BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G73400.1
Length=1707
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg339543 jgi|Araly1|339543|fgenesh1_pg.C_scaffold_2001642 2207 0.0
> Ahg339543 jgi|Araly1|339543|fgenesh1_pg.C_scaffold_2001642
Length=1473
Score = 2207 bits (1195), Expect = 0.0
Identities = 1334/1402 (95%), Gaps = 6/1402 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 307 ATGGCGAATTTGAATGCGTATGATGATATGGAAAAAGCCCTTGATGAATCTAG-TGTAGA 365
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| | ||| ||
Sbjct 1 ATGGCGAATTTGAATGCGTATGATGATATGGAGAAAGCCCTTGATGATTCT-GTTGTCGA 59
Query 366 TTTAACAACTCCTGTGGTGTGTAAGATCTTACAAAGGCTTCAATACGAAGAAAAGACGGC 425
||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 60 TTTGACAACTCCTGTGGTATGCAAGATCTTACAAAGGCTTCAATACGAGGAAAAGACGGC 119
Query 426 TTTTCGGTTCTTCACTTGGGCTGGACATCAAGAACATTACTCACATGAGCCTATTGCTTA 485
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 120 TTTTCGGTTCTTTACTTGGGCTGGACATCAAGAACATTACTCACATGAGCCTATTGCTTA 179
Query 486 TAATGAGATGATTGATATATTGTCAAGTACTAAGTATAAGAATAAGCAGTTTAGGATTGT 545
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 180 CAATGAGATGATTGATATATTGTCAAGTACGAAGTATAAGAATAAGCAGTTTAGGATTGT 239
Query 546 GATTGATATGCTTGATTACATGAAGAGAAACAACAAAACCGTTGTTCTTGTTGATGTTCT 605
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || ||| ||||
Sbjct 240 GATTGATATGCTTGATTACATGAAGAGAAACAAGAAAACCGTTGTTCCTGCGGATATTCT 299
Query 606 ATTGGAGATTCTCAGGAAGTATTGTGAGAGGTACTTGACTCATGTTCAGAAATTTGCCAA 665
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 300 GTTGGAGATTCTGAGGAAGTATTGTGAGAGGTACTTGACTCATGTTCAGAAATTTGCCAA 359
Query 666 GAGGAAACGGATTAGAGTGAAGACGCAGCCTGAGATTAATGCTTTCAATATGCTTCTTGA 725
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 360 GAGGAAACGGATTAGAGTGAAGACGCAGCCGGAGATTAATGCTTTCAATATGCTTCTTGA 419
Query 726 TGCTCTGTGTAAGTGTGGTTTGGTTAAGGAGGGTGAAGCTTTGCTTAGAAGGATGAGGCA 785
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 420 TGCTCTGTGTAAGTGTGGTTTGGTAAAGGAGGGTGAAGCTTTGCTTAGAAGGATGAGGCA 479
Query 786 TAGAGTTAAACCTGATGCGAA-TACGTTTAATGTCTTGTTCTTTGGGTGGTGTAGGGTGA 844
|||||||||||||||||| || |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 480 TAGAGTTAAACCTGATGC-AACTACGTTCAATGTCTTGTTCTTTGGGTGGTGTAGAGTGA 538
Query 845 GAGACCCTAAAAAGGCAATGAAGCTGCTTGAAGAGATGATTGAAGCTGGACATAAGCCGG 904
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||
Sbjct 539 GAGACCCTAAAAAGGCAATGAAGCTGCTTGAAGAGATGATCCAAGCTGGTCATAAACCGG 598
Query 905 AAAATTTCACTTATTGTGCTGCTATTGATACTTTCTGTCAAGCTGGAATGGTGGATGAGG 964
|||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||
Sbjct 599 AAAATTTCACTTATTGTGCTGCCATTGATACTTTTTGCCAAGCTGGAATGGTGGATGAGG 658
Query 965 CAGCTGATTTGTTTGACTTTATGATAACCAAAGGCTCTGCTGTTTCTGCTCCAACCGCAA 1024
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 659 CAGCTGATTTGTTTGACTTTATGATAACCAAAGGCTCTGCTGTTTCTGCTCCAACAGCAA 718
Query 1025 AGACTTTTGCTTTAATGATTGTGGCGTTGGCAAAGAATGATAAGGCAGAAGAATGCTTTG 1084
|||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 719 AGACGTTTGCTTTAATGATTGTGGCATTGGCAAAGAATGATAAGGCAGAAGAATGCTTTG 778
Query 1085 AGCTAATTGGGCGTATGATAAGCACGGGTTGCCTTCCTGATGTCTCGACATATAAGGATG 1144
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||| |
Sbjct 779 AGCTAATTGGGCGTATGATAAGCACGGGTTGCCTTCCTGATGTGTCAACATACAAGGACG 838
Query 1145 TAATTGAAGGTATGTGTATGGCTGAAAAGGTAGATGAAGCGTACAAGTTCCTGGATGAGA 1204
|||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 839 TAATTGAAGGTATGTGTATGGCTGGAAAGGTTGAGGAAGCGTACAAGTTCTTGGATGAGA 898
Query 1205 TGAGTAATAAAGGTTACCCGCCTGATATAGTCACATACAATTGCTTTCTTAGGGTATTGT 1264
|||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 899 TGAGCAATAAAGGTTACCCGCCTGATATAGTAACTTACAATTGCTTTCTTAGGGTATTGT 958
Query 1265 GTGAGAATAGAAAGACCGATGAAGCACTTAAACTTTATGGAAGAATGGTAGAGTCGCGTT 1324
||||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 959 GTGAGAATAGAAAGAGCGATGAAGCGCTGAAACTTTATGGAAGAATGGTAGAGTCGCGAT 1018
Query 1325 GTGCTCCTAGCGTCCAAACATACAACATGCTGATATCTATGTTTTTCGAAATGGATGATC 1384
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1019 GTGCTCCTAGCGTCCAAACGTACAACATGCTGATATCTATGTTTTTCGAGATGGATGATC 1078
Query 1385 CTGATGGAGCATTCAATACATGGACTGAAATGGATAAAAGAGACTGTGTTCAGGACGTTG 1444
|||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1079 CTGATGGAGCATTCAATACATGGAAAGAAATGGACGAAAGAGACTGTGTTCAGGACATTG 1138
Query 1445 AAACATACTGTGCTATGATCAATGGGCTTTTCGACTGTCACAGAGCTAAAGAGGCGTGTT 1504
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1139 AAACGTACTGTGCTATGATCAATGGGCTTTTCGACTGTCACAGAGCTAAAGAGGCGTGTT 1198
Query 1505 TTCTACTGGAAGAGGTTGTGAACAAAGGACTCAAACTGCCATATCGAGTGTTTGACTCTT 1564
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1199 TTCTACTGGAAGAGGTTGTGAACAAAGGACTCAAACTGCCATATCGAGCGTTTGACTCTT 1258
Query 1565 TCTTGATGCGTCTATCGGAA-GTTGGTAACCTCAAGGCAATTCATAAGGTTTCTGAACAT 1623
||||||||||| | || | |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||
Sbjct 1259 TCTTGATGCGTTTGTCT-ACTGTTGGTAACCTCAAGGCAATCCATAAGCTTTCTGAACAT 1317
Query 1624 ATGAAAAAGTTTTACAACCATAGTATGGCTAGGCGTTTTGCACTCAGTGAGAAGAGAAAG 1683
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1318 ATGAAAAAGTTTTACAACCATAGTATGGCTAGGCGTTTTGCACTCAGTGAGAAGAGAAAA 1377
Query 1684 AGTACAAAACTCAGAGGGAAGT 1705
||||||||||||||||||||||
Sbjct 1378 AGTACAAAACTCAGAGGGAAGT 1399
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 64029701845
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5