BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G70610.1
Length=2400
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg476191 jgi|Araly1|476191|fgenesh2_kg.2__1321__AT1G70610.1 3818 0.0
> Ahg476191 jgi|Araly1|476191|fgenesh2_kg.2__1321__AT1G70610.1
Length=2344
Score = 3818 bits (2067), Expect = 0.0
Identities = 2263/2356 (96%), Gaps = 19/2356 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 16 TTTCGAAACGACGCGTTTTAATTCTTCTTCTGCATTTCATATGAACCAAGGAAAAAGCTT 75
|||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1 TTTCGAAACGACGCGTTTCATTTCTTCTTCTGCATTTCATATGAACCAAGGAATAAGCTT 60
Query 76 GAAGCGTCGTGACTCGT-GAAGCTTCTTCATCTTTAGTCCACCGAACATAAATGGCTCAG 134
||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| |
Sbjct 61 GAAGC--CGTGACTCGTGGAAGCTTCTTCATCTTTAGTCCGCCGTTCATAAATGGCTCTG 118
Query 135 CAAGTACTCGGCTGCACGAGCCGCCCCATCCGCGTTTCTCTTCACCGGTGTTCTGTTAT- 193
|||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||
Sbjct 119 CAAGTACTCGGCTGCACGAGCCGCCCAATCCGCGTCTCCCTTCACCGGTGTTCTGTTATC 178
Query 194 TACCACCAGTGAC-ACTATCAGAAGGAAGAATCTCCGATTCGTTAGAAACCCGAGATTGT 252
| | ||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 179 T-CTACCAGTGACAAC-ATCAGAAGGAAGAATCTCCGATTTGTTAGAAACCCGAGATTGT 236
Query 253 CGTTTTCTCTTCAATCTTCAACTAGAAATTATC-GTCTGCCTTCGATTAATTGCTCGACG 311
||||||||||||||||||| | ||||||||| | || | |||||||||||||||||||||
Sbjct 237 CGTTTTCTCTTCAATCTTCCAGTAGAAATTACCGGT-TACCTTCGATTAATTGCTCGACG 295
Query 312 GTGAATGGAGCAGTAGCGGAAACTGCGGAATATTACGAAGGAGAAGGAGATAACGTTTCA 371
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 296 GTGAATGGAGCAGTAGCGGAAACTGCGGAATATTACGAAGGAGAAGGAGACAACGTTTCA 355
Query 372 CTTGCTGAGAAAATCCGGCAATGTATTGATTTCCTCCGGACGATTTTACCAGGTGGAAGC 431
|| |||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 356 GTTCCTGAGAAAATTCGCCAATGTATTGATTTCATCCGGACGATTTTACCAGGTGGAAGC 415
Query 432 TGGTGGAGTTTCTCCGATGAAGTTGATGGTAGGTTCATTGCTAAGCCTGTGACTGTTTGG 491
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 416 TGGTGGAGTTTCTCCGATGAGGTTGATGGTAGGTTCATTGCAAAGCCTGTGACTGTTTGG 475
Query 492 CGTGCGTTAAGTCGGATGTGGGAACTTGTGGCTGAGGATCGTTGGGTTATCTTCGCTGCG 551
||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 476 CGTGCTTTAAGTCGGATGTGGGAGCTTGTGGCTGAGGATCGTTGGGTTATCTTCGCTGCG 535
Query 552 TTTTCCACTCTTATAGTAGCCGCGCTTTCAGAGATAACTATTCCGCATTTTTTAACAGCT 611
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 536 TTTTCCACTCTTATCGTAGCCGCGCTTTCAGAGATAACTATTCCGCATTTTTTAACTGCT 595
Query 612 TCGATCTTCTCGGCACAAAGTGGTGATATCGCTGTGTTTCATCGAAATGTCAAGCTCTTG 671
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 596 TCGATCTTCTCGGCACAAAGTGGTGATATCGCTGTGTTTCGTCGAAATGTCAAGCTCTTG 655
Query 672 GTTACGTTATGTGTTACTTCAGGCATTTGCAGTGGCATACGAGGATGCTTCTTTGGGATT 731
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 656 GTTACGTTATGTGTTACTTCAGGCATTTGCAGTGGCATACGAGGATGCTTCTTTGGGATT 715
Query 732 GCTAACATGATACTTGTGAAACGAATGAGGGAAACACTATACTCCACTCTTCTCTTCCAG 791
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 716 GCTAACATGATACTTGTGAAACGAATGAGGGAAACACTATACTCCACTCTTCTCTTCCAG 775
Query 792 GATATATCATTTTTCGACTCTCAAACTGTTGGTGACTTAACAAGCAGACTTGGCTCAGAC 851
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 776 GATATATCATTTTTCGACTCTCAAACTGTTGGTGACTTAACAAGCAGACTTGGATCAGAT 835
Query 852 TGTCAGCAAGTCTCGAGGGTCATCGGAAATGATCTGAACATGATATTTCGCAATGTTCTT 911
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 836 TGTCAGCAAGTCTCGAGGGTCATCGGAAATGATCTGAACATGATATTCCGCAATGTTCTT 895
Query 912 CAGGGTACAGGGGCATTGATTTATTTGCTAATTTTGTCTTGGCCCCTTGGGCTGTGCACA 971
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 896 CAGGGTACAGGGGCATTGATTTATTTGCTAATTTTGTCTTGGCCCCTTGGGCTGTCCACA 955
Query 972 TTGGTGATATGCTGTATTTTGGCTGCGGTTATGTTCGTTTATGGGATGTACCAAAAGAAG 1031
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 956 TTGGTGATATGCTGTATTTTGGCTGCGGTTATGTTCGTTTATGGGATGTACCAAAAGAAA 1015
Query 1032 ACAGCGAAGCTAATTCAGGAGATCACAGCTTCTGCAAATGAAGTCGCTCAAGAGACATAC 1091
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1016 ACAGCGAAGCTAATTCAGGAGATCACAGCTTCTGCAAATGAAGTCGCTCAAGAGACATAC 1075
Query 1092 TCTTTGATGAGAACCGTTCGTGTATATGGGACAGAGAAGCAAGAGTTTAAAAGGTACAAT 1151
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1076 TCTTTGATGAGAACCGTTCGTGTATATGGGACAGAGAAGCAAGAGTTTAAAAGGTACAAT 1135
Query 1152 CACTGGCTTCAGAGATTGGCGGATATAAGTTTGAGACAGAGTGCTGCATATGGTATTTGG 1211
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1136 CACTGGCTTCAGAGATTAGCGGATATAAGTTTGAGACAGAGTGCTGCATATGGTATTTGG 1195
Query 1212 AACTGGAGCTTCAACACTCTATACCATGCAACTCAGATTATTGCTGTCCTGGTTGGAGGA 1271
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1196 AACTGGAGCTTCAACACTCTATACCATGCAACTCAGATTATTGCTGTCCTGGTTGGAGGA 1255
Query 1272 TTGTCTATCTTAGCTGGTCAAATAACAGCAGAGCAGCTGACAAAGTTTCTGTTGTATAGT 1331
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1256 TTGTCTATCTTAGCTGGTCAAATAACAGCAGAGCAGCTGACAAAGTTTCTGTTGTATAGT 1315
Query 1332 GAGTGGTTAATCTATGCTACATGGTGGGTGGGAGATAATTTATCATCTTTGATGCAATCG 1391
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1316 GAATGGTTAATCTATGCTACATGGTGGGTGGGAGATAATTTATCATCTTTGATGCAATCA 1375
Query 1392 GTTGGAGCAAGTGAAAAGGTTTTCCAAATGATGGATCTCAAGCCAAGTGATCAATTCATA 1451
|||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1376 GTTGGAGCGAGTGAAAAGGTCTTCCAAATGATGGATCTCAAGCCAAGTGATCAATTCATA 1435
Query 1452 TCAAAAGGAACGAGACTGCAGAGACTGACAGGACATATCGAGTTTGTAGATGTGTCATTT 1511
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||
Sbjct 1436 TCAAAAGGAACAAGACTGCAGAGACTGACAGGACATATCGAGTTTGTAGAAGTGTCGTTC 1495
Query 1512 AGCTACCCTTCAAGAGATGAGGTAGCGGTGGTTCAAAACGTAAACATT-TCCGTGCATCC 1570
||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| | || |||||||||||
Sbjct 1496 AGCTACCCTTCAAGAGAGGAGGTGGCGGTGGTTCAAAACGTAAGC-TTGTCCGTGCATCC 1554
Query 1571 TGGTGAAGTGGTAGCAATCGTTGGTCTAAGTGGCAGTGGCAAAAGTACACTGGTTAATCT 1630
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555 TGGTGAAGTGGTAGCAATCGTTGGTCTAAGTGGCAGTGGCAAAAGTACACTGGTTAATCT 1614
Query 1631 TTTGCTGCAACTCTACGAACCAACAAGTGGTCAGATTCTACTAGATGGGGTTCCTTTGAA 1690
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1615 TTTGCTGCAACTGTACGAACCAACAAGTGGTCAGATTCTACTAGATGGGGTTCCTTTGAA 1674
Query 1691 AGAGTTGGATGTCAAGTGGCTTAGGCAAAGAATCGGATACGTGGGGCAGGAACCAAAGCT 1750
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1675 AGAGTTGGATGTCAAGTGGCTAAGGCAAAGAATCGGATACGTGGGGCAGGAACCAAAGCT 1734
Query 1751 CTTCCGCACAGACATCAGTTCGAACATCAAGTACGGATGTGATCGTAATATATCGCAAGA 1810
||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1735 CTTCCGCACGGACATCAGTTCCAACATCAAGTACGGATGTGATCGTAATATATCGCAAGA 1794
Query 1811 AGATATAATATCGGCTGCAAAGCAAGCCTATGCACATGACTTTATCACAGCACTTCCGAA 1870
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||
Sbjct 1795 AGATATAATATCGGCCGCAAAGCAAGCCTATGCACATGAATTTATCACAGCACTGCCCAA 1854
Query 1871 TGGTTACAACACAATTGTTGATGATGATCTACTCAGTGGAGGGCAGAAACAACGGATTGC 1930
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1855 TGGTTATAACACAATTGTTGATGATGATCTACTCAGTGGAGGGCAGAAACAACGGATTGC 1914
Query 1931 CATTGCTCGTGCCATCCTTAGAGATCCTAGAATCCTCATCCTCGATGAAGCCACAAGTGC 1990
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1915 CATTGCTCGTGCCATCCTTAGAGATCCTAGAATTCTCATCCTCGATGAAGCCACAAGTGC 1974
Query 1991 ACTCGATGCAGAGAGCGAACACAATGTTAAGGGCGTACTTCGTTCTATCGGAAACGACTC 2050
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1975 ACTCGATGCAGAGAGCGAACACAATGTTAAGGGTGTACTTCGTTCTATCGGAAACGACTC 2034
Query 2051 AGCAACAAAGAGAAGCGTCATAGTGATAGCACACAGACTTTCTACAATTCAAGCTGCGGA 2110
||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2035 AGCAACAAAGAAAAGTGTCATAGTGATAGCACACAGACTTTCTACAATTCAGGCTGCGGA 2094
Query 2111 TAGAATAGTGGCTATGGACAGTGGACGAGTCGTCGAGATGGGCAGTCACAAAGAACTTTT 2170
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2095 TAGAATAGTGGCTATGGACAGTGGACGAGTCGTCGAGATGGGCAACCACAAAGAACTTTT 2154
Query 2171 GAGCAAAGATGGCTTATACGCGAGATTGACGAAGAGACAAAACGATGCCGTCTTATGATT 2230
||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| |||||| ||| |||||||
Sbjct 2155 GAGCAAAGATGGCTTATACGCAAGATTGTCGAAGAGACAAGCCGATGCTGTCGTATGATT 2214
Query 2231 GATCCTACACATGCTAAACTGTTCATGAAATAGTCATGATTATGTTTTTGAATGGTCATG 2290
|||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2215 GATCCTGCACATGCTAAACTATTCATGAA-TAGTCATGATTATGTTTTTGAATGGTCATG 2273
Query 2291 ACGATA-TGTAATGGCAAAATTATGTAAAG-TGTAACCATAGAGAATTCTTATTATTTCA 2348
|||||| || | ||| |||||| ||||||| |||||||||||| |||||||||| | |
Sbjct 2274 ACGATAATG-A-TGGAAAAATTGTGTAAAGGTGTAACCATAGAAAATTCTTATT-TA--A 2328
Query 2349 CACAAATCGTGTCGTT 2364
||||||||||||||||
Sbjct 2329 CACAAATCGTGTCGTT 2344
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 90426241630
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5