BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G64530.1
Length=2870
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg474894 jgi|Araly1|474894|fgenesh2_kg.2__24__AT1G64530.1 4372 0.0
> Ahg474894 jgi|Araly1|474894|fgenesh2_kg.2__24__AT1G64530.1
Length=2787
Score = 4372 bits (2367), Expect = 0.0
Identities = 2600/2713 (96%), Gaps = 13/2713 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 148 CTGCTGCTGTTGATGGAACTTGACGACTTGGATCTCAGCGGTTCTTGGCCGTTAGATCAG 207
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 81 CTGCTGCTGTTGATGGAACTTGACGATTTGGATCTCAGCGGTTCTTGGCCGTTAGATCAG 140
Query 208 ATCACTTTTGCTTCAAATTTCAAGTCTCCTGTCATTTTCTCTTCCTCCGAACAACCTTTC 267
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 141 ATCACTTTTGCTTCAAATTTCAAGTCTCCTCTCATTTTCTCTTCTTCCGAACAACCTTTC 200
Query 268 TCTCCTCTCTGGTCCTTCTCCGAAACTTCTGGAGATGTCGGCGGCGAGCTTTACTCCGCC 327
|||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 201 TCTCCTCTCTGGTCCTTCTCCGAAGCTTCCCGAGATGTCGGCGGCGAACTTTACTCCGCC 260
Query 328 GCAGTAGCTCCCACTCGCTTCACCGATTATTCCGTCTTACTCGCTAGTTCTGAATCTGAA 387
|| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 261 GCTGGAGCTCCCACTCGCTTCACCGATTATTCCGTCTTACTCGCTGGTTCTGAATCTGAA 320
Query 388 ACCACGACC-A--AGGAGAATAATCAGGTTCCTTCTCCGTCATGGGGTATAATGCCTTTG 444
|||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||
Sbjct 321 ACCATGACCAAGGAGGAGAATAATCAGGTTCCTTCTCCGTTATGGGGTATAATGCCGCTG 380
Query 445 GAGAATCCAGATAGTTACTGTGCCATCAAAGCCAAGATGACTCAAGCGCTTAGATACTTC 504
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 381 GAGAATCCAGATAGTTACTGTGCCATCAAAGCCAAGATGACTCAAGCGCTTAGATACTTC 440
Query 505 AAGGAATCTACTGGACAACAACATGTTCTTGCTCAGGTTTGGGCGCCTGTCAAAAACCGT 564
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 441 AAGGAATCTACTGGACAACAACACGTTCTTGCTCAGGTTTGGGCGCCTGTAAAAAACCGT 500
Query 565 GGTCGATATGTTCTTACAACTTCAGGACAGCCATTTGTTCTTGGTCCCAATAGTAATGGC 624
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 501 GGACGATATGTTCTTACAACTTCAGGACAGCCATTTGTTCTTGGTCCCAATAGTAATGGC 560
Query 625 CTTAATCAATACAGGATGGTTTCATTGACGTATATGTTTTCCCTTGATGGTGAACGGGAC 684
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 561 CTTAATCAATACAGGATGGTTTCCTTGACGTATATGTTTTCCCTTGATGGTGAACGGGAC 620
Query 685 GGAGAGCTCGGGCTTCCTGGTCGCGTTTTCAGGAAAAAGTTACCTGAGTGGACTCCTAAT 744
||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 621 GGAGAGCTCGGGCTTCCCGGACGCGTTTTCAGGAAAAAGTTACCTGAGTGGACTCCTAAT 680
Query 745 GTGCAGTATTACTCCAGCAAAGAGTTTTCAAGGCTTGGTCACGCCTTGCACTATAATGTT 804
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 681 GTGCAGTATTACTCCAGCAAAGAGTTCTCAAGGCTTGGTCACGCCTTGCACTATAATGTT 740
Query 805 CAGGGAACTTTGGCTTTGCCTGTTTTTGAACCATCCAGGCAACTCTGTGTAGGAGTTGTC 864
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||
Sbjct 741 CAGGGAACTTTGGCTTTGCCTGTTTTTGAACCATCCAGGCAGCTCTGTGTTGGAGTTGTC 800
Query 865 GAGCTTATTATGACTTCTCCGAAGATTAACTATGCTCCTGAGGTTGAAAAAGTTTGTAAA 924
|||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 801 GAGCTTATTATGACTTCTCCAAAGATTAACTATGCACCTGAGGTTGAAAAAGTTTGTAAA 860
Query 925 GCGCTTGAGGCCGTGAATCTGAAAACTTCGGAAATATTGAACCACGAGACTACTCAGATC 984
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 861 GCGCTTGAGGCCGTGAATCTGAAAACTTCGGAAATATTGAACCACGAGACCACTCAGATC 920
Query 985 TGCAACGAGGGTCGCCAAAATGCGTTAGCTGAGATTTTGGAGATACTGACAGTGGTGTGC 1044
||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 921 TGCAACGAGGGGCGCCAGAATGCATTAGCTGAGATTTTGGAGATACTGACTGTGGTGTGC 980
Query 1045 GAGACCTACAAACTGCCTTTAGCCCAGACATGGGTCCCTTGCAGGCATCGCAGTGTTCTA 1104
|||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 981 GAGACCTACAAATTGCCTTTAGCTCAGACATGGGTCCCTTGCAGGCATCGCAGTGTTCTA 1040
Query 1105 GCCTTTGGAGGTGGTTTTAAGAAAAGCTGTTCGAGCTTCGATGGAAGCTGTATGGGGAAA 1164
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1041 GCCTTTGGAGGTGGTTTTAAGAAAAGCTGTTCGAGCTTCGATGGAAGCTGTATGGGCAAA 1100
Query 1165 GTCTGTATGTCTACTAGTGATTTAGCGGTTTATGTTGTTGATGCTCATGTTTGGGGTTTC 1224
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1101 GTATGTATGTCTACTAGTGATTTAGCGGTTTATGTTGTGGATGCTCATGTTTGGGGTTTC 1160
Query 1225 CGAGACGCCTGTGCTGAACACCATCTGCAGAAGGGACAAGGTGTTGCTGGGAGGGCGTTT 1284
|||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1161 CGAGACGCTTGTTCTGAACACCATCTGCAGAAGGGACAAGGTGTTGCTGGGCGGGCGTTT 1220
Query 1285 CAGTCTGGAAATCTATGCTTCTGTAGAGATGTTACTCGGTTCTGCAAAACCGACTACCCA 1344
|||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1221 CAGTCTGGAAATTTATGCTTCTGTAGAGATGTCACTCGGTTCTGCAAAACCGACTACCCA 1280
Query 1345 TTAGTACACTATGCACGGATGTTCAAGTTGACGAGCTGTTTCGCGGTCTGCTTAAAGAGC 1404
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1281 TTAGTACACTATGCACGCATGTTCAAGTTGACGAGCTGTTTCGCTGTCTGCTTAAAGAGC 1340
Query 1405 ACATATACAGGGGATGATGAGTACGTTCTTGAATTCTTTCTTCCTCCAGCCATCACAGAC 1464
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1341 ACATATACGGGGGATGATGAGTACGTTCTTGAATTCTTTCTTCCTCCAGCCATCACAGAC 1400
Query 1465 AAGAGTGAGCAAGATTGTCTATTGGGTTCTCTGCTTCAGACAATGAAGCAGCACTATTCG 1524
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1401 AAGAGTGAGCAAGATTGTCTATTGGGTTCTCTGCTTCAGACAATGAAGCAGCACTATTCG 1460
Query 1525 AGTCTCAAGGTTGTCTCTGAAACTGAACTCTGTGAAAACAACATGTCTCTTGAAGTCGTG 1584
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1461 AGTCTCAAGGTTGTTTCTGAAACTGAACTCTGTGAAAACAACATGTCTCTTGAAGTCGTG 1520
Query 1585 GAAGCTTCGGAGGACGGAATGGTTTACTCGAAACTTGAACCAATCAGGATACATCATCCA 1644
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1521 GAAGCTTCGGAGGACGGAATGGTTTACTCGAAACTTGAACCTATCAGGATACATCATCCA 1580
Query 1645 GCACAAATCTCTAAGGATTACCTTGAGCTCAACGCACCCGAACAGAAGGTGAGCTTAAAC 1704
|||| ||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||||
Sbjct 1581 GCACCAATGTCTAAGGATTATCTTGAGCTCAAAGCACCCGAACAGAAGCTGAACTTAAAC 1640
Query 1705 TCTGACTTTATGGAGAATAATGAAGTTGATGATGGGGTTGAGAGGTTCCAAACGCTTGAT 1764
|||||| |||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1641 TCTGACCTTATGGAGAATATTGAAGTTGATGATGGGTTTGAGAGGTTCCAAACGCTTGAT 1700
Query 1765 CCTATACCAGAGGCCAAAACAGTGAAAAAATCAGAAAGGAAGCGTGGGAAAACAGAGAAA 1824
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1701 CCTATACCCGAGGCCAAAACAGTGAAAAAATCAGAAAGGAAACGTGGGAAAACAGAGAAA 1760
Query 1825 ACGATCAGTCTAGAAGTGCTTCAACAATATTTTGCTGGTAGTCTAAAAGATGCAGCAAAG 1884
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1761 ACGATCAGTCTAGAAGTGCTACAACAATATTTTGCTGGTAGTCTAAAAGATGCAGCAAAG 1820
Query 1885 AGCCTCGGAGTTTGCCCAACAACAATGAAACGCATTTGCCGACAACACGGGATCTCACGG 1944
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1821 AGCCTCGGAGTTTGCCCAACAACAATGAAACGAATTTGCCGACAACACGGGATCTCACGG 1880
Query 1945 TGGCCATCTCGAAAAATCAACAAGGTGAACCGATCTCTCACACGACTTAAACATGTTATA 2004
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1881 TGGCCATCTCGAAAAATCAACAAGGTGAACCGATCTCTCACACGACTTAAACATGTTATA 1940
Query 2005 GACTCGGTTCAAGGTGCTGATGGATCACTCAACTTGACGTCCCTCTCTCCTCGCCCTTGG 2064
||||| ||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1941 GACTCTGTTCAAGGTGCTGATGGGTCACTCAATTTAACGTCCCTCTCTCCTCGCCCTTGG 2000
Query 2065 CCTCACCAAATCCCTCCAATCGATATCCAATTAGCAAAGAACTGCCCTCCAACTTCTACA 2124
||||||||||||| ||||||||| | ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2001 CCTCACCAAATCCATCCAATCGAAAACCAATTACCAAAGAAATGCCCTCCAACTTCTACA 2060
Query 2125 TCTCCCCTAAGTAATCTCCAAGATGTCAAAATCGAAAACAGAGATGCAGAAGACAGTGCA 2184
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2061 TCTCCCCTAAGTAATCTCCAAGATGTCAAAATCGAAAACAGAGATGCAGAAGACAGTGCA 2120
Query 2185 GGTTCATCAACATCGCGTGCTTCTTGCAAAGTGAA-TCCTATTTGCGAGACGCGTTTTCG 2243
|||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2121 GGTTCATCAACATCGCGTGCTTCTTGCAAAGT-AAGTCCTATTTGCGAGACGCGTTTTCG 2179
Query 2244 GCTTCCTACACACAACCAAGAACCATCCAGACAAGTGGCCTTGGACGATTCGGATAGTAG 2303
||| || ||||||||||||||||||| ||||||| || |||||||||||| || |||||
Sbjct 2180 GCTCCCAACACACAACCAAGAACCATTCAGACAAACGGGCTTGGACGATTCTGACAGTAG 2239
Query 2304 CTCTAAAAACATGACAAATTTTTGGGCACACTTAACCTGCCAAGATACAGCTTCTCCAAC 2363
|||||||||||| |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2240 CTCTAAAAACATAACAAATTTTTGGACACACTTAAGTTGCCAAGATACAGCTTCTCCAAC 2299
Query 2364 AATTCTCCAACA-TAAGCTCGTGAGTATAAAGGCAACGTACAGAGAAGACATCATCAGGT 2422
|| || || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2300 AACACTTCA-CAATAAGCTCGTGAGTATAAAGGCAACGTACAGAGAAGACATCATCAGGT 2358
Query 2423 TCAAGATCTCACCAGAGTCGGTAAGCATTACGGAACTTAAGCAGCAAGTGGCCAAAAGGC 2482
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||
Sbjct 2359 TCAAGATCTCACCAGAGTCGGTAAGCATTACGGAACTTAAGCAGCAGGTGGCCAAGAGGC 2418
Query 2483 TGAAGCTCGAAACGGCAGCCTTTGAGCTCAAGTATCTAGACGACGATAGAGAATGGGTCT 2542
||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||
Sbjct 2419 TGAAGCTCGAAACAGCAGCGTTTGAGCTCAAGTATCTAGACGATGACAGAGAATGGGTCT 2478
Query 2543 CCGTCTCATGCGATGCTGACCTCAGCGAATGCCTCGACACGTCTGCAGCAAAAGCGAACA 2602
| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2479 CGGTCTCATGCGATGCTGACCTCAGCGAGTGCCTTGACACGTCTGCAGCGAAAGCGAACA 2538
Query 2603 CACTGAGGCTCTCAGTACATGACGTGACTTTTAACTTTGGGAGCTCATGCGAAAGCTCAG 2662
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2539 CACTGAGGCTCTCAGTACATGACGTGACTTTTAACTTTGGGAGCTCATGCGAAAGCTCAG 2598
Query 2663 AGGAAACTATGATGTGCTTGTGACAATGCTTCACTTGTATACAACTTTCTTGTATGGATC 2722
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2599 AGGCAACTATGATGTGCTTGTGACAATGCTTCACTTGTATACAACTTTCTTGTATGGATC 2658
Query 2723 TGAGAGTTTTGTTTCTTATTT-TTCTCTGGAAACATGTCTTCTTTAGAAGA-AGGTTTTA 2780
||||||||||||| ||| ||| || | ||| ||||||| |||||||||||| | ||||||
Sbjct 2659 TGAGAGTTTTGTTCCTTTTTTCTT-TGTGGGAACATGT-TTCTTTAGAAGAGAAGTTTTA 2716
Query 2781 GTGTTCTAtttttttATAAGATGTATAAAAGCACACTTCTCCACATCAATAGATGTTGAT 2840
|||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2717 GTGTTCTATTTTTTTA-A-GATGTATAAAAGCACACTTCTCCCCATCAATAGATGTTGAT 2774
Query 2841 TGGAATAATGATA 2853
||||||||| |||
Sbjct 2775 TGGAATAATAATA 2787
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 108328656780
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5