BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT1G65550.1 Length=1626 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg894454 jgi|Araly1|894454|Al_scaffold_0006_2450 2488 0.0 Ahg475654 jgi|Araly1|475654|fgenesh2_kg.2__784__AT1G65550.1 2449 0.0 > Ahg894454 jgi|Araly1|894454|Al_scaffold_0006_2450 Length=1644 Score = 2488 bits (1347), Expect = 0.0 Identities = 1531/1622 (94%), Gaps = 4/1622 (0%) Strand=Plus/Plus Query 7 AACGGTGGTGGCGGAAACAACGGAGCAGCAAACCGGACGGAAGAGTTACAACCCCACCCG 66 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 25 AACGGTGGTGGCGGAAACAACGGAGCAGCAAACCGGACGGAGGAGTTACAACCCCACCCG 84 Query 67 GTGAAAGAACAACTCCCCGGAATCCAGTACTGCGTCAACAGTCCTCCTCCTTGGCTTGAA 126 |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 85 GTGAAAGAACAACTCCCCGGAATCCAATACTGCGTCAACAGTCCTCCTCCTTGGTTTGAA 144 Query 127 GCCGTAGTGTTGGGTTTCCAGCATTACTTGTTGAGTCTTGGCATCACAGTTCTGATTCCA 186 |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 145 GCCGTAGTGTTGGGTTTCCAGCATTATTTGTTGAGTCTTGGCATCACAGTTCTCATTCCA 204 Query 187 AGTGTATTAGTTCCACTCATGGGAGGTGGCT-ATGCAGAAAAGGTTAAAGTCATACAAAC 245 ||| ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| |||||||| |||||||| Sbjct 205 AGTCTATTAGTTCCACTCATGGGAGGTGG-TGATGCAGAAAAAGTTAAAGTAATACAAAC 263 Query 246 ATTACTGTTTGTGTCTGGATTAACAACATTGTTCCAGTCATTCTTTGGAACTCGATTGCC 305 |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 264 ATTACTATTTGTGTCTGGATTAACAACATTGTTCCAGTCTTTCTTTGGAACTCGATTGCC 323 Query 306 TGTGATAGCTGTAGCTTCTTATGCCTATATCATACCTATCACTTCCATCATTTATTCGAC 365 ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 324 TGTGATAGCTGCGGCTTCTTATGCCTATATCATACCTATCACTTCCATCATTTATTCGAC 383 Query 366 CCGATTCACTTACTACACTGATCCTTTTGAAAGGTTTGTGCGAACAATGAGAAGCATACA 425 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 384 CCGATTCACTTACTACACTGATCCTTTTGAAAGGTTTGTGAGAACAATGAGAAGCATACA 443 Query 426 AGGAGCTTTGATTATAACCGGATGTTTCCAAGTTCTTATCTGTATTCTAGGCGTATGGAG 485 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||||| Sbjct 444 AGGAGCTTTGATTATAACCGGATGTTTCCAAGTTCTTGTATGTTTTCTAGGCGTATGGAG 503 Query 486 AAATATTGTTAGATTTCTAAGTCCACTCTCCATTGCTCCTTTGGCAACATTTACCGGATT 545 ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 504 AAATATTGTTAGATTTCTAAGCCCACTCTCCATTGCTCCTTTGGCAACATTTACCGGATT 563 Query 546 GGGACTCTACCACATCGGTTTCCCTTTGCTAGCAAGATGCGTTGAAGTGGGACTTCCCGG 605 ||||||||||||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| || Sbjct 564 GGGACTCTACCACATTGGCTTCCCTTTGTTAGCAAGATGCGTTGAAGTAGGACTTCCTGG 623 Query 606 ATTGATCCTACTTATTTTTGTCACTCAGTACTTACCGCGTTTTCTGAAGATGAAAAAAGG 665 |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 624 GTTGATCTTACTTGTTTTTGTCACTCAGTACTTACCGCGTTTTTTGAAGATGAAAAAAGG 683 Query 666 AGTGATGATTTTGGATGGAAGCAGATGTGACCGTTATGGGATGATTTTATGCATTCCATT 725 | |||||||| |||||||| |||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||| | Sbjct 684 GGCGATGATTTGGGATGGAAACAGATGCGACCGCTATGGGATGATGTTATGCATTCCAGT 743 Query 726 GGTATGGTTGTTTGCTCAACTTCTCACATCCAGTGGTGTTTATGACCACAAGTCTCATAC 785 |||||||||||| ||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 744 GGTATGGTTGTTCGCTCAGCTACTCACATCGAGTGGTGTTTATGACCACAAGTCTCAGAC 803 Query 786 TACTCAAACCAGTTGTCGTACAGATCGTACTGGTCTCATCACCAACACTCCTTGGATATA 845 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 804 TACTCAAACCAGTTGTCGTACAGATCGTACTGGTCTCATCACCAACACTCCTTGGATATA 863 Query 846 CATACCATATCCTTTCCAATGGGGAAGTCCAACTTTCGACATCACTGATTCTTTTGCGAT 905 ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 864 CATACCATATCCTTTTCAATGGGGAAGCCCAACTTTCGACATCACTGATTCCTTTGCGAT 923 Query 906 GATGGCTGCGTCTTTCGTCACTCTATTTGAGTCGACTGGTTTGTTCTATGCATCCGCAAG 965 |||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 924 GATGGCTGCGTCTTTCGTCACTCTCTTCGAGTCGACTGGTTTGTTCTATGCATCAGCAAG 983 Query 966 ATATGGAAGCGCGACGCCAATTCCACCATCAGTTGTTAGTCGTGGTACTTGTTGGCTGGG 1025 ||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| | | |||||||| Sbjct 984 ATATGGAAGTGCGACGCCGATTCCACCATCGGTTGTTAGTCGTGGTAATGGCTGGCTGGG 1043 Query 1026 AGTTGGAGTATTACTCAATGGCATGCTTGGAGGCATCACAGGGATCACAACATCAACAGA 1085 |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 1044 AGTTGGCGTATTACTCAATGGCATGCTTGGAGGCATCACGGGGATCACAACATCAACAGA 1103 Query 1086 AAATGTTGGACTTTTGGCAATGACTAAGATTGGGAGTCGAAGAGTGATACAAATATCAGC 1145 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 1104 AAATGTTGGACTTTTGGCAATGACTAAGATTGGGAGTAGAAGAGTGATACAAATATCAGC 1163 Query 1146 TGCATTCATGAtttttttctccatttttggaaaatttggagcgttttttGCGTCCATACC 1205 ||| |||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||| Sbjct 1164 TGCCTTCATGCTTTTTTTCTCTATTTTTGGAAAGTTTGGAGCGTTTTTCGCGTCAATACC 1223 Query 1206 ATTACCAATCATGGCATCTCTTTATTGCATCGTCTTGTGTTTTGTGTCTTCTGTGGGACT 1265 ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| | |||||| Sbjct 1224 ATTACCAATCATGGCATCTCTTTATTGCATCGTATTGTGTTTTGTATCTTCCGCGGGACT 1283 Query 1266 TAGCTATCTACAATTCTGCAACCTCAATAGCTTCAACATCAAATTCATTCTCGGATTTTC 1325 ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| | |||||||| Sbjct 1284 TAGTTTTCTACAATTCTGCAACCTCAATAGCTTCAACACCAAATTCATTGTAGGATTTTC 1343 Query 1326 CTTTTTCATGGCTATTTCAATCCCACAATACTTCAGAGAATACTACAATGGAGGGTGGCG 1385 ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| Sbjct 1344 TTTTTTCATGGCTATTTCAATCCCTCAATATTTCAGAGAATATTACAATGGAGGTTGGCG 1403 Query 1386 GTCTGATCATCACTCAAATTGGTTGGAAGATATGATAAGAGTGATATTCATGTCACATAC 1445 ||||||||||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || || Sbjct 1404 GTCTGATCATCGCTCGAATTGGTTGGAAGATGTGATAAGAGTGATATTCATGTCCCACAC 1463 Query 1446 AACGGTTGCGGCAATAATTGCGATAGTGCTTGATTGCACATTGTGTCGTGACAGCGATGA 1505 |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| Sbjct 1464 AACGGTTGCGGCAATAATAGCGATAGTGCTTGATTGCACATTGTGTCGTGAAAACGATGA 1523 Query 1506 AGCCAAGAAAGATTGCGGAATGAAATGGTGGGATAAGTTTCGACT-TTACAATCTTGACG 1564 ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||| Sbjct 1524 AGCCAAGAAAGATTGCGGACTGAAATGGTGGGATAAATTTCGACTATT-CAATCTTGACG 1582 Query 1565 TGCGAAACGATGAGTTTTACGGTCTACCTTGCCGCCTCAACAAATTCTTCCCTTCTCATT 1624 ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1583 TGCGAAACGATGAGTTTTATGGTCTACCTTGCAACCTCAACAAATTCTTCCCTTCTCATT 1642 Query 1625 GA 1626 || Sbjct 1643 GA 1644 > Ahg475654 jgi|Araly1|475654|fgenesh2_kg.2__784__AT1G65550.1 Length=1641 Score = 2449 bits (1326), Expect = 0.0 Identities = 1525/1623 (94%), Gaps = 6/1623 (0%) Strand=Plus/Plus Query 7 AACGGTGGTGGCGGAAACAACGGAGCAGCAAACCGGACGGAAGAGTTACAACCCCACCCG 66 |||||||||||| |||||| ||||| || |||||||||||| |||||||||||||| ||| Sbjct 22 AACGGTGGTGGCAGAAACACCGGAGTAGGAAACCGGACGGAGGAGTTACAACCCCATCCG 81 Query 67 GTGAAAGAACAACTCCCCGGAATCCAGTACTGCGTCAACAGTCCTCCTCCTTGGCTTGAA 126 ||||||||||||||||||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 82 GTGAAAGAACAACTCCCCGAAATTCAATACTGCGTCAACAGTCCTCCTCCTTGGTTTGAA 141 Query 127 GCCGTAGTGTTGGGTTTCCAGCATTACTTGTTGAGTCTTGGCATCACAGTTCTGATTCCA 186 || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 142 GCGGTAGTGTTGGGTTTCCAGCATTATTTGTTGAGTCTTGGCATCACAGTTCTCATTCCA 201 Query 187 AGTGTATTAGTTCCACTCATGGGAGGTGGCT-ATGCAGAAAAGGTTAAAGTCATACAAAC 245 ||| ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| |||||||| |||||||| Sbjct 202 AGTCTATTAGTTCCACTCATGGGAGGTGG-TGATGCAGAAAAAGTTAAAGTAATACAAAC 260 Query 246 ATTACTGTTTGTGTCTGGATTAACAACATTGTTCCAGTCATTCTTTGGAACTCGATTGCC 305 |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 261 ATTACTATTTGTGTCTGGATTAACAACATTGTTCCAGTCTTTCTTTGGAACTCGATTGCC 320 Query 306 TGTGATAGCTG-TAGCTTCTTATGCCTATATCATACCTATCACTTCCATCATTTATTCGA 364 ||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 321 TGTGATAGCTGCT-GCTTCTTATGCGTATATCATACCTATCACTTCTATCATTTATTCGG 379 Query 365 CCCGATTCACTTACTACACTGATCCTTTTGAAAGGTTTGTGCGAACAATGAGAAGCATAC 424 |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| Sbjct 380 CCCGATTCACTTACTACATTGATCCTTTTGAAAGGTTCGTGAGAACAATGAGAAGCATAC 439 Query 425 AAGGAGCTTTGATTATAACCGGATGTTTCCAAGTTCTTATCTGTATTCTAGGCGTATGGA 484 |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| Sbjct 440 AAGGAGCTCTGATTATAACCGGATGTTTCCAAGTTCTTGTCTGTTTTCTAGGCGTATGGA 499 Query 485 GAAATATTGTTAGATTTCTAAGTCCACTCTCCATTGCTCCTTTGGCAACATTTACCGGAT 544 |||||||||||||||| || || ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 500 GAAATATTGTTAGATTGCTTAGCCCACTATCCATTGCTTCTTTGGCAACATTTACCGGAT 559 Query 545 TGGGACTCTACCACATCGGTTTCCCTTTGCTAGCAAGATGCGTTGAAGTGGGACTTCCCG 604 |||||||||||||||| || ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 560 TGGGACTCTACCACATTGGGTTCCCTTTGTTAGCAAGATGCATTGAAGTGGGACTTCCCG 619 Query 605 GATTGATCCTACTTATTTTTGTCACTCAGTACTTACCGCGTTTTCTGAAGATGAAAAAAG 664 | |||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 620 GGTTGATCCTACTTGTTTTTATCACTCAGTATTTACCGCGTTTTCTGAAGATGAAGAAAG 679 Query 665 GAGTGATGATTTTGGATGGAAGCAGATGTGACCGTTATGGGATGATTTTATGCATTCCAT 724 | | |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 680 GCGCGATGATTTGGGATGGAAACAGATGTGACCGTTATGGGATGATGTTATGCATTCCAG 739 Query 725 TGGTATGGTTGTTTGCTCAACTTCTCACATCCAGTGGTGTTTATGACCACAAGTCTCATA 784 ||||||||||||| ||||| || |||||||| | ||||||||||||||||||| |||| | Sbjct 740 TGGTATGGTTGTTCGCTCAGCTACTCACATCGACTGGTGTTTATGACCACAAGCCTCAAA 799 Query 785 CTACTCAAACCAGTTGTCGTACAGATCGTACTGGTCTCATCACCAACACTCCTTGGATAT 844 ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 800 CTACTCAAATCAGTTGTCGTACAGATCGTACTGGTCTCATCACCAACACTCCTTGGATAT 859 Query 845 ACATACCATATCCTTTCCAATGGGGAAGTCCAACTTTCGACATCACTGATTCTTTTGCGA 904 |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 860 ACATACCATATCCTTTTCAATGGGGAAGCCCAACTTTCGACATCACTGATTCTTTTGCAA 919 Query 905 TGATGGCTGCGTCTTTCGTCACTCTATTTGAGTCGACTGGTTTGTTCTATGCATCCGCAA 964 |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 920 TGATGGCTGCGTCTTTAGTCACTCTCTTTGAGTCGACTGGTTTGTTCTATGCATCCGCAA 979 Query 965 GATATGGAAGCGCGACGCCAATTCCACCATCAGTTGTTAGTCGTGGTACTTGTTGGCTGG 1024 |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||| Sbjct 980 GATATGGAAGCGCGACGCCAATTCCACCATCAATTGTTAGTCGTGGTACTGGCTGGCTGG 1039 Query 1025 GAGTTGGAGTATTACTCAATGGCATGCTTGGAGGCATCACAGGGATCACAACATCAACAG 1084 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1040 GAGTTGGAGTATTACTCAATGGCATGCTTGGAGGCATCACAGGGATCACAACATCAACAG 1099 Query 1085 AAAATGTTGGACTTTTGGCAATGACTAAGATTGGGAGTCGAAGAGTGATACAAATATCAG 1144 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1100 AAAATGTTGGACTTTTGGCAATGACTAAGATTGGGAGTCGAAGAGTGATACAAATATCAG 1159 Query 1145 CTGCATTCATGAtttttttctccatttttggaaaatttggagcgtttttt-GCGTCCATA 1203 ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| Sbjct 1160 CTGCATTCATGCTTTTTTTCTCCATTTTTGGAAAATTTGGAGC-TTTTTTCGCGTCCATA 1218 Query 1204 CCATTACCAATCATGGCATCTCTTTATTGCATCGTCTTGTGTTTTGTGTCTTCTGTGGGA 1263 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| Sbjct 1219 CCATTACCAATCATGGCATCTCTTTATTGCATCGTCTTGTGTTTTGTGTCTTCAGCGGGA 1278 Query 1264 CTTAGCTATCTACAATTCTGCAACCTCAATAGCTTCAACATCAAATTCATTCTCGGATTT 1323 ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| | |||||| Sbjct 1279 CTTAGCTTTCTACAATTCTGCAACCTCAATAGTTTCAACACCAAATTCATTTTGGGATTT 1338 Query 1324 TCCTTTTTCATGGCTATTTCAATCCCACAATACTTCAGAGAATACTACAATGGAGGGTGG 1383 || ||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| |||||||| ||| Sbjct 1339 TCTTTTTTCATGGCTATTTCGATCCCGCAATATTTCAGAGAATACTATAATGGAGGTTGG 1398 Query 1384 CGGTCTGATCATCACTCAAATTGGTTGGAAGATATGATAAGAGTGATATTCATGTCACAT 1443 ||||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 1399 CGGTCTGATCATCGCGCAAATTGGTTGGAAGATGTGATAAGAGTGATATTCATGTCGCAT 1458 Query 1444 ACAACGGTTGCGGCAATAATTGCGATAGTGCTTGATTGCACATTGTGTCGTGACAGCGAT 1503 ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 1459 ACAACAGTTGCGGCAATAATTGCAATAGTGCTTGATTGCACATTGTGTCGTGAAAGCGAT 1518 Query 1504 GAAGCCAAGAAAGATTGCGGAATGAAATGGTGGGATAAGTTTCGACTTTACAATCTTGAC 1563 ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| || ||||||||| Sbjct 1519 GAAGCCAAGAAAGATTGCGGACTCAAATGGTGGGATAAGTTTCGACTATATAATCTTGAC 1578 Query 1564 GTGCGAAACGATGAGTTTTACGGTCTACCTTGCCGCCTCAACAAATTCTTCCCTTCTCAT 1623 |||||||| |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 1579 GTGCGAAATGATGAGTTTTACGGTCTACCTTTCGGCCTCAACAAATTCTTTCCTTCTCAT 1638 Query 1624 TGA 1626 ||| Sbjct 1639 TGA 1641 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 60944392000 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5