BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G67310.1
Length=3051
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg315745 jgi|Araly1|315745|fgenesh1_pm.C_scaffold_2000778 3779 0.0
> Ahg315745 jgi|Araly1|315745|fgenesh1_pm.C_scaffold_2000778
Length=3096
Score = 3779 bits (2046), Expect = 0.0
Identities = 2370/2525 (94%), Gaps = 28/2525 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 538 ACTCAAAATGTAAGCTACAATCAGTACATTGGTGATTCTTCGGACATATATCAGCAG--- 594
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||||||
Sbjct 589 ACTCAAAATGTAAGCTACAATCACTACATTGGTGATTCTTCTGACATACATCAGCAGCAT 648
Query 595 TCTTCTACTTCGCCGGGCGTTGCAGAGGTTAACTCTAACTTGGAAGGCAGTGCAAGTTCT 654
|| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||
Sbjct 649 TCATCTACTTCGCCAGGCATTGCAGAGGTTAACTCTAACCTGGAAGGCAGTGGGAGTTCT 708
Query 655 TCTGAGTTTGGACAGGCTTTAAAGATGCTTAAGGAACAACTGAGTATCGGAGATGAACAT 714
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 709 TCTGAGTTTGGACAGGCTTTAAAGATGCTTAAGGAACAACTGAGTATCGGAGATGAACAA 768
Query 715 GTTAATTCTGTTGATCCACACTACATTCAACCAGAAAGTCTTGATAGTCTCCAGTTTTTA 774
||||||||||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 769 GTTAATTCTGTAGATCCACTCTACATTCAACCGGAAAGTCTTGATAGTCTCCAGTTTTTA 828
Query 775 GAGTACAG---TGACATAGATCACCTTGCTCAACCAACAACTGTATATCAGAGACCAGAG 831
||||| || ||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 829 GAGTATAGTAATGACAGAGATCACCTTGTTCAACCAACGACTGTATATCAGAGACCAGAG 888
Query 832 AATAACAAACTAGAGAGATGTTATGGAGGCAATTTTGGAGCCCAATACAGTGCCAAGAAT 891
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 889 AATAACAAACTAGAGAGATGTTATGGAGGCAATTTTGGAGCCCAATACAATGCCAAGAAT 948
Query 892 GATTCTAACAAACTAGAGAGATGCTATGGAGGGTATGTTGGTGGAGCCGAATACCATTCT 951
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||||
Sbjct 949 GATTCTAACAAACTAGAGAGATGCTATGGAGGGTATG-T--TGGAGCTGAATACCATTCT 1005
Query 952 AGCAATCTCATGCTCGTAAAGAATGGTTCAGGACCTTCAGGTGGTACAGGAGGGAGTGGA 1011
||||||||||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1006 AGCAATCTCATGCTCGTAAAGAA----T---GA--TTCAGGTGGTACAGGAGGGAGTGGA 1056
Query 1012 GATCAAGGGTCTGAATCTTGGAAAGATGTGTTGGAGGCATGTGAGGCTTCTATACCTCTT 1071
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1057 GATCAAGGGTCCGAATCTTGGAAAGATGTGTTGGAGGCTTGTGAGGCTTCTATACCTCTT 1116
Query 1072 AACTCTGAGGGAAGCACACCAAGTTCTGCAAAAGGATTGCTAGCTGGATTGCAGGAAGAC 1131
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1117 AACTCTGAGGGAAGCACACCAAGCTCTGCAAAAGGATTGCTAGCTGGATTGCAGGAAGAT 1176
Query 1132 TCAAATTGGAGTTACAGCAATCAGGTTGACCAATCTACATTTTTGTTGCCTCAAGATCTT 1191
||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1177 TCAAACTGGAGTTACAACAATCAGGTTGACCAATCTACATTGTTGTTGCCTCAAGATCTT 1236
Query 1192 GGTTCTTTCCAACTTCCTGCTTCTTATTCTGCACTGGTAGCTCCT-GAGAATAATGGTGA 1250
||||||||| || |||||| ||||||||||||||||| |||| | |||||||||| |||
Sbjct 1237 GGTTCTTTCGAAGTTCCTGTTTCTTATTCTGCACTGGGAGCT-TTGGAGAATAATGATGA 1295
Query 1251 ATACTGTGGAATGATGGAGGACGGAA-TGAAAATCGGTCTGCCTTTCGAGCAAGAAATGA 1309
|||||| |||||||||| | ||| ||||||||| || ||||||||| |||||||||
Sbjct 1296 TTACTGTAGAATGATGGA-TAATGAAGGGAAAATCGGGCTTCCTTTCGAGGAAGAAATGA 1354
Query 1310 GAGTTACAGGTGCTCATAATCAAAAGTTTACTATCCAGGACATATCACCAGACTGGGGTT 1369
| | ||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||
Sbjct 1355 AACTGGCAGGTGCACATAAGAAAAAGTTTACTATCCATGACATATCACCAGAGTGGGGTT 1414
Query 1370 ACGCGAATGAAACTACAAAGGTGATAATCATTGGATCATTTCTCTGTGATCCAACAGAAT 1429
|| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1415 ACTCGAATGAGACTACAAAGGTGATAATCATTGGATCATTTCTCTGTGATCCAACAGAAT 1474
Query 1430 CTACATGGTCTTGCATGTTTGGGAATGCTCAAGTTCCTTTTGAGATCATTAAAGAAGGTG 1489
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1475 CTACATGGTCTTGCATGTTTGGGAATGCTCAAGTTCCTTTTGAGATCATTAAAGAAGGTG 1534
Query 1490 TTATACGGTGTGA-AGCCCCTCAATGTGGTCCTGGAAAAGTCAATTTATGCATTACTTCT 1548
|||| |||||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1535 TTATTCGGTGT-AGAGCCCCTCTATGTGGTCCTGGAAAAGTCAATTTATGCATTACTTCT 1593
Query 1549 GGAGATGGACTCTTGTGTAGTGAAATAAGGGAATTTGAGTATCGTGAGAAGCCTGACACA 1608
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||
Sbjct 1594 GGAGATGGACTCTCGTGTAGTGAAATAAGGGAATTTGAGTATCGCGATAAGCCTGACACA 1653
Query 1609 TGTTGCCCTAAATGCAGTGAGCCACAGACCTCTGATATGTCCACAAGTCCAAATGAGCTT 1668
||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1654 TGTTGCCCTAAGTGCAGTGGGCCACAGACCTCTGATATGTCCACAAGTCCAGATGAGCTT 1713
Query 1669 AT-ATTACTTGTAAGGTTTGTGCAAACACTTCTATCAGACCGATCGTCGGAAAGAAAAAG 1727
| | |||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||
Sbjct 1714 -TCAATACTCGTAATGTTTGTGCAAACACTTCTATCAGACCGACCATCGGAAAGAAAAAG 1772
Query 1728 TAACTTAGAGTCTGGCAATGATAAGCTGTTGACGAAACTGAAAGCTGATGATGATCAATG 1787
|||||||||||| ||||| ||||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1773 TAACTTAGAGTCAGGCAACGATAAGCTGTTGAAGATACTTAAAGCTGATGATGATCAATG 1832
Query 1788 GAGACATGTCATAGGAACGATCATAGATGGCAGTGCATCATCAACAAGTACAGTTGATTG 1847
||| |||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1833 GAGGCATGTCATAGGAGCGGTCCTAGATGGCAGTGCATCATCAACAAGAACAGTTGATTG 1892
Query 1848 GCTTCTACAGGAACTGCTTAAAGACAAGCTGGATACATGGCTGTCTTCAAGATCATGTGA 1907
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1893 GCTTCTACAGGAACTGCTTAAAGACAAGCTGGATACGTGGCTGTCTTCAAGATCCTGTGA 1952
Query 1908 TGAAGATTACATAACGTGTTCTTTGTCAAAGCAGGAACAAGGTATTATCCATATGGTTGC 1967
||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1953 TGAAGATTACACAACTTGTTCTTTGTCAAAGCAAGAACAAGGTATTATCCATATGGTTGC 2012
Query 1968 AGGCCTTGGCTTCGAGTGGGCATTTTATCCAATCCTTGCTCATGGAGTCAATGTAGATTT 2027
|||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||
Sbjct 2013 AGGCCTTGGCTTCGAGTGGGCACTCTATCCAATCCTTGGTCATGGAGTCAGTGTAGATTT 2072
Query 2028 TCGTGATATTAAGGGATGGAGCGCTCTTCATTGGGCTGCACAATTTGGAAGTGAAAAAAT 2087
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2073 TCGTGATATTAACGGATGGAGCGCTCTTCATTGGGCTGCACGATTTGGAAGTGAAAAAAT 2132
Query 2088 GGTGGCTGCCCTTATAGCTTCAGGGGCATCGGCTGGAGCAGTGACTGATCCAAGTCGGCA 2147
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2133 GGTGGCTGCCCTTATAGCTTCAGGGGCATCAGCTGGAGCAGTGACTGATCCAAGTCGGCA 2192
Query 2148 AGATCCAAATGGCAAAACTGCAGCTTCAATAGCTGCCTCTAATGGCCACAAGGGTCTTGC 2207
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2193 AGATCCAAATGGCAAAACTGCAGCTTCAATAGCTGCCTCTAATGGCCACAAGGGTCTTGC 2252
Query 2208 AGGTTATCTGTCAGAGGTGGCGTTAACAAACCATCTCTCATCGCTCACACTTGAAGAAAC 2267
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2253 AGGTTATCTGTCAGAGGTGGCGTTAACAAACCATCTCTCATCGCTCACACTTGAAGAAAC 2312
Query 2268 CGAGAATTCAAAAGACACTGCTCAAGTGCAAACTGAGAAAACTTTGAATTCCATCTCAGA 2327
||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2313 CGAGAGTTCAAAAGACACTGCTCAAGTGCAAACAGAGATAACTTTGAATTCCATCTCAGA 2372
Query 2328 ACAAAGTCCTTCCGGTAACGAGGATCAAGTGTCATTGAAAGACACACTGGCTGCAGTACG 2387
|||||||||||| ||||| || |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2373 ACAAAGTCCTTCTGGTAATGAAGATCAAGTTTCACTGAAAGACACACTGGCTGCAGTACG 2432
Query 2388 AAATGCAGCTCAAGCAGCTGCAAGAATCCAAGCAGCTTTTCGCGCACATTCATTCAGAAA 2447
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2433 AAATGCAGCTCAAGCAGCTGCAAGAATCCAGGCAGCTTTTCGTGCACATTCATTCAGAAA 2492
Query 2448 GCGAAAACAAAGAGAAGCAGCTTTGGTTGCTTGCTTACAAGAGTATGGGATGTATTGTGA 2507
|||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2493 GCGAAAACAAAGAGAAGCAGCTATGGCTGCTTGCTTACAAGAGTATGGGATCTATTGTGA 2552
Query 2508 AGATATAGAAGGGATCTCGGCCATGTCAAAGCTAACGTTTGGAAAGGGCAGGAACTACAA 2567
|||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| |
Sbjct 2553 AGATATCGAAGGGATCTCGGCCATGTCGAAGCTAACGTTTGGAAAGGTCAGGAACTACCA 2612
Query 2568 TTCAGCAGCTTTATCTATTCAGAAGAATTTTCGTGGCTATAAAGATCGTAAAT-GTTTTC 2626
|| |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||| |||| |
Sbjct 2613 TTTAGCAGCTTTATCTATTCAGAAGAAGTATCGTGGCTATAAAGGTCGTAAAGAGTTT-C 2671
Query 2627 TAGAGCTTCGCCAGAAAGTTGTAAAGATTCAGGCTCATGTGCGAGGTTACCAAATAAGGA 2686
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2672 TGGAGCTTCGCCAGAAAGTTGTAAAGATTCAGGCTCATGTGAGAGGTTACCAAATAAGGA 2731
Query 2687 AAAATTACAAAGTAATCTGTTGGGCAGTAAGAATTTTAGATAAGGTTGTACTCAGGTGGA 2746
||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2732 AAAATTACAAAGTAATCTGCTGGGCAGTAGGAATTATAGATAAGGTTGTACTCAGGTGGA 2791
Query 2747 GAAGAAAAGGAGTTGGACTAAGAGGGTTCAGACAAGACGTAGAGAGTACAGAGGACAGTG 2806
|||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2792 GAAGAAAAGGAGTTGGGCTAAGAGGGTTCAGGCAAGACGTAGAGAGTACAGAGGACAGTG 2851
Query 2807 AAGACGAAGACATTCTCAAGGTGTTCCGCAAACAGAAAGTAGATGTTGCAGTGAACGAGG 2866
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2852 AAGACGAAGACATTCTCAAGGTGTTCCGCAAGCAGAAAGTAGATGGGGCAGTGAACGAGG 2911
Query 2867 CTTTCTCTCGTGTTCTATCGATGTCTAACTCTCCAGAGGCTCGCCAGCAATACCACCGAG 2926
||||||||||||||||||||||| | || ||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2912 CTTTCTCTCGTGTTCTATCGATGGCCAATTCTCCAGAGGCTCGCCAGCAATACCACCGCG 2971
Query 2927 TGCTCAAGAGATATTGTCAGACAAAGGCTGAGCTTGGAAAAACAGAGACATTAGTTGGAG 2986
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2972 TGCTCAAGAGATATTGTCAGACAAAGGCTGAGCTTGGAAAAACAGAGACATTAATTGGAG 3031
Query 2987 AGGACGATGATGGGTTGTTCGACATAGCTGATATGGAATATGACACTTTGTTTTCATTGC 3046
| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 3032 ATGACGACGATGGGTTGTTCGACATAGCTGATATGGAATATGACACTTTGTTTGCATTGC 3091
Query 3047 CTTGA 3051
|||||
Sbjct 3092 CTTGA 3096
Score = 817 bits (442), Expect = 0.0
Identities = 510/542 (94%), Gaps = 8/542 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 7 AGCGTCGCAGAGGATAATT-CCTTTACCTGTGACATAGCAACCATCTTCGTGGCTATCTG 65
||||| ||||||||| ||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 22 AGCGTTGCAGAGGATCATTACCCTT-CCTGTGACATAGCAACCATCTTCGTGGCTATCTG 80
Query 66 TCGGAACCCTCCTG--CTAATCCTTCAGATTCTTTA-TT--TC-AATATGAAATTAGTAC 119
|||||||||||||| ||| ||||| |||||||| | || || ||||||||||||||||
Sbjct 81 TCGGAACCCTCCTGTACTATTCCTTGAGATTCTTCATTTCGTCAAATATGAAATTAGTAC 140
Query 120 TCTGTATCAAGAAGCTCATAGCCGTTGGTTGAAACCTCCTGAGGTACTCTTCATATTGCA 179
||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||
Sbjct 141 TCTGTATCAAGAAGCTCGGAGTCGTTGGTTGAAACCTCCTGAGGTACTGTTTATATTGCA 200
Query 180 GAATCATGAAAGCTTGACGCTTACTAATACAGCTCCTCAAAGACCTACAAGTGGGTCTTT 239
||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 201 GAATCATGAGAGATTGACGCTTACTAATACGGCTCCTCAAAGACCTACAAGTGGGTCTTT 260
Query 240 GTTGCTTTTCAATAAAAGGGTTCTTAAATTCTTTCGTAAAGATGGTCATCAATGGCGGAG 299
||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 261 GTTTCTTTTCAATAAAAGGGTTCTTAAGTTTTTTCGTAAAGATGGTCATCAATGGCGGAG 320
Query 300 AAAAAGAGATGGTAGAGCTATTGCTGAAGCACATGAACGACTTAAGGTGGGTAACGCTGA 359
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 321 AAAAAGAGATGGTAGAGCTATTGCAGAAGCACATGAACGACTTAAGGTGGGTAATGCTGA 380
Query 360 GGCATTGAATTGTTATTATGCTCATGGAGAGCAAGACCCTACTTTTCGGAGGCGTATCTA 419
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 381 GGCCTTGAATTGTTATTATGCTCATGGAGAGCAAGACCCTACTTTTCGGAGGCGAATCTA 440
Query 420 CTGGATGTTAGATCCGGAATACGAGCATATTGTCCTTGTTCATTACAGGGATGTAAGCGA 479
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 441 CTGGATGTTAGATCCGGAATACGAGCATATTGTCCTTGTTCATTACAGGGATGTAAGCGA 500
Query 480 ACGAGAAGAGGGACAACAAACTGGTGGACAAGTTTATCAGTTTGCACCAATTCTTTCCAC 539
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 501 CCGAGAAGAGGGACAACAAGCTGGTGGACAAGTTTATCAGTTTGCACCAATTCCTTCCAC 560
Query 540 TC 541
||
Sbjct 561 TC 562
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 115222991125
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5