTTTAAAGATGGAAGAATAGCGGAAAGCACA 1644
Query 1661 GTTTGGGAGACTCAGCAGTGGACCAAACATCTTATCATGAAACAAATTGTTGAATATATC 1720
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1645 GTTTGGGAGACTCAGCAGTGGACCAAACATCTTATCATGAAACAAATTGTTGAATATATC 1704
Query 1721 CTTAAGCGGCATCTTTCACTGACGTCCGATGACATTGTACAATTAGTGGATCAACTTGAT 1780
||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1705 CTTAAGCGGCATCTTTCCCTGTCGTCCGATGACATTGTACAATTAGTGGATCAACTTGAT 1764
Query 1781 TTCTCTCTAAACTATGGGGGCAAAGACCCAATATCTTTATCTGGAAATTTGGTTCAAGCC 1840
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1765 TTCTCTCTAGACTATGGGGGCAAAGACCCAATATCTTTATCTGGAAATTTGCTTCAAGCC 1824
Query 1841 TATGAAGTTTTATCAAAGTGCTTGCGTGAGATTGAAGGCATACCTCTCAAAGTCTCTAGC 1900
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1825 TATGAAGTTTTATCGAAGTGCTTGCGTGAGATTGAAGGAATACCTCTCAAAGTCTCTAGC 1884
Query 1901 GTTCAGTCTTTAGATTCAGCTCTCAGGTTCACATCCGTATTCCCTCCTGAACCTCACCCA 1960
|| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1885 GTCCAGCCTTTAGATTCAGCTCTCAGGTTCACATCCGTATTCCCTCCTGAACCTCACCCA 1944
Query 1961 GTGGCTTGCGAAAAAATCGATTCGCGAAGACTGCAAAAACTTATACCATCCTGCATTCCA 2020
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||
Sbjct 1945 GTGGCTTGCGAAAAAATCGATTCGCGAAGATTGCAAAAACTTTTGCCATCCTGCATTCCA 2004
Query 2021 GCAATGGAAGTCATGATTCAGCTAGAAGGTTCTGGTAACTGGCCCATGGATGATTTAGCA 2080
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2005 GCAATGGAGGTCATGATTCAGCTAGAAGGTTCTGGTAACTGGCCCATGGATGATTTGGCA 2064
Query 2081 GTTGAGAAAACAAAATCTGCCTTCCTCCTGAAAATTGCAGAGAGCCTTCAGAACGTCAAG 2140
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2065 GTTGAGAAAACAAAATCTGCCTTCCTCCTGAAAATTGCAGAGAGCCTTCAGAACGTCAAG 2124
Query 2141 GGAATACCATGCACAGCTACTGAGGATAATGTCGATGTTTTCATTGGTGGTTACGCATTT 2200
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2125 GGAATACCATGCACAGCTACTGAGGATAATGTCGATGTTTTCATGGGTGGTTACGCATTT 2184
Query 2201 CGCTTGAGAATATTGCATGAAAGAGGCCTGAGTTTGGTGAAGAGAGAAATTGGAGTGGAC 2260
||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2185 CGCCTGAGAATATTGCATGAAAGAGGCCTGAGCTTGGTGAAGAGAGAAATTGGAGTGGAC 2244
Query 2261 CCGGTGAAGCATGTTTCCTCTACCGATAAAATGCTTTTTATTCGTAGTCAACATGCAAGT 2320
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2245 CCGGTGAAGCATGTTTCCTCTACCGATAAAATGCTTTTTATTCGTAGTCAACATGCAAGT 2304
Query 2321 ATGATTAATGGTTTGCAAGGTCGATTTCCTGTATACGCACCAGTTGCCAGGCTTGCAAAA 2380
||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2305 ATGATCAATGGTTTGCAAGGTCGATTTCCTATATACGCACCAGTTGCCAGGCTTGCAAAA 2364
Query 2381 AGATGGGTTTCTGCGCATCTCTTTTCTGGTTGCCTGGCAGAAGAGGCCATTGAACTTTTG 2440
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2365 AGATGGGTTTCTGCACATCTCTTTTCTGGTTGCCTGGCAGAAGAGGCCATTGAACTTTTG 2424
Query 2441 GTTGCTTATCTCTTCCTCACACCTCTCCCACTCGGTGTTCCTTCCTCCCGGATTAATGGA 2500
|||||| || |||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||
Sbjct 2425 GTTGCTCATGTCTTCCTCACACCTCTCCCACTTGGTGTTCCTTGCTCCCGAATTAATGGA 2484
Query 2501 TTCTTAAGGTTCTTGCGATTACTAGCAGACTATGAATGGATGTTCTACCCGTTGATTGTT 2560
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2485 TTCTTAAGGTTCTTGCGATTACTAGCAGACTATGACTGGATGTTCTACCCGTTGATTGTT 2544
Query 2561 GACATAAACAATGACTTTGGTAGAAATGACGAGAAAGAGATCAATGATAACTTCATGTCA 2620
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2545 GACATAAACAATGACTTTGGTAGAAATGACGAGAAAGAGATCAATGATAATTTCATGTCA 2604
Query 2621 AGTAGAAAAGGCTACGAAGAGGACAAACAAAACATAAGTTCAGCTATGTTCTTGGCTGCT 2680
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2605 AGTAGAAAAGGCTACGAAGAGGACAGACAAAACATAAGTTCAGCTATGTTCTTGGCTGCT 2664
Query 2681 CCTTACGACAAGGCATCAGAGGCATGGACATCAACTTCACCAAATTTATTGGAACAAAAA 2740
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2665 CCTTACGACAAGGCATCAGAGGCATGGACAGCAACTTCACCAAATTTATTGGAACAAAAA 2724
Query 2741 AGGTTGGTGGCTTATGCTCGAAGCAGTGCAAACGTGTTGAGCAAGAT-GGTATTGCAAGA 2799
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||
Sbjct 2725 AGGTTGGTGGCTTATGCTCGAAGCAGTGCAAACGTGTTGAGCAA-ATTGGTATTGCAAGA 2783
Query 2800 ACATAATGATTCTGTTCAATGGGAGTGCCTTTTCAGGACACCCTTGAACAACTATGACGC 2859
|||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2784 ACATAACGATTCTGTTCGATGGGAGTGCCTTTTCAGGACACCCTTGCACAACTATGACGC 2843
Query 2860 AGTTATTCTTCTCCATAGAGACAAATTACCTTATCCACGTCGTCTTCTGTTTCCATCTGA 2919
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2844 AGTTATTCTTCTCCACAGAGACAAATTACCTTATCCACGTCGTCTTCTGTTTCCATCTGA 2903
Query 2920 ACTTAACCAAGGGAAGCATGTAGCACGGGGAAAAGCGAGTAGATTGTTCAACCCATTTAT 2979
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2904 ACTTAACCAAGGGAAGCATTTAGCACGGGGAAAAGCGAGTAGATTGTTTAACCCATTTAT 2963
Query 2980 GTCGCCTGGAGATTTGAAGAGAAGCCATGAAGAGCTTAAGAATAAGCTAATGGTGGACTT 3039
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2964 GTCGCCTGGAGATTTGAAGAGAAGCCATGAAGAGCTTAAGAATAAGCTAATGGTGGACTT 3023
Query 3040 CGAGCCGACCAAGTGCTTGTTGAGTGGGTTGCAGGAAGAGTTTGGGACGTTGAAGCCATG 3099
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 3024 TGAGCCGACCAAGTGCTTGTTGAGTGGGTTGCAGGAAGAGTTTGGGACGTTGAAGCCGTG 3083
Query 3100 GTATGATCATATAGGAGGCGACGCAATTGGTTTAACATGGAACAAACACAATTCAAAGAA 3159
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3084 GTATGATCATATAGGAGGTGACGCAATTGGTTTAACATGGAACAAACACAATTCAAAGAA 3143
Query 3160 ACGAGAACGAGATgaagaagaagaagaagaagaagaaagTAATCCAATGGAGATGTTAAA 3219
|||||||||||||||||| | ||||||||| | | |||||||||||||||||| ||
Sbjct 3144 ACGAGAACGAGATGAAGA-G--GAAGAAGAA-A-G----TAATCCAATGGAGATGTTGAA 3194
Query 3220 GGCGGTAGGCGAAATGGGTAAAGGGTTAGTGAGGGATATCTATTTGCTCAAGCCTCCACG 3279
||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3195 GGCGGTAGGCGAAATGGGTAAAGGGTTGGTAAGGGATATCTATTTGCTCAAGCCTCCACG 3254
Query 3280 CTTTGTCTAAATATCAACTTGTCTTAGTTT-CTTTAAAATGTGTTTGTCAATTTTGTTTA 3338
|||||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||| ||| |||||||||||||||
Sbjct 3255 CTTTGTCTAAATATCAACTTGTCTTATTTTTCTT-AAAATTTGTATGTCAATTTTGTTTA 3313
Query 3339 CTCATCATCATACTCAAACTGTCTAAAGCGACTAA--A--CACATTACCAGTTTTGCTTC 3394
|||||||| | |||||||||||||||| ||| || | |||||| |||||||| ||||
Sbjct 3314 CTCATCAT-A--CTCAAACTGTCTAAAGAGACCAACCAAACACATTGCCAGTTTTCCTTC 3370
Query 3395 ATTC-ATTGAGTTTAATGTG 3413
||| |||||||||||||||
Sbjct 3371 -TTCCATTGAGTTTAATGTG 3389
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 130156899660
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5