BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G67840.1
Length=2126
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg926054 jgi|Araly1|926054|scaffold_201615.1 2933 0.0
> Ahg926054 jgi|Araly1|926054|scaffold_201615.1
Length=1876
Score = 2933 bits (1588), Expect = 0.0
Identities = 1784/1879 (95%), Gaps = 11/1879 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 35 CACTGTCGTCTTCCGTAGTGATGCTTCTTTCTGCAATCGCTTCTCAGACCCTTCTCTCAT 94
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3 CACTGTCGTCTTCCGTAGTGATGCTTCTTTCTGCAATCGCTTCTCAGACCCTTCTCTCAT 62
Query 95 CAAACCCTAATCTACACTTCTCCAATTCTATTCCAAACCCTAGACCTTCTAATCCCTCCC 154
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 63 CAAACCCTAATCTACACTTCTCCAATTCTATTCCAAACCCTAGACCTTCTAATCCCTCCC 122
Query 155 TTAAGCTCCTCAATGCCTCTTCTTCTTCCTCCTCCTCGTCGTCGTCTTCTATATTTACAC 214
|||||||||||||||||||||| |||||||| | |||||||| | | |||||||||| |
Sbjct 123 TTAAGCTCCTCAATGCCTCTTCCTCTTCCTC-T--TCGTCGTC-T-T-CTATATTTACTC 176
Query 215 GCGGTCTCCGTTACGTAAACCACACTGTATCTAATGAAGAATCAGAACCCGGAGGAGGAG 274
|||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 177 GCGGTCTCCGTTACGTGAACCACACTGTATCCAATGAAGAATCAGAACCCGGAGGAGGAG 236
Query 275 AGACCATGGTTGCTTCTGCTTCCGCTATAGCTTCCGCGATTCGTGGAGCTTCAACAACTC 334
|||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 237 AGACCATGGTGGCTTCTGCCTCCGCTATAGCTTCCGCGATTCGTGGAGCTTCAACGACTC 296
Query 335 CTGTAGAGTTCACACAGATGATTGAGAAAGACCATCTCAAGACTAAGATTATCTTGCCAA 394
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 297 CTGTAGAGTTCACACAGATGATTGAGAAAGACCATCTCAAGACGAAGATTATCTTGCCAA 356
Query 395 GTCCTGATTTTCAACGGCTTTGTCTTGAGCAATTAGATCTCTTTCGTCAAATCGTTGATC 454
|||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 357 GTCCTGATTTTCAACGTCTTTGTCTCGAGCAATTAGATCTCTTTCGTCAAATCGTGGATC 416
Query 455 CAAACGCAGTACTCTCGATATATGTAAGACCAGCTGGTAGCTATGTGATGGATCGATTAG 514
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 417 CAAACGCAGTCCTCTCGATATATGTAAGACCAGCTGGTAGCTATGTGATGGATCGATTAG 476
Query 515 AGTTGCGTCGTGTCACTTGTTATCCAAGTGTTAATGCTGGAGACGTTGTGATCTTAGTTG 574
|| | ||||||||||||||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 477 AGCTACGTCGTGTCACTTGTTACCCGAGTGTTAGTGCTGGAGACGTTGTGATCTTAGTCG 536
Query 575 GAAACTTTGGTATCCCTGCGGGTCTACGAGCAGCTGAAGCATCACTTTCTAGTCAACAAG 634
|||||||||||||||| || ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 537 GAAACTTTGGTATCCCCGCCGGTCTTCGAGCTGCTGAAGCATCACTTTCTAGTCAACAAG 596
Query 635 TAGAACTTGTGAGTAAACATAGAGCTGCTGTGTTTCCAATGGTGAAACACCCGTTTGTTG 694
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||
Sbjct 597 TAGAACTTGTGAACAAACATAGAGCTGCTGTGTTTCCGATGGTGAAACATCCGTTTGTTG 656
Query 695 TCGGTTTCTTGGTTGCTGAGTTACCAGTAGAAGCCgaggaggaggaggaggaggag--g- 751
||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |
Sbjct 657 TCGGTTTCTTGGTTGCTGAGTTACCGGTAGAAGCTGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGAAGG 716
Query 752 aagaggaAAAACCGCATGGTGTAAATCAGTTTCTTTCCCCTGAGGAAGCTTATGCTTTGC 811
|||||||||||| ||||||| | || || |||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 717 AAGAGGAAAAACTGCATGGTTTGAAGCATTTTCCTTCCCCTGAGGAAGCTTATGCTTTGC 776
Query 812 CTGCTTCAGCTAATACAAAATCACCTAGAGTTAAACTTCCTTCTGTTAAGGTTTTCACTG 871
||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 777 CTGCTTCAGCTAATACAAAATCACCTAAAGTTAAACGTCCTTCTGTTAAGGTTTTCACTG 836
Query 872 AAGAGCAGAGATCGTATGCGATTAATATTTCTCGGACTCTCGCTATGGCTTATGTCATGG 931
|||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 837 CAGAGCAGAGATCTTATGCCATTAATATTTCGCGGACTCTCGCTATGGCTTATGTCATGG 896
Query 932 ATCAGAAAACAATGTTACTTCAACAGTCATCTTGGCAAAACAATGTGAGGATGAGTAAGC 991
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 897 ATCAGAAAACGATGTTACTTCAACAGTCATCTTGGCAAAACAATGTGAGGATGAGTAAGC 956
Query 992 TAGTGGAGCAGATCCGTGGTCCGCTCTCTACCATGAGGACTTTAAGTAAAATGCTTTCAA 1051
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 957 TAGTGGAGCAGATCCGTGGTCCGCTCTCTACCATCAGGACTTTAAGTAAAATGCTTTCAA 1016
Query 1052 CTCACACTAAGAGAAATCAGATTTCACATGATATTGTGGAAGACTTAATAGTTCAAGGTG 1111
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |
Sbjct 1017 CTCACACTAAGAGAAATCAGATTTCACATGATATTGTCGAAGACTTAATAGTTCAAGGCG 1076
Query 1112 ATCAAATAAAGGATACCCTTGAAGAACTTCAGGATGCAGTTCACTTGACAAAGGCTAATA 1171
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1077 ATCAAATAAAAGATACCCTTGAAGAACTTCAGGATGCAGTTCACTTGACAAAGGCTAATA 1136
Query 1172 TAGTGCGCCACAACGAAGAAGCCCTAAAGAAGATAAATAAAACACACAATGAAACAAGGA 1231
|||| ||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||
Sbjct 1137 TAGTCCGCCATAATGAAGAAGCCCTAAAGAAGATAAACAAAACACATAATGAAACAAGGA 1196
Query 1232 GATCAAAGTATGAACATAAGGACCCCATTGATGGCTCACAAATCTCAAGTACACGCCTTT 1291
||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||
Sbjct 1197 GATCAAACTATGAACATAAGGACCCCATTGATGGGTCAAAAATCCCAAGTACACGCCTTT 1256
Query 1292 CCTTGGGTTCTGGATTAGATGATTCAGAAATGCCTATGCCACCTCTTGCCCTGGCACCCC 1351
|| |||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1257 CCCTGGGTTCTGGATCAAATGATTCAGAAATGCCTATGCCACCTCTGGCCCTGGCACCCT 1316
Query 1352 TACAAATGCACAGTATAAGACCATGCGACATTTCTAATGTGCTTTTAGATATGGTCGAGA 1411
|||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1317 TACAAACACACAACATAAGACCATGCGACATTTCTTATGTGCTTTTAGATATGGTCGATA 1376
Query 1412 CTGTGAGACCACTAGCACTTACTCAGCAAAGAGTAGTGGAGCTAGGTGAGAACTCAGCTT 1471
||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1377 CTGTGAGACCACTTGCCCTTACTCAGCAAAGAGTGGTGGAGCTAGGTGAGAACTCAGCTT 1436
Query 1472 CCCTGCAAGTTGCTGTTGAAGAACCAGCTTTGAGGCAAGCTCTGAGCAACCTCATCGAAG 1531
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1437 CCCTGCAAGTTGCTGTTGAAGAACCGGCTTTGAGGCAGGCTCTGAGCAACCTCATTGAAG 1496
Query 1532 GTGCATTGTTGCGCACTCATGTTGGGGGGAAAGTTGAAATTTTGTCGACCAGAGCTCCTG 1591
||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||
Sbjct 1497 GTGCACTGTTGCGCACTCATGTTGGGGGAAAAGTTGAAATTCTGTCAACCAGAGCTCCTG 1556
Query 1592 CTGGCGGTAGTCTTGTAGTAATTGATGATGATGGTCCTGATATGCGCTATATGACGCAAA 1651
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1557 CTGGCGGTAGTCTGGTAGTAATTGATGATGATGGTCCTGATATGCGCTATATGACGCAAA 1616
Query 1652 TGCATTCGCTAACACCATTTGGAGCAGAACTCCTGTCGGAAAACATGGTTGAAGACAATA 1711
|||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1617 TGCATTCGCTGACACCATTTGGAGCAGAACTCCTTTCGGAAAACATGGTTGAAGACAATA 1676
Query 1712 TGACATGGAACTTTGTGGCTGGTTTAACCGTAGCCCGAGAGATCCTGGAGAGTTACGGAT 1771
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1677 TGACATGGAACTTTGTGGCTGGGTTAACCGTAGCCCGAGAGATCCTGGAGAGTTACGGAT 1736
Query 1772 GCGTGATCAGGGTTATATCACCTCGCAGCTCCGATGCAGCCTTAGGAGCTGGCGGTACTC 1831
| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1737 GTGTGATCAGGGTTATATCACCTCGCAGTTCCGATGCAGCCTTAGGAGCTGGTGGTACTC 1796
Query 1832 GTGTAGAGCTCTGGCTGCCTGCCTTCCCTGCAGCAGTATCTGAAGCCAATGAAGCATAGG 1891
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1797 GTGTAGAGCTCTGGCTGCCTGCCTTCCCTGCAGCAGTATCTGAAGCCAATGAAGCATAGG 1856
Query 1892 TTTTCATTTCCATCTCTTT 1910
|| |||| || |||||||
Sbjct 1857 CTT-CATTCCC-TCTCTTT 1873
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 79989514500
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5