BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT1G71210.1 Length=3202 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg926472 jgi|Araly1|926472|scaffold_202033.1 4130 0.0 > Ahg926472 jgi|Araly1|926472|scaffold_202033.1 Length=2651 Score = 4130 bits (2236), Expect = 0.0 Identities = 2512/2647 (95%), Gaps = 12/2647 (0%) Strand=Plus/Plus Query 31 GAGATCATGCGAAGGAATGCTCCTCAGGCGGAGGATACTATCGCTCTCTGCGTCGTCGTT 90 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 5 GAGATCATGCGAAGGAATGCTCCTCAGGCGGAGGATACTATCGCTCACTGCGTCGTCGTT 64 Query 91 CAGAAACTTTACTTCCGGTAACAACGGCGACG---------CT--AT-TCCGTTCTCTAC 138 |||||||| | |||||||||||||||||||| || || |||||||||||| Sbjct 65 CAGAAACTGCAATTCCGGTAACAACGGCGACGCTATCTCTTCTACATCTCCGTTCTCTAC 124 Query 139 CTTCACGAAACCTTCTTCTTCAATCGCTCCCGGAGATTTCCTCGTCCGTGAATGGAAAGA 198 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| Sbjct 125 CTTCACGAAACCTTCTTCTTCAATCGCTCCCGGAGATTTCCTCGTTCGCGAATGGAAAGA 184 Query 199 CTGGTTTAAGCATCGAGATGTGAAACAGAGCCACCAATTAATCGATCGAATCTTTGACAT 258 |||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| Sbjct 185 CTGGTTTAAGCAGCGAGATGTGAAACAGAGCCATCAGTTAATCGATCGAATCTTTGACAT 244 Query 259 CCTTCGAGCTCCTTCTAACGATGGAGACGATAGAGCTTTTTATCTCCACCTCTCCAATCT 318 ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 245 CCTTCGAGCTCCTTCTAACGATGGAGATGATCGAGCTTTTTACCTCCACCTCTCCAATCT 304 Query 319 CCGACTTCGTCTCACTGAGAAATTCGTCCTCGACGTGCTTTCACACACTCGTTACGATAT 378 |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 305 CCGACTCCGTCTCACTGAGAAATTCGTCCTCGACGTGCTTACACACACTCGTTACGATAT 364 Query 379 CCTCTGTTGTCTCAAATTCTTCGATTGGGCTGCTCGTCAGCCTGGGTTTCATCACACGCG 438 ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 365 CCTCTCATGTCTCAAATTCTTCGATTGGGCTGCTCGTCAGCCTGGATTTCATCACACGCG 424 Query 439 TGCTACTTTTCATGCTATCTTCAAGATCCTTCGTGGTGCGAAGCTTGTGACTCTTATGAT 498 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 425 TGCTACTTTTCATGCTATCTTCAAGATCCTTCGTGGTGCTAAGCTTGTGACTCTTATGAT 484 Query 499 TGACTTTTTGGATCGAAGTGTTGGTTTTGAAAGTTGCCGTCATTCTCTTCGTCTCTGTGA 558 |||||| |||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 485 TGACTTCTTGGATCGAAGTGTTGCTTTTGAAGGTTACCGTCATTCTCTTCGTCTCTGTGA 544 Query 559 TGCTCTTGTTGTTGGTTATGCTGTAGCTGGTCGTACTGATATAGCTCTTCAGCATTTTGG 618 |||||| |||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 545 TGCTCTCGTTGTTGGATATGCCGTCGCTGGTCGTACTGATATAGCTCTTCAGCACTTTGG 604 Query 619 TAATATGAGATTTCGAGGTTTGGATTTGGATTCTTTTGGGTATCATGTGCTTTTGAATGC 678 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| Sbjct 605 TAATATGAGATTTCGAGGTTTGGATTTGGATTCTTTTGGGTATCATGTACTGCTGAATGC 664 Query 679 ACTTGTTGAGGAGAAGTGTTTTGATAGTTTTGATGTCATCTTCGACCAGATCTCCGTGCG 738 |||||| ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 665 ACTTGTGGAGGAGAAGTGTTTTGATACTGTTGATGTCATCTTCGACCAGATCTCCGTGCG 724 Query 739 TGGCTTCGTATGTGCTGTTACGCATTCGATTTTGGTGAAGAAGTTTTGCAAGCAAGGGAA 798 |||||| | || |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 725 CGGCTTCCTCTGCGCTGTTACGCATTCCATTTTGGTGAAGAAGTTGTGCAAGCAAGGGAA 784 Query 799 GCTTGATGAGGCTGAAGATTATCTTCGAGCCTTGCTGCCTAATGATCCTGCTGGATGTGG 858 ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| || Sbjct 785 GCTTGATGAGGCTGAAGCTTATCTTCGAGCCTTGCTCCCTAATGAGCCTGCTGGATGCGG 844 Query 859 TTCTGGCTTAGGTATATTGGTTGATGCTCTATGTTCCAAACGAAAGTTTCAGGAAGCTAC 918 |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 845 TTCTGGCTTAGGCATATTGGTTGATGCTCTATGTTCCAAACGAAAATTTCAGGAAGCTAC 904 Query 919 TAAGTTGTTAGACGAGATCAAACTGGTGGGAACAGTGAATATGGACCGTGCTTATAACAT 978 ||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 905 TAAATTGTTAGACGAGATCAAAGTGGTGGGAACTGTGAATATGGACCGTGCTTATAACAT 964 Query 979 TTGGATTAGGGCGCTTATTAAAGCTGGATTCTTGAATAACCCTGCGGATTTCTTGCAGAA 1038 ||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||| |||||||||||||||| || Sbjct 965 TTGGATTAGGGCGCTTATTGGAGCTGGATTCTTAAACAACACTGCGGATTTCTTGCAAAA 1024 Query 1039 GATTAGTCCTTTGGAAGGTTGTGAACTCGAAGTTTTCAGGTATAACTCTATGGTCTTTCA 1098 |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1025 GATTAGTCCTTTAGAAGGTTGTGAACTCGAAGTTTTCAGGTATAACTCTATGGTCTTTCA 1084 Query 1099 ACTTTTGAAGGAGAACAATCTTGATGGTGTGTATGATATTCTTACGGAGATGATGGTACG 1158 |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| || ||||||||| ||||||| Sbjct 1085 ACTTTTGAAGGAGAACGATCTTAATGGTGTGTATGATATCCTGACGGAGATGTTGGTACG 1144 Query 1159 TGGAGTTTCGCCGAATAAGAAAACGATGAATGCTGCTTTATGCTTCTTTTGCAAAGCTGG 1218 |||||||||||| |||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| Sbjct 1145 TGGAGTTTCGCCTAATAAGAAAACGATGAATGCAGTTTTATGCTTCTTTTGCAAAGCTGG 1204 Query 1219 ATTTGTAGATGAAGCCCTCGAGTTATACCGGTCGAGGTCAGAAATTGGGTTTGCTCCTAC 1278 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 1205 ATTTGTAGATGAAGCCCTCGAGTTATACCGGTCGAGGTCAGAAATTGGCTTTGCTCCTAC 1264 Query 1279 CGCCATGTCTTACAACTATCTGATTCATACCCTTTGTGCCAATGAAAGTGTTGAACAAGC 1338 ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 1265 CGCCACGTCTTACAACTATCTGATTCATACCCTTTGTGCCAATGAAAGTGTCGAACAAGC 1324 Query 1339 TTATGATGTCTTGAAAGGGGCAATTGACCGAGGGCATTTTCTTGGTGGAAAGACATTTAG 1398 ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1325 TTACGATGTCTTGAAAGGGGCAATGGACCGAGGGCATTTTCTTGGTGGAAAGACATTTAG 1384 Query 1399 TACACTAACCAATGCCTTGTGCTGGAAGGGGAAGCCTGACATGGCAAGGGAGCTGGTTAT 1458 |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| Sbjct 1385 TACACTTACCAATGCCTTGTGCTGGAAGGGGAAGCCTGATATGGCAAAGGAGCTGGTTAT 1444 Query 1459 TGCTGCCGCTGAACGGGACTTATTGCCTAAACGTATAGCTGGTTGCAAGATTATATCAGC 1518 ||||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1445 TGCTGCCGCAGAACGGGACTTATTACCTAAACGTTTAGCTGGTTGCAAGATTATATCAGC 1504 Query 1519 TCTTTGCGATGTTGGGAAAGTGGAGGACGCTCTTATGATTAATGAGCTATTCAATAAAAG 1578 |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1505 TCTTTGTGATGTTGGGAAAGTGGAGGACGCTCTTATGATTAATGAGCTATTCAATAAAAG 1564 Query 1579 TGGTGTAGACACCTCCTTTAAAATGTTCACCAGTTTGATATATGGCTCAATCACACTAAT 1638 |||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1565 TGGTGTAGACACCTCCTTCAAAATGTTCACTAGCTTGATATATGGCTCAATCACACTAAT 1624 Query 1639 GAGGGGAGACATAGCTGCTAAACTTATCATCAGGATGCAGGAAAAGGGCTACACCCCGAC 1698 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1625 GAGGGGAGACATAGCTGCTAAACTTATCATCAGGATGCAGGAAAAGGGCTACACCCCGAC 1684 Query 1699 CCGTAGTCTCTATCGAAATGTTATTCAATGTGTTTGTGAGATGGAAAGTGGTGaaaaaaa 1758 |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1685 CCGTAGTCTCTATCGAAATGTTATTCGATGTGTTTGTGAGATGGAAAGTGGTGAAAAAAA 1744 Query 1759 CTTCTTTACTACTTTGCTAAAGTTTCAGTTGTCTCTTTGGGAACACAAGGTTCAGGCCTA 1818 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 1745 CTTCTTTACTACTTTGCTAAAGTTTCAGTTGTCTCTTTGGGAACATAAGGTTCAGGCCTA 1804 Query 1819 CAACTTATTCATTGAAGGAGCTGGGTTTGCAGGAAAACCAAAACTTGCAAGACTAGTGTA 1878 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 1805 CAACTTATTCATTGAAGGAGCTGGGTTTGCAGGAAAACCAAAACTTGCAAGATTAGTGTA 1864 Query 1879 TGATATGATGGATAGAGATGGTATCACGCCCACAGTAGCTTCAAACATTCTCATGCTTCA 1938 ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 1865 TGATATGATGGATAGAGATGGGATCACGCCCACACTAGATTCAAACATTCTCATGCTTCA 1924 Query 1939 GAGTTATCTAAAAAATGAGAAAATCGCCGATGCTCTTCACTTTTTCCATGACCTGCGTGA 1998 ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 1925 GAGTTATCTTAAAAACGAGAAAATCGCCGATGCTCTTCACTTTTTCCATGACCTGCGAGA 1984 Query 1999 ACAAGGTAAGACCaaaaaaaGACTGTACCAAGTTATGATTGTTGGTCTCTGTAAAGCAAA 2058 | ||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 1985 AAAAGGTAAGACCAAGAAAAGACTCTACCAGGTTATGATTGTTGGCCTCTGTAAAGCAAA 2044 Query 2059 TAAATTGGATGATGCTATGCATTTCTTGGAAGAAATGAAGGGAGAAGGACTACAGCCTAG 2118 || | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| Sbjct 2045 TAGACTGGATGATGCTATGCATTTCTTGGAAGAAATGAAGGGTGAAGGACTACGGCCTAG 2104 Query 2119 TATCGAATGTTACGAAGTAAACATACAAAAATTGTGCAACGAAGAAAAGTATGATGAGGC 2178 ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2105 TATTGAATGTTACGAAGTAAACATACAAAAATTGTGCAACGAAGAAAAGTATGATGAGGC 2164 Query 2179 AGTTGGATTAGTCAATGAATTTAGGAAAAGTGGGCGTCGTATTACAGCTTTCATAGGTAA 2238 ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 2165 AGTTGGATTAGTCAACGAATTTAGGAAAAGCGGGCGTCGTATTACAGCTTTCATCGGTAA 2224 Query 2239 TGTCCTTTTGCATAACGCAATGAAGAGCAAAGGGGTGTATGAAGCATGGACACGGATGAG 2298 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2225 TATCCTTTTGCATAACGCAATGAAGAGCAAAGGGGTGTATGAAGCATGGACACGGATGAG 2284 Query 2299 AAATATAGAAGATAAGATCCCTGAGATGAAGTCACTTGGTGAGTTGATAGGATTATTCTC 2358 | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || Sbjct 2285 AGATGTAGAAGATAAGATCCCTGAGATGAAGTCACTTGGTGAGTTGATAGGAGTATTTTC 2344 Query 2359 AGGACGAATAGATATGGAAGTAGAACTGAAGCGGTTAGATGAAGTTATAGAGAAATGCTA 2418 ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 2345 GGGAAGAATCGATATGGAAGTAGAACTGAAGCGGTTAGATAAAGTTATAGAGAAATGCTA 2404 Query 2419 TCCTCTTGATATGTACACGTACAATATGCTGTTGAGAATGATTGTAATGAACCAGGCGGA 2478 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 2405 TCCTCTTGATATGTACACGTACAATATGCTGTTGAGAATGATTGTAATGAACCAGGCAGA 2464 Query 2479 AGATGCATATGAGATGGTTGAAAGAATAGCTCGGAGAGGATATGTGCCTAATGAACGGAC 2538 |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||| Sbjct 2465 AGATGCATATGAGATGGTAGAAAGAATAGCACGGAGAGGATATGAGCCTAATGAGCGGAC 2524 Query 2539 TGACATGATCCTTGAACGGGCTAACCGCATACTAGAGGAACGGAATTCAAGGTCAAACTT 2598 ||| | |||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| | Sbjct 2525 TGAAAGGATCCTTGAACGGGCTGACCGCATTCTAGAGGGACGGAATTCAAGGTCAAACGT 2584 Query 2599 AGGGAGGAATGGTTGGAATAGTAGACAGAGGCAACTTGAATGATGAAAAGTATGTCACAG 2658 ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 2585 AGGGAGGAATGATTGGAATAGCAGACAGAGGCAACTTGAATGATGAAAAGTATGTCACGG 2644 Query 2659 AGAGGTC 2665 ||||||| Sbjct 2645 AGAGGTC 2651 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 120974618120 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5