BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G65550.1
Length=1626
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg894454 jgi|Araly1|894454|Al_scaffold_0006_2450 2488 0.0
Ahg475654 jgi|Araly1|475654|fgenesh2_kg.2__784__AT1G65550.1 2449 0.0
> Ahg894454 jgi|Araly1|894454|Al_scaffold_0006_2450
Length=1644
Score = 2488 bits (1347), Expect = 0.0
Identities = 1531/1622 (94%), Gaps = 4/1622 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 7 AACGGTGGTGGCGGAAACAACGGAGCAGCAAACCGGACGGAAGAGTTACAACCCCACCCG 66
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Sbjct 25 AACGGTGGTGGCGGAAACAACGGAGCAGCAAACCGGACGGAGGAGTTACAACCCCACCCG 84
Query 67 GTGAAAGAACAACTCCCCGGAATCCAGTACTGCGTCAACAGTCCTCCTCCTTGGCTTGAA 126
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Sbjct 85 GTGAAAGAACAACTCCCCGGAATCCAATACTGCGTCAACAGTCCTCCTCCTTGGTTTGAA 144
Query 127 GCCGTAGTGTTGGGTTTCCAGCATTACTTGTTGAGTCTTGGCATCACAGTTCTGATTCCA 186
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Sbjct 145 GCCGTAGTGTTGGGTTTCCAGCATTATTTGTTGAGTCTTGGCATCACAGTTCTCATTCCA 204
Query 187 AGTGTATTAGTTCCACTCATGGGAGGTGGCT-ATGCAGAAAAGGTTAAAGTCATACAAAC 245
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Sbjct 205 AGTCTATTAGTTCCACTCATGGGAGGTGG-TGATGCAGAAAAAGTTAAAGTAATACAAAC 263
Query 246 ATTACTGTTTGTGTCTGGATTAACAACATTGTTCCAGTCATTCTTTGGAACTCGATTGCC 305
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Sbjct 264 ATTACTATTTGTGTCTGGATTAACAACATTGTTCCAGTCTTTCTTTGGAACTCGATTGCC 323
Query 306 TGTGATAGCTGTAGCTTCTTATGCCTATATCATACCTATCACTTCCATCATTTATTCGAC 365
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Sbjct 324 TGTGATAGCTGCGGCTTCTTATGCCTATATCATACCTATCACTTCCATCATTTATTCGAC 383
Query 366 CCGATTCACTTACTACACTGATCCTTTTGAAAGGTTTGTGCGAACAATGAGAAGCATACA 425
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Sbjct 384 CCGATTCACTTACTACACTGATCCTTTTGAAAGGTTTGTGAGAACAATGAGAAGCATACA 443
Query 426 AGGAGCTTTGATTATAACCGGATGTTTCCAAGTTCTTATCTGTATTCTAGGCGTATGGAG 485
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Sbjct 444 AGGAGCTTTGATTATAACCGGATGTTTCCAAGTTCTTGTATGTTTTCTAGGCGTATGGAG 503
Query 486 AAATATTGTTAGATTTCTAAGTCCACTCTCCATTGCTCCTTTGGCAACATTTACCGGATT 545
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Sbjct 504 AAATATTGTTAGATTTCTAAGCCCACTCTCCATTGCTCCTTTGGCAACATTTACCGGATT 563
Query 546 GGGACTCTACCACATCGGTTTCCCTTTGCTAGCAAGATGCGTTGAAGTGGGACTTCCCGG 605
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Sbjct 564 GGGACTCTACCACATTGGCTTCCCTTTGTTAGCAAGATGCGTTGAAGTAGGACTTCCTGG 623
Query 606 ATTGATCCTACTTATTTTTGTCACTCAGTACTTACCGCGTTTTCTGAAGATGAAAAAAGG 665
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Sbjct 624 GTTGATCTTACTTGTTTTTGTCACTCAGTACTTACCGCGTTTTTTGAAGATGAAAAAAGG 683
Query 666 AGTGATGATTTTGGATGGAAGCAGATGTGACCGTTATGGGATGATTTTATGCATTCCATT 725
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Sbjct 684 GGCGATGATTTGGGATGGAAACAGATGCGACCGCTATGGGATGATGTTATGCATTCCAGT 743
Query 726 GGTATGGTTGTTTGCTCAACTTCTCACATCCAGTGGTGTTTATGACCACAAGTCTCATAC 785
|||||||||||| ||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 744 GGTATGGTTGTTCGCTCAGCTACTCACATCGAGTGGTGTTTATGACCACAAGTCTCAGAC 803
Query 786 TACTCAAACCAGTTGTCGTACAGATCGTACTGGTCTCATCACCAACACTCCTTGGATATA 845
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 804 TACTCAAACCAGTTGTCGTACAGATCGTACTGGTCTCATCACCAACACTCCTTGGATATA 863
Query 846 CATACCATATCCTTTCCAATGGGGAAGTCCAACTTTCGACATCACTGATTCTTTTGCGAT 905
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Sbjct 864 CATACCATATCCTTTTCAATGGGGAAGCCCAACTTTCGACATCACTGATTCCTTTGCGAT 923
Query 906 GATGGCTGCGTCTTTCGTCACTCTATTTGAGTCGACTGGTTTGTTCTATGCATCCGCAAG 965
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Sbjct 924 GATGGCTGCGTCTTTCGTCACTCTCTTCGAGTCGACTGGTTTGTTCTATGCATCAGCAAG 983
Query 966 ATATGGAAGCGCGACGCCAATTCCACCATCAGTTGTTAGTCGTGGTACTTGTTGGCTGGG 1025
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Sbjct 984 ATATGGAAGTGCGACGCCGATTCCACCATCGGTTGTTAGTCGTGGTAATGGCTGGCTGGG 1043
Query 1026 AGTTGGAGTATTACTCAATGGCATGCTTGGAGGCATCACAGGGATCACAACATCAACAGA 1085
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Sbjct 1044 AGTTGGCGTATTACTCAATGGCATGCTTGGAGGCATCACGGGGATCACAACATCAACAGA 1103
Query 1086 AAATGTTGGACTTTTGGCAATGACTAAGATTGGGAGTCGAAGAGTGATACAAATATCAGC 1145
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Sbjct 1104 AAATGTTGGACTTTTGGCAATGACTAAGATTGGGAGTAGAAGAGTGATACAAATATCAGC 1163
Query 1146 TGCATTCATGAtttttttctccatttttggaaaatttggagcgttttttGCGTCCATACC 1205
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Sbjct 1164 TGCCTTCATGCTTTTTTTCTCTATTTTTGGAAAGTTTGGAGCGTTTTTCGCGTCAATACC 1223
Query 1206 ATTACCAATCATGGCATCTCTTTATTGCATCGTCTTGTGTTTTGTGTCTTCTGTGGGACT 1265
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Sbjct 1224 ATTACCAATCATGGCATCTCTTTATTGCATCGTATTGTGTTTTGTATCTTCCGCGGGACT 1283
Query 1266 TAGCTATCTACAATTCTGCAACCTCAATAGCTTCAACATCAAATTCATTCTCGGATTTTC 1325
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Sbjct 1284 TAGTTTTCTACAATTCTGCAACCTCAATAGCTTCAACACCAAATTCATTGTAGGATTTTC 1343
Query 1326 CTTTTTCATGGCTATTTCAATCCCACAATACTTCAGAGAATACTACAATGGAGGGTGGCG 1385
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Sbjct 1344 TTTTTTCATGGCTATTTCAATCCCTCAATATTTCAGAGAATATTACAATGGAGGTTGGCG 1403
Query 1386 GTCTGATCATCACTCAAATTGGTTGGAAGATATGATAAGAGTGATATTCATGTCACATAC 1445
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Sbjct 1404 GTCTGATCATCGCTCGAATTGGTTGGAAGATGTGATAAGAGTGATATTCATGTCCCACAC 1463
Query 1446 AACGGTTGCGGCAATAATTGCGATAGTGCTTGATTGCACATTGTGTCGTGACAGCGATGA 1505
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Sbjct 1464 AACGGTTGCGGCAATAATAGCGATAGTGCTTGATTGCACATTGTGTCGTGAAAACGATGA 1523
Query 1506 AGCCAAGAAAGATTGCGGAATGAAATGGTGGGATAAGTTTCGACT-TTACAATCTTGACG 1564
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Sbjct 1524 AGCCAAGAAAGATTGCGGACTGAAATGGTGGGATAAATTTCGACTATT-CAATCTTGACG 1582
Query 1565 TGCGAAACGATGAGTTTTACGGTCTACCTTGCCGCCTCAACAAATTCTTCCCTTCTCATT 1624
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Sbjct 1583 TGCGAAACGATGAGTTTTATGGTCTACCTTGCAACCTCAACAAATTCTTCCCTTCTCATT 1642
Query 1625 GA 1626
||
Sbjct 1643 GA 1644
> Ahg475654 jgi|Araly1|475654|fgenesh2_kg.2__784__AT1G65550.1
Length=1641
Score = 2449 bits (1326), Expect = 0.0
Identities = 1525/1623 (94%), Gaps = 6/1623 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 7 AACGGTGGTGGCGGAAACAACGGAGCAGCAAACCGGACGGAAGAGTTACAACCCCACCCG 66
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Sbjct 22 AACGGTGGTGGCAGAAACACCGGAGTAGGAAACCGGACGGAGGAGTTACAACCCCATCCG 81
Query 67 GTGAAAGAACAACTCCCCGGAATCCAGTACTGCGTCAACAGTCCTCCTCCTTGGCTTGAA 126
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Sbjct 82 GTGAAAGAACAACTCCCCGAAATTCAATACTGCGTCAACAGTCCTCCTCCTTGGTTTGAA 141
Query 127 GCCGTAGTGTTGGGTTTCCAGCATTACTTGTTGAGTCTTGGCATCACAGTTCTGATTCCA 186
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Sbjct 142 GCGGTAGTGTTGGGTTTCCAGCATTATTTGTTGAGTCTTGGCATCACAGTTCTCATTCCA 201
Query 187 AGTGTATTAGTTCCACTCATGGGAGGTGGCT-ATGCAGAAAAGGTTAAAGTCATACAAAC 245
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Sbjct 202 AGTCTATTAGTTCCACTCATGGGAGGTGG-TGATGCAGAAAAAGTTAAAGTAATACAAAC 260
Query 246 ATTACTGTTTGTGTCTGGATTAACAACATTGTTCCAGTCATTCTTTGGAACTCGATTGCC 305
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Sbjct 261 ATTACTATTTGTGTCTGGATTAACAACATTGTTCCAGTCTTTCTTTGGAACTCGATTGCC 320
Query 306 TGTGATAGCTG-TAGCTTCTTATGCCTATATCATACCTATCACTTCCATCATTTATTCGA 364
||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 321 TGTGATAGCTGCT-GCTTCTTATGCGTATATCATACCTATCACTTCTATCATTTATTCGG 379
Query 365 CCCGATTCACTTACTACACTGATCCTTTTGAAAGGTTTGTGCGAACAATGAGAAGCATAC 424
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Sbjct 380 CCCGATTCACTTACTACATTGATCCTTTTGAAAGGTTCGTGAGAACAATGAGAAGCATAC 439
Query 425 AAGGAGCTTTGATTATAACCGGATGTTTCCAAGTTCTTATCTGTATTCTAGGCGTATGGA 484
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Sbjct 440 AAGGAGCTCTGATTATAACCGGATGTTTCCAAGTTCTTGTCTGTTTTCTAGGCGTATGGA 499
Query 485 GAAATATTGTTAGATTTCTAAGTCCACTCTCCATTGCTCCTTTGGCAACATTTACCGGAT 544
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Sbjct 500 GAAATATTGTTAGATTGCTTAGCCCACTATCCATTGCTTCTTTGGCAACATTTACCGGAT 559
Query 545 TGGGACTCTACCACATCGGTTTCCCTTTGCTAGCAAGATGCGTTGAAGTGGGACTTCCCG 604
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Sbjct 560 TGGGACTCTACCACATTGGGTTCCCTTTGTTAGCAAGATGCATTGAAGTGGGACTTCCCG 619
Query 605 GATTGATCCTACTTATTTTTGTCACTCAGTACTTACCGCGTTTTCTGAAGATGAAAAAAG 664
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Sbjct 620 GGTTGATCCTACTTGTTTTTATCACTCAGTATTTACCGCGTTTTCTGAAGATGAAGAAAG 679
Query 665 GAGTGATGATTTTGGATGGAAGCAGATGTGACCGTTATGGGATGATTTTATGCATTCCAT 724
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Sbjct 680 GCGCGATGATTTGGGATGGAAACAGATGTGACCGTTATGGGATGATGTTATGCATTCCAG 739
Query 725 TGGTATGGTTGTTTGCTCAACTTCTCACATCCAGTGGTGTTTATGACCACAAGTCTCATA 784
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Sbjct 740 TGGTATGGTTGTTCGCTCAGCTACTCACATCGACTGGTGTTTATGACCACAAGCCTCAAA 799
Query 785 CTACTCAAACCAGTTGTCGTACAGATCGTACTGGTCTCATCACCAACACTCCTTGGATAT 844
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Sbjct 800 CTACTCAAATCAGTTGTCGTACAGATCGTACTGGTCTCATCACCAACACTCCTTGGATAT 859
Query 845 ACATACCATATCCTTTCCAATGGGGAAGTCCAACTTTCGACATCACTGATTCTTTTGCGA 904
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Sbjct 860 ACATACCATATCCTTTTCAATGGGGAAGCCCAACTTTCGACATCACTGATTCTTTTGCAA 919
Query 905 TGATGGCTGCGTCTTTCGTCACTCTATTTGAGTCGACTGGTTTGTTCTATGCATCCGCAA 964
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Sbjct 920 TGATGGCTGCGTCTTTAGTCACTCTCTTTGAGTCGACTGGTTTGTTCTATGCATCCGCAA 979
Query 965 GATATGGAAGCGCGACGCCAATTCCACCATCAGTTGTTAGTCGTGGTACTTGTTGGCTGG 1024
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Sbjct 980 GATATGGAAGCGCGACGCCAATTCCACCATCAATTGTTAGTCGTGGTACTGGCTGGCTGG 1039
Query 1025 GAGTTGGAGTATTACTCAATGGCATGCTTGGAGGCATCACAGGGATCACAACATCAACAG 1084
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Sbjct 1040 GAGTTGGAGTATTACTCAATGGCATGCTTGGAGGCATCACAGGGATCACAACATCAACAG 1099
Query 1085 AAAATGTTGGACTTTTGGCAATGACTAAGATTGGGAGTCGAAGAGTGATACAAATATCAG 1144
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1100 AAAATGTTGGACTTTTGGCAATGACTAAGATTGGGAGTCGAAGAGTGATACAAATATCAG 1159
Query 1145 CTGCATTCATGAtttttttctccatttttggaaaatttggagcgtttttt-GCGTCCATA 1203
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Sbjct 1160 CTGCATTCATGCTTTTTTTCTCCATTTTTGGAAAATTTGGAGC-TTTTTTCGCGTCCATA 1218
Query 1204 CCATTACCAATCATGGCATCTCTTTATTGCATCGTCTTGTGTTTTGTGTCTTCTGTGGGA 1263
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||
Sbjct 1219 CCATTACCAATCATGGCATCTCTTTATTGCATCGTCTTGTGTTTTGTGTCTTCAGCGGGA 1278
Query 1264 CTTAGCTATCTACAATTCTGCAACCTCAATAGCTTCAACATCAAATTCATTCTCGGATTT 1323
||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| | ||||||
Sbjct 1279 CTTAGCTTTCTACAATTCTGCAACCTCAATAGTTTCAACACCAAATTCATTTTGGGATTT 1338
Query 1324 TCCTTTTTCATGGCTATTTCAATCCCACAATACTTCAGAGAATACTACAATGGAGGGTGG 1383
|| ||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| |||||||| |||
Sbjct 1339 TCTTTTTTCATGGCTATTTCGATCCCGCAATATTTCAGAGAATACTATAATGGAGGTTGG 1398
Query 1384 CGGTCTGATCATCACTCAAATTGGTTGGAAGATATGATAAGAGTGATATTCATGTCACAT 1443
||||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1399 CGGTCTGATCATCGCGCAAATTGGTTGGAAGATGTGATAAGAGTGATATTCATGTCGCAT 1458
Query 1444 ACAACGGTTGCGGCAATAATTGCGATAGTGCTTGATTGCACATTGTGTCGTGACAGCGAT 1503
||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1459 ACAACAGTTGCGGCAATAATTGCAATAGTGCTTGATTGCACATTGTGTCGTGAAAGCGAT 1518
Query 1504 GAAGCCAAGAAAGATTGCGGAATGAAATGGTGGGATAAGTTTCGACTTTACAATCTTGAC 1563
||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| || |||||||||
Sbjct 1519 GAAGCCAAGAAAGATTGCGGACTCAAATGGTGGGATAAGTTTCGACTATATAATCTTGAC 1578
Query 1564 GTGCGAAACGATGAGTTTTACGGTCTACCTTGCCGCCTCAACAAATTCTTCCCTTCTCAT 1623
|||||||| |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1579 GTGCGAAATGATGAGTTTTACGGTCTACCTTTCGGCCTCAACAAATTCTTTCCTTCTCAT 1638
Query 1624 TGA 1626
|||
Sbjct 1639 TGA 1641
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 60944392000
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5