BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G67580.1
Length=3116
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg338999 jgi|Araly1|338999|fgenesh1_pg.C_scaffold_2001098 3496 0.0
> Ahg338999 jgi|Araly1|338999|fgenesh1_pg.C_scaffold_2001098
Length=2271
Score = 3496 bits (1893), Expect = 0.0
Identities = 2154/2278 (95%), Gaps = 26/2278 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 415 ATGGCGGCTGGGAGGAA-TATAAGATATCCAGACCATGAACTGAGAGACCAGGAATCGAA 473
||||||||||||||||| | ||||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGGCGGCTGGGAGGAACT-TAAGATACCCTGACCATGAATTGAGAGACCAGGAATCGAA 59
Query 474 TTCTAGATTTTCCAGGCGGGATAGTGCTTATGCGAACGAGGATTATAATCATGTTAGGAA 533
|||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||||||| |||
Sbjct 60 TTCTAGATTTTCTAGGCGGGATAGTGCTTATTCGAACGAGGATTATGACCATGTTACGAA 119
Query 534 CGGTGCTATTGATAATGGAAAGGGACGGGTTAGTAATCTAAGACAC-------G-GG--- 582
||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| | ||
Sbjct 120 CGGTGCTCTTGATAATGAAAAGGGACGGGTTAGGAATCTAAGACACGTGGATAGTGGTAA 179
Query 583 -GATAGAGATAGAATTAAGTCTGGAGCTAGACAGGAAGAGAACAAAATGGTTAGTAGTGG 641
|||||||||||| ||| | |||| |||||| || |||||||| ||||||||| ||||||
Sbjct 180 AGATAGAGATAGATTTAGGCCTGGGGCTAGAAAGCAAGAGAACGAAATGGTTAATAGTGG 239
Query 642 GTTTCGGTTATCGAAGAGCAATCCAGGTAGTAGAGAAGTATTTA-TCGATCTTGGTCCTA 700
||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||| | |||| ||||||||
Sbjct 240 GTTTCGGTTGTCGAAGAGCAATCCAGGTAGTAGGGAAGT-CTTACTTGATCGTGGTCCTA 298
Query 701 AAAGATGCGGGTTTTCAGCTAGGTCTGTGGACAGGGAACCAGGCGAGCTCTCTAGTGAGA 760
||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 299 AAAGATGCGTGTTTTCAGCTCTGTCTGTGGATAGGGAACCAGGTGAGCTCTCTAGTGAGA 358
Query 761 GTGGGTCGGATGATTTGATTGAGTCGGAATCACTGGCGAAAGTTAATGGAGTTGTGAAGG 820
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||
Sbjct 359 GTGGGTCGGATGATTTGATTGAGTCGGAATCACTGGCGAAAAATAATGGAGGTGTGAAGG 418
Query 821 AGGTAGAGAATAGAGCTCAAAGTCCTGTGGAAAAGAAGAGAAAGTTTTCACCAATAGTAT 880
||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 419 AGGTAGAGAATAGAGTTCAAAGTCCTGTAGAAAAGAAGAGAAAGTTTTCACCAATAGTAT 478
Query 881 GGGATAGGGATGACCATGAGAGAAGTAATTTGAGCAGAAATGAAAAACCTGTGGAGGTCA 940
|||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |
Sbjct 479 GGGACAGAGATGACCATGATAGAAGTAATTTGAGCAGAAATGAAAAACCTCTGGAGGTTA 538
Query 941 CTCCTCTTCCTCCCCCACCACCACTAGTTAAGAGGTCAAGCCAGTCACCTAGTGTCAGTT 1000
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 539 TTCCTCTTCCTCCCCCACCACCACTAATTAAGAGGTCAAGCCAGTCACCTAGTGTCAGTT 598
Query 1001 GTGGTGGTAATTCTCATTATTCACCTGCAAAGAGTGACATGCATCAAGATCCTGTGGAAG 1060
|||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||
Sbjct 599 GTGGTGGTAATTCTCATTTTTCACCTGCAAAGAGTAACATGCATCAAGATCCCGTGGAAG 658
Query 1061 TTGGTGTTTCTGCGGTTTCTATGCCTGCTTTGTCACCTTCGGTAGAGATGTCCTCTTTGT 1120
|||||||||||||||||||| || ||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||
Sbjct 659 TTGGTGTTTCTGCGGTTTCTGTGGCTGCTTTATCACCTTCGGTAGAGATGTCTTCTCTGT 718
Query 1121 GTGTGGTAGAACAGTCATCAAATGCTGAGCAGGATGACAAACAAGAGCATGCAACACACC 1180
||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||||||||||||
Sbjct 719 GTGTGGTAGAACAATCATCAAATGCTGGGCAGGATGGCAAACAAGAGGATGCAACACACC 778
Query 1181 TGGAAGAGGATGAAAACATGCCAACACGGCATATATCATCCTCTAGGTGGGCTGCTGGTA 1240
|||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 779 TGGAAGAGGAGGAAAACATGCCAACAAGGCATATATCATCCTCTAGGTGGGCTGCTGGAA 838
Query 1241 ATAGTTCTCCAACTGATGAAGTTGAAATAGTAGAAGAAGTTGGGGA-AAAG-AAAAGGAG 1298
| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||| ||| ||||||||
Sbjct 839 ACAGTTCTCCAACTGATGAAGGTGAAATAGTAGAAGAAG-T-GGGAGCAAGTAAAAGGAG 896
Query 1299 GAAGAAACCATTTCCCGTGCAGGGGAGATTTCGCAATACCTCTCAAACACCTGAGGTCGG 1358
||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 897 GAAGAAACCATTTCCCGTGCAAGGGAGATTGCGCAATAAGTCTCAAACACCTGAGGTCGG 956
Query 1359 GGAGTTAGTGAGGGAAGGTTATAGATCATCTGATTCCGATGAAAGGGGGCACCATTCTTT 1418
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 957 GGAGTTAGTGAGGGAAGGTTATAGATCATCTGATTCCGACGAAAGGGGGCACCATTCTTT 1016
Query 1419 ACCGGGAAGCAGAGATGATTTTGAGGAG-AGAGATGCTGTTAAGAGTGACAAGATGGAAA 1477
|| ||||| |||||||||||||||||| || |||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1017 GCCAGGAAGTAGAGATGATTTTGAGGAGAAG-GATGCTGTTAAGGGTGACAAGATGGAAA 1075
Query 1478 TAGATGAGGAGGAACACAGAAGAGAAAACTCT-GTTGACAGCCTTAGTGAAACAGATTCA 1536
|||||||||||||||||||||||| |||| || | ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1076 TAGATGAGGAGGAACACAGAAGAGGAAACACTAG-TGACAGCCTTAGTGAAACAGATTCG 1134
Query 1537 GATGACGAATAT-GTACGGCATGAGACACCTGAACCTGCCAGTACTCCACTGAGAAGTAT 1595
|||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1135 GATGACGAATATGGT-CGGCATGAGACACCTGAACCTGCCAGTACTCCACTGAGAAGTAT 1193
Query 1596 AAACATGCTCCAGGGTTGTAGAAGTGTTGATGAATTTGAGAGGTTAAATAAGATCGATGA 1655
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||
Sbjct 1194 AAACATGCTCCAGGGTTGTAGAAGTGTTGATGAATTTGAGAGATTAAATAAGATAGATGA 1253
Query 1656 AGGTACTTATGGTGTTGTTTATAGAGCAAAGGATAAGAAGACAGGCGAAATTGTGGCATT 1715
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1254 AGGTACTTATGGTGTGGTTTATAGAGCAAAGGATAAGAAGACAGGAGAAATTGTGGCATT 1313
Query 1716 GAAGAAGGTGAAGATGGAAAAAGAAAGAGAAGGTTTTCCATTGACTTCTCTTAGGGAAAT 1775
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1314 GAAGAAGGTGAAGATGGAAAAAGAAAGAGAAGGTTTTCCATTGACTTCTCTTAGGGAAAT 1373
Query 1776 TAACATCCTCCTTTCTTTTCATCATCCATCAATAGTGGATGTTAAAGAGGTGGTCGTGGG 1835
|||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1374 TAACATACTTCTTTCTTTTCATCATCCATCAATAGTGGATGTTAAAGAGGTGGTCGTGGG 1433
Query 1836 TAGCAGCCTTGATAGCATATTCATGGTGATGGAATACATGGAACATGATCTTAAAGCATT 1895
||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1434 TAGTAGCCTTGATAGCATTTTTATGGTGATGGAATACATGGAACATGATCTTAAAGCATT 1493
Query 1896 GATGGAGACAATGAAGCAGCGTTTTAGTCAAAGTGAAGTTAAGTGCTTAATGCTTCAACT 1955
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1494 GATGGAGACAATGAAGCAGCGTTTCAGTCAAAGTGAAGTTAAATGCTTAATGCTTCAACT 1553
Query 1956 TTTAGAGGGCGTCAAGTATCTTCACGACAACTGGGTGCTTCATCGAGATTTGAAAACATC 2015
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1554 TTTAGAGGGCGTCAAGTATCTTCATGACAACTGGGTGCTTCATCGAGATTTGAAAACATC 1613
Query 2016 TAACCTGCTTTTAAACAATCGGGGTGAGTTGAAGATATGTGACTTTGGTTTGGCTCGGCA 2075
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1614 TAACCTGCTTTTAAACAATCGGGGTGAGTTGAAGATATGTGACTTTGGTTTGGCTCGGCA 1673
Query 2076 ATATGGCAGCCCGCTCAAGCCTTATACTCATCTGGTTGTTACGCTTTGGTACAGGGCACC 2135
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1674 ATATGGCAGCCCGCTGAAGCCTTATACTCATCTGGTTGTTACGCTTTGGTACAGGGCACC 1733
Query 2136 TGAACTTCTCTTGGGAGCAAAACAATATTCTACAGCCATTGACATGTGGTCACTGGGCTG 2195
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1734 TGAACTTCTCTTGGGAGCAAAACAATATTCTACAGCCATTGACATGTGGTCACTGGGCTG 1793
Query 2196 TATCATGGCAGAACTATTAATGAAGGCGCCATTGTTCAATGGGAAAACGGAGTTTGATCA 2255
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1794 TATCATGGCAGAACTATTAATGAAGGCGCCATTGTTCAATGGGAAAACGGAGTTTGATCA 1853
Query 2256 ACTTGACAAGATTTTCAGAATCCTTGGTACTCCCAATGAATCTATTTGGCCTGGGTTCTC 2315
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1854 ACTTGACAAGATTTTCAGAATTCTTGGTACTCCCAATGAATCCATTTGGCCTGGGTTCTC 1913
Query 2316 TAAACTACCTGGAGTCAAGGTCAACTTTGTCAAGCATCAGTATAACCTATTACGTAAGAA 2375
|| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1914 CAAGCTGCCTGGAGTCAAGGTCAACTTTGTCAAGCATCAGTATAACCTATTACGTAAGAA 1973
Query 2376 ATTCCCAGCCACTTCGTTCACTGGTGCACCAGTTCTGTCCGATGCTGGGTTTGACTTACT 2435
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1974 ATTCCCAGCCACTTCATTCACTGGTGCACCAGTTCTGTCCGATGCTGGGTTTGACTTACT 2033
Query 2436 GAACAAGCTCCTAACGTACGATCCTGAAAGGAGAATAACTGTTAATGAAGCTCTAAAGCA 2495
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2034 GAACAAGCTCCTAACGTACGATCCTGAGAGGAGAATAACTGTTGATGAAGCTCTAAAGCA 2093
Query 2496 TGATTGGTTCCGCGAAGTCCCTCTGCCAAAATCCAAAGATTTCATGCCTACTTTTCCTGC 2555
|||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2094 TGATTGGTTCCGTGAAGTTCCTCTGCCAAAATCCAAAGATTTCATGCCTACTTTCCCTGC 2153
Query 2556 TCAACATGCCCAAGACAGGCGTGGGAGGAGAATGGTAAAGAGCCCTGATCCTTTGGAAGA 2615
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2154 TCAACATGCCCAAGACAGGCGTGGGAGGAGAATGGTAAAGAGCCCTGATCCTCTGGAAGA 2213
Query 2616 GCAACGTAGGAAGGAATTAACGCAAACCGAACTTGGGTCTGGCGGTCTGTTTGGCTGA 2673
|||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2214 GCAACGCAGGAAGGAATTAACACAAACCGAACTTGGGTCTGGCGGTCTGTTTGGCTGA 2271
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 117698857050
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5