BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT1G70160.1 Length=1966 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg476140 jgi|Araly1|476140|fgenesh2_kg.2__1270__AT1G70160.1 2976 0.0 Ahg899799 jgi|Araly1|899799|Al_scaffold_0004_449 516 3e-145 Ahg351537 jgi|Araly1|351537|fgenesh1_pg.C_scaffold_6002130 484 8e-136 Ahg926519 jgi|Araly1|926519|scaffold_202080.1 446 4e-124 > Ahg476140 jgi|Araly1|476140|fgenesh2_kg.2__1270__AT1G70160.1 Length=1957 Score = 2976 bits (1611), Expect = 0.0 Identities = 1864/1979 (94%), Gaps = 46/1979 (2%) Strand=Plus/Plus Query 4 GTCGATTTCTTCCACATCCAAAACTAACTCAATATTTTATCTCCCCCAAAGTCCAATTTT 63 ||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 1 GTCTATTTCTTCCACATCCAAAACT-A---AATATTTTATCTCCCACAAAGTCCAATTTT 56 Query 64 CC--AAAAAATCCAA-A-ACACACAGAGAG---aaaaaa-aaCTGAAACATCCCAAATGG 115 || ||||||||||| | ||| | |||||| |||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 57 CCAAAAAAAATCCAATACACAGAGAGAGAGAAAAAAAAATAACTGAAACATCCCAAATGG 116 Query 116 ATCATCATCTTCAACCATAACAACACGAAACCCTTCTTCTCCAAAATCCCCAAAACCTTG 175 |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 117 ---ATCATCTTCAACCATAACAACACGAAACCC-TCTTCTCCAAAATCCCCAAAATCTTG 172 Query 176 AAACAAAGTCTCAAAATTTCACTTCGTGGAT-CCGAATGTCTCAGAACCCATCACTCTTC 234 |||||||||||||||| ||| || ||| |||||||||||| ||| ||||| ||||| Sbjct 173 AAACAAAGTCTCAAAA--TCA--TC--CGATCCCGAATGTCTCAAAACTCATCATTCTTC 226 Query 235 TTCCTCTTATG------TCTAGGGTTAGGTTTTTGCGTTGACCTGGGTCAATCCCTGAAA 288 ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||| Sbjct 227 TTCCTCTTATGTCTTCTTCTAGGGTTAGGTTTTTGCGTTGACCTAGGTCAAT-CCTTAAA 285 Query 289 G-TTCCTTTCAGCGTTAACGATGTTCTTCCGATGCTACCTCGTCAAGTCTCATGGCCTGT 347 | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| Sbjct 286 GCTTCCTTTTAGCGTTAACGATGTTCTTCCGATGCTACCTCGCCAAGTCTCGTGGCCTGT 345 Query 348 TTTGAACAGTTTCCACAACGCTGTGGATTTGTTGCCGGTTTTTATTGGGTCAGTTACTCC 407 ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| |||||||| Sbjct 346 TTTGAACAGTTTCCACAACGCTGTGGATTTGTTACCGGTCTTTATCGGGTCTGTTACTCC 405 Query 408 TAATAATGTATCTATTGAGTGGAAAGGTGCTTGCTTTAATGGTAATGAAGCTCGTCTTGA 467 ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 406 TAATAATGTGTCTATTGAGTGGAAAGGTGCTTGCTTTAATGGTAATGAAGCTCGTCTCGA 465 Query 468 TATCACCGGTAGTGATCGTGACGTCCCTGGACTTGGTGGTGGTGTTCTTCATCTCAAAAC 527 ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 466 TATCACCGGTAGTGATCGTGACGTCCCTGGACTCGGTGGTGGTGTTCTTCATCTCAAAAC 525 Query 528 ATCCAAGGCACATAGCTTGACATGTATGGATCTTTATGTGTTTGCAACGCCATACAGGAT 587 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 526 GTCCAAGGCACATAGCTTGACATGTATGGATCTTTATGTGTTTGCAACGCCTTACAGGAT 585 Query 588 CACTTGGGACTACTATTTCTCTGCTAGAGATCATACTTTGAACTTTGATTCTTGGGAAGA 647 ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 586 CACTTGGGACTACTATTTCTCTGCTCGAGATCATACTTTGAACTTTGATTCTTGGGAAGA 645 Query 648 GAAAGCTGAATTGGAATATGTGAAGGAGCATGGCGTTTCAGTGTTTCTAATGCCATCAGG 707 ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 646 GAAAGCTGAATTGGAATATGTGAAGGAGCATGGAGTTTCAGTGTTTCTAATGCCATCAGG 705 Query 708 AATGCTTGGGACGTTGCTATCTTTGATTGATGTGTTACCTCTTTTCTCCAATACTGCTTG 767 |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 706 AATGCTTGGGACGTTGCTTTCGATGATTGATGTGTTACCTCTTTTCTCCAATACTGCTTG 765 Query 768 GGGACAGAATGCGAATTTGGCGTTCTTGACGAAACATATGGGTGCTACCTTTGAGAAACG 827 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 766 GGGACAGAATGCGAATTTGGCGTTCTTGACGAAACATATGGGTGCTACGTTTGAGAAACG 825 Query 828 GTCTCAACCTTGGCGGTCAATGATTAACCCAGAAGATGTGCATTCTGGTGATTTCTTGGC 887 ||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| || ||||||||||| Sbjct 826 GTCTCAACCTTGGCGGTCAATGATTAATCCGGAAGATGTGCATTCCGGCGATTTCTTGGC 885 Query 888 GGTGTCGAAGATTCGAGGTAGATGGGGTGGTTTTGAGACGTTAGAGAAATGGGTGACTGG 947 |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 886 GGTGTCAAAGATTCGAGGTAGATGGGGTGGTTTTGAGACGTTAGAGAAATGGGTGACTGG 945 Query 948 GGCTTTTGCTGGTCATACTGCTGTTTGTTTGAAGGATGATTTGGGGAATCTTTGGGTTGG 1007 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 946 GGCTTTTGCTGGTCATACTGCTGTTTGTTTGAAGGATGATTTGGGGAATCTTTGGGTTGG 1005 Query 1008 TGAATCAGGACATGAGAACGAAAAGGGTGAAGAAATCATTGTTGTGATCCCTTGGGATGA 1067 |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 1006 TGAATCGGGACATGAGAACGAAAAGGGTGAAGAAATCATTGTTGTGATTCCTTGGGATGA 1065 Query 1068 ATGGTGGGAGCTGACTTTGAAGGATAATTCAAATCCTCAAGTAGCTTTGCTTCCTCTACA 1127 ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || Sbjct 1066 ATGGTGGGATCTGACGTTGAAGGATAATTCAAATCCTCAAGTTGCTTTGCTTCCTCTCCA 1125 Query 1128 TCCTGATATCCGGGCAAAGTTCAACAATACTGCTGCGTGGGAATATGCACGGAGTATGTT 1187 ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| Sbjct 1126 TCCCAATATCCGGGCAAAGTTCAACAATACTGCTGCGTGGGAATATGCCCGGAGCATGTT 1185 Query 1188 GGGCAAACCGTATGGATATCACAACATGATATTCAGCTGGATCGACACTCTAGGCGATAA 1247 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1186 GGGCAAACCGTATGGATATCACAACATGATATTCAGCTGGATCGACACTCTAGGCGATAA 1245 Query 1248 CTACCCCCCTCCCCTTGATGCTCACTTGGTTATTTCTGTCATGTCTATGTGGACTCGTGT 1307 |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1246 CTACCCACCTCCCCTTGATGCTCACTTGGTTATTTCTGTCATGTCTATGTGGACTCGTGT 1305 Query 1308 ACAACCTGCATATGCTGCTAATATGTGGAACGAGGCACTTAATAAACGACTCGGTACTGA 1367 |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 1306 ACAACCCGCATATGCTGCAAATATGTGGAACGAGGCACTGAATAAACGACTCGGTACTGA 1365 Query 1368 GGATCTGGATTTGTATGGGATACTTGAAGAAACAGCGAGGCGTGGAATGTCATTTGATGA 1427 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 1366 GGATCTGGATTTGTATGGGATACTTGAAGAAACAGCGAGGCGTGGAATGTCATTCGATGA 1425 Query 1428 GTTACTCACCATCCCTGAACAGGATGAGTGGGTTTATAGCGACGGTAAATCGACAACATG 1487 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||| Sbjct 1426 ATTACTCACCATCCCTGAACAGGATGAGTGGGTTTATAGTGACGGGAAATCAACAACATG 1485 Query 1488 TGTTGCTTTCATCCTTGCAATGTACAAAGCTGCTGGTATATTCGACCCTCTCGCTGATCA 1547 |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| ||||||||||||||| Sbjct 1486 TGTTGCTTTCATCCTTGCAATGTACAAAGCCGCTGGTGTATTCGGCCCTCTCGCTGATCA 1545 Query 1548 CATTCAAGTCACTGAATTCACTATCCGAGATGCGTACACTCTGAAGTTATTTGAGTCTAA 1607 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1546 CATTCAAGTCACTGAATTCACTATCCGAGATGCGTACACTCTGAAGTTATTTGAGTCTAA 1605 Query 1608 CCAGACTCGGTTACCGAGTTGGTGCAACACCGAGGAAGGGAAGCTTGACTTCTGTCAAAT 1667 |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| || Sbjct 1606 CCAGACTCGGCTACCGAGTTGGTGCAACACAGAGGAAGAGAAGCTTGACTTCTGTCAGAT 1665 Query 1668 TCTAGGTGAATACAGAATGGAGTTACCTGGTTATAACACCATTTACCCATATCCAAACAT 1727 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 1666 TCTAGGTGAATACAGAATGGAGTTACCTGGTTATAACACCATTGACCCATATCCAAACAT 1725 Query 1728 GAACCAGAATTGTCCTTCTTTACCTCCTAATTATGAGAGACCTTCTAAGTGTTAGCAAAG 1787 |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 1726 GAACCAGAATTGCCCTTCTTTGCCTCCTAATTATGAGAGGCCTTCTAAGTGTTAGCAAAA 1785 Query 1788 TTA--A-TTAACATGTATGTCTATCTCTCTCCCTCTGTCTGTTTGTGTTTGTATACTTTT 1844 ||| | ||||||||||||||| ||||||| | |||||||||||||||||||||||| Sbjct 1786 TTATTAATTAACATGTATGTCT--CTCTCTC--T--GTCTGTTTGTGTTTGTATACTTTT 1839 Query 1845 GGTTTATATATTTAAGCTTACCCTTTTAGTTAGAGGGAAAGTAAACCACGTTTTTAGTAC 1904 ||||||| |||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 1840 GGTTTAT-TATTTAAGTTTACCCTTTTGGTTAGAGGGAAAGTAAACCACGTTTTAAGTAC 1898 Query 1905 AATCTTC-GTG--TG--AATATATTATATGATGCTCTTATCATATTCAATGTTATCTCC 1958 |||||| ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1899 AATCTTGTGTGAATGTGAATATATTATATGATGCTCTTATCATATTCAATGTTATCTCC 1957 > Ahg899799 jgi|Araly1|899799|Al_scaffold_0004_449 Length=342 Score = 516 bits (279), Expect = 3e-145 Identities = 321/342 (94%), Gaps = 0/342 (0%) Strand=Plus/Plus Query 1348 AATAAACGACTCGGTACTGAGGATCTGGATTTGTATGGGATACTTGAAGAAACAGCGAGG 1407 ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1 AATAAACGACTCGGTACTGAGGATCTGAATTTGTGTGGGATACTTGAAGAAACAGCGAGG 60 Query 1408 CGTGGAATGTCATTTGATGAGTTACTCACCATCCCTGAACAGGATGAGTGGGTTTATAGC 1467 |||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 61 CGTGGAATTTCATTCGATGAATTACTCACCATCCCTGAACAGGATGAATGGGTTTATAGT 120 Query 1468 GACGGTAAATCGACAACATGTGTTGCTTTCATCCTTGCAATGTACAAAGCTGCTGGTATA 1527 ||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || Sbjct 121 GACGGGAAATCAACATCATGTGTTGCTTTCATCCTTGCAATGTACAAAGCCGCTGGTGTA 180 Query 1528 TTCGACCCTCTCGCTGATCACATTCAAGTCACTGAATTCACTATCCGAGATGCGTACACT 1587 |||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 181 TTCGGCCCTCTCGCTAATCACATTCAAGTCATTGAATTCACTATCCGAGATGCGTACACT 240 Query 1588 CTGAAGTTATTTGAGTCTAACCAGACTCGGTTACCGAGTTGGTGCAACACCGAGGAAGGG 1647 | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| | Sbjct 241 CCGAAGTTATTTGAGTCTAACCAGACTCGACTACCGAGTTGGTGCAACACAGAGGAAGAG 300 Query 1648 AAGCTTGACTTCTGTCAAATTCTAGGTGAATACAGAATGGAG 1689 ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 301 AAGCTTGACTTCTGTCATATTCTAGGTGAATACAGAATGGAG 342 > Ahg351537 jgi|Araly1|351537|fgenesh1_pg.C_scaffold_6002130 Length=441 Score = 484 bits (262), Expect = 8e-136 Identities = 304/325 (94%), Gaps = 0/325 (0%) Strand=Plus/Plus Query 1367 AGGATCTGGATTTGTATGGGATACTTGAAGAAACAGCGAGGCGTGGAATGTCATTTGATG 1426 ||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 101 AGGATCTAAATTTGTGTGGGATACTTGAAGAAATAGCGAGGCGTGGAATGTCATTCGATG 160 Query 1427 AGTTACTCACCATCCCTGAACAGGATGAGTGGGTTTATAGCGACGGTAAATCGACAACAT 1486 | |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||| ||| Sbjct 161 AATTACTCACCATCCCTGAACAGGATGAATGGGTTTATAGTGACGGGAAATCAACAGCAT 220 Query 1487 GTGTTGCTTTCATCCTTGCAATGTACAAAGCTGCTGGTATATTCGACCCTCTCGCTGATC 1546 ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| |||||||||| ||| Sbjct 221 GTGTTGCTTTCATCCTTGCAATGTACAAAGCCGCTGGTGTATTCGGCCCTCTCGCTAATC 280 Query 1547 ACATTCAAGTCACTGAATTCACTATCCGAGATGCGTACACTCTGAAGTTATTTGAGTCTA 1606 |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 281 ACATTCAAGTCACTGAATTCACGATCCGAGATGCGTACACTCCGAAGTTATTTGAGTCTA 340 Query 1607 ACCAGACTCGGTTACCGAGTTGGTGCAACACCGAGGAAGGGAAGCTTGACTTCTGTCAAA 1666 ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| | Sbjct 341 ACCAGACTCGGCTACCGAGTTGGTGCAACACAGAGGAAGAGAAGCTTGACTTCTGTCAGA 400 Query 1667 TTCTAGGTGAATACAGAATGGAGTT 1691 ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 401 TTCTAGGTGAATACAGAATGGAGTT 425 > Ahg926519 jgi|Araly1|926519|scaffold_202080.1 Length=334 Score = 446 bits (241), Expect = 4e-124 Identities = 280/299 (94%), Gaps = 2/299 (1%) Strand=Plus/Plus Query 1394 AAGAAACAGCGAGGCGTGGAATGTCATTTGATGAGTTACTCACCATCCCTGAACAGGATG 1453 |||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1 AAGAAACAGCGAGGCGTGGAATGTCATTCGATGAATTACTCACCATCCCTGAACAGGATG 60 Query 1454 AGTGGGTTTATAGCGACG-GTAAATCGACAACATGTGTTGCTTTCATCCTTGCAATGTAC 1512 | ||||||||||| |||| | ||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 61 AATGGGTTTATAGTGACGAG-AAATCAACAGCATGTGTTGCTTTCATCCTTGAAATGTAC 119 Query 1513 AAAGCTGCTGGTATATTCGACCCTCTCGCTGATCACATTCAAGTCACTGAATTCACTATC 1572 ||||| |||||| |||||| |||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 120 AAAGCCGCTGGTGTATTCGGCCCTCTCGCTAATAACATTCAAGTCACTGAATTCACTATC 179 Query 1573 CGAGATGCGTACACTCTGAAGTTATTTGAGTCTAACCAGACTCGGTTACCGAGTTGGTGC 1632 |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 180 CGAGATGCGTACACTCCGAAGTTATTTGAGTCTAACCAGACTCGGCTACCGAGTTGGTGC 239 Query 1633 AACACCGAGGAAGGGAAGCTTGACTTCTGTCAAATTCTAGGTGAATACAGAATGGAGTT 1691 ||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 240 AACACAGAGGAAGAGAAGCTTGACTTCTGTCAGATTCTAGGTGAATACAGAATGGAGTT 298 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 73895075300 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5