BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G69710.1
Length=3501
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg476103 jgi|Araly1|476103|fgenesh2_kg.2__1233__AT1G69710.1 5192 0.0
> Ahg476103 jgi|Araly1|476103|fgenesh2_kg.2__1233__AT1G69710.1
Length=3214
Score = 5192 bits (2811), Expect = 0.0
Identities = 3087/3220 (96%), Gaps = 19/3220 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 293 ATGGCTGATTCCTTGAGAACTAGTTTCTCTGAGAGAGACGTTGAACAGGCCATTACGTCA 352
||||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGGCTGATTCCTCGAGAATTAGTCTCTCTGAGAGAGACGTTGAACAGGCCATTACGTCG 60
Query 353 CTTAAGAAAGGGTCTTACTTGTTGAAATATGGACGTAGAGGGAAGCCTAAGTTTTGTCCA 412
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 61 CTTAAGAAAGGGTCTTACTTGTTGAAATATGGACGTAGAGGGAAGCCCAAGTTTTGTCCA 120
Query 413 TTCCAGCTCACAAGTGACGAGTCTGCATTAGTATGGTACTCTGGCAAAGAAGAGAAGCAG 472
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 TTCCAGCTAACAAGTGACGAGTCTGCATTAGTATGGTACTCTGGCAAAGAAGAGAAGCAG 180
Query 473 ATTAAACTGAGTCAAGTCCTGAGAATTGTTCCTGGACAACGCACGCCTACATTTAAGAGA 532
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 181 ATTAAGCTGAGTCAAGTCCTGAGAATTGTTCCTGGACAACGCACGTCTACATTTAAGAGA 240
Query 533 TATCCACGCCCCGAGAAAGAGTATCAGTCATTCTCCCTCATATGTCCTGACAGGTCGTTG 592
|||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||
Sbjct 241 TATCCACGCCCCGAGAAAGAGTATCAGTCATTTTCGCTCATATGTCCTGACAGGTCCTTG 300
Query 593 GATTTGATATGTAAAGACAAAGATGAAGCAGAAGTTTGGGTTGTTGGTTTGAAGTCATTG 652
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 GATTTGATATGTAAAGACAAAGATGAAGCAGAAGTTTGGGTTGTTGGTTTGAAGTCATTG 360
Query 653 ATTACTCGGGTAAAAGTCTCCAAATGGAAAACCACTATTAAACCTGAGATCACTTCAGCG 712
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 361 ATTACTCGGGTAAAAGTCTCCAAATGGAAAAACACTATTAAACCTGAGATCACTTCGGCG 420
Query 713 GAATGTCCAACCCCTCATGCACGAAGAGTGTCTCCATTTGTAACAATTCTTGATCAAGTT 772
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 GAATGTCCAACCCCTCATGCACGAAGAGTGTCTCCATTTGTAACAATTCTTGATCAAGTT 480
Query 773 ATTCAACCCTCTAATGAGACTTCTACACAAACTCGGTTGGGAAAAGTGTTTTCTGACATT 832
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 481 ATTCAACCCTCTAATGAGACTTCTACACAAACCCGGTTGGGGAAAGTGTTTTCTGACATT 540
Query 833 GTTGCAATAACTGCACCCCCCAGTAACAATAATCAAACAGAAGCCAGTGGCAACCTCTTC 892
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| |||
Sbjct 541 GTTTCAATAACTGCACCCCCCAGTAACAATAATCAAACAGAAACCAGTGCCAACCTTTTC 600
Query 893 TGTCCATTTTCTCCGACTCCAGCAAACGTAGAAAATTCAAATTTACGATTCTCGACCAAT 952
|||||||||||||||||||| | ||| || |||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 601 TGTCCATTTTCTCCGACTCCGGTAAATGTTGAAAATTCAAGTTTACGATTCTCGACCAAT 660
Query 953 GACCCATTTCGGCTCAGTCTATCTAGCGCTGTGAGCACCTCTAGCCATGGTTCATATCAC 1012
||| || ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 GACTCAATTCGGCTCAGTCTATCTAGCGCTGTCAGCACCTCTAGCCATGGTTCATATCAC 720
Query 1013 GAAGACTTTGATGCCTTAGGTGATGTTTTTGTCTGGGGTGAATCTATAAGTGATGGTGTA 1072
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 721 GAAGACTTTGATGCCTTAGGTGATGTTTTTGTCTGGGGTGAATCTATATGTGATGGTGTA 780
Query 1073 CTTAGCGGTACTGGAAATTCATTGAACTCCACGACAGAGGATGCCCTTTTACCAAAAGCA 1132
|||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 CTTACCGGCACTGGGAATTCATTGAACTCCACGACAGAGGATGCCCTTTTACCAAAAGCA 840
Query 1133 TTAGAATCAACAATAGTACTTGATGCCCAAAACATTGCATGTGGTAAATGTCATGCGGTT 1192
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 841 TTAGAATCAACTATAGTACTTGATGCCCAAAACATTGCATGTGGTAAATGTCATGCGGTT 900
Query 1193 TTAGTTACTAAACAAGGAGAGATCTTCAGCTGGGGTGAGGGAAAAGGTGGAAAGCTAGGA 1252
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 901 ATAGTTACCAAACAAGGAGAGATCTTCAGCTGGGGTGAGGGAAAAGGTGGAAAGCTAGGA 960
Query 1253 CATGGCTTAGAAACAGACGCCCAAAAACCAAAGTTCATTAGTAGTGTCAGAGGATTGGGT 1312
||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 961 CATGGCTTAGAAACAGACGTCCAACAACCAAAGTTCATTAGTAGTGTCAGAGGATTGGGT 1020
Query 1313 TTCAAATCTTTAGCCTGCGGAGATTTCCATACATGCGCTATTACTCAATCTGGTGATCTT 1372
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1021 TTCAAATCTTTAGCCTGCGGAGATTTCCATACATGCGCTATTACTCAATCTGGTGATCTT 1080
Query 1373 TACAGTTGGGGTGATGGCACTCATAACGTCGATTTGCTTGGGCATGGGAATGAATCCAGC 1432
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1081 TACAGTTGGGGTGATGGCACTCATAATGTCGATTTGCTTGGGCACGGGAATGAATCCAGC 1140
Query 1433 TGCTGGATTCCAAAGAGAGTGACTGGTGACTTACAGGGACTGTATGTATCAGATGTCGCT 1492
||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1141 TGCTGGATTCCCAAGAGAGTGACTGGTGCCTTACAGGGACTGTATGTATCATATGTCGCT 1200
Query 1493 TGCGGTCCCTGGCATACAGCAGTAGTTGCATCATCAGGCCAGTTGTTTACGTTTGGAGAT 1552
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1201 TGCGGTCCCTGGCATACAGCAGTAGTTGCATCATCAGGCCAGTTGTTCACGTTTGGAGAT 1260
Query 1553 GGAACTTTTGGTGCTCTGGGTCATGGAGACCGGAGAAGCACAAGTGTTCCACGTGAAGTT 1612
||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1261 GGATCTTTTGGCGCTCTGGGTCATGGAGACCGGAGAAGCACAAGTGTTCCCCGTGAAGTT 1320
Query 1613 GAAAGCCTAATTGGACTAATAGTAACAAAGGTTGCTTGTGGCGTTTGGCATACAGCTGCA 1672
||| ||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1321 AAAATCCTAAGTGGACTAATAGTAACGAAGGTTGCGTGTGGCGTTTGGCATACAGCTGCA 1380
Query 1673 GTGGTAGAAGTGACAAATGAAGCATCTGAGGCAGAAGTTGACTCTTCACGCGGGCAAGTC 1732
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1381 CTGGTAGAAGTGACAAATGAAGCATCTGAGGCAGAAGTTGGCTCTTCACGCGGGCAAGTC 1440
Query 1733 TTCACATGGGGGGATGGCGAGAAAGGCCAGCTTGGTCATGGTGACAATGATACAAAACTA 1792
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||
Sbjct 1441 TTCACATGGGGGGATGGCGAGAAAGGCCAGCTTGGTCATGGTGACAATGATGCACAACTA 1500
Query 1793 CTTCCCGAGTGTGTAATTTCATTGACGAATGAAAATATCTGCCAAGTTGCCTGCGGACAT 1852
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1501 CTTCCCGAGTGTGTAATTTCATTGTCGAATGAAAATATCTGCCAAGTTGCCTGCGGACAT 1560
Query 1853 AGTCTCACTGTTTCTCGTACATCCAGAGGACATGTGTATACAATGGGTAGCACGGCTTAT 1912
|||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1561 AGTCTCACGGTTTCTCTTACATCCACAGGACATGTGTATACAATGGGTAGCACGGCTTAT 1620
Query 1913 GGACAGCTTGGTAATCCTACCGCCAAGGGAAATTTTCCTGAACGTGTTGAAGGAGACATT 1972
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1621 GGACAGCTTGGTAATCCTACCGCCAAGGGAAACTTTCCTGCACGTGTTGAAGGAGACATA 1680
Query 1973 GTAGAGGCTTCTGTGGAGGAGATTGCATGTGGTTCTTATCATGTTGCAGTTTTGACATCT 2032
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1681 GTAGAGGCTTCTGTGGAGGAGATTGCGTGTGGTTCTTATCATGTTGCAGTTTTGACATCT 1740
Query 2033 AAATCAGAAATTTACACATGGGGAAAGGGATTAAATGGCCAGTTAGGCCATGGAAACGTT 2092
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||
Sbjct 1741 AAATCAGAAATTTACACATGGGGAAAGGGATTAAATGGCCAGTTAGGCCATGGAACCATT 1800
Query 2093 GAGAACAAAAGAGAACCTGCGGTTGTGGGTTTTCTGAGAGAAAAACAAGTGAAGGCTATA 2152
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||
Sbjct 1801 GAGAACAAAAGAGAACCTGCGGTTGTGGGTTTTCTGAAAGAAAAGCAAGTGAAGGCTATA 1860
Query 2153 ACATGTGGATCAAACTTTACTGCTGTGATTTGTGTTCACAAATGGGTACCTGGCTCTGAA 2212
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1861 ACATGTGGATCAAACTTTACTGCTGTGATTTGTGTTCACAAATGGGTACCTGGCTCTGAA 1920
Query 2213 CATTCTCTATGTGCTGGTTGCCGCAATCCCTTCAACTTTAGAAGAAAACGCCACAACTGT 2272
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1921 CATTCTCTATGTGCTGGTTGCCGCAATCCCTTCAACTTTAGAAGAAAACGCCACAACTGT 1980
Query 2273 TACAACTGTGGTCTGGTATTTTGTAAAGTATGCAGTAGTAGGAAGTCTCTGCGAGCTGCT 2332
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1981 TACAACTGTGGTCTGGTATTTTGTAAAGTATGCAGCAGTAGGAAGTCTCTGAGAGCTGCT 2040
Query 2333 CTGGCACCTGACATGAACAAACCATATCGAGTGTGTTACGGATGTTTCACCAAGCTGAAA 2392
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2041 CTGGCACCTGATATGAACAAACCATATCGAGTGTGTTACGGATGTTTTACCAAGCTGAAA 2100
Query 2393 AAGTCGAGAGAATCATCTCCTTCTACGCCAACTTCACGGACCAGAAAACTTTTGAACATG 2452
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2101 AAGTCGAGAGAATCATCTCCTTCTACGCCAACTTCACGGGCCAGAAAACTTTTGAACATG 2160
Query 2453 CGGAAATCGACAGATGTTTCAGAAAGAGACAGCTTAACTCAAAAGTTCCTCTCAGTGAAC 2512
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |
Sbjct 2161 CGGAAATCGACAGATGTTTCAGAAAGAGACAGCTTAACTCAAAAGTTCCTCTCAGCGCAT 2220
Query 2513 GCCAGACTATCGTCTGCTGACTCTTCATTGCATTACAGTGAAAGAAGGCACCACAGACGA 2572
|||||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2221 GCCAGAATATCGTCTGCTGACTCTTTATTGCATTACGGTGAAAGAAGGCACCACAGACGA 2280
Query 2573 GACTTAAAACCGGAAGTAAATAACAGTAATGTCTTCCCTTCCATGAATGGCAGTTTACAG 2632
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2281 GACTTAAAACCGGAAGTAAATAACAGTAATGTCTTCCCTTCCATGAATGGCAGTTTACAG 2340
Query 2633 CCCGTTGGTTCGCCATTTTCCAAAGGATCAACAGCTTTGCCTAAAATCCCCAAGAATATG 2692
| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2341 CTTGTTGGTTCGCCATTATCCAAAGGATCAACAGCTTTGCCTAAAATTCCCAAGAATATG 2400
Query 2693 ATGGTTAAAATTCCTGGTTCCGGAATGAGCTCTCGCACAACATCCCCAGTTTCAGTAAAG 2752
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2401 ATGGTTAAAATTCCTGGTTCAGGAATGAGCTCTCGCACAACATCCCCAGTTTCAGTAAAG 2460
Query 2753 TCAACTAGTCCACGTCGATCTTATGAAGTAGCAGCTGCAGAATCTAAACAATTAAAAGAC 2812
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||
Sbjct 2461 TCAACTAGTCCACGTCGATCTTATGAAGTAGCAGCTGCGGAATCTAAACAAATAAAAGAC 2520
Query 2813 AGTTTTAATCAAGATATGGCTGGTCTAAAGGAACAGGTAGAACAACTTGCTTCGAAAGCT 2872
||||||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||
Sbjct 2521 AGTTTTAGTCAAGATATGTCGGGTCTAAAGGAACAGGTAGAACAACTTACTTCCAAAACT 2580
Query 2873 CACCAACTTGAAGAGGAACTCGAAAAAACCAAAAGGCAGTTAAAAGTTGTGACTGCAATG 2932
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||
Sbjct 2581 CACCAACTTGAAGAGGAACTCGAAAAAACCAAAAGGCAGTTAAAAGTAGTCACTGCAATG 2640
Query 2933 GCAGCAGATGAAGCAGAGGAAAATAGATCTGCAAAGGAGGTTATAAGATCTCTAACCACT 2992
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||
Sbjct 2641 GCAGCAGATGAAGCAGAAGAAAATAGATCTGCAAAGGAGGTTATTAGATCTCTCACCACT 2700
Query 2993 CAGTTGAAGGAAATGGCAGAAAAACAATCTCAAAAGGATAG-TATTAGCACTAACTCAAA 3051
||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||
Sbjct 2701 CAGTTGAAGGAAATGGCTGAAAGACAATCTCAAAAGGAT-GCTATTAGCACCAACTCAAA 2759
Query 3052 GCACACAGACAAAGAGAAATCAGAGACTGTAACTCAGACTAGTAACCAAACACATATAAG 3111
|| |||||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2760 GCGCACAGACAAAGAGACATCAGAGA-T--AACTCAGACTAGTAACCAAACACATATAAG 2816
Query 3112 AAGCATGGTTTCTCAAGATAGTCAAAATGAGAACAATCTAACAAGTAAGAGCTTCGCTAA 3171
||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2817 AAGCATGGTTTCTCATGATAGTCAACATGAGAACAATCTAACAAGTAGGAGCTTCGCTAA 2876
Query 3172 TGGGCATAGGAAACAGAATGATAAACCAGAAAAGGTTGTGCAAGACGAACCAGGAGTGTA 3231
||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2877 TGGGCATAGGAAACAGAATGAGAAACCAGAAAGGGTTGTGCAAGACGAACCAGGAGTGTA 2936
Query 3232 TTTAACGTTGTTGTCTTTACCTGGTGGTGGTACTGAACTCAAGCGTGTTCGCTTCAGCCG 3291
|||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||
Sbjct 2937 TTTAACATTGTTGGCTTTACCTGGTGGTGGTACTGAACTCAAGCGTGTCCGGTTCAGCCG 2996
Query 3292 GAAACAATTTACCGAAGAACAAGCGGAGAAGTGGTGGGGTGAAAATGGAGCTAAAGTGTG 3351
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2997 GAAACAATTTACCGAAGAACAAGCGGAGAAGTGGTGGGGTGAAAATGGAGCTAAAGTGTG 3056
Query 3352 TGAGCGCCACAACATTCTAGTTTCTTAGGACTCCTATGTCTTCTTCAATAGA-A-TAAA- 3408
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| | ||||
Sbjct 3057 TGAGCGCCACAACATTCTAGTTTCTTAGGACTCCT--GTCTTCTCCAATAGAGAATAAAA 3114
Query 3409 -TAGAGA--CA--TGGATGCAGATTTT-TAT-TT--GGAACATGATGTTTTTCTGTTGTT 3459
|||||| || |||||||||||||| | | || ||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 3115 ATAGAGAAACACATGGATGCAGATTTTATTTGTTTTGGAACATGATGTTTTTCTGCTGTT 3174
Query 3460 CATAGaaaaaaaTGTTTGATGTAAATTATATATTTCATTC 3499
|||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||
Sbjct 3175 CATAGAAAAAAATGTTTGTTGTAAATTATATATTTAATTC 3214
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 132212008602
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5