BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G67550.1
Length=3103
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg926015 jgi|Araly1|926015|scaffold_201576.1 4002 0.0
> Ahg926015 jgi|Araly1|926015|scaffold_201576.1
Length=2555
Score = 4002 bits (2167), Expect = 0.0
Identities = 2427/2555 (95%), Gaps = 8/2555 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 83 TTGGA-TTGGGAGGTGGAGAAATGAAGTTGTTGCCGCGAGAGATCGAGAAGTTAGAGCTA 141
||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 TTGGATTTGGGAGTTGAAGAAATGAAGTTGTTGCCGCGAGAGATCGAGAAGTTAGAGCTT 60
Query 142 CATCAAGCTGGTTTCCTTGCACAGAAA-CGTCTTGCTCGTGGTATTAGACTCAATTACAC 200
||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 CATCAAGCTGGTTTCCTCGCACA-AAAGCGTCTTGCTCGTGGTATTAGACTCAATTACAC 119
Query 201 TGAAGCTGTAGCACTTATTGCTACTCAGATTCTTGAGTTTATTCGTGATGGTGATAAAAG 260
|||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 120 TGAATCTGTAGCACTCATTGCTACTCAGATTCTTGAGTTTATTCGTGATGGTGAGAAAAG 179
Query 261 CGTGGCTGAGCTAATGGATATCGGGAGACAACTATTAGGAAGGAGACAGGTTCTTCCTGC 320
|||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 180 CGTGGCGGAGCTAATGGATATTGGAAGACAACTATTAGGAAGGAGACAAGTTCTTCCTGC 239
Query 321 TGTTTTACATCTTTTGTATACGGTTCAGGTCGAAGGTACATTTCGTGATGGTACAAAGTT 380
|||| |||||||| |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||
Sbjct 240 TGTTGTACATCTTCTGTATACGGTTCAGGTCGAAGGGACGTTTCGTGATGGTACAAAGTT 299
Query 381 AGTCACGGTTCATGAGCCGATTTCTCTTGAAAACGGCAACCTTGAACTTGCTTTGCATGG 440
||| || |||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 300 AGTTACCGTTCATGAACCGATTTCTCTTGAAAATGGGAACCTTGAACTAGCTTTACATGG 359
Query 441 ATCTTTCCTTCCAGTTCCTTCATTGGATAAATTTCCAGAAGTTCATGAGGGTGTAATTAT 500
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| | ||
Sbjct 360 ATCTTTCCTTCCAGTTCCTTCATTGGATAAATTTCCAGAAGCTCATGAGGATGT-A--AT 416
Query 501 TCCTGGTGATATGAAATATGGAGATGGAAGTATAATTATAAATCATGGAAGGAAAGCAGT 560
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |
Sbjct 417 TCCTGGAGATATGAAATATGGAGATGGAAGTATAATAATAAATCATGGAAGGAAAGCACT 476
Query 561 AGTTC-TGAAAGTAGTGAACACTGGAGACAGACCAGTGCAGGTTGGAAGTCACTACCATT 619
|| || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 477 AG-TCTTGAAAGTCGTGAACACTGGAGACAGACCAGTGCAGGTTGGAAGTCATTACCATT 535
Query 620 TTATTGAAGTGAATCCACTATTGGTGTTTGACAGACGTAAAGCTCTTGGTATGCGTTTAA 679
| ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |
Sbjct 536 TCATTGAAGTGAATCCATTGTTGGTGTTTGACAGACGTAAAGCTCTTGGTATGCGTCTGA 595
Query 680 ACATACCCGCTGGAACAGCTGTTCGCTTTGAGCCAGGAGAAAGAAAAAGCGTTGTACTTG 739
| ||| | |||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||| ||| ||||||
Sbjct 596 ATATAGCAGCTGGAACAGCTGTACGATTTGAGCCTGGAGAAAGAAAAAGTGTTATACTTG 655
Query 740 TGAATATTGGTGGAAATAAAGTGATAAGGGGAGGAAATGGAATTGTTGATGGTCTAGTTG 799
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 656 TGAATATTGGTGGAAATAAAGTGATAAGGGGAGGAAATGGAATTGTTGACGGTCTAGTTG 715
Query 800 ATGATGTCAATTGGACAGTTTTAATGGAAACAATGGAGAGAAGAGGATTTAAGCACCTGG 859
|||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||
Sbjct 716 ATGATGTCAATTGGACAGTTGTAATGGAAATAATGGAGAGAAGAGGCTTTAGGCACCTGG 775
Query 860 AAGATATTGATGCTAGTGAGGGGATAGCAGGGGAAGATCCTCGATTTACAACTATGATTT 919
||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||| |||| ||||
Sbjct 776 AAGATGCTGATGCTAGTGAGGGGATTGTAGGGGAAGATCCTAGATTTACGACTACAATTT 835
Query 920 CTCGTGAAAAGTATGCAAATATGTATGGTCCTACCACTGGGGACAAGCTTCGCCTAGGTG 979
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||
Sbjct 836 CGCGTGAAAAGTATGCAAATATGTATGGTCCTACCACTGGCGACAAGCTTCGGCTAGGTG 895
Query 980 ATACCAACTTATACGCAAGAATTGAAAAAGATTATACTGTTTATGGAGATGAATGTGTAT 1039
|||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 896 ATACCAACTTGTACGCAAGAATCGAAAAAGATTATACTGTTTATGGAGATGAATGTGTAT 955
Query 1040 TTGGAGGTGGAAAAGTTCTAAGAGAAGGCATGGGACAAGGCATAGAGCAAGCTGAAGCTC 1099
||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 956 TTGGAGGTGGAAAAGTTTTAAGAGAAGGCATGGGTCAAGGCATAGAGCAATCTGAAGCTC 1015
Query 1100 TTTCTTTGGATACTGTCATTACCAATAGTGTGATAATTGATTATTCAGGAATATATAAGG 1159
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1016 TTTCCTTGGATACTGTCATTACCAATAGTGTGATAATTGATTATTTAGGAATATATAAGG 1075
Query 1160 CAGATATTGGCATTAAAAATGGTCATATTGTTGGTATTGGGAAAGCAGGCAATCCAGATA 1219
||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1076 CAGATATCGGCATTAAAAATGGTCATATTGTCGGTATTGGGAAAGCAGGCAATCCGGATA 1135
Query 1220 CCATGCATGGTGTGCAGAACAATATGCTTATTGGGAATAAGACTGAGGTTATTGCTGGAG 1279
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1136 CCATGCATGGTGTGCAGAGCAATATGCTTATTGGGAATAAGACTGAGGTTATTGCTGGAG 1195
Query 1280 AAGGAATGATTGTAACTGCAGGAGCTATTGATTGTCATGTACATTTCATATGTCCTCAAT 1339
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1196 AAGGAATGATTGTAACTGCAGGAGCTATTGATTGTCATGTGCATTTCATATGTCCTCAAT 1255
Query 1340 TGGTGTATGAAGCAGTGTCAAGCGGCATTACAACTATGGTTGGGGGAGGGACAGGGCCTG 1399
|||| || |||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
Sbjct 1256 TGGTCTACGAAGCAGTATCGAGCGGCATTACAACTATGGTTGGAGGAGGGACAGGGCCAG 1315
Query 1400 CTTATGGTACACGTGCTACTACGTGTACCCCTTCTCCGTTCGATATGAAGTTAATGCTGC 1459
|||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1316 CTTATGGTACACGTGCTACTACCTGCACCCCTTCCCCGTTCGATATGAAGTTAATGCTGC 1375
Query 1460 AGTCCACAGATAGCCTGCCACTAAACTTTGGCTTTACAGGAAAGGGAAATACAGCTAAAC 1519
||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1376 AGTCCACGGATAGCCTGCCACTAAACTTTGGGTTTACAGGAAAGGGAAATACAGCTAAAC 1435
Query 1520 CGTTAGAGCTTCGTCACATAGTGGAGGCTGGAGCAATGGGATTGAAGCTGCATGAGGACT 1579
| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1436 CCTTAGAGCTTCAACACATAGTGGAGGCTGGAGCAATGGGATTGAAGTTGCATGAGGACT 1495
Query 1580 GGGGAACTACTCCTGCTGCAATAGACAATTGTTTGGCAGTTGCAGAAGAATATGATATCC 1639
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1496 GGGGAACTACTCCTGCTGCAATAGACAATTGTTTGGCAGTTGCAGAAGAATATGATATCC 1555
Query 1640 AGGTGAACATTCATACTGACACCTTAAATGAATCCGGTTTTGTTGAGCACACTATCAATG 1699
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||
Sbjct 1556 AGGTGAACATTCATACTGACACCTTAAATGAATCTGGTTTTGTGGAGCACACGATCAATG 1615
Query 1700 CATTTCGTGGGAGAACAATACATACATATCACAGTGAAGGTGCTGGTGGTGGACATGCAC 1759
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1616 CATTTCGTGGGAGAACAATACATACATATCACAGCGAAGGTGCTGGTGGTGGACATGCGC 1675
Query 1760 CAGATATCATTAGAGTTTGTGGAGTGAAAAATGTACTCCCGTCATCAACCAACCCAACAC 1819
|||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1676 CAGATATCATCAGAGTTTGTGGAGTAAAAAATGTACTCCCGTCATCAACCAACCCAACAC 1735
Query 1820 GGCCATATACGAAAAATACTGTAGATGAACATCTTGACATGCTGATGGTTTGCCATCACC 1879
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1736 GGCCATATACGAAAAATACTGTGGATGAACATCTTGACATGCTGATGGTTTGCCATCACC 1795
Query 1880 TTGACAAGAACATCCCAGAAGATGTAGCTTTTGCTGAATCAAGAATAAGAGCTGAAACAA 1939
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1796 TTGACAAGAACATCCCAGAAGATGTAGCTTTTGCTGAATCAAGAATAAGAGCTGAAACAA 1855
Query 1940 TAGCTGCAGAGGATATATTGCATGATATGGGAGCAATCAGCATTATCTCCTCCGACTCAC 1999
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1856 TAGCTGCAGAGGACATATTGCATGATATGGGAGCAATCAGCATTATCTCCTCTGACTCAC 1915
Query 2000 AAGCAATGGGTCGCATTGGAGAGGTAATAAGCAGAACTTGGCAGACAGCTGACAAGATGA 2059
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1916 AAGCAATGGGTCGCATTGGAGAGGTAATAAGCAGAACTTGGCAGACTGCTGACAAGATGA 1975
Query 2060 AGGCTCAGAGGGGAGCCATTGATCCTAACATGGCTGATGATGATAACTCAAGGATCAAGA 2119
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |
Sbjct 1976 AGGCTCAGAGGGGAGCCATTGATCCTAGCATGGCTGATGATGATAACTCGAGGATCAAAA 2035
Query 2120 GATACATTGCAAAGTACACTATAAACCCAGCTATAGCCAATGGGTTTGCAGACTTAATTG 2179
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2036 GATACATTGCAAAGTACACTATAAACCCAGCTATAGCCAATGGGTTTGCTGACTTAATTG 2095
Query 2180 GCTCGGTTGAGGTGAAGAAGCTGGCTGATCTTGTTATATGGCAGCCGGCTTTCTTCGGAG 2239
|||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2096 GCTCGGTTGAGGAGAAGAAGCTGGCTGATCTCGTTATATGGCAGCCGGCTTTCTTCGGAG 2155
Query 2240 CAAAACCAGAAATGATAATCAAAGGAGGCAATATAGCATGGGCTAATATGGGCGATGCAA 2299
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2156 CAAAACCAGAAATGATAATCAAAGGAGGCAATATAGCCTGGGCTAATATGGGCGATGCAA 2215
Query 2300 ATGCGAGCATACCCACTCCTGAGCCGGTGATATCAAGACCTATGTTTGGAGCATTTGGAA 2359
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2216 ATGCGAGTATACCCACTCCTGAGCCGGTGATATCAAGACCTATGTTTGGAGCATTTGGAA 2275
Query 2360 AGGCCGGAAGTGAAAACTCTGTTGCATTTGTCAGCAAGGCTGCCTTGAGAAAGGGGGTAA 2419
||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2276 AGGCCGGAAGTGAGAACTCGGTTGCATTTGTCAGCAAGGCTGCCTTGAGAAATGGGGTAA 2335
Query 2420 AAGAACTATATGGACTCAAGAAGAGGGTTGTAGCGGTGTCCAACGTGAGGCAGCTCACAA 2479
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2336 AAGAACTATATGGACTAAAGAAGAGGGTTGTAGCGGTCTCCAATGTGAGGCAGCTCACAA 2395
Query 2480 AACTCGACATGAAGCTGAATGATGCGCTTCCAGAGATCACCGTGGATCCAGAGACATACG 2539
||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2396 AACTCGACATGAAGCTGAATGATGCGCTTCCGGACATCACCGTGGACCCAGAGACATACA 2455
Query 2540 TTGTCACAGCAAATGGCGAGGTCCTTACATGTGCGCCAGCCGATTCAGTCCCTCTCTCCC 2599
||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2456 TTGTCACAGCAAACGGAGAGGTCCTTACGTGTGCGCCAGCCGATTCAGTTCCTCTCTCCC 2515
Query 2600 GGAACTATTTCCTCTTTTAAGGTTGTTGAAATTTC 2634
| |||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2516 GCAACTATTTCCTCTTTTAAAGTTGTTGAAATTTC 2550
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 117203683865
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5