BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G73370.1
Length=2883
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg316284 jgi|Araly1|316284|fgenesh1_pm.C_scaffold_2001317 4610 0.0
> Ahg316284 jgi|Araly1|316284|fgenesh1_pm.C_scaffold_2001317
Length=2829
Score = 4610 bits (2496), Expect = 0.0
Identities = 2720/2831 (96%), Gaps = 4/2831 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGTCATCTTCATCTCAAGCTATGCTTCAAAAG-TCGGATTCCATCGCTGAGAAAATGCC 59
|||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| || ||||| ||||||||
Sbjct 1 ATGTCATCTTCATCTCAAGCTATGCTTC-AAAGATCGGATTCAATTGCTGACAAAATGCC 59
Query 60 TGATGCATTGAAACAAAGCCGGTACCACATGAAGAGATGTTTTGCCAGCTTTGTTGGAGG 119
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 60 TGATGCATTGAAACAAAGCCGGTACCACATGAAGAGATGTTTTGCCAGCTTTGTTGGAGG 119
Query 120 AGGAAAGAAGCTGATGAAGCGTGAGCATTTGATGAATGAGATAGAGAAATGTATAGAAGA 179
|||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 120 AGGAAAGAAGCTAATGAAGCGTGAGCATCTGATGAATGAGATAGAGAAATGTATAGAAGA 179
Query 180 TAGCCGTGAACGCAGTAAGATCCTTGAGGGGCTGTTTGGTTACATTCTCACTTGTACTCA 239
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 180 TAGCCGTGAACGCAGTAAGATCCTTGAGGGACTGTTTGGTTACATTCTCACTTGTACTCA 239
Query 240 GGAAGCAGCAGTGGTTCCACCGTTTGTTGCACTAGCCGCAAGGCCAAATCCTGGTTTCTG 299
|||||| |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 240 GGAAGCGGCAGTGGTTCCACCGTTTGTTGCATTAGCTGCAAGGCCAAATCCTGGTTTCTG 299
Query 300 GGAATATGTTAAGGTCAACTCTGGAGATTTAACAGTTGATGAAATCACAGCCACTGATTA 359
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||
Sbjct 300 GGAATATGTTAAGGTCAACTCTGGAGATCTAACAGTGGATGAAATCACAGCCACGGATTA 359
Query 360 CTTAAAGCTCAAGGAATCTGTTTTCGATGAGTCATGGTCTAAAGATGAAAATGCACTGGA 419
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 360 CTTAAAGCTCAAGGAATCTGTTTTCGATGAGTCATGGTCTAAAGATGAAAATGCATTGGA 419
Query 420 GATAGACTTTGGAGCGATTGATTTCACATCTCCTCGTCTTAGTCTTTCTTCTTCGATTGG 479
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 420 GATAGACTTTGGAGCGATTGATTTCACAAGTCCTCGTCTTAGTCTTTCTTCTTCGATTGG 479
Query 480 AAAAGGAGCTGATTACATCTCTAAGTTTATATCTTCTAAGCTTGGAGGCAAATCCGATAA 539
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||
Sbjct 480 AAAGGGAGCTGATTACATCTCTAAGTTTATATCTTCTAAGCTTGGAGGCAAATCGGGTAG 539
Query 540 ACTAGAACCTTTGTTGAACTATCTGCTTCGCCTTAACCATCACGGAGAGAATCTCATGAT 599
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 540 ACTAGAACCTTTGTTGAACTACCTGCTTCGCCTTAACCATCACGGAGAGAATCTAATGAT 599
Query 600 CAATGACGATCTCAACACGGTTGCAAAGCTCCAGAAATCTCTCATGCTTGCTGTGATTGT 659
|||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 600 CAATGACGATCTTAACACGGTTGCGAAGCTCCAGAAATCTCTGATGCTTGCTGTGATTGT 659
Query 660 TGTCTCGACTTACTCAAAACACACACCTTATGAAACTTTTGCACAAAGGTTGAAGGAGAT 719
||||| |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 660 AGTCTCTACTTACCCAAAACACACACCATATGAAACTTTTGCACTAAGGTTGAAGGAGAT 719
Query 720 GGGATTCGAGAAAGGTTGGGGAGATACAGCAGAGAGAGTGAAAGAAACAATGATTATCCT 779
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||
Sbjct 720 GGGATTCGAGAAAGGTTGGGGAGATACAGCAGAGAGAGTGAAAGAAACAATGGTTATGCT 779
Query 780 TTCAGAAGTTCTTGAAGCACCAGACAATGGGAAGTTAGATTTGCTCTTTAGCAGACTTCC 839
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||
Sbjct 780 TTCAGAAGTTCTTGAAGCACCAGACAATGTGAAGTTAGAGTTGCTCTTTAGCAGGCTTCC 839
Query 840 CACAGTGTTCAACGTTGTGATATTCTCTGTCCACGGCTATTTTGGTCAGCAAGACGTACT 899
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||
Sbjct 840 CACAGTGTTCAACGTTGTGATATTCTCTGTCCACGGCTATTTCGGTCAGCAAGACGTGCT 899
Query 900 CGGATTACCCGATACCGGAGGCCAGGTTGTTTACATTCTGGATCAAGTAAGAGCTTTGGA 959
||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 900 CGGATTACCAGATACGGGAGGCCAGGTTGTTTACATTCTGGATCAAGTAAGAGCTTTGGA 959
Query 960 GGAAGAGCTTCTTATTCGAATTAACCAACAAGGTCTCGGATTCAAGCCTCAGATTCTTGT 1019
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 960 GGAAGAGCTTCTTATTCGAATTAACCAACAAGGTCTCGGATTCAAGCCTCAGATTCTTGT 1019
Query 1020 GGTGACACGGTTAATACCGGAAGCAAGAGGAACAAAGTGTGATCAAGAACTAGAAGCCAT 1079
||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1020 GGTGACAAGATTAATACCAGAAGCAAGAGGAACAAAGTGTGATCAAGAACTAGAAGCCAT 1079
Query 1080 TGAAGGAACCAAGCATTCTCATATTCTCAGGGTTCCTTTTGTTACAAATAAAGGAGTCCT 1139
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||
Sbjct 1080 TGAAGGAACCAAGCATTCTCATATTCTCAGGGTTCCTTTTGTTACAGATAAAGGAATCCT 1139
Query 1140 TCGTCAATGGGTTTCCCGATTCGATATCTACCCTTACCTCGAGAGATTTACTCAGGACGC 1199
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1140 CCGTCAATGGGTTTCTCGATTCGATATCTACCCTTACCTCGAGAGATTTACTCAGGACGC 1199
Query 1200 AACGAGCAAGATTCTTCAACGCCTTGATTGCAAGCCAGACCTCATCATTGGAAACTACAC 1259
||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1200 AACAAGCAAGATTCTTCAACGCCTTGACTGCAAGCCAGACCTCATCATCGGAAACTACAC 1259
Query 1260 AGATGGAAACTTGGTTGCATCTCTAATGGCCACCAAACTTGGTGTCACTCAGGGAACGAT 1319
|||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||
Sbjct 1260 AGATGGGAACATGGTTGCATCTCTAATGGCCACCAAACTCGGTGTCACTCAGGGTACTAT 1319
Query 1320 CGCTCATGCGTTGGAGAAGACAAAGTATGAAGATTCAGATGCAAAGTGGAAGGAATTAGA 1379
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1320 CGCTCATGCGTTGGAGAAGACAAAGTATGAAGATTCAGATGCAAAGTGGAAGGAACTAGA 1379
Query 1380 TCCGAAATACCATTTCTCATGTCAGTTCACAGCTGATTTAATCGCAATGAATGTTACTGA 1439
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1380 TCCGAAATACCATTTCTCATGTCAGTTCACAGCTGATTTAATCGCAATGAATGTCACTGA 1439
Query 1440 CTTCATCATTACCAGCACATATCAAGAAATCGCAGGAAGCAAGGACAGGCCAGGACAGTA 1499
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1440 CTTCATCATTACCAGCACATATCAAGAAATCGCAGGAAGCAAGGACAGGCCAGGACAGTA 1499
Query 1500 CGAGAGTCACACTGCCTTCACAATGCCTGGTTTATGTAGAGTTGTCTCTGGCATTGATGT 1559
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1500 CGAGAGTCACACCGCCTTCACAATGCCTGGTTTATGTAGAGTTGTCTCTGGCATTGATGT 1559
Query 1560 CTTTGATCCAAAGTTTAACATTGCTGCTCCTGGTGCGGATCAATCTGTATACTTCCCTTA 1619
||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1560 CTTTGATCCAAAGTTTAACATTGCTGCTCCTGGCGCAGATCAATCTGTTTACTTCCCTTA 1619
Query 1620 CACAGAGAAGGATAAACGATTCACCAAGTTTCATCCTTCGATACAAGAACTGCTTTACAA 1679
|||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1620 CACAGAGAAGGAAAAACGATTTACCAAGTTTCATCCTTCGATACAAGAACTTCTTTACAA 1679
Query 1680 TGAGAAAGACAATGCTGAACACATGGGATATCTTGCGGATAGAGAGAAACCGATAATCTT 1739
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1680 TGAGAAAGACAATGCCGAACACATGGGATATCTTGCGGAAAGAGAGAAACCGATAATCTT 1739
Query 1740 CTCAATGGCGAGACTTGACACGGTGAAGAACATAACCGGTTTGGTTGAATGGTATGGCAA 1799
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1740 CTCAATGGCAAGACTTGACACGGTGAAGAACATAACCGGTTTGGTTGAATGGTATGGCAA 1799
Query 1800 AGACAAGAGACTTAGAGAAATGGCTAACCTTGTAGTCGTTGCTGGATTCTTCGACATGTC 1859
|||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1800 AGACAAGAGACTTAGAGAGATGGCTAACCTTGTCGTCGTTGCTGGATTCTTCGACATGTC 1859
Query 1860 AAAATCTAATGACAGAGAAGAAAAAGCTGAGATCAAGAAAATGCATGATCTAATTGAAAA 1919
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1860 AAAATCTAATGACAGAGAAGAAAAAGCTGAGATCAAGAAAATGCATGATCTAATTGAAAA 1919
Query 1920 GTATAAGCTCAAGGGGAAATTCAGATGGATCGCTGCTCAAACTGATAGATACAGAAACAG 1979
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1920 GTATAAGCTCAAGGGGAAATTCAGATGGATCGCTGCTCAAACCGATAGATACAGAAACAG 1979
Query 1980 TGAGCTATACAGGTGCATTGCTGATACAAAAGGAGTCTTTGTTCAGCCTGCTTTGTATGA 2039
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1980 TGAGCTTTACAGGTGCATTGCTGATACAAAAGGAGTCTTTGTTCAGCCTGCTTTGTATGA 2039
Query 2040 AGCTTTTGGCTTAACCGTTATCGAAGCCATGAACTGTGGACTACCAACGTTCGCCACAAA 2099
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2040 AGCTTTTGGCTTAACCGTTATCGAAGCCATGAACTGTGGACTCCCAACGTTCGCCACAAA 2099
Query 2100 CCAAGGTGGACCAGCCGAGATAATCGTTGATGGTGTCTCTGGTTTCCACATTGATCCCAA 2159
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2100 CCAAGGTGGACCAGCAGAGATAATCGTTGATGGTGTCTCTGGTTTCCACATTGATCCCAA 2159
Query 2160 CAATGGTGATGAATCTGTTACAAAAATTGGAGATTTCTTCAGCAAATGCCGTTCAGATGG 2219
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2160 CAATGGTGATGAATCTGTTACAAAAATTGGAGATTTCTTCAGCAAATGCAGTTCAGATGG 2219
Query 2220 TTTGTATTGGGATAATATCTCTAAGGGTGGTCTCAAACGCATCTATGAGTGTTACACATG 2279
|||||||||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2220 TTTGTATTGGGATAATATCTCTAAAGCTGGCCTCAAACGCATCTATGAGAGTTACACATG 2279
Query 2280 GAAGATTTATGCAGAGAAGTTGCTTAAAATGGGAAGCCTTTATGGATTTTGGAGACAGGT 2339
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2280 GAAGATTTATGCAGAGAAGTTGCTTAAAATGGGAAGCATTTATGGATTTTGGAGACAGGT 2339
Query 2340 GAACGAAGATCAAAAGAAAGCGAAGAAGCGATATATTGAAATGCTTTACAATCTCCAGTT 2399
||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2340 GAACGAAGATCAAAAGAAAGCGAAGCAGAGATACATTGAAATGCTTTACAATCTCCAGTT 2399
Query 2400 CAAACAATTGACCAAGAAAGTGACAATCCCGGAAGATAAACCTCTGCCTCTGAGACTGGC 2459
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2400 CAAACAATTGACCAAGAAAGTGACAATCCCGGAAGATAAACCTCTGCCTATGAGACTGGC 2459
Query 2460 TTCACTCCGTAACCTTCTTCCCaaaaaaaCAACAAATCTTGGAGCAGGAAGTAAGCAAAA 2519
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||
Sbjct 2460 TTCACTCCGTAACCTTCTTCCCAAAAAAACAACACCTCTTGGAGCAGGAAGCAAGCAGAA 2519
Query 2520 GGAAGTTACAGAAACGGAAAAGACGAAACAGAAAAGTAAAGATGGTCAAGAACAACATGA 2579
|||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2520 GGAAGTCACAGAAGCCGAAAAGACGAAACAGAAAAGTAAAGATGGTCAAGAACAAAATGA 2579
Query 2580 TGTAAAGGTCGGAGAAAGAGAGGTAAGAGA-AGGCTTGCTTGCAGCTGACGCATCagaga 2638
||||||||| ||||||||||| || || || || || ||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2580 TGTAAAGGTTGGAGAAAGAGATGTGAGTGAGAGT-TTCCTTGCAGCTGAAGCATCAGAGA 2638
Query 2639 gagtgaagaaagttttagaatcttcggaagagaaacagaagctagagaagatgaagaTTG 2698
|| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2639 GAACGAAGAAAGTTTTAGAAACTTCGGAAGAGAAACAGAAGCTAGAGAAGATGAAGATTG 2698
Query 2699 CGTATGGACAACAACATAGCCAAGGAGCTTCGCCGGTTCGAAACTTGTTTTGGTCAGTCG 2758
|||||||||||||||| | |||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2699 CGTATGGACAACAACAGAACCAAGGAGCTTCACCGGTTAGAAACTTGTTTTGGTCAGTCG 2758
Query 2759 TTGTTTGTCTCTATATCTGCTACATTTTGAAGCAGAGGTTCTTTGGTGCTAACTCGGCTC 2818
| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2759 TGGTTTGTCTCTACATCTGCTACATTTTGAAGCAGAGATTCTTTGGTGCAAACTCGGCTC 2818
Query 2819 AAGAGTATTAA 2829
|||||||||||
Sbjct 2819 AAGAGTATTAA 2829
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 108823829965
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5