BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G70070.1
Length=3564
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg476131 jgi|Araly1|476131|fgenesh2_kg.2__1261__AT1G70070.1 5688 0.0
> Ahg476131 jgi|Araly1|476131|fgenesh2_kg.2__1261__AT1G70070.1
Length=3571
Score = 5688 bits (3080), Expect = 0.0
Identities = 3425/3585 (96%), Gaps = 49/3585 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 15 aaaaaaaaaTCAAATCTTGAAATGCCCTGAAAACATGAACACTCTTCCCGTCGtctctct 74
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1 AAAAAAAAATCAAATCTTGAAATGCTCTGAAAACATGAATACTCTTCCCGTCGTCTCTCT 60
Query 75 cacagcttcttcttcc---ttcaaattcttccattttccttctctgcaccgttctctctc 131
|||| | ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 CACACCGTCTTCTTCCTTGTTCAAATTCTTCCATTTTCCTTCTCTGCACCGTTCTCTCTC 120
Query 132 tcattccCCAAACTTCTCCTTCACCAAATCCCTTATCCTCAATCCAAACCACCTCTCCTT 191
|||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 121 TCATTCCCCAAACTTCTCTTTCACCAAAACCCTAATCCTCAATCCAAACCAACTCTCCTT 180
Query 192 CAAATCCACCTTAAATTCTCTTTCACCGTCTCAGTCTCAGCTCT---------ACGAGga 242
||||||| | ||||||||||| |||||||| ||||||||||||| | |||||
Sbjct 181 CAAATCCTCTTTAAATTCTCTCTCACCGTCGCAGTCTCAGCTCTCCGAAGAGGAAGAGGA 240
Query 243 aga--a-gacgac---------gaagaagaagaagaagaagacgaagaT---GATGATGA 287
||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||
Sbjct 241 AGACGACGACGACGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGACGAAGATGACGATGACGA 300
Query 288 CGAAGCTGCTGACGAATACGACAATATCTCCGATGAAATTCGGAATAGCGATGACGACGA 347
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || || || | | |||
Sbjct 301 CGAAGCTGCAGACGAATACGACAATATCTCCGATGAAATT-GG--TA---AT-A-G-CGA 351
Query 348 CGACGATGAAGAAACCGAATTCTCCGTGGATTTGCCGAC---GGAATCAGCTCGGGAACG 404
|||||||||||||||||| ||||| |||||||| || || ||||||||||||||||||
Sbjct 352 CGACGATGAAGAAACCGAGTTCTCGGTGGATTTACCAACGGAGGAATCAGCTCGGGAACG 411
Query 405 AGTGGAGTTCCGGTGGCAGAGAGTGGAGAAGCTTCGTAGTCTTGTTAGAGATTTTGGTGT 464
||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 412 AGTCGAGTTCCGGTGGCAGAGAGTTGAGAAGCTTCGTAGTCTTGTTCGAGATTTTGGTGT 471
Query 465 TGAGATGATTGATATCGATGAACTCATTTCAATCTACGATTTTCGAATCGACAAGTTTCA 524
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 472 TGAGATGATTGATATCGATGAACTCATTTCCATCTACGATTTTCGAATCGACAAGTTTCA 531
Query 525 GAGATTGGCTATTGAAGCTTTTCTTAGAGGTTCTTCTGTTGTGGTTTCTGCTCCGACTAG 584
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||
Sbjct 532 GAGATTGGCTATTGAAGCTTTTCTTAGAGGTTCTTCTGTGGTGGTTTCTGCTCCAACGAG 591
Query 585 TAGTGGCAAGACTTTGATTGCTGAAGCTGCTGCTGTTTCCACGGTGGCTAAAGGTCGCCG 644
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | || |||||||||||||| ||
Sbjct 592 TAGTGGCAAGACTTTGATTGCTGAAGCAGCTGCTGTTGCTACAGTGGCTAAAGGTCGTCG 651
Query 645 GTTGTTCTACACTACACCTCTTAAAGCACTCTCTAATCAGAAGTTTCGTGAGTTTAGGGA 704
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 652 GTTGTTCTATACTACACCTCTTAAAGCACTCTCTAATCAGAAGTTTCGTGAGTTTAGGGA 711
Query 705 GACATTTGGGGATGATAATGTTGGTCTACTCACAGGTGACTCTGCTATTAACAAAGATGC 764
||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||
Sbjct 712 GACATTTGGCGACGATAATGTTGGTCTACTCACAGGTGACTCTGCTATCAATAAGGATGC 771
Query 765 TCAGATTGTGATTATGACTACAGAGATTCTCCGTAACATGTTGTATCAAAGTGTTGGAAT 824
|||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 772 TCAGATTGTGATCATGACTACAGAGATTCTCCGGAACATGTTGTATCAAAGTGTTGGAAT 831
Query 825 GGCTTCTTCAGGAACTGGACTTTTTCATGTTGATGCCATTGTTTTGGATGAGGTTCACTA 884
||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||
Sbjct 832 GGCTTCTTCAGGAACTGGACTGTTTCATGTTGATGCTATTGTTTTGGATGAGGTTCATTA 891
Query 885 TTTAAGTGATATATCTAGGGGAACTGTGTGGGAAGAGA-TAGTCATTTATTGTCCAAAGG 943
||||||||| || |||||||||||||||||||| |||| | ||||||||||| || ||||
Sbjct 892 TTTAAGTGACATTTCTAGGGGAACTGTGTGGGAGGAGACT-GTCATTTATTGCCCGAAGG 950
Query 944 AGGTTCAACTTATATGCCTATCAGCTACAGTTGCAAATCCGGATGAATTAGCTGGTTGGA 1003
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||
Sbjct 951 AGGTTCAACTTATATGCTTATCAGCTACAGTTGCAAACCCAGATGAATTAGCTGGTTGGA 1010
Query 1004 TTGGTGAGATACATGGTAAAACTGAGTTGGTAACATCGACAAGACGCCCAGTTCCATTAA 1063
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1011 TTGGTGAGATACATGGTAAAACTGAGTTGGTAACATCGACAAGACGCCCAGTTCCATTAA 1070
Query 1064 CTTGGTACTTTTCAACAAAACATTCTTTATTACCTCTGCTTGATGAGAAAGGGATAAACG 1123
|||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| |
Sbjct 1071 CTTGGTACTTCTCAACAAAACATTCTTTATTACCCCTGCTTGATGAGAAAGGGACAAATG 1130
Query 1124 TGAATAGGAAGCTTTCTCTCAATTATTTGCAACTGTCTGCCTCAGAAGCTAGATTCCGTG 1183
| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1131 TTAATAGGAAGCTGTCTCTCAATTATTTGCAACTGTCTGCCTCAGAAGCTAGATTCCGTG 1190
Query 1184 ATGATGATGACGGGTATAGGAAAAGGAGGTCAAAGAAACGAG-G-AGGTGATACCAGCTA 1241
|||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||| | |||||||||||||||
Sbjct 1191 ATGATGATGACGGGTACAGGAAAAGGAGGTCAAA-AAA-GAGAGTAGGTGATACCAGCTA 1248
Query 1242 CAACAACCTTGTGAACGTAACTGATTATCCTCTTTCAAAGAATGAGATAAACAAGATTCG 1301
||||| |||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1249 CAACAGCCTTGTGAACATTACTGATTATCCTCTTTCAAAGAATGAGATAAACAAGATTCG 1308
Query 1302 TCGATCACAGGTACCTCAAATTAGCGACACATTATGGCATCTCCAGGGGAAAAATATGTT 1361
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1309 CCGATCACAGGTACCTCAAATTAGCGACACATTATGGCATCTCCAGGGGAAAGATATGTT 1368
Query 1362 ACCAGCGATATGGTTCATTTTTAACCGTAGAGGATGTGATGCAGCTGTACAGTATGTTGA 1421
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1369 ACCAGCTATATGGTTCATTTTTAACCGTAGAGGATGTGATGCAGCTGTACAGTATGTTGA 1428
Query 1422 AAATTTTCAGCTTTTAGATGATTGCGAGAAGAGTGAGGTTGAGTTGGCCTTGAAGAAGTT 1481
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1429 AAATTTTCAGCTTTTAGATGATTGCGAGAAGAGTGAGGTTGAGTTGGCATTGAAGAAGTT 1488
Query 1482 TCGCGTTCTTTATCCAGATGCAGTGAGAGAGAGTGCAGAGAAAGGACTGCTTAGGGGAAT 1541
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1489 TCGCGTTCTTTATCCAGATGCAGTGAGAGAGAGTGCAGAGAAAGGACTGCTTAGGGGAAT 1548
Query 1542 TGCTGCTCATCATGCAGGTTGTCTACCTCTTTGGAAATCTTTCATTGAGGAACTTTTTCA 1601
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1549 TGCTGCTCATCATGCAGGTTGTCTACCTCTTTGGAAATCTTTCATTGAGGAACTGTTTCA 1608
Query 1602 GCGAGGACTTGTTAAGGTTGTCTTTGCTACTGAGACACTTGCTGCTGGAATAAACATGCC 1661
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1609 GCGAGGACTTGTTAAGGTTGTCTTTGCTACTGAGACACTTGCTGCTGGAATAAACATGCC 1668
Query 1662 GGCTAGAACGGCTGTTATCTCGTCTCTTTCAAAAAAGGCTGGTAATGAACGAATAGAGTT 1721
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1669 GGCTAGAACGGCTGTTATCTCGTCTCTAACAAAAAAGGCTGGTAATGAACGAATACAGTT 1728
Query 1722 GGGTCCTAACGAATTGTACCAGATGGCTGGGCGTGCTGGACGCAGAGGCATCGATGAAAA 1781
||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1729 GGGTCCTAACGAATTGTTCCAGATGGCTGGACGTGCTGGACGCAGAGGCATTGATGAAAA 1788
Query 1782 GGGCTACACTGTGCTGGTTCAGACTGCTTTTGAAGGCGCTGAAGAGTGCTGCAAACTTGT 1841
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1789 GGGCTACACTGTGCTGGTTCAGACTGCTTTTGAAGGCGCTGAAGAGTGCTGCAAACTTGT 1848
Query 1842 CTTTGCTGGAGTTAAACCTCTCGTGTCACAATTTACTGCTTCATATGGCATGGTACTGAA 1901
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1849 CTTTGCTGGAGTTAAACCTCTCGTGTCACAATTTACTGCTTCATATGGCATGGTGCTGAA 1908
Query 1902 TCTGGTAGCTGGTTCAAAAGTTACTCGTAAATCAAGTGGAACTGAGGCCGGGAAAGTCTT 1961
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1909 TCTGGTAGCTGGTTCAAAAGTTACTCGTAAATCAAGTGGAACTGAGGCCGGGAAAGTCTT 1968
Query 1962 ACAAGCAGGGAGAAGTCTGGAAGAAGCCAAGAAATTAGTTGAGAAGAGTTTTGGAAACTA 2021
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1969 ACAAGCAGGGAGAAGTCTGGAAGAAGCCAAGAAATTAGTTGAGAAGAGTTTTGGAAACTA 2028
Query 2022 TGTGAGCAGCAATGTGACGGTTGCTGCGAAGCAGGAACTTGCTGAAATCGACAATAAGAT 2081
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | |||||
Sbjct 2029 TGTGAGCAGCAATGTGACGGTTGCTGCGAAGGAGGAACTTGCTGAAATCGACCAGAAGAT 2088
Query 2082 CGAGATTCTGTCATCTGAAATAAGTGATGAAGCAATAGATAAGAAGAGTAGGAAACTTCT 2141
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2089 CGAGATTCTGTCATCTGAAATAAGCGATGAAGCAATAGATAAGAAGAGTAGGAAACTTCT 2148
Query 2142 TTCAGCGAGGGATTACAAGGAGATCACTGTACTTAAAGAAGAGCTACGGGAAGAGAAACG 2201
|||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2149 TTCAGCGAGGGACTACAAGGAGATCACTGAACTTAAAGAAGAGCTACGGGAAGAGAAACG 2208
Query 2202 CAAGCGTGCTGAACAACGAAGAAGAATGGAACTCGAAAGGTTCTTAGCTCTAAAACCGCT 2261
||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2209 CAAGCGTGCTGAAGTACGAAGAAGAATGGAACTCGCAAGGTTCTCAGCTCTAAAACCGCT 2268
Query 2262 CTTAAAAGGGATGGAAGAGGGGAACTTACCATTTATTTGTTTGGAGTTCAAGGATTCTGA 2321
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2269 CTTAAAAGGGATGGAAGAGGGGAACTTACCATTTATTTGTTTGGAGTTCAAGGATTCTGA 2328
Query 2322 AGGGAGGGAGCAGTCAGTCCCTGCTGTTTACTTGGGGCATATTGATTCATTTCAGGGTTC 2381
|| |||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2329 AGAGAGGCAGCAGTCAGTCCCTGCTGTTTACTTGGGACATATTGATTCATTTCAGGGTTC 2388
Query 2382 CAAACTTCAGAAGATGATGTCTTTGGATGAGTCTTTTGCGTTAAACTTAATCGAGGATGA 2441
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2389 CAAACTTCAGAAGATGATGTCTTTGGATGAGTCTTTTGCGTTAAACGTAATCGAGGATGA 2448
Query 2442 GCTGGCGGCTGATGAACCTGGAAAGCCTAATGTTAAACCGTCTTACTATGTGGCCCTTGG 2501
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2449 GCCGGCGGCTGATGAACCTGGAAAGCCTAATGTTAAACCGTCTTACTATGTGGCCCTTGG 2508
Query 2502 CTCTGATAACTCATGGTATCTCTTTACTGAGAAGTGGGTTAGGACTGTCTACAGAACTGG 2561
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2509 CTCTGATAACTCATGGTATCTCTTTACTGAGAAGTGGGTTAGGACTGTCTACAGAACTGG 2568
Query 2562 TTTCCCTAACATTGCTCTAGCGCTTGGAGATGCTTTGCCTCGAGAAATCATGAAGAATCT 2621
||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2569 TTTTCCTAACATTTCTCTAGCGCTTGGAGATGCTTTGCCTCGAGAAATCATGAAGACTCT 2628
Query 2622 CCTGGATAAAGCAGATATGCAGTGGGATAAACTAGCTGAATCTGAACTTGGAAGTTTGTG 2681
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2629 CCTGGATAAAGCAGATATGCAGTGGGATAAACTAGCTGAATCTGAACTTGGAAGTTTGTG 2688
Query 2682 GAGATTGGAAGGATCTCTAGAGACATGGTCCTGGAGTTTAAACGTACCTGTCCTAAGCAG 2741
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2689 GAGATTGGAAGGATCTCTAGAGACATGGTCCTGGAGTTTAAACGTACCTGTCCTAAGCAG 2748
Query 2742 CCTTTCTGACGAAGATGAGGTGTTACATATGTCCGAAGAGTATGATAACGCGGCGCAAAA 2801
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || || |
Sbjct 2749 CCTTTCTGACGAAGATGAGGTGTTACATATGTCTGAAGAGTATGATAACGCGACGGAACA 2808
Query 2802 ATACAAGGAACAAAGGAGCAAAA-T-TTCGCGTTTGAAGAAGAAGATGTCCCGGTCAGAA 2859
|||||||||||||||||| |||| | || |||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2809 ATACAAGGAACAAAGGAG-AAAAGTGTTT-CGTTTGAAGAAGAAGATGTCCCGGTCAGCA 2866
Query 2860 GGGTTCAGAGAATATAAGAAAATTCTAGAGAATGCTAACTTGACGGTTGAGAAGATGAAA 2919
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2867 GGGTTCAGAGAATATAAGAAAATTCTAGAGAATGCTAACTTGACGGTTGAGAAGATGAAA 2926
Query 2920 CGGCTCAAGGCGAGATCGAGACGCCTTATAAACCGTTTAGAGCAGATTGAACCGTCTGGT 2979
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2927 CGGCTCAAGGCGAGATCAAGACGCCTTATAAACCGTTTAGAGCAGATCGAACCGTCTGGT 2986
Query 2980 TGGAAAGATTTCATGCGCATAAGCAACGTGATTCACGAAAGCAGAGCATTGGACATTAAT 3039
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2987 TGGAAAGATTTCATGCGCATAAGCAACGTGATTCACGAAAGCAGAGCATTGGACATTAAC 3046
Query 3040 ACACACTTGATATTTCCTCTGGGAGAAACAGCTGCTGCAATCCGAGGAGAAAACGAGCTT 3099
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3047 ACACACTTGATATTTCCTCTGGGAGAAACAGCTGCTGCAATCCGAGGAGAAAACGAGCTT 3106
Query 3100 TGGCTTGCAATGGTGTTGCGGAACAAAGCCCTGGTGGATCTCAAGCCTCCTCAACTAGCT 3159
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 3107 TGGCTTGCAATGGTGCTGCGGAACAAAGCCCTGGTGGATCTCAATCCTCCTCAACTAGCT 3166
Query 3160 GGTGTATGTGCAAGTTTAGTTTCAGAAGGCATAAAAGTTCGACCTTGGAGAGACAACAAC 3219
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3167 GGTGTATGTGCAAGTTTAGTTTCGGAAGGCATAAAAGTTCGACCTTGGAGAGACAACAAC 3226
Query 3220 TATATTTACGAGCCATCTGATACAGTAGTAGACATGGTCAATTTCTTAGAAGACCAAAGA 3279
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 3227 TATATTTACGAGCCATCTGATACAGTAGTAGACATGGTTAATTTCTTAGAAGACCAAAGA 3286
Query 3280 AGCTCTCTTATAAAGCTTCAAGAGAAGCACGAGGTTATGATTCCATGTTGTCTGGACGTT 3339
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||
Sbjct 3287 ATCTCTCTTATAAAGCTTCAAGAGAAGCACGAGGTTATGATTCCATGTTGTTTAGACGTT 3346
Query 3340 CAGTTCTCTGGTATGGTTGAAGCTTGGGCTTCTGGATTAAGTTGGAAAGAAATGATGATG 3399
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3347 CAGTTCTCTGGTATGGTTGAAGCGTGGGCTTCTGGATTAAGTTGGAAAGAAATGATGATG 3406
Query 3400 GAATGTGCAATGGACGAAGGCGATCTTGCTCGCCTGTTACGACGCACAATTGATCTCTTA 3459
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3407 GAATGTGCAATGGACGAAGGCGATCTTGCTCGCCTGTTACGACGCACAATTGATCTCTTA 3466
Query 3460 GCTCAGATTCCTAAGTTGCCTGATATTGACCCAGTCCTGCAACGTAGTGCAGCAGCTGCA 3519
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3467 GCTCAGATTCCAAAGTTGCCTGATATTGACCCAGTCCTGCAACGTAGTGCAGCAGCTGCA 3526
Query 3520 GCAGATATCATGGACCGTCCACCAATTAGTGAGCTTGCCGGTTAA 3564
||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 3527 GCAGACATCATGGACCGTCCCCCAATCAGTGAGCTTGCCGGTTAA 3571
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 134609635701
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5