BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G68990.2
Length=3270
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg476028 jgi|Araly1|476028|fgenesh2_kg.2__1158__AT1G68990.1 4933 0.0
> Ahg476028 jgi|Araly1|476028|fgenesh2_kg.2__1158__AT1G68990.1
Length=3317
Score = 4933 bits (2671), Expect = 0.0
Identities = 2989/3140 (95%), Gaps = 32/3140 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 134 TTACCATTTCGTGGCGATCACAAAAACGATTCAAAAAATGTGGAGGAACATTCTGGGAAG 193
|||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 117 TTACCATTTCGTGGCGATCACAAAGACGATT-AAAAAATGTGGAGGAACATTTTGGGAAG 175
Query 194 AGCTTCATTGAGAAAGGTTAAGTTTTTATCTGATTCTAGCTCCTCCGGTACTCATTATCC 253
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||
Sbjct 176 AGCTTCATTGAGAAAGGTTAAGTTTTTATCTGATTCTAG---CTCCGGTCCTCATTTTCA 232
Query 254 AGTGAATAGAGTCCGTGGGATTCTGTCTTCTGTTAATCTCAGTGGCGTTAGAAATGGTTT 313
|||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||| ||
Sbjct 233 AGTGAATAGAGTTCGTGGGATTCTTTCTTCTGTTAATCTTATTGGCGTTAGAAATGGATT 292
Query 314 ATCTATAAATCCAGTCAACGAAATGGGTGGATTAAGCTCGTTTCGTCATGGTCAATGTTA 373
||| ||||| ||| | ||||| | |||||||| |||||||||||| |||||||||| ||
Sbjct 293 ATCGATAAACCCAATTGACGAATTTGGTGGATTGAGCTCGTTTCGTTATGGTCAATGCTA 352
Query 374 TGTGTTTGAAGGGTATGCTACAGCTGCGCAAGCTATTGATTCGACTGATCCTGAAGATGA 433
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 353 TGTGTTTGAAGGGTATGCTACAGCTGCTCAAGCTATTGATTCGACTGATCCTGAAGATGA 412
Query 434 GTCTTCTGGGTCTGATGAAGTTAATGAATTGATAACGGAAATGGAGAAAGAAACTGAGAG 493
||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 413 GTCTTCTGGGTCTGATGAAGTTAATGAGTTGATAACAGAAATGGAGAAAGAAACTGAGAG 472
Query 494 AATCCGTAAAAAAGCTAGGCTTGCAGCTATACCGCCAAAGAGAGTCATTGCGGGAATGGG 553
||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 473 AATCCGTAAAAAAGCTAGGCTTGCAGCGACACCGCCAAAGAGAGTTATTGCGGGAATGGG 532
Query 554 AGCACAGAAGTTCTATATGCTGAAG-CAGAGACAGGTGAAAATGGAGACTGAAGAATGGG 612
|||||| |||| |||||||||| || || ||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 533 AGCACAAAAGTACTATATGCTG-AGACAAAGACAAGTGAAAATGGAGACTGAAGAATGGG 591
Query 613 AAAGAGCAGCGAGAGAGTGTAGAGAGATTCTAGCTGATATGTGTGAGCAGAAGCTTGCAC 672
|||||||||||||||||||| | |||||||| || |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 592 AAAGAGCAGCGAGAGAGTGTCGTGAGATTCTTGCAGATATGTGTGAGCAGAAGCTTGCAC 651
Query 673 CGAATTTACCTTATATGAAGTCTTTGTTTCTAGGCTGGTTTGAGCCTGTGCGTAATGCTA 732
||||||| |||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 652 CGAATTTGCCTTATATTAAGACTTTGTTTCTCGGCTGGTTTGAGCCTGTGCGTAATGCTA 711
Query 733 TTCAAGATGATCTTGATACT-TTTAAAATCAAGAAAGGGAAGATTCCGTATGCGCCTTTT 791
|||||| |||||||||| || || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 712 TTCAAGCTGATCTTGAT-CTATTCAAAATCAAGAAAGGGAAAATTCCGTATGCGCCTTTT 770
Query 792 ATGGAGCAGTTACCGGCTGATAAGATGGCTGTTATCACTATGCATAAGATGATGGGATTG 851
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 771 ATGGAGCAGTTACCGGCTGATAAGATGGCTGTTATCACTATGAATAAGATGATGGGATTG 830
Query 852 TTGATGACTAATGCGGAAGGCGTTGGCATTGTTAAGCTAGTGAATGCTGCTACTCAGATC 911
||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 831 TTGATGACTAACGTTGAAGGTGTTGGCATTGTTAAGCTAGTTAATGCTGCTACTCAGATC 890
Query 912 GGGGAAGCTGTTGAGCAGGAGGTCAGGATCAACAGTTTTTTGCAGAAAAAGAATaaaaaa 971
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 891 GGGGAAGCCGTTGAGCAGGAGGTCAGGATCAACAGTTTTTTGCAGAAAAATAATAAAAAA 950
Query 972 aaTGCAACTGACAAGACGATCAATACAGAAGCTGAGAATGTTTCAGAAGAAATTGTGGCC 1031
|||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||
Sbjct 951 AATGCAACTGACAAGACGATCAATACAGAAGCTGTGCATGTTTCAGAAGAAACCGTGGCC 1010
Query 1032 AAAGAAACGGAAAAGGCGAGGAAACAAGTTACTGTACTGATGGaaaaaaaTAAGTTGAGG 1091
||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1011 AAAGAAACGGAAAAGGCAAGGAAACGAGCTACTGTACTGATGGAAAAAAAGAAGTTGAGG 1070
Query 1092 CAAGTAAAAGCATTAGTGAGGAAACATGACTCATTCAAGCCATGGGGTCAAGAGGCTCAA 1151
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1071 GAAGTAAAAGCATTAGTGAGGAAACATGACTCATTCAAGCCATGGGGTCAAGAGGCTCAA 1130
Query 1152 GTGAAGGTCGGCGCACGTTTGATTCAGCTGCTGATGGAAAATGCATATATACAACCTCCA 1211
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1131 GTGAAGGTCGGCGCACGTTTGATTCAGCTGCTGATTGAAAATGCATATATACAACCTCCA 1190
Query 1212 GCTGAACAGTTTGATGATGGTCCACCTGACATCCGACCTGCTTTTAAGCAAAATTTCAGA 1271
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1191 GCTGAACAGTTTGATGATGGTCCACCTGACATCCGACCTGCTTTTAAGCAAAATTTCAGA 1250
Query 1272 ACTGTCACATTAGAAAATACAAAAACGAGCAGGAGATATGGTTGCATCGAATGCGATCCT 1331
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1251 ACTGTCACATTAGAAAATACAAAAACGAGCAGGAGATATGGTTGCATCGAATGCGATCCT 1310
Query 1332 TTGGTCCTAAAGGGCCTTGACAAATCAGTAAGCAGAATCGTGGACTATGCTAGACATATG 1391
|||||||||||||||| | | | | || || | | | ||||||||||||
Sbjct 1311 TTGGTCCTAAAGGGCC-T------T--G--A-CA-AA---T---C-A-GCTAGACATATG 1349
Query 1392 GTCATTCCCTACTTGCCAATGCTAATACCTCCCCAGAACTGGACAGGGTATGATCAAGGG 1451
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1350 GTCATTCCCCACTTGCCAATGCTAATACCTCCCCAGAACTGGACAGGGTATGATCAAGGG 1409
Query 1452 GCTCATTTTTTCTTGCCTTCGTACGTCATGAGAACACATGGAGCTAAACAACAACGCACT 1511
|| || ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1410 GCACACCTTTTCTTGCCTTCATTCGTCATGAGAACACATGGAGCTAAACAACAACGTACT 1469
Query 1512 GTTATGAAACGAACTCCAAAGGAGCAACTGGAGCCAGTATATGAGGCTTTAGATACTCTA 1571
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1470 GTAATGAAACGAACTCCAAAGGAGCAACTGGAGCCAGTGTATGAGGCTTTAGATACTCTA 1529
Query 1572 GGAAACACTAAATGGAAG-ATAAACAAAAAGGTGTTAAGTTTGGTGGACAGAATCTGGGC 1630
|||||||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1530 GGAAACACCAAATGG-AGAATAAACAAAAAGGTGTTAAGTTTGGTGGACAGAATCTGGGC 1588
Query 1631 TAATGGAGGTCGCATTGGTGGTCTGGTTGACCGTGAAGATGTACCCATTCCAGAAGAGCC 1690
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||
Sbjct 1589 TAATGGAGGTCGCCTTGGTGGTCTGGTTGACCGTGAAGATGTACCCCTTCCAGAGGAGCC 1648
Query 1691 GGAAAGGGAAGACCAAGAAAAATTTAAAAATTGGAGATGGGAATCCAAAAAAGCAATTAA 1750
||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||
Sbjct 1649 GGAAAGGGAAGACCAGGAAAAATTTAAAAATTGGAAATGGGAATCGAAAAAAGCAGTTAA 1708
Query 1751 GCAAAATAATGAGAGACATTCACAAAGGTGTGATATAGAGCTCAAACTCGAGGTGGCACG 1810
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1709 GCAAAATAATGAGAGACATTCACAAAGGTGTGATATAGAGCTCAAACTCGAGGTGGCACG 1768
Query 1811 TAAAATGAAGGATGAGGAAGGTTTCTACTACCCTCACAACGTTGATTTTCGTGGGCGAGC 1870
|||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||
Sbjct 1769 TAAAATGAAGGACGAGGAAGGTTTTTACTACCCTCACAATGTTGATTTTCGTGGCCGAGC 1828
Query 1871 ATATCCCATACATCCATATCTTAACCATCTCGGGTCTGATCTCTGCCGAGGCATCCTTGA 1930
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1829 ATATCCCATTCATCCATATCTTAACCATCTCGGGTCTGATCTCTGCCGAGGCATCCTTGA 1888
Query 1931 GTTTTGTGAGGGAAAGCCTCTTGGGAAATCAGGGTTGCGTTGGCTGAAGATACATATAGC 1990
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1889 GTTTTGTGAGGGAAAGCCTCTTGGGAAATCAGGGTTGCGTTGGCTGAAGATACATATAGC 1948
Query 1991 AAACTTATATGCTGGTGGAGTCGATAAGCTGGCTTATGAGGATAGGATTGCGTTTACTGA 2050
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1949 AAACTTATATGCTGGTGGAGTCGATAAGCTGGCTTATGAGGATAGGATTGCATTTACTGA 2008
Query 2051 GAGTCACTTGGAAGATATATTTGATTCTTCTGATAGACCTCTTGAAGGAAAAAGATGGTG 2110
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2009 GAGTCACTTGGACGATATATTTGATTCTTCTGATAGACCTCTTGAAGGAAAAAGATGGTG 2068
Query 2111 GCTTAACGCAGAGGATCCCTTTCAATGTTTGGCTGCTTGCATTAATCTTTCAGAAGCCTT 2170
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2069 GCTTAACGCAGAGGATCCCTTTCAATGTTTGGCTGCTTGCATCAATCTTTCAGAAGCCTT 2128
Query 2171 GAGAAGCCCCTTTCCTGAAGCTGCAATATCCCATATCCCCATCCACCAGGATGGTTCATG 2230
|||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2129 GAGAAGCCCCTTTCCTGAAGCTGCTATATCTCATATCCCCATCCACCAGGATGGTTCATG 2188
Query 2231 TAATGGTTTACAACACTATGCTGCTCTTGGGAGGGATAAGTTGGGAGCAGATGCTGTCAA 2290
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2189 TAATGGTTTACAACACTATGCTGCTCTTGGGAGGGATAAGTTGGGAGCAGATGCTGTCAA 2248
Query 2291 CCTTGTTACAGGTGAAAAGCCGGCAGATGTTTATACAGAAATTGCGGCTAGGGTTCTCAA 2350
|||||| ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2249 CCTTGTAACAGGTGAAAAGCCGGCAGATGTTTATGCACAAATTGCGGCTAGGGTTTTCAA 2308
Query 2351 GATCATGCAGCAAGATGCAGAGGAAGATCCCGAAACATTTCCAAATGCCACATATGCCAA 2410
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2309 GATCATGCAGCAAGATGCAGAGGAAGATCCTGAAACGTTTCCAAATGCCACATATGCCAA 2368
Query 2411 ACTCATGCTCGACCAGGTTGACAGAAAGCTGGTCAAACAGACTGTCATGACATCAGTGTA 2470
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2369 ACTCATGCTCGACCAGGTTGACAGAAAGCTGGTAAAACAGACTGTCATGACATCAGTGTA 2428
Query 2471 TGGTGTTACTTATTCTGGCGCACGTGACCAAATAAAGAAGAGGTTAAAAGAACGTGGTAC 2530
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2429 TGGTGTTACTTATTCTGGCGCACGTGACCAAATAAAGAAGAGGTTAAAAGAACGTGGTAC 2488
Query 2531 CTTTGAGGACGATTCACTGACTTTTCATGCATCGTGTTATGCAGCAAAAATCACTTTGAA 2590
|||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2489 CTTTGAGGACGACTCACTGACTTTTCATGCAGCTTGTTATGCAGCAAAAATCACTTTGAA 2548
Query 2591 AGCATTGGAAGAGATGTTTGAAGCTGCAAGAGCTATCAAGAGTTGGTTTGGTGATTGTGC 2650
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2549 AGCATTGGAAGAGATGTTTGAAGCTGCTAGAGCTATCAAGAGTTGGTTTGGTGATTGTGC 2608
Query 2651 AAAGATAATAGCTTCAGAAAACAATGCAGTTTGTTGGACGACTCCTCTTGGACTTCCAGT 2710
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2609 AAAGATAATAGCTTCAGAAAACAAAGCAGTTTGTTGGACGACTCCTCTTGGACTTCCAGT 2668
Query 2711 TGTACAGCCTTATCGAAAGCCTGGAAGACATTTGGTTAAGACTACCCTTCAGGTGTTAAC 2770
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2669 TGTACAGCCTTATCGGAAGCCTGGAAGACATTTGGTTAAGACTACCCTTCAGGTGTTGAC 2728
Query 2771 TCTAAGCCGTGAGACTGATAAGGTCATGGCGAGGAGGCAGATGACTGCTTTTGCACCAAA 2830
| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2729 TTTAAGCCGTGAGACTGATAAGGTCGCGGCGAGGAGGCAGATGACTGCTTTTGCACCAAA 2788
Query 2831 TTTTATACATTCTCTTGATGGGTCTCACATGATGATGACAGCAGTTGCCTGCAACAGGGC 2890
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2789 TTTTATACATTCTCTTGACGGGTCTCACATGATGATGACAGCAGTTGCCTGCAACAGGGC 2848
Query 2891 CGGCTTGAGTTTCGCAGGGGTGCATGATTCGTTCTGGACGCATGCCTGTGATGTTGACGT 2950
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2849 GGGCTTGAGTTTCGCAGGGGTGCATGATTCGTTCTGGACGCATGCCTGTGATGTTGAAAT 2908
Query 2951 AATGAACACAATACTCAGAGAAAAGTTTGTCGAGCTCTACGAAAAGCCAATCTTAGAAAA 3010
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2909 AATGAACACAATACTCAGAGAGAAGTTTGTCGAGCTCTACGAAAAGCCAATCTTAGAAAA 2968
Query 3011 CTTGTTGGAGAGTTTCCAGAAGTCCTTCCCAGACATAAGTTTTCCGCCATTACCAGAACG 3070
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2969 CTTGTTGGAGAGTTTCCAGAAGTCCTTCCCAGACATAAGTTTTCCGCCATTACCAGAACG 3028
Query 3071 AGGCGACTTTGATCTGAGGAAGGTCCTAGAGTCGACTTACTTCTTCAACTGAGCTGCAGC 3130
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| |
Sbjct 3029 AGGCGACTTTGATCTGAGGAAGGTCCTACAGTCGACATACTTCTTCAACTGAGCTGCAAC 3088
Query 3131 ACATTCAGGTTACTTAAATACTGGAAGCTCCAATACTCCACATCTAACATTCAGGACAGA 3190
||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 3089 ACATTCAGGTTACTTGCATATTGGAAGGTCCAATACTCCACATCTAACATTCAGGGCAGA 3148
Query 3191 GTAAGTTTGCTTCTTCAGGCCAATACATCAGCCACATTGATCAAAGGGGAAAAGATTCTT 3250
||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 3149 GTAAGTTTGCTTCTTCAGGCCAATACAACATCCACATTGATCAAAGGGGAAA-GATTCTC 3207
Query 3251 AATAAGGAATGTTGATGGTT 3270
||||||||||||||||||||
Sbjct 3208 AATAAGGAATGTTGATGGTT 3227
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 123420709239
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5