BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G71770.1
Length=2576
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg339396 jgi|Araly1|339396|fgenesh1_pg.C_scaffold_2001495 3027 0.0
> Ahg339396 jgi|Araly1|339396|fgenesh1_pg.C_scaffold_2001495
Length=2058
Score = 3027 bits (1639), Expect = 0.0
Identities = 1926/2064 (93%), Gaps = 21/2064 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 276 ATGGCTGCGGCGGTTGCATCTGGAATTGCCCCGACGACGGCCATGGTTGATCAAGTGATC 335
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1 ATGGCTGCGGCGGTTGCATCTGGAATTGCCCCGACGACGGCCATGGTTGATCAAGT--TC 58
Query 336 CCTAATCAACCCACGGTTGCTGCTGCTGCTCCTCCTCCTTTCCCTGCCGTGAGTCAGGTT 395
|| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 59 CC-AATCAACCGACGGTTGCTGCTGCTCCTCCTCCTCCTTTCCCTGCCGTGAGTCAGATT 117
Query 396 GCGGCGGTtgctgctgctgctgctgcCGCGGAGGCTTTGCAAACCCATCCAAACTCGTCT 455
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 118 GCGGCGGTTGCGGCTGCTGCTGCTGCCGCGGAGGCTTTGCAAACGCATCCAAACTCGTCT 177
Query 456 CTCTATGTCGGAGATTTAGATCCGAGTGTCAATGAGTCACATCTCTTGGATCTCTTTAAT 515
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| || |||||||||||||||
Sbjct 178 CTCTATGTCGGAGATTTAGATCCGAGTGTCGATGAGCCACAACTGTTGGATCTCTTTAAT 237
Query 516 CAAGTTGCTCCAGTTCACAATCTTAGGGTTTGTCGTGATCTGACTCATCGTTCTCTTGGT 575
||||||||||||||||| | | ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||
Sbjct 238 CAAGTTGCTCCAGTTCAGACTGTTAGGGTTTGTCGTGATTTGACTCGTCGTTCTCTTGGT 297
Query 576 TACGCTTACGTCAATTTCGCTAACCCTGAAGATGCGAGTCGTGCGATGGAAAGTCTCAAC 635
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 298 TACGCTTACGTCAATTTCGCTAACCCTGAAGATGCGAGTCGTGCGATGGATAGTCTCAAC 357
Query 636 TATGCTCCGATCAGAGACAGGCCTATAAGGATCATGCTCTCTAATCGTGATCCGAGCACT 695
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 358 TATGCTCCGATCAGGGACAGGCCTATAAGGATCATGCTCTCGAATCGTGATCCGAGCACT 417
Query 696 AGATTGAGTGGGAAAGGCAATGTTTTCATCAAAAACCTTGATGCATCGATTGATAACAAA 755
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||||
Sbjct 418 CGATTGAGTGGAAAAGGCAATGTTTTCATCAAAAACCTCGATCCATCGATCGATAACAAA 477
Query 756 GCTTTGTATGAAACTTTCTCGTCTTTCGGGACGATTCTCTCTTGCAAGGTTGCAATGGAT 815
|||||||||||||| |||||| |||||||||| || ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 478 GCTTTGTATGAAACATTCTCGGCTTTCGGGACTATCCTCTCTTGCAAGGTTGCAATGGAT 537
Query 816 GTGGTGGGACGTTCGAAAGGATATGGCTTTGTCCAGTTTGAGAAAGAGGAAACCGCTCAG 875
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 538 GCGGTGGGACGTTCGAAAGGATATGGCTTTGTCCAGTTTGAGAAAGAGGAAACCGCTCAG 597
Query 876 GCTGCTATTGACAAGCTTAATGGTATGTTGCTTAATGATAAGCAAGTCTTTGTTGGCCAT 935
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 598 GCTGCTATTGACAAGCTTAATGGCATGTTGCTTAATGATAAGCAAGTCTTTGTTGGCCAT 657
Query 936 TTTGTCCGTCGTCAAGACAGGGCACGTAGTGAGAGTGGTGCGGTGCCGAGCTTCACTAAC 995
||||| |||||||| |||||| | ||||||||||| |||||||||||| | ||||||||
Sbjct 658 TTTGTTCGTCGTCAGGACAGGTCTCGTAGTGAGAGCGGTGCGGTGCCGCGTTTCACTAAT 717
Query 996 GTTTATGTTAAGAATCTTCCTAAGGAGATTACTGATGATGAGCTTAAGAAGACTTTTGGG 1055
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 718 GTTTATGTTAAGAATCTTCCTAAGGAGATTACTGATGATGAGCTTAAGAAGACTTTTGGG 777
Query 1056 AAATATGGAGATATTTCTAGTGCGGTTGTGATGAAGGATCAGAGTGGGAACTCGAGGTCT 1115
|||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 778 AAATATGGAGATATCTCTAGTGCGGTTGTGATGAAAGATCAGAGTGGGAACTCGAGGTCT 837
Query 1116 TTCGGGTTTGTCAACTTTGTGAGCCCTGAAGCTGCTGCAGTTGCTGTTGAAAAGATGAAC 1175
||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||
Sbjct 838 TTCGGGTTTGTGAACTTTGAGAGCCCTGAAGCTGCTGCCGTTGCGGTTGAAAAGATGAAC 897
Query 1176 GGTATCAGCCTTGGGGAGGATGTGTTGTATGTTGGTAGGGCACAGAAGAAGTCTGATAGG 1235
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||
Sbjct 898 GGTATCAGCCTTGGGGAGGATGTGTTGTATGTTGGGAGGGCACAGAAGAAGTCTGAGAGG 957
Query 1236 GAAGAGGAATTGAGGAGGAAGTTTGAGCAAGAGAGGATAAGCAGGTTTGAGAAATTGCAA 1295
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 958 GAAGAGGAATTGAGGAGAAAGTTTGAGCAAGAGAGGATAAGCAGGTTTGAGAAATTACAA 1017
Query 1296 GGATCGAATCTGTATTTGAAGAACCTTGATGATAGTGTGAATGATGAGAAGCTCAAGGAG 1355
||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1018 GGATCAAATCTGTATTTGAAGAACCTTGATGATAGCGTGAATGATGAGAAGCTCAAGGAG 1077
Query 1356 ATGTTCTCTGAGTATGGGAATGTGACTTCCTGCAAGGTTATGATGAATTCACAAGGTTTA 1415
|||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1078 ATGTTCTCTGAGTATGGGAACGTGACCTCCTGCAAGGTTATGATGAATTCACAAGGTTTG 1137
Query 1416 AGCAGAGGTTTTGGTTTTGTTGCTTACTCCAATCCTGAAGAAGCTTT-ATTAGCTATGAA 1474
|||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | |||| |||
Sbjct 1138 AGCAGAGGCTTTGGTTTTGTTGCTTACTCCAGTCCTGAAGAAGCTTCGAG-AGCTTTGAG 1196
Query 1475 AGAAATGAATGGGAAGATGATAGGAAGGAAACCTCTTTACGTTGCTTTGGCACAACGTAA 1534
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||
Sbjct 1197 TGAAATGAATGGGAAGATGATAGGAAGGAAACCTCTTTACGTTGCTTTTGCTCAACGCAA 1256
Query 1535 GGAAGAAAGACAGGCTCACCTTCAGAGTCTATTTACTCAAATCAGATCACCTGGAACAAT 1594
|||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| |||||
Sbjct 1257 AGAAGAAAGACGGGCTCACCTTCAGACTCTATTTACTCATATCAGATCACCTGGGACAAT 1316
Query 1595 GTCACCAGTTCCATCACCGATGTCTGGGTTCCATCATCACCCACCAGGTGGGCCAATGTC 1654
||| ||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1317 GTCGCCAATTCCATCACCAATGCCTGGGTTCCATCATCACCCACCAGGAGGGCCAATGTC 1376
Query 1655 AGGACCACACCATCCAA---TGTTCATAGGCCATAACGGTCAAGGTTTGGTACCTTCACA 1711
|||||||||||| |||| ||| |||||| || || ||||||||| ||||||| ||||
Sbjct 1377 AGGACCACACCACCCAACAATGTACATAGGTCAGAATGGTCAAGGTCTGGTACCCCCACA 1436
Query 1712 GCCTATGGGGTATGGGTACCAAGTTCAGTTCATGCCTGGGATGCGTCCAGGTGCAGGCCC 1771
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1437 ACCTATGGGGTATGGGTACCAAGTTCAGTTCATGCCCGGGGTGCGTCCAGGTGCAGGCCC 1496
Query 1772 GCCTAACTTCATGATGCCTTTCCCTCTTCAAAGGCAAACTCAGCCTGGCCCTCGTGTTGG 1831
| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1497 GGCTAACTACATGATGCCTTTCCCTCTTCAAAGGCAAACTCAGCCTGGTCCTCGTGTTGG 1556
Query 1832 GTTCAGGCGTGGTGCTAATAACATGCAGCAGCAGTTTCAGCAACAACAAATGCTGCAGCA 1891
||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||| ||||||||
Sbjct 1557 GTTCAGGCGTGGTGCTAATAACATGCAGCAGCACTTCCAACAACAACAAATTCTGCAGCA 1616
Query 1892 AAATGCAAGCA-G--A-T----T-CATGGGAGGCGCAGGCAACAGGAGGAATGGAATGGA 1942
|||||||||| | | | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1617 AAATGCAAGCCCGGGAATGCGATACATGGGAGGCGCAGGCAACAGGAGGAATGGAATGGA 1676
Query 1943 AGCATCTGCTCCACAAGGCATCATCCCTTTGCCATTGAATGCATCTGCAAACTCTCACAA 2002
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||
Sbjct 1677 AGCATCTGCTCCACAAGGCATCATCCCTTTGCCATTGAATGCGTCTGCAATCTCTCACAA 1736
Query 2003 TGCTCCGCAACGCTCTCACAAGCCAACTCCCCTCACCATTTCTAAGCTCGCATCTGATTT 2062
|||||| |||| | | || |||||| ||| |||||||||||| ||||| |||||||||||
Sbjct 1737 TGCTCCTCAACACCCGCATAAGCCACCTCTCCTCACCATTTCCAAGCTTGCATCTGATTT 1796
Query 2063 GGCTTTGGCTAGCCCCG-ACAAACACCCACGGATGCTTGGGGATCATCTTTACCCACTTG 2121
|||||||||| ||||| | |||||||||| |||||||||||| | |||||||||||||
Sbjct 1797 GGCTTTGGCTC-CCCCGGAGAAACACCCACAGATGCTTGGGGAGAACCTTTACCCACTTG 1855
Query 2122 TGGAGCAGCAGGAGCCAGCAA-ATGCTGCTAAAGTTACCGGGATGTTGCTGGAGATGGAT 2180
||| |||||||||||||| || |||| || |||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1856 TGGCGCAGCAGGAGCCAG-AATATGCGGCCAAAGTTACTGGGATGTTGCTGGAGATGGAT 1914
Query 2181 CAAGCTGAGATTTTGCACCTTCTTGAGTCACCTGAAGCTCTTAAGGCTAAAGTGTCCGAG 2240
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1915 CAAGCTGAGATTTTGCACCTTCTTGAGTCACCTGAAGCTCTTAAGGCTAAAGTTTCCGAG 1974
Query 2241 GCTCTGGATGTTCTCAGACGCTCTGCTGATCCAGCAGCTGTGTCATCTGTTGATGACCAG 2300
||||||||||||||||||| ||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1975 GCTCTGGATGTTCTCAGACTCTCTGCTAATGCACCAGCTGTGTCATCTGTTGATGACCAG 2034
Query 2301 TTTGCTCTATCCTCATCCGAGTGA 2324
||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2035 TTTGCTCTATCCTCAACCGAGTGA 2058
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 97130124750
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5