BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G72440.1
Length=3292
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg316209 jgi|Araly1|316209|fgenesh1_pm.C_scaffold_2001242 2324 0.0
> Ahg316209 jgi|Araly1|316209|fgenesh1_pm.C_scaffold_2001242
Length=3090
Score = 2324 bits (1258), Expect = 0.0
Identities = 1391/1453 (96%), Gaps = 18/1453 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1683 TGAAATGTTTATTGGGCTTCTTCTCAGAGCCATGAAAAATGATATAAATATCAAGCGTGT 1742
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||
Sbjct 1653 TGAAATGTTTATTGGGCTTCTTCTCAGAGCCATGAAAAATGATATAAATGTGAAGCGTGT 1712
Query 1743 GGCTGCCTTCTCCAAAAGAGTCTTGCAGGTTGCGCTTCAACAGCCACCACAGTATGCCTG 1802
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1713 GGCTGCATTCTCCAAAAGAGTCTTGCAGGTTGCGCTTCAACAGCCACCACAGTATGCCTG 1772
Query 1803 TGGATGCCTTTTCCTATTATCTGAAGTCTTAAAATCAAGGCCACCTCTATGGAAGATGGT 1862
|||||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1773 TGGATGCCTTTTCCTATTGTCTGAAGTGTTAAAAGCAAGGCCACCTCTATGGAAGATGGT 1832
Query 1863 GGTCCAGAGGGAATCAGTTGAGGAAGAAGAAGATATAGAACATTTTGAGGATGTGATAGA 1922
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1833 GGTCCAGAGGGAATCAGTTGAGGAAGAAGAAGATGTAGAACATTTTGAGGATGTGATAGA 1892
Query 1923 GGGAGATGATGTTGATCCCAATAAGAAAGCAGAGAATGACGAGAATGTTGTTGAAGTTGA 1982
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1893 GGGAGATGATATTGATCCCAATAAGAAAGCAGAGAATGACGAGAATGATGTTGAAGTTGA 1952
Query 1983 TCATGATGGTGTCGAAAAGTCAAGTAGAGATGGTGATTCTTCTTCAGATGACGAAGAGGC 2042
||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1953 TCATGATGGTGGCGAAAAGACAAGTAGAGATGGTGATTCTTCTTCAGATGACGAAGAGGC 2012
Query 2043 TTTGGCAATCAGGCTATCTGATGAAGAAGATGATAATGCTTCTGATGATTCTGAAGAGCT 2102
||||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2013 TTTGGCAGTCAGGCAATCTGATGAAGAAGATGATTATGCTTCTGATGATTCTGAAGAGCT 2072
Query 2103 AATTAGAAACGAAACTCCCCAGCTTGAAGAAGTCATGGAGGTTTCTAATGATATGGAAAA 2162
||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2073 AATTAGAAACGAAACTCCCCAGCTTCAAGAAACCATGGAGGTCTCTAATGATATGGAAAA 2132
Query 2163 AAGAAGCCAACCGCCAATGAGACCGAGTTCTCTTCCTGGAGGATATGATCCTCGTCATAG 2222
||||||||||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2133 AAGAAGCCAACCGCCTGTGAAATCGAGTTCTCTTCCTGGAGGATATGATCCTCGTCATAG 2192
Query 2223 AGAACCTTCTTACTGTAACGCAGACCGTGCAAGTTGGTGGGAATTGGGGGTTCTTTCAAA 2282
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||
Sbjct 2193 AGAACCTTCTTACTGTAACGCAGACCGTGCAAGTTGGTGGGAGTTGGTGGTTCTTTCAAA 2252
Query 2283 ACATGCTCACCCCTCGGTTGCTACAATGGCTGGAACCCTTCTCTCAGGAACAAATATTGT 2342
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2253 ACATGCTCACCCCTCGGTTGCTACAATGGCGGGAACCCTTCTCTCAGGAACAAATATTGT 2312
Query 2343 TTACAACGGAAACCCGCTGAACGATTTATCTCTAACTGCTTTCTTGGATAAATTCATGGA 2402
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2313 TTACAACGGAAACCCGCTGAACGATTTATCTCTAACTGCTTTCTTGGATAAATTCATGGA 2372
Query 2403 GAAGAAACCAAAGCAAAACACTTGGCATGGTGGTTCCCAGATTGAACCTTCCAAGAAGCT 2462
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2373 GAAGAAACCAAAGCAAAACACTTGGCATGGTGGTTCCCAGATCGAACCTTCCAAGAAGCT 2432
Query 2463 TGACATGTCAAACCGTGTGATTGGAGCTGAAATTCTCTCATTAGCAGAAGGAGATGTGGC 2522
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2433 TGACATGTCAAACCGTGTGATTGGAGCTGAGATTCTCTCATTAGCAGAAGGAGACGTGGC 2492
Query 2523 TCCTGAAGATCTAGTCTTCCACAAGTTCTATGTGAACAAGATGACCAGTACGAAGCAGTC 2582
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2493 TCCTGAAGATCTAGTCTTCCACAAGTTCTATGTGAACAAGATGAACAGTACGAAGCAGTC 2552
Query 2583 aaag--aaa-aagaagaagaagaagctacctgaagaagaagctgctgaagaaCTTTACGA 2639
|||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2553 AAAGAAAAAGAAGAAGAAGAAGAAGCTACCTGAAGAAGAAGCTGCTGAAGAACTTTACGA 2612
Query 2640 TGTGAATGATGGAGATGGTGGAGAAAACTACGATAGTGATGTTGAATTCGAGGCTGGTGA 2699
|||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2613 TGTGAATGATGGTGATGGTGGAGAAAACTACGGTAGTGATGTTGAATTCGAGGGTGGTGA 2672
Query 2700 TGAGAGTGACAATGAGGAGATTGAGAATATGCTGGATGATGTTGATGATAATGCTGTGGA 2759
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2673 TGAGAGTGACAATGAGGAGATTGAGAATATGCTGGATGATGTTGATGATAATGCTGTGGA 2732
Query 2760 AGAAGAGGGCGGTGAATATGACTATGATGATCTAGATGGAGTAGCCGGCGAGGATGATGA 2819
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2733 AGAAGAGGGCGGTGAATATGACTATGATGATCTAGATGGAGTAGCCGGCGAGGATGATGA 2792
Query 2820 AGAGCTCGTGGCTGATGTGAGCGATGCAGAGATGGACACAGACATGGACATGGACCtgat 2879
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2793 AGAGCTCGTGGCTGATGTGAGCGATGCAGAGATGGACACAGACATGGACATGGACCTGAT 2852
Query 2880 tgatgatgaagatgataacaacgttgatgatgatggtactggtgatggtggtgatgatga 2939
|||||| ||||||| | | ||||||| || || | || | ||||||||||||
Sbjct 2853 TGATGAGGAAGATG-T-------T-GATGATGGTGATA--G-TG--G-TGGTGATGATGA 2897
Query 2940 tagtgatggtgatgatggtCGTAGTaagaagaaaaagaaagagaaaagaaaaCGGAAATC 2999
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2898 TAGTGATGGTGATGATGGTCGTGGTAAGAAGAAAAAGAAAGAGAAAAGAAAACGGAAATC 2957
Query 3000 TCCATTTGCGAGTCTTGAAGAGTACAAGCATTTGATAGACCAAGACGagaaagaggattc 3059
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||
Sbjct 2958 TCCATTTGCGAGTCTTGAAGAGTACGAGCATTTGATAGACCAAGACGAGAAGGATAATTC 3017
Query 3060 gaagactaaaagaaaagcaacatcagagcccacaaagaagaagaaaaagaagaagtctaa 3119
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||
Sbjct 3018 GAAGTCTAAAAGAAAAGCAACATCAGAGCCCACAAAGAAGAAGAAAAAAAAGAAGACCAA 3077
Query 3120 agcatcagagtaa 3132
|||||||||||||
Sbjct 3078 AGCATCAGAGTAA 3090
Score = 1387 bits (751), Expect = 0.0
Identities = 799/823 (97%), Gaps = 0/823 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 792 GTTATTACCTGATCGCAAGCTGAAGTCACTTTTACAGCGACCTTTAAACATCATTCCGGA 851
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||||
Sbjct 831 GTTATTACCTGATCGCAAGCTGAAGACACTTTTACAGCGACCCTTAAACAGGATTCCGGA 890
Query 852 AAATAAGGATGGTTACTCGCTTTTGCTGTTTTGGTACTGGGAGGATTGCTTGAAACAGAG 911
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 891 AAATAAGGATGGTTACTCGCTTTTGCTGTTTTGGTACTGGGAGGATTGCTTGAAACAGAG 950
Query 912 GTATGAGCGCTTCGTCACAGCCCTTGATGAATCATCTAAAGATATGCTTCCAGAGCTGAA 971
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 951 GTATGAGCGCTTCGTCACAGCCCTTGATGAATCATCTAAAGATATGCTTCCAGAGCTTAA 1010
Query 972 GGACAAGGCTTTAAAGACAATATATTTCATGTTGACAAGCAAATCAGAACAAGAGCGGAA 1031
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1011 AGACAAGGCTTTAAAGACAATATATTTCATGTTGACAAGCAAATCAGAACAAGAGCGGAA 1070
Query 1032 ATTGCTAGTGTCATTGGTGAACAAGTTGGGGGATCCTCAAAACAAGAGTGCATCTAATGC 1091
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1071 ATTGCTAGTGTCATTGGTGAACAAGCTGGGGGATCCTCAAAACAAGAGTGCATCTAATGC 1130
Query 1092 TGATTATCATCTGACAAATCTTTTGGCTGATCATCCTAACATGAAGGCTGTGGTTATAGA 1151
||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1131 TGATTATCACCTGACAAATCTTTTGGCGGATCATCCTAACATGAAGGCTGTGGTTATAGA 1190
Query 1152 TGAAGTTGACTCCTTTCTCTTCCGACCCCATCTTGGGTTACGAGCAAAGTATCATGCTGT 1211
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||
Sbjct 1191 TGAAGTTGACTCCTTTCTCTTCCGACCCCATCTTGGGTTACGTGCAAAATATCATGCTGT 1250
Query 1212 TAACTTTTTGAGTCAGATCCGATTGAGCCACAAAGGAGAGGATCCAAAGGTGGCAAAACG 1271
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1251 TAACTTTTTGAGTCAGATCCGATTGAGCCACAAAGGAGAGGATCCAAAGGTGGCAAAACG 1310
Query 1272 TCTAATTGATGTATATTTTGCCCTGTTTAAGGTTTTAACTACAGAAGCAAATAGGAAACA 1331
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1311 TCTAATTGATGTATATTTTGCCCTATTTAAGGTTTTAACTACAGAAGCAAATAGGAAACA 1370
Query 1332 AGGTGCAGATGACAAAGGAGCCGCTGATAAGAAAAAATCCAACCCAAAGGACACAAAGCA 1391
||| |||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1371 AGGCGCAGATGACAAAGGAGCCGCGGAGAAGAAAAAGTCCAACCCAAAGGACACAAAACA 1430
Query 1392 AGAAGTGTCAACTGATTCACCTATTGAGTTGGATTCAAGAATTCTATCAGCTCTACTGAC 1451
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1431 AGAAGTGGCAACTGATTCACCTATTGAGTTGGATTCAAGAATTCTATCAGCTCTACTGAC 1490
Query 1452 GGGAGTTAACAGAGCTTTTCCATATGTTTCCACTGACGAGGCTGATGATATAATTGAATC 1511
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1491 GGGAGTTAACAGAGCTTTTCCATATGTTTCCACTGACGAGGCTGATGATATAATTGAATC 1550
Query 1512 CCAGACGCCAGTGCTTTTCAAACTGGTACATTCGGCGAATTTCAATGTAGGAGTCCAATC 1571
||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 1551 CCAGACGCCGGTGCTGTTCAAACTGGTACACTCGGCGAATTTCAATGTGGGAGTTCAATC 1610
Query 1572 ACTGATGCTTCTTGACAAGATCTCATCCAAGAATAAGATTGTT 1614
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1611 ACTGATGCTTCTTGACAAGATCTCATCTAAGAATAAGATTGTT 1653
Score = 1253 bits (678), Expect = 0.0
Identities = 757/795 (95%), Gaps = 6/795 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGTCAAAGATAAAGCCTTTGAGTAAATCATCGCAGGACTTGAGTCTTCTCACATCTGAT 60
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGTCAAAGTTAAAGCCTTTGAGTAAATCATCGCAGGACTTGAGTCTTCTCACATCTGAT 60
Query 61 ATCGCATCATTCGCTTCTTCTATTGGCTTAGCTTC-TGCTCTTCCTTCTTCGGGTTTCAA 119
||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||
Sbjct 61 ATCGCATCATTCGCTTCTTCTATCGGCTTAGCTTCAT-CTCTTCCTTCTTCTGGTTTCAA 119
Query 120 CGACACTGATTTCCGAAAACCAGCTAAATCCAAAACCCAGAAACGGAAAAAGCCTAAGAA 179
||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 120 CGATACTGATTTCCGAAAACCTGCTAAATCCCAAACCCAGAAACGGAAAAAACCTAAGAA 179
Query 180 GGATCAGCAACACAAGGATGAAGATGAAGAAGGAGAGCCAAAATCGAACATTGGGAATGA 239
||| ||| |||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 180 GGAGCAGAAACACAAGAATGAAGTTAAAGAAGGAGAGCCAAAATCGAACATTGGGAATGA 239
Query 240 AAAGGGAAAAGATTTTGGAGCGAGGAAGCAAAACAAAGATGCACCGGTGAAGCAAACGTT 299
| ||||||| | |||||||||||| |||||| |||||||||| || |||||||||||| |
Sbjct 240 AGAGGGAAACGCTTTTGGAGCGAGTAAGCAAGACAAAGATGCCCCTGTGAAGCAAACGAT 299
Query 300 ACAACCGAAGCCAAAGCCTGGATTCTTATCGATTGATGATGAGAGTACTGGGTA-CAAGA 358
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | |||
Sbjct 300 ACAACCGAAGCCAAAGCCTGGATTTTTATCGATTGATGATGAGAGTACTGGG-ATTAAGG 358
Query 359 AAAAACGTTTCGATGAATTCAAGAGTTTGCCTAAGTTACCATTGGTGAAAGCGAGTTTAT 418
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 359 CAAAACGTTTCGATGAATTCAAGAGTTTGCCTAAGTTACCATTGGTGAAAGCGAGTTTAT 418
Query 419 TGAGCTCTGAATGGTACAACGATGCAGCTGAGTTTGAGGAGAAGGTGTTTGGTGGCCGGA 478
||||||| ||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 419 TGAGCTCGGAATGGTACAATGATGCAGCGGAGCTTGAGGAGAAGGTGTTTGGTGGCAGGA 478
Query 479 AAGTGGCGGTGGCGAATAAGGAGGATTTTAAGGGTGTGGTGGAGAAGAAGAGAGAATTAG 538
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 479 AAGTGGCGGTGGCGAATAAGGAGGATTTTAAGGGTGTGGTGGAGAAGAAGAGAGAATTAG 538
Query 539 GAGAGAGATTGATGTGGCAATACGCAGAGGACTTTGCAACTTCGAAAGGAAAAG-GTGGA 597
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||
Sbjct 539 GAGAGAGATTGATGTGGCAATACGCAGAGGACTTTGTAACTTCGAAAGG-AAAGAGTGGT 597
Query 598 GATATGAAGATGGTGATTTCTGCTCAAAAGTCTGGGACAGTTGCTGATAAAATCACTGCC 657
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 598 GATATGAAGATGGTGATTTCTGCTCAAAAGTCTGGGACAGTAGCTGATAAAATCACTGCC 657
Query 658 TTTGAGATTATGGTTGGAGAGAATCCCATTGCAAATATGAGATCTCTTGATGCCTTATTG 717
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 658 TTTGAGATTATGGTTGGAGAGAATCCCATTGCAAATATGAGATCTCTTGATGCCTTATTG 717
Query 718 GGAATGGTGACCTCAAAGGTTGGAAAAAGATTTGCATTTAAGGGTCTTAAGGCTCTATCA 777
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 718 GGAATGGTGACCTCAAAGGTTGGAAAAAGATTTGCATTTAAGGGTCTTAAGGCTCTATCA 777
Query 778 GAAATTTTGATCAGG 792
|||||||||||||||
Sbjct 778 GAAATTTTGATCAGG 792
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 124257975845
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5