BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G73730.1
Length=2167
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg926748 jgi|Araly1|926748|scaffold_202309.1 2641 0.0
> Ahg926748 jgi|Araly1|926748|scaffold_202309.1
Length=1735
Score = 2641 bits (1430), Expect = 0.0
Identities = 1645/1748 (94%), Gaps = 17/1748 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 132 TTTTGATTGATTTTGTTTAAATGGGCGATCTTGCTATGTCCGTAGCAGACATCAGGATGG 191
||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1 TTTTGATTGATTTTGATTAAATGGGCGATCTTGCTGGGTCCGTGGCAGACATCAGGATGG 60
Query 192 AGAATGAGCCTGATGATTTAGCTAGTGATAATGTTGCTGAGATTGATGTGAGTGATGAAG 251
|||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 AGAATGAGCCTGATGACTTGGCTAGTGATAATGTTGCTGAGATTGATGTGAGTGATGAAG 120
Query 252 AGATTGATGCTGACGACCTTGAGAGACGGATGTGGAAAGATCGTGTCAGGCTTAAAAGAA 311
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 AGATTGATGCTGAAGACCTTGAGAGACGGATGTGGAAAGATCGTGTCAGGCTTAAAAGAA 180
Query 312 TCAAAGAGCGACAAAAAGCTGGCTCTCAAGGAGCTCAAACGAAGGAGACACCTAAGAAAA 371
||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 181 TCAAAGAGCGACAGAAAGTTGGCTCTCAGGGAGCTCAAACGAAGGAGACACCGAAGAAAA 240
Query 372 TCTCTGATCAAGCTCAGAGGAAGAAAATGTCTAGAGCTCAAGATGGTATCCTTAAGTACA 431
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 241 TCTCGGATCAAGCTCAGAGGAAGAAAATGTCTAGAGCTCAAGATGGTATACTTAAGTACA 300
Query 432 TGTTGAAGCTTATGGAAGTCTGCAAAGTTCGCGGGTTTGTCTATGGTATAATACCGGAAA 491
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 301 TGTTGAAGCTTATGGAAGTCTGCAAAGTTCGCGGGTTTGTTTATGGTATAATACCGGAAA 360
Query 492 AGGGCAAGCCTGTGAGTGGTTCCTCTGACAATATAAGAGCTTGGTGGAAAGAGAAAGTGA 551
|||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 AGGGAAAGCCCGTGAGCGGTTCCTCTGACAATATAAGAGCTTGGTGGAAAGAGAAAGTGA 420
Query 552 AGTTTGATAAGAACGGTCCTGCTGCTATTGCTAAATACGAAGAGGAGTGTTTAGCGTTTG 611
|||||||||||||||| || || || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 421 AGTTTGATAAGAACGGGCCAGCCGCAATTGCTAAATACGAAGAGGAGTGTTTAGCTTTTG 480
Query 612 GGAAATCTGATGGGAATAGGAATTCACAGTTTGTTCTCCAGGATTTGCAAGATGCTACTT 671
| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| ||||
Sbjct 481 GTAAATCCGATGGGAATAGGAATTCGCAGTTTGTTCTCCAGGACCTGCAAGATGCAACTT 540
Query 672 TAGGGTCTTTGTTATCTTCTTTGATGCAACATTGTGATCCTCCTCAAAGGAAGTATCCGT 731
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 TAGGGTCTCTGTTATCTTCTTTGATGCAACATTGTGATCCTCCTCAAAGGAAGTATCCGC 600
Query 732 TGGAGAAAGGGACGCCTCCGCCTTGGTGGCCAACGGGGAATGAAGAATGGTGGGTGAAAC 791
|||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 TGGAAAAAGGGACTCCTCCGCCTTGGTGGCCAACCGGGAATGAAGAATGGTGGGTGAAAC 660
Query 792 TCGGTCTGCCTAAAAGCCAGAGTCCTCCTTACCGAAAACCTCATGATCTCAAGAAGATGT 851
|||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||
Sbjct 661 TCGGTCTGCCCAAAAGCCAGAGTCCTCCTTACAGAAAACCGCACGATCTCAAGAAGATGT 720
Query 852 GGAAGGTTGGAGTTTTAACGGCAGTGATCAATCATATGTTACCTGATATTGCAAAGATTA 911
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 721 GGAAGGTTGGAGTTTTAACGGCAGTGATCAATCATATGTTGCCTGATATTGCAAAGATTA 780
Query 912 AGAGGCATGTTCGTCAGTCGAAATGTTTACAGGACAAGATGACAGCTAAAGAGAGTGCGA 971
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 AGAGGCATGTTCGCCAGTCGAAATGTTTACAGGACAAGATGACAGCTAAAGAGAGTGCGA 840
Query 972 TTTGGTTGGCGGTTTTGAACCAAGAGGAATCTTTGATTCAGCAGCCTAGCAGTGACAATG 1031
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 841 TTTGGTTGGCGGTTTTGAACCAAGAGGAATCCCTGATTCAGCAGCCTAGCAGTGACAATG 900
Query 1032 GAAACTCCAATGTGACTGAGACACATCGTAGGGGTAATAACGCTGACAGGAGGAAACCTG 1091
||||||||||||| || ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 901 GAAACTCCAATGTAACCGAGGCACATCGGAGGGGTAATAACGCTGACAGGAGGAAACCTG 960
Query 1092 TGGTCAACAGTGACAGTGACTATGATGTTGATGGGACAGAGGAAGCTTCAGGTTCAGTTT 1151
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 961 TGATCAACAGTGACAGTGACTATGATGTTGATGGGACAGAGGATGCTTCAGGTTCAGTTT 1020
Query 1152 CATCTAAAGACAGTAGAAGAAATCAGATTCAAAAAGAACAACCAACAGCCATCTCACAT- 1210
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1021 CATCTAAAGACAGTAGAAGAAATCAGACTCAAAAAGAACAACCAACAGCCATTTCACATA 1080
Query 1211 TCAGTAAGAGATCAAGATAAAGCAGAGAAACATCGCAGAAGGAAAAGACCTCGAATTAGA 1270
| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||
Sbjct 1081 T-AGTAAGAGATCAAGATAAAACAGAGAAACATCGCAGAAGGAAAAGACCCCGAATCAGA 1139
Query 1271 TCCGGAACTGTCAATCGACAAGAGGAAGAACAACCTGAAGCTCAACAAAGAAACATCTTA 1330
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1140 TCCGGAACAAACAATCGACAAGAGGAAGAACAACCTGAAGCTGAACAAAGAAACATCTTA 1199
Query 1331 CCTGATATGAATCATGTTGATGCCCCTCTGCTAGAATATAACATCAACGGTACTCATCAA 1390
||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1200 CCTGATATGAATCATGTGGATGACCCTCTGCTAGAATATAACATCAACGGTACTCATCAC 1259
Query 1391 GAGGACGATGTTGTCGACCCAAATATTGCCTTAGGACCAGAGGATAATGGTCTGGAACTA 1450
||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||
Sbjct 1260 GAGGAAGATGTTGTAGACCCAAACATTGCCTTAGGACCAGAGGAGAATGGTCTGGAATTA 1319
Query 1451 GTGGTTCCTGAGTTCAATAACAACTATACTTATCTTCCACTTGTTAAT-GAACAA-ACTA 1508
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||| | ||
Sbjct 1320 GTGGTTCCTGAGTTCCATAACAACTATACTTATCTTCCACCTGTTAATAGA-CAAGA-TA 1377
Query 1509 TGATGCCTGTAGACGAAAGGCCAATGCTTTATGGACCAAACCCTAACCAAGAGCTTCAAT 1568
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||
Sbjct 1378 TGATGCCTGTAGACGAAAGGCCAATGCTTTATGGACCAAATCCTAACCATGAGCTGCAAT 1437
Query 1569 TTGGGTCAGGGTACAACTTCTACAATCCCTCTGCAGTGTTTGTACATAACCAGGAAGACG 1628
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||
Sbjct 1438 TTGGGTCAGGTTACAACTTCTACAATCCCTCTGCAGTGTTTGTGCATAATCAGGAAGACG 1497
Query 1629 ACATTCTCCATACACAGATAGAAATGAATACACAAGCACCACCTCACAACAGTGGGTTCG 1688
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1498 ACATTCTCCATACACAGATAGAAATGAATGCACAAGCACCACCTCACAACAGCGGGTTCG 1557
Query 1689 AGGAGGCCCCAGGAGGAGTACTTCAACCCCTTGGTTTACTCGGAAATGAAGACGGTGTAA 1748
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1558 AGG---CCCCAGGAGGAGTACTTCAACCCCTTGGTTTACTCGGAAATGAAGACGGCGTAG 1614
Query 1749 CAGGGAGTGAGTTGCCTCAGTATCAGAGTGGCATTCTGTCTCCATTGACTGACTTGGAC- 1807
|||||||||||||| ||||||||| ||||| |||| |||||||||| | |||| || |
Sbjct 1615 CAGGGAGTGAGTTGTCTCAGTATCCGAGTGACATTATGTCTCCATTTAATGACCTGT-CG 1673
Query 1808 TTTGACTATGGTGGTTTTGGTGATGATTTCTCATGGTTTGGAGCTTAGTGTCTTGCCAtt 1867
||||| |||||| || | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1674 TTTGATTATGGTA-TT--G---ATGATTTCTCATGGTTTGGAGCTTAGTGTCTTGCCATT 1727
Query 1868 ttttttGG 1875
||||||||
Sbjct 1728 TTTTTTGG 1735
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 81551214545
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5