BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G73430.1
Length=3035
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg926716 jgi|Araly1|926716|scaffold_202277.1 4002 0.0
Ahg928580 jgi|Araly1|928580|scaffold_301037.1 124 3e-27
> Ahg926716 jgi|Araly1|926716|scaffold_202277.1
Length=2400
Score = 4002 bits (2167), Expect = 0.0
Identities = 2315/2388 (97%), Gaps = 3/2388 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 434 CATAGACAATGGCGACTAAGGCGGCTTCGTCTTCCAGCCTCCCCAAATCTGGAGCCATTT 493
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 15 CATAGACAATGGCGACTAAGGCAGCTTCGTCTTCCAGCCTCCCAAAATCTGGAGCCATTT 74
Query 494 CCAAAGGCTACAATTTCGCTTCGACTTGGGAACAGAGCGCTCCTTTGACAGAGCAGCAAC 553
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 75 CCAAAGGCTACAATTTCGCTTCTACTTGGGAACAGAGCGCTCCTTTGACAGAGCAGCAAC 134
Query 554 AAGCAGCTATTGTTTCTTTATCCCACGCAGTCGCTGAGCGGCCATTTCCTGCCAATCTTG 613
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 135 AAGCAGCTATTGTTTCTCTATCCCACGCAGTCGCTGAGCGGCCATTTCCTGCCAATCTTG 194
Query 614 TACATGAGCATGTTCACAGGCCTGAGAATGGCTTGTCTGTCTCCGTGGAGGACACACATT 673
|||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| || |||||||||||||
Sbjct 195 TACATGAGCATGTTCACAGGCCCGAGAATGGATTGTCTGTCTCAGTTGAGGACACACATT 254
Query 674 TGGGAGATTCTGGAGCAATTGAAGCTGTTTTGGTTAATACAAATCAGTTCTACAAATGGT 733
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 255 TGGGAGATTCTGGAGCAATTGAAGCTGTTTTGGTTAATACCAATCAGTTCTACAAATGGT 314
Query 734 TTACTGATCTTGAATCAGCGATGAAGTCTGAGACAGAGGAAAAGTATCGGCACTATGTTA 793
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 315 TTACTGATCTTGAATCAGCGATGAAGTCTGAGACAGAGGAAAAGTATCGGCACTATGTCA 374
Query 794 GTACTTTAACTGAGCGCATCCAGACGTGTGATAATATACTTCACCAGGTTGATGAAACAC 853
|||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 375 ATACTTTAACTGAGCGCATCCAGACATGTGATGATATACTTCACCAGGTTGATGAAACAC 434
Query 854 TTGACCTATTTAACGAACTGCAGCTACAACATCAAGGAGTAACAACAAAGACTAAAACTC 913
||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 435 TTGACCTATTTAATGAACTGCAGCTTCAACATCAAGGAGTAACAACAAAGACTAAAACTC 494
Query 914 TTCATGACGCATGTGACCGACTGTTAATGGAGAAGCAGAAATTGATGGAATTTGCAGAAG 973
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 495 TTCATGATGCATGTGACCGACTGTTAATGGAGAAGCAGAAATTGATGGAGTTTGCAGAAG 554
Query 974 CTCTAAGGAGTAAGCTCAACTATTTTGATGAACTGGAGAATGTATCCTCTAATTTTTATT 1033
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 555 CTCTAAGGAGTAAGCTCAACTATTTTGATGAATTGGAGAATATATCCTCTAATTTTTATT 614
Query 1034 CACCAAATATGAATGTATCAAACTCAAACTTTCTCCCACTACTGAAACGGCTGGATGAGT 1093
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 615 CACCAAATATGAATGTATCAAACTCAAACTTTCTCCCACTACTGAAACGTCTGGATGAGT 674
Query 1094 GCATATCGTACATCGAAGATAATCCTCAATATGCGGAGTCGAGTGTTTATTTGCTCAAAT 1153
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 675 GCATATCGTACATCGAAGATAATCCTCAATATGCAGAGTCGAGTGTTTATTTGCTCAAAT 734
Query 1154 TTCGTCAACTCCAGTCACGGGCCTTGGGCATGATTCGAACTTACATCCTTGCAGTGCTTA 1213
||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 735 TTCGTCAGCTCCAGTCGCGGGCGTTGGGCATGATTCGAACTTACATCCTTGCAGTGCTTA 794
Query 1214 AAACGGCTGCTTCTCAGGTTCAGGCAGCATTTCGTGGGACAGGTGGAAACAAAACATCTG 1273
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 795 AAACGGCTGCTTCTCAGGTTCAGGCAGCATTTCGTGGGACAGGTGGAAACAAAACATCTG 854
Query 1274 TCTCGGAGGGTGTCGAGGCATCTGTTATATATGTTCGCTTCAAGGCTGCTGCAAATGAGC 1333
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 855 TCTCAGAGGGTGTCGAGGCATCTGTTATATATGTTCGCTTCAAGGCTGCTGCAAATGAGC 914
Query 1334 TTAAACCTGTATTGGAGGAGATTGAGAGTAGGTCAGCAAGAAAGGAATATGTCCAAATCC 1393
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 915 TTAAACCTGTATTGGAGGAGATTGAGAGTAGGTCAGCAAGAAAGGAATATGTTCAAATCC 974
Query 1394 TTGCAGAATGCCACAGACTATACTGTGAACAACGGCTCTCGCTTGTCAAAGGCATAGTGC 1453
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |
Sbjct 975 TTGCAGAATGCCACAGACTATACTGTGAACAACGACTCTCGCTCGTCAAAGGCATAGTAC 1034
Query 1454 ACCAACGAGTATCTGATTTCGCCAAGAAAGAGGCACTGCCATCTTTAACTAGATCGGGTT 1513
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1035 ACCAACGAGTATCTGATTTCGCCAAGAAAGAGGCACTGCCATCTTTGACTAGATCGGGTT 1094
Query 1514 GTGCATATCTGATGCAGGTTTGTCATATGGAGCATCAACTGTTTACTCATTTCTTTCCAG 1573
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1095 GTGCATATCTGATGCAGGTTTGTCATATGGAGCATCAACTGTTTACTCATTTCTTTCCAG 1154
Query 1574 CATCGTCAGAAGAAGTTTCGAGTCTGGCACCTTTAGTGGATCCTTTGTCTACGTACTTGT 1633
|||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1155 CATCATCTGAAGAAGTTTCGAGTCTGGCACCTTTAGTGGATCCTTTGTCTACGTACCTGT 1214
Query 1634 ATGACATTTTACGCCCAAAATTAATTCACGAAGCAAATATTGATCTTCTATGTGAGCTCG 1693
|||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1215 ATGACATTTTACGCCCAAAACTGATTCACGAAGCAAATATTGATCTTCTATGTGAGCTCG 1274
Query 1694 TTCATATCCTTAAAGTTGAAGTCCTGGGAGACCAGTCAGCTAGACAGAGTGAACCCCTGG 1753
||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1275 TTCATATCCTTAAAGTTGAAGTCTTGGGGGACCAGTCAGCTAGGCAGAGTGAACCCCTGG 1334
Query 1754 CCGGACTGAGGCCTACATTACAAAGAATTTTGGCCGATGTAAATGAGAGATTGACTTTCC 1813
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1335 CCGGACTGAGGCCTACATTACAAAGAATTTTGGCCGATGTAAATGAGAGATTGACTTTCC 1394
Query 1814 GTGCCAGAACATATATTAGAGATGAGATTGCAAATTATACCCCCTCTGATGAAGATCTGG 1873
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1395 GTGCCAGAACATATATTCGAGATGAGATTGCAAATTATATCCCCTCTGATGAAGATCTGG 1454
Query 1874 ATTATCCTGCAAAGCTGGAAGGATCTCCTAATACAACATCTGAAACTGATCTCAGGGATG 1933
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1455 ATTATCCTGCAAAGCTGGAAGGATCTCCTAATACAACATCTGAAACTGATCTCGGGGATG 1514
Query 1934 ATGAAAACGCTGATGTGTTTAAGACTTGGTATCCACCTCTTGAAAAGACTCTCTCTTGTC 1993
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1515 ATGAAAACGCTGATGTGTTTAAGACTTGGTATCCACCTCTGGAAAAGACTCTCTCTTGTC 1574
Query 1994 TATCTAAATTATATCGTTGCTTGGAGCAGGCCGTCTTCACTGGATTAGCACAGGAAGCTG 2053
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1575 TATCTAAATTATATCGTTGCTTGGAGCCTGCCGTCTTCACTGGACTAGCACAGGAAGCTG 1634
Query 2054 TAGAAGTTTGCTCACTGTCAATTCAAAAAGCCAGCAAGCTTATCATTAAGCGATCAACTA 2113
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1635 TAGAAGTTTGCTCACTGTCAATTCAAAAAGCGAGCAAGCTTATCATTAAGCGATCAACTA 1694
Query 2114 CAATGGATGGCCAGCTTTTCCTTATCAAGCATCTCCTTATCTTGAGAGAACAGATTGCCC 2173
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1695 CAATGGATGGCCAGCTTTTCCTTATCAAGCATCTCCTTATCTTGAGAGAACAGATTGCCC 1754
Query 2174 CTTTTGACATAGAATTTTCAGTAACCCATAAGGAGCTTGATTTCTCTCATTTACTGGAAC 2233
|||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1755 CTTTTGACATAGAATTTTCAGTCACCCACAAAGAGCTTGATTTCTCTCATTTGCTGGAAC 1814
Query 2234 ACTTGAGGAGGATACTTAGAGGTCAAGCGTCACTTTTTGACTGGTCTAGGTCAACCTCTC 2293
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1815 ACTTGAGGAGGATACTTAGAGGTCAAGCGTCACTTTTTGACTGGTCTAGGTCAACCTCTC 1874
Query 2294 TAGCAAGGACCCTGTCACCTCGAGTTTTGGAGAGTCAAATAGATGCCAAAAAGGAACTGG 2353
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1875 TAGCAAGGACCCTGTCACCTCGAGTTTTGGAGAGTCAAATAGATGCCAAGAAGGAACTGG 1934
Query 2354 AAAAATGTCTTAAGACAACTTGTGAGGAGTTCATCATGTCAGTAACTAAGCTAGTTGTGG 2413
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1935 AAAAATGTCTTAAGACAACTTGTGAGGAGTTCATCATGTCAGTAACTAAGCTAGTTGTGG 1994
Query 2414 ATCCTATGCTTTCATTTGTGACGAAGGTCACAGCCATAAAAGTTGCTCTTTCCTCCGGAA 2473
|||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1995 ATCCTATGCTTTCATTTGTGACCAAGGTCACAGCTATAAAAGTTGCTCTTTCCTCCGGAT 2054
Query 2474 CTCAGAATCACAAAGTTGATTCTGTCATGGCTAAGCCGCTGAAGGAACAAGCTTTCGCGA 2533
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2055 CTCAGAATCAAAAAGTTGATTCTGTCATGGCTAAGCCGCTGAGGGAACAAGCTTTCGCGA 2114
Query 2534 CACCAGATAAGGTGGTTGAACTTGTTCAAAAGGTATACGCTGCGATACAACAAGAGTTGC 2593
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||
Sbjct 2115 CACCAGATAAGGTGGCTGAACTTGTTCAAAAGGTATACGCTGCAATACAGCAAGAGTTGC 2174
Query 2594 TTCCGATTTTAGCAAAAATGAAACTCTATTTGCAAAACCCATCAACAAGGACCATACTTT 2653
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2175 TTCCGATTTTAGCAAAGATGAAACTCTATTTGCAAAACCCATCAACAAGGACTATACTTT 2234
Query 2654 TCAAGCCGATCAAGACAAATATAGTGGAAGCTCATACGCAAGTGGAGTCTTTGCTCAAAG 2713
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2235 TCAAGCCGATCAAGACAAATATTGTGGAAGCTCATACACAAGTAGAGTCTTTGCTCAAAG 2294
Query 2714 CTGAGTACTCAGCTGAAGAACAAGCCAATATTAATATGATCTCCATTCAGGATTTGCAAA 2773
| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2295 CCGAGTACTCAGCTGAAGAACAAGCCAATATCAATATGATCTCCATTCAGGATTTGCAAA 2354
Query 2774 CCCAACTCGACAATTTCCTTTAAGGTC-ATGGCTCAATCGATGTTTTT 2820
|||| || |||||||||||||||||| || |||||||||||||||
Sbjct 2355 CCCAGCTTGACAATTTCCTTTAAGGTTTATA--TCAATCGATGTTTTT 2400
> Ahg928580 jgi|Araly1|928580|scaffold_301037.1
Length=301
Score = 124 bits (67), Expect = 3e-27
Identities = 69/70 (99%), Gaps = 0/70 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 2597 CGATTTTAGCAAAAATGAAACTCTATTTGCAAAACCCATCAACAAGGACCATACTTTTCA 2656
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 79 CGATTTTAGCAAAAATGAAACTCTATTTGCAAAACCCATCAACAAGGACCATACTTTTCA 138
Query 2657 AGCCGATCAA 2666
|| |||||||
Sbjct 139 AGACGATCAA 148
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 114613547205
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5