BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G70160.1
Length=1966
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg476140 jgi|Araly1|476140|fgenesh2_kg.2__1270__AT1G70160.1 2976 0.0
Ahg899799 jgi|Araly1|899799|Al_scaffold_0004_449 516 3e-145
Ahg351537 jgi|Araly1|351537|fgenesh1_pg.C_scaffold_6002130 484 8e-136
Ahg926519 jgi|Araly1|926519|scaffold_202080.1 446 4e-124
> Ahg476140 jgi|Araly1|476140|fgenesh2_kg.2__1270__AT1G70160.1
Length=1957
Score = 2976 bits (1611), Expect = 0.0
Identities = 1864/1979 (94%), Gaps = 46/1979 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 4 GTCGATTTCTTCCACATCCAAAACTAACTCAATATTTTATCTCCCCCAAAGTCCAATTTT 63
||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1 GTCTATTTCTTCCACATCCAAAACT-A---AATATTTTATCTCCCACAAAGTCCAATTTT 56
Query 64 CC--AAAAAATCCAA-A-ACACACAGAGAG---aaaaaa-aaCTGAAACATCCCAAATGG 115
|| ||||||||||| | ||| | |||||| |||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 57 CCAAAAAAAATCCAATACACAGAGAGAGAGAAAAAAAAATAACTGAAACATCCCAAATGG 116
Query 116 ATCATCATCTTCAACCATAACAACACGAAACCCTTCTTCTCCAAAATCCCCAAAACCTTG 175
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 117 ---ATCATCTTCAACCATAACAACACGAAACCC-TCTTCTCCAAAATCCCCAAAATCTTG 172
Query 176 AAACAAAGTCTCAAAATTTCACTTCGTGGAT-CCGAATGTCTCAGAACCCATCACTCTTC 234
|||||||||||||||| ||| || ||| |||||||||||| ||| ||||| |||||
Sbjct 173 AAACAAAGTCTCAAAA--TCA--TC--CGATCCCGAATGTCTCAAAACTCATCATTCTTC 226
Query 235 TTCCTCTTATG------TCTAGGGTTAGGTTTTTGCGTTGACCTGGGTCAATCCCTGAAA 288
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||
Sbjct 227 TTCCTCTTATGTCTTCTTCTAGGGTTAGGTTTTTGCGTTGACCTAGGTCAAT-CCTTAAA 285
Query 289 G-TTCCTTTCAGCGTTAACGATGTTCTTCCGATGCTACCTCGTCAAGTCTCATGGCCTGT 347
| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||
Sbjct 286 GCTTCCTTTTAGCGTTAACGATGTTCTTCCGATGCTACCTCGCCAAGTCTCGTGGCCTGT 345
Query 348 TTTGAACAGTTTCCACAACGCTGTGGATTTGTTGCCGGTTTTTATTGGGTCAGTTACTCC 407
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| ||||||||
Sbjct 346 TTTGAACAGTTTCCACAACGCTGTGGATTTGTTACCGGTCTTTATCGGGTCTGTTACTCC 405
Query 408 TAATAATGTATCTATTGAGTGGAAAGGTGCTTGCTTTAATGGTAATGAAGCTCGTCTTGA 467
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 406 TAATAATGTGTCTATTGAGTGGAAAGGTGCTTGCTTTAATGGTAATGAAGCTCGTCTCGA 465
Query 468 TATCACCGGTAGTGATCGTGACGTCCCTGGACTTGGTGGTGGTGTTCTTCATCTCAAAAC 527
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 466 TATCACCGGTAGTGATCGTGACGTCCCTGGACTCGGTGGTGGTGTTCTTCATCTCAAAAC 525
Query 528 ATCCAAGGCACATAGCTTGACATGTATGGATCTTTATGTGTTTGCAACGCCATACAGGAT 587
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 526 GTCCAAGGCACATAGCTTGACATGTATGGATCTTTATGTGTTTGCAACGCCTTACAGGAT 585
Query 588 CACTTGGGACTACTATTTCTCTGCTAGAGATCATACTTTGAACTTTGATTCTTGGGAAGA 647
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 586 CACTTGGGACTACTATTTCTCTGCTCGAGATCATACTTTGAACTTTGATTCTTGGGAAGA 645
Query 648 GAAAGCTGAATTGGAATATGTGAAGGAGCATGGCGTTTCAGTGTTTCTAATGCCATCAGG 707
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 646 GAAAGCTGAATTGGAATATGTGAAGGAGCATGGAGTTTCAGTGTTTCTAATGCCATCAGG 705
Query 708 AATGCTTGGGACGTTGCTATCTTTGATTGATGTGTTACCTCTTTTCTCCAATACTGCTTG 767
|||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 706 AATGCTTGGGACGTTGCTTTCGATGATTGATGTGTTACCTCTTTTCTCCAATACTGCTTG 765
Query 768 GGGACAGAATGCGAATTTGGCGTTCTTGACGAAACATATGGGTGCTACCTTTGAGAAACG 827
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 766 GGGACAGAATGCGAATTTGGCGTTCTTGACGAAACATATGGGTGCTACGTTTGAGAAACG 825
Query 828 GTCTCAACCTTGGCGGTCAATGATTAACCCAGAAGATGTGCATTCTGGTGATTTCTTGGC 887
||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| || |||||||||||
Sbjct 826 GTCTCAACCTTGGCGGTCAATGATTAATCCGGAAGATGTGCATTCCGGCGATTTCTTGGC 885
Query 888 GGTGTCGAAGATTCGAGGTAGATGGGGTGGTTTTGAGACGTTAGAGAAATGGGTGACTGG 947
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 886 GGTGTCAAAGATTCGAGGTAGATGGGGTGGTTTTGAGACGTTAGAGAAATGGGTGACTGG 945
Query 948 GGCTTTTGCTGGTCATACTGCTGTTTGTTTGAAGGATGATTTGGGGAATCTTTGGGTTGG 1007
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 946 GGCTTTTGCTGGTCATACTGCTGTTTGTTTGAAGGATGATTTGGGGAATCTTTGGGTTGG 1005
Query 1008 TGAATCAGGACATGAGAACGAAAAGGGTGAAGAAATCATTGTTGTGATCCCTTGGGATGA 1067
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1006 TGAATCGGGACATGAGAACGAAAAGGGTGAAGAAATCATTGTTGTGATTCCTTGGGATGA 1065
Query 1068 ATGGTGGGAGCTGACTTTGAAGGATAATTCAAATCCTCAAGTAGCTTTGCTTCCTCTACA 1127
||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||
Sbjct 1066 ATGGTGGGATCTGACGTTGAAGGATAATTCAAATCCTCAAGTTGCTTTGCTTCCTCTCCA 1125
Query 1128 TCCTGATATCCGGGCAAAGTTCAACAATACTGCTGCGTGGGAATATGCACGGAGTATGTT 1187
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 1126 TCCCAATATCCGGGCAAAGTTCAACAATACTGCTGCGTGGGAATATGCCCGGAGCATGTT 1185
Query 1188 GGGCAAACCGTATGGATATCACAACATGATATTCAGCTGGATCGACACTCTAGGCGATAA 1247
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1186 GGGCAAACCGTATGGATATCACAACATGATATTCAGCTGGATCGACACTCTAGGCGATAA 1245
Query 1248 CTACCCCCCTCCCCTTGATGCTCACTTGGTTATTTCTGTCATGTCTATGTGGACTCGTGT 1307
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1246 CTACCCACCTCCCCTTGATGCTCACTTGGTTATTTCTGTCATGTCTATGTGGACTCGTGT 1305
Query 1308 ACAACCTGCATATGCTGCTAATATGTGGAACGAGGCACTTAATAAACGACTCGGTACTGA 1367
|||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1306 ACAACCCGCATATGCTGCAAATATGTGGAACGAGGCACTGAATAAACGACTCGGTACTGA 1365
Query 1368 GGATCTGGATTTGTATGGGATACTTGAAGAAACAGCGAGGCGTGGAATGTCATTTGATGA 1427
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1366 GGATCTGGATTTGTATGGGATACTTGAAGAAACAGCGAGGCGTGGAATGTCATTCGATGA 1425
Query 1428 GTTACTCACCATCCCTGAACAGGATGAGTGGGTTTATAGCGACGGTAAATCGACAACATG 1487
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||
Sbjct 1426 ATTACTCACCATCCCTGAACAGGATGAGTGGGTTTATAGTGACGGGAAATCAACAACATG 1485
Query 1488 TGTTGCTTTCATCCTTGCAATGTACAAAGCTGCTGGTATATTCGACCCTCTCGCTGATCA 1547
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| |||||||||||||||
Sbjct 1486 TGTTGCTTTCATCCTTGCAATGTACAAAGCCGCTGGTGTATTCGGCCCTCTCGCTGATCA 1545
Query 1548 CATTCAAGTCACTGAATTCACTATCCGAGATGCGTACACTCTGAAGTTATTTGAGTCTAA 1607
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1546 CATTCAAGTCACTGAATTCACTATCCGAGATGCGTACACTCTGAAGTTATTTGAGTCTAA 1605
Query 1608 CCAGACTCGGTTACCGAGTTGGTGCAACACCGAGGAAGGGAAGCTTGACTTCTGTCAAAT 1667
|||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||
Sbjct 1606 CCAGACTCGGCTACCGAGTTGGTGCAACACAGAGGAAGAGAAGCTTGACTTCTGTCAGAT 1665
Query 1668 TCTAGGTGAATACAGAATGGAGTTACCTGGTTATAACACCATTTACCCATATCCAAACAT 1727
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1666 TCTAGGTGAATACAGAATGGAGTTACCTGGTTATAACACCATTGACCCATATCCAAACAT 1725
Query 1728 GAACCAGAATTGTCCTTCTTTACCTCCTAATTATGAGAGACCTTCTAAGTGTTAGCAAAG 1787
|||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1726 GAACCAGAATTGCCCTTCTTTGCCTCCTAATTATGAGAGGCCTTCTAAGTGTTAGCAAAA 1785
Query 1788 TTA--A-TTAACATGTATGTCTATCTCTCTCCCTCTGTCTGTTTGTGTTTGTATACTTTT 1844
||| | ||||||||||||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1786 TTATTAATTAACATGTATGTCT--CTCTCTC--T--GTCTGTTTGTGTTTGTATACTTTT 1839
Query 1845 GGTTTATATATTTAAGCTTACCCTTTTAGTTAGAGGGAAAGTAAACCACGTTTTTAGTAC 1904
||||||| |||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1840 GGTTTAT-TATTTAAGTTTACCCTTTTGGTTAGAGGGAAAGTAAACCACGTTTTAAGTAC 1898
Query 1905 AATCTTC-GTG--TG--AATATATTATATGATGCTCTTATCATATTCAATGTTATCTCC 1958
|||||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1899 AATCTTGTGTGAATGTGAATATATTATATGATGCTCTTATCATATTCAATGTTATCTCC 1957
> Ahg899799 jgi|Araly1|899799|Al_scaffold_0004_449
Length=342
Score = 516 bits (279), Expect = 3e-145
Identities = 321/342 (94%), Gaps = 0/342 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1348 AATAAACGACTCGGTACTGAGGATCTGGATTTGTATGGGATACTTGAAGAAACAGCGAGG 1407
||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 AATAAACGACTCGGTACTGAGGATCTGAATTTGTGTGGGATACTTGAAGAAACAGCGAGG 60
Query 1408 CGTGGAATGTCATTTGATGAGTTACTCACCATCCCTGAACAGGATGAGTGGGTTTATAGC 1467
|||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 61 CGTGGAATTTCATTCGATGAATTACTCACCATCCCTGAACAGGATGAATGGGTTTATAGT 120
Query 1468 GACGGTAAATCGACAACATGTGTTGCTTTCATCCTTGCAATGTACAAAGCTGCTGGTATA 1527
||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||
Sbjct 121 GACGGGAAATCAACATCATGTGTTGCTTTCATCCTTGCAATGTACAAAGCCGCTGGTGTA 180
Query 1528 TTCGACCCTCTCGCTGATCACATTCAAGTCACTGAATTCACTATCCGAGATGCGTACACT 1587
|||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 TTCGGCCCTCTCGCTAATCACATTCAAGTCATTGAATTCACTATCCGAGATGCGTACACT 240
Query 1588 CTGAAGTTATTTGAGTCTAACCAGACTCGGTTACCGAGTTGGTGCAACACCGAGGAAGGG 1647
| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| |
Sbjct 241 CCGAAGTTATTTGAGTCTAACCAGACTCGACTACCGAGTTGGTGCAACACAGAGGAAGAG 300
Query 1648 AAGCTTGACTTCTGTCAAATTCTAGGTGAATACAGAATGGAG 1689
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 AAGCTTGACTTCTGTCATATTCTAGGTGAATACAGAATGGAG 342
> Ahg351537 jgi|Araly1|351537|fgenesh1_pg.C_scaffold_6002130
Length=441
Score = 484 bits (262), Expect = 8e-136
Identities = 304/325 (94%), Gaps = 0/325 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1367 AGGATCTGGATTTGTATGGGATACTTGAAGAAACAGCGAGGCGTGGAATGTCATTTGATG 1426
||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 101 AGGATCTAAATTTGTGTGGGATACTTGAAGAAATAGCGAGGCGTGGAATGTCATTCGATG 160
Query 1427 AGTTACTCACCATCCCTGAACAGGATGAGTGGGTTTATAGCGACGGTAAATCGACAACAT 1486
| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||| |||
Sbjct 161 AATTACTCACCATCCCTGAACAGGATGAATGGGTTTATAGTGACGGGAAATCAACAGCAT 220
Query 1487 GTGTTGCTTTCATCCTTGCAATGTACAAAGCTGCTGGTATATTCGACCCTCTCGCTGATC 1546
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| |||||||||| |||
Sbjct 221 GTGTTGCTTTCATCCTTGCAATGTACAAAGCCGCTGGTGTATTCGGCCCTCTCGCTAATC 280
Query 1547 ACATTCAAGTCACTGAATTCACTATCCGAGATGCGTACACTCTGAAGTTATTTGAGTCTA 1606
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 281 ACATTCAAGTCACTGAATTCACGATCCGAGATGCGTACACTCCGAAGTTATTTGAGTCTA 340
Query 1607 ACCAGACTCGGTTACCGAGTTGGTGCAACACCGAGGAAGGGAAGCTTGACTTCTGTCAAA 1666
||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| |
Sbjct 341 ACCAGACTCGGCTACCGAGTTGGTGCAACACAGAGGAAGAGAAGCTTGACTTCTGTCAGA 400
Query 1667 TTCTAGGTGAATACAGAATGGAGTT 1691
|||||||||||||||||||||||||
Sbjct 401 TTCTAGGTGAATACAGAATGGAGTT 425
> Ahg926519 jgi|Araly1|926519|scaffold_202080.1
Length=334
Score = 446 bits (241), Expect = 4e-124
Identities = 280/299 (94%), Gaps = 2/299 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1394 AAGAAACAGCGAGGCGTGGAATGTCATTTGATGAGTTACTCACCATCCCTGAACAGGATG 1453
|||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 AAGAAACAGCGAGGCGTGGAATGTCATTCGATGAATTACTCACCATCCCTGAACAGGATG 60
Query 1454 AGTGGGTTTATAGCGACG-GTAAATCGACAACATGTGTTGCTTTCATCCTTGCAATGTAC 1512
| ||||||||||| |||| | ||||| ||| ||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 61 AATGGGTTTATAGTGACGAG-AAATCAACAGCATGTGTTGCTTTCATCCTTGAAATGTAC 119
Query 1513 AAAGCTGCTGGTATATTCGACCCTCTCGCTGATCACATTCAAGTCACTGAATTCACTATC 1572
||||| |||||| |||||| |||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 120 AAAGCCGCTGGTGTATTCGGCCCTCTCGCTAATAACATTCAAGTCACTGAATTCACTATC 179
Query 1573 CGAGATGCGTACACTCTGAAGTTATTTGAGTCTAACCAGACTCGGTTACCGAGTTGGTGC 1632
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 180 CGAGATGCGTACACTCCGAAGTTATTTGAGTCTAACCAGACTCGGCTACCGAGTTGGTGC 239
Query 1633 AACACCGAGGAAGGGAAGCTTGACTTCTGTCAAATTCTAGGTGAATACAGAATGGAGTT 1691
||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 240 AACACAGAGGAAGAGAAGCTTGACTTCTGTCAGATTCTAGGTGAATACAGAATGGAGTT 298
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 73895075300
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5