BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT1G65540.1 Length=2211 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg475653 jgi|Araly1|475653|fgenesh2_kg.2__783__AT1G65540.1 3430 0.0 > Ahg475653 jgi|Araly1|475653|fgenesh2_kg.2__783__AT1G65540.1 Length=2244 Score = 3430 bits (1857), Expect = 0.0 Identities = 2015/2094 (96%), Gaps = 0/2094 (0%) Strand=Plus/Plus Query 118 CGTGATTTTAAAGATGTGAAGAAGAAAGAGTCGAGCGTGTTAATGGAGGGGTTCTATAGA 177 ||||||||||||||||| ||||| |||||||||| || |||| ||||||||||||||| | Sbjct 151 CGTGATTTTAAAGATGTCAAGAATAAAGAGTCGACCGGGTTATTGGAGGGGTTCTATACA 210 Query 178 AGTAGATTACTTCAGTCTCCAAGTTTTAGTAATGGAGTTGGAATATTAGAATTGCCTTAT 237 |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| Sbjct 211 AGTAGATTACTTCAGTCTCCAAATTTTAGTAATGGAGTTGGAAGATTAGAATTCCCTTAT 270 Query 238 CCTTTGGGATATAGATTGGTTTTTCAATCTATGTACTCGTCTTTGGCAACGGCTAATAAG 297 ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| Sbjct 271 CCTTTGGGATATAGATTGGTTCGACAATCTATGTACTCCTCTTTGGCAACGGCTAACAAG 330 Query 298 CCTGACCATGATAAAAAGGGAGAAAAGGTTACCTCGCAAACTAAAGAAGCTTCTCCTGAG 357 |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| |||||||||||||||||| Sbjct 331 CCTGACCATGATAAAAAGGGAGAAAAGGTTACTTTGCAAACCAAAGAAGCTTCTCCTGAG 390 Query 358 GAGTGTGATGAGGCTGTTGAGGGGTTAAGTTTAGCTAAGGCTAAAGCTAAAGCTATGAAA 417 ||||||||||| ||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 391 GAGTGTGATGAAGCTGTTGAGGGATTGAGTTTGGCTAAGGCTAAAGCTAAAGCCATGAAA 450 Query 418 TTGGAAGAATCACAGAAATCTGATATATCCATTATGCAACGTGTGCGGTTGTTTCTTCTG 477 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 451 TTGGAAGAATCACAGAAATCTGATATATCCATTATGCAACGTGTGCGGTCGTTTCTTCTG 510 Query 478 GGGATAGGTCCTGCTTTGAGAGCTATTGCATCAATGAGCAGGGAAGATTGGGCTAAGAAG 537 || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 511 GGAATAGGTCCTGCTTTGAGAGCTATTGCATCGATGAGCAGGGAAGATTGGGCTAAGAAG 570 Query 538 CTTCGTCACTGGAAAGATGAATTTAAGTCTACTCTGCAACATTACTGGCTGGGGACAAAG 597 |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||| Sbjct 571 CTTCGTCACTGGAAAGATGAATTTAAATCTACTCTCCAACACTACTGGCTGGGGACAAAG 630 Query 598 TTGCTTTGGGCTGATGTCAGGATCAGTGTAAGGCTGCTTGTTAAACTTGCTAATGGAAAA 657 ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 631 TTGCTCTGGGCTGATGTCAGGATCAGTGTAAGGCTGCTTGTTAAACTTGCTAATGGAAAA 690 Query 658 GGTCTATCTAGGAGGGAACGACAACAACTCACTCGAACAACTGCCGACATTTTTAGATTA 717 ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 691 GGTCTCTCTAGGAGGGAACGACAACAACTCACTCGAACAACTGCCGACATTTTTAGATTA 750 Query 718 GTCCCGGTTGCAGTTTTCATTATTGTTCCATTCATGGAGTTTTTGCTACCGGTGTTTCTT 777 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| Sbjct 751 GTCCCGGTTGCAGTTTTCATTATTGTTCCATTCATGGAGTTCTTGCTACCGGTATTTCTT 810 Query 778 AAGTTGTTCCCAAACATGCTGCCGTCAACTTTCCAGGATAAGATGAAAGAAGAGGAGGCT 837 ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 811 AAGCTGTTCCCAAACATGTTGCCGTCAACTTTCCAGGACAAGATGAAAGAAGAGGAGGCT 870 Query 838 CTAAAAAGAAGGTTGAATGCAAGAATGGAATATGCTAAGTTTCTCCAAGATACTGTCAAA 897 ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 871 CTAAAAAGAAGGTTGAATGCAAGAATGGAGTATGCTAAGTTTCTCCAAGATACTGTTAAA 930 Query 898 GAAATGGCAAAGGAAGTCCAAACCTCTCGCAGTGGAGAGATAAAGAAGACTGCAGAAGAT 957 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| Sbjct 931 GAAATGGCAAAGGAAGTCCAAACCTCTCGCAGTGGGGAGATAAAAAAGACTGCAGAAGAT 990 Query 958 CTAGATGGATTTATGACCAAGGTTAGAAGAGGAGTCGGTGTTTCGAATGATGAAATTTTG 1017 || ||||||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| Sbjct 991 CTTGATGGATTTATGAACAAGGTCAGAAGAGGAGTTGGTGTTTCAAATGATGAAATTTTG 1050 Query 1018 GGCTTTGCAAAGCTCTTCAATGATGAGCTTACATTGGATAACATTAACAGGTCCCGATTG 1077 || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 1051 GGATTTGCAAAGCTCTTCAATGATGAGCTTACATTGGATAACATTAACAGGTCTCGATTG 1110 Query 1078 GTAAATATGTGCAAATACATGGGTATTAGCCCATTCGGAACTGATGCATATTTACGTTAT 1137 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| Sbjct 1111 GTAAATATGTGCAAATACATGGGTATTAGCCCATTTGGAACTGATGCATATTTGCGTTAT 1170 Query 1138 ATGCTTCGGAAAAGATTACAGGAGATTAAAAAGGATGATAAGTTGATCAAGGCTGAAGGT 1197 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1171 ATGCTTCGGAAAAGATTACAGGAGATTAAAAAGGATGATAAGTTGATCAAGGCTGAAGGT 1230 Query 1198 GTGGAGTCTCTCTCAGAAGCTGAACTTCGCCAAGCTTGCAGAGAGAGAGGAATGCTTCAA 1257 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1231 GTGGAGTCTCTCTCAGAAGCTGAACTTCGCCAAGCTTGCAGAGAGAGAGGAATGCTTCAA 1290 Query 1258 TTGGGTTCAGTTGAAGAAATGAGAGAGCAGCTAGTTGACTGGCTGGATTTATCTCTCAAC 1317 ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 1291 TTGGGTTCAGTTGAAGAAATGAGAGAGCAGCTAATTGACTGGCTGGATTTATCTCTTAAC 1350 Query 1318 CATTCGGTACCATCATCCCTCTTAATTCTTTCTAGATCATTCTCAATGGCTGGGAAACTC 1377 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| Sbjct 1351 CATTCGGTACCATCATCCCTCTTAATTCTTTCTAGGTCATTTTCAATGGCTGGGAAACTC 1410 Query 1378 AAGCCAGAAGAGGCTGTTCAAGCTACTCTCTCCTCTCTGCCAGATGAGGTTGTGGACACA 1437 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1411 AAGCCAGAAGAGGCTGTTCAAGCTACTCTCTCCTCTCTGCCAGATGAGGTTGTGGACACT 1470 Query 1438 GTTGGGGTTACAGCTCTGTCATCAGAGGATTCTGTATCAGAAAGgaagaggaagttagaa 1497 ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 1471 GTTGGGGTTACAGCTCTTTCATCAGAAGATTCTGTATCAGAAAGAAAGAGGAAGTTAGAA 1530 Query 1498 tacctagaaatgcaagaagaattaatcaaggaggaggaagaagaagaagaagaggaaatg 1557 ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| Sbjct 1531 TACCTTGAAATGCAAGAAGAATTAATCAAGGAGGAGGAGGAAGAAGAAGAGGAGGAAATG 1590 Query 1558 gcaaagatgaaagagTCTGCTTCAAGCCAAAAAGATGTAGCTTTGGATGAGATGATGGCA 1617 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1591 GCAAAGATGAAAGAGTCTGCTTCAAGCCAAAAAGATGTAGCTTTGGATGAGATGATGGCA 1650 Query 1618 TCTACAGCTAAAGATGCTAATGAGCAAGCGAAAGCGAAAACTCTTGAGAAACATGAGCAG 1677 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1651 TCTACAGCTAAAGATGCTAATGAGCAAGCGAAAGCGAAAACTCTTGAGAAACATGAGCAG 1710 Query 1678 CTTTGTGAGCTCAGCCGTGCATTAGCTGTTTTGGCTTCCGCATCTTCTGTTAGCATGGAG 1737 ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 1711 CTTTGTGAGCTCAGCCGTGCATTGGCTGTTTTGGCTTCCGCATCTTCTGTTAGTATGGAG 1770 Query 1738 CGTGAAGAGTTCCTGAAACTAGTTAAAAAAGAGGTAGATCTATACAACAGCATGGTAGAG 1797 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1771 CGTGAAGAGTTCCTGAAACTAGTTAAAAAAGAGGTAGATCTATACAACAGCATGGTAGAG 1830 Query 1798 AAAGGTGGTACAGATGATGAGGAAGACGCTAGGAAAGCTTATTTAGCTGCTCGAGAAGAT 1857 |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1831 AAAGGTGGCACAGATGATGAGGAAGAGGCTAGGAAAGCTTATTTAGCTGCTCGAGAAGAT 1890 Query 1858 AGTGACCGAAGTGCTCAGAAAGCTATTGCTGATAAAACTTCCTCTGCACTGCTAGATAGG 1917 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| Sbjct 1891 AGTGACCGAAGTGCTCAGAAAGCTATTGCTGATAAAACTTCTTCTGCACTGTTAGATAGG 1950 Query 1918 GTGGAGACAATGCTCCAGAAACTTGAAAAGGAAATTGATGATGTCGATAACAAGATTGGC 1977 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1951 GTGGAGACAATGCTCCAGAAACTTGAAAAGGAAATTGATGATGTCGATAACAAGATTGGC 2010 Query 1978 AACCGCTGGCGACTCCTGGACAGAGATTATGATGGTAAGGTAAGCCCAGATGAAGTTGCA 2037 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| || ||| Sbjct 2011 AACCGCTGGCGACTCCTGGACAGAGATTATGATGGAAAGGTAAGTCCAGATGAGGTAGCA 2070 Query 2038 TTGGCTGCGATGTACCTGAAGGACACATTGGGCAAAGAGGGTATCCAAGAGCTTATCCAA 2097 | ||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2071 TCGGCTGCGATGTACTTGAAGGATACATTGGGCAAAGAGGGTATCCAAGAGCTTATCCAA 2130 Query 2098 AATCTGTCTAAAGATAAAGATGGCAAAATACTGGTGGAAGACTTAGTGAAGTTAGCGAGC 2157 || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 2131 AACCTTTCTAAAGATAAAGATGGCAAAATACTGGTGGAAGATTTAGTGAAGTTAGCGAGT 2190 Query 2158 GAGATTGAAGATGCTGAAGCTGAAGAAACAGACGAGCCTACAACCAAGTCTTGA 2211 |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 2191 GAGATTGAAGATGCTGAAACTGAAGAGACAGACGAGCCTACTACCAAGTCTTGA 2244 Score = 165 bits (89), Expect = 1e-39 Identities = 107/116 (92%), Gaps = 0/116 (0%) Strand=Plus/Plus Query 1 ATGGCTTCACGAGCGCTTCTTCGAAGGAGAAGTTACGACGTAGTGAAATCTCTAAGTGAA 60 ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||| Sbjct 1 ATGGCTTCAAGAGCGCTTCTTCGAAGGAGAAGTTACGATGTCGTCAAATCTCTAAGTGAA 60 Query 61 CATTTGCCTACGGTTCAATGTTTTTCAAGTATTGAGCGGCAAGGACAACGAGGATA 116 ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||| Sbjct 61 CATTTGCCTACAATTCAATGTCTTTCAAGTATTGAGCGGCAAGGACAGCGGGGATA 116 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 83227185325 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5