BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT1G64550.1 Length=2464 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg474891 jgi|Araly1|474891|fgenesh2_kg.2__21__AT1G64550.1 3993 0.0 > Ahg474891 jgi|Araly1|474891|fgenesh2_kg.2__21__AT1G64550.1 Length=2450 Score = 3993 bits (2162), Expect = 0.0 Identities = 2343/2428 (96%), Gaps = 22/2428 (1%) Strand=Plus/Plus Query 20 TTATCAAATCAGTTTTTGTGGAATTTTGAATCTCGTCGCTTCTGTG-TTGGCTATGACTG 78 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| Sbjct 1 TTATCAAATCAGTTTTTGTGGAATTTTGAATCTCGTCGCTTCTGTGTTTGGCCATGACTG 60 Query 79 AAGTTGCGAGCTCAGTGGTGTATGAAGTGCTCGGACGCAGAGCTCAGGATGTGGACGAGC 138 ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 61 AAGTTGCGAGCTCGGTGGTGTATGAAGTGCTCGGACGCAGAGCTCAGGATGTGGACGAGC 120 Query 139 CGATTATGGACTACATCATTAATGTCCTCGCTGATGAGGATTTCGACTTCGGTGAGGAAG 198 ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 121 CGATTATGGACTACATCATCAATGTCCTCGCTGATGAAGATTTCGACTTCGGTGAGGAAG 180 Query 199 GTGAAGGCGCCTTTGATGCCGTCGGTGAGCTCCTCGTCGCTGCTGAATGCGTTTCCGATT 258 ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 181 GTGAAGGTGCCTTTGATGCCGTCGGTGAGCTCCTCGTCGCTGCTGAATGCGTTTCCGATT 240 Query 259 TCGAAGAGTGCCGTTTGGTTTGTAGCAAACTGTCGGATAAGTTTGGAAAGCATGGATTGG 318 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 241 TCGAAGAGTGCCGTTTGGTTTGTAGCAAACTGTCGGATAAGTTTGGAAAGCATGGATTGG 300 Query 319 TGAAGCCTACACCTACTGTGAGGAGTCTTGCTATGCCTGTGCGGATGAACGATGGGATGG 378 ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 301 TGAAGCCTACACCAACTGTGAGGAGTCTTGCTATGCCTGTGCGGATGAACGATGGAATGG 360 Query 379 ATGATGGACCTGTTAAGAAGAAGAAGCCAGAGCCTGTGGATGGGCCTTTGCTCACTGAAC 438 |||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 361 ATGATGGACCGGTGAAGAAGAAGAAGCCGGAGCCTGTGGATGGCCCTTTGCTCACTGAAC 420 Query 439 GTGACTTGGCTAAGATTGAAAGGAGAAAGAAAAAGGATGATCGCCAAAGAGAGCTACAAT 498 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 421 GTGACTTGGCTAAGATTGAAAGGAGAAAGAAAAAGGATGATCGCCAAAGAGAGCTACAAT 480 Query 499 ATCAGCAGCATGTTGCTGAAATGGAAGCCGCTAAAGCAGGGATGCCTACTGTTAGTGTCA 558 |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 481 ATCAACAGCATGTTGCTGAAATGGAAGCCGCTAAAGCAGGGATGCCTACTGTTAGTGTCA 540 Query 559 ATCATGACACTGGTGGTGGCTCTGCTATCAGAGATATTCATATGGATAACTTTAATGTTT 618 ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 541 ATCATGACACTGGTGGTGGCTCTGCCATCAGAGATATTCATATGGATAACTTTAATGTTT 600 Query 619 CTGTTGGAGGCCGTGATCTCATTGTCGATGGATCAATCACCCTCTCTTTTGGACGTCATT 678 ||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 601 CTGTTGGTGGCCGTGACCTGATTGTCGATGGATCAATCACCCTCTCTTTTGGACGCCATT 660 Query 679 ACGGTCTTGTAGGACGTAATGGTACCGGAAAAACAACTTTTTTGAGGTATATGGCTATGC 738 |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 661 ACGGTCTTGTAGGACGTAATGGTACCGGGAAAACAACTTTTTTGAGGTATATGGCTATGC 720 Query 739 ATGCTATAGAGGGTATTCCTACTAATTGCCAGATATTGCATGTTGAACAAGAAGTCGTTG 798 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| Sbjct 721 ATGCTATAGAGGGTATTCCTACTAATTGCCAGATATTGCATGTCGAACAAGAAGTGGTTG 780 Query 799 GTGACAAGACAACAGCCTTACAGTGCGTTCTTAACACTGATATTGAAAGAACCAAACTGT 858 |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 781 GTGACAAGACAACAGCCTTACAATGCGTTCTTAACACTGATATTGAAAGAACCAAGCTGT 840 Query 859 TGGAAGAAGAGATTCAAATACTAGCAAAGCAGAGAGAAACGGAAGAACCCACAGCTAAGG 918 |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 841 TGGAAGAAGAAATTCAAATACTGGCAAAGCAGAGAGAAATGGAAGAACCCACAGCTAAGG 900 Query 919 ATGGAATGCCTACCAAAGACACAGTTGAAGGAGATCTTATGTCTCAAAGGCTTGAAGAAA 978 ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 901 ATGGATTGCCTACCAAAGACACACTTGAAGGAGATCTTATGTCTCAAAGGCTTGAAGAAA 960 Query 979 TATACAAAAGGCTTGATGCAATTGATGCTTATACTGCTGAGGCTCGGGCAGCTAGTATCC 1038 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 961 TATACAAAAGGCTTGATGCAATTGATGCTTATACTGCTGAGGCTCGGGCAGCTAGTATCC 1020 Query 1039 TTGCTGGTCTAAGTTTCACTCCAGAAATGCAGCTGAAAGCTACAAATACTTTTTCAGGAG 1098 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 1021 TTGCTGGTCTAAGTTTCACTCCAGAAATGCAGCTGAAAGCTACAAATACATTTTCAGGAG 1080 Query 1099 GATGGAGAATGCGAATTGCACTTGCTCGTGCACTATTTATAGAGCCTGATTTGTTGTTGC 1158 ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1081 GATGGAGGATGCGAATTGCACTTGCTCGTGCACTATTTATAGAGCCTGATTTGTTGTTGC 1140 Query 1159 TTGATGAACCTACGAACCATCTTGATCTCCATGCTGTCTTATGGTTAGAAACATATCTAA 1218 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1141 TTGATGAACCTACGAACCATCTTGATCTCCATGCTGTCTTATGGTTAGAAACATATCTAA 1200 Query 1219 CGAAGTGGCCAAAAACATTTATAGTCGTTTCCCATGCTAGGGAATTCTTGAACACGGTGG 1278 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1201 CGAAGTGGCCAAAAACATTTATAGTCGTTTCCCATGCTAGGGAATTCTTGAACACGGTGG 1260 Query 1279 TCACGGACATCATCCATTTGCAAAACCAAAAACTAAGTACCTATAAAGGAAATTATGATA 1338 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 1261 TCACGGACATCATCCATTTGCAAAACCAAAAACTAAGTACCTATAAGGGAAATTATGATA 1320 Query 1339 TCTTCGAAAGAACACGGGAAGAACAAGTGAAAAATCAGCAAAAAGCTTTTGAATCAAGTG 1398 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 1321 TTTTCGAAAGAACACGGGAAGAACAAGTGAAAAATCAACAAAAAGCTTTTGAATCAAGTG 1380 Query 1399 AACGATCACGGTCACATATGCAGGCGTTCATTGATAAATTTCGTTACAATGCAAAGAGGG 1458 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1381 AACGATCACGGTCACATATGCAGGCGTTCATTGATAAATTTCGTTACAATGCAAAGAGGG 1440 Query 1459 CGTCTCTTGTTCAGTCAAGAATCAAGGCATTGGACCGACTGGCTCATGTGGATCAAGTTA 1518 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1441 CGTCTCTTGTTCAGTCAAGAATCAAGGCATTGGACCGACTGGCTCATGTGGATCAAGTTA 1500 Query 1519 TTAATGATCCTGACTATAAATTTGAATTCCCAACTCCTGACGATAAGCCTGGACCTCCCA 1578 |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1501 TTAATGATCCCGACTATAAATTTGAATTCCCAACTCCTGACGATAAGCCTGGACCTCCCA 1560 Query 1579 TCATCAGTTTTAGTGATGCATCATTTGGCTACCCTGGTGGTCCGTTGTTGTTTAGGAACC 1638 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1561 TTATCAGTTTTAGTGATGCATCATTTGGCTACCCTGGTGGTCCGTTGTTGTTTAGGAACC 1620 Query 1639 TAAATTTCGGAATAGATCTGGACAGCCGTATTGCAATGGTGGGACCCAATGGTATTGGTA 1698 ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 1621 TAAATTTCGGAATAGATCTGGACAGCCGTATCGCAATGGTGGGACCGAATGGTATTGGTA 1680 Query 1699 AATCAACAATACTCAAACTTATTTCTGGCGATCTGCAACCAAGCTCTGGAACAGTTTTCC 1758 |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1681 AATCAACAATACTCAAACTTATTTCTGGGGATCTGCAACCAAGCTCTGGAACAGTTTTCC 1740 Query 1759 GTTCTGCTAAGGTTCGAGTTGCAGTCTTTAGTCAGCACCATGTGGATGGACTAGACCTTT 1818 ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1741 GTTCTGCCAAGGTTCGAGTTGCAGTTTTTAGTCAGCACCATGTGGATGGACTAGACCTTT 1800 Query 1819 CATCGAATCCTCTTCTATATATGATGAGATGCTACCCAGGAGTACCAGAACAAAAGCTGA 1878 | |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||| | Sbjct 1801 CTTCGAATCCTCTTCTATATATGATGCGCTGCTACCCAGGAGTACCGGAACAAAAGCTCA 1860 Query 1879 GAAGTCACTTGGGTTCTCTTGGGGTAACTGGAAATCTTGCACTGCAGCCCATGTACACTT 1938 |||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1861 GAAGTCACTTGGGTTCTCTTGGTGTCACTGGAAATCTTGCACTGCAGCCCATGTACACTT 1920 Query 1939 TATCAGGTGGTCAGAAAAGCAGAGTTGCATTTGCGAAGATAACATTCAAGAAACCACACT 1998 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1921 TATCAGGTGGTCAGAAAAGCAGAGTTGCATTTGCGAAGATAACATTCAAGAAACCACACT 1980 Query 1999 TGCTATTGCTTGATGAGCCGTCCAATCATCTTGATTTGGATGCCGTGGAAGCTTTGATTC 2058 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| Sbjct 1981 TGCTATTGCTTGATGAGCCGTCCAATCATCTTGATCTGGATGCTGTGGAAGCTTTGATTC 2040 Query 2059 AAGGACTTGTCTTATTCCAAGGCGGTATTTGCATGGTGAGTCACGACGAGCATCTGATAT 2118 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2041 AAGGACTTGTCTTATTCCAAGGCGGTATTTGCATGGTGAGTCACGACGAGCATCTGATAT 2100 Query 2119 CGGGAAGCGTGGACGAGTTGTGGGTTGTGTCAGACGGCAGGATTGCACCATTCCATGGAA 2178 |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2101 CGGGAAGCGTGGACGAGTTGTGGGTTGTGTCAGATGGCAGGATTGCACCATTCCATGGAA 2160 Query 2179 CCTTCCATGACTACAAGAAGCTTCTCCAGTCTTCAACTTAAGCTGCGCCGCATTTCTTGT 2238 ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| |||||| | Sbjct 2161 CCTTCCATGACTACAAGAAACTTCTCCAATCTTCAACTTAAGCTGCGCTGCATTTAT--- 2217 Query 2239 ATTCCCCAAATCCATGTTGCGTTTT---T---GTTTACCCTC--AATACGACACAAGAGT 2290 ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| |||||||||| |||| Sbjct 2218 ATTCCCCAAATCCATGTTGCGTTTTGCGTTTTGTTTACCCTCGCAATACGACAC--GAGT 2275 Query 2291 CCTTTAT-A--CCTGAGAATTTGGCGACAGTATTTTGCTTTATGTATTAAGGTTGAAACT 2347 ||||||| | ||||||| ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 2276 CCTTTATTATACCTGAGA-TTTGGCGACCGTATTTTGCTTTATGTCTTAAGGTTGAAACT 2334 Query 2348 AAAAAGAAATACTGTAAAATCAT-ACACTTGGTGGAGCACGAAAGGATTCATATCC---A 2403 ||||||||||||||||||| ||| | ||||| |||| |||||||| |||||||||| | Sbjct 2335 AAAAAGAAATACTGTAAAAACATTATACTTGTTGGAACACGAAAGTATTCATATCCTCCA 2394 Query 2404 ATGTGAATCATCCGTAAAATTGTAAACG 2431 ||||| ||||| ||||||||||| |||| Sbjct 2395 ATGTGCATCATTCGTAAAATTGTGAACG 2422 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 92864017310 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5