BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G65540.1
Length=2211
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg475653 jgi|Araly1|475653|fgenesh2_kg.2__783__AT1G65540.1 3430 0.0
> Ahg475653 jgi|Araly1|475653|fgenesh2_kg.2__783__AT1G65540.1
Length=2244
Score = 3430 bits (1857), Expect = 0.0
Identities = 2015/2094 (96%), Gaps = 0/2094 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 118 CGTGATTTTAAAGATGTGAAGAAGAAAGAGTCGAGCGTGTTAATGGAGGGGTTCTATAGA 177
||||||||||||||||| ||||| |||||||||| || |||| ||||||||||||||| |
Sbjct 151 CGTGATTTTAAAGATGTCAAGAATAAAGAGTCGACCGGGTTATTGGAGGGGTTCTATACA 210
Query 178 AGTAGATTACTTCAGTCTCCAAGTTTTAGTAATGGAGTTGGAATATTAGAATTGCCTTAT 237
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||
Sbjct 211 AGTAGATTACTTCAGTCTCCAAATTTTAGTAATGGAGTTGGAAGATTAGAATTCCCTTAT 270
Query 238 CCTTTGGGATATAGATTGGTTTTTCAATCTATGTACTCGTCTTTGGCAACGGCTAATAAG 297
||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||
Sbjct 271 CCTTTGGGATATAGATTGGTTCGACAATCTATGTACTCCTCTTTGGCAACGGCTAACAAG 330
Query 298 CCTGACCATGATAAAAAGGGAGAAAAGGTTACCTCGCAAACTAAAGAAGCTTCTCCTGAG 357
|||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 331 CCTGACCATGATAAAAAGGGAGAAAAGGTTACTTTGCAAACCAAAGAAGCTTCTCCTGAG 390
Query 358 GAGTGTGATGAGGCTGTTGAGGGGTTAAGTTTAGCTAAGGCTAAAGCTAAAGCTATGAAA 417
||||||||||| ||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 391 GAGTGTGATGAAGCTGTTGAGGGATTGAGTTTGGCTAAGGCTAAAGCTAAAGCCATGAAA 450
Query 418 TTGGAAGAATCACAGAAATCTGATATATCCATTATGCAACGTGTGCGGTTGTTTCTTCTG 477
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 451 TTGGAAGAATCACAGAAATCTGATATATCCATTATGCAACGTGTGCGGTCGTTTCTTCTG 510
Query 478 GGGATAGGTCCTGCTTTGAGAGCTATTGCATCAATGAGCAGGGAAGATTGGGCTAAGAAG 537
|| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 511 GGAATAGGTCCTGCTTTGAGAGCTATTGCATCGATGAGCAGGGAAGATTGGGCTAAGAAG 570
Query 538 CTTCGTCACTGGAAAGATGAATTTAAGTCTACTCTGCAACATTACTGGCTGGGGACAAAG 597
|||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 571 CTTCGTCACTGGAAAGATGAATTTAAATCTACTCTCCAACACTACTGGCTGGGGACAAAG 630
Query 598 TTGCTTTGGGCTGATGTCAGGATCAGTGTAAGGCTGCTTGTTAAACTTGCTAATGGAAAA 657
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 631 TTGCTCTGGGCTGATGTCAGGATCAGTGTAAGGCTGCTTGTTAAACTTGCTAATGGAAAA 690
Query 658 GGTCTATCTAGGAGGGAACGACAACAACTCACTCGAACAACTGCCGACATTTTTAGATTA 717
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 691 GGTCTCTCTAGGAGGGAACGACAACAACTCACTCGAACAACTGCCGACATTTTTAGATTA 750
Query 718 GTCCCGGTTGCAGTTTTCATTATTGTTCCATTCATGGAGTTTTTGCTACCGGTGTTTCTT 777
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||
Sbjct 751 GTCCCGGTTGCAGTTTTCATTATTGTTCCATTCATGGAGTTCTTGCTACCGGTATTTCTT 810
Query 778 AAGTTGTTCCCAAACATGCTGCCGTCAACTTTCCAGGATAAGATGAAAGAAGAGGAGGCT 837
||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 811 AAGCTGTTCCCAAACATGTTGCCGTCAACTTTCCAGGACAAGATGAAAGAAGAGGAGGCT 870
Query 838 CTAAAAAGAAGGTTGAATGCAAGAATGGAATATGCTAAGTTTCTCCAAGATACTGTCAAA 897
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 871 CTAAAAAGAAGGTTGAATGCAAGAATGGAGTATGCTAAGTTTCTCCAAGATACTGTTAAA 930
Query 898 GAAATGGCAAAGGAAGTCCAAACCTCTCGCAGTGGAGAGATAAAGAAGACTGCAGAAGAT 957
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||
Sbjct 931 GAAATGGCAAAGGAAGTCCAAACCTCTCGCAGTGGGGAGATAAAAAAGACTGCAGAAGAT 990
Query 958 CTAGATGGATTTATGACCAAGGTTAGAAGAGGAGTCGGTGTTTCGAATGATGAAATTTTG 1017
|| ||||||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||
Sbjct 991 CTTGATGGATTTATGAACAAGGTCAGAAGAGGAGTTGGTGTTTCAAATGATGAAATTTTG 1050
Query 1018 GGCTTTGCAAAGCTCTTCAATGATGAGCTTACATTGGATAACATTAACAGGTCCCGATTG 1077
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1051 GGATTTGCAAAGCTCTTCAATGATGAGCTTACATTGGATAACATTAACAGGTCTCGATTG 1110
Query 1078 GTAAATATGTGCAAATACATGGGTATTAGCCCATTCGGAACTGATGCATATTTACGTTAT 1137
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1111 GTAAATATGTGCAAATACATGGGTATTAGCCCATTTGGAACTGATGCATATTTGCGTTAT 1170
Query 1138 ATGCTTCGGAAAAGATTACAGGAGATTAAAAAGGATGATAAGTTGATCAAGGCTGAAGGT 1197
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1171 ATGCTTCGGAAAAGATTACAGGAGATTAAAAAGGATGATAAGTTGATCAAGGCTGAAGGT 1230
Query 1198 GTGGAGTCTCTCTCAGAAGCTGAACTTCGCCAAGCTTGCAGAGAGAGAGGAATGCTTCAA 1257
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1231 GTGGAGTCTCTCTCAGAAGCTGAACTTCGCCAAGCTTGCAGAGAGAGAGGAATGCTTCAA 1290
Query 1258 TTGGGTTCAGTTGAAGAAATGAGAGAGCAGCTAGTTGACTGGCTGGATTTATCTCTCAAC 1317
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1291 TTGGGTTCAGTTGAAGAAATGAGAGAGCAGCTAATTGACTGGCTGGATTTATCTCTTAAC 1350
Query 1318 CATTCGGTACCATCATCCCTCTTAATTCTTTCTAGATCATTCTCAATGGCTGGGAAACTC 1377
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1351 CATTCGGTACCATCATCCCTCTTAATTCTTTCTAGGTCATTTTCAATGGCTGGGAAACTC 1410
Query 1378 AAGCCAGAAGAGGCTGTTCAAGCTACTCTCTCCTCTCTGCCAGATGAGGTTGTGGACACA 1437
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1411 AAGCCAGAAGAGGCTGTTCAAGCTACTCTCTCCTCTCTGCCAGATGAGGTTGTGGACACT 1470
Query 1438 GTTGGGGTTACAGCTCTGTCATCAGAGGATTCTGTATCAGAAAGgaagaggaagttagaa 1497
||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1471 GTTGGGGTTACAGCTCTTTCATCAGAAGATTCTGTATCAGAAAGAAAGAGGAAGTTAGAA 1530
Query 1498 tacctagaaatgcaagaagaattaatcaaggaggaggaagaagaagaagaagaggaaatg 1557
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||
Sbjct 1531 TACCTTGAAATGCAAGAAGAATTAATCAAGGAGGAGGAGGAAGAAGAAGAGGAGGAAATG 1590
Query 1558 gcaaagatgaaagagTCTGCTTCAAGCCAAAAAGATGTAGCTTTGGATGAGATGATGGCA 1617
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1591 GCAAAGATGAAAGAGTCTGCTTCAAGCCAAAAAGATGTAGCTTTGGATGAGATGATGGCA 1650
Query 1618 TCTACAGCTAAAGATGCTAATGAGCAAGCGAAAGCGAAAACTCTTGAGAAACATGAGCAG 1677
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1651 TCTACAGCTAAAGATGCTAATGAGCAAGCGAAAGCGAAAACTCTTGAGAAACATGAGCAG 1710
Query 1678 CTTTGTGAGCTCAGCCGTGCATTAGCTGTTTTGGCTTCCGCATCTTCTGTTAGCATGGAG 1737
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1711 CTTTGTGAGCTCAGCCGTGCATTGGCTGTTTTGGCTTCCGCATCTTCTGTTAGTATGGAG 1770
Query 1738 CGTGAAGAGTTCCTGAAACTAGTTAAAAAAGAGGTAGATCTATACAACAGCATGGTAGAG 1797
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1771 CGTGAAGAGTTCCTGAAACTAGTTAAAAAAGAGGTAGATCTATACAACAGCATGGTAGAG 1830
Query 1798 AAAGGTGGTACAGATGATGAGGAAGACGCTAGGAAAGCTTATTTAGCTGCTCGAGAAGAT 1857
|||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1831 AAAGGTGGCACAGATGATGAGGAAGAGGCTAGGAAAGCTTATTTAGCTGCTCGAGAAGAT 1890
Query 1858 AGTGACCGAAGTGCTCAGAAAGCTATTGCTGATAAAACTTCCTCTGCACTGCTAGATAGG 1917
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||
Sbjct 1891 AGTGACCGAAGTGCTCAGAAAGCTATTGCTGATAAAACTTCTTCTGCACTGTTAGATAGG 1950
Query 1918 GTGGAGACAATGCTCCAGAAACTTGAAAAGGAAATTGATGATGTCGATAACAAGATTGGC 1977
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1951 GTGGAGACAATGCTCCAGAAACTTGAAAAGGAAATTGATGATGTCGATAACAAGATTGGC 2010
Query 1978 AACCGCTGGCGACTCCTGGACAGAGATTATGATGGTAAGGTAAGCCCAGATGAAGTTGCA 2037
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| || |||
Sbjct 2011 AACCGCTGGCGACTCCTGGACAGAGATTATGATGGAAAGGTAAGTCCAGATGAGGTAGCA 2070
Query 2038 TTGGCTGCGATGTACCTGAAGGACACATTGGGCAAAGAGGGTATCCAAGAGCTTATCCAA 2097
| ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2071 TCGGCTGCGATGTACTTGAAGGATACATTGGGCAAAGAGGGTATCCAAGAGCTTATCCAA 2130
Query 2098 AATCTGTCTAAAGATAAAGATGGCAAAATACTGGTGGAAGACTTAGTGAAGTTAGCGAGC 2157
|| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2131 AACCTTTCTAAAGATAAAGATGGCAAAATACTGGTGGAAGATTTAGTGAAGTTAGCGAGT 2190
Query 2158 GAGATTGAAGATGCTGAAGCTGAAGAAACAGACGAGCCTACAACCAAGTCTTGA 2211
|||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2191 GAGATTGAAGATGCTGAAACTGAAGAGACAGACGAGCCTACTACCAAGTCTTGA 2244
Score = 165 bits (89), Expect = 1e-39
Identities = 107/116 (92%), Gaps = 0/116 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGCTTCACGAGCGCTTCTTCGAAGGAGAAGTTACGACGTAGTGAAATCTCTAAGTGAA 60
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||
Sbjct 1 ATGGCTTCAAGAGCGCTTCTTCGAAGGAGAAGTTACGATGTCGTCAAATCTCTAAGTGAA 60
Query 61 CATTTGCCTACGGTTCAATGTTTTTCAAGTATTGAGCGGCAAGGACAACGAGGATA 116
||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||
Sbjct 61 CATTTGCCTACAATTCAATGTCTTTCAAGTATTGAGCGGCAAGGACAGCGGGGATA 116
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 83227185325
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5