BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G70290.1
Length=3019
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg926342 jgi|Araly1|926342|scaffold_201903.1 4063 0.0
> Ahg926342 jgi|Araly1|926342|scaffold_201903.1
Length=2612
Score = 4063 bits (2200), Expect = 0.0
Identities = 2484/2620 (95%), Gaps = 24/2620 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 221 GCTGTTAGCTCTGTTTCTCCATGGTGTCAAGATCTTGTGCTAATTTTCTAGACTTATCAT 280
|||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1 GCTGTTAGTTCTGTTTCTTCATGGTGTCAAGATCTTGTGCTAATTTTCTAGACATATCAT 60
Query 281 CTTGGGACCTTTTAGATTTTCCTCAAACTCCACGAACTCTTCCACGCGTCATGACTGTTC 340
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 61 CTTGGGACCTTTTAGATTTTCCTCAAACTCCAAGAACTCTTCCACGCGTCATGACTGTCC 120
Query 341 CGGGAATCATCACCGACGTAGAC---GGTGATACAACCTCCGAAGTAACTTCTA-CCTCC 396
| ||||||||||||||||||||| || |||| |||||||||||||||||| | |||||
Sbjct 121 CTGGAATCATCACCGACGTAGACGGAGGAGATATAACCTCCGAAGTAACTTC-ATCCTCC 179
Query 397 GGTGGTTCACGTGAGAGGAAGATCATTGTAGCTAACATGTTACCACTCCAATCTAAAAGA 456
||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 180 GGTGGCTCACGTGAGAGGAAGATCATTGTTGCTAATATGTTACCACTCCAATCTAAAAGA 239
Query 457 GATGCAGAAACTGGTAAATGGTGTTTTAACTGGGACGAAGACTCTCTCCAGTTACAACTT 516
||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 240 GATACAGAAACTGGTAAATGGTGTTTTCATTGGGACGAAGACTCTCTCCAGTTACAACTT 299
Query 517 AGAGATGGGTTCTCTTCAGAAACAGAGTTTCTCTACGTTGGATCACTTAACGTAGACATC 576
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||
Sbjct 300 AGAGATGGGTTTTCTTCAGAAACAGAGTTTCTCTACGTTGGATCACTTAACGTTGATATC 359
Query 577 GAAACTAACGAACAAGAAGAAGTTTCACAGAA-GCTTTTAGAGGAATTTAACTGCGTTGC 635
||||| | || ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 360 GAAACGAGTGAGCAAGAAGAAGTTTCACA-AAGGCTTTTAGAGGAATTTAACTGCGTTGC 418
Query 636 AACGTTTTTGTCTCAAGAGTTGCAAGAAATGTTCTATCTTGGTTTCTGTAAACATCAGTT 695
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 419 AACGTTTTTGTCTCAAGAGTTGCAAGAAATGTTCTATCTTGGTTTCTGTAAACATCAGTT 478
Query 696 ATGGCCACTCTTTCATTACATGCTTCCAATGTTTCCTGATCATGGTGATCGTTTTGATC- 754
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |
Sbjct 479 ATGGCCACTCTTTCATTACATGCTTCCAATGTTTCCTGATCATGGAGATCGTTTCGA-CA 537
Query 755 GACGTCTATGGCAAGCTTATGTATCAGCCAACAAGATATTTTCAGATAGAGTTATGGAAG 814
| ||| |||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 538 GGCGTTTATGGCAAGCTTATGTGTCTGCTAACAAGATATTTTCAGATAGAGTTATGGAAG 597
Query 815 TTATCAACCCTGAGGATGATTACGTTTGGATTCAAGATTATCATCTTATGGTTCTTCCTA 874
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 598 TTATCAACCCTGAGGATGATTATGTTTGGATTCAAGATTATCATCTTATGGTTCTTCCTA 657
Query 875 CTTTCTTGAGGAAACGTTTTAATAGGATCAAACTCGG-TTTCTTCCTTCATAGTCCGTTT 933
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||
Sbjct 658 CTTTCTTGAGGAAACGTTTTAATAGGATTAAACTCGGGTTT-TTCCTTCATAGTCCGTTT 716
Query 934 CCTTCTTCAGAGATTTACCGCACATTGCCTGTTCGTGACGAGATTTTGAGAGGTTTGTTG 993
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 717 CCTTCTTCAGAGATTTACCGCACATTGCCTGTTCGTGACGAGATTTTGAGAGGTTTGTTG 776
Query 994 AATTGTGATCTCATTGGTTTCCATACGTTTGATTACGCGA-GGCATTTCTTGTCTTGTTG 1052
||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||
Sbjct 777 AATTGTGATCTTATTGGATTCCATACGTTTGATTACGC-ACGGCATTTCTTGTCTTGTTG 835
Query 1053 TAGTAGAATGCTTGGTCTTGATTACGAGTCTAAGCGCGGTCACATAGGTCTTGATTACTT 1112
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||
Sbjct 836 TAGTAGAATGCTTGGTCTTGATTATGAGTCTAAGCGCGGTCATATAGGGCTTGATTACTT 895
Query 1113 TGGTAGGACTGTGTATATCAAAATACTTCCTGTTGGTGTTCATATGGGTAGATTGGAGTC 1172
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 896 TGGTAGGACTGTGTATATCAAAATTCTTCCTGTTGGTGTTCATATGGGTAGATTGGAATC 955
Query 1173 TGTTTTGAGTCTTGATTCTACTGCGGCGAAGACGAAAGAGATTCAAGAACAGTTTAAAGG 1232
|||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 956 TGTTTTGAATCTTGATTCTACTGCGGCGAAAACGAAAGAGATTCAAGAACAGTTTAAAGG 1015
Query 1233 GAAGAAGCTTGTTCTTGGTATCGATGATATGGATATATTTAAAGGGATAAGCTTAAAGCT 1292
||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1016 GAAAAAACTGGTTCTTGGTATCGATGATATGGATATATTTAAAGGGATAAGCTTAAAGCT 1075
Query 1293 TATAGCAATGGAACATCTCTTTGAGACTTATTGGCATTTGAAAGGGAAAGTTGTTCTTGT 1352
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1076 TATAGCAATGGAACATCTCTTTGAGACTTATTGGCATTTGAGAGGGAAAGTTGTTCTTGT 1135
Query 1353 TCAGATAGTGAACCCTGCAAGATCTTCTGGTAAAGATGTTGAAGAAGCGAAGAGGGAGAC 1412
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| || |||||
Sbjct 1136 TCAGATAGTGAACCCTGCAAGATCCTCTGGTAAAGATGTGGAAGAAGCGAAAAGAGAGAC 1195
Query 1413 GTATGAGACTGCGAGGAGGATCAATGAGCGTTACGGTACTTCTGACTATAAGCCGATAGT 1472
||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1196 GTATGTGACTGCGAAAAGGATCAATGAGCGTTACGGTACTTCTGATTATAAGCCGATAGT 1255
Query 1473 TTTGATCGATCGTCTTGTTCCACGTTCTGAGAAAACCGCGTATTATGCTGCAGCAGATTG 1532
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1256 CTTGATTGATCGTCTTGTTCCACGTTCTGAGAAAACCGCGTATTATGCTGCAGCAGATTG 1315
Query 1533 TTGCTTAGTGAATGCAGTGAGAGATGGTATGAACTTAGTTCCTTATAAGTATATCGTCTG 1592
|||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1316 TTGCTTGGTGAATGCTGTGAGAGATGGTATGAACTTAGTTCCTTATAAGTATATAGTCTG 1375
Query 1593 CAG-GCAGGGGACTCGAAGTAATAAGGCCGTTG-TGGATTCATCGCCTCGCACAAGCACT 1650
||| | |||| ||||||| | |||||| ||| || |||||||||| |||||||||||
Sbjct 1376 CAGAGAAGGG-ACTCGAA--AC-AAGGCCCTTGATG-ATTCATCGCCCCGCACAAGCACG 1430
Query 1651 CTTGTCGTGTCTGAGTTTATTGGATGCTCACCTTCTTTGAGTGGTGCCATTAGGGTGAAT 1710
||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1431 CTTGTTGTGTCTGAGTTTATTGGATGCTCGCCTTCTTTGAGTGGTGCCATTAGGGTGAAT 1490
Query 1711 CCATGGGATGTGGATGCTGTTGCTGAAGCGGTAAACTCGGCTCTTAAAATGAGTGAGACT 1770
||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1491 CCATGGGATGTGGATGCTGTTGCGGAGGCGGTAAACTCGGCTCTTAAAATGAGTGAGACC 1550
Query 1771 GAGAAGCAACTACGGCATGAGAAACATTATCATTATATTAGCACTCATGATGTTGGTTAT 1830
||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1551 GAGAAGCAACTACGGCATGAGAAACATTACCACTATATTAGCACTCATGATGTTGGTTAC 1610
Query 1831 TGGGCAAAGAGCTTTATGCAGGATCTTGAGAGAGCGTGCCGAGATCATTATAGTAAACGT 1890
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1611 TGGGCAAAGAGCTTTATGCAGGATCTTGAGAGAGCGTGCCGGGATCATTATAGTAAACGT 1670
Query 1891 TGTTGGGGGATTGGTTTTGGTTTGGGGTTCAGAGTTTTGTCACTCTCTCCAAGTTTTAGG 1950
|||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1671 TGTTGGGGGATTGGATTTGGATTGGGGTTCAGAGTTTTGTCGCTCTCTCCAAGTTTTAGG 1730
Query 1951 AAGCTATCTGTGGAACACATTGTTCCAGTTTATAGAAAAACACAGAGAAGAGCTATATTT 2010
|||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| || ||||||
Sbjct 1731 AAGCTATCCGTGGAACACATTGTCCCGGTTTATAGAAAAACACAGAGAAGGGCGATATTT 1790
Query 2011 CTTGATTATGATGGTACTCTTGTTCCTGAAAGCTCCATTGTTCAAGATCCAAGCAAC-GA 2069
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||
Sbjct 1791 CTTGATTATGATGGCACTCTTGTTCCTGAAAGCTCCATTGTTCAAGATCCAAGCT-CTGA 1849
Query 2070 GGTTGTCTCTGTTCTGAAAGCTCTCTGTGAAGATCCGAATAACACGGTGTTTATTGTTAG 2129
||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1850 GGTTGTCTCTGTTCTGAAAGCTCTCTGCGAAGATCCCAATAACACGGTGTTTATTGTTAG 1909
Query 2130 TGGAAGAGGTAGAGAGTCTCTGAGCAATTGGCTATCTCCTTGTGAAAATCTTGGAATAGC 2189
||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1910 TGGAAGAGGAAAAGAGTCTCTGAGCAACTGGCTATCTCCTTGTGAAAATCTTGGAATAGC 1969
Query 2190 AGCTGAACATGGATACTTCATTAGATGGAAGAGCAAAGATGAGTGGGAGACTTGTTATTC 2249
|| ||||| ||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1970 GGCGGAACACGGATACTTCATAAGGTGGAATAGCAAAGATGAGTGGGAGACTTGTTATTC 2029
Query 2250 GCCTACGGATACAGAGTGGAGGTCAATGGTGGAACCGGTTATGAGATCGTATATGGAGGC 2309
||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2030 ACCTTCGGATACAGAGTGGAGGTCATTGGTGGAACCGGTTATGAGATCGTATATGGAGGC 2089
Query 2310 AACAGATGGGACGAGTATAGAGTTTAAAGAAAGTGCTTTGGTGTGGCACCATCAAGACGC 2369
||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2090 AACGGATGGAACCAGTATAGAGTTTAAAGAAAGTGCTTTGGTGTGGCACCATCAAGACGC 2149
Query 2370 AGATCCTGACTTTGGATCATGTCAAGCTAAGGAGATGCTTGATCATCTAGAGAGTGTTCT 2429
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2150 AGATCCGGACTTTGGATCATGTCAAGCTAAGGAGATGCTTGATCATCTAGAGAATGTTCT 2209
Query 2430 CGCCAATGAGCCTGTGGTTGTCAAGAGAGGTCAACACATCGTTGAAGTCAAACCACAAGG 2489
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2210 CGCCAATGAGCCTGTGGTTGTCAAGAGAGGTCAACACATCGTTGAAGTCAAACCACAGGG 2269
Query 2490 TGTAAGCAAAGGTCTAGCTGCGGAGAAAG-TAATCCGAGAAATGGTAGAACGCGGGGAGC 2548
|||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||| |||
Sbjct 2270 TGTAAGCAAAGGTCTAGCTGCGGA-AAAGGTAATCCGAGGAATGGTAGAACGCGGGCAGC 2328
Query 2549 CACCGGAAATGGTGATGTGCATAGGAGACGATAGATCAGACGAAGACATGTTTGAGAGCA 2608
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2329 CACCGGAAATGGTGATGTGCATAGGAGACGATAGATCAGACGAAGACATGTTTGAGAGCA 2388
Query 2609 TATTAAGCACAGTGACAAATCCGGAACTTCTTGTGCAGCCAGAGGTTTTTGCATGCACGG 2668
|||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2389 TATTAAGCACAGTGACAAATCCAGAGCTTCTTGTTCAGCCAGAGGTTTTTGCATGCACGG 2448
Query 2669 TTGGAAGAAAACCAAGCAAAGCTAAATACTTCTTGGACGATGAAGCCGACGTGCTTAAGC 2728
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2449 TTGGAAGAAAACCAAGCAAAGCTAAATACTTCTTGGACGATGAAGCCGACGTGCTTAAGC 2508
Query 2729 TCCTAAGAGGTCTTGGAGACTCATCATCGAGCTTAAAACCTAGTTCTTCTCACACACAAG 2788
|||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||
Sbjct 2509 TCCTAAGAGGCCTTGGAGACTCATCATCAAGCTTAAAACCCACATCTTCTCACACACAAG 2568
Query 2789 TTGCATTTGAAAGCATCGTTTAAAGTGGAGAAGTGCCAAA 2828
|| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2569 TTTCATTTGAAAGCATCGTTTAAAGTGGGGAAGTGCCAAA 2608
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 114004103285
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5