BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G68910.1
Length=2060
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg476019 jgi|Araly1|476019|fgenesh2_kg.2__1149__AT1G68910.1 3192 0.0
> Ahg476019 jgi|Araly1|476019|fgenesh2_kg.2__1149__AT1G68910.1
Length=1994
Score = 3192 bits (1728), Expect = 0.0
Identities = 1910/1997 (96%), Gaps = 16/1997 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 74 ATGGAGGAAATCATTAGGGAGGACT-ATTTTGAAGCTTTGTCTAGTAGGAATGAGGAAGA 132
||||||||||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||| |||||| ||
Sbjct 1 ATGGAGGAAATCATTAGGGAGGA-TCATGGTGAAGCTTTGTCTAGTAGGAGTGAGGAGGA 59
Query 133 GCAAGAGATGTTGAGGATGTTGACAAAACTAGAGATAGACTCAGCTTATACTAGTGAAAA 192
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 60 GCAAGAGATGTTGAGGATGTTGACAAAACTAGAAATAGACTCAGCTTATACTAGTGAAAA 119
Query 193 GTTGATGAATCTGCATGTTCTTCTTATGCATCTTTTGGCATGGGATAATGATCTTGAAGG 252
| || |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 120 GCTGCTGAACCTGCATGTTCTTCTTATGCATCTTTTGGCATGGGATAATGATCTTGAAGG 179
Query 253 GATGGGGACACTTGATTCTTCTCCAGCATCCTTTGAAAAAGCTTTGACGTTTGATCTGTT 312
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 180 GATGGGGACACCTGATTCTTCTCCAGCATCCTTTGAAAAAGCTTTGGCGTTTGATCTGTT 239
Query 313 ATGCGGTATATTGGAGTCAGAAG-TGAAGGAGGTGGACGAGGTTTTGGATGTGTTGGAAG 371
|||||||||||||||||| | || | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 240 ATGCGGTATATTGGAGTC-GGAGTTAAAGGAGGTGGACGAGGTTTTGGATGTGTTGGAAG 298
Query 372 CTCAAATAGTTGACACTTCTTACAAGATATCTTCTTGCAAACACGGAAATTATATTGTTA 431
| ||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||| | ||||||||| |||
Sbjct 299 CCCAAATCGTTGACACTTCTTATAAGATATCATCTTGCAAACATGCAAATTATATCGTTG 358
Query 432 TTGAAGGAAAGTTGGGTGAATCTGCAGAATCATTGAAGCAGTCTAGAGGACAAGTCTCAG 491
| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 359 TCGAAGGCAAGTTGGGTGAATCTGCAGAATCCTTGAAGCAGTCTAGAGGACAAGTCTCAG 418
Query 492 AGATCACTTTGCAATTAGCTCAGCTCCGAAGAACACTTCATTACATAAGAAATGGAACAA 551
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 419 AGATCACTTTGCAATTAGCTCAGCTCCGAAGAACACTTCATTACATAAGAAATGGAACAA 478
Query 552 GTGAAAACGAGGAGTCAGTGGAGTTAAGGCAGAAATATGCGCTGAAACCATCGGACTTGA 611
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 479 GTGAAAACGAGGAGTCAGTGGAGTTAAGGCAGAAATATGCGCTGAAACCATCGGACTTAA 538
Query 612 GGCATAAAAATGCTCTGAGGATGCTGGAGAAGTCATTGTCAAGAGAGCTAGAGCTTGAGA 671
|||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 539 GGCATAAAAATGCTTTGAGGATGCTAGAGAAGTCATTGTCAAGAGAGCTAGAGCTTGAGA 598
Query 672 AGAAGTTAATGGAATTCCAGCAAAATGAGGAACAGTTGAAACTCAAGCTACACTACACAG 731
|||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 599 AGAAGTTAATGGAATTCCAGCAAAATGAAGAACAATTGAAACTCAAGCTACACTACACAG 658
Query 732 AGGAGGTATCTTCTCGGATGGAAGAAGCATCAGAGTTTATATGGGGACGGTTTCTAGAGG 791
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 659 AGGAGGTATCTTCTCGGATGGAAGAAGCATCAGAGTTTATATGGGGACGGTTTCTAGAGG 718
Query 792 CAGATAATTCTTCTGAGGTTCTTACAGGTATTTCAAAGGAACTTGTTGGTCGTCTACAGA 851
||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 719 CAGATAATTCTTCAGAGGTGCTTACGGGTATTTCAAAAGAACTTGTTGGTCGTCTACAGA 778
Query 852 TTCTCCAGTTTAGTCTGAATGGGTCAGCACAACGGGAATCCGAACTTAAGTCTAAGCTTG 911
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 779 TTCTCCAGTTTAGTCTGAATGGGTCAGCCCAACGGGAATCCGAACTTAAGTCTAAGCTTG 838
Query 912 AAGATTGCACTGTACAACTGGAAGCGAAAGATCTTCTGGTGCAAAAGCTTGAGGGAACAA 971
|||||||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 839 AAGATTGCACTGTACAGCTCGAAACGAAAGATCTTCTGGTGCAAAAGCTTGAGGGAACAA 898
Query 972 TTTCAGAAAATAGTGAAATAGTTTCAGAAGTACTCACTTTGAGGGAATATGTGAAGTCAG 1031
|| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 899 TTGCAGAAAATAGTGAGATAGTTTCAGAAGTACTCACTTTGAGGGAATATGTGAAGTCAG 958
Query 1032 CTGAACAAAAGCTGAAAAATACCGACCTTGAGCTGAAAAGTGTCAACGCCTCCAAACAAG 1091
|||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 959 CTGAACAAAAACTGAAAAATACCGAGCTTGAGCTGAAAAGTGTCAACGCCTCCAAACAAG 1018
Query 1092 AAATCCTGGTACATCTAGCTGAAATGGAAAATGCAAATGAGTCGGTCAAAGAAAACCTTT 1151
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1019 AAATCCTGGTACATCTAGCTGAAATGGAAAATGCAAATGAGTCGGTCAAAGAAAACCTTT 1078
Query 1152 TCGAGGCTGAAAGCAGAGCTGAGAGTGGAGAAGCTAAGATTAAAGAGCTAGATGCTGCAA 1211
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1079 TCGAGGCTGAAAGCAGAGCTGAGACTGGAGAAGCTAAGATTAAAGAGCTAAATGCTGCAA 1138
Query 1212 ATCTTGAACTTACTGAGGAACTAAATTTTCTCAAAGATGCGGATGATAAAAAGACGAAGA 1271
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||
Sbjct 1139 ATCTTGAACTTACTGAGGAACTAAATTTTCTCAAAGATGCTGATGATAAAAAGACAAAGA 1198
Query 1272 AGGTGAACTCTCTCGAGAAGCAAGTCAGGGAATTAGAAGTTCAAGTACAAAACTCCAAGG 1331
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1199 AGGTGAACTCTCTCGAGAAGCAAGTCAGGGAATTAGAAGTTCAAGTACAAAACTCCAAGG 1258
Query 1332 TATCATCAGAAGCAAATCAAGAACAGCAGAACATGTTGTATTCAGCAATATGGGACATGG 1391
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259 TATCATCAGAAGCAAGTCAAGAACAGCAGAACATGTTGTATTCAGCAATATGGGACATGG 1318
Query 1392 AGACCTTAATAGAAGATCTCAAGTCTAAAGCCTCAAAAGCCGAGAGTAGAACGGAGACAG 1451
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1319 AGACCTTAATCGAAGATCTCAAGTCTAAAGCCTCAAAAGCCGAGAGTAGAATGGAGACAG 1378
Query 1452 TGGAGGAGCAATGCATTGTGCTTTCTACCACAAACTCTGAACTCAACAAAGACGTGAGCT 1511
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1379 TGGAGGAGCAATGCATTGTGCTTTCTACCACAAACTCTGAACTCAACAAAGACGTGACCT 1438
Query 1512 TTTTGAGGCAAAAAGCCAAATCCTTAGAAGCAATGTTGGATCTAGCTAACAATGAGAAAG 1571
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||
Sbjct 1439 TTTTGAGGCAAAAAGCCAAATCCTTAGAAGCATTGTTGGAACTAGCTAACGATGAGAAAG 1498
Query 1572 AGAGATATGCACAAGAAATAACTACAAGGAACAAAGTTTTGATGGATATGATGTTGCAAT 1631
|||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1499 AGAGATATGCACAAGAAATAACTACACGGAACAAGGTTTTGATGGATATGATGTTGCAAT 1558
Query 1632 TATCCAGTGAAAGGGAGCGTATACAAGAGCAGCTATATTCTTTGGCAAAAGAAAACAAAA 1691
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1559 TATCCAGTGAAAGGGAGCGTATACAAGAGCAGCTATATTCTTTGGCAAAGGAAAACAAAA 1618
Query 1692 TACTTAGAGTGAATCAGTGCTCAAATACATACCAAAGAAATGGATCTTATGCTGGGGACA 1751
|||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1619 TACTGAGAGTGAATCAATGCTCAAATACATACCAAAGAAATGGATCTTATGCTGGGGACA 1678
Query 1752 AAGAGCTGTC-GTTTCACGCAGATGGTCACGAAATAGAGGCACTTGCTGAAAGTCTGCAG 1810
|||||||| | ||| ||| |||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1679 AAGAGCTG-CAGTTACACACAGACGGTCACGGAATAGAGGCACTGGCTGAAAGTCTGCAG 1737
Query 1811 GAGGATGAGAGAACAAGGGAAGAACCAGAGAAGCAGTCTGTGTCTGAAAAGAGTAGC--G 1868
||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1738 AAGGATGAGAGAACAAGGAAAGAACCAGAGAACCAGTCTGTGTCTGAAAAGAGTAGCACG 1797
Query 1869 ---A-G-A--TCAGAAGAGCAATCAAATTGAAACACATACTAGTTGTGGCCTTAGTTTTT 1921
| | | ||||||| |||| ||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||||
Sbjct 1798 TGCACGGAGATCAGAAGGGCAAGCAACTTGAAACACATACCAGTTTTGGCCTTAGTTTTT 1857
Query 1922 GTGCTGTTTTGTTCATTCTTTGGTGTGACTTATTAAGGAAATATATCTT-AGTGAAAATG 1980
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1858 GTGCTGTTATGTTCATTCTTTGGTGTGACTTATTAAGGAAATATATCTTCAGTGAAAATG 1917
Query 1981 TCTTGGCCATAGCATTCGCCATTTGTACATTGTGTTGTAAATACTCATTTATCTTGTATT 2040
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1918 TCTTGGCAATAGCATTCGCCATTTGTACATTGTGTTGTAAATACTCATTTATCTTGTATT 1977
Query 2041 TATTACAAGCAATGTAT 2057
|||||||||||||||||
Sbjct 1978 TATTACAAGCAATGTAT 1994
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 77475558330
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5