BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G64550.1
Length=2464
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg474891 jgi|Araly1|474891|fgenesh2_kg.2__21__AT1G64550.1 3993 0.0
> Ahg474891 jgi|Araly1|474891|fgenesh2_kg.2__21__AT1G64550.1
Length=2450
Score = 3993 bits (2162), Expect = 0.0
Identities = 2343/2428 (96%), Gaps = 22/2428 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 20 TTATCAAATCAGTTTTTGTGGAATTTTGAATCTCGTCGCTTCTGTG-TTGGCTATGACTG 78
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||
Sbjct 1 TTATCAAATCAGTTTTTGTGGAATTTTGAATCTCGTCGCTTCTGTGTTTGGCCATGACTG 60
Query 79 AAGTTGCGAGCTCAGTGGTGTATGAAGTGCTCGGACGCAGAGCTCAGGATGTGGACGAGC 138
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 AAGTTGCGAGCTCGGTGGTGTATGAAGTGCTCGGACGCAGAGCTCAGGATGTGGACGAGC 120
Query 139 CGATTATGGACTACATCATTAATGTCCTCGCTGATGAGGATTTCGACTTCGGTGAGGAAG 198
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 CGATTATGGACTACATCATCAATGTCCTCGCTGATGAAGATTTCGACTTCGGTGAGGAAG 180
Query 199 GTGAAGGCGCCTTTGATGCCGTCGGTGAGCTCCTCGTCGCTGCTGAATGCGTTTCCGATT 258
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 GTGAAGGTGCCTTTGATGCCGTCGGTGAGCTCCTCGTCGCTGCTGAATGCGTTTCCGATT 240
Query 259 TCGAAGAGTGCCGTTTGGTTTGTAGCAAACTGTCGGATAAGTTTGGAAAGCATGGATTGG 318
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 TCGAAGAGTGCCGTTTGGTTTGTAGCAAACTGTCGGATAAGTTTGGAAAGCATGGATTGG 300
Query 319 TGAAGCCTACACCTACTGTGAGGAGTCTTGCTATGCCTGTGCGGATGAACGATGGGATGG 378
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 301 TGAAGCCTACACCAACTGTGAGGAGTCTTGCTATGCCTGTGCGGATGAACGATGGAATGG 360
Query 379 ATGATGGACCTGTTAAGAAGAAGAAGCCAGAGCCTGTGGATGGGCCTTTGCTCACTGAAC 438
|||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 361 ATGATGGACCGGTGAAGAAGAAGAAGCCGGAGCCTGTGGATGGCCCTTTGCTCACTGAAC 420
Query 439 GTGACTTGGCTAAGATTGAAAGGAGAAAGAAAAAGGATGATCGCCAAAGAGAGCTACAAT 498
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 GTGACTTGGCTAAGATTGAAAGGAGAAAGAAAAAGGATGATCGCCAAAGAGAGCTACAAT 480
Query 499 ATCAGCAGCATGTTGCTGAAATGGAAGCCGCTAAAGCAGGGATGCCTACTGTTAGTGTCA 558
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 ATCAACAGCATGTTGCTGAAATGGAAGCCGCTAAAGCAGGGATGCCTACTGTTAGTGTCA 540
Query 559 ATCATGACACTGGTGGTGGCTCTGCTATCAGAGATATTCATATGGATAACTTTAATGTTT 618
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 ATCATGACACTGGTGGTGGCTCTGCCATCAGAGATATTCATATGGATAACTTTAATGTTT 600
Query 619 CTGTTGGAGGCCGTGATCTCATTGTCGATGGATCAATCACCCTCTCTTTTGGACGTCATT 678
||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 601 CTGTTGGTGGCCGTGACCTGATTGTCGATGGATCAATCACCCTCTCTTTTGGACGCCATT 660
Query 679 ACGGTCTTGTAGGACGTAATGGTACCGGAAAAACAACTTTTTTGAGGTATATGGCTATGC 738
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 ACGGTCTTGTAGGACGTAATGGTACCGGGAAAACAACTTTTTTGAGGTATATGGCTATGC 720
Query 739 ATGCTATAGAGGGTATTCCTACTAATTGCCAGATATTGCATGTTGAACAAGAAGTCGTTG 798
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||
Sbjct 721 ATGCTATAGAGGGTATTCCTACTAATTGCCAGATATTGCATGTCGAACAAGAAGTGGTTG 780
Query 799 GTGACAAGACAACAGCCTTACAGTGCGTTCTTAACACTGATATTGAAAGAACCAAACTGT 858
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 781 GTGACAAGACAACAGCCTTACAATGCGTTCTTAACACTGATATTGAAAGAACCAAGCTGT 840
Query 859 TGGAAGAAGAGATTCAAATACTAGCAAAGCAGAGAGAAACGGAAGAACCCACAGCTAAGG 918
|||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 841 TGGAAGAAGAAATTCAAATACTGGCAAAGCAGAGAGAAATGGAAGAACCCACAGCTAAGG 900
Query 919 ATGGAATGCCTACCAAAGACACAGTTGAAGGAGATCTTATGTCTCAAAGGCTTGAAGAAA 978
||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 901 ATGGATTGCCTACCAAAGACACACTTGAAGGAGATCTTATGTCTCAAAGGCTTGAAGAAA 960
Query 979 TATACAAAAGGCTTGATGCAATTGATGCTTATACTGCTGAGGCTCGGGCAGCTAGTATCC 1038
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 961 TATACAAAAGGCTTGATGCAATTGATGCTTATACTGCTGAGGCTCGGGCAGCTAGTATCC 1020
Query 1039 TTGCTGGTCTAAGTTTCACTCCAGAAATGCAGCTGAAAGCTACAAATACTTTTTCAGGAG 1098
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1021 TTGCTGGTCTAAGTTTCACTCCAGAAATGCAGCTGAAAGCTACAAATACATTTTCAGGAG 1080
Query 1099 GATGGAGAATGCGAATTGCACTTGCTCGTGCACTATTTATAGAGCCTGATTTGTTGTTGC 1158
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1081 GATGGAGGATGCGAATTGCACTTGCTCGTGCACTATTTATAGAGCCTGATTTGTTGTTGC 1140
Query 1159 TTGATGAACCTACGAACCATCTTGATCTCCATGCTGTCTTATGGTTAGAAACATATCTAA 1218
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1141 TTGATGAACCTACGAACCATCTTGATCTCCATGCTGTCTTATGGTTAGAAACATATCTAA 1200
Query 1219 CGAAGTGGCCAAAAACATTTATAGTCGTTTCCCATGCTAGGGAATTCTTGAACACGGTGG 1278
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1201 CGAAGTGGCCAAAAACATTTATAGTCGTTTCCCATGCTAGGGAATTCTTGAACACGGTGG 1260
Query 1279 TCACGGACATCATCCATTTGCAAAACCAAAAACTAAGTACCTATAAAGGAAATTATGATA 1338
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1261 TCACGGACATCATCCATTTGCAAAACCAAAAACTAAGTACCTATAAGGGAAATTATGATA 1320
Query 1339 TCTTCGAAAGAACACGGGAAGAACAAGTGAAAAATCAGCAAAAAGCTTTTGAATCAAGTG 1398
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1321 TTTTCGAAAGAACACGGGAAGAACAAGTGAAAAATCAACAAAAAGCTTTTGAATCAAGTG 1380
Query 1399 AACGATCACGGTCACATATGCAGGCGTTCATTGATAAATTTCGTTACAATGCAAAGAGGG 1458
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1381 AACGATCACGGTCACATATGCAGGCGTTCATTGATAAATTTCGTTACAATGCAAAGAGGG 1440
Query 1459 CGTCTCTTGTTCAGTCAAGAATCAAGGCATTGGACCGACTGGCTCATGTGGATCAAGTTA 1518
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1441 CGTCTCTTGTTCAGTCAAGAATCAAGGCATTGGACCGACTGGCTCATGTGGATCAAGTTA 1500
Query 1519 TTAATGATCCTGACTATAAATTTGAATTCCCAACTCCTGACGATAAGCCTGGACCTCCCA 1578
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1501 TTAATGATCCCGACTATAAATTTGAATTCCCAACTCCTGACGATAAGCCTGGACCTCCCA 1560
Query 1579 TCATCAGTTTTAGTGATGCATCATTTGGCTACCCTGGTGGTCCGTTGTTGTTTAGGAACC 1638
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1561 TTATCAGTTTTAGTGATGCATCATTTGGCTACCCTGGTGGTCCGTTGTTGTTTAGGAACC 1620
Query 1639 TAAATTTCGGAATAGATCTGGACAGCCGTATTGCAATGGTGGGACCCAATGGTATTGGTA 1698
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1621 TAAATTTCGGAATAGATCTGGACAGCCGTATCGCAATGGTGGGACCGAATGGTATTGGTA 1680
Query 1699 AATCAACAATACTCAAACTTATTTCTGGCGATCTGCAACCAAGCTCTGGAACAGTTTTCC 1758
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1681 AATCAACAATACTCAAACTTATTTCTGGGGATCTGCAACCAAGCTCTGGAACAGTTTTCC 1740
Query 1759 GTTCTGCTAAGGTTCGAGTTGCAGTCTTTAGTCAGCACCATGTGGATGGACTAGACCTTT 1818
||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1741 GTTCTGCCAAGGTTCGAGTTGCAGTTTTTAGTCAGCACCATGTGGATGGACTAGACCTTT 1800
Query 1819 CATCGAATCCTCTTCTATATATGATGAGATGCTACCCAGGAGTACCAGAACAAAAGCTGA 1878
| |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||| |
Sbjct 1801 CTTCGAATCCTCTTCTATATATGATGCGCTGCTACCCAGGAGTACCGGAACAAAAGCTCA 1860
Query 1879 GAAGTCACTTGGGTTCTCTTGGGGTAACTGGAAATCTTGCACTGCAGCCCATGTACACTT 1938
|||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1861 GAAGTCACTTGGGTTCTCTTGGTGTCACTGGAAATCTTGCACTGCAGCCCATGTACACTT 1920
Query 1939 TATCAGGTGGTCAGAAAAGCAGAGTTGCATTTGCGAAGATAACATTCAAGAAACCACACT 1998
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1921 TATCAGGTGGTCAGAAAAGCAGAGTTGCATTTGCGAAGATAACATTCAAGAAACCACACT 1980
Query 1999 TGCTATTGCTTGATGAGCCGTCCAATCATCTTGATTTGGATGCCGTGGAAGCTTTGATTC 2058
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1981 TGCTATTGCTTGATGAGCCGTCCAATCATCTTGATCTGGATGCTGTGGAAGCTTTGATTC 2040
Query 2059 AAGGACTTGTCTTATTCCAAGGCGGTATTTGCATGGTGAGTCACGACGAGCATCTGATAT 2118
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2041 AAGGACTTGTCTTATTCCAAGGCGGTATTTGCATGGTGAGTCACGACGAGCATCTGATAT 2100
Query 2119 CGGGAAGCGTGGACGAGTTGTGGGTTGTGTCAGACGGCAGGATTGCACCATTCCATGGAA 2178
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2101 CGGGAAGCGTGGACGAGTTGTGGGTTGTGTCAGATGGCAGGATTGCACCATTCCATGGAA 2160
Query 2179 CCTTCCATGACTACAAGAAGCTTCTCCAGTCTTCAACTTAAGCTGCGCCGCATTTCTTGT 2238
||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| |||||| |
Sbjct 2161 CCTTCCATGACTACAAGAAACTTCTCCAATCTTCAACTTAAGCTGCGCTGCATTTAT--- 2217
Query 2239 ATTCCCCAAATCCATGTTGCGTTTT---T---GTTTACCCTC--AATACGACACAAGAGT 2290
||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| |||||||||| ||||
Sbjct 2218 ATTCCCCAAATCCATGTTGCGTTTTGCGTTTTGTTTACCCTCGCAATACGACAC--GAGT 2275
Query 2291 CCTTTAT-A--CCTGAGAATTTGGCGACAGTATTTTGCTTTATGTATTAAGGTTGAAACT 2347
||||||| | ||||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2276 CCTTTATTATACCTGAGA-TTTGGCGACCGTATTTTGCTTTATGTCTTAAGGTTGAAACT 2334
Query 2348 AAAAAGAAATACTGTAAAATCAT-ACACTTGGTGGAGCACGAAAGGATTCATATCC---A 2403
||||||||||||||||||| ||| | ||||| |||| |||||||| |||||||||| |
Sbjct 2335 AAAAAGAAATACTGTAAAAACATTATACTTGTTGGAACACGAAAGTATTCATATCCTCCA 2394
Query 2404 ATGTGAATCATCCGTAAAATTGTAAACG 2431
||||| ||||| ||||||||||| ||||
Sbjct 2395 ATGTGCATCATTCGTAAAATTGTGAACG 2422
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 92864017310
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5