BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G67560.1
Length=2928
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg475859 jgi|Araly1|475859|fgenesh2_kg.2__989__AT1G67560.1 4357 0.0
> Ahg475859 jgi|Araly1|475859|fgenesh2_kg.2__989__AT1G67560.1
Length=2847
Score = 4357 bits (2359), Expect = 0.0
Identities = 2661/2808 (95%), Gaps = 16/2808 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 24 AAAAATGTTCGTAGCATCTCCGGTAAAGACGAACTTCAACGGCGTCAGCCTAGTTAAATC 83
||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| || |||
Sbjct 1 AAAAATGTTCGTAGCGTCTCCGGTGAAGACCAACTTCAACGGCGTCAGCCTAGGTAGATC 60
Query 84 TCCGGCGTTTTCC-GCTCTTTCATGTCGTA-AACAACACCGAGTTCCTATATCCAGACAG 141
||||||| ||||| |||||| || | || | ||| |||||||||||||| || ||||||
Sbjct 61 TCCGGCG-TTTCCTGCTCTTCCACGGCGGAGAAC-TCACCGAGTTCCTATTTCAAGACAG 118
Query 142 GTTCGAGCTGTGATCAGCCGTGAAGAAAAAGCGGTGGATCAAGAAGACG-GCaaaaaaaG 200
|||||||| ||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||| | || ||||||
Sbjct 119 GTTCGAGCAGTGATCAGCCGAGAAGAAAAAGCAGTTGATCAAGAAGA-GAGCGGAAAAAG 177
Query 201 TACAAACAAACCACTAATAAACTCTTCTCAATTTCCATGGCAAAGATCTAAGTATACGGG 260
| ||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 178 TGCAAACAAACCAGTTATAAACTCTTCTCCATTTCCATGGCAAAGATCTAAGTATACGGG 237
Query 261 ATCGAAGACTGTTACTGCGGTTGTGAAAATCAGGAAGAAGATCAAAGAGAAGCTAACAGA 320
||| |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||
Sbjct 238 ATCAAAGACTGTTACTGCTTTTGTGAAGATCAGGAAGAAGATCAAAGAAAAGTTAACAGA 297
Query 321 GAGATTTGAGCATCAATTAGAGCTTTTCATGAAAGCTATTGGTCAAGGGATGTTGATTCA 380
||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 298 GAGATTTGAACATCAATTAGAGCTACTCATGAAAGCTATTGGTCAAGGGATGTTGATTCA 357
Query 381 GCTTGTCAGTGAAGAAATCGATCCTGA-AACTGGTAAAGG-CAGAAAGAGTTTAGAATCT 438
||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| | | | |||||||||| ||
Sbjct 358 GCTTGTCAGTGAAGAAATCGATCCTGACAA-TGGTAAAGGTC-GGAGGAGTTTAGAAACT 415
Query 439 CCTGTGA-TGGGACTCCCAAAGGCTGTGAAAGATCCGAGATACCTCGTATTCACAGCCGA 497
|| || | |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 416 CCGGT-ATTGGGACTCCCTAAGGCTGTGAAAGATCCGAGATACCTCGAATTCACAGCCGA 474
Query 498 TTTCACTGTCCCGATTAACTTTGGTAAACCTGGTGCCATTCTTGTCACCAATCTTCTTTC 557
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 475 TTTCACTGTCCCGTTTAACTTTGGTAAACCTGGTGCCATTCTTGTCACCAATCTTCTTTC 534
Query 558 CACTGAGATTTGCTTGTCAGAAATTATCATCGAAGATTCCACTGACACCATTCTCTTCCC 617
|||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||
Sbjct 535 CACTGAGATTTGCTTGTCGGAGATTATCATTAAAGATTCCAGTGACACAATTCTCTTCCC 594
Query 618 TGCAAACACTTGGATTCACTCTAAGAATGATAATCCTCAAGCCAGGATTATCTTTAGAAG 677
|| | ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 595 TGGACACACTTGGATTCAGTCTAGGAATGATAATCCTCAAGCCAGGATTATCTTTAGAAG 654
Query 678 TCAACCATGCCTACCTTCCGAGACTCCGGATGGGATTAAAGAACTACGGGAAAAGGACTT 737
||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 655 TCAACCATGCCTACCTTCCGAGACTCCAGATGGGATCAAAGAACTACGGGAAAAGGACTT 714
Query 738 GGTCAGTGTCCGTGGTGACGGAAAAGGCGAGAGAAAACCTCATGAGAGAATTTATGACTA 797
||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||
Sbjct 715 GGTCAGTGTCCGTGGTGACGGTAAAGGCGAGAGAAAGCCTCATGAGAGGATTTATGATTA 774
Query 798 CGATGTTTACAACGATTTGGGAGATCCACGTAAAACAGAACGAGTTAGGCCAGTTCTAGG 857
|||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||
Sbjct 775 CGATGTTTACAATGATTTGGGAGATCCACGTAAAAAAGAACGAGTTAGGCCTGTTCTCGG 834
Query 858 TGTTCCAGAGACGCCTTACCCAAGACGCTGCAGGACCGGCCGGCCTCTCGTTTCAAAAGA 917
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 835 TGTTCCAGAGACGCCTTATCCAAGACGCTGCAGGACCGGCCGGCCTCTTGTTTCAAAAGA 894
Query 918 TCCACCGTGTGAGAGCAGAGGAAAGGAGAAGGAAGAATTTTATGTTCCAAGAGATGAAGT 977
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 895 TCCACCATGTGAGAGCAGAGGAAAGGAGAAGGAAGAATTTTATGTTCCAAGAGATGAAGT 954
Query 978 TTTCGAGGAAATCAAGAGAGATACCTTCAGAGCAGGGAGATTTAAGGCTCTCTTCCACAA 1037
|||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 955 TTTCGAGGAAATTAAGAGAGATACCTTCAGAGCTGGGAGATTTAAGGCTCTCTTTCACAA 1014
Query 1038 TCTTGTACCATCTATTGCAGCAGCATTGTCAAACTTAGACATTCCCTTCACATGCTTCTC 1097
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1015 TCTTGTGCCATCTATTGCAGCAGCATTGTCAAACTTAGACATTCCCTTCACATGCTTCTC 1074
Query 1098 GGATATCGATAATTTATATAAAAGC-AACATTGTCTTGGGACATACTGAGCCAAAAGACA 1156
||||||||| ||||||||| ||| | |||||||||||||||||||| |||||||| ||||
Sbjct 1075 GGATATCGACAATTTATAT-AAATCTAACATTGTCTTGGGACATACCGAGCCAAAGGACA 1133
Query 1157 CTGGCCTTGGCGGCTTTATCGGCGGTTTCATGAATGGGATCCTCAACGTTACTGAAACAC 1216
||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1134 CTGGCCTAGGCGGCTTTATTGGCGGTTTCATGAATGGGATCCTCAATGTTACTGAAACAC 1193
Query 1217 TGCTAAAATATGACACTCCAGCCGTTATAAAATGGGACAGATTTGCGTGGCTGCGAGATA 1276
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||
Sbjct 1194 TGCTAAAATATGACACTCCAGCCGTTATAAAATGGGACAGGTTTGCCTGGCTTCGAGATA 1253
Query 1277 ATGAATTCGGACGTCAAGCTCTTGCTGGTGTCAACCCTGTGAACATTGAGCTACTAAAGG 1336
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1254 ATGAATTCGGACGTCAAGCTCTTGCTGGTGTCAACCCTGTGAACATTGAGCTGCTAAAGG 1313
Query 1337 AGCTGCCAATTCGAAGCAATCTTGACCCGGCTCTATATGGACCTCAAGAATCTGTTCTCA 1396
|||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1314 AGCTACCGATTCGAAGCAAGCTTGACCCGGCTCTATATGGACCTCAAGAATCTGCTCTCA 1373
Query 1397 CAGAAGAAATCATAGCTCGAGAAGTTGAACATTATGGAACTACTATAGAAAAGGCGCTTG 1456
|||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1374 CAGAAGAAGTCATAGCTCGAGAAGTTGAACACTATGGAACTACTATAGAAAAGGCGCTTG 1433
Query 1457 AGGAGAAGAGATTGTTTCTTGTGGATTACCATGACATACTCTTGCCATTTGTAGAGAAGA 1516
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1434 AGGAGAAGAGATTGTTTCTTGTGGATTACCATGACATGCTCTTGCCATTTGTAGAGAAGA 1493
Query 1517 TAAACTCTATCAAAGAAGATCCAAGGAAGACATATGCTTCAAGAACAATCTTCTT-CTAT 1575
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||
Sbjct 1494 TAAACTCTATCAAAGAAGATCCAAGAAAGACATATGCTTCAAGAACAATCTT-TTATTAT 1552
Query 1576 TCAAAGAATGGAGCCCTGCGGCCATTGGCCATAGAGCTCTCGCTGCCTCCTACAGCCGAA 1635
|||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||
Sbjct 1553 TCAAAGAACGGAGCCCTGCGGCCCTTGGCCATAGAGCTCTCGCTGCCTCCCACACCCGAA 1612
Query 1636 TCCGAGAACAAGTTTGTTTATACTCATGGACATGACGCTACTACTCACTGGATTTGGAAA 1695
|||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1613 TCCGAGAACAAGTTTGTTTATATTCACGGACATGACGCTACTACTCACTGGATTTGGAAA 1672
Query 1696 CTAGCCAAAGCTCATGTCTGCTCAAATGATGCTGGTGTTCACCAACTTGTGAACCACTGG 1755
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1673 CTAGCCAAAGCTCATGTCTGCTCAAATGATGCTGGTGTTCACCAACTTGTGAACCACTGG 1732
Query 1756 CTAAGGACTCATGCTTCCATGGAGCCTTACATCATTGCTACTAACAGACAGTTGAGTACA 1815
||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1733 CTAAGGACTCACGCTGCCATGGAGCCATACATCATTGCTACTAACAGACAGTTGAGTACG 1792
Query 1816 ATGCATCCGGTTTACAAGCTACTTCATCCTCATATGCGCTACACGCTTGAAATCAATGCT 1875
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1793 ATGCATCCGGTTTACAAGCTGCTTCATCCTCATATGCGCTACACGCTTGAAATTAATGCT 1852
Query 1876 CGTGCGCGTAAAAGCTTAATCAACGGAGGAGGAATCATCGAAAGTTGCTTCACTCCCGGA 1935
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1853 CGTGCGCGTAAAAGCTTAATCAATGGAGGAGGAATCATCGAAAGTTGCTTCACTCCCGGA 1912
Query 1936 AAATACGCAATGGAACTTAGCTCTGCAGCGTACAAGAGCATGTGGCGATTTGACATGGAA 1995
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||
Sbjct 1913 AAATACGCAATGGAACTTAGCTCTGCAGCGTACAAGTGCATGTGGCGGTTTGATATGGAA 1972
Query 1996 GGACTTCCTGCTGATCTTGTTCGGAGGGGAATGGCAGAAGAGGATTCATCAGCCGAATGT 2055
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||
Sbjct 1973 GGACTTCCTGCTGATCTTATTCGGAGGGGAATGGCAGAGGAGGATTCATCAGCGGAATGT 2032
Query 2056 GGCGTGAGGCTTGTGATTGACGATTATCCATATGCAGCAGACGGTCTTTTGATCTGGAAA 2115
||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2033 GGCGTGAAGCTTGTGATCGATGATTATCCATATGCAGCAGACGGTCTTTTGATCTGGAAA 2092
Query 2116 GCCATCAAGGACCTAGTGGAATCTTATGTTAAACACTTTTACTCTGATTCCAAGTCCATA 2175
||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||| ||||||||| |||| ||||||
Sbjct 2093 GCCATCAAGGACCTAGTCGAATCCTATGTCAAACACTTCTACTCTGATCCCAAATCCATA 2152
Query 2176 ACATCTGACCTTGAGCTGCAAGCTTGGTGGGATGAGATCAAGAACAAAGGTCATTACGAC 2235
|| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2153 ACCTCTGACCTTGAGCTCCAAGCTTGGTGGGATGAGATCAAGAACAAAGGTCACTACGAC 2212
Query 2236 AAGAAAGACGAGCCTTGGTGGCCTAAACTCAACACAACACAAGACTTGTCCCAAATACTA 2295
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2213 AAGAAAGACGAACCTTGGTGGCCTAAACTCAACACAACACAAGACTTGTCCCAAATACTA 2272
Query 2296 ACCAACATGATATGGATCGCCTCGGGTCAACACGCAGCCATAAACTTCGGACAGTACCCG 2355
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2273 ACAAACATGATATGGATCGCCTCGGGTCAACACGCAGCCATAAACTTCGGACAGTACCCG 2332
Query 2356 TTTGGAGGGTATGTCCCAAACCGACCTACCCTGTTGAGGAAACTTATACCGCAAGAAACT 2415
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2333 TTCGGAGGGTATGTCCCAAACCGACCTACCCTGTTGAGAAAACTTATACCGCAAGAAACT 2392
Query 2416 GATCCGGACTACGAAATGTTCATGCGAAACCCTCAATACAGCTTTCTAGGCTCTCTACCG 2475
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||
Sbjct 2393 GACCCGGACTACGAAATGTTCATGCGAAACCCTCAATACAGCTTCCTAAGCTCTCTACCA 2452
Query 2476 ACACAGCTCCAAGCAACCAAAGTGATGGCGGTCCAAGAAACGCTCTCAACGCATTCCCCT 2535
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||
Sbjct 2453 ACACAGCTCCAAGCAACCAAAGTGATGGCGGTCCAAGAAACGCTCTCGACACATTCCCCT 2512
Query 2536 GACGAAGAGTACTTGATCGAGCTGAGAGAAGTGCAAAGACATTGGTTCCAAGATGAACAA 2595
|| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2513 GATGAAGAGTACTTGATCGAGCTGAGAGAAGTGCAGAGACATTGGTTCCAAGATGAAGAA 2572
Query 2596 GTGGTTAAGTATTTTAACAAGTTCTCGGAAGAACTTGTGAAGATAGAGAAGACGATCAAC 2655
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2573 GTGGTTAAGTATTTTAACAAGTTCTCGGAAGAACTTGTGAAGATAGAGAAGACGATCAAC 2632
Query 2656 GAGAGAAACAAGGACAAGAAACTAAAGAACAGAACAGGTGCTGGGATGCCTCCTTATGAA 2715
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2633 GAGAGAAACAAGGACAAGAAACTCAAGAACAGAACAGGTGCTGGAATGCCTCCTTATGAA 2692
Query 2716 CTACTTCTCCCTACTTCACCACATGGAGTCACTGGCCGTGGTATTCCCAACAGCATTTCC 2775
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2693 CTACTTCTCCCTACTTCACCACATGGAGTCACTGGCCGTGGTATTCCCAACAGCATTTCC 2752
Query 2776 ATTTAGATGTATGCACAACAGATTTGTATCATTATTATGTCTTATATG 2823
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2753 ATTTAGATGTATGCACAACAGATTTGTATCATTATTATGTCTTATATG 2800
Score = 52.8 bits (28), Expect = 1e-05
Identities = 31/32 (97%), Gaps = 1/32 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 2885 TATGCACAAGAAGGTTTAATAATCTCTCACTG 2916
||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2817 TAT-CACAAGAAGGTTTAATAATCTCTCACTG 2847
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 110537890990
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5