BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G67420.2
Length=2873
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg475840 jgi|Araly1|475840|fgenesh2_kg.2__970__AT1G67420.1 4368 0.0
> Ahg475840 jgi|Araly1|475840|fgenesh2_kg.2__970__AT1G67420.1
Length=2689
Score = 4368 bits (2365), Expect = 0.0
Identities = 2583/2691 (96%), Gaps = 4/2691 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 180 ATGCCGTTTTGGAAGATGAGCGCAAGAGATGTCACTGGATTCAAATTCCTCTTCTCACTC 239
||| ||||||||||||||||| ||||||| | ||||| ||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1 ATGGCGTTTTGGAAGATGAGCTCAAGAGACGCCACTGCATTCAAATTCCTCTTCTCAATC 60
Query 240 GTCTTCATCTACGCTTTAATGTCAGCTATTGTTTACTCCGTCCTCCACATGAAATTCATC 299
||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 GTCTTCATCTACGCTCTAATGTCAGCGATTGTTTACTCCGTCCTCCACATGAAATTCATC 120
Query 300 TCTCCGCTTCCGGCAAACGCTCCTCTCGAACGATTCTCTGAAGCTAGAGCCGTCGAACAC 359
||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 121 TCTCCGCTTCCCGCAAACGCTCCTCTTGAACGATTCTCCGAAGCTAGAGCCGTCGAACAC 180
Query 360 ATCCGTGTCTTGGCTGAAGAGATCGATGGTCGTCAGGAAGGACGACCTGGACTTAAAGAA 419
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||
Sbjct 181 ATCCGCGTCTTGGCTGAAGAGATCGATGGTCGTCAGGAAGGACGACCAGGACTCAAAGAA 240
Query 420 GCTGCAACGTATATAAAATCGCAATTGGAGATGGTGAAGGAGAGAGCTGGACCAAATTTA 479
||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 241 GCTGCAATATACATAAAATCGCAATTGGAGATGGTGAAGGAGAGAGCTGGACCAAATCTA 300
Query 480 AGGGTTGAAGTGGAAGAGACTCAAGTGGATGGTTCCTTTAGCATGATGTTTCTAGGACAC 539
||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 301 AGGATTGAAGTGGAGGAGACTCAGGTGGATGGTTCCTTTAGCATGATGTTTCTAGGTCAC 360
Query 540 AGCATATCACTTGGATACAGAAACCATACTAATATACTTATGCGTATCTCGTCAATGAAT 599
||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 AGCATTTCACTTGGATATAGAAACCATACTAATATACTTATGCGTATCTCGTCAATGAAT 420
Query 600 TCTCTTGACACTGATGCATCTGTATTGATGAATGCACATTATGACAGTCCTGTTAACTCT 659
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 TCTCTTGACACTGATGCATCTGTATTGATGAATGCACATTATGACAGTCCTGTTAACTCC 480
Query 660 CCTGGAGCTGGTGATTGTGGGTCATGTGTAGCATCACTACTTGAATTAGCAAGACTGGTA 719
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 CCTGGAGCTGGTGATTGTGGGTCATGTGTAGCATCACTACTTGAATTAGCAAGACTGGTA 540
Query 720 GTGGATTCTGGTTGGGTCCCGCCTCAACCTGTAATTTTTCTCTTCAATGGTGCTGAAGAG 779
||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 GTGGATTCTGGTTGGGTCCCGCCTCGACCTGTCATTTTTCTCTTCAATGGTGCTGAAGAG 600
Query 780 CTTTTTATGCTGGGCTCACACGGCTTCATGACGAAGCATAAGTTGAAAGATACCATTGGA 839
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 CTTTTTATGCTGGGCTCACACGGCTTCATGACGAAGCATAAGTTGAAAGATACCATTGGA 660
Query 840 GCTTTTATAAACGTGGAAGCCTCTGGGACAGGGGGTATTGATCTGGTCTGCCAATCAGGG 899
|||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 GCTTTTATAAACGTGGAAGCTTCTGGGACTGGGGGCATTGATCTGGTCTGCCAATCAGGG 720
Query 900 CCTGGCTCGTGGCCATCTTATGTCTACTCTCAAGCAGCAGTGTATCCAATGGCACAGAGT 959
|||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 CCTGGCTCGTGGCCGTCCTATGTCTACTCTCAAGCTGCAGTGTATCCAATGGCACAGAGT 780
Query 960 TCTGCACAGGATGTTTTCCCTGTAATTCCTGGAGACACAGATTACAGAATGTTTGCAGAA 1019
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 781 TCTGCACAGGATGTTTTCCCTGTAATTCCTGGAGACACCGATTACAGAATGTTTGCAGAA 840
Query 1020 GATTATGCCGACATTCCCGGGCTAGACATTATCTTTCTTCTGGGCGGTTACTACTACCAT 1079
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 841 GATTATGCAGACATTCCCGGGCTAGACATTATCTTTCTTCTGGGCGGTTACTACTACCAT 900
Query 1080 ACTACCTTCGATACAGTGGACAGAATAGTACCTGGAAGCATGCAAGCACGTGGAGAAAAC 1139
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 901 ACTACCTTTGATACAGTGGACAGAATAGTACCTGGAAGCATGCAAGCACGTGGAGAAAAC 960
Query 1140 TTAATCAGCGTGCTTAAAGCCTTCGCGAGTTCTTCTAGGCTAAAGGTTGCTAGTGAAAGA 1199
|||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 961 TTAATCAGCGTGCTTACAGCCTTCACGAGTTCTTCTAAGCTAAAGGTTGCTAGTGAAAGG 1020
Query 1200 AAGACGCTTGACGTGGATGCCAACAGTGACATGGTTGAAAGAGCTGTTTTCTTTGATTAC 1259
||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1021 AAGTCGCTTGACGTGGATGCTAACAGTGACATGGTTGAAAGAGCTGTTTTCTTTGATTAC 1080
Query 1260 TTAACATGGTTCATGGTGTTCTACCCAAGAAGAGTAGCTTTCGTACTTCACAACATTCCA 1319
|||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||| | ||||||||||||||||||
Sbjct 1081 TTAACATGGTTCATTGTGTACTATCCAAGAAGAGTAGCCATGGTACTTCACAACATTCCA 1140
Query 1320 GCTGCTTTGTTCCTTTGTGTTCCTTTCTTTTTGTATATGATGGACCCTAGGACACACCCT 1379
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1141 GCTGCTTTGTTCCTTTGTGTTCCTTTCTTTTTGTATATGATGGACCCTAGGACAAACCCT 1200
Query 1380 TTGTTATCATTCTTCTGGGCTTTCTTTAAAGGAGTTATGCACCATTTCGCCGGGATCTTA 1439
| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||
Sbjct 1201 TGGTTATCAGTCTTCTGGGCTTTCTGGAAAGGAGTTATGCACCATTTCGCTGGGATTTTA 1260
Query 1440 CTTGGTGTAATAGTCCCTGTTCTCTTTGCAGTCATCAGATTGTTCTTTGCTTATCCCATG 1499
|||||||| ||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1261 CTTGGTGTGATATTCCCTGTTCTCTTCGCAGTCATTAGATTGTTCTTTGCTTATCCCATG 1320
Query 1500 AGCTGGTTTGCTCATTCATACTTAGCTTTCTTGATGTTCATCCCCTGCTCATTTTTTGGC 1559
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1321 AGCTGGTTTGCTCATTCATACTTAGCTTTCTTGATGTTCATCCCCTGCTCATTTTTTGGC 1380
Query 1560 CTTTTAATTCCAAGAGCTATCTCTGATCGTGTCTCACATTTTCAAGGTGTTTCATCCAAG 1619
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1381 CTTTTAATTCCAAGAGCTATCTCTGATCGTGTCTCAAATTTTCAAGGTGTTTCATCCAAG 1440
Query 1620 AAAATTATGAAAGTTGAACCATCTGATGAAGCAAGGTTTTGGGGAGCATTTGGGTTCTAT 1679
|| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1441 AAGATTATGACAGTTGAACCATCTGATGAAGCAAGGTTTTGGGGAGCATTTGGTTTCTAT 1500
Query 1680 GCTTTTGCAACTTCGGCATATTTTTTCGCTGGATTAAATGGAGGATTCATGACATTTGTC 1739
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1501 GCTTTTGCAACTTCGGCATATTTTTTCGCTGGATTAAATGGAGGATTCATGACATTTGTC 1560
Query 1740 ATCTCCATTTCTATGCTACTAGGGTGGATTGCTTTCTATTTGTCAGTCAAGTCCTATGGC 1799
|||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1561 ATCTGCATTTCTATGCTACTAGGTTGGATTGCTTTCTGTTTGTCAGTCAAGTCCTATGGC 1620
Query 1800 TATAATTCGATCAAGTCTCCCATGTTTTATGTGATAGCTCTTGTTCCATGCCTTCTGTAT 1859
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1621 TATAATTCGATCAAGTCTCCCATGTTTTATGTGATAGCTCTTGTTCCATACCTTCTGTAT 1680
Query 1860 TCTCTCTATTTTGGTGGTATTCTTACACTATTATTAATTGAGAAGACGGGAATGATGGGA 1919
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1681 TCTCTCTATTTTGGTGGTATTCTTGCACTATTATTAATTGAGAAGACGGGAATGATGGGA 1740
Query 1920 GCAATTCCACCACCTTATGGATTTTATCTAGCAGATGTAGCAGTAGCTGCAGTCATTGGA 1979
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1741 GCAATTCCACCACCTTATGGATTTTATCTAGCAGATGTAGCAGTAGCTGCAGTTATTGGA 1800
Query 1980 ATCGTCACCGGCTTGTGTTTGGGTCCAATAATACCAATTTGTGATCGTTGGCTGGCCAAG 2039
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1801 ATCGTCACCGGCTTGTGTTTGGGCCCAATAATACCAATTTGTGATCGTTGGCTGGCCAAA 1860
Query 2040 TCGTCGATCTTGAAATTCTTGCTT-CACTTCACTGTAGTCATGTTGGCGGTATCATCACA 2098
||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1861 TCGTCGATCTTGAAATTCTTG-TTGCACTTCACTGTGGTCATGTTGGCGGTATCATCACA 1919
Query 2099 GTTCTTTCCTTATAGCAAAGATGCACCAAAGAGAGTTGTACTCCAACACACATTCATCTC 2158
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1920 GTTCTTTCCTTATAGCAAAGATGCACCGAAGAGAGTTGTACTCCAACACACATTCATCTC 1979
Query 2159 TACTGGTGGAAATGAAATCACAGGCTCAAGTTATGATTTAGCTGTCATTGATTCAAATTC 2218
| | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1980 TGCAGGTGGGAATGAAATCACAGGCTCAAGTTATGATTTAGCTGTCATTGATGCAAATTC 2039
Query 2219 TATGGAGTTCATTTTTAAGCATGCTCCGGAGGTGGCAAAGGAACTTCATGTTGGCCCTTC 2278
||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2040 TATTGAGTTCGTTTTTAAGCATGCTCCGGAGGTGGCAAAGGAACTTCATGTTGGCCCTTC 2099
Query 2279 TTTTTCATTGGGAAACGCTGAAGCGTCTCCTCAAGAAGCTTGGATGGCACTTTTCCCTAT 2338
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2100 TTTTTCATTGGGAAACGCTGAAGCGTCTCCTCAAGAAGCTTGGGTGGCACTTTTCCCTAT 2159
Query 2339 TTCATGTGTATTAACAACAAACGGGAGGTTCCCTGCTAAAGCCAACAATATTTTAGAACG 2398
||| |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||
Sbjct 2160 TTCCTGTGTAATAACAAAAAACGGGAGGTTCCCTGCTAAAGCCAACAATATTTCGGAGCG 2219
Query 2399 ATATAGCCAATTCCCACTCCTACAAGCGCATAAACCGCAAACAACATTTGAAAATGGAAC 2458
||||||||||||||||| ||||||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2220 ATATAGCCAATTCCCACACCTACAAACTCATAAACCGCAAACAACATTTGAAAACGGAAC 2279
Query 2459 TCGCAGAGTTCATCTGGAGCTCTCTCTGGGGTCGTTGGAGGAGATTTGGGTCACGGTTTT 2518
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |
Sbjct 2280 TCGCAGAGTTCATCTGGAACTCTCTCTGGGGTCGTTGGAGGAGATTTGGGTCACAGTTCT 2339
Query 2519 GAACATAACCGGACCGTTATCAGGGTGGTCCTTTGCCGATGGCAAACCTCCAGCACCTGA 2578
|||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2340 GAACATAACCGGACCGTTATCAGGATGGTCCTTCGCAGATGGCAAACCTCCAGCACCTGA 2399
Query 2579 ACTCCCACCGGGTGGTCCTCCCTCGTACATATTGAGACTGAGTGGCAACAGCGATGAGAA 2638
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2400 ACTCCCACCGGGTGGTCCTCCCTCGTACATATTGAGACTGAGTGGCAACAGCGATGAGAA 2459
Query 2639 GTGGAACTTCTGGTTAGAGGCAAGTAGTGAAGAAGAAGTGAGAGTAGATGTAGCTGTTCT 2698
|||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2460 GTGGAACTTCTGGTTAGAAGCAAGTAGCGAAGAAGAAGTGAGAGTAGATGTAGCTGTTCT 2519
Query 2699 TGATCAACGTCTTGATGAAGAAACTATACATTTGAAGGGTCTTTTCCCAAAATGGTCCGA 2758
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2520 TGATCAGCGTCTTGATGAAGAAACTATACATTTGAAGGGTCTTTTCCCAAAATGGTCCGA 2579
Query 2759 TGTCATTGCCTACACTAGTTTTCTTTCTACTTACTTGTTCTGATCGTAGACTATTTCATA 2818
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| |||||||||| |||
Sbjct 2580 TGTCATTGCCTACACTAGTTTTCTTTCTACATACTTGTTCTAATCATAGACTATTTGATA 2639
Query 2819 TTCTCCTTTTGA-TATTTCTAAAACATTAGAGAATAAATAAATCCGTTCTT 2868
||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2640 TTCTCCTTTTGCCT-TTTCTAAAACATTAGAGAATAAATAAATCCGTTCTT 2689
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 108442927515
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5