BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT1G73720.1 Length=1802 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg476512 jgi|Araly1|476512|fgenesh2_kg.2__1642__AT1G73720.1 2868 0.0 > Ahg476512 jgi|Araly1|476512|fgenesh2_kg.2__1642__AT1G73720.1 Length=1780 Score = 2868 bits (1553), Expect = 0.0 Identities = 1709/1783 (96%), Gaps = 16/1783 (1%) Strand=Plus/Plus Query 27 CGTCTCCGGCGAAAACCCACTACGACTGAGTATGGCGCTCGAAATCGAAGCTCGAGATGT 86 ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1 CGTCTCCGGCGAAAATCCACTACGACTGACTATGGCGCTCGAAATCGAAGCTCGAGATGT 60 Query 87 AATAAAGATTATGCTTCAGTTCTGCAAAGAAAATTCCTTGAATCAGACATTCCAGACATT 146 |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 61 TATAAAGATTATGCTTCAGTTCTGCAAAGAAAACTCCTTGAATCAGACATTCCAGACATT 120 Query 147 ACAAAGCGAGTGTCAGGTTTCCTTGAATACAGTAGACAGCGTCGAGACGTTTATTTCTGA 206 |||||| || ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 121 ACAAAGTGAATGTCAGGTTTCTTTAAATACAGTAGACAGCGTCGAGACGTTTATTTCTGA 180 Query 207 TATTAATAGTGGAAGATGGGACTCGGTACTACCTCAAGTTTCCCAGCTTAAACTTCCCAG 266 ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 181 TATTAATAGCGGAAGATGGGACTCGGTACTACCTCAAGTTTCTCAGCTTAAACTTCCCAG 240 Query 267 GAATAAACTTGAAGACCTTTATGAACAGATTGTATTGGAGATGATAGAACTTCGAGAGTT 326 ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 241 GAATAAACTAGAAGACCTTTATGAACAGATTGTATTGGAGATGATAGAACTTCGAGAGTT 300 Query 327 GGACACTGCCCGAGCTATTTTGAGACAAACTCAGGTGATGGGTGTCATGAAGCAGGAGCA 386 ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 301 GGACACTGCTCGAGCTATTTTGAGACAGACTCAGGTGATGGGTGTCATGAAGCAGGAGCA 360 Query 387 AGCAGAAAGATATTTGCGGATGGAGCATCTTCTAGTCAGAAGCTATTTTGATCCGCATGA 446 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 361 ACCAGAAAGATATTTGCGGATGGAGCATCTTCTAGTCAGAAGCTATTTTGATCCGCATGA 420 Query 447 GGCTTATGGAGACTCAACTAAAGAAAGAAAACGGGCACAGATTGCTCAAGCTGTGGCTGC 506 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 421 GGCTTATGGAGACTCAACTAAAGAAAGAAAACGGGCACAGATTGCTCAAGCTGTGGCTGC 480 Query 507 CGAGGTTACCGTGGTACCACCTTCACGGTTAATGGCTTTGATAGGTCAGGCTTTAAAGTG 566 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 481 CGAGGTTACCGTGGTACCACCTTCACGGTTAATGGCTTTGATAGGTCAGGCTTTAAAGTG 540 Query 567 GCAACAACATCAAGGCCTGCTCCCTCCAGGAACACAGTTTGACCTCTTTCGTGGGACGGC 626 ||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 541 GCAACAACATCAAGGTCTGCTCCCTCCAGGAACTCAGTTTGACCTCTTTCGTGGGACGGC 600 Query 627 AGCTATGAAGCAAGATGTAGAAGACACACATCCTAATGTTCTTACTCATACCATAAAGTT 686 ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| Sbjct 601 AGCTATGAAACAAGATGTAGAAGACACACATCCTAATGCTCTTACACATACCATAAAGTT 660 Query 687 TGGTAAAAAGAGTCATGCAGAATGCGCTAGATTCTCACCAGATGGACAGTTTCTTGCATC 746 |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 661 TGGTAAAAAGAGTCATGCCGAATGCGCTAGATTCTCACCAGATGGACAGTTTCTTGCCTC 720 Query 747 TTCTTCTGTGGATGGTTTTATCGAGGTATGGGATTACATAAGTGGAAAGCTCAAGAAGGA 806 ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| Sbjct 721 TTCTTCTGTTGATGGTTTTATCGAGGTATGGGATTACATAAGTGGGAAGCTGAAGAAGGA 780 Query 807 TTTGCAATATCAAGCTGATGAATCTTTCATGATGCATGATGATCCTGTCCTCTGCATAGA 866 |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 781 TTTGCAATATCAAGCTGATGAAACTTTCATGATGCATGATGATCCTGTCCTTTGCATAGA 840 Query 867 CTTTAGCAGAGATTCAGAGATGCTTGCATCTGGGTCACAAGATGGAAAGATTAAAATCTG 926 |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 841 TTTTAGCAGAGATTCAGAGTTGCTTGCATCTGGGTCACAAGATGGAAAGATTAAAATCTG 900 Query 927 GCGTATAAGGACTGGTGTATGCATACGTCGTTTTGA---TGCACATTCCCAAGGAGTTAC 983 |||||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 901 GCGTATAAGGACTGGTCTATGTATACGTCGTTTTGAGCATGCACATTCCCAAGGAGTTAC 960 Query 984 AAGTCTTTCCTTCTCTCGGGATGGAAGCCAATTACTGAGTACCTCCTTTGACCAAACTGC 1043 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 961 AAGTCTTTCCTTCTCTCGGGATGGAAGCCAATTACTGAGTACCTCCTTTGACCAAACTGC 1020 Query 1044 AAGAATCCATGGTTTGAAATCTGGGAAATTGTTGAAAGAATTTCGTGGTCACACATCTTA 1103 |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1021 AAGAATTCATGGTTTGAAATCTGGGAAATTGTTGAAAGAATTTCGTGGTCACACATCTTA 1080 Query 1104 TGTAAATCATGCCATCTTTACAAGTGATGGAAGCCGTATTATCACTGCCTCCAGTGATTG 1163 ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 1081 TGTAAATAATGCCATCTTTACAAGTGATGGAAGCCGTATAATCACTGCCTCCAGTGATTG 1140 Query 1164 TACAGTAAAGGTCTGGGATTCTAAGACGACAGATTGTCTACAAACATTCAAGCCGCCACC 1223 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1141 TACAGTAAAGGTCTGGGATTCTAAGACGACAGATTGTCTACAAACATTCAAGCCGCCACC 1200 Query 1224 TCCGTTAAGGGGAACTGATGCATCAGTCAACTCTATTCACTTGTTCCCCAAAAACACAGA 1283 |||||||||| || ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 1201 TCCGTTAAGGCAAAGTGACGCATCAGTCAACTCTATTCATTTGTTCCCCAAAAACACAGA 1260 Query 1284 ACACATTGTTGTGTGCAACAAGACATCATCTATATACATTATGACACTCCAAGGACAGGT 1343 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 1261 ACACATTGTTGTGTGCAACAAGACATCATCTATATACATCATGACACTCCAAGGACAGGT 1320 Query 1344 TGTGAAGAGTTTCTCATCCGGTAATAGGGAAGGAGGAGATTTTGTAGCAGCATGTGTATC 1403 |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1321 TGTGAAGAGTTTCTCATCGGGTAATAGGGAAGGAGGAGATTTTGTAGCAGCATGTGTATC 1380 Query 1404 TACAAAAGGAGATTGGATATACTGCATCGGCGAAGACAAGAAACTGTACTGCTTCAACTA 1463 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 1381 TACAAAAGGAGATTGGATATACTGCATCGGCGAAGACAAGAAATTGTACTGCTTCAACTA 1440 Query 1464 TCAATCTGGTGGACTTGAGCATTTCATGATGGTGCATGAGAAGGATGTGATTGGTATAAC 1523 |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1441 TCAAACCGGTGGACTTGAGCATTTCATGATGGTGCATGAGAAGGATGTGATTGGTATAAC 1500 Query 1524 ACACCACCCGCATAGAAACCTCCTTGCTACCTATAGTGAAGATTGCACTATGAAGTTATG 1583 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 1501 ACACCACCCGCATAGAAACCTCCTTGCTACCTATAGTGAAGATTGCACCATGAAGTTATG 1560 Query 1584 GAAGCCCTGAGTTT-TCTCATCATCAAGTCTTG-TTTTCTGTATGATTAGTCTGTCTTTA 1641 |||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 1561 GAAGCCCTGAGTTTCTCTCATCTTCAAGTCTTGCTTTT-TGTATGATTAGTCTGTCTTTA 1619 Query 1642 TTTGATTTGCACTCTT--CTCGGGTTAGAACTAGTGT-AA-T---GTGAAACCATCTTTG 1694 |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| || | ||||||||||||||| Sbjct 1620 TTTGATTTGCACGCTTTGCTCGGGTTAGAACTAGTGTTAAGTTATGTGAAACCATCTTTG 1679 Query 1695 CAAAGATCTCAG-CCATTTTGGGAACACTACCCACAGACTCTAAAACCAGCATTTCAGAT 1753 ||| || || | || |||||||||||||||| ||||||| | || |||| ||||||||| Sbjct 1680 CAA-GAACTTTGGCCTTTTTGGGAACACTACCTACAGACTTTGAA-CCAGTATTTCAGAT 1737 Query 1754 TTTAAGACCGTTTCACCTGGCCTTGAGCCTTGTAGTAGTTTAT 1796 |||||||| |||||||| ||||||| ||||| ||||||||||| Sbjct 1738 TTTAAGACTGTTTCACCCGGCCTTGTGCCTTCTAGTAGTTTAT 1780 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 67648275120 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5