BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G71210.1
Length=3202
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg926472 jgi|Araly1|926472|scaffold_202033.1 4130 0.0
> Ahg926472 jgi|Araly1|926472|scaffold_202033.1
Length=2651
Score = 4130 bits (2236), Expect = 0.0
Identities = 2512/2647 (95%), Gaps = 12/2647 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 31 GAGATCATGCGAAGGAATGCTCCTCAGGCGGAGGATACTATCGCTCTCTGCGTCGTCGTT 90
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 5 GAGATCATGCGAAGGAATGCTCCTCAGGCGGAGGATACTATCGCTCACTGCGTCGTCGTT 64
Query 91 CAGAAACTTTACTTCCGGTAACAACGGCGACG---------CT--AT-TCCGTTCTCTAC 138
|||||||| | |||||||||||||||||||| || || ||||||||||||
Sbjct 65 CAGAAACTGCAATTCCGGTAACAACGGCGACGCTATCTCTTCTACATCTCCGTTCTCTAC 124
Query 139 CTTCACGAAACCTTCTTCTTCAATCGCTCCCGGAGATTTCCTCGTCCGTGAATGGAAAGA 198
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||
Sbjct 125 CTTCACGAAACCTTCTTCTTCAATCGCTCCCGGAGATTTCCTCGTTCGCGAATGGAAAGA 184
Query 199 CTGGTTTAAGCATCGAGATGTGAAACAGAGCCACCAATTAATCGATCGAATCTTTGACAT 258
|||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||
Sbjct 185 CTGGTTTAAGCAGCGAGATGTGAAACAGAGCCATCAGTTAATCGATCGAATCTTTGACAT 244
Query 259 CCTTCGAGCTCCTTCTAACGATGGAGACGATAGAGCTTTTTATCTCCACCTCTCCAATCT 318
||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 245 CCTTCGAGCTCCTTCTAACGATGGAGATGATCGAGCTTTTTACCTCCACCTCTCCAATCT 304
Query 319 CCGACTTCGTCTCACTGAGAAATTCGTCCTCGACGTGCTTTCACACACTCGTTACGATAT 378
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 305 CCGACTCCGTCTCACTGAGAAATTCGTCCTCGACGTGCTTACACACACTCGTTACGATAT 364
Query 379 CCTCTGTTGTCTCAAATTCTTCGATTGGGCTGCTCGTCAGCCTGGGTTTCATCACACGCG 438
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 365 CCTCTCATGTCTCAAATTCTTCGATTGGGCTGCTCGTCAGCCTGGATTTCATCACACGCG 424
Query 439 TGCTACTTTTCATGCTATCTTCAAGATCCTTCGTGGTGCGAAGCTTGTGACTCTTATGAT 498
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 425 TGCTACTTTTCATGCTATCTTCAAGATCCTTCGTGGTGCTAAGCTTGTGACTCTTATGAT 484
Query 499 TGACTTTTTGGATCGAAGTGTTGGTTTTGAAAGTTGCCGTCATTCTCTTCGTCTCTGTGA 558
|||||| |||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 485 TGACTTCTTGGATCGAAGTGTTGCTTTTGAAGGTTACCGTCATTCTCTTCGTCTCTGTGA 544
Query 559 TGCTCTTGTTGTTGGTTATGCTGTAGCTGGTCGTACTGATATAGCTCTTCAGCATTTTGG 618
|||||| |||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 545 TGCTCTCGTTGTTGGATATGCCGTCGCTGGTCGTACTGATATAGCTCTTCAGCACTTTGG 604
Query 619 TAATATGAGATTTCGAGGTTTGGATTTGGATTCTTTTGGGTATCATGTGCTTTTGAATGC 678
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||
Sbjct 605 TAATATGAGATTTCGAGGTTTGGATTTGGATTCTTTTGGGTATCATGTACTGCTGAATGC 664
Query 679 ACTTGTTGAGGAGAAGTGTTTTGATAGTTTTGATGTCATCTTCGACCAGATCTCCGTGCG 738
|||||| ||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 665 ACTTGTGGAGGAGAAGTGTTTTGATACTGTTGATGTCATCTTCGACCAGATCTCCGTGCG 724
Query 739 TGGCTTCGTATGTGCTGTTACGCATTCGATTTTGGTGAAGAAGTTTTGCAAGCAAGGGAA 798
|||||| | || |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 725 CGGCTTCCTCTGCGCTGTTACGCATTCCATTTTGGTGAAGAAGTTGTGCAAGCAAGGGAA 784
Query 799 GCTTGATGAGGCTGAAGATTATCTTCGAGCCTTGCTGCCTAATGATCCTGCTGGATGTGG 858
||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||
Sbjct 785 GCTTGATGAGGCTGAAGCTTATCTTCGAGCCTTGCTCCCTAATGAGCCTGCTGGATGCGG 844
Query 859 TTCTGGCTTAGGTATATTGGTTGATGCTCTATGTTCCAAACGAAAGTTTCAGGAAGCTAC 918
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 845 TTCTGGCTTAGGCATATTGGTTGATGCTCTATGTTCCAAACGAAAATTTCAGGAAGCTAC 904
Query 919 TAAGTTGTTAGACGAGATCAAACTGGTGGGAACAGTGAATATGGACCGTGCTTATAACAT 978
||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 905 TAAATTGTTAGACGAGATCAAAGTGGTGGGAACTGTGAATATGGACCGTGCTTATAACAT 964
Query 979 TTGGATTAGGGCGCTTATTAAAGCTGGATTCTTGAATAACCCTGCGGATTTCTTGCAGAA 1038
||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||| |||||||||||||||| ||
Sbjct 965 TTGGATTAGGGCGCTTATTGGAGCTGGATTCTTAAACAACACTGCGGATTTCTTGCAAAA 1024
Query 1039 GATTAGTCCTTTGGAAGGTTGTGAACTCGAAGTTTTCAGGTATAACTCTATGGTCTTTCA 1098
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1025 GATTAGTCCTTTAGAAGGTTGTGAACTCGAAGTTTTCAGGTATAACTCTATGGTCTTTCA 1084
Query 1099 ACTTTTGAAGGAGAACAATCTTGATGGTGTGTATGATATTCTTACGGAGATGATGGTACG 1158
|||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| || ||||||||| |||||||
Sbjct 1085 ACTTTTGAAGGAGAACGATCTTAATGGTGTGTATGATATCCTGACGGAGATGTTGGTACG 1144
Query 1159 TGGAGTTTCGCCGAATAAGAAAACGATGAATGCTGCTTTATGCTTCTTTTGCAAAGCTGG 1218
|||||||||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1145 TGGAGTTTCGCCTAATAAGAAAACGATGAATGCAGTTTTATGCTTCTTTTGCAAAGCTGG 1204
Query 1219 ATTTGTAGATGAAGCCCTCGAGTTATACCGGTCGAGGTCAGAAATTGGGTTTGCTCCTAC 1278
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1205 ATTTGTAGATGAAGCCCTCGAGTTATACCGGTCGAGGTCAGAAATTGGCTTTGCTCCTAC 1264
Query 1279 CGCCATGTCTTACAACTATCTGATTCATACCCTTTGTGCCAATGAAAGTGTTGAACAAGC 1338
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1265 CGCCACGTCTTACAACTATCTGATTCATACCCTTTGTGCCAATGAAAGTGTCGAACAAGC 1324
Query 1339 TTATGATGTCTTGAAAGGGGCAATTGACCGAGGGCATTTTCTTGGTGGAAAGACATTTAG 1398
||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1325 TTACGATGTCTTGAAAGGGGCAATGGACCGAGGGCATTTTCTTGGTGGAAAGACATTTAG 1384
Query 1399 TACACTAACCAATGCCTTGTGCTGGAAGGGGAAGCCTGACATGGCAAGGGAGCTGGTTAT 1458
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||
Sbjct 1385 TACACTTACCAATGCCTTGTGCTGGAAGGGGAAGCCTGATATGGCAAAGGAGCTGGTTAT 1444
Query 1459 TGCTGCCGCTGAACGGGACTTATTGCCTAAACGTATAGCTGGTTGCAAGATTATATCAGC 1518
||||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1445 TGCTGCCGCAGAACGGGACTTATTACCTAAACGTTTAGCTGGTTGCAAGATTATATCAGC 1504
Query 1519 TCTTTGCGATGTTGGGAAAGTGGAGGACGCTCTTATGATTAATGAGCTATTCAATAAAAG 1578
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1505 TCTTTGTGATGTTGGGAAAGTGGAGGACGCTCTTATGATTAATGAGCTATTCAATAAAAG 1564
Query 1579 TGGTGTAGACACCTCCTTTAAAATGTTCACCAGTTTGATATATGGCTCAATCACACTAAT 1638
|||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1565 TGGTGTAGACACCTCCTTCAAAATGTTCACTAGCTTGATATATGGCTCAATCACACTAAT 1624
Query 1639 GAGGGGAGACATAGCTGCTAAACTTATCATCAGGATGCAGGAAAAGGGCTACACCCCGAC 1698
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1625 GAGGGGAGACATAGCTGCTAAACTTATCATCAGGATGCAGGAAAAGGGCTACACCCCGAC 1684
Query 1699 CCGTAGTCTCTATCGAAATGTTATTCAATGTGTTTGTGAGATGGAAAGTGGTGaaaaaaa 1758
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1685 CCGTAGTCTCTATCGAAATGTTATTCGATGTGTTTGTGAGATGGAAAGTGGTGAAAAAAA 1744
Query 1759 CTTCTTTACTACTTTGCTAAAGTTTCAGTTGTCTCTTTGGGAACACAAGGTTCAGGCCTA 1818
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1745 CTTCTTTACTACTTTGCTAAAGTTTCAGTTGTCTCTTTGGGAACATAAGGTTCAGGCCTA 1804
Query 1819 CAACTTATTCATTGAAGGAGCTGGGTTTGCAGGAAAACCAAAACTTGCAAGACTAGTGTA 1878
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1805 CAACTTATTCATTGAAGGAGCTGGGTTTGCAGGAAAACCAAAACTTGCAAGATTAGTGTA 1864
Query 1879 TGATATGATGGATAGAGATGGTATCACGCCCACAGTAGCTTCAAACATTCTCATGCTTCA 1938
||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1865 TGATATGATGGATAGAGATGGGATCACGCCCACACTAGATTCAAACATTCTCATGCTTCA 1924
Query 1939 GAGTTATCTAAAAAATGAGAAAATCGCCGATGCTCTTCACTTTTTCCATGACCTGCGTGA 1998
||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1925 GAGTTATCTTAAAAACGAGAAAATCGCCGATGCTCTTCACTTTTTCCATGACCTGCGAGA 1984
Query 1999 ACAAGGTAAGACCaaaaaaaGACTGTACCAAGTTATGATTGTTGGTCTCTGTAAAGCAAA 2058
| ||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1985 AAAAGGTAAGACCAAGAAAAGACTCTACCAGGTTATGATTGTTGGCCTCTGTAAAGCAAA 2044
Query 2059 TAAATTGGATGATGCTATGCATTTCTTGGAAGAAATGAAGGGAGAAGGACTACAGCCTAG 2118
|| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||
Sbjct 2045 TAGACTGGATGATGCTATGCATTTCTTGGAAGAAATGAAGGGTGAAGGACTACGGCCTAG 2104
Query 2119 TATCGAATGTTACGAAGTAAACATACAAAAATTGTGCAACGAAGAAAAGTATGATGAGGC 2178
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2105 TATTGAATGTTACGAAGTAAACATACAAAAATTGTGCAACGAAGAAAAGTATGATGAGGC 2164
Query 2179 AGTTGGATTAGTCAATGAATTTAGGAAAAGTGGGCGTCGTATTACAGCTTTCATAGGTAA 2238
||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2165 AGTTGGATTAGTCAACGAATTTAGGAAAAGCGGGCGTCGTATTACAGCTTTCATCGGTAA 2224
Query 2239 TGTCCTTTTGCATAACGCAATGAAGAGCAAAGGGGTGTATGAAGCATGGACACGGATGAG 2298
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2225 TATCCTTTTGCATAACGCAATGAAGAGCAAAGGGGTGTATGAAGCATGGACACGGATGAG 2284
Query 2299 AAATATAGAAGATAAGATCCCTGAGATGAAGTCACTTGGTGAGTTGATAGGATTATTCTC 2358
| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||
Sbjct 2285 AGATGTAGAAGATAAGATCCCTGAGATGAAGTCACTTGGTGAGTTGATAGGAGTATTTTC 2344
Query 2359 AGGACGAATAGATATGGAAGTAGAACTGAAGCGGTTAGATGAAGTTATAGAGAAATGCTA 2418
||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2345 GGGAAGAATCGATATGGAAGTAGAACTGAAGCGGTTAGATAAAGTTATAGAGAAATGCTA 2404
Query 2419 TCCTCTTGATATGTACACGTACAATATGCTGTTGAGAATGATTGTAATGAACCAGGCGGA 2478
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2405 TCCTCTTGATATGTACACGTACAATATGCTGTTGAGAATGATTGTAATGAACCAGGCAGA 2464
Query 2479 AGATGCATATGAGATGGTTGAAAGAATAGCTCGGAGAGGATATGTGCCTAATGAACGGAC 2538
|||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||
Sbjct 2465 AGATGCATATGAGATGGTAGAAAGAATAGCACGGAGAGGATATGAGCCTAATGAGCGGAC 2524
Query 2539 TGACATGATCCTTGAACGGGCTAACCGCATACTAGAGGAACGGAATTCAAGGTCAAACTT 2598
||| | |||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| |
Sbjct 2525 TGAAAGGATCCTTGAACGGGCTGACCGCATTCTAGAGGGACGGAATTCAAGGTCAAACGT 2584
Query 2599 AGGGAGGAATGGTTGGAATAGTAGACAGAGGCAACTTGAATGATGAAAAGTATGTCACAG 2658
||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2585 AGGGAGGAATGATTGGAATAGCAGACAGAGGCAACTTGAATGATGAAAAGTATGTCACGG 2644
Query 2659 AGAGGTC 2665
|||||||
Sbjct 2645 AGAGGTC 2651
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 120974618120
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5