BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G72660.1
Length=1530
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg476401 jgi|Araly1|476401|fgenesh2_kg.2__1531__AT1G72660.1 2085 0.0
Ahg471954 jgi|Araly1|471954|fgenesh2_kg.1__1908__AT1G17470.1 1561 0.0
> Ahg476401 jgi|Araly1|476401|fgenesh2_kg.2__1531__AT1G72660.1
Length=1422
Score = 2085 bits (1129), Expect = 0.0
Identities = 1219/1264 (96%), Gaps = 0/1264 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 196 GAAAGAAAATGGGAATTGTGGAAAGGATAAAAGAGATCGAAGCCGAGATGGCTCGGACGC 255
|||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |
Sbjct 156 GAAAGAAAATGGGAATCGTGGAAAGGATTAAAGAGATTGAAGCCGAGATGGCTCGGACTC 215
Query 256 AGAAGAACAAAGCTACAGAGTATCATCTTGGTCAGCTCAAGGCAAAAATTGCAAAGCTCA 315
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 216 AGAAGAATAAAGCTACAGAGTATCATCTTGGTCAGCTCAAGGCAAAGATTGCAAAGCTCA 275
Query 316 GAACACAACTCTTAGAGCCTCCAAAAGGCTCTAGTGGAGGTGGGGATGGTTTTGAAGTTA 375
| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 276 GGACACAACTCTTAGAGCCTCCAAAAGGTTCTAGTGGAGGTGGGGATGGTTTTGAAGTTA 335
Query 376 CAAAGTATGGGCATGGACGTGTTGCACTTATAGGATTTCCAAGTGTTGGAAAGTCTACGC 435
|||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 336 CAAAGTATGGTCATGGACGTGTTGCACTTATAGGCTTTCCAAGTGTTGGAAAGTCCACGC 395
Query 436 TTTTGACAATGTTAACTGGCACACATTCTGAAGCAGCCTCATATGAATTTACAACACTTA 495
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 396 TTTTGACAATGTTAACCGGCACACATTCTGAAGCAGCCTCATATGAATTTACAACGCTTA 455
Query 496 CATGCATCCCTGGAGTTATTCACTACAATGACACCAAAATCCAGTTGCTTGATCTTCCTG 555
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 456 CATGCATCCCTGGAGTAATTCACTACAATGACACCAAAATTCAGTTGCTTGATCTTCCTG 515
Query 556 GGATTATTGAAGGTGCTTCAGAAGGAAAGGGACGAGGGAGGCAGGTTATTGCTGTTGCAA 615
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 516 GGATTATTGAAGGTGCTTCAGAAGGAAAGGGACGAGGGAGGCAGGTTATTGCTGTTGCAA 575
Query 616 AGTCTTCAGACCTTGTGTTGATGGTTCTTGATGCCTCAAAAAGTGAAGGCCACAGGCAAA 675
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||
Sbjct 576 AGTCTTCAGACCTTGTGTTGATGGTTCTTGATGCCTCAAAAAGTCAAGGTCACAGGCAAA 635
Query 676 TACTGACTAAGGAGCTTGAAGCAGTTGGTCTGCGTCTGAACAAAAGACCTCCACAGATAT 735
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 636 TACTGACTAAGGAGCTTGAAGCAGTGGGTCTGCGTCTAAACAAAAGACCTCCACAGATAT 695
Query 736 ACTTTAAGAAGAAGAAGACTGGTGGGATTTCTTTCAACACTACAACCCCCTTGACTCGCA 795
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||
Sbjct 696 ACTTTAAGAAGAAGAAGACTGGTGGGATTTCTTTCAACACTACAGCACCCTTGACTCGCA 755
Query 796 TTGATGAGAAGCTCTGTTATCAAATTCTGCATGAATACAAGATTCACAATGCTGAGGTTC 855
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 756 TTGATGAGAAGCTCTGTTATCAAATCCTGCATGAATACAAGATTCACAATGCTGAGGTTC 815
Query 856 TATTTCGTGAAGATGCTACGGTGGATGACTTTATTGATGTCGTTGAAGGCAATCGCAAAT 915
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||
Sbjct 816 TATTTCGTGAAGATGCTACTGTGGATGACTTTATTGATGTCATTGAAGGCAACCGCAAAT 875
Query 916 ACATCAAATGTGTATATGTCTACAACAAAATAGATGTTGTTGGAATCGATGACGTTGATA 975
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 876 ACATCAAATGTGTATATGTCTACAACAAAATAGATGTTGTTGGAATCGATGATGTTGATA 935
Query 976 GGCTGGCACGGCAGCCAAATTCTATTGTTATTAGCTGCAACCTAAAGCTAAACTTAGACA 1035
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 936 GGCTAGCACGGCAGCCAAATTCTATTGTTATTAGCTGCAATCTAAAGCTAAACTTAGACA 995
Query 1036 GACTACTTGCAAGAATGTGGGACGAAATGGGACTTGTGAGAGTTTACTCAAAGCCTCAAA 1095
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 996 GACTACTTGCAAGAATGTGGGACGAAATGGGACTTGTGAGAGTTTACTCAAAGCCTCAAA 1055
Query 1096 GCCAGCAACCAGATTTCGATGAACCCTTTGTCCTCTCAGCTGATAGAGGTGGCTGCACAG 1155
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1056 GCCAGCAACCAGATTTCGATGAACCCTTTGTCCTCTCAGCTGATAGAGGTGGCTGCACAG 1115
Query 1156 TTGAAGATTTCTGTAACCAAGTCCACAGAACTCTGGTGAAGGATATGAAGTATGCACTAG 1215
||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1116 TTGAAGATTTCTGTAACCACGTCCACAGGACTCTGGTGAAGGATATGAAGTATGCACTGG 1175
Query 1216 TTTGGGGCACAAGCGCTAGGCACTACCCTCAACACTGTGGTCTTTTTCATCATCTTGAGG 1275
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1176 TTTGGGGCACAAGCGCTAGGCACTACCCTCAACACTGTGGTCTTTCTCATCATCTTGAGG 1235
Query 1276 ATGAAGATGTTGTTCAAATTGTCAAGAAAAAGGTGAGAGAAGAAGGGGGAAGGGGACGGT 1335
||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1236 ATGAAGATGTTGTTCAAATCGTCAAGAAGAAGGTGAGAGAAGAAGGAGGAAGGGGACGGT 1295
Query 1336 TCAAGTCACACTCGAACGCACCTGCTAGAATTGCAGACCGAGAGAAGAAAGCTCCACTAA 1395
||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1296 TCAAGTCACACTCAAACGCGCCTGCTAGAATTGCAGACCGAGAGAAGAAAGCTCCACTAA 1355
Query 1396 AGCAATAAAACAGTTACTCATCCTGAGTTATCCCAAGTAATACAGATCTCATGTGTATTA 1455
|||||||| |||||| |||||||||| || |||||||||| ||||| || ||||||||||
Sbjct 1356 AGCAATAAGACAGTTCCTCATCCTGAATTTTCCCAAGTAAGACAGACCTTATGTGTATTA 1415
Query 1456 GAAC 1459
|||
Sbjct 1416 AAAC 1419
> Ahg471954 jgi|Araly1|471954|fgenesh2_kg.1__1908__AT1G17470.1
Length=1335
Score = 1561 bits (845), Expect = 0.0
Identities = 1091/1210 (90%), Gaps = 15/1210 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 203 AATGGGAATTGTGGAAAGGATAAAAGAGATCGAAGCCGAGATGGCTCGGACGCAGAAGAA 262
|||||| || | |||||||| || || ||||| ||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 26 AATGGGGATCATCGAAAGGATTAAGGAAATCGAGGCCGAGATGGCTCGGACTCAGAAGAA 85
Query 263 CAAAGCTACAGAGTATCATCTTGGTCAGCTCAAGGCAAAAATTGCAAAGCTCAGAACACA 322
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||
Sbjct 86 TAAAGCTACAGAGTATCATCTTGGTCAGCTCAAGGCAAAGATTGCAAAGCTCAGGACACA 145
Query 323 ACTCTTAGAGCCTCCAAAAGGCT-CTAGTGGAGGTGGGGATGGTTTTGAAGTTACAAAGT 381
||| || |||||||||||||| | |||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||
Sbjct 146 ACTGTTGGAGCCTCCAAAAGG-TGCTAGTGGAGGCGGGGAAGGTTTTGAAGTTACCAAGT 204
Query 382 ATGGGCATGGACGTGTTGCACTTATAGGATTTCCAAGTGTTGGAAAGTCTACGCTTTTGA 441
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||
Sbjct 205 ATGGTCATGGACGTGTTGCACTTATAGGATTTCCAAGTGTCGGAAAGTCCACGCTTTTGA 264
Query 442 CAATGTTAACTGGCACACATTCTGAAGCAGCCTCATATGAATTTACAACACTTACATGCA 501
| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 265 CTATGTTAACTGGAACACATTCTGAAGCAGCCTCATATGAATTTACAACACTTACATGCA 324
Query 502 TCCCTGGAGTTATTCACTACAATGACACCAAA-ATCCAG-TTGCTTGATCTTCCTGGGAT 559
||||||| || ||||||||||||||||| ||| || ||| || || ||||||||||||||
Sbjct 325 TCCCTGGCGTAATTCACTACAATGACAC-AAAGATTCAGCTT-CTCGATCTTCCTGGGAT 382
Query 560 TATTGAAGGTGCTTCAGAAGGAAAGGGACGAGGGAGGCAGGTTATTGCTGTTGCAAAGTC 619
||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 383 TATTGAAGGTGCTTCGGAAGGAAAGGGGCGAGGAAGGCAGGTTATTGCTGTTGCAAAATC 442
Query 620 TTCAGACCTTGTGTTGATGGTTCTTGATGCCTCAAAA---AGTGAAGGCCACAGGCAAAT 676
||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||
Sbjct 443 TTCCGACCTTGTATTGATGGTTCTTGATGCCTCAAAAGTGAGTGAAGGCCACAGACAAAT 502
Query 677 ACTGACTAAGGAGCTTGAAGCAGTTGGTCT-GCGTCTGAACAAAAGACCTCCACAGATAT 735
|||||||||||| ||||| ||||| || || ||| || ||||||| ||||| |||||||
Sbjct 503 ACTGACTAAGGAACTTGAGGCAGTGGG-CTTGCGGCTAAACAAAACTCCTCCGCAGATAT 561
Query 736 ACTTTAAGAAGAAGAAGACTGGTGGGATTTCTTTCAACACTACAACCCCCTTGACTCGCA 795
||||||| ||||| ||||||||||| || ||||||||||||||| | |||||||||| ||
Sbjct 562 ACTTTAAAAAGAAAAAGACTGGTGGAATCTCTTTCAACACTACAGCACCCTTGACTCACA 621
Query 796 TTGATGAGAAGCTCTGTTATCAAATTCTGCATGAATACAAGATTCACAATGCTGAGGTTC 855
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 622 TTGATGAGAAGCTCTGTTATCAAATCCTGCATGAATACAAGATTCACAATGCTGAGGTGC 681
Query 856 TATTTCGTGAAGA-TGCTACGGTGGATGACTTTATTGATGTCGTTGAAGGCAATCGCAAA 914
|||||||||| || ||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||| || |||
Sbjct 682 TATTTCGTGA-GAATGCCACAGTGGATGACTTTATTGATGTCATTGAAGGCAACCGAAAA 740
Query 915 TACATCAAATGTGTATATGTCTACAACAAAATAGATGTTGTTGGAATCGATGACGTTGAT 974
|| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||
Sbjct 741 TATATTAAGTGTGTATATGTCTACAACAAAATAGATGTTGTTGGAATTGATGATGTGGAT 800
Query 975 AGGCTGGCACGGCAGCCAAATTCTATTGTTATTAGCTGCAACCTAAAGCTAAACTTAGAC 1034
|| || | |||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||| |||||||||
Sbjct 801 AGACTATCCCGGCAGCCAAATTCCATTGTTATTAGCTGCAATCTTAAGCTTAACTTAGAC 860
Query 1035 AGACTACTTGCAAGAATGTGGGACGAAATGGGACTTGTGAGAGTTTACTCAAAGCCTCAA 1094
|||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||
Sbjct 861 AGACTACTTGCAAGGATGTGGGACGAAATGGGCCTTGTGAGAGTTTACTCGAAGCCGCAA 920
Query 1095 AGCCAGCAACCAGATTTCGATGAACCCTTTGTCCTCTCAGCTGATAGAGGTGGCTGCACA 1154
|||||||||||||||||||||| || |||||||||||| ||||| |||||||||| |||
Sbjct 921 GGCCAGCAACCAGATTTCGATGAGCCTTTTGTCCTCTCATCTGATCGAGGTGGCTGTACA 980
Query 1155 GTTGAAGATTTCTGTAACCAAGTCCACAGAACTCTGGTGAAGGATATGAAGTATGCACTA 1214
|| ||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 981 GTGGAAGACTTCTGTAACCACGTCCACAGGACTCTGGTGAAGGATATGAAGTATGCACTC 1040
Query 1215 GTTTGGGGCACAAGCGCTAGGCACTACCCTCA-ACACTGTGGTCTTTTTCATCATCTTGA 1273
||||||||||||||| | |||||| | ||||| | | |||||||||| ||| ||||||||
Sbjct 1041 GTTTGGGGCACAAGCACAAGGCACAATCCTCAGA-ATTGTGGTCTTTCTCAACATCTTGA 1099
Query 1274 GGATGAAGATGTTGTTCAAATTGTCAAGAAAAAGGTGAGAGAAGAAGGGGGAAGGGGACG 1333
|| |||||||||||||| || ||||||||||||| |||||| ||||| ||||| || ||
Sbjct 1100 AGACGAAGATGTTGTTCAGATCGTCAAGAAAAAGGAGAGAGATGAAGGAGGAAGAGGCCG 1159
Query 1334 GTTCAAGTCACACTCGAACGCACCTGCTAGAATTGCAGACCGAGAGAAGAAAGCTCCACT 1393
||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1160 GTTCAAGTCACACTCAAACGCCCCTGCTAGAATTGCAGACCGAGAGAAGAAAGCTCCTCT 1219
Query 1394 AAAGCAATAA 1403
|||||||||
Sbjct 1220 GAAGCAATAA 1229
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 57287728480
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5