BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G69040.2
Length=1620
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg476032 jgi|Araly1|476032|fgenesh2_kg.2__1162__AT1G69040.2 2477 0.0
> Ahg476032 jgi|Araly1|476032|fgenesh2_kg.2__1162__AT1G69040.2
Length=1579
Score = 2477 bits (1341), Expect = 0.0
Identities = 1462/1520 (96%), Gaps = 10/1520 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 GTGGCTTAAACCCAAAAAAGGAAC----ATGGATGTTAGTATGAGTTTTTCACAAGATAT 56
||||||||||||| |||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 GTGGCTTAAACCC-AAAACGGAACATTAATGGATGTTGGTATGAGTTTTTCACAAGATAT 59
Query 57 GGATAATGAGTATGAGAAGCTGATAAGAAGAATGAATCCACCAAGGGTTGTGATTGATAA 116
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 60 GGATAATGAGTATGAGAAACTGATAAGAAGAATGAATCCACCAAGGGTTGTGATTGATAA 119
Query 117 TGACTCTTGCAAGAAGGCAACTGTGATAAGGGTGGATAGTGCAAATGAATATGGGATTCT 176
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 120 TGACTCTTGCAAGAAGGCAACTGTGATAAGGGTGGATAGTGCAAATGAATATGGGATTCT 179
Query 177 TCTTGAAGTTGTACAAATCCTTACTGATCTTAACCTTACTATCACTAAGGCGTACATATC 236
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 180 TCTTGAAGTTGTACAAATCCTTACTGATCTTAACCTTACTATCACTAAGGCGTACATATC 239
Query 237 TTCTGATGGTGGTTGGTTTATGGATGTATTTAATGTCACTGATCAAGATGGTAACAAAGT 296
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 240 TTCTGATGGTGGTTGGTTTATGGATGTGTTTAATGTCACTGATCAAGATGGTAACAAAGT 299
Query 297 CACTGATGAAGTTGTTCTAGACTATATCCAAAAGTCTCTTGGGCCTGAAGCTTGTTTCTC 356
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 300 CACTGATGAAGTTGTTCTAGACTATATCCAAAAGTCTCTTGGGCCTGAAGCTTGTTTCTC 359
Query 357 CACTTCCATGAGATCAGTTGGTGTCATACCATCAACAGACAGCACGGTTATTGAGTTAAC 416
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || ||||||||||||||
Sbjct 360 CACTTCCATGAGATCAGTTGGTGTCAGACCATCAACAGACAGTACAGTTATTGAGTTAAC 419
Query 417 TGGATGTGACAGACCAGGTCT-GCTGTCTGAACTGTCAGCTGTTTTGACCCATCTCAAAT 475
||||||||||| ||||| || ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 420 CGGATGTGACAGGCCAGG-CTTGCTCTCTGAACTGTCAGCTGTCTTGACCCATCTCAAAT 478
Query 476 GCAGTGTCCTCAACGCTGAGATTTGGACACACAACACCAGAGCAGCTGCTGTGATGCAGG 535
|||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 479 GCAGTGTCCTAAACGCTGAGGTTTGGACACACAACACCAGAGCAGCTGCTGTGATGCAGG 538
Query 536 TCACAGATGACTTAACCGGGTGTGGCATTTCTGATCCAGAGAGGTTGTCTCGGATCAAGA 595
|||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 539 TCACAGATGACTCAACCGGGTGTGGTATTTCTGATCCAGAGAGGTTGTCTCGGATCAGGA 598
Query 596 ACCTTCTCAGAAATGTGCTTAAGGGAAGCAACACACCAAGGGAAGCTAAAACCGTAGTGT 655
|||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| ||| |
Sbjct 599 ACCTTCTCAGAAATGTGCTTAAAGGAAGCTACACACCAAGGGAAGCTAAAACCGCAGTTT 658
Query 656 CTCATGGGGAGGTCCACACGGATAGGAGGCTTCATCAGATGATGTTTGAGGATAGAGACT 715
|||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 659 CTCACGGTGAGGTCCACACGGATAGGAGGCTTCATCAGATGATGTTTGAAGATAGAGACT 718
Query 716 ATGAACACCGTTTGGTGGATGATGATTCCTCTATCCAAGATGAAAGGCAAAGACCAGATG 775
||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 719 ATGAACACCGTTTGGTGGACGATGATTCCTCCATCCAAGATGAAAGGCAAAGACCAGATG 778
Query 776 TTTGTGTTGATAATTGGCTCGATAAGGATTACTCTGTGGTCACAGTTAGATGTAAAGACA 835
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 779 TTTGTGTTGATAATTGGCTTGATAAGGATTACTCTGTGGTCACAGTTAGATGTAAAGACA 838
Query 836 GACCAAAGCTTCTGTTCGACACAGTCTGCACTTTGACTGATATGCAGTATGTGGTTTTCC 895
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 839 GACCAAAGCTTCTGTTTGACACAGTCTGCACTTTGACTGATATGCAGTATGTGGTTTTCC 898
Query 896 ATGGAAGTGTTGATACTGAGGGCACCGAGGCGTTTCAGGAGTATTATGTGAGACATATAG 955
||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 899 ATGGAAGTGTTGATACTGAGGGCACAGAGGCATATCAGGAGTATTATGTGAGACATATAG 958
Query 956 ATGGATCCCCTGTGAAATCAGAGGCAGAGAAGCAAAGAGTCATACAATGTCTTGAAGCAG 1015
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 959 ATGGATCCCCTGTAAAATCAGAGGCAGAGAAGCAAAGAGTCATACAATGTCTTGAAGCAG 1018
Query 1016 CTATCAAAAGAAGAGTATCTGAGGGATTGAAGTTGGAACTGTGCACGACG-GATAGAGTA 1074
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||
Sbjct 1019 CTATCAAAAGAAGAGTATCTGAGGGATTGAAGTTGGAACTGTGCACGA-GTGATAGAGTA 1077
Query 1075 GGCTTATTGTCAAACGTGACTCGCATATTCCGTGAAAACAGCCTAACGGTCACAAGAGCT 1134
|||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1078 GGCTTATTGTCAAATGTGACCCGCATATTCCGTGAAAACAGCCTAACGGTCACAAGAGCT 1137
Query 1135 GAAGTGAAAACCAAAGGAGGCAAAGCTCTAAACACATTCTATGTCAGTGATGCATCTGGT 1194
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1138 GAAGTGAAAACTAAAGGAGGCAAAGCTCTAAACACATTCTATGTCAGTGATGCATCTGGT 1197
Query 1195 TACTCAATCGATGCTAAGACCATAGATTCCATAAGACAAACCATAGGCCAAACTATTCTC 1254
||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1198 TACTCGATTGATGCCAAGACCATAGATTCCATAAGACAAACCATAGGCCAAACTATCCTC 1257
Query 1255 AAAGTCAAGAACAACCCTCAAGAACAACAACAAAGACAGAAATCGCCTTCTCACGAATCA 1314
|||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1258 AAAGTCAAAAACAACCCTCAAGAACAACAAGAAAGACAGAAATCGCCTTCTCACGAATCC 1317
Query 1315 CCGACAAGATTTCTCTTTGGGGGTCTCTTCAAGTCGAAATCTTTTGTCAACTTTGGCTTG 1374
|| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1318 CCAACCAGGTTTCTCTTTGGGGGTCTCTTCAAGTCGAAATCTTTTGTCAACTTTGGCTTG 1377
Query 1375 GTCCGTTCCTACTCTTGAAGAACAACTTCACTTAGCTGTGAGGTTTCAATCTCATCTAGG 1434
||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||
Sbjct 1378 GTCCGATCCTACTCTTGAAGAAGAACTTCACTTAGCTGTGAGGTT-CAATCTCCTCTAGG 1436
Query 1435 TTTTAACTGCTTTAAACTTGAGAAGAATCTGTAAATCTATCGCCAGATATAATCTTAAAT 1494
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1437 TTTTAACTGCTTTAAACTTGAGAAGAATCTGTAAATCTATCACCAGATATAATCTTAAAT 1496
Query 1495 TCTTGGTCTAGGATCCAACT 1514
||||||||||||||||||||
Sbjct 1497 TCTTGGTCTAGGATCCAACT 1516
Score = 113 bits (61), Expect = 3e-24
Identities = 63/64 (98%), Gaps = 0/64 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1545 TAGTTGATGTCATGACTAAGTGTTAAGTGTTAACCTACTCTTCTTGTATATATATCAAAT 1604
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1516 TAGTTGATGTCATGACTAAGTGTTAAGTGTTAACCTGCTCTTCTTGTATATATATCAAAT 1575
Query 1605 CCTC 1608
||||
Sbjct 1576 CCTC 1579
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 60715850530
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5