BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G69200.1
Length=2120
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg476044 jgi|Araly1|476044|fgenesh2_kg.2__1174__AT1G69200.1 3269 0.0
> Ahg476044 jgi|Araly1|476044|fgenesh2_kg.2__1174__AT1G69200.1
Length=2088
Score = 3269 bits (1770), Expect = 0.0
Identities = 1993/2100 (95%), Gaps = 18/2100 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 AGAGCTTAAACCCCAATCTCCCTCAAAACTCATAAACATATTGCTCTCCTTTGTTCATTT 60
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| |||| ||||
Sbjct 1 AGAGCTTAAACCCCAATCTCCCTC-AAACTCATAAACTTATTGCTCTCCTGTGTTGATTT 59
Query 61 CTGGGTTTACGCTTCTTTCGACTTTATGGGTTTCGGAGCTTAGTTTTACTACAATTTCG- 119
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||
Sbjct 60 CTGGGTTTAGGCTTCTTTCGACTTTATGGGTTTCGGAGCTTAGTTTCAGTACAATTTCGT 119
Query 120 TTTGGAAAAGAGCTCTTATTTGATGTTCATGGCGTCTCTCTCCTTCACCCAATTCTTATC 179
||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 120 TTTGG-AAAGAGCTCTTATTTGATGTCCATGGCGTCTCTCTCCTTCACCCAATTCTTATC 178
Query 180 ATTCCCCAGATGCAATGCAGATGTTCCTTGTCTGCTCCAGTCGCAT-GGTTTTGTGAAGT 238
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||
Sbjct 179 ATTTCCCAGATGCAATGCAGATGTTCCTTGTCTGCTCCAGTCGC-TGGGTTTTGTGAAGT 237
Query 239 TTAGAGGTGAAAGATGGAATGGGAAACAAAGCTTTTCTATGGCTGCTGGTAGGAGAAAGT 298
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 238 TTAGAGGTGAAAGATGGAATGGGAAACAAAGCTTTTCTATGGCTGCTGGTAGGAGAAAGT 297
Query 299 TATCAGAGTCAGCACCTCTTGAAGAAGAAGGTAATGATGGAAACGGTGCGGTTGTGGGAA 358
||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||| ||| |
Sbjct 298 TATCAGAGTCAGCACCTCTTGAAGACGAAGGCAATGATGGAAACGGGGCGGTTGGGGGGA 357
Query 359 AGAAACCATCTAAAAGTGTTAAGAGAACAACGAAGAAGAAGGTTGTGGTTAA-GGATGAA 417
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || | || ||||||
Sbjct 358 AGAAACCATCGAAAAGTGTTAAGAGAACAACGAAGAAGAAGGTGGTAG-CAACTGATGAA 416
Query 418 CCATTAGAAGAAATTTCTGAATTTTTGGTTGATAATGATGATGTTTTAGACAAGGAAAGC 477
|||||||||||| ||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 417 TCATTAGAAGAAAGTTCTGAACTTTTGGTAGATAGTGATGATGTTTTAGACAAGGAAAGC 476
Query 478 ATTGTCTCAGCTTTGAAACCAAAAAAGACAAGAACTAGAAAGAAAGCTGCAGCAGCTTCT 537
| ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 477 ACTGTCTCAGCTTCGAAACC---AAAGACAAGAACTAGAAAGAAAGCTGCAGCAGCTTCT 533
Query 538 TCTGATGTGGAGGAAGTAAAAACCGAGAAGAAAGTGAGACGAAAGAGGACTGTTAAGAAA 597
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 534 TCTGATGTGGAGGAAGTAAAAACCGAGAAGAAAGTGAGACGAAAGAGGACTGTTAAGAAA 593
Query 598 GATAAAGATGTGGAGGATGATTTAGCTACTATTA-TGGATGCTGAGGTTAGTGATGTCGA 656
|||||||| |||||||||||||||||||| || | ||| ||||||||||||||||||
Sbjct 594 GATAAAGAAACGGAGGATGATTTAGCTACTAGTACTC-ATGATGAGGTTAGTGATGTCGA 652
Query 657 GGAAGCATTGGCTGTTGAAAGCACTGATACAGAGAGTGAAGAAGAAGAGATTGATCTGAG 716
|||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 653 GGAAGCCTTGGCTGTTGAAAGCACTGATACCGAGAGTGAAGAAGAAGAGATTGATCTGAG 712
Query 717 TAAACATGA-AGGTGAAGATATTAGTCACACTTATGGATGGCCTCCTCTCGTGTGTTGCT 775
||||||||| || |||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||
Sbjct 713 TAAACATGACAG-TGAAGATATTAGTCACACATATGGATGGCCTCCGCTTGTGTGTTGCT 771
Query 776 TTGGATCTGCACAACATGCTTTTGTGCCTTCGGGAAGGCCAGCAAACAGGCTATTAGATT 835
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 772 TTGGATCTGCACAACATGCTTTTGTGCCCTCGGGAAGGCCAGCAAACAGGCTATTAGATT 831
Query 836 ATGAACTACACGAACGGATGAGAGATGCAAAGTGGGCTCCAGAGAAGTATATCCGGGCTC 895
|||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||
Sbjct 832 ATGAACTACATGAACGGATGAGAGACGCAAAGTGGGCCCCGGAGAAGTATATCCGGGCTC 891
Query 896 CTGGAGGATGTGCAGGAGGTGTTGCTATTGCTCTTGCAAGCTTGGGTGGTAAGGTTGCTT 955
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 892 CTGGAGGATGTGCAGGAGGTGTTGCTATTGCCCTTGCAAGCTTGGGTGGTAAGGTTGCCT 951
Query 956 TTATGGGCAAACTTGGGGCTGATGACTATGGTCAAGCCATGTTGTATTATCTGAATGTGT 1015
||||||||||||| |||| |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 952 TTATGGGCAAACTCGGGGATGATGACTATGGTCAAACCATGTTGTATTACCTGAATGTGT 1011
Query 1016 GCAAAGTCCAAACTAGATCAGTTAAGATTGATGGTAAAAGGGTTACGGCGTGTTCTACTA 1075
|||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||
Sbjct 1012 GCAAGGTCCAAACTAGATCAGTTAAGATTGATAGTAAAAAGGTTACGGCTTGTTCTACTA 1071
Query 1076 TGAAGATCAGCAAGAGAGGTCGCTTGAAATCGACTTGTATTAAGCCATGTGCAGAGGATT 1135
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||
Sbjct 1072 TGAAGATTAGCAAGAGAGGTCGCTTGAAATCGACTTGTATCAAGCCCTGTGCAGAGGATT 1131
Query 1136 CACTTTCAAAATCTGAAATCAACGTTGATGTGCTCAAAGAGGCGAAAATGTTCTACTTCA 1195
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1132 CTCTTTCAAAATCTGAAATCAACGTTGATGTGCTCAAAGAGGCGAAAATGTTCTACTTCA 1191
Query 1196 GCACGCATTCTCTACTCGATAAGAAGATGATGTCAACTACGATACAAGCCATCAAGATAT 1255
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1192 GCACGCATTCTCTACTCGATAAGAAGATGAGGTCAACTACGATACAAGCCATCAAGATAT 1251
Query 1256 CAAAGCAACTAGGCAATGTCATTTTTTATGACTTGAATCTCCCTTTACCACTATGGCACT 1315
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1252 CAAAGCAACTAGGCAATGTCATTTTCTATGACTTGAATCTCCCTTTACCACTATGGCAGT 1311
Query 1316 CCAGCGAAGAAACCAAGTCTTTCATACAGGAAGTGTGGAATCTTGCAGACGTCATTGAAA 1375
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||
Sbjct 1312 CCAGCGAAGAAACCAAGTCTTTCATACAGGAAGTGTGGGATCTTGCAGACATAATTGAAA 1371
Query 1376 TCACAAAACAGGAACTTGAATTCTTATGCGGAATCGAGCCTACTGAAGAGTTCGATACAG 1435
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1372 TCACAAAACAGGAACTTGAGTTCTTATGCGGAATCGAGCCAACTGAAGAGTTCGATACAG 1431
Query 1436 AAAACAATGACATCAGTAAGTTTGTCCATTACCCGCCAGAAACTGTGGAACAGCTTTGGC 1495
||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1432 AAAACAATGACATCAGTAAGTTTGTCCATTATCCACCAGAAACTGTGGAGCAGCTTTGGC 1491
Query 1496 ATGAAAATCTCAAGGTCTTGTTTGTGACCAATGGCACTTCTAAGATCCATTACTATACCA 1555
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1492 ATGAAAATCTCAAGGTCTTGTTTGCGACCAATGGCACTTCTAAGATCCATTACTATACCA 1551
Query 1556 AAGAGCACAATGGTGCTGTTTCCGGAATGGAGGATGTTCCCATTACTCCTTTTACAAGGG 1615
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1552 AAGAGCACAATGGTGCTGTTTCCGGAATGGAGGATGCTCCCATTACTCCTTTCACAAGGG 1611
Query 1616 ATATGTCAGCATCTGGAGATGGCATCGTTGCAGGTCTAATAAGAATGCTTACGGTTCAGC 1675
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1612 ATATGTCAGCATCTGGAGATGGCATCGTTGCAGGTCTAATAAGAATGCTTACGGTTCAAC 1671
Query 1676 CAGATCTTATGAACAATAAAGGGTACCTGGAACGCACAGCGAGATATGCAATTGAGTGTG 1735
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1672 CAGATCTTATGAACAATAAAGGGTACCTGGAACGCACAGCAAGATATGCAATTGAGTGTG 1731
Query 1736 GTATTATTGATCAATGGTTGCTGGCACAAACCCGAGGATATCCTCCAAAGGATGACATGg 1795
| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1732 GGGTTGTTGATCAATGGTTGCTGGCACAAACCCGAGGATATCCTCCTAAGGATGACATGG 1791
Query 1796 aagaagaagaagatgatgaagaagaagatgaagTGGAATCAGATCCAAACGGTATAAGAT 1855
|||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1792 AAGAAGAAGATGATGATGAAGAAGA---TGAAGTGGAATCAGATCCAAACGGTATAAGAT 1848
Query 1856 CGATAACAGAGAAGGAATACAGAACCTCAAAGCCTTATGATGAACCAGATGGTCCATACG 1915
||||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1849 CGATAACTGAGAGGGAATACCGAACCTCAAAGCCTTATGATGAACCAGATGGTCCATATG 1908
Query 1916 TTATGAAACCAGTAGAGGAAAGGGAGTACAAGAAGTTAGAGCTTGTTGGCTCAATGTTTG 1975
|||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1909 TTATGAAACCGGTCGAGGAAAGGGAATACAAGAAGTTAGAGCTTGTTGGCTCAATGTTTG 1968
Query 1976 AAGATGGTAGTTTATGATTTTCATAAGATTTGATAATGTTTCTGTTAGTCAGCttttttt 2035
||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||
Sbjct 1969 AAGATGGTAGTTTATGATTTTCATAAGATTTGATATTATTTCTGTTAGTCAGCTTTTTTC 2028
Query 2036 tCCTGTTCACATCTTACAACATCTTAGTAGTGTGAATTTTTGTCATATGTTTTGATATCT 2095
||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2029 -CCTGTTCGCATCTTACAACATCTTGGTAGTGTGAATTTTTGTCATATGTTTTAATATCT 2087
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 79760973030
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5