BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT1G71770.1 Length=2576 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg339396 jgi|Araly1|339396|fgenesh1_pg.C_scaffold_2001495 3027 0.0 > Ahg339396 jgi|Araly1|339396|fgenesh1_pg.C_scaffold_2001495 Length=2058 Score = 3027 bits (1639), Expect = 0.0 Identities = 1926/2064 (93%), Gaps = 21/2064 (1%) Strand=Plus/Plus Query 276 ATGGCTGCGGCGGTTGCATCTGGAATTGCCCCGACGACGGCCATGGTTGATCAAGTGATC 335 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 1 ATGGCTGCGGCGGTTGCATCTGGAATTGCCCCGACGACGGCCATGGTTGATCAAGT--TC 58 Query 336 CCTAATCAACCCACGGTTGCTGCTGCTGCTCCTCCTCCTTTCCCTGCCGTGAGTCAGGTT 395 || |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 59 CC-AATCAACCGACGGTTGCTGCTGCTCCTCCTCCTCCTTTCCCTGCCGTGAGTCAGATT 117 Query 396 GCGGCGGTtgctgctgctgctgctgcCGCGGAGGCTTTGCAAACCCATCCAAACTCGTCT 455 ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 118 GCGGCGGTTGCGGCTGCTGCTGCTGCCGCGGAGGCTTTGCAAACGCATCCAAACTCGTCT 177 Query 456 CTCTATGTCGGAGATTTAGATCCGAGTGTCAATGAGTCACATCTCTTGGATCTCTTTAAT 515 |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| || ||||||||||||||| Sbjct 178 CTCTATGTCGGAGATTTAGATCCGAGTGTCGATGAGCCACAACTGTTGGATCTCTTTAAT 237 Query 516 CAAGTTGCTCCAGTTCACAATCTTAGGGTTTGTCGTGATCTGACTCATCGTTCTCTTGGT 575 ||||||||||||||||| | | ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| Sbjct 238 CAAGTTGCTCCAGTTCAGACTGTTAGGGTTTGTCGTGATTTGACTCGTCGTTCTCTTGGT 297 Query 576 TACGCTTACGTCAATTTCGCTAACCCTGAAGATGCGAGTCGTGCGATGGAAAGTCTCAAC 635 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 298 TACGCTTACGTCAATTTCGCTAACCCTGAAGATGCGAGTCGTGCGATGGATAGTCTCAAC 357 Query 636 TATGCTCCGATCAGAGACAGGCCTATAAGGATCATGCTCTCTAATCGTGATCCGAGCACT 695 |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 358 TATGCTCCGATCAGGGACAGGCCTATAAGGATCATGCTCTCGAATCGTGATCCGAGCACT 417 Query 696 AGATTGAGTGGGAAAGGCAATGTTTTCATCAAAAACCTTGATGCATCGATTGATAACAAA 755 |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||| Sbjct 418 CGATTGAGTGGAAAAGGCAATGTTTTCATCAAAAACCTCGATCCATCGATCGATAACAAA 477 Query 756 GCTTTGTATGAAACTTTCTCGTCTTTCGGGACGATTCTCTCTTGCAAGGTTGCAATGGAT 815 |||||||||||||| |||||| |||||||||| || |||||||||||||||||||||||| Sbjct 478 GCTTTGTATGAAACATTCTCGGCTTTCGGGACTATCCTCTCTTGCAAGGTTGCAATGGAT 537 Query 816 GTGGTGGGACGTTCGAAAGGATATGGCTTTGTCCAGTTTGAGAAAGAGGAAACCGCTCAG 875 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 538 GCGGTGGGACGTTCGAAAGGATATGGCTTTGTCCAGTTTGAGAAAGAGGAAACCGCTCAG 597 Query 876 GCTGCTATTGACAAGCTTAATGGTATGTTGCTTAATGATAAGCAAGTCTTTGTTGGCCAT 935 ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 598 GCTGCTATTGACAAGCTTAATGGCATGTTGCTTAATGATAAGCAAGTCTTTGTTGGCCAT 657 Query 936 TTTGTCCGTCGTCAAGACAGGGCACGTAGTGAGAGTGGTGCGGTGCCGAGCTTCACTAAC 995 ||||| |||||||| |||||| | ||||||||||| |||||||||||| | |||||||| Sbjct 658 TTTGTTCGTCGTCAGGACAGGTCTCGTAGTGAGAGCGGTGCGGTGCCGCGTTTCACTAAT 717 Query 996 GTTTATGTTAAGAATCTTCCTAAGGAGATTACTGATGATGAGCTTAAGAAGACTTTTGGG 1055 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 718 GTTTATGTTAAGAATCTTCCTAAGGAGATTACTGATGATGAGCTTAAGAAGACTTTTGGG 777 Query 1056 AAATATGGAGATATTTCTAGTGCGGTTGTGATGAAGGATCAGAGTGGGAACTCGAGGTCT 1115 |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 778 AAATATGGAGATATCTCTAGTGCGGTTGTGATGAAAGATCAGAGTGGGAACTCGAGGTCT 837 Query 1116 TTCGGGTTTGTCAACTTTGTGAGCCCTGAAGCTGCTGCAGTTGCTGTTGAAAAGATGAAC 1175 ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| Sbjct 838 TTCGGGTTTGTGAACTTTGAGAGCCCTGAAGCTGCTGCCGTTGCGGTTGAAAAGATGAAC 897 Query 1176 GGTATCAGCCTTGGGGAGGATGTGTTGTATGTTGGTAGGGCACAGAAGAAGTCTGATAGG 1235 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| Sbjct 898 GGTATCAGCCTTGGGGAGGATGTGTTGTATGTTGGGAGGGCACAGAAGAAGTCTGAGAGG 957 Query 1236 GAAGAGGAATTGAGGAGGAAGTTTGAGCAAGAGAGGATAAGCAGGTTTGAGAAATTGCAA 1295 ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 958 GAAGAGGAATTGAGGAGAAAGTTTGAGCAAGAGAGGATAAGCAGGTTTGAGAAATTACAA 1017 Query 1296 GGATCGAATCTGTATTTGAAGAACCTTGATGATAGTGTGAATGATGAGAAGCTCAAGGAG 1355 ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 1018 GGATCAAATCTGTATTTGAAGAACCTTGATGATAGCGTGAATGATGAGAAGCTCAAGGAG 1077 Query 1356 ATGTTCTCTGAGTATGGGAATGTGACTTCCTGCAAGGTTATGATGAATTCACAAGGTTTA 1415 |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1078 ATGTTCTCTGAGTATGGGAACGTGACCTCCTGCAAGGTTATGATGAATTCACAAGGTTTG 1137 Query 1416 AGCAGAGGTTTTGGTTTTGTTGCTTACTCCAATCCTGAAGAAGCTTT-ATTAGCTATGAA 1474 |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | |||| ||| Sbjct 1138 AGCAGAGGCTTTGGTTTTGTTGCTTACTCCAGTCCTGAAGAAGCTTCGAG-AGCTTTGAG 1196 Query 1475 AGAAATGAATGGGAAGATGATAGGAAGGAAACCTCTTTACGTTGCTTTGGCACAACGTAA 1534 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| || Sbjct 1197 TGAAATGAATGGGAAGATGATAGGAAGGAAACCTCTTTACGTTGCTTTTGCTCAACGCAA 1256 Query 1535 GGAAGAAAGACAGGCTCACCTTCAGAGTCTATTTACTCAAATCAGATCACCTGGAACAAT 1594 |||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||||| Sbjct 1257 AGAAGAAAGACGGGCTCACCTTCAGACTCTATTTACTCATATCAGATCACCTGGGACAAT 1316 Query 1595 GTCACCAGTTCCATCACCGATGTCTGGGTTCCATCATCACCCACCAGGTGGGCCAATGTC 1654 ||| ||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 1317 GTCGCCAATTCCATCACCAATGCCTGGGTTCCATCATCACCCACCAGGAGGGCCAATGTC 1376 Query 1655 AGGACCACACCATCCAA---TGTTCATAGGCCATAACGGTCAAGGTTTGGTACCTTCACA 1711 |||||||||||| |||| ||| |||||| || || ||||||||| ||||||| |||| Sbjct 1377 AGGACCACACCACCCAACAATGTACATAGGTCAGAATGGTCAAGGTCTGGTACCCCCACA 1436 Query 1712 GCCTATGGGGTATGGGTACCAAGTTCAGTTCATGCCTGGGATGCGTCCAGGTGCAGGCCC 1771 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| Sbjct 1437 ACCTATGGGGTATGGGTACCAAGTTCAGTTCATGCCCGGGGTGCGTCCAGGTGCAGGCCC 1496 Query 1772 GCCTAACTTCATGATGCCTTTCCCTCTTCAAAGGCAAACTCAGCCTGGCCCTCGTGTTGG 1831 | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 1497 GGCTAACTACATGATGCCTTTCCCTCTTCAAAGGCAAACTCAGCCTGGTCCTCGTGTTGG 1556 Query 1832 GTTCAGGCGTGGTGCTAATAACATGCAGCAGCAGTTTCAGCAACAACAAATGCTGCAGCA 1891 ||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||| |||||||| Sbjct 1557 GTTCAGGCGTGGTGCTAATAACATGCAGCAGCACTTCCAACAACAACAAATTCTGCAGCA 1616 Query 1892 AAATGCAAGCA-G--A-T----T-CATGGGAGGCGCAGGCAACAGGAGGAATGGAATGGA 1942 |||||||||| | | | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1617 AAATGCAAGCCCGGGAATGCGATACATGGGAGGCGCAGGCAACAGGAGGAATGGAATGGA 1676 Query 1943 AGCATCTGCTCCACAAGGCATCATCCCTTTGCCATTGAATGCATCTGCAAACTCTCACAA 2002 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| Sbjct 1677 AGCATCTGCTCCACAAGGCATCATCCCTTTGCCATTGAATGCGTCTGCAATCTCTCACAA 1736 Query 2003 TGCTCCGCAACGCTCTCACAAGCCAACTCCCCTCACCATTTCTAAGCTCGCATCTGATTT 2062 |||||| |||| | | || |||||| ||| |||||||||||| ||||| ||||||||||| Sbjct 1737 TGCTCCTCAACACCCGCATAAGCCACCTCTCCTCACCATTTCCAAGCTTGCATCTGATTT 1796 Query 2063 GGCTTTGGCTAGCCCCG-ACAAACACCCACGGATGCTTGGGGATCATCTTTACCCACTTG 2121 |||||||||| ||||| | |||||||||| |||||||||||| | ||||||||||||| Sbjct 1797 GGCTTTGGCTC-CCCCGGAGAAACACCCACAGATGCTTGGGGAGAACCTTTACCCACTTG 1855 Query 2122 TGGAGCAGCAGGAGCCAGCAA-ATGCTGCTAAAGTTACCGGGATGTTGCTGGAGATGGAT 2180 ||| |||||||||||||| || |||| || |||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 1856 TGGCGCAGCAGGAGCCAG-AATATGCGGCCAAAGTTACTGGGATGTTGCTGGAGATGGAT 1914 Query 2181 CAAGCTGAGATTTTGCACCTTCTTGAGTCACCTGAAGCTCTTAAGGCTAAAGTGTCCGAG 2240 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 1915 CAAGCTGAGATTTTGCACCTTCTTGAGTCACCTGAAGCTCTTAAGGCTAAAGTTTCCGAG 1974 Query 2241 GCTCTGGATGTTCTCAGACGCTCTGCTGATCCAGCAGCTGTGTCATCTGTTGATGACCAG 2300 ||||||||||||||||||| ||||||| || || |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1975 GCTCTGGATGTTCTCAGACTCTCTGCTAATGCACCAGCTGTGTCATCTGTTGATGACCAG 2034 Query 2301 TTTGCTCTATCCTCATCCGAGTGA 2324 ||||||||||||||| |||||||| Sbjct 2035 TTTGCTCTATCCTCAACCGAGTGA 2058 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 97130124750 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5