BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G72560.1
Length=3493
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg476390 jgi|Araly1|476390|fgenesh2_kg.2__1520__AT1G72560.1 3101 0.0
> Ahg476390 jgi|Araly1|476390|fgenesh2_kg.2__1520__AT1G72560.1
Length=3428
Score = 3101 bits (1679), Expect = 0.0
Identities = 1937/2056 (94%), Gaps = 40/2056 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 1439 GATCTGGGTGTTTGAGTGAACTAATTCCGATGCTCTTGACCACACAGTTCCCTGGTCATT 1498
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1409 GATCTGGGTGTTTGAGTGAACTAATTCCGATGCTCTTGACCACACAGTTCCCTGGACATT 1468
Query 1499 CACATAGACTTGTTGCACTAGTGTACTTAGAAAACATAACAAGGTACATGAAGTTTATTC 1558
| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1469 CTTATAGACTTGTTGCACTAGTTTACTTAGAAAACATAACAAGGTACATGAAGTTTATTC 1528
Query 1559 AGGAAAACTCCCAGTACATTCCCAATGTTCTTGGTGCTTTCCTTGATGATAGGGGTTTGC 1618
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1529 AGGAAAATTCCCAGTACATTCCCAATGTTCTTGGTGCTTTCCTTGATGAAAGGGGTTTGC 1588
Query 1619 ATCACCAGAAT-TTCTATGTGAGCCGTAGAGCTGGTTACTTGTTCATGAGAGTCGTGAAA 1677
||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1589 ATCACCAGAATGTTC-ATGTGAGCCGTAGAGCAGGTTACTTGTTCATGAGAGTCGTGAAA 1647
Query 1678 TTGTTAAAATCAAAGCTTGTACCATTCATTGACAAGATCTTGCAGAACCTTCAAGATACG 1737
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1648 TTGTTAAAATCAAAGCTTGTACCATTCATTGACAAGATCCTGCAGAACCTTCAAGATACG 1707
Query 1738 TTGTCCCAGTTGACGACTATGAACTTTGCATCAAGAGAACTTACTGGAACTGAAGATGGC 1797
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1708 TTGTCCCAGTTGACGACTTTGAACTTTGCATCAAGAGAACTTTCTGGAACTGAAGATGGC 1767
Query 1798 AGTCACATTTTTGAGGCTATTGGCATAATCATAGGGTTGGAGGATGTCCCGGCTGAAAAG 1857
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1768 AGTCACATTTTTGAGGCTATTGGCATAATCATAGGGTTGGAGGATGTCCCGGCTGAAAAG 1827
Query 1858 CAGTCAGATTATTTGTCTTTACTGCTTACCCCTCTCTGTCAACAGATTGAGGCAGGACTT 1917
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1828 CAGTCAGATTATCTGTCTTTACTGCTTACCCCTCTCTGTCAACAGATTGAGGCAGGACTT 1887
Query 1918 GTGCAGGCAAAAGTTGCAAGTTCCGAAGACTTTCCTGTGAAAATTGCAAATATCCAATTT 1977
||||||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1888 GTGCAGGCAAAAGCTGCAAGTTCCGAAAATTTTCCTGTGAAAATTGCAAATATCCAATTT 1947
Query 1978 GCTATTGTGGCAATTAATGCGCTCAGCAAGGGCTTCAACGAACGTCTTGTTACTGCTAGT 2037
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| || |||
Sbjct 1948 GCTATTGTGGCAATTAATGCTCTCAGCAAGGGCTTCAGTGAACGTCTTGTTACAGCGAGT 2007
Query 2038 CGTCCTGGAATTGGTCTCATGTTTAAGCAGACACTGGATGTTCTTCTAAGGGTGCTAATT 2097
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||
Sbjct 2008 CGTCCTGGAATTGGTCTCATGTTTAAGCAGACACTGGATGTGCTTCTAAGGGTTCTAATT 2067
Query 2098 GAATTTCCAAAGGTCGAGCCTTTGCGGAGTAAGGTCACATCATTCATACACCGTATGGTT 2157
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2068 GAATTTCCAAAGGTCGAGCCTTTGCGGAGTAAGGTCACATCATTCATACACCGTATGGTT 2127
Query 2158 GATACCCTTGGATCCGCTGTGTTCCCTTATCTTCCCAAGGCTTTGGAACAGCTACTTGCT 2217
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2128 GATACCCTTGGTTCCGCTGTGTTCCCTTATCTTCCCAAGGCTTTGGAACAGCTACTTGCT 2187
Query 2218 GACAGTGAGCCAAAGGAAATGGTTGGTTTCATGGTATTACTCAATCAGCTTATCTGCAAA 2277
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2188 GACAGTGAGCCAAAGGAAATGGTTGGTTTCCTGGTATTACTCAATCAGCTTATCTGCAAG 2247
Query 2278 TTCAACAGCGCTCTCCATGATATACTGGAAGAAGTATATCCCGTGGTTGCTGTTAGGATT 2337
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2248 TTCAACAGCGCTCTCCGTGATATACTGGAAGAAGTATATCCCGTGGTTGCTGATAGGATT 2307
Query 2338 TTCAATGTAATTCCAAGAGATGGGCTCCCTTCACGCCCTGGGGCTGTTACTGAGGAAATG 2397
||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2308 TTCAAAGTAATTCCAAGAGATGGGCTCCCCTCACGCCCTGGGGCTGTTACTGAGGAATTG 2367
Query 2398 AGGGAACTGATAGAGCTTCAAAGGATGCTGTATACATTTCTTCATGTTATAGCCACACAC 2457
||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2368 AGGGAACTGATAGAGCTCCAAAGGATGTTGTATACATTTCTTCATGTGATAGCCACACAC 2427
Query 2458 GATCTTTCTTCTGTATTTCTTACGCCGAAAAGTAGGGCGTATCTAGATCCTATGATGCAG 2517
||||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2428 GATCTCTCTTCTGTATTTCTTACGCCCAAAAGTACGGCGTATCTAGATCCTATGATGCAG 2487
Query 2518 CTGGTTTTGAATACTTCTTGTAATCACAAGGATATTACCGTACGTAAGGCGTGCGTGCAG 2577
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2488 CTGCTTTTGAATACTTCTTGTAATCACAAGGATATTACCGTACGTAAGGCGTGCGTGCAG 2547
Query 2578 ATATTTATAAAGCTTATTAAAGATTGGTGTGCCGAGCCATATAGCGAGGAGAAGGTTCCA 2637
|||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2548 ATATTTATTAAGCTAATTAAAGATTGGTGTGCCAAGCCATATAGCGAGGAGAAGGTTCCA 2607
Query 2638 GGTTTTCAGAATTTCGTGATCGAAGCGTTTGCAACAAACTGTTGTTTGTACAGTGTGCTA 2697
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2608 GGTTTTCAGAATTTCGTAATCGAAGCGTTTGCAACAAACTGTTGTTTGTACAGTGTACTA 2667
Query 2698 GATAAATCCTTCAATTTCAGTGATGCAAATACGCACGCATTGTTCGGGGAAATCATCACG 2757
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||
Sbjct 2668 GATAAATCCTTCGATTTCAGTGATGCAAATACGCACGCGTTGTTCGGAGAAATCATCACA 2727
Query 2758 GCTCAGAAAGTAATGTATGAAAAATTTGGTAATACGTTTCTCATGCATCTTATGTCGAAA 2817
||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2728 GCTCAGAAAGTGATGTATGAAAAATTTGGTAATGTGTTTCTCATGCATATTATGTCGAAA 2787
Query 2818 AGTTTCCCATCAGCACATATTCCACAAGATTTGGCGGAGCAGTATTGCCAAAAGTTGCAG 2877
||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2788 AGTTTTCCATCAGCACAGATTCCACAAGATTTGGCGGAGCAGTATTGCCAAAAGTTGCAG 2847
Query 2878 GGCAATGATATCCGAAGCCTCAAGTCATACTACCAGTCCCTTATAGAAAATCTCCGGCTT 2937
|| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2848 GGTAATGATATCCGGGGCCTCAAGTCATACTACCAGTCCCTTATAGAAAATCTCAGGCTT 2907
Query 2938 CAACAAAACGGGAGTCACGTTTTCAGATAGCATTCGAAATACAGCTAGTTTCATAGAAAG 2997
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2908 CAACAAAACGGGAGTCACGTTTTCAGATAGCATTCGAAATACAGCTAGTTTCATAGAAAG 2967
Query 2998 AAAGGTCTCTCAGGCTTCTCCAGATGTAAATAGTATTTGTCAATGTCTACTTGAGAGGTG 3057
||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2968 AAAGGTCTCCCAGGCTTCTCCAGATGTATATAGTATT-GTCAATGTCTACTTGAGAGG-- 3024
Query 3058 GCAACAAGGTTCGCTTTCACCATCCAGATCAAATTAGATCAAAAGCTTGAGAGAGATT-C 3116
|||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||| | ||||| |
Sbjct 3025 -CAACAAGGTTGGCTTTCACCATCCAGATGGAATTTGATTAAAAGCTTGATAAAGATTTC 3083
Query 3117 ATACTGTTGTTGATGTTGG-TTCTTCTCAAATCTGCAGTTGTATCTTCTTACACATAATC 3175
||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||
Sbjct 3084 ATACTGTTGCTGATGTTGAATTCTTCTCAAATCTGCAGTTGTACCACCTTACACATAATC 3143
Query 3176 ATGTTCTCCGACTCGAACCAAGGGCCTTACAAGTTGTTCCAGTGCACACACACACTCTGA 3235
|||||||||||||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 3144 ATGTTCTCCGACTC-AACCAAGG-CCTTGCAAGTTGTTCCAGTGCACACACACTCTCTGA 3201
Query 3236 GGCAGATCAGCTGTTATTTCTTATTGCGCTTTGTTGTGAGATTGTGTCTATAAAGCCCTT 3295
|||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3202 GGCAGATCTGCTGTTATTTCTTTTTGCGCTTTGTTGTGAGATTGTGTCTATAAAGCCC-- 3259
Query 3296 CCTTTTTTGGTCCTATCTCCAAGTTTTGATGGTCTTATAACTCT-CTGCAGTCGATGTTT 3354
| | | ||||||||| | ||| |||| | |||||||||||||||
Sbjct 3260 C-------------A-----A-GTTTTGATGATGTTACAACTTTTCTGCAGTCGATGTTT 3300
Query 3355 TCTGTTTTTCTTTGTCCATGAAAATACTTTAGaaaaaaaCTATGAGAGATCATAAAAGAC 3414
||||||| |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 3301 TCTGTTT--CTTTGTCCATGAAAATACTT-AGAAAA---CTATGAGAGATCATAAAAGAC 3354
Query 3415 AGACACACAAAACaattttggctgaattttgttttcctattttattcatttaattaatat 3474
||| ||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3355 AGAGACA-AAA-CAATTTTGGCTGAATTATGTTTTCCTATTTTATTCATTTAATTAATAT 3412
Query 3475 gaaattgtattatttt 3490
||||||||||||||||
Sbjct 3413 GAAATTGTATTATTTT 3428
Score = 2266 bits (1227), Expect = 0.0
Identities = 1352/1414 (96%), Gaps = 2/1414 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGATGACCTTGAACAGGCAATAGTAATTAGCTTTGAAACTGGTGCTGTTGATTCGGCT 60
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGGATGACCTTGAACAGGCAATAGTAATTAGCTTTGAAACTGGTGCTGTTGATTCGGCG 60
Query 61 TTAAAGTCTCAAGCTGTTACTTATTGTCAGCAAATCAAAGAGACTCCTTCTATTTGTAGT 120
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | || |||||||||
Sbjct 61 TTAAAGTCTCAAGCGGTTACTTATTGTCAGCAAATCAAAGAGACTACATCGATTTGTAGT 120
Query 121 ATATGTATTGAGAAGTTATGGTTTTCTAAGCTTGTCCAAGTTCAGTTCTGGTGTTTGCAA 180
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 ATATGTATTGAGAAGTTGTGGTTTTCTAAGCTTGTCCAAGTTCAGTTCTGGTGTTTGCAA 180
Query 181 ACGCTTCAGGATGTTTTAAGGGTTAAATATGGATCTATGAGCTTGGATGAGCAGAGTTAT 240
||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 181 ACGCTGCAGGATGTTTTAAGGGTTAGATACGGATCTATGAGCGTGGATGAGCAGAGTTAT 240
Query 241 GTGAGGAAATCAGTGTTTTCAATGGCTTGTTTGGAGGTTATTGATAATGAGAATGCTGGT 300
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 241 GTGAGGAAATCAGTGTTTTCAATGGCTTGTTTGGAGGTTATTGATAATGAGAATGCTGTT 300
Query 301 AGAGTTGTGGAAGGACCTCCTTTTGTTAAAAACAAGCTTGCACAGGTTTTGGCTACTTTG 360
|||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 301 AGAGTTGTCGAAGGACCTCCATTTGTTAAAAACAAGCTTGCACAGGTTTTGGTTACTTTG 360
Query 361 ATCTATTATGAGTACCCTTTGATTTGGTCCTCGGTGTTTCTTGATTTCATGCTTCATTTG 420
||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||
Sbjct 361 ATCTATTTTGACTACCCGTTGATTTGGTCCTCGGTGTTTGTTGATTTTATGCCTCATTTG 420
Query 421 TGCAAAGGTGCTGTTGTGATCGACATGTTTTGTCGGGTTTTGAATGCCTTGGACGATGAG 480
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||
Sbjct 421 AGCAAAGGGGCTGTTGTGATCGACATGTTTTGTCGGGTTTTGAATGCGTTGGATGATGAG 480
Query 481 TTGATTAGCTTGGATTACCCCCGGACACCAGAAGAGATATCTGTTGCTGCTCGAGTCAAG 540
|||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 481 TTGATTAGCTTGGATTACCCCCGGACTTCTGAAGAGATATCTGTGGCTGCTCGAGTCAAG 540
Query 541 GATGCAATGAGGCAACAATGTGTCCCTCAGATAGCCAGAGCATGGTATGACATTGTATCG 600
||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 GATGCTATGAGGCAACAATGTGTCCCTCAGATTGCTAGAGCATGGTATGACATTGTATCG 600
Query 601 ATGTACAAGAATTCCGATCCTGATCTTTCTGCTACTGTGTTAGATTGCATGAGAAGATTT 660
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 TTGTACAGGAATTCCGATCCTGATCTTTCTGCTACTGTGTTAGATTGCATGAGAAGATTC 660
Query 661 GTATCTTGGATTGACATTGGTTTGGTTGCCAATGATGCATTTGTTCCACTGCTGTTTGAA 720
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 GTCTCTTGGATTGACATTGGTTTGGTTGCCAATGATGCATTTGTTCCACTGCTGTTTGAA 720
Query 721 TTGATTTTGTCTGATGGATTGTCTGAACAAGTCCGCGGTGCAGCAGCTGGGTGTGTCTTA 780
|||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||| | |||
Sbjct 721 TTGATTTTGTCTGATGGATTGTCTGATCAATTTCGCGGTGCAGCAGCTGGGTGTATTTTA 780
Query 781 GCCATGGTTTCTAAGCGGATGGATCCCCAGTCAAAACTGCCCCTTTTGCAGACCCTTCAA 840
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 781 GCCATGGTTTCTAAGCGGATGGATCCCCAGTCAAAACTGCCCCTTCTGCAGACCCTTCAA 840
Query 841 ATCAGTCGTGTTTTTGGTTTAGTATCCGGAGATGTTGATTCCGATTTGGTATCAAAAGTA 900
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||
Sbjct 841 ATAAGTCGTGTTTTTGGTTTAGTATCCGGAGATGTTGATTCTGAATTGGTATCAAAAGTA 900
Query 901 TCTGCTTTGCTTACTGGCTATGCTGTTGAGGTTCTAGAATGCCATAAGCGTTTGAACTCA 960
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 901 TCTGCTTTGCTTACTGGGTATGCTGTTGAGGTTCTAGAATGCCATAAGCGGTTGAACTCA 960
Query 961 GAGGACACCAAGGCAGTCTCCATGGATTTGCTGAACGAAGTTCTGCCATCAGTTTTTTAT 1020
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 961 GAGGACACCAAGGCAGTCTCCATGGATTTGCTGAACGAAGTTCTGCCATCAGTTTTTTAT 1020
Query 1021 GTCATGCAGAAGTGTGAGGTGGATTCTACTTTTAGCATCGTCCAGTTTCTCCTGGGTTAT 1080
||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1021 GTCATGCGGAATTGTGAGGTGGATTCTACTTTTAGCATCGTCCAGTTTCTCCTGGGTTAC 1080
Query 1081 GTTTCCACTCTCAAAGGCCTCCCTGCATTGAAGGAGAAGCAGCTGCTCCACATTACACAG 1140
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1081 GTTTCCACTCTCAAAGGCCTCCCTGCATTAAAGGAGAAGCAGCTACTCCACATTACACAG 1140
Query 1141 ATTCTCGAAGTGATAAGAATTCAGATTTGCTATGATCCTATGTATCGTAATAACCTTAAT 1200
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1141 ATTCTCGAAGTGATAAGAATTCAGATTTGCTATGATCCCATGTATCGTAATAACCTTAAT 1200
Query 1201 TCACTGGATAAAACTGGATTGGAGGAGGAAGATAGAATGTCCGAGTTTAGAAAAGATCTC 1260
| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1201 TTACTGGATAAAATTGGATTGGAGGAGGAAGATAGAATGTCCGAGTTTAGAAAAGATCTC 1260
Query 1261 TTTGTCTTATTACGTACAGTGGGCCGTGTTGCTCCTGAAGTTACTCAGCATTTCATTCGT 1320
|| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1261 TTCGTCTTGTTACGTACAGTGGGCCGTGTTGCTCCTGAAGTTACTCAGCATTTTATTCGT 1320
Query 1321 AACTCACTAGCAAATGCTGTTGAATCTTCATCGGAGAGCAATGTTGAAGAAGTGGAAGCT 1380
||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1321 AACTCACTAGCAAATGCTGTTGA-TCCTCATCCGAGAGCAATGTTGAAGAAGTGGAAGCT 1379
Query 1381 GCGCTCTCGCTTTTGTATTCATTCGGAGAG-TCT 1413
||||||||||||||||||||||| |||||| |||
Sbjct 1380 GCGCTCTCGCTTTTGTATTCATTTGGAGAGATCT 1413
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 131907548018
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5