BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G69500.1
Length=1743
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg476077 jgi|Araly1|476077|fgenesh2_kg.2__1207__AT1G69500.1 2643 0.0
> Ahg476077 jgi|Araly1|476077|fgenesh2_kg.2__1207__AT1G69500.1
Length=1718
Score = 2643 bits (1431), Expect = 0.0
Identities = 1644/1743 (94%), Gaps = 29/1743 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 5 TTCAAAGAGGTAAAAAATGTCGTTGTGTTTGGTTATAGCTTGTATGGTAACATCATGGAT 64
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 TTCAAAGAGGTAAAAAATGTCGTTGTGTTTGGTTATAGCTTGTATGGTAACATCATGGAT 60
Query 65 CTTCTTACACCGATGGGGACAAAGAAACAAGAGTGGTCCAAAGACTTGGCCTTTGGTTGG 124
|||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 CTTCTTGCACCGATGGGGACAAAGGAACAAGAGTGGTCCAAAGACTTGGCCTTTGGTTGG 120
Query 125 AGCAGCGATCGAACAGTTAACTAATTTTGATCGAATGCATGATTGGCTCGTTGAGTATCT 184
||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 121 AGCCGCGATCGAACAGTTGACCAATTTTGATCGAATGCACGATTGGCTCGTTGAGTATCT 180
Query 185 TTATAACTCAAGAACAGTAGTGGTTCCAATGCCATTCACTACTTATACATACATAGCTGA 244
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 181 TTATAACTCAAGAACAGTAGTGGTTCCAATGCCATTCACCACTTATACATACATAGCTGA 240
Query 245 TCCCATCAACGTTGAATATGTCCTGAAAACAAACTTCTCCAATTACCCCAAGGGAGAGAC 304
||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 241 TCCCATCAATGTTGAATATGTCCTCAAAACCAACTTCTCCAATTACCCAAAGGGAGAGAC 300
Query 305 TTATCATTCTTATATGGAAG-TATTGTTGGGAGATGGGATTTTCAATTCTGATGGAGAGC 363
||| ||||| || ||||| | | || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 301 TTACCATTCATACATGGAGGTTCTT-TTGGGAGATGGGATTTTCAATTCAGATGGAGAGC 359
Query 364 TTTGGAGGAAACAGAGAAAAACCGCGAGTTTCGAATTTGCTTCCAAGAATCTTAGAGATT 423
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 360 TTTGGAGGAAACAGAGGAAAACCGCGAGTTTCGAATTTGCTTCCAAGAATCTCAGAGATT 419
Query 424 TTAGTACTGTAGTGTTTAAAGAGTATAGTCTTAAACTCTTCACTATCCTTTCCCAAGCAT 483
||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 420 TTAGTACTGTAGTGTTTAAAGAGTATAGTCTCAAGCTCTTCAATATCCTTTCCCAAGCAT 479
Query 484 CTTTCAAAGAGCAACAAGTAGATATGCAGGAATTGTTGATGAGAATGACTTTGGATTCAA 543
|||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || |
Sbjct 480 CTTTCAAAAACCAACAAGTAGATATGCAGGAATTGTTGTTGAGAATGACTTTGGACTCCA 539
Query 544 TATGTAAAGTGGGATTTGGTGTGGAGATAGGGACATTGGCTCCAGAGTTACCAGAGAATC 603
|||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 540 TATGTAAAGTTGGATTTGGTGTAGAGATAGGGACATTGGCTCCAGAGTTACCAGAGAATC 599
Query 604 ACTTTGCTAAGGCTTTTGATACCGCAAATATAATCGTAACACTTCGTTTCATAGATCCTC 663
|||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 600 ACTTTGCTAAGGCTTTCGATACCGCTAATATAATCGTAACACTTCGTTTCATAGATCCTC 659
Query 664 TTTGGAAGATGAAAAAGTTCCTTAACATAGGCTCTGAGGCATTGCTTGGTAAAAGCATAA 723
| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 660 TCTGGAAGTTGAAAAAGTTCCTTAACATAGGCTCTGAGGCATTGCTTGGTAAAAGCATAA 719
Query 724 AAGTAGTCAATGATTTCACCTATTCAGTCATAAGAAGAAGGAAAGCAGAGTTATTAGAGG 783
|||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 720 AAGTCGTCAATGATTTCACTTATTCAGTCATAAGAAGAAGGAAAGCAGAGTTATTAGAGG 779
Query 784 CACA-AATATCTCCTACcaacaacaacaacaacaacaacaacaaGGTGAAGCACGATATA 842
|||| || ||||||| || |||||||||| || ||||||||||||||||
Sbjct 780 CACAGAA-ATCTCCT----------AC--CAACAACAAC-AC--GGTGAAGCACGATATA 823
Query 843 CTCTCGAGGTTTATCGAGATCAGTGACGATCCAGATAGCAAAGAAACAGAGAAAAGCCTA 902
||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 824 CTCTCAAGGTTTATCGAGATCAGCGACGATCCAGATAGCAAAGAAACAGAGAAAAGCCTA 883
Query 903 AGAGATATTGTCCTCAACTTTGTAATAGCTGGAAGAGATACAACAGCAACAACTCTCACT 962
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 884 AGAGATATTGTCCTCAACTTTGTAATAGCTGGAAGAGATACAACAGCAACAACTGTCACT 943
Query 963 TGGGCTATATACATGATAATGATGAATGAAAATGTTGCTGAGAAACTATACTCAGAGCTA 1022
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 944 TGGGCTATATACATGATAATGATGAATGAAAATGTTGCTGAGAAACTATACTCAGAGCTA 1003
Query 1023 CAAGAACTCGAAAAAGAAAGCGCGGAAGC-GACTAATACATCGTTGCATCAATACGATAC 1081
|||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1004 AAAGAACTCGAAAAAGAAAGCGCAGAA-CAGACTAATACATCGTTGCATCAATACGATAC 1062
Query 1082 AGAGGATTTCAATTCCTTCAACGAGAAGGTAACAG-AATTCGCAGGACTATTGAACTACG 1140
||||||||||| |||||||||||||| |||||| | |||||||||||||| | |||||||
Sbjct 1063 AGAGGATTTCAGTTCCTTCAACGAGAGGGTAAC-GCAATTCGCAGGACTACTAAACTACG 1121
Query 1141 ATTCCTTAGGAAAACTTCACTACTTACATGCTGTGATCACAGAAACACTTCGTCTCTACC 1200
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1122 ATTCCTTAGGAAAACTTCACTACTTACATGCTGTGATAACAGAAACACTTCGTCTCTACC 1181
Query 1201 CTGCCGTTCCTCAGGATCCGAAAGGAGTATTAGAAGATGATATGTTACCAAATGGGACAA 1260
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1182 CTGCAGTTCCTCAGGATCCGAAAGGAGTATTAGAAGATGATATGTTACCAAATGGAACAA 1241
Query 1261 AAGTAAAAGCTGGAGGGATGGTCACATATGTACCTTACTCAATGGGTCGTATGGAATACA 1320
|||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1242 AAGTAAAAGCTGGAGGGATGGTTACATATGTGCCTTACTCAATGGGTCGTATGGAATACA 1301
Query 1321 ATTGGGGATCAGATGCAGCATTGTTTAAACCCGAAAGATGGCTTAAAGATGGAGTCTTTC 1380
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1302 ACTGGGGATCAGATGCAGCATTGTTTAAACCCGAAAGATGGCTTAAAGATGGAATCTTTC 1361
Query 1381 AAAATGCATCACCATTCAAGTTCACAGCTTTTCAGGCTGGACCAAGGATATGTTTGGGAA 1440
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1362 AGAATGCATCACCATTCAAGTTCACAGCTTTTCAGGCTGGACCAAGGATATGTTTGGGAA 1421
Query 1441 AGGATTCAGCTTATCTGCAAATGAAGATGGCAATGGCAATACTTTGCAGATTCTATAAGT 1500
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1422 AGGATTCAGCTTATCTTCAAATGAAGATGGCAATGGCAATACTTTGCAGATTCTATAAGT 1481
Query 1501 TTCATTTGGTGCCAAATCATCCTGTCAAGTATCGGATGATGACGATCTTATCCATGGCTC 1560
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1482 TTCATTTGGTGCCAAATCATCCTGTCAAGTATCGGATGATGACGATCTTATCCATGGCTC 1541
Query 1561 ATGGCTTGAAGGTTACTGTATCCAGACGTTCATAGACACACACACaaaaaaaaaaaaaaa 1620
|||| |||||||||||||||||||||||||| || | | | | |||||||||||||||
Sbjct 1542 ATGGTTTGAAGGTTACTGTATCCAGACGTTCGGAGGGAAAAAAA-AAAAAAAAAAAAAAA 1600
Query 1621 CTATACAAAGTCAAATCCATTTGAAATGATCCAAGAAGAGATATAATTAAAATCTTTATA 1680
|||||| ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||
Sbjct 1601 CTATACGAAGTCAAATCCATGTGAAATGTTCCAAGAAGAGATATAA--A---TCTTTATA 1655
Query 1681 ACTATCTTGTTCTAAAACTTCTCCATAAGATAAATTTTATAGATCAAACAACAATTGTGA 1740
||||| ||||||| ||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1656 ACTATTTTGTTCTCAAACTACTCAATAAGATCGATTTTATAGATCAAACAACAATTGTGA 1715
Query 1741 GGC 1743
|||
Sbjct 1716 GGC 1718
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 65400950665
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5