BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G69350.1
Length=2364
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg339169 jgi|Araly1|339169|fgenesh1_pg.C_scaffold_2001268 3530 0.0
> Ahg339169 jgi|Araly1|339169|fgenesh1_pg.C_scaffold_2001268
Length=4044
Score = 3530 bits (1911), Expect = 0.0
Identities = 2209/2354 (94%), Gaps = 16/2354 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGACGCAGTACATGCCATTGTTTAGATCATGCTCGAGCTTACGATTAGTAAGTCAGCTT 60
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1675 ATGACGCAGTACATGCCATTGTTTAGATCATGTTCGAGCTTACGATTAGTAAGTCAGCTT 1734
Query 61 CATGCTCACCTACTTGTCACCGGTCGTCTCCGTCGTGACCCTCTTCCAGTGACGAAGCTC 120
||||||||||| || |||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||
Sbjct 1735 CATGCTCACCTCCTCGTCACCGGCCGTCTCCGTCGTGATCCTCTTCCTGTGACGAAGCTC 1794
Query 121 ATTGAATCATACGCTTTCATGGGTTCTCCAGATTCGTCTAGGCTCGTCTTTGAAGCTTTT 180
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1795 ATTGAATCATACGCTTTCATGGGTTCTCCAGATTCGTCTAGGCTCGTCTTTGAAGCTTTT 1854
Query 181 CCTTACCCTGATTCCTTCATGTACGGTGTTCTCATCAAATGCAACGTCTGGTGTCATTTA 240
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1855 CCTTACCCTGATTCCTTCATGTACGGTGTTCTCATCAAATGCAACGTCTGGTGTCATTTA 1914
Query 241 CTCGACGCCGCCATTGATCTGTACCATAGGTTGGTTTCGGAGACGACCCAAATCAGTAAG 300
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||
Sbjct 1915 CTCGACGCTGCCATTGATCTGTACCATAGGTTGGTTTCGGAGAAGACCCAGATCAGTAAG 1974
Query 301 TTTGTGTTTCCGTCTGTTTTGAGGGCTTGTGCGGGTTCGAGGGAGCATCTGAGTGTTGGT 360
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1975 TTTGTGTTTCCGTCTGTTTTAAGGGCTTGTGCGGGTTCGAGGGAGCATCTGAGTGTTGGT 2034
Query 361 GGGAAAGTCCATGGGAGAATTATCAAGGGCGGTGTAGACGACGACGCTGTGATAGAGACG 420
|||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2035 AGGAAAGTCCATGGGAGGATTATTAAGAGCGGTGTAGACGACGACGCTGTGATAGAGACG 2094
Query 421 TCTCTGTTGTGTATGTATGGTCAAACTGGGAATTTAAGTGATGCAGAGAAGGTGTTCGAT 480
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2095 TCTCTGTTGTGTATGTATGGTCAAACGGGGAATTTAAGTGATGCAGAGAAGGTGTTCGAT 2154
Query 481 GGAATGCCTGTGAGAGACCTTGTGGCTTGGAGTACTCTTGTTTCTAGCTGTCTCGAGAAT 540
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2155 GGAATGCCTGTGAGAGATCTTGTGGCTTGGAGTACTCTTGTTTCTAGCTGTCTCGAGAAT 2214
Query 541 GGTGAGGTGGTGAAAGCATTGAGGATGTTTAAGTGTATGGTGGATGATGGTGTTGAGCCC 600
||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2215 GGTGAGGTGTTGAAAGCATTGCGGATGTTTAAGTGTATGGTGGATGATGGTGTTGAGCCC 2274
Query 601 GATGCTGTGACGATGATCAGCGTTGTAGAAGGATGTGCTGAGCTTGGATGTTTGAGGATC 660
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2275 GATGCTGTGACGATGATCAGCATTGTAGAAGGATGTGCTGAGCTTGGATGTTTGAGGATT 2334
Query 661 GCTAGATCAGTTCATGGCCAGATAACGAGGAAAATGTTTGATTTAGATGAAACATTATGC 720
||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||
Sbjct 2335 GCTAGGTCAGTCCATGGACAGATAACGAGGAAAATGTTTGATTTTGATGAAACACTGTGT 2394
Query 721 AATTCTCTGCTTACAATGTACAGTAAGTGTGGGGATTTGCTTAGCTCGGAGAGAATCTTT 780
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2395 AATTCTTTGCTTACAATGTACAGTAAGTGTGGGGATTTGCTTAGCTCGGAGAAAATCTTT 2454
Query 781 GAGAAGATCGCCAAGAAGAATGCTGTTTCGTGGACAGCCATGATTTCTAGTTACAACCGT 840
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||
Sbjct 2455 GAGAAGATCGCCAAGAAGAACGCTGTTTCGTGGACAGCTATGATTTCTAGTTACAATCGT 2514
Query 841 GGCGAGTTCTCTGAAAAGGCATTGAGAAGTTTCAGTGAGATGATAAAGTCTGGAATTGAG 900
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||
Sbjct 2515 GGCGAGTTCTCTGAAAAGGCATTGAGAAGTTTCAGTGAGATGTTAAAATCTGGAATTGAG 2574
Query 901 CCTAATTTGGTTACCCTTTATAGTGTTTTGAGCTCTTGTGGTTTGATA-GGGTTGATTAG 959
|| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||| | |||||||||||
Sbjct 2575 CCGAATTTGGTTACGCTTTATAGCATTTTGAGCTCTTGTGGATTGA-ACGGGTTGATTAG 2633
Query 960 AGAAGGTAAGTCGGTCCATGGTTTTGCAGTTAGACGAGAGCTGGATCCGAATTACGAGTC 1019
|||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2634 AGAAGGCAAGTCGGTCCATGGTTTTGCAATTAGACGAGAGCTGGATCCGAACTACGAGTC 2693
Query 1020 GCTTTCTCTGGCCTTAGTTGAGCTGTACGCTGAATGCGGGAAACTAAGCGACTGTGAGAC 1079
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||
Sbjct 2694 GCTTTCTCCGGCCTTAGTTGAGCTGTACGCTGAATGCGGGAGACTCAGTGACTGTGAGAC 2753
Query 1080 AGTTTTACGTGTGGTTAGTGATAGAAATATTGTCGC-ATGGAACTCTCTTATATCTCTAT 1138
| || ||| ||||||| |||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2754 AATTCTACATGTGGTTGGTGATAGAAATATTGT-GTTATGGAACTCTCATATATCTCTAT 2812
Query 1139 ATGCACACAGAGGTATGGTGATTCAAGCATTGGGCTTGTTTAGACAGATGGTGACACAGA 1198
||||||||||||||||||||||| | |||||| |||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2813 ATGCACACAGAGGTATGGTGATTGAGGCATTGTACTTGTTTAGACAGATGGTGACATGGC 2872
Query 1199 GAATAAAACCAGACGCATTCACTTTGGCCAGC-TCAATCTCAGCATGCGAGAATGCTGGT 1257
|||||||||| ||| ||||||||||||| ||| | |||||| |||||||||||| |||||
Sbjct 2873 GAATAAAACCGGACTCATTCACTTTGGCAAGCAT-AATCTCTGCATGCGAGAATACTGGT 2931
Query 1258 TTAGTTCCG-CTAGGGAAACAGATTCACGGACATGTTATAAGGACAGATGTTTCAGATGA 1316
||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||
Sbjct 2932 TTAGT-CCGGCTAGGGAAACAGATTCACGGACATGTTATAAGGACGGATGTTTCGGATGA 2990
Query 1317 GTTTGTGCAGAACTCGTTGATAGACATGTACTCTAAAAGCGGATCTGTGGATTCAGCAAG 1376
||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||| |||| |
Sbjct 2991 GTTTGTGCAAAACTCGGTGATAGACATGTATTCTAAAAGCGGATTTGTAAATTTAGCATG 3050
Query 1377 CACAGTGTTTAATCAAATCAAGCATAGGAGCGTTGTGACATGGAACTCAATGCTCTGCGG 1436
|||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3051 CACAGTGTTTGATCAAATCAAGCATAGGAGCATTGTGACATGGAACTCAATGCTCTGCGG 3110
Query 1437 GTTTTCTCAGAATGGTAACTC-TGTAGAGGCAATTAGCCTCTTCGACTATATGTATCATA 1495
||||||||||||||||||||| | ||||||| |||| |||||||||||| |||||||||
Sbjct 3111 GTTTTCTCAGAATGGTAACTCCT-TAGAGGCGATTAATCTCTTCGACTATTTGTATCATA 3169
Query 1496 GCTATCTCGAGATGAATGAAGTTACATTTTTGGCGGTTATTCAAGCATGCTCAAGCATAG 1555
||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 3170 GCTGCCTCGAGATAAATGAGGTTACATTTTTGGCGGTTATTCAAGCGTGCTCAAGCATAG 3229
Query 1556 GTTCACTGGAGAAAGGGAAATGGGTTCACCACAAGCTCATTATTTCCGGTTTAAAGGATC 1615
|||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||| |||| |||||||||
Sbjct 3230 GTTCACTGGAGAAAGGGAGATGGGTTCATCACAAGCTCATCGTTTGCGGTATAAAGGATC 3289
Query 1616 TTTTCACTGATACAGCTCTAATCGACATGTATGCCAAATGTGGAGATCTCAACGCAGCTG 1675
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |
Sbjct 3290 TTTTTACTGATACAGCTCTAATCGACATGTATGCCAAATGTGGAGATCTCAACACAGCGG 3349
Query 1676 AAACAGTCTTCAGGGCCATGTCGAGTAGAAGCATTGTGTCATGGAGTAGTATGATCAATG 1735
|||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| || |
Sbjct 3350 AAACCGTCTTCAGGGCCATGTCGAATAGGAGCATTGTGTCATGGAGTAGTATGATAAACG 3409
Query 1736 CCTATGGAATGCACGGACGGATAGGATCCGCCATATCTACATTCAATCAAATGGTGGAAT 1795
| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3410 CGTATGGAATGCACGGACGGATAGGATCCACCATATCTACATTCAATCAAATGGTGGAAT 3469
Query 1796 CCGGAACGAAACCTAACGAAGTTGTCTTCATGAACGTTCTCTCTGCTTGTGGTCACTCTG 1855
||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3470 CCGGAACCAAACCTAACGAGGTTGTCTTCATGAACGTTCTCTCTGCTTGTGGTCACTCTG 3529
Query 1856 GTTCCGTTGAAGAAGGTAAGTACTACTTTAACTTGATGAAAAGT-TTTGGCGTATCACCA 1914
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||
Sbjct 3530 GTTCCGTTGAAGAAGGCAAGTACTACTTTAACTTGATGAAAT-TATTTGGCGTATCACCA 3588
Query 1915 AACTCAGAGCATTTCGCCTGTTTCATCGACCTTTTGAGCCGTTCTGGTGATCTCAAAGAA 1974
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3589 AACTCGGAGCATTTCGCCTGTTTCATCGACCTTTTGAGCCGTTCTGGTGATCTCAAAGAA 3648
Query 1975 GCATATAGAACCATCAAGGAGATGCCTTTTCTAGCTGATGCTTCAGTTTGGGGTTCTCTG 2034
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 3649 GCATATAGAACCATCAAGGAGATGCCTTTCCTAGCTGATGCTTCCGTTTGGGGTTCTCTG 3708
Query 2035 GTCAATGGATGCAGAATCCATCAGAAAATGGATATCATCAAAGCCATTAAAAACGATC-T 2093
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | |
Sbjct 3709 GTCAATGGATGCAGAATCCATCAGAAAATGGATATCATCAAAGCCATTAAAAATGA-CAT 3767
Query 2094 TTCGGATATTGTTACAGATGATACGGGATACTACACTCTCTTGTCCAATATATATGCTGA 2153
||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 3768 TTCGGATATTGTTACCGACGATACGGGATACTACACTCTTTTGTCCAATATATATGCTGA 3827
Query 2154 AGAAGGGGAATGGGAAGAATTCAGGAGACTGAGATCAGCTATGAAGAGTTCGAATCTTAA 2213
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||||| ||
Sbjct 3828 AGAAGGGGAATGGGAAGAATTCAGGAGAATGAGATCGGCTATGAAGAGTTTGAATCTCAA 3887
Query 2214 GAAAGTTCCTGGGTACAGCGCGATTGAGATTGATCAAAAAGTTTTCAGATTTGGAGCTGG 2273
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3888 GAAAGTTCCTGGGTACAGCGCGATTGAGATTGATAAAAAAGTTTTCAGATTTGGAGCTGG 3947
Query 2274 TGAAGAAAA-TCGTATCCAAACAGATGAAATCTATAGGTTTCTTGGAAATTTGCAGAATC 2332
||||||| | || |||||||||| || ||||| | ||||||||| ||||| |||||||
Sbjct 3948 GGAAGAAACCT-GTTTCCAAACAGAAGATATCTACATGTTTCTTGGGAATTTACAGAATC 4006
Query 2333 TAACGAATGAAGAA 2346
|||| |||||||
Sbjct 4007 TAACTCTTGAAGAA 4020
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 89054992810
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5