BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT1G67420.2 Length=2873 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg475840 jgi|Araly1|475840|fgenesh2_kg.2__970__AT1G67420.1 4368 0.0 > Ahg475840 jgi|Araly1|475840|fgenesh2_kg.2__970__AT1G67420.1 Length=2689 Score = 4368 bits (2365), Expect = 0.0 Identities = 2583/2691 (96%), Gaps = 4/2691 (0%) Strand=Plus/Plus Query 180 ATGCCGTTTTGGAAGATGAGCGCAAGAGATGTCACTGGATTCAAATTCCTCTTCTCACTC 239 ||| ||||||||||||||||| ||||||| | ||||| ||||||||||||||||||| || Sbjct 1 ATGGCGTTTTGGAAGATGAGCTCAAGAGACGCCACTGCATTCAAATTCCTCTTCTCAATC 60 Query 240 GTCTTCATCTACGCTTTAATGTCAGCTATTGTTTACTCCGTCCTCCACATGAAATTCATC 299 ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 61 GTCTTCATCTACGCTCTAATGTCAGCGATTGTTTACTCCGTCCTCCACATGAAATTCATC 120 Query 300 TCTCCGCTTCCGGCAAACGCTCCTCTCGAACGATTCTCTGAAGCTAGAGCCGTCGAACAC 359 ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 121 TCTCCGCTTCCCGCAAACGCTCCTCTTGAACGATTCTCCGAAGCTAGAGCCGTCGAACAC 180 Query 360 ATCCGTGTCTTGGCTGAAGAGATCGATGGTCGTCAGGAAGGACGACCTGGACTTAAAGAA 419 ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| Sbjct 181 ATCCGCGTCTTGGCTGAAGAGATCGATGGTCGTCAGGAAGGACGACCAGGACTCAAAGAA 240 Query 420 GCTGCAACGTATATAAAATCGCAATTGGAGATGGTGAAGGAGAGAGCTGGACCAAATTTA 479 ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 241 GCTGCAATATACATAAAATCGCAATTGGAGATGGTGAAGGAGAGAGCTGGACCAAATCTA 300 Query 480 AGGGTTGAAGTGGAAGAGACTCAAGTGGATGGTTCCTTTAGCATGATGTTTCTAGGACAC 539 ||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 301 AGGATTGAAGTGGAGGAGACTCAGGTGGATGGTTCCTTTAGCATGATGTTTCTAGGTCAC 360 Query 540 AGCATATCACTTGGATACAGAAACCATACTAATATACTTATGCGTATCTCGTCAATGAAT 599 ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 361 AGCATTTCACTTGGATATAGAAACCATACTAATATACTTATGCGTATCTCGTCAATGAAT 420 Query 600 TCTCTTGACACTGATGCATCTGTATTGATGAATGCACATTATGACAGTCCTGTTAACTCT 659 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 421 TCTCTTGACACTGATGCATCTGTATTGATGAATGCACATTATGACAGTCCTGTTAACTCC 480 Query 660 CCTGGAGCTGGTGATTGTGGGTCATGTGTAGCATCACTACTTGAATTAGCAAGACTGGTA 719 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 481 CCTGGAGCTGGTGATTGTGGGTCATGTGTAGCATCACTACTTGAATTAGCAAGACTGGTA 540 Query 720 GTGGATTCTGGTTGGGTCCCGCCTCAACCTGTAATTTTTCTCTTCAATGGTGCTGAAGAG 779 ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 541 GTGGATTCTGGTTGGGTCCCGCCTCGACCTGTCATTTTTCTCTTCAATGGTGCTGAAGAG 600 Query 780 CTTTTTATGCTGGGCTCACACGGCTTCATGACGAAGCATAAGTTGAAAGATACCATTGGA 839 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 601 CTTTTTATGCTGGGCTCACACGGCTTCATGACGAAGCATAAGTTGAAAGATACCATTGGA 660 Query 840 GCTTTTATAAACGTGGAAGCCTCTGGGACAGGGGGTATTGATCTGGTCTGCCAATCAGGG 899 |||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 661 GCTTTTATAAACGTGGAAGCTTCTGGGACTGGGGGCATTGATCTGGTCTGCCAATCAGGG 720 Query 900 CCTGGCTCGTGGCCATCTTATGTCTACTCTCAAGCAGCAGTGTATCCAATGGCACAGAGT 959 |||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 721 CCTGGCTCGTGGCCGTCCTATGTCTACTCTCAAGCTGCAGTGTATCCAATGGCACAGAGT 780 Query 960 TCTGCACAGGATGTTTTCCCTGTAATTCCTGGAGACACAGATTACAGAATGTTTGCAGAA 1019 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 781 TCTGCACAGGATGTTTTCCCTGTAATTCCTGGAGACACCGATTACAGAATGTTTGCAGAA 840 Query 1020 GATTATGCCGACATTCCCGGGCTAGACATTATCTTTCTTCTGGGCGGTTACTACTACCAT 1079 |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 841 GATTATGCAGACATTCCCGGGCTAGACATTATCTTTCTTCTGGGCGGTTACTACTACCAT 900 Query 1080 ACTACCTTCGATACAGTGGACAGAATAGTACCTGGAAGCATGCAAGCACGTGGAGAAAAC 1139 |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 901 ACTACCTTTGATACAGTGGACAGAATAGTACCTGGAAGCATGCAAGCACGTGGAGAAAAC 960 Query 1140 TTAATCAGCGTGCTTAAAGCCTTCGCGAGTTCTTCTAGGCTAAAGGTTGCTAGTGAAAGA 1199 |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 961 TTAATCAGCGTGCTTACAGCCTTCACGAGTTCTTCTAAGCTAAAGGTTGCTAGTGAAAGG 1020 Query 1200 AAGACGCTTGACGTGGATGCCAACAGTGACATGGTTGAAAGAGCTGTTTTCTTTGATTAC 1259 ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1021 AAGTCGCTTGACGTGGATGCTAACAGTGACATGGTTGAAAGAGCTGTTTTCTTTGATTAC 1080 Query 1260 TTAACATGGTTCATGGTGTTCTACCCAAGAAGAGTAGCTTTCGTACTTCACAACATTCCA 1319 |||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||| | |||||||||||||||||| Sbjct 1081 TTAACATGGTTCATTGTGTACTATCCAAGAAGAGTAGCCATGGTACTTCACAACATTCCA 1140 Query 1320 GCTGCTTTGTTCCTTTGTGTTCCTTTCTTTTTGTATATGATGGACCCTAGGACACACCCT 1379 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 1141 GCTGCTTTGTTCCTTTGTGTTCCTTTCTTTTTGTATATGATGGACCCTAGGACAAACCCT 1200 Query 1380 TTGTTATCATTCTTCTGGGCTTTCTTTAAAGGAGTTATGCACCATTTCGCCGGGATCTTA 1439 | ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||| Sbjct 1201 TGGTTATCAGTCTTCTGGGCTTTCTGGAAAGGAGTTATGCACCATTTCGCTGGGATTTTA 1260 Query 1440 CTTGGTGTAATAGTCCCTGTTCTCTTTGCAGTCATCAGATTGTTCTTTGCTTATCCCATG 1499 |||||||| ||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 1261 CTTGGTGTGATATTCCCTGTTCTCTTCGCAGTCATTAGATTGTTCTTTGCTTATCCCATG 1320 Query 1500 AGCTGGTTTGCTCATTCATACTTAGCTTTCTTGATGTTCATCCCCTGCTCATTTTTTGGC 1559 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1321 AGCTGGTTTGCTCATTCATACTTAGCTTTCTTGATGTTCATCCCCTGCTCATTTTTTGGC 1380 Query 1560 CTTTTAATTCCAAGAGCTATCTCTGATCGTGTCTCACATTTTCAAGGTGTTTCATCCAAG 1619 |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 1381 CTTTTAATTCCAAGAGCTATCTCTGATCGTGTCTCAAATTTTCAAGGTGTTTCATCCAAG 1440 Query 1620 AAAATTATGAAAGTTGAACCATCTGATGAAGCAAGGTTTTGGGGAGCATTTGGGTTCTAT 1679 || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 1441 AAGATTATGACAGTTGAACCATCTGATGAAGCAAGGTTTTGGGGAGCATTTGGTTTCTAT 1500 Query 1680 GCTTTTGCAACTTCGGCATATTTTTTCGCTGGATTAAATGGAGGATTCATGACATTTGTC 1739 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1501 GCTTTTGCAACTTCGGCATATTTTTTCGCTGGATTAAATGGAGGATTCATGACATTTGTC 1560 Query 1740 ATCTCCATTTCTATGCTACTAGGGTGGATTGCTTTCTATTTGTCAGTCAAGTCCTATGGC 1799 |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 1561 ATCTGCATTTCTATGCTACTAGGTTGGATTGCTTTCTGTTTGTCAGTCAAGTCCTATGGC 1620 Query 1800 TATAATTCGATCAAGTCTCCCATGTTTTATGTGATAGCTCTTGTTCCATGCCTTCTGTAT 1859 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 1621 TATAATTCGATCAAGTCTCCCATGTTTTATGTGATAGCTCTTGTTCCATACCTTCTGTAT 1680 Query 1860 TCTCTCTATTTTGGTGGTATTCTTACACTATTATTAATTGAGAAGACGGGAATGATGGGA 1919 |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1681 TCTCTCTATTTTGGTGGTATTCTTGCACTATTATTAATTGAGAAGACGGGAATGATGGGA 1740 Query 1920 GCAATTCCACCACCTTATGGATTTTATCTAGCAGATGTAGCAGTAGCTGCAGTCATTGGA 1979 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 1741 GCAATTCCACCACCTTATGGATTTTATCTAGCAGATGTAGCAGTAGCTGCAGTTATTGGA 1800 Query 1980 ATCGTCACCGGCTTGTGTTTGGGTCCAATAATACCAATTTGTGATCGTTGGCTGGCCAAG 2039 ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1801 ATCGTCACCGGCTTGTGTTTGGGCCCAATAATACCAATTTGTGATCGTTGGCTGGCCAAA 1860 Query 2040 TCGTCGATCTTGAAATTCTTGCTT-CACTTCACTGTAGTCATGTTGGCGGTATCATCACA 2098 ||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 1861 TCGTCGATCTTGAAATTCTTG-TTGCACTTCACTGTGGTCATGTTGGCGGTATCATCACA 1919 Query 2099 GTTCTTTCCTTATAGCAAAGATGCACCAAAGAGAGTTGTACTCCAACACACATTCATCTC 2158 ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1920 GTTCTTTCCTTATAGCAAAGATGCACCGAAGAGAGTTGTACTCCAACACACATTCATCTC 1979 Query 2159 TACTGGTGGAAATGAAATCACAGGCTCAAGTTATGATTTAGCTGTCATTGATTCAAATTC 2218 | | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 1980 TGCAGGTGGGAATGAAATCACAGGCTCAAGTTATGATTTAGCTGTCATTGATGCAAATTC 2039 Query 2219 TATGGAGTTCATTTTTAAGCATGCTCCGGAGGTGGCAAAGGAACTTCATGTTGGCCCTTC 2278 ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2040 TATTGAGTTCGTTTTTAAGCATGCTCCGGAGGTGGCAAAGGAACTTCATGTTGGCCCTTC 2099 Query 2279 TTTTTCATTGGGAAACGCTGAAGCGTCTCCTCAAGAAGCTTGGATGGCACTTTTCCCTAT 2338 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 2100 TTTTTCATTGGGAAACGCTGAAGCGTCTCCTCAAGAAGCTTGGGTGGCACTTTTCCCTAT 2159 Query 2339 TTCATGTGTATTAACAACAAACGGGAGGTTCCCTGCTAAAGCCAACAATATTTTAGAACG 2398 ||| |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || Sbjct 2160 TTCCTGTGTAATAACAAAAAACGGGAGGTTCCCTGCTAAAGCCAACAATATTTCGGAGCG 2219 Query 2399 ATATAGCCAATTCCCACTCCTACAAGCGCATAAACCGCAAACAACATTTGAAAATGGAAC 2458 ||||||||||||||||| ||||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 2220 ATATAGCCAATTCCCACACCTACAAACTCATAAACCGCAAACAACATTTGAAAACGGAAC 2279 Query 2459 TCGCAGAGTTCATCTGGAGCTCTCTCTGGGGTCGTTGGAGGAGATTTGGGTCACGGTTTT 2518 |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | Sbjct 2280 TCGCAGAGTTCATCTGGAACTCTCTCTGGGGTCGTTGGAGGAGATTTGGGTCACAGTTCT 2339 Query 2519 GAACATAACCGGACCGTTATCAGGGTGGTCCTTTGCCGATGGCAAACCTCCAGCACCTGA 2578 |||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||| Sbjct 2340 GAACATAACCGGACCGTTATCAGGATGGTCCTTCGCAGATGGCAAACCTCCAGCACCTGA 2399 Query 2579 ACTCCCACCGGGTGGTCCTCCCTCGTACATATTGAGACTGAGTGGCAACAGCGATGAGAA 2638 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2400 ACTCCCACCGGGTGGTCCTCCCTCGTACATATTGAGACTGAGTGGCAACAGCGATGAGAA 2459 Query 2639 GTGGAACTTCTGGTTAGAGGCAAGTAGTGAAGAAGAAGTGAGAGTAGATGTAGCTGTTCT 2698 |||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2460 GTGGAACTTCTGGTTAGAAGCAAGTAGCGAAGAAGAAGTGAGAGTAGATGTAGCTGTTCT 2519 Query 2699 TGATCAACGTCTTGATGAAGAAACTATACATTTGAAGGGTCTTTTCCCAAAATGGTCCGA 2758 |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2520 TGATCAGCGTCTTGATGAAGAAACTATACATTTGAAGGGTCTTTTCCCAAAATGGTCCGA 2579 Query 2759 TGTCATTGCCTACACTAGTTTTCTTTCTACTTACTTGTTCTGATCGTAGACTATTTCATA 2818 |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| |||||||||| ||| Sbjct 2580 TGTCATTGCCTACACTAGTTTTCTTTCTACATACTTGTTCTAATCATAGACTATTTGATA 2639 Query 2819 TTCTCCTTTTGA-TATTTCTAAAACATTAGAGAATAAATAAATCCGTTCTT 2868 ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2640 TTCTCCTTTTGCCT-TTTCTAAAACATTAGAGAATAAATAAATCCGTTCTT 2689 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 108442927515 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5