BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G68930.1
Length=2232
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg476024 jgi|Araly1|476024|fgenesh2_kg.2__1154__AT1G68930.1 3426 0.0
> Ahg476024 jgi|Araly1|476024|fgenesh2_kg.2__1154__AT1G68930.1
Length=2223
Score = 3426 bits (1855), Expect = 0.0
Identities = 2113/2237 (94%), Gaps = 19/2237 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGCGTCGAACTACTACTCTGTTCAGATAAAGCAATGCATTGGGTTGGGAGCTAGAAAT 60
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || | ||
Sbjct 1 ATGGCGTCGAACTACTACTCTGCTCAGATAAAGCAATGCATTGGGTT-GG-G--AG---- 52
Query 61 CAGAGTCGTTATGTGAAGATGATCCACGGGAATATCATCAGAGCTCTTCCAT-ATCCAGA 119
| |||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||| | |||||||
Sbjct 53 C-GAGTCGCCATGTGAAGATGATCCATGGGAATATTATCAGAACTCTTCC-TCATCCAGA 110
Query 120 GACGTTTTTGTATAACAACATCGTCCACGCGTATGCGTTAATG-AAAAGCTCCACTTATG 178
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| | | |||||||| |||||
Sbjct 111 GACGTTTTTGCATAACAACATCGTCCACGCGTATGCTTTAA-GCAGAAGCTCCATTTATG 169
Query 179 CACGCCGAGTGTTCGACAGAATTCCCCAACCAAACCTTTTCTCCTGGAACAATCTTCTCT 238
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 170 CACGCCGAGTGTTCGACGGAATTCCCCAACCAAACCTTTTCTCCTGGAACAATCTTCTTT 229
Query 239 TAGCTTATTCAAAAGCTGGGCTTATCTCAGAGATGGAAAGTACCTTTGAGAAGCTTCCTG 298
| |||||||||||| |||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 230 TGGCTTATTCAAAATCTGGGCATCTCTCAGAGATGGAACGTACCTTTGAGAAGCTTCCTG 289
Query 299 ATAGAGATGGTGTCACTTGGAACGTGCTTATTGAAGGCTATTCATTGAGTGGATTGGTTG 358
|| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 290 ATCGTGATGGTGTCACTTGGAACGTGCTTATTGAAGGCTATTCCTTGAGTGGATTGGTTG 349
Query 359 GTGCAGCTGTTAAGGCTTATAATACGATGATGAGAGATTTTTCTGCTAATTTGACTAGGG 418
|||| ||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 350 GTGCCGCTGTCAAGGCTTATAACACGATGATGAAAGATTTTTCTTCTAATTTGACTAGGG 409
Query 419 TTACGTTGATGACAATGTTGAAACTTTCTTCTAGCAATGGCCATGTTAGTTTGGGGAAGC 478
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 410 TTACGTTGATGACAATGTTGAAACTTTCTTCTAGCAATGGGCATGTTAGTTTGGGGAAGC 469
Query 479 AGATTCATGGGCAGGTTATCAAACTTGGGTTTGAGTCTTATCTTTTAGTTGGGAGTCCAT 538
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 470 AGATTCATGGGCAGGTTATCAAACTTGGGTTTGAGTCTTATCTTTTAGTTGGGAGTCCAT 529
Query 539 TGTTGTATATGTATGCAAATGTTGGTTGCATCTCTGATGCAAAGAAGGTTTTTTACGGGT 598
||||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 530 TGTTGGATATGTATTCAAAAGTTGGTTGCATCTCTGATGCAAAGAAGGTTTTTTACGGGC 589
Query 599 TGGACGATAGAAATACGGTTATGTACAATTCGTTGATGGGTGGACTTCTAGCATGTGGAA 658
||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 590 TGGACGATAGAAATACGGTTATGTACAATACGCTGATGGGTGGACTTCTAGCATGTGGAA 649
Query 659 TGATTGAAGATGCACTGCAGTTGTTTCGAGGAATGGAGAAAGATTCAGTTTCTTGGGCAG 718
|||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 650 TGATCGAAGATGCACTGCAGTTATTTCGAGGAATGGAGAAAGATTCAGTTTCTTGGTCAG 709
Query 719 CGATGATTAAAGGACTTGCTCAAAACGGACTTGCAAAGGAGGCTATTGAATGTTTCAGAG 778
||||||||||||||||||||||||| ||| | | ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 710 CGATGATTAAAGGACTTGCTCAAAATGGAATGGAAAAGGAGGCTATTGAATGTTTCAGAG 769
Query 779 AGATGAAAGTACAAGGCTTGAAGATGGATCAGTATCCTTTTGGAAGTGTACTGCCTGCTT 838
|||||||| || ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 770 AGATGAAAATAGAAGGCTTGAAGATGGATCAATATCCTTTTGGAAGTGTACTACCTGCTT 829
Query 839 GTGGAGGATTAGGAGCAATAAACGAAGGGAAACAGATTCATGCTTGTATAATCAGGACCA 898
||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 830 GTGGAGGATTAGGAGCAATAAACGATGGGAGACAGATTCATGCTTGTATAATCAGGACCA 889
Query 899 ATTTTCAGGATCACATTTATGTAGGTAGTGCTCTCATTGACATGTATTGCAAGTGTAAGT 958
|| ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 890 ATCTTCAGGATCACATATATGTAGGCAGTGCTCTCATTGACATGTATTGCAAGTGTAAGT 949
Query 959 GTTTACATTATGCAAAGACTGTTTTTGATAGAATGAAGCAGAAGAATGTTGTGTCTTGGA 1018
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 950 GTTTACATTATGCAAAGACTGTTTTTGATAGAATGAAGCAGAAGAATGTTGTGTCTTGGA 1009
Query 1019 CAGCAATGGTTGTGGGTTATGGCCAGACCGGGCGTGCTGAAGAGGCTGTTAAGATTTTCC 1078
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||
Sbjct 1010 CAGCAATGGTTGTGGGTTATGGCCAGACCGGGCGTGCTGGAGAGGCTGTTAAAATTTTCC 1069
Query 1079 TTGATATGCAAAGAAGTGGAATTGACCCAGATCATTATACTCTGGGACAAGCGATCAGTG 1138
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1070 TTGATATGCAAAGAAGTGGAATTGACCCAGATCATTATACTCTAGGACAAGCGATCAGTG 1129
Query 1139 CTTGTGCCAACGTAAGTAGCTTAGAAGAGGGCTCCCAGTTTCATGGAAAAGCTATAACTT 1198
| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1130 CGTGTGCCAACATAAGTAGCTTAGAAGAGGGCTCCCAGTTTCATGGAAAAGCTATAACTG 1189
Query 1199 CTGGCCTAATACATTATGTCACTGTTTCAAATTCATTGGTGACTCTGTATGGAAAATGTG 1258
|||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1190 CTGGCCTAATACATTACATCACTGTTTCGAATTCATTGGTGACTCTGTATGGAAAATGTG 1249
Query 1259 GAGATATTGATGATTCGACTAGGTTGTTCAACGAGATGAATGTCAGGGATGCAGTCTCTT 1318
| |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1250 GTGATATTGATGATTCTACTAGGCTGTTCAACGAGATGAATGTCAGGGATGAAGTCTCTT 1309
Query 1319 GGACTGCAATGGTTTCTGCGTATGCGCAATTTGGAAGGGCCGTCGAGACTATTCAGTTGT 1378
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1310 GGACTGCAATGGTTTCTGCGTATGCCCAATTTGGAAGGGCCGTCGAGGCTATTCAGTTGT 1369
Query 1379 TTGACAAAATGGTACAAC-ATGGTCTAAAACCTGATGGAGTGACTTTGACCGGTGTTATT 1437
||||||||||||| |||| | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1370 TTGACAAAATGGTTCAACTA-GGACTAAAACCTGATGGAGTGACTTTGACCGGTGTTATT 1428
Query 1438 TCAGCTTGCAGTAGGGCAGGATTAGTGGAGAAAGGACAAAGATATTTTAAGTTAATGACA 1497
|| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |
Sbjct 1429 TCTGCTTGCAGCAGGGCAGGGTTAGTGGAGAAAGGACAAAGATATTTTGAGTTAATGATA 1488
Query 1498 AGTGAATATGGAATAGTGCCAAGTATTGGTCATTATTCTTGCATGATCGATCTCTTCAGT 1557
| |||||||||||||||||| |||| | | ||||||||||||||||||||||| || |||
Sbjct 1489 AATGAATATGGAATAGTGCCGAGTAATAGCCATTATTCTTGCATGATCGATCTGTTTAGT 1548
Query 1558 CGATCTGGAAGGTTAGAGGAAGCCATGCGTTTTATAAATGGGATGCCTTTTCCTCCAGAT 1617
||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1549 CGATCTGGAAGGTTAGAGGAAGCCATGGGTTTCATAAATGGGATGCCGTTTCCTCCAGAT 1608
Query 1618 GCAATTGGTTGGACTACTTTACTCAGCGCATGTAGAAATAAAGGTAACTTGGAAATAGGT 1677
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1609 GCAATTGGTTGGACTACTTTACTCAGCGCATGTAGAAATAAAGGTAACATGGAAATAGGT 1668
Query 1678 AAATGGGCGGCTGAATCACTCATAGAATTAGATCCTCATCATCCCGCTGGTTATACGCTA 1737
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| |||
Sbjct 1669 AAATGGGCGGCTGAATCACTCATAGAATTAGATCCTCACCATCCTGCTGGCTATACCCTA 1728
Query 1738 TTATCAAGCATATACGCTTCAAAAGGGAAATGGGATAGTGTGGCCCAGTTAAGACGGGGA 1797
|||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1729 TTATCAAGCATATATGCTTCAAAGGGGAAATGGGATTGTGTGGCCCAGTTAAGGCGGGGA 1788
Query 1798 ATGAGAGAGAAGAACGTGAAGAAA-GAACCCGGACAGAGTTGGATCAAATGGAAAGGAAA 1856
|||| |||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1789 ATGAAAGAGAAGAACGTGA-GAAAAGAACCCGGACAGAGTTGGATCAAATGGAAAGGAAA 1847
Query 1857 ATTGCACAGTTTCTCAGCTGATGACGAGTCAAGTCCATATTTAGATCAGATATATGCTAA 1916
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1848 ATTGCACAGTTTCTCAGCTGATGACGAGTCAAGTCCATATTCAGATCAGATATATGCTAA 1907
Query 1917 GCTTGAGGAATTGAAC-AATAAAATCATAGATAATGGTTATAAACCAGATACCAGTTTTG 1975
||| ||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1908 GCTCGAGGAATTGTACCAA-AAAATCATAGATAATGGTTATAAACCAGATACCAGTTTTG 1966
Query 1976 TCCATCATGATGTCGAGGAAGCTGTTAAGGTAAAGATGCTTAACTATCACAGTGAAAGGC 2035
|||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1967 TCCACCATGATGTCGAGGAAGCTGTTAAAATAAAGATGCTTAACTGTCACAGTGAAAGGC 2026
Query 2036 TTGCAATAGCTTTTGGATTGATATTTGTACCCTCAGGGCAACCTATTAGAGTAGGAAAAA 2095
|||| || |||||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||
Sbjct 2027 TTGCGATTGCTTTTGGGTTGATATTTGTACCCTCAGGCCTACCTATTAGAGTAGGAAAAA 2086
Query 2096 ATCTTAGAGTGTGTGTGGATTGCCACAATGCCACTAAACATATCTCCAGCGTCACTGGTA 2155
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2087 ATCTTCGAGTGTGTGTGGATTGCCACAATGCCACTAAACATATCTCAAGCGTCACTGGTA 2146
Query 2156 GAGAGATACTTGTCAGAGATGCTGTTAGGTTTCACCGTTTTAAAGATGGAACTTGCTCAT 2215
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2147 GAGAGATACTTGTCAGAGATGCTGTTAGGTTTCACCGTTTTAAAGATGGAACTTGCTCAT 2206
Query 2216 GTGGAGATTTCTGGTAG 2232
| |||||||||||||||
Sbjct 2207 GCGGAGATTTCTGGTAG 2223
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 84027080470
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5