BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G73720.1
Length=1802
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg476512 jgi|Araly1|476512|fgenesh2_kg.2__1642__AT1G73720.1 2868 0.0
> Ahg476512 jgi|Araly1|476512|fgenesh2_kg.2__1642__AT1G73720.1
Length=1780
Score = 2868 bits (1553), Expect = 0.0
Identities = 1709/1783 (96%), Gaps = 16/1783 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 27 CGTCTCCGGCGAAAACCCACTACGACTGAGTATGGCGCTCGAAATCGAAGCTCGAGATGT 86
||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 CGTCTCCGGCGAAAATCCACTACGACTGACTATGGCGCTCGAAATCGAAGCTCGAGATGT 60
Query 87 AATAAAGATTATGCTTCAGTTCTGCAAAGAAAATTCCTTGAATCAGACATTCCAGACATT 146
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 TATAAAGATTATGCTTCAGTTCTGCAAAGAAAACTCCTTGAATCAGACATTCCAGACATT 120
Query 147 ACAAAGCGAGTGTCAGGTTTCCTTGAATACAGTAGACAGCGTCGAGACGTTTATTTCTGA 206
|||||| || ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 ACAAAGTGAATGTCAGGTTTCTTTAAATACAGTAGACAGCGTCGAGACGTTTATTTCTGA 180
Query 207 TATTAATAGTGGAAGATGGGACTCGGTACTACCTCAAGTTTCCCAGCTTAAACTTCCCAG 266
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 181 TATTAATAGCGGAAGATGGGACTCGGTACTACCTCAAGTTTCTCAGCTTAAACTTCCCAG 240
Query 267 GAATAAACTTGAAGACCTTTATGAACAGATTGTATTGGAGATGATAGAACTTCGAGAGTT 326
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 GAATAAACTAGAAGACCTTTATGAACAGATTGTATTGGAGATGATAGAACTTCGAGAGTT 300
Query 327 GGACACTGCCCGAGCTATTTTGAGACAAACTCAGGTGATGGGTGTCATGAAGCAGGAGCA 386
||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 GGACACTGCTCGAGCTATTTTGAGACAGACTCAGGTGATGGGTGTCATGAAGCAGGAGCA 360
Query 387 AGCAGAAAGATATTTGCGGATGGAGCATCTTCTAGTCAGAAGCTATTTTGATCCGCATGA 446
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 ACCAGAAAGATATTTGCGGATGGAGCATCTTCTAGTCAGAAGCTATTTTGATCCGCATGA 420
Query 447 GGCTTATGGAGACTCAACTAAAGAAAGAAAACGGGCACAGATTGCTCAAGCTGTGGCTGC 506
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 GGCTTATGGAGACTCAACTAAAGAAAGAAAACGGGCACAGATTGCTCAAGCTGTGGCTGC 480
Query 507 CGAGGTTACCGTGGTACCACCTTCACGGTTAATGGCTTTGATAGGTCAGGCTTTAAAGTG 566
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 CGAGGTTACCGTGGTACCACCTTCACGGTTAATGGCTTTGATAGGTCAGGCTTTAAAGTG 540
Query 567 GCAACAACATCAAGGCCTGCTCCCTCCAGGAACACAGTTTGACCTCTTTCGTGGGACGGC 626
||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 GCAACAACATCAAGGTCTGCTCCCTCCAGGAACTCAGTTTGACCTCTTTCGTGGGACGGC 600
Query 627 AGCTATGAAGCAAGATGTAGAAGACACACATCCTAATGTTCTTACTCATACCATAAAGTT 686
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||
Sbjct 601 AGCTATGAAACAAGATGTAGAAGACACACATCCTAATGCTCTTACACATACCATAAAGTT 660
Query 687 TGGTAAAAAGAGTCATGCAGAATGCGCTAGATTCTCACCAGATGGACAGTTTCTTGCATC 746
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 661 TGGTAAAAAGAGTCATGCCGAATGCGCTAGATTCTCACCAGATGGACAGTTTCTTGCCTC 720
Query 747 TTCTTCTGTGGATGGTTTTATCGAGGTATGGGATTACATAAGTGGAAAGCTCAAGAAGGA 806
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||
Sbjct 721 TTCTTCTGTTGATGGTTTTATCGAGGTATGGGATTACATAAGTGGGAAGCTGAAGAAGGA 780
Query 807 TTTGCAATATCAAGCTGATGAATCTTTCATGATGCATGATGATCCTGTCCTCTGCATAGA 866
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 781 TTTGCAATATCAAGCTGATGAAACTTTCATGATGCATGATGATCCTGTCCTTTGCATAGA 840
Query 867 CTTTAGCAGAGATTCAGAGATGCTTGCATCTGGGTCACAAGATGGAAAGATTAAAATCTG 926
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 841 TTTTAGCAGAGATTCAGAGTTGCTTGCATCTGGGTCACAAGATGGAAAGATTAAAATCTG 900
Query 927 GCGTATAAGGACTGGTGTATGCATACGTCGTTTTGA---TGCACATTCCCAAGGAGTTAC 983
|||||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 901 GCGTATAAGGACTGGTCTATGTATACGTCGTTTTGAGCATGCACATTCCCAAGGAGTTAC 960
Query 984 AAGTCTTTCCTTCTCTCGGGATGGAAGCCAATTACTGAGTACCTCCTTTGACCAAACTGC 1043
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 961 AAGTCTTTCCTTCTCTCGGGATGGAAGCCAATTACTGAGTACCTCCTTTGACCAAACTGC 1020
Query 1044 AAGAATCCATGGTTTGAAATCTGGGAAATTGTTGAAAGAATTTCGTGGTCACACATCTTA 1103
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1021 AAGAATTCATGGTTTGAAATCTGGGAAATTGTTGAAAGAATTTCGTGGTCACACATCTTA 1080
Query 1104 TGTAAATCATGCCATCTTTACAAGTGATGGAAGCCGTATTATCACTGCCTCCAGTGATTG 1163
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1081 TGTAAATAATGCCATCTTTACAAGTGATGGAAGCCGTATAATCACTGCCTCCAGTGATTG 1140
Query 1164 TACAGTAAAGGTCTGGGATTCTAAGACGACAGATTGTCTACAAACATTCAAGCCGCCACC 1223
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1141 TACAGTAAAGGTCTGGGATTCTAAGACGACAGATTGTCTACAAACATTCAAGCCGCCACC 1200
Query 1224 TCCGTTAAGGGGAACTGATGCATCAGTCAACTCTATTCACTTGTTCCCCAAAAACACAGA 1283
|||||||||| || ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1201 TCCGTTAAGGCAAAGTGACGCATCAGTCAACTCTATTCATTTGTTCCCCAAAAACACAGA 1260
Query 1284 ACACATTGTTGTGTGCAACAAGACATCATCTATATACATTATGACACTCCAAGGACAGGT 1343
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1261 ACACATTGTTGTGTGCAACAAGACATCATCTATATACATCATGACACTCCAAGGACAGGT 1320
Query 1344 TGTGAAGAGTTTCTCATCCGGTAATAGGGAAGGAGGAGATTTTGTAGCAGCATGTGTATC 1403
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1321 TGTGAAGAGTTTCTCATCGGGTAATAGGGAAGGAGGAGATTTTGTAGCAGCATGTGTATC 1380
Query 1404 TACAAAAGGAGATTGGATATACTGCATCGGCGAAGACAAGAAACTGTACTGCTTCAACTA 1463
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1381 TACAAAAGGAGATTGGATATACTGCATCGGCGAAGACAAGAAATTGTACTGCTTCAACTA 1440
Query 1464 TCAATCTGGTGGACTTGAGCATTTCATGATGGTGCATGAGAAGGATGTGATTGGTATAAC 1523
|||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1441 TCAAACCGGTGGACTTGAGCATTTCATGATGGTGCATGAGAAGGATGTGATTGGTATAAC 1500
Query 1524 ACACCACCCGCATAGAAACCTCCTTGCTACCTATAGTGAAGATTGCACTATGAAGTTATG 1583
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1501 ACACCACCCGCATAGAAACCTCCTTGCTACCTATAGTGAAGATTGCACCATGAAGTTATG 1560
Query 1584 GAAGCCCTGAGTTT-TCTCATCATCAAGTCTTG-TTTTCTGTATGATTAGTCTGTCTTTA 1641
|||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1561 GAAGCCCTGAGTTTCTCTCATCTTCAAGTCTTGCTTTT-TGTATGATTAGTCTGTCTTTA 1619
Query 1642 TTTGATTTGCACTCTT--CTCGGGTTAGAACTAGTGT-AA-T---GTGAAACCATCTTTG 1694
|||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| || | |||||||||||||||
Sbjct 1620 TTTGATTTGCACGCTTTGCTCGGGTTAGAACTAGTGTTAAGTTATGTGAAACCATCTTTG 1679
Query 1695 CAAAGATCTCAG-CCATTTTGGGAACACTACCCACAGACTCTAAAACCAGCATTTCAGAT 1753
||| || || | || |||||||||||||||| ||||||| | || |||| |||||||||
Sbjct 1680 CAA-GAACTTTGGCCTTTTTGGGAACACTACCTACAGACTTTGAA-CCAGTATTTCAGAT 1737
Query 1754 TTTAAGACCGTTTCACCTGGCCTTGAGCCTTGTAGTAGTTTAT 1796
|||||||| |||||||| ||||||| ||||| |||||||||||
Sbjct 1738 TTTAAGACTGTTTCACCCGGCCTTGTGCCTTCTAGTAGTTTAT 1780
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 67648275120
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5