BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G71220.2
Length=5068
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg926473 jgi|Araly1|926473|scaffold_202034.1 8226 0.0
> Ahg926473 jgi|Araly1|926473|scaffold_202034.1
Length=4895
Score = 8226 bits (4454), Expect = 0.0
Identities = 4746/4886 (97%), Gaps = 24/4886 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 11 ttCTTCTTCTCCGTCGCGGAAAAGATGGGGACCACCACCAATCTGAGATCTTGGCTGTAT 70
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1 TTCTTCTTCTCCGTCGCGGAAAAGATGGGG---ACCACCAATCTGAGATCTTGGCTCTAT 57
Query 71 CTCATTCTTCTCTTCATCGTCGTCGTCGGCGTCAACGCTCAGAATCGGAGACCTAAGAAT 130
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 58 CTCATTCTTCTCTTCTTCGTCGTCGTCGGCGTCAACGCTCAGAATCGGAGACCTAAGAAT 117
Query 131 GTTCAGGTGGCTGTTAAGGCTAAGTGGCAGGGTACTCCTCTTCTCCTTGAGGCTGGTGAG 190
||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 118 GTTCAGGTGGCGGTTAAGGCCAAGTGGCAGGGTACTCCTCTTCTCCTTGAGGCTGGTGAG 177
Query 191 TTGATTTCCAAAGAATCGAAGCAGTTGTTCTGGGAGTTTACTGATGCTTGGCTTGGTTCC 250
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 178 TTGATTTCCAAAGAATCGAAGCAGTTGTTCTGGGAGTTCACTGATGCTTGGCTTGGTTCT 237
Query 251 GAT-G-GA-G--A----TGATTCCGATTGTAAATCAGCTAGAGATTGTCTTCTTAAGATA 301
||| | || | | |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 238 GATGGAGATGATACTGGTGATTCCGATTGCAAATCAGCTAGAGATTGTCTTCTTAAGATA 297
Query 302 TCTAAACAGGCTTCGACTCTGTTAGCTCAACCAGTGGCTTCTCTCTTCCATTTCTCACTT 361
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 298 TCTAAACAGGCGTCGACTCTGTTAGCTCAACCAGTGGCTTCTCTCTTCCATTTCTCACTT 357
Query 362 ACTCTGAGATCTGCTTCGCCTAGGCTTGTGCTTTACCGTCAATTGGCTGATGAGTCTCTA 421
||| |||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||
Sbjct 358 ACTTTGAGATCTGCCTCGCCTAGGCTTGTGCTTTATCGCCAATTGGCCGATGAGTCTCTA 417
Query 422 TCTTCTTTCCCTCATGGTGATGATCCCTCTGCGACTGGCTGCTGTTGGGTTGATACTGGC 481
|||||||||||||| || ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 418 TCTTCTTTCCCTCACGGCGATGATCCCTCTGCGACTGACTGCTGTTGGGTTGATACTGGC 477
Query 482 TCCTCTCTGTTTTACGATGTTGCAGATCTTCAATCCTGGCTTGCCTCTGCTCCTGCTGTT 541
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| |
Sbjct 478 TCCTCTCTCTTTTACGATGTTGCAGATCTTCAATCCTGGCTCGCTTCTGCTCCTGCTGCT 537
Query 542 GGAGATGCTGTTCAGGGGCCTGAGCTATTCGACTTCGATCATGTTCATTTTGATTCAAGA 601
|||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 538 GGAGATGCTGTTCAGGGGCCTGAGCTCTTCGAGTTCGATCACGTTCATTTTGATTCAAGA 597
Query 602 GCTGGAAGCCCAGTTGCTGTTCTCTATGGGGCTGTTGGGACTGATTGCTTTAGGAAGTTT 661
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 598 GCTGGAAGCCCAGTTGCTGTTCTCTATGGGGCTGTTGGGACTGATTGCTTTAGGAAGTTT 657
Query 662 CACCTGTCGCTTGCTAAAGCAGCCAAGGAGGGAAAAGTTACATATGTTGTTAGACCAGTA 721
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 658 CACCTCTCGCTTGCTAAAGCAGCCAAGGAGGGAAAAGTTACATATGTTGTTAGACCAGTA 717
Query 722 TTACCTTTGGGTTGTGAAGGGAAAACTAGACCCTGCGGTGCCATTGGAGCAAGGGATAAT 781
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 718 TTACCTTTGGGTTGTGAAGGCAAAACTAGACCCTGCGGTGCCATTGGAGCAAGGGAGAAT 777
Query 782 GTTAGCTTAGCTGGTTATGGTGTGGAGCTTGCTTTGAAGAACATGGAGTACAAGGCTATG 841
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 778 GTTAGCTTAGCTGGTTATGGTGTGGAGCTTGCTTTGAAGAACATGGAGTACAAGGCAATG 837
Query 842 GATGATAGTGCTATAAAGAAAGGTATCACTCTTGAAGATCCTAGGACTGAAGATCTTAGT 901
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 838 GATGATAGTGCTATAAAGAAAGGTATCACTCTTGAAGATCCTAGGACTGAAGATCTTAGT 897
Query 902 CAAGATGTTAGGGGCTTTATATTCTCAAAAATCTTGGACAGGAAACCCGAGCTAAGATCA 961
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 898 CAAGATGTTAGGGGCTTTATATTCTCAAAAATCCTGGACAGGAAACCCGAGCTAAGATCA 957
Query 962 GAAGTCATGGCTTTTAGGGATTATCTCCTATCATCAACAGTATCAGACACGCTTGATGTT 1021
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 958 GAAGTCATGGCTTTTAGGGATTATCTTCTATCATCAACAGTATCAGACACGCTTGATGTT 1017
Query 1022 TGGGAGCTGAAAGATTTAGGACACCAAACAGCGCAGAGAATAGTCCATGCCTCTGATCCT 1081
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1018 TGGGAGCTCAAAGATTTAGGACACCAAACAGCGCAGAGAATAGTCCATGCCTCTGATCCT 1077
Query 1082 CTGCAGTCTATGCAAGAAATTAATCAAAACTTTCCTAGTGTAGTTTCTTCATTATCTCGC 1141
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1078 CTGCAGTCTATGCAAGAAATTAATCAAAACTTTCCTAGTGTAGTTTCTTCATTATCTCGC 1137
Query 1142 ATGAAGCTCAATGAATCAATCAAAGACGAGATACTTTCAAACCAGAGAATGGTTCCCCCT 1201
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1138 ATGAAGCTCAATGAATCAATCAAAGAAGAGATACTTTCAAACCAGAGAATGGTTCCCCCT 1197
Query 1202 GGCAAGGCTTTGTTGGCTCTGAATGGTGCCCTGTTGAACATCGAAGATATTGATCTATAC 1261
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1198 GGCAAGGCTTTGTTGGCTCTGAATGGTGCCCTGTTGAACATCGAAGATATGGATCTATAC 1257
Query 1262 ATGTTGATGGATTTGGCTCATCAGGAATTGTCCCTGGCCAACCATTTTTCGAAGCTTAAG 1321
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1258 ATGTTGATGGATTTGGCTCATCAGGAATTGTCCCTGGCCAACCATTTTTCGAAGCTTAAG 1317
Query 1322 ATACCTGATGGAGCCATAAGGAAACTTCTACTAACTACCCCTCTCCCTGAACCGGATTCA 1381
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1318 ATACCTGATGGAGCCATACGGAAACTTCTACTAACTACCCCTCTCCCTGAACCGGATTCA 1377
Query 1382 TATCGGGTTGATTTCCGATCCGTGCATGTTACCTATCTCAACAATCTGGAAGAGGATGAT 1441
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1378 TATCGGGTTGATTTCCGTTCCGTGCATGTTACCTATCTCAACAATCTGGAAGAGGATGAT 1437
Query 1442 ATGTACAAGCGTTGGCGGAGTAATATTAACGAGATTTTGATGCCTGCCTTCCCTGGACAA 1501
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1438 ATGTACAAGCGTTGGCGGAGTAATATTAACGAGATTTTGATGCCTGCCTTCCCTGGACAA 1497
Query 1502 CTACGTTACATCCGAAAGAACCTATTCCATGCAGTTTACGTCATTGATCCAGCGACTGCC 1561
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1498 CTACGTTACATCCGAAAGAACCTATTCCATGCAGTTTACGTCATTGATCCAGCGACTCCC 1557
Query 1562 TGTGGTCTTGAGTCTATTGAAACTCTCAGATCTTTATATGAAAATCAACTCCCTGTGAGA 1621
|| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1558 TGCGGTCTTGAGTCCATTGATACTCTCAGATCTTTATACGAAAATCAACTCCCTGTGAGA 1617
Query 1622 TTTGGGGTGATATTATATTCAACTCAACTAATCAAGACA-ATCGAGAATAATGGTGGTCA 1680
|||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| | |||||| | |||||||||||
Sbjct 1618 TTTGGGGTGATATTATATTCCACTCAATTAATCAAGA-ATATCGAGCAGAATGGTGGTCA 1676
Query 1681 AATCCCATCTTCTGATGCAGTGACTAATGCCCAAGTTAAAGAGGACTTATCGACTATGGT 1740
||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||
Sbjct 1677 AATTCCATCTTCTGATGCAGCGACTAATGCCCAAGTTAAAGAGGACATATCCACTATGGT 1736
Query 1741 CATACGTCTTTTTCTGTACATCAAGGAGCACCATGGGATTCAAACAGCTTTTCAGTTCTT 1800
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1737 CATACGTCTTTTTCTGTACATCAAGGAGCACCATGGGATTCAAACAGCTTTTCAGTTCTT 1796
Query 1801 GGGCAATTTAAACACACTAAGGACTGAATCTGCTGATTCTTCCGAAGCAG-ACATTGAAC 1859
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||
Sbjct 1797 GGGCAATGTAAACACACTAAGGACTGAATCTGCTGATTCTTCCGAAG-AGGACATTGAAC 1855
Query 1860 AGGAGCACGTTGATGGTGCATTTGTTGAGACAATTTTACCAAAGGTTAAAACACTCCCTC 1919
|||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1856 AGGAACACGTTGATGGAGCATTTGTTGAGACAATTTTACCAAAGGTTAAAACACCCCCTC 1915
Query 1920 AGGATATATTGCTGAAACTGCGACAAGAGCACACTTTGAAGGAAGCATCTGAAGCAAGCT 1979
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1916 AGGATATATTGCTGAAACTGCAACAAGAGCACACTTTGAAGGAAGCATCTGAAGCGAGCT 1975
Query 1980 CCATGTTTGTATTTAAGTTGGGTCTGGCGAAATTGAAGTGTTCCTTTTTGATGAATGGCC 2039
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1976 CCATGTTTGTATTTAAGTTGGGTCTGGCGAAATTGAAGTGTTCCTTTTTGATGAATGGCC 2035
Query 2040 TTGTCTTTGATTCTGTTGAGGAAGAAACTCTTTTAAATGCCATGAATGAAGAGCTTCCCA 2099
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2036 TTGTCTTTGATTCCATTGAGGAAGAAACTCTTTTAAATGCCATGAATGATGAGCTTCCCA 2095
Query 2100 AGATACAAGAACAAGTTTATTACGGCCAGATAGAATCCCATACTAAGGTTTTGGACAAGT 2159
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| |
Sbjct 2096 AGATACAAGAACAAGTTTATTACGGCCAGATAGAATCCCGTACTAATGTTTTGGACAAAT 2155
Query 2160 TGCTTTCGGAAAGTGGTCTTAGCCGTTATAATCCACAGATTATTAGTGGAGGAAAGAACA 2219
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2156 TGCTTTCGGAAAGTGGTCTTAGCCGTTATAATCCACAGATTATTAGTGGAGGAAAGAACA 2215
Query 2220 AACCAAGGTTTGTGTCGCTAGCTTCATCTACCAGGAAAGGGGAATCTATGTTGAATGATG 2279
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2216 AACCAAGGTTTGTGTCTCTAGCTTCATCTACCAGGAAAGGGGAATCTATGTTGAATGATG 2275
Query 2280 TTAACTACTTGCATTCTCCTGAAACTTCAGAGGATGTGAAGTATGTGACTCATCTCCTTG 2339
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2276 TTAACTACTTGCATTCTCCTGAAACTTCAGAGGATGTTAAGTATGTGACTCATCTCCTTG 2335
Query 2340 CTGCTGATGTTGCAACGAAGAAAGGAATGAAATTGTTACATGAAGGAGTCCGTTACCTGA 2399
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2336 CTGCTGATGTCGCAACGAAGAAAGGAATGAAATTGTTACATGAAGGAATCCGTTACCTGA 2395
Query 2400 TTGGAGGTTCCAAAAGTGCTCGTCTTGGAGTCTTATTTAGTAGCAGCCAGAATGCTGACC 2459
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2396 TTGGAGGTTCCAAAAGTGCTCGTCTTGGAGTCTTATTTAG---CAGCCAGAATGCTGACC 2452
Query 2460 CACATAGCCTTCTATTTATAAAGTTTTTCGAAAAAACTGCTTCATCGTTTAGTCATAAGG 2519
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2453 CATATAGCCTTCTATTTATAAAGTTTTTCGAAAAAACTGCTTCATCATTTAGTCATAAGG 2512
Query 2520 AAAAGGTGCTATACTTCTTGGATAAACTATGCTTGTTTTACGAGCGTGAATATCTGTTAA 2579
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2513 AAAAGGTGCTATACTTCTTGGATAAACTATGCTTGTTTTACGAGCGTGAATATCTGTTAA 2572
Query 2580 AAACATCAGTGGAATCAGCTAGCTCTCAAATGTTTATTGATAAAGTCCTTGAGCTTGCTG 2639
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2573 AAACAGCAGTGGAATCAGCTAGCTCTCAAATGTTTATTGATAAAGTCCTTGAGCTTGCTG 2632
Query 2640 ATGAGTATGGGCTATCTTCTAAGGCATACCGATCTTGTCTCGTTGAATCAGTGGATGAAG 2699
| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2633 AGGAATATGGGCTATCTTCTAAGGCATACCGATCTTGTCTCGTTGAATCATTGGATGAAG 2692
Query 2700 AATTACTTAAGCGTTTGACAAAGGTCGCCCAATTCTTGTCTTGGGAACTTGGACTTGAAT 2759
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2693 AATTACTTAAGCGTTTGACAAAGGTCGCCCAATTCTTGTCTTGGGAACTTGGACTTGAAT 2752
Query 2760 CTGATGCAAATGCAATAATTTCAAATGGAAGGGTGATATTTCCTGTGGATGAGAGGACAT 2819
||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2753 CTGATGCAAATGCTATTATTTCAAATGGAAGGGTGATATTTCCTGTGGATGAGAGGACAT 2812
Query 2820 TTTTGGGCCAAGATTTACATCTTCTTGAGTCAATGGAGTTCAATCAAAGAGTAAAGCCTG 2879
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2813 TTTTGGGCCAAGATTTACATCTTCTTGAGTCAATGGAGTTCAATCAAAGAGTAAAGCCTG 2872
Query 2880 TTCAAGAAATTATTGAAGGCATTGAATGGCAAGATGTGGATCCCGATCTGCTGACAAGTA 2939
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||
Sbjct 2873 TTCAAGAAATTATTGAAGGCATTGAATGGCAAGATGTGGATCCTGATCTGCTCACAAGTA 2932
Query 2940 AATATTTTAGCGATGTCTTCATGTTTGTGTCATCTGCAATGGCAACACGGGATCGTAGTT 2999
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2933 AATATTTTAGCGATGTCTTCATGTTTGTGTCATCTGCAATGGCAACACGGGATCGTAGTT 2992
Query 3000 CTGAAAGTGCGCGGTTTGAGGTGTTGAATTCAGAATACAGTGCGGTTTTGCTGGGAAATG 3059
|||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2993 CTGAAAGTGCACGCTTTGAGGTGTTGAATTCAGAGTACAGTGCGGTTTTGCTGGGAAATG 3052
Query 3060 AAAATGCAACGATACACATTGATGCTGTTATCGATCCTTTAAGCCCTACTGGTCAAAAAC 3119
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 3053 AAAATGCAACGATACACATTGATGCTGTTATCGATCCTTTAAGTCCTACTGGTCAAAAAC 3112
Query 3120 TAGCATCACTTCTTCAAGTTCTACAGAAACATGTTCAGACGAGCATGAGGATTGTTCTGA 3179
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3113 TAGCATCACTTCTTCAAGTTCTACAGAAACATGTTCAGACGAGCATGAGGATTGTTCTGA 3172
Query 3180 ATCCCATGAGTTCCCTTGTGGACATTCCTCTGAAAAATTACTACAGATATGTCTTACCTA 3239
|||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3173 ATCCGATGAGTTCCCTTGTGGACATTCCTCTGAAGAATTACTACAGATATGTCTTACCTA 3232
Query 3240 ATACGGACGATTACAGCAGTACAGGCTTTGACGTAGATGGGCCTAAGGCATTTTTCGCAA 3299
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3233 ATACGGACGATTACAGCAGTACAGGCTTTGACGTAGATGGGCCTAAGGCATTTTTCGCAA 3292
Query 3300 ATATGCCATTGTCTAAGACACTTACCATGAATCTTGACGTTCCAGAGCCATGGCTGGTTG 3359
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 3293 ATATGCCATTGTCTAAGACACTTACCATGAATCTTGACGTTCCAGAGCCATGGCTTGTTG 3352
Query 3360 AACCAGTAATTGCCATTCATGATCTTGATAATATATTGCTTGAGAATCTAGGAGATACCA 3419
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||
Sbjct 3353 AACCAGTAATTGCCATTCATGATCTTGATAATATATTGCTTGAGAACCTGGGAGATACCA 3412
Query 3420 CTACACTGCAGGCAGTTTTTGAGGTTGAATCTCTTGTTCTTACAGGTCATTGCGCGGAAA 3479
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 3413 CTACACTGCAGGCAGTTTTTGAGGTTGAATCTCTTGTTCTTACAGGTCATTGCGCAGAAA 3472
Query 3480 AAGATCATGAGGCTCCTCGTGGCCTTCAGCTGATTCTGGGAACCAAAAATAGACCGCATT 3539
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3473 AAGATCATGAGGCTCCTCGTGGCCTTCAGCTGATTCTGGGAACCAAAAATAGACCGCATT 3532
Query 3540 TGGTTGATACCCTTGTAATGGCCAATTTGGGTTATTGGCAGATGAAAGTATCCCCAGGGG 3599
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3533 TGGTTGATACCCTTGTAATGGCCAATTTGGGTTATTGGCAGATGAAAGTATCCCCAGGGG 3592
Query 3600 TTTGGTATTTGCAACTTGCTCCGGGTAGAAGTTCGGAGCTATACGCTTTGAAAGGAGGAA 3659
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3593 TTTGGTATTTGCAACTTGCTCCGGGTAGAAGTTCTGAGCTATACGCTTTGAAAGGAGGAA 3652
Query 3660 ATGATGGGAGTCAAGATCAATCCTCGCTGAAACGTATAACTATCGATGATCTGCGTGGTA 3719
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 3653 ATGATGGGAGTCAAGATCAATCCTCACTGAAACGTATTACTATCGATGATCTGCGTGGTA 3712
Query 3720 AAGTTGTTCATCTAGAAGTAGTTAAGAGAAAGGGTAAGGAGCATGAAAAGTTGCTAGTTC 3779
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3713 AAGTTGTTCATCTAGAAGTAGTTAAGAGAAAGGGTAAGGAGCATGAAAAGTTGCTAGTTC 3772
Query 3780 CTTCAGACGGTGATGATGCTGTGCAACAAAACAAGGAAC-AGGGAAGCTGGAACTCAAAT 3838
|||||||||||||||||| |||||| |||||||| ||| ||| ||||||||||||||||
Sbjct 3773 CTTCAGACGGTGATGATGGTGTGCAGCAAAACAACAAACGAGG-AAGCTGGAACTCAAAT 3831
Query 3839 TTCTTGAAATGGGCGTCTGGTTTTGTTGGTGGTCGTCAACAATCAATGAAGGGAGGTCCT 3898
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3832 TTCTTGAAATGGGCGTCTGGTTTTGTTGGTGGTCGTCAACAATCAATGAAGGGAGGTCCC 3891
Query 3899 GACAAAGAGCATGAGAAGGGTGGGCGACAAGGGAAAACGATAAATATATTCTCCATTGCT 3958
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 3892 GAAAAAGAGCATGAGAAGGGTGGGCGACAAGGGAAAACGATAAATATATTCTCCATCGCT 3951
Query 3959 TCAGGGCATTTATACGAGCGTTTCCTTAAGATTATGATTCTCAGTGTCCTGAAGAACACC 4018
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3952 TCAGGGCATTTATACGAGCGTTTCCTTAAGATCATGATTCTCAGTGTCCTGAAGAACACC 4011
Query 4019 AATCGTCCTGTAAAATTCTGGTTTATTAAGAATTATCTCTCTCCTCAATTTAAGGATGTG 4078
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4012 AATCGTCCTGTAAAATTCTGGTTTATTAAGAATTATCTCTCTCCTCAATTTAAGGATGTG 4071
Query 4079 ATTCCACATATGGCACAAGAATACAACTTTGAGTATGAGCTGATTACATACAAATGGCCG 4138
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 4072 ATTCCACATATGGCACAAGAATACAACTTTGAGTATGAGCTGATTACATATAAATGGCCT 4131
Query 4139 TCCTGGTTGCATAAACAGAAAGAAAAGCAACGAATTATTTGGGCCTACAAAATTCTTTTC 4198
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4132 TCCTGGTTGCATAAACAGAAAGAAAAGCAACGAATTATTTGGGCCTACAAAATTCTTTTC 4191
Query 4199 CTTGATGTCATATTTCCTCTCTCATTGGAAAAGGTTATATTTGTCGACGCAGATCAAATT 4258
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4192 CTTGATGTTATATTTCCTCTCTCATTGGAAAAGGTTATATTTGTCGACGCAGATCAAATT 4251
Query 4259 ATAAGGACAGACATGGGAGAACTGTATGATATGGATATTAAAGGAAGACCTCTCGCGTAT 4318
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 4252 ATAAGGACAGACATGGGAGAACTGTATGATATGGATATCAAAGGAAGACCTCTCGCGTAT 4311
Query 4319 ACTCCTTTTTGTGACAACAACAGGGAAATGGATGGCTATAAATTTTGGAAACAGGGTTTC 4378
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||
Sbjct 4312 ACTCCTTTTTGTGACAACAACAGGGAAATGGATGGCTATCGATTTTGGAGACAGGGTTTC 4371
Query 4379 TGGAAAGAACATTTACGTGGTAGGCCATACCATATCAGTGCTCTATACGTTGTTGACTTG 4438
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 4372 TGGAAAGAACATTTACGTGGTAGGCCATACCATATCAGTGCTCTGTACGTTGTTGACTTG 4431
Query 4439 GTTAAGTTCCGAGAGACAGCGGCAGGAGATAATCTAAGAGTATTCTATGAGACGCTTAGC 4498
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 4432 GTTAAGTTCCGAGAGACAGCGGCAGGAGATAATCTAAGAGTATTTTATGAGACGCTTAGC 4491
Query 4499 AAGGATCCAAACAGTTTGTCCAACCTAGATCAGGATCTTCCTAATTATGCTCAGCATACT 4558
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4492 AAGGATCCAAATAGTTTGTCCAACCTAGATCAGGATCTTCCTAATTATGCTCAGCATACT 4551
Query 4559 GTTCCTATATTTTCACTTCCCCAAGAGTGGTTGTGGTGTGAATCCTGGTGTGGAAACGCC 4618
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 4552 GTTCCTATATTTTCACTTCCCCAAGAGTGGTTGTGGTGTGAATCTTGGTGTGGAAACGCC 4611
Query 4619 ACAAAAGCCAAGGCCAGAACAATCGATCTTTGCAATAATCCCATGACAAAGGAACCAAAG 4678
||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4612 ACAAAAGCCAAGGCCAGAACAATTGACCTTTGCAATAATCCCATGACAAAGGAACCAAAG 4671
Query 4679 CTTCAGGGTGCCCGAAGAATCGTAACCGAATGGCCCGATCTTGATCTCGAAGCACGAAAA 4738
|||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 4672 CTTCAGGGTGCCAGAAGAATCGTAACTGAATGGCCCGATCTTGATCTCGAAGCACGGAAA 4731
Query 4739 TTCACAGCAAAAATCTTGGGTGAAGATGTGGAACTC---AACGAGCCAGTAGCTGCTCCT 4795
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 4732 TTCACAGCAAAAATCTTGGGTGAAGATGTGGAACTCGTCAACGAGCCAGTAGCTGCTCCT 4791
Query 4796 GCTACAGACAAGCCTAATCCTCTTCCATCAAATGACATCTCTGAAGATACAGAACAAGAC 4855
|||||||| |||||||| |||| |||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||
Sbjct 4792 GCTACAGAGAAGCCTAACCCTCCTCCATCAAGTGACATCTCTAAAGATACAGAAGAAGAC 4851
Query 4856 TTGGAATCTAAAGCAGAACTGTAAAT 4881
||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4852 TTGGAATCTAAAGCAGAACTGTAAAT 4877
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 191848225493
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5