BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G64142.1
Length=2743
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg474940 jgi|Araly1|474940|fgenesh2_kg.2__70__AT1G64142.1 4032 0.0
> Ahg474940 jgi|Araly1|474940|fgenesh2_kg.2__70__AT1G64142.1
Length=2716
Score = 4032 bits (2183), Expect = 0.0
Identities = 2463/2595 (95%), Gaps = 32/2595 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 168 gaTTGAGAATCGCGATTTGATTTTATCAATCGATGCCGTGAAAATCTCGTAATCAGATTC 227
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 135 GATTGAGAATCGCGATTTGATTTTATCATTCGATGCCGTGAAAATCTCGTAATCAGATTC 194
Query 228 AAAATTGAGGATGGTTAGCTGCTACCGTAATCCTTGCGTGAAGATT-GAGAAGAACTAAT 286
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||
Sbjct 195 AAAATTGAGGATGGTTAACTGCTACCGTAATCCTTGCGTGAAG-TTCGAGAAGAATTAAC 253
Query 287 TTTGGTTTGTGAGCAACTTTCGAATCAGCTCTGTTAGATTTGATTTGAACTTTTATTTGA 346
|||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||| ||| |||||||||
Sbjct 254 TTTGGTCTGTGAGCAACTTTCGAATCAGCTGTGCTAGATTTGCTTTCAAC-TTTATTTGA 312
Query 347 AGATGGATCGGTGTGACACCTCAGGATTTGTAAGCGGCGGTGGAGATGCTTATAAGGTCT 406
|||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 313 AGATGGATCGTTGCGATACCTCAGGATTTGTAAGCGGCGGTGGAGATGCTTATAAGGTCT 372
Query 407 TCTAACTCTTATTAGAGCTGTGGCTTTATTCTCTTAACCCGGAAGTTGTTGTTGTCCTCT 466
| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||
Sbjct 373 TTTAACTCTTATTAGAGCTGTGGC-TTATTCTCTTAACCCGGAAGTTGTTG-TG--GTCT 428
Query 467 TGGCTTCGCGTCTTTGCTTTTGGTGTTCTTGAC----GAAAGTTTTCATTTTTAAGTTGT 522
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||
Sbjct 429 TGGCTTCGCGTCTTTGCTTTTGGTGTTCTTGACAAAAAAAAGTTTTCATTTTT-AGTTGT 487
Query 523 GACCATGCATTCCAGATTCCAGAACATTGCTTTTGCTGGTAATTCCTCTTCGAATTCTTA 582
||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 488 GACTATGCATTCCAGATTCCAGAACAGTGCTTTTGCTGGTAATTCCTCATCGAATTCTTT 547
Query 583 TAAGATTTTGGGACGTTCCCTTCAAGTTGAAGTCCCTGAGGCCGCGGATACTACTCTGCG 642
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 548 TAAGATTTTGGGCCGTTCCCTTCAAGTTGAAGTCCCTGAGGCCGCGGATACTACTCTGCG 607
Query 643 TCTTGATTCCCTTGCCTCTCCGTTGTCTAATGCCAAGGGAATCAAAAGGAAATGGAATTT 702
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 608 TCTTGATTCCCTTGCCTCTCCGTTGTCTAATGCCAAGGGAATCAAAAGGAAATGGAATCT 667
Query 703 GATTGATGGAGCTGATCCTTTACTCTCCTTAAGACTCGGTCACTCTTCAAGCTCTTCTGA 762
|||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 668 GATTGATGGATCTGATCCTTTACTTTCCTTAAGACTCGGTCACTCTTCAAGCTCTTCTGA 727
Query 763 TAGCAAAGGGAGTTCGGCAACTGCTTGCACGAGTTTATCTTCTGCCAGAGAAACTGAGGA 822
|||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 728 TAGCAAAGGGAGTTCGGCTACTGCTTGCACGAGCTTATCTTCTGCCAAAGAAACTGAGGA 787
Query 823 GGCGTCCTCCATGGATATTGAGCTCGACTTTAGCCTCCATCTTGGCAACGAGAAACCGAC 882
||||||||| |||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| || |
Sbjct 788 GGCGTCCTCGATGGATATTGAGTTGGACTTTAGCCTCCATCTTGGCAACGAGAAATCGGC 847
Query 883 GGCTAGCAACAAAAAACCAGCTAATTTGAAAATGAAAGGGTTGCAGGTCCCTTCCCCGAA 942
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||
Sbjct 848 GGCTAGCAACAAAAAGCCAGCTAATTTGAAAATGAAAGGGTTGCAGGTCCCCTCCCAGAA 907
Query 943 ATTTGATCTTGAATTGAGTCTTTCTGGTGGAGGATCTTGTCAATCTGAGATCACTGCGGT 1002
||||||||||||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||
Sbjct 908 ATTTGATCTTGAACTGAGTCTTTCTGGTGGAGGGTCCTGTCAATCTGAGATCACTGCGGT 967
Query 1003 CCAGCAGCACGCCAACCGATTTCAATCTCTTGCGGACATGCTGCGTGCAAATAATGAAGA 1062
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 968 CCAGCAGCACGCCAACCGATTTCAATCTCTTGCTGACATGCTGCGTGCAACTAATGAAGA 1027
Query 1063 ATCTGCAACGTGTGGTTGGAGGCAAGGGTTTGGATTACCGACATTGCAAGCCTCTTCAAG 1122
||| || | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1028 ATCCACATCATGTGGTTGGAGGCCAGGGTTTGGATTACCGACATTGCAAACCTCTTCAAG 1087
Query 1123 CAAGGAAACAAGCTCCTTCTTAGGCCATATTCCCAAAAATGTCATCATTCCTGCTGCTCA 1182
||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1088 CAAAGAAACAAGCTCCTTCTTAGGCCATGTTCCCAAAAATGTCATCATTCCTGCTGCTCA 1147
Query 1183 TGTTCTGGAACTGTCATCTAACACGGCAG-CAACAACACCAATAAGCTCGGGTACATGTA 1241
|||||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1148 TGTTCTGGAACTGTCATCTAGCACGGC-GACAACAACACCAATAAGCTCGGGTACATGCA 1206
Query 1242 CTTCCGGTTTATCTCAGCAGCTGAAGCCACAGCTTAAGAATTCTTCTAGTTCAAAGTTAT 1301
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1207 CTTCCGGTTTATCTCAGCAGCTGAAGCCACAGCTTAAGAATTCTTCTAGTTCCAAGTTAT 1266
Query 1302 GTCAAGTCGAAGGATGTCATAAGGGAGCAAGAGGCGCATCTGGTCGTTGCATTTCCCATG 1361
||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1267 GTCAAGTAGAAGGATGTCAGAAGGGAGCAAGAGGCGCATCTGGCCGTTGCATTTCCCATG 1326
Query 1362 GTGGTGGACGTAGATGCCAGAAACATGGTTGCCACAAAGGTGCCGAAGGTCGAACTGTGT 1421
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||
Sbjct 1327 GTGGTGGACGTAGATGCCAGAAACATGGTTGCCACAAGGGCGCTGAAGGTCGAACTGTGT 1386
Query 1422 ACTGTAAAGCCCATGGAGGTGGTCGTCGATGTGAGTTTCTCGGATGCACCAAAAGTGCAG 1481
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1387 ACTGTAAAGCCCATGGAGGTGGTCGTCGATGTGAATTTCTCGGATGCACCAAAAGCGCAG 1446
Query 1482 AAGGCCGTACTGACTTCTGTATAGCCCATGGAGGTGGTCGAAGGTGCAGCCATGAAGATT 1541
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1447 AAGGCCGTACTGACTTTTGTATAGCCCATGGAGGTGGTCGAAGATGCAGCCATGAAGATT 1506
Query 1542 GCACACGAGCTGCTAGAGGAAGATCAGGACTCTGTATCAGGCACGGTGGAGGAAAGAGAT 1601
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1507 GCACACGAGCTGCTAGGGGAAGATCAGGACTCTGTATCAGGCACGGTGGAGGAAAGAGAT 1566
Query 1602 GCCAAAGAGAGAACTGCACTAAAAGCGCTGAAGGCCTTTCAGGACTCTGTATCTCTCATG 1661
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||
Sbjct 1567 GCCAAAGAGAAAACTGCACTAAAAGCGCTGAAGGCCTTTCGGGACTCTGCATCTCTCATG 1626
Query 1662 GTGGTGGTCGGCGATGTCAATCTAATGGATGCACAAAAGGAGCACAAGGGAGTACAATGT 1721
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||
Sbjct 1627 GTGGTGGTCGGCGATGTCAATCTAATGGATGCACAAAAGGAGCGCAAGGGAGCACAATGT 1686
Query 1722 TCTGCAAAGCACACGGTGGTGGAAAACGGTGTACACACTCAGGTTGCACCAAAGGAGCAG 1781
||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||
Sbjct 1687 TCTGCAAGGCACACGGTGGTGGTAAACGGTGTACACACTCGGGTTGCACCAAAGGTGCAG 1746
Query 1782 AAGGAAGCACGCCGTTCTGTAAAGGACATGGAGGAGGTAAAAGATGTGCCTTTCAAGGAG 1841
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1747 AAGGAAGCACGCCGTTCTGTAAAGGACATGGAGGAGGTAAAAGATGTGCCTTTCAAGGAG 1806
Query 1842 ATGATCCTTGCTCCAAGAGTGTTCACGGAGGTACCAATTTCTGTGTGGCACATGGCGGTG 1901
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1807 ATGATCCTTGCTCCAAGAGTGTTCACGGAGGTACCAATTTCTGTGTGGCACATGGCGGTG 1866
Query 1902 GTAAGAGATGTGCGGTTCCCGAATGCACAAAGAGTGCTAGAGGAAGAACTGATTTCTGTG 1961
||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1867 GTAAGAGATGTGCAGTTCCTGAATGCACAAAGAGTGCTAGAGGAAGGACTGATTTCTGTG 1926
Query 1962 TCAGACATGGTGGAGGAAAGAGATGTC-AGTCTGAAGGCTGTGGCAAAAGTGCTCAAGGT 2020
||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1927 TCAGACATGGTGGAGGAAAGAGATG-CAAGTCTGAAGGATGTGGCAAAAGTGCTCAAGGT 1985
Query 2021 AGTACCGACTTTTGCAAAGCACATGGAGGAGGGAAAAGGTGTGCGTGGGGTCAACCCGAG 2080
||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1986 AGTACTGACTTTTGCAAAGCACATGGAGGAGGGAAACGGTGTGCGTGGGGTCAACCCGAG 2045
Query 2081 ACTGAGTATGCGGGACAGTCTTCTTCTGGTCCTTGTACCTCGTTTGCTCGCGGTAAGACT 2140
||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2046 ACTGAGTATGCGGGACAGTCTTCCTCTGGTCCTTGTTCCTCGTTTGCTCGAGGTAAGACT 2105
Query 2141 GGTCTTTGTGCACTCCATAACAGTCTGGTTCAGGATAACCGGGTTCACGGAGGAATGACT 2200
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2106 GGTCTTTGTGCACTCCATAACAGTCTGGTTCATGATAACCGTGTTCACGGAGGAATGACA 2165
Query 2201 ATAACTTCCGAGAGCCAAGAACCGAGAGTAAGCAGCAGCGAAACAGAGAACGAGGAAGAG 2260
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2166 ATAACTTCTGAGAGCCAAGAACCGAGAGTAAGCAGCAGCGAAACAGAGAACGAGGAAGAG 2225
Query 2261 TTTAGCGGTTCTCAAGACATGAACATGGATACAATGAAAGCGAGAAGTGCTACCGGATCT 2320
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2226 TTTAGCGGTTCTCAAGACATGAACATGGATACAATGAAAGCGAGAAGTGCTACCGGATCT 2285
Query 2321 CCAGAGACTGATGTTGATCTCAATGAGTATGAAGCAGGATTGGGGTTAGCTCCGGAAGGA 2380
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2286 CCAGAGACTGATGTTGATCTCAATGAGTATGAAGCAGGATTGGGGTTAGCTCCAGAAGGA 2345
Query 2381 AGAGTCCATGGTGGAAGTTTGATGATGGCGATGTTGGGTAGAGATGGTGGCTCTGGCTCT 2440
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2346 AGAGTCCATGGTGGAAGTTTGATGATGGCGATGTTGGGTAGAGATGGTGGCTCTGGCTCT 2405
Query 2441 ACCGGTGGGCCAAAGAGGTGGATGTAAGTTGTCTTCAGT-TT--G---GTT-CCAGTCTT 2493
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | || | ||| ||||||||
Sbjct 2406 ACCGATGGGCCAAAGAGGTGGATGTAAGTTGTCTTCACTCTTCAGTTTGTTTCCAGTCTT 2465
Query 2494 GAATTCAATGCGTGTGGGCAAGT-GAGAGTGAAAGAGTCTGTGGTTGTTCTAGTTTTAGG 2552
||||||| ||||| || | | ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||
Sbjct 2466 CAATTCAACCCGTGTTGGTAC-TCGAGAGTGAAAGAGTCTGTGTTTGTTCTAGCTTTAGG 2524
Query 2553 TTTGCTTAGAG--TaaaaaaaaGGGTCCAAAGTCTGTGTCTTATTGGTCTTTGTAGATAT 2610
||||||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2525 TTTGCTTAGAGAGTCAAAAAA-GGGTCCAAAGTCTGTGTCTTATTGGTCTTTGTAGATAT 2583
Query 2611 TGAATTAAAGGGTCGAAGCATA-GGTTATTGTGATGTTGTGAATTATACAGGTAAAAGCC 2669
|||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2584 TGAATTAA-GGGTCGAAGCAAAAGGTTATTGTGATGTTGTGAATTATACAGGTAAAATCC 2642
Query 2670 CACCTGTGGAA-ATTGTCAAAAACAGTCTTATGATGATGATGATAATAATAATAAAACTC 2728
|||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2643 CACCTGTG-AACATTGTCAAAAACAGTCTTATGATGATGATGATGATAATAATAAAACTC 2701
Query 2729 ATGTCTTTTGTTTGC 2743
||||||| | |||||
Sbjct 2702 ATGTCTTCTATTTGC 2716
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 103491195665
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5