BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G68020.2
Length=2919
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg908375 jgi|Araly1|908375|Al_scaffold_0002_1456 4191 0.0
Ahg906729 jgi|Araly1|906729|Al_scaffold_0003_3857 231 2e-59
> Ahg908375 jgi|Araly1|908375|Al_scaffold_0002_1456
Length=2574
Score = 4191 bits (2269), Expect = 0.0
Identities = 2480/2583 (96%), Gaps = 9/2583 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 204 ATGGTTTCAAGATCGTATTCAAATCTGTTGGAGTTAGCTTCAGGAGACTCACCAACGTTT 263
|||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGGTTTCAAGATCATATTCGAATCTGTTGGAGTTAGCTTCAGGAGACTCACCAACGTTT 60
Query 264 GGACGCATGAACCGACAAATCCCACGAATCATGGCCGTTGCTGGAATCATGTCAAACATC 323
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 GGACGCATGAACCGACAAATCCCAAGAATCATGGCCGTTGCTGGAATCATGTCAAACATC 120
Query 324 GATAATGACTCTAAAGACACTGATCTGTCTCCTAAAGATCGTATCATCATTGTAGCCAAT 383
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 121 GATAATGACTCTAAAGAAACTGATCTGTCTCCTAAAGATCGTATCATCATTGTAGCTAAT 180
Query 384 GAATTACCTATACGAGCTCAGAGAAGGGTTGATGGTAATGgtagtggtagtagtagtagt 443
|||||||| || ||||||||||||| || | | | | |||||| | ||||||||| |
Sbjct 181 GAATTACCAATCCGAGCTCAGAGAA-GGCT-A--G--AGGGTAGT-G--GTAGTAGTACT 231
Query 444 agtaCTTGTTGTAGCAAAGGTTGGAACTTTTCTTGGGATGAGAATTCACTTCTTCTCCAA 503
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 232 AGTACTTGTTGTAGCAAAGGTTGGAACTTTTCTTGGGATGAGAATTCACTTCTTCTTCAA 291
Query 504 TTGAAAGATGGGTTAGGAGATGAAGCTATTGAAGTTATCTATGTTGGTTGTTTGAAAGAA 563
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 292 TTGAAAGATGGGTTAGGAGATGAAGCTATTGAAGTTATCTATGTTGGTTGTTTGAAAGAA 351
Query 564 GAGATTCCTCTTAATGAGCAAGAAGAAGTGTATCAGATTCTTCTTGAGAGTTTCAAGTGT 623
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 352 GAGATTCCTCTTAATGAGCAAGAAGAAGTGTATCAGGTTCTTCTTGAGAGTTTCAAGTGT 411
Query 624 GTGCCTACGTTTTTGCCTTTGGATTTGTACACTAGATACTACCATGGATTCTGTAAGCAA 683
||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 412 GTGCCTACGTTCTTGCCTTTGGATTTGTATACTAGATACTACCATGGATTCTGTAAGCAA 471
Query 684 CAGCTTTGGCCTTTGTTTCATTACATGTTGCCACTTTCTCCTGATCTTGGAGGTAGGTTT 743
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 472 CAGCTTTGGCCTTTGTTTCATTACATGTTGCCACTTTCTCCTGATCTTGGAGGTAGGTTT 531
Query 744 GATAGGACTTTGTGGCAAGCTTATGTCTCTGTGAACAAGATTTTTGCTGATAGAATTATG 803
|||||| || | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 532 GATAGGGCTCTCTGGCAAGCTTATGTCTCTGTGAACAAGATTTTTGCTGATAGGATTATG 591
Query 804 GAGGTGATTAATCCTGAGGATGATTTTGTGTGGATACATGATTATCATTTGATGGTTTTG 863
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 592 GAAGTGATTAATCCTGAGGATGATTTTGTGTGGATACATGATTATCATTTGATGGTTTTG 651
Query 864 CCTACTTTCTTGAGGAAGAGGTTTAACAGAGTCAAGCTTGGTTTCTTCCTTCATAGTCCA 923
|||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 652 CCTACTTTCTTGAGGAAGAGGTTTAATAGGGTGAAGCTTGGTTTCTTCCTTCATAGTCCG 711
Query 924 TTTCCATCGTCTGAGATTTACAAAACTTTGCCTATTCGTGAAGAGCTTCTTCGGGCTTTG 983
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 712 TTTCCATCGTCTGAGATTTACAAAACTTTGCCTATTCGTGAGGAGCTTCTTCGGGCTTTG 771
Query 984 CTAAACTCGGATTTGATAGGGTTCCATACTTTTGACTACGCTAGGCATTTCTTGTCTTGT 1043
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 772 CTAAACTCGGATTTGATAGGGTTCCATACTTTTGACTACGCAAGGCATTTCTTGTCTTGT 831
Query 1044 TGTAGTCGAATGCTTGGTCTTACTTATGAATCTAAGAGAGGATACATTGGACTTGAGTAT 1103
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 832 TGTAGTCGAATGCTCGGTCTTACTTATGAATCTAAGAGAGGATACATTGGACTTGAGTAT 891
Query 1104 TATGGTAGAACCGTGAGTATCAAAATTCTACCTGTTGGAATCCACATGGGTCAGCTTCAG 1163
|| |||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||| || |||||||||||||||
Sbjct 892 TACGGTAGAACCGTGAGTATCAAAATTTTGCCTGTGGGAATTCATATGGGTCAGCTTCAG 951
Query 1164 TCGGTTTTGAGCTTACCCGAGACTGAAAGGAAAGTCGGGGAACTTATTGAACGGTATGGT 1223
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||
Sbjct 952 TCGGTTTTGAGCTTACCCGAGACTGAAAGGAAAGTCGGGGAGCTTATTGAGCGGTATGGT 1011
Query 1224 CGAAAAGGCAGGACGATGCTGCTTGGTGTGGATGATATGGACATTTTCAAAGGGATTACT 1283
||||| |||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||
Sbjct 1012 CGAAAGGGCAGGACAATGCTGCTCGGTGTGGATGACATGGACATTTTTAAAGGGATAACC 1071
Query 1284 TTAAAGCTGTTGGCTATGGAGCAGCTGCTTATGCAACATCCTGAATGGCAAGGGAAGGTT 1343
|| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1072 TTGAAGCTTTTGGCTATGGAGCAGCTGCTTATGCAACATCCTGAATGGCAAGGGAAGGTT 1131
Query 1344 GTGTTGGTGCAGATAGCTAATCCGGCGAGAGGGAAAGGGAAAGATGTTAAAGAGATGCAA 1403
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1132 GTGTTGGTGCAGATAGCTAATCCGGCGAGAGGGAAAGGGAAAGATGTCAAAGAGATGCAA 1191
Query 1404 GCTGAGACGTATTCAACTGTTAAGCGGATTAATGAAACGTTTGGGAGACCCGGTTACGAT 1463
||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||
Sbjct 1192 GCTGAGACGGATTCAACTGTTAAGCGGATTAATGAGACGTTTGGGAGACCCGGATATGAT 1251
Query 1464 CCTATAGTATTGATCGATGCACCGTTGAAGTTCTATGAAAGGGTTGCTTATTACGTAGTA 1523
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1252 CCTATAGTATTGATTGATGCACCGTTGAAGTTCTATGAAAGGGTTGCTTATTACGTAGTA 1311
Query 1524 GCTGAGTGTTGTTTGGTGACAGCGGTTAGGGATGGGATGAATCTTATACCTTATGAGTAC 1583
|||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||
Sbjct 1312 GCTGAGTGTTGTTTGGTGACTGCGGTTAGGGATGGAATGAATCTTATACCTTACGAATAC 1371
Query 1584 ATAGTTTCTCGTCAAGGAAATGAGAAACTGGACAAAATTCTGAAGCTGGAGGCGAATAAT 1643
|||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||| ||||||||
Sbjct 1372 ATAGTTTCCCGTCAAGGAAATGAGAAGCTGGACAAAATTTTAAAGCTGGAGCCGAATAAT 1431
Query 1644 CGTAACAAGAAAAGCATGCTGGTGGTTTCTGAGTTTATTGGTTGCTCTCCATCGCTAAGC 1703
| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1432 CATAACAAGAAAAGCATGCTAGTGGTTTCTGAGTTTATTGGTTGCTCTCCGTCGCTAAGT 1491
Query 1704 GGAGCCATTCGTGTTAATCCATGGAATGTTGATGCAGTAGCTGATGCAATGGATAGTGCC 1763
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1492 GGAGCCATTCGTGTTAATCCCTGGAATGTTGATGCAGTAGCTGATGCAATGGATAGTGCC 1551
Query 1764 CTTGAAGTAGCTGAACCGGAGAAGCAGCTAAGACATGAGAAGCATTACAAGTATGTGAGC 1823
|||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1552 CTTGAAGTGGCTGAACCGGAGAAGCAGCTAAGGCATGAGAAGCATTACAAGTATGTGAGC 1611
Query 1824 ACACATGATGTTGGCTATTGGGCTCGTAGCTTCCTCCAAGATCTTGAGAGGAGTTGTGGT 1883
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1612 ACACATGATGTTGGTTATTGGGCTCGTAGCTTCCTCCAAGATCTTGAGAGGAGTTGTGGT 1671
Query 1884 GAGCATGGACGAAGGAGGTGTTGGGGAATTGGGTTTGGTCTCAGTTTCAGAGTTGTGGCA 1943
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1672 GAACATGGACGAAGGAGGTGTTGGGGAATTGGGTTTGGTCTCAGTTTCAGAGTTGTGGCA 1731
Query 1944 CTAGACCAGAGCTTCAGGAAGCTGTCAATGGAACACATAGTATCAGCTTATAAGAGGACA 2003
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1732 CTAGACCAGAGCTTCAGAAAGCTGTCAATGGAACACATAGTATCAGCTTATAAGAGGACA 1791
Query 2004 AAGACACGGGCTATCCTTTTAGACTATGATGATACTTTAATGCCACAAGGCTCGATCGAT 2063
|||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||
Sbjct 1792 AAGACACGGGCTATCCTTTTGGACTACGATGATACTTTAATGCCACAGGGCTCTATCGAT 1851
Query 2064 AAAAGGCCTTCATCGAAGTCAATCGACATATTGAACACCTTGTGTAGGGACAAGGGCAAT 2123
||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1852 AAAAGACCTTCATCGAAGTCAATCGACATCTTGAACACCTTGTGTAGGGACAAGGGCAAT 1911
Query 2124 CTGGTGTTCATTGTTAGTGCTAAAAGCCGAGAAACTCTATCGGACTGGTTTAGTCCTTGT 2183
||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1912 CTGGTGTTCATTGTTAGCGCCAAAAGCCGAGAAACTCTATCGGACTGGTTTAGTCCTTGT 1971
Query 2184 GAGAAGCTTGGTATTGCTGCTGAACATGGCTATTTTCTGAGGCTAAGGAAGGCAGTAGAG 2243
||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1972 GAGAAGCTTGGAATTGCTGCGGAACATGGCTATTTTCTGAGGCTAAGGAAGGCAGTAGAA 2031
Query 2244 TGGGAAAACTGTGTGGCAGCAGTAGATTGTTCTTGGAAGCAAATTGCCGAGCCTGTGATG 2303
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2032 TGGGAAAACTGTGTGGCAGCAGCAGATTGTTCTTGGAAGCAAATTGCAGAGCCTGTGATG 2091
Query 2304 GAACTCTACACCGAGACAACCGATGGCTCAACAATTGAAGACAAGGAGACTGCTCTTGTT 2363
||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2092 GAACTCTACACTGAGACAACCGATGGATCAACAATTGAAGACAAGGAGACTGCTCTTGTT 2151
Query 2364 TGGAGTTATGAGGATGCTGACCCTGATTTTGGCTCATGTCAAGCTAAGGAACTTCTAGAT 2423
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2152 TGGAGTTATGAGGATGCTGACCCTGATTTTGGCTCATGTCAAGCTAAGGAACTTCTAGAT 2211
Query 2424 CATCTTGAAAGTGTCCTTGCCAATGAACCTGTAACAGTGAAACGAGGACAGAACTATGTT 2483
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||
Sbjct 2212 CATCTTGAAAGTGTCCTTGCCAATGAACCTGTAACAGTCAAGCGAGGACAGAACTATGTT 2271
Query 2484 GAGGTCAAGCCACAGGGCGTGAGCAAGGGACTTATAGCGAGAAGGATGCTTTCGATGATG 2543
|||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||
Sbjct 2272 GAGGTCAAGCCACAGGGCGTGAGCAAAGGACTTATCGCCAGAAGGATGCTTTCGATGATG 2331
Query 2544 CAAGAAAGAGGAACACTTCCTGAGTTTGTTCTATGTATTGGAGATGACCGGTCTGACGAA 2603
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||
Sbjct 2332 CAAGAAAGAGGAACACTTCCTGAGTTTGTCCTATGTATTGGAGATGACCGATCTGATGAA 2391
Query 2604 GACATGTTTGAGGTGATCTGCAGTTCCACTGAAGGCCCTTCGATTGCCCCAAGAGCTGAG 2663
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2392 GACATGTTTGAGGTGATATGCAGTTCCACTGAAGGCCCTTCAATTGCCCCAAGAGCTGAG 2451
Query 2664 ATTTTCGCTTGTACTGTCGGTCAAAAGCCTAGCAAGGCCAAGTATTACCTGGATGACACT 2723
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2452 ATTTTCGCTTGTACTGTCGGTCAAAAGCCTAGCAAGGCCAAGTATTACCTGGATGACACT 2511
Query 2724 ACTGAGATTGTCAGGTTAATGCATGGTTTAGCTTCTGTTACAGACCAGATCACTCCTGTT 2783
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2512 ACTGAGATTGTCAGGTTAATGCATGGGTTAGCTTCTGTTACAGACCAGATCACTCCTGTT 2571
Query 2784 TAA 2786
|||
Sbjct 2572 TAA 2574
> Ahg906729 jgi|Araly1|906729|Al_scaffold_0003_3857
Length=2616
Score = 231 bits (125), Expect = 2e-59
Identities = 310/397 (78%), Gaps = 22/397 (6%)
Strand=Plus/Plus
Query 772 CTGTGAACAAGATTTTTGCTGAT-AGAAT-TATGGAGGTGATTAATCCTGAGGATGATTT 829
|||| |||||||| || |||||| || || | | || ||| | || || || |||||||
Sbjct 536 CTGTTAACAAGATCTTCGCTGATAAG-ATCT-TCGAAGTGCTAAACCCAGATGATGATTA 593
Query 830 TGTGTGGATACATGATTATCATTTGATGGTTTTGCCTACTTTCTTGAGGAAGAGGTTT-A 888
|| ||||| |||||||||||| | ||| ||||||| ||||| |||||||| |||||| |
Sbjct 594 CGTCTGGATTCATGATTATCATCTCATGATTTTGCCCACTTTTTTGAGGAACAGGTTTCA 653
Query 889 ACAGAGTCAAGCTT-GGTTTCTTCCTTCATAGTCCATTTCCATCGTCTGAGATTTACAAA 947
| || | |||||| || || ||||| |||||||| ||||| || || |||||||||
Sbjct 654 TCGGA-TAAAGCTTGGGATT-TTCCTCCATAGTCCCTTTCCTTCATCGGAGATTTACCGT 711
Query 948 ACT-TTGCCTATTCGTGAAGAGCTTCTTC---GGGCTTTGCTAAACTCG-GATTTGATAG 1002
||| || ||| | | || ||| ||| || ||| ||| || || | | |||||| | |
Sbjct 712 ACTCTT-CCTGTGAGAGACGAGATTC-TCAAAGGG-TTT-CTGAA-TTGTGATTTGGTTG 766
Query 1003 GGTTCCATACTTTTGACTACGCTAGGCATTTCTTGTCTTGTTGTAGTCGAATGCTTGGTC 1062
| ||||| || || || |||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||
Sbjct 767 GATTCCACACATTCGATTACGCTAGGCATTTCTTGTCTTGTTGTAGTAGGATGCTTGGTC 826
Query 1063 TT-ACTTATGAATCTAAGAGAGGATACATTGGACTTGAGTA-TTATGGTAGAACCGTGAG 1120
|| | ||||||||| || ||||| |||||||| ||||| || || || ||||| |||||
Sbjct 827 TTGA-TTATGAATCGAAAAGAGGCTACATTGGTCTTGAATACTTC-GGAAGAACTGTGAG 884
Query 1121 TATCAAAATTCTACCTGTTGGAATCCACATGGGTCAG 1157
||||| ||| | || ||||| ||||| ||||| |||
Sbjct 885 CATCAAGATTTTGCCGGTTGGGATCCATATGGGCCAG 921
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 110195078785
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5