BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G67140.3
Length=6877
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg475810 jgi|Araly1|475810|fgenesh2_kg.2__940__AT1G67140.1 4239 0.0
> Ahg475810 jgi|Araly1|475810|fgenesh2_kg.2__940__AT1G67140.1
Length=6475
Score = 4239 bits (2295), Expect = 0.0
Identities = 2783/3005 (93%), Gaps = 87/3005 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 3863 AGGCTCAACTTCTGTCTGCTGTTCGTACTGCCTTGGATGCAAATTCTGGCCCTGTTCTTC 3922
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3512 AGGCTCAACTTGTGTCTGCTGTTCGTACTGCCTTGGATGCAAATTCTGGCCCTGTTCTTC 3571
Query 3923 TGGAAGCTGGGTTACAATTGGCCACAAAGATAATGACCAGTGGAATAATAAGAAGTGATC 3982
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||
Sbjct 3572 TGGAAGCTGGGTTACAATTGGCCACAAAGATAATGACAAGTGGAATAATAAGCAGTGATC 3631
Query 3983 AAGTTGCAGTCAAACGCATATTTTCTCTACTTTCACGTCCACTCAATGACTTTAACGAAT 4042
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 3632 AAGTTGCAGTCAAACGCATATTTTCTCTACTTTCACGTCCACTCAATGACTTCAACGAAT 3691
Query 4043 TATATTATCCTTCGTTTGCTGAATGGGTCACAAGCAAGATCAAGATCAGGCTTCTTGCTG 4102
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3692 TATATTATCCTTCGTTTGCTGAATGGGTCACAAGCAAGATCAAGATCAGGCTTCTTGCTG 3751
Query 4103 CACATGCCTCGCTTAAGTGTTATATATTTACGTTCTTGAGAAAACACCATGGTGAGGTGC 4162
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3752 CACATGCCTCGCTTAAGTGTTATATATTTACATTCTTGAGAAAACACCATGGTGAGGTGC 3811
Query 4163 CAGTAGAATTTGAAGCACTGTTGCCAATGTTTTCCAAGAGTTCAGACCTTCTCGGGAGGT 4222
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| || || |||||||
Sbjct 3812 CAGTAGAATTTGAAGCACTGTTGCCATTGTTTTCCAAGAGCTCAGATCTGCTTGGGAGGT 3871
Query 4223 ACTGGATTCAGGTCCTAAAGGGCTACAGTTATATTTGCTTATGTCAAAACCTCAAGAA-A 4281
|||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||| ||||| || || |
Sbjct 3872 ACTGGATTCAGGTCCTAAGGGGATACAGTTATGTTTGCTTATGTCAGAACCTTAA-AAGA 3930
Query 4282 AGTCAGTGCTCATTCTTAGATGAAATCCTGCCACATACTGTGTCAAGAAGGCTACAGCCT 4341
|||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3931 AGTCAGTGCTCATTCTTAGACGAAATCCCGCCACATACTGTGTCAAGAAGGCTACAGCCT 3990
Query 4342 TGTCTGGAAGAGGCATGGCCTGTCATCCTGCAAGCTTTAGTCCTGGATGCAATTCCGGTG 4401
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 3991 TGTCTGGAAGAGGCATGGCCTGTCATCCTGCAAGCTTTAGTCCTGGATGCAATTCCTGTG 4050
Query 4402 AATCATAGTGTTGAAGAATTTTCTGATAGGTCCTTGATATCTACACATCGCATGGTTACA 4461
||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 4051 AATCATAGTGTGGAAGAATTTTCTGATAGGTCCTTAATATCTAGACATCGCATGGTTACA 4110
Query 4462 CTAGAGGCTGAAGATTTTCAGTTTCTATGGGGCTTCGCTGTACTTGTCTTGTTTCAAGGG 4521
||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||
Sbjct 4111 CTAGAGGTTGAAGATTATCAGTTTCTATGGGGCTTCGCTGTACTTGTCTTATTTCAGGGG 4170
Query 4522 ATGCATCCAGCCTCTAGTATGCAAGTAATACCTTTTAGCTCAGCTAAAATCAAAT-CTAG 4580
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||
Sbjct 4171 ATGCATCCAGCCTCTAATATGCAAGTAATACCTTTTAGCTCAGCTAAAATCAAATGC-AG 4229
Query 4581 TGGAGACTCCAGCATCAACGAATCTTCGTTCCAGGGCCTAAAGTTATATGAAATTGCATT 4640
||||||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4230 TGGAGACTCTGGCATCAATGAATCTTCGTACCAGGGCCTAAAGTTATATGAAATTGCATT 4289
Query 4641 ACCAGTTTTCCAATCTCTTTCTGCTGGAAGAtttttttCCAGTGGCTTTCTTAGTATAGA 4700
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 4290 ACCAGTTTTCCAATCTCTTTCTGCTGGAAGATTTTTTTCCAGTGGCTTTCTTAGCATAGA 4349
Query 4701 CCTCTGCCAAGAGCTATTGCAGGTTTTGTCGTATTCCTTTCATATGGACAGTTCATGGGA 4760
||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4350 TCTCTGCCAAGAACTATCGCAGGTTTTCTCGTATTCCTTTCATATGGACAGTTCATGGGA 4409
Query 4761 TATTCTTGCAGTATCAGTAGTACAACAGATCTCACAAAACTGTCCAAAAGATTTTCTTGA 4820
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4410 TATTCTTGCAGTATCAGTAGTACAACAGATTTCACAAAACTGTCCAAAAGATTTTCTTGA 4469
Query 4821 AAGTGAGGAATTTGCCTATTCGACTATTGAACTCTGTCTTGGGTACCTGTTCAAAATTCT 4880
||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 4470 AAGTGAGCAATTTGCCTATTCGACCATTGAACTCTGTCTGGGGTACCTGTTCAAAATTCT 4529
Query 4881 CCACAGACATAATGAAATTTCGCCAGATGATGGCATTTGGGACAATATGCTTTCCCCTTT 4940
||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||
Sbjct 4530 CCACAGACATAATAAAATTTCGACAGATGATGACATTTGGGATAATATGCTTTCTCCTTT 4589
Query 4941 ATTTATCTCCATAAAGACGCTAGTGAAACGTTTTGAGTTGAAGCATCGTTTAAATTCGGC 5000
|||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4590 ATTTATCTCCATAAAGACACTAGTGACACGTTTTGAGTTGAAGCATCGTTTAAATTCGGC 4649
Query 5001 GCCTTTGGCATTTTTATTAAGTGGCTACAAGTGCATCCGGCAAGTCCCCACTGACGCATA 5060
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4650 GCCTTTGGCATTTTTATTAAGTGGCTACAAGTGCATCCGGCAAGTCCCCACTGACGCATA 4709
Query 5061 CCTACCCAAAGCTCTTGAGATTGTGAAGTCCACCAACGATTTATTGCTTGAGCTTACCAG 5120
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||
Sbjct 4710 CCTACCCAAAGCTCTTGAGATTGTGAAGTCCACCAATGAGTTATTGCATGAGCTTACCAG 4769
Query 5121 AGCCTCATCGCAAAAGCCTTATACTGATGGCACTAATTTTGCTGCCGATAGTGGCTTCCA 5180
| ||||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||
Sbjct 4770 ACCCTCATCACAAAAACCTTCTACTGATGGCACTAATTTTGCTGCCGATAGTAGCGTCCA 4829
Query 5181 TCTAAGAGCAATTTTTGGTGCTTGTCTGCATATGGTTGGGGATCTGACTAGAGATTGTAT 5240
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||
Sbjct 4830 TCTAAGAGCAATTTTTGGTGCTTGTCTGCATATGGTTGGTGATCTGACTAAAGATTGTAT 4889
Query 5241 CAACGGTATCCAG-CTTGTGGACAGCAAGAGATCAGGGTTACGCAAGCTACTTCAGTTGA 5299
||||||||||| | |||||||||| ||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||
Sbjct 4890 CAACGGTATCC-GTCTTGTGGACAACAAAAGATCAGGATTACGCAAGCTTCTTCAGTTGA 4948
Query 5300 AGCTTGTATTCTGTCTGGAACAACTCTTTTCACTGGCTAAGCTTGCCTACGAGTTTGATT 5359
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |
Sbjct 4949 AGCTTGTATTCTGTCTGGAACAACTCTTTTCACTGGCTAAGCTTTCCTACGAGTTTGACT 5008
Query 5360 GTCCAGTAGATGAAACTAATACCAATTCTATCTGTATTGTCATGTTGAAGAGTTGCCAAA 5419
|||||| |||||||| | ||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 5009 GTCCAGGAGATGAAATTGATACCAACTCTACCTGTATTGCCATGTTGAAGAGTTGCCAAA 5068
Query 5420 TTAGTATAGCAGCAGTTGTTAAAGATTCCAATGTTCAGGTTCAAGCTACTGTCTTACAAG 5479
|||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5069 TTAGTATAGCGGCAGTAGTTAAAGATTCCAATGTTCAGGTTCAAGCTACTGTCTTACAAG 5128
Query 5480 TGCTAAAAAGCTTGGTACAGCGATACAACAACCCAGAGGAGAAAAGTTTTGTGATCTTAT 5539
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
Sbjct 5129 TGCTAAAAAGCTTGGTACAGCGATACAACAACCCAGAGGAGAAAAGTTTTGTCATCTTCT 5188
Query 5540 TTGTCGGCGAACTTATTGGAGATATTGTCAGTCTGATGCAGAGGGCGCTTCTGGTTAAAC 5599
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 5189 TTGTCGGCGAACTTATTGGAGATATTGTCAGTCTGATGCAGAGGGCGCTTCTG---AAAC 5245
Query 5600 CTGTGAATACGGAATCGGTGGTCATAGCTGGTGAATGCTTGCGGTTCATAATGCTACTTC 5659
|| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5246 CTATGAATAAGGAATCGGTGGTCATAGCTGGTGAATGCTTGCGGTTCATAATGCTACTTC 5305
Query 5660 AGACACACTCAATTACAGATGAACTTCAGAAGGG-ATTCATGAGCCTTTTTCTTGAAGTG 5718
|||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 5306 AGACACACTCAATTACTGATGAACTTCA-AAGGGGATTCATGAGCCTTTTCCTTGAAGTG 5364
Query 5719 GTTCTTGTCGTCTTCTCTAAGACTTCAGATGGCGTTTCTCAGGAAGTCCTCGAGTTAAGA 5778
|||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 5365 GTTCTTGTGGTTTTCTCTAAGACTTCAGATGGCGTTTCTCAGGAAGTCTTCGAGTTAAGA 5424
Query 5779 AATGTAGCTGTGCGGCTTGTTTCTCATCTAGCTCAGTTGCCTTCCTCGGCTGTTCACTTT 5838
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5425 AATGTAGCTGTGCGGCTTGTTTCCCATCTAGCTCAGTTGCCTTCCTCGGCTGTTCACTTT 5484
Query 5839 AAGGATGTTTTGCTGTCGCTTCCAGTAACACACCGGCAGCAGCTTCAGGATATTATTCGT 5898
||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 5485 AAGGATGTTTTGCTGTCTCTTCCAGCAACACACCGGCAGCAGCTTCAGGATATTATCCGT 5544
Query 5899 GCTTCTGTCTCTAAAGATAGTGCCCTTGCGAAGCCAAAATCCTTGGTTCCAGCCATGGAT 5958
||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 5545 GCTTCCGTCTCTAAAGATAGTACCCTTCCGAAGCCAAAATCCTTGGTTCCACCCATGGAT 5604
Query 5959 ATCAAACTACCAGCACCTGTGGTAGCAACGCCTGAAAAAGTTACCTCTACTGCTAATATG 6018
|||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5605 ATCAAACTACCACCACCTGTGGTAGCAACACCTGAAAAAGTTACCTCTACTGCTAATATG 5664
Query 6019 GTTAAAGAAGAAGCGTTGTCTACTATGCCAACATCTTTCAATCAGGTTAGCACAGTAGAA 6078
||||||| |||||| ||||| ||| |||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 5665 GTTAAAGCAGAAGCATTGTCCACTGTGCCAATATCATTCAATCAGATTAGCACAGTAGAA 5724
Query 6079 AGTGGAACTGACgaagaaga--a-gaagaagaagaagatgatgatgatgatgat---TGG 6132
|||| || |||||||||| | | ||||||||||| |||||||||||||||||| |||
Sbjct 5725 AGTGAAATTGACGAAGAAAATGATGAAGAAGAAGATGATGATGATGATGATGATGACTGG 5784
Query 6133 GACACTTTCCAGTCTTTCCCTGCTTCCACAAATCTTGAAGGGTCAGAGTCTAAGACAGAA 6192
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5785 GACACTTTCCAGTCTTTTCCTGCTTCCACAAATCTTGAAGGGTCAGAGTCTAAGACAGAA 5844
Query 6193 AGTGTTGCTGAAGAGGAGCCGGATCTTCCTGGGAGGTCTTCTATACAGGATGATGAATCA 6252
|||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 5845 AGTGTTGCTGAAGAGGAGCCAGATCTTCCTGGGAGTTCTTCTATACAAGATGATGAATCA 5904
Query 6253 AATG---CAGA-A-----------G-A-AA----CTGATGATCAACATCTTGCATCTGAC 6291
|||| || | | | | || |||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 5905 AATGAGACAAATAATTCACTACTTGCAGAAGAAGCTGATGATCAACATTTTGCATCTGAC 5964
Query 6292 CATGCCACAGACATCACAAGAGAAGACTCGAATGATAAAAGCAAAGAGGTTGTTGAAGAG 6351
||||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||| | |
Sbjct 5965 CATGCCACAGACACCACAAGAGAAGATTCGAATGACAAAAGCAAAGAGGTTGATGA-G-G 6022
Query 6352 GAGACAGTAGAGCCATGTTTCACCACAAGAGAAGACTCGGTTGACAAAAGCAAAGAGGTT 6411
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 6023 -AGACAGTAGAGCCATGTTTCACCACAAGAGAAGACTCGGTTGACAAAAGGAAAGAGGTT 6081
Query 6412 GAAGAGGAAACAGTAAAGCCATGTCTCATAGAAGACGCGCTTACAAGCCAGAATGACAAA 6471
||||||||||| ||| |||| |||| ||||||||| || |||||||||| ||||||||||
Sbjct 6082 GAAGAGGAAACGGTAGAGCCGTGTCGCATAGAAGAAGCTCTTACAAGCCGGAATGACAAA 6141
Query 6472 ACCTCATCTGGTGACCATCCTGTTGAAATAAACGAACAATCAGTTGAAAGCAAGAATTTG 6531
|||||||||| ||||||||||||||||| | | | | | || ||||
Sbjct 6142 ACCTCATCTGATGACCATCCTGTTGAAA-----G-----T-A----A--G-AA---TTTG 6180
Query 6532 GAATCTGAAAACATTGGAACTGATATCAAACTTGCTTCAACTGAGGTAGAGTCACCAGCC 6591
||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 6181 GAATCTGAAAATATTGGAACTGGTATCAAACTTGCTTCAACTGAGGTAGATTCACCAGCC 6240
Query 6592 TTAGATGAT-C-T----T------GAACCGCAACAGATTCAAAAGTCACCCGAGGATGAA 6639
|||||||| | | | |||||||| ||||||||||||| | |||||||||||
Sbjct 6241 CTAGATGATACATCAGATAATCTTGAACCGCATCAGATTCAAAAGTTAACCGAGGATGAA 6300
Query 6640 TCTAGCAAGGAACATGTTGGAGCTGATGTTATTGTAACGGAAGAGACAATTGCTGAAAAT 6699
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||
Sbjct 6301 TCTAGCAAGGAACATGTTGGAGCTGATGTTATTGTAACGGAACACACAATGGCTGAAAAT 6360
Query 6700 AAGAGCGACGTGGATTAT-ATATAAATTTTACTGTAAAACAT-TTATGATTCATTTGTGT 6757
|||||||| | |||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||
Sbjct 6361 AAGAGCGAAGAGGATTAAGATATAAATTTTACTGTAAA-CATGTTATGATTCATTTGTGT 6419
Query 6758 T-GTCTTTATGCGTCACTTCAATTGCTGTGATTACTGGTTTGGGGATAAAAGTTGAAATT 6816
| |||||||||||||| ||||||||||| | || ||| || |||||| ||||||||
Sbjct 6420 TTGTCTTTATGCGTCATTTCAATTGCTG-G-TT--TGG---GG--ATAAAACTTGAAATT 6470
Query 6817 GGTTT 6821
|||||
Sbjct 6471 GGTTT 6475
Score = 1419 bits (768), Expect = 0.0
Identities = 823/850 (97%), Gaps = 2/850 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1206 GCTTCAGTCTTCAAATGCCAGTCCATCAATGAAAATAGTTGCTTTGCGGGCTTTGTCATA 1265
|||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1026 GCTTCAGTCTTCAAATGCTAGTCCATCGATGAAAATAGTTGCTTTGCGGGCTTTGTCATA 1085
Query 1266 CACGTTGAAAACACTGGGAGAGGTTCCCCATGAATTCAAGGAATTTTTCGATGATACAGT 1325
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1086 CACGTTGAAAACACTGGGAGAGGTTCCCCATGAATTCAAGGAATTTTTCGATGATACAGT 1145
Query 1326 GGGTGCTGCATTGTCACATTTTTTGGACCTTGTACGTGTTGAGGCCGCTTTAACTTTACG 1385
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1146 GGGTGCAGCATTGTCACATTTTTTGGACCTTGTACGTGTTGAGGCGGCTTTAACTTTACG 1205
Query 1386 TGCTTTGGCTGAGGTTGATCCTACCTGCGTTGGTGGGTTGACATCTTTTGCTGTAACAAC 1445
||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1206 TGCTTTGGCTGAGGTGGATCCCACCTGCATTGGTGGGTTGACATCTTTTGCTGTAACCAC 1265
Query 1446 TCTTAATGCTCTACGGGAAAGTTTATCCTTTGAAAAGGGAGACAAATTGAAAACTGATCT 1505
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1266 TCTTAATGCTCTAAGGGAAAGTTTATCCTTTGAAAAGGGAGACAAATTGAAAACTGATCT 1325
Query 1506 TGCTTCTTTACATGGGCAAGCAGCAACTTTGGCAGCTCTAGTCTCCATTTCGCCTGGACT 1565
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1326 TGCTTCTTTGCATGGGCAAGCAGCAACTTTGGCAGCTCTAGTCTCCATTTCTCCTGGACT 1385
Query 1566 CTCACTTGGTTACCCTGCTAGATTGCCAAGGTCGGTGCTTGAAGTTTCAAAGAAGATGCT 1625
||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1386 CTCTCTTGGTTATCCTGCTAGATTGCCAAGGTCGGTGCTTGAAGTTTCAAAGAAGATGCT 1445
Query 1626 AACAGAATCAAGGAGAAATGTTACAGTTGCCTCAAGTGAAAAGGAAGCTGGATGGTTATT 1685
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1446 AACAGAATCAAGGAGAAATATTACAGTTGCCTCAAGTGAAAAGGAAGCTGGATGGTTATT 1505
Query 1686 GTTATCATCGCTATTAAATTCTATGCCAAAGGAGGAGTTTGGAGACCAAGATTTTGATAT 1745
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1506 GTTATCATCGCTATTAAATTCTATGCCAAAGGAGGAGTTTGGGGACCAAGATTTTGATAT 1565
Query 1746 AT-TAATCTTGTGGACTGACGTCTTTGCTGGAAACCCAGAACACTTGATCAAACAACAGG 1804
| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1566 -TCTAATCTTGTGGACTGACGTCTTTACTGGAAACCCAGAACACTTGATCAAACAACAGG 1624
Query 1805 CAGAATTAAAATCTATGTTAAGTGTGTGGTCCGCCGCAATTGATGCACTCACAGCTTTTG 1864
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1625 CAGACTTAAAATCTATGTTAAGTGTGTGGTCCGCCGCAATTGACGCACTCACAGCTTTTA 1684
Query 1865 TGCGACGTTTTGTATCTTGTAATGATGGTATTCTACTTCAACCCGTACTGGCAAACCTCC 1924
| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||
Sbjct 1685 TACGACGTTTTGTCTCTTGTAATGATGGTATTCTACTTCAACCCGTACTTGCTAACCTCC 1744
Query 1925 GTAGCGCTTTGTCTTGTGTATCGACAATGGCCAACAAACGGTTTTCTGATGTCAAAACTT 1984
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1745 GTAGTGCTTTGTCTTGTGTATCGACAATGGCCAACAAACGGTTTTCTGATGTCAAAACTT 1804
Query 1985 TGGTCGACATACTCATCATAAGAATATTGATAGCTTATCAATCCATCCCAGATCCCTTGG 2044
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1805 TGGTCGACATACTCATCATAAGATTATTGATAGCTTATCAATCCATCCCAGATCCCTTGG 1864
Query 2045 CCTATAAAAG 2054
||||||||||
Sbjct 1865 CCTATAAAAG 1874
Score = 1410 bits (763), Expect = 0.0
Identities = 826/857 (96%), Gaps = 2/857 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 52 ATGACGAAGAATATTGCAAGCGACAACGTTCCTCTGTCGCGATTCGGCGTTCTCGTCGCC 111
||| ||||||||| ||| | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGGCGAAGAATAATGCGACCGACAACGTTCCTCTGTCACGATTCGGCGTTCTCGTCGCC 60
Query 112 CAGCTTGAGTCGATTGTTGCTTCTGCTTCACAGAAAAACCCTGACCCTCTCCTCTGTTTC 171
|||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 61 CAGCTTGAGTCGATTGTTGCCTCAGCTTCACAGAAAAATCCTGACCCTCTCCTCTGTTTC 120
Query 172 GAGATCCTTTCTGATCTTATTTCCGCCATCGATGAAGAGCCCAAGGAGTCTTTGTTAGTA 231
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 GAGATCCTTTCTGATCTTATTTCCTCCATCGATGAAGAGCCCAAGGAGTCTTTGTTAGTC 180
Query 232 ACGCAAAGAAAATGCGAAGATGCCTTGTATTCTTTGGTTACTCTTGGTGCTCGAAGACCA 291
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 ACGCAAAGGAAATGCGAAGATGCCTTGTATTCTTTGGTTACTCTTGGTGCTCGAAGACCA 240
Query 292 GTGCGTCATCTTGCGTCAGTGGCTATGGCTAAAATTATATCAAATGGTGATAGTATTTCG 351
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 241 GTGCGTCATCTTGCTTCAGTGGCTATGGCTAAAATTATATTAAATGGTGATAGTATTTCG 300
Query 352 ATATACTCTAGAGCTAGCAGTTTACAAGGGTTTCTTTCGGATGGAAAGCGGAGTGATCCT 411
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||
Sbjct 301 ATATACTCTAGAGCTAGCAGTTTACAAGGGTTTCTTTCCGATGGGAAGCGGAGTGATCCT 360
Query 412 CAACGAGTTGCAGGTGCTGCCCAATGCTTGGGGGAGCTGTATCGTCATTTTGGGaaaaaa 471
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 361 CAGCGAGTTGCAGGTGCTGCCCAATGCTTGGGGGAGCTGTATCGTCATTTTGGGAGGAAA 420
Query 472 aTTACTTCTGGCTTGTTCGAAACAACA-TCTATTGTAACAAAATTAGTGAAGTTTAACGA 530
||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 ATTACTTCTGGCTTGGTCGAAACAACAGT-TATTGTAACAAAATTAGTGAAGTTTAACGA 479
Query 531 GGATTTTGTGCGACAAGAAGCCTTTATCTTGCTTCACAATGCTTTGGAAGGCTGCGGTGG 590
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 480 GGATTTTGTGCGACAAGAAGCCTTTATCTTGCTTCACAATGCTTTGGAAGGTTGCGGTGG 539
Query 591 TACAGCTGCTGCCACTGCATACTCAGAAGCATACCGTCTCATCACTAGATTTTCCACTTT 650
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 540 TACAGCTGCTGCCACTGCATACTCAGAAGCATACCGTCTCATCACAAGATTTTCCACTTT 599
Query 651 GGATAAATCATTCGTTGTGAGAATTGCTGCTGCTCGTTGTTTGAAGGCCTTTTCTAACAT 710
||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 600 GGACAAATCGTTCGTCGTGAGAATTGCTGCTGCTCGTTGTTTGAAGGCCTTTTCTAACAT 659
Query 711 TGGAGGACCTGGTCTTGGTACTAGCGAATTTGATACTTTAGCCTCTTACTGTGTCAAGGG 770
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||
Sbjct 660 TGGAGGACCTGGTCTTGGTACTAGCGAATTTGATACTCTAGCCACTTACTGTGTCAAGGG 719
Query 771 TATTGAAGATTCAGAATCATCGGTCCGTGATGCATTTGCAGAGGCTTTGGGCTCATTGCT 830
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 720 TATTGAAGATTCAGAATCATCGGTCCGGGATGCATTTGCAGAGGCTTTGGGCTCGTTGCT 779
Query 831 TGCACTAGGAATGCATCCTGAAGCGCATGTCCAACCTAGAGGTAAAGGTCCATTTCCACC 890
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 780 TGCGCTAGGAATGCATCCTGAAGCGCATGTCCAACCTAGAGGTAAAGGTCCATTTCCACC 839
Query 891 AGCAAAGAAACTGGAAG 907
|||||||||||||||||
Sbjct 840 AGCAAAGAAACTGGAAG 856
Score = 1236 bits (669), Expect = 0.0
Identities = 701/717 (98%), Gaps = 0/717 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 3091 AGCGTCTGTTTTACCCAGCAGCTTATTCTTTTTGCTCCACAAGCAGTTTCAGTACATATA 3150
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2797 AGCGTCTGTTTTACCCAGCAGCTTATTCTTTTTGCTCCACAAGCAGTTTCAGTACATTTA 2856
Query 3151 CATGTAAAAAATCTTTTAATGACGCTGGCATCAAGACAGCCAATAATTAGGCGTCTATCT 3210
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2857 CATGTAAAAAATCTTTTAATGACGCTGGCATCAAGACAGCCAATAATCAGGCGTCTATCT 2916
Query 3211 GTGTCAACTCTTCGGCATCTGGTTGAGAAAGACCCGGTTTCTGTCATTGATGAGCAAATA 3270
||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||
Sbjct 2917 GTGTCAACTCTCCGGCATCTGATTGAGAAAGACCCGGTTTCTGTCATTGACGAGCAGATA 2976
Query 3271 GAGGATAACTTATTTCAGATGTTGGATGAAGAAACTGATTCTGAGATTGGGAACCTGATC 3330
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2977 GAGGATAACTTATTTCAGATGTTGGATGAAGAAACTGATTCTGAGATTGGGAACCTGATC 3036
Query 3331 CGTAGTACCTTGATACGCCTGCTTTATGCAACATGCCCATCACGCCCATCTCGATGGATG 3390
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3037 CGTAGTACCTTGATACGCCTGCTTTATGCAACATGCCCATCACGCCCATCTCGATGGATG 3096
Query 3391 TTGATATGCCGCAACATGGCCCTTGCAGCATCCGCTGGAAGGAGTGCTGAAACGAGCATT 3450
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3097 TCAATATGCCGCAACATGGCCCTTGCAGCATCCGCTGGAAGGAGTGCTGAAACGAGCATT 3156
Query 3451 GCAGAAAATGATCCTGCTTACACAAGAGAGAACCTTGGCGATGATGATGAAGACATGGTT 3510
||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3157 GCAGAGAATGATCCTGCTAACACAAGAGAGAACCTTGGCGATGATGATGAAGACATGGTT 3216
Query 3511 TCTAGCTCTAGTGGGAAATCTATACGGGCCAATCCTGATAAAGACAAAACCTTGAGATAT 3570
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3217 TCTAGCTCTAGTGGGAAATCTATACGTGCCAATCCTGATAAAGACAAAACCTTGAGATAT 3276
Query 3571 CGAACCAGAGTTTTTGCAGCTGAGTGTTTGAGTCTTTTGCCAGAGGCTGTAGGCAATGAT 3630
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3277 CGAACCAGAGTTTTTGCAGCTGAGTGTTTGAGTCTTTTGCCAGAGGCTGTAGGCAATGAT 3336
Query 3631 GCTGCTCATTTTGATATTTTATTGGCGAGGAATCTTGCTTCTAATAGACAAAGCTCAGGT 3690
||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||
Sbjct 3337 GCTGCTCATTTTGATATTTTACTGGCGAGGAAACTTGCTTCTGATAGAAAAAGCTCAGGT 3396
Query 3691 GACTGGTTAGTCCTTCAACTACAAGAGCTAATATCTCTTGCTTATCAGATAAGCACTATT 3750
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3397 GACTGGTTAGTCCTTCAACTACAAGAGCTGATATCTCTTGCTTATCAGATAAGCACTATT 3456
Query 3751 CAGTTTGAAAACATGAGGCCAATTGGAGTTGGACTTCTTAGTACTATTCTTGAGAAG 3807
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3457 CAGTTTGAAAACATGAGGCCAATTGGAGTTGGACTTCTTAGTACTATTCTTGAGAAG 3513
Score = 460 bits (249), Expect = 5e-128
Identities = 263/270 (97%), Gaps = 0/270 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 2820 GATATGGGCCTTGCATGGGCTTCTTTTGACCATTGAAGCTGCTGGTTTATCATTCGTATC 2879
||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2412 GATCTGGGCCTTGCATGGGCTTCTTTTAACCATTGAAGCTGCTGGTTTATCATTCGTATC 2471
Query 2880 TCATGTTCAGGCAGCATTAGGACTTGCCTTGGACATTTTGTTGACTGAAGAAAGTGGATG 2939
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2472 TCATGTTCAGGCAGCATTAGGACTTGCCTTGGACATTTTATTGACTGAAGAAAGTGGATG 2531
Query 2940 GATCGATCTTTCTCAAGGCATTGGACGCCTTATTAATGCTATTGTTGCTGTCCTTGGCCC 2999
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2532 GATCGATCTTTCTCAAGGCATTGGACGCCTTATTAACGCTATTGTTGCGGTCCTTGGCCC 2591
Query 3000 TGAGCTTTCTCCTGGCAGCATTCTGTTTTCACGCTGCAAGTCTGTTATTGCAGAGATTAG 3059
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2592 TGAGCTTTCTCCTGGCAGCATTCTGTTTTCACGCTGCAAGTCTGTTATTGCAGAGATTAG 2651
Query 3060 TTCCTGGCAAGAGATTCCAACACTACTTGA 3089
||| |||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2652 TTCTTGGCAAGAAATTCCAACACTACTTGA 2681
Score = 294 bits (159), Expect = 5e-78
Identities = 173/180 (96%), Gaps = 0/180 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 2465 TAAAGGCTTTGCATGCTCTACGTCCTCAGCAACTAACGACAGAAGTACTAAGCTCAGGGC 2524
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||
Sbjct 2234 TAAAAGCTTTGCATGCTCTACGTCCTCAGCAACTAACGACGGAAGTATTAAGCTCAGGGC 2293
Query 2525 AAGCCATTTTTCAGAATATTCTAACAGAGGGAGACATTTGTGCATCACAACGCAGAGCAG 2584
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||
Sbjct 2294 AAGCCATTTTTCAGAATATTTTAACAGAGGGAGACATTTGTGCGTCGCAACGCAGGGCAG 2353
Query 2585 CATGTGAGGGTCTAGGTCTTCTAGCTCGTCTTGGAAATGACATCTTTACAGCAAGAATGA 2644
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2354 CATGTGAGGGTCTAGGTCTTCTAGCTCGTCTTGGAAATGACATCTTTACAGCAAGAATGA 2413
Score = 292 bits (158), Expect = 2e-77
Identities = 168/173 (97%), Gaps = 0/173 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 944 AAGCGGTTGGATCTCGGGCAAAGAATACACGGTTTGGTTTGGCTCTGTCATGGGTGTTCT 1003
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 854 AAGCGGTTGGATCTCGGGCAAAGAATACACGGTTTGGTTTGGCTCTGTCATGGGTGTTCT 913
Query 1004 TTTTACAGGCCATTAGGATAAGGTATTTGGATTCAGATAGTGAGCTTCAAGACTATTCTT 1063
| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 914 TCTTACAGGCCATTAGGATAAGGTATATGGATTCAGATAGTGAGCTTCAAGAATATTCTT 973
Query 1064 TGCCCATCATGGACATGCTGCGGGGTGACTCCTCAATTGATGCCCATGCACTG 1116
||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 974 TGCTCATCATGGACATGCTGCAGGGTGACTCCTCAATTGATGCCCATGCACTG 1026
Score = 185 bits (100), Expect = 3e-45
Identities = 112/118 (95%), Gaps = 0/118 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 2342 CTCAGGATAGCCAAGGGATGCTCTCACTTCTTTCGGTCATACAACAGTGTTTGAAAGCCG 2401
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |
Sbjct 2060 CTCTGGATAGCCAAGGGATGCTCTCACTTCTTTCGGTCATACAACAGTGTATGAAAGCTG 2119
Query 2402 GAAAAAAGCAACAATGGCGTACAGCCAGCTTGACTAACATTTGTGCGGGACTTCTTGC 2459
| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2120 GTAAGAAGCAACAATGGCGAACAGCCAGCTTGACTAACATTTGTGCGGGACTTCTTGC 2177
Score = 174 bits (94), Expect = 7e-42
Identities = 94/94 (100%), Gaps = 0/94 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 2181 CAGGGATTGGTTTGAAGATGAACTTCGCTATTTTCAAGGTGGGGAAGATGGTCTAGCACC 2240
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1968 CAGGGATTGGTTTGAAGATGAACTTCGCTATTTTCAAGGTGGGGAAGATGGTCTAGCACC 2027
Query 2241 AAGTGTATGGGAAAGTAAAGTTTCTAGTTTTCCT 2274
||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2028 AAGTGTATGGGAAAGTAAAGTTTCTAGTTTTCCT 2061
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 260694375050
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5