BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G73960.1
Length=4314
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg476534 jgi|Araly1|476534|fgenesh2_kg.2__1664__AT1G73960.1 7086 0.0
> Ahg476534 jgi|Araly1|476534|fgenesh2_kg.2__1664__AT1G73960.1
Length=4268
Score = 7086 bits (3837), Expect = 0.0
Identities = 4131/4275 (97%), Gaps = 12/4275 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 4 AAAAAGGAACATGGCCAAGGCTCGAAAGCCGAAGAACGAGGAAGCTCCTGGCGCGAAGAC 63
||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1 AAAAAGGAACATGGCAAAGGCTCGGAAGCCGAAGAACGAGGAAGCTCCTGGCGCCAAGAC 60
Query 64 TTCAGAGAACACTGGAGCTAAAGTTCTTCACCAGAAACTCTTTCTCTCTATTGACTTCAA 123
||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||
Sbjct 61 TTCGGAGAACACTGGAGCTAAAGTTCTTCACCAGAAGCTCTTTCTTTCTATCGACTTCAA 120
Query 124 AAAACGCCAAATCTACGGTTACACAGAGTTAGAAGTGAGTGTGCCAGATATTGGTATTGT 183
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 121 AAAACGCCAAATCTACGGTTACACAGAGTTAGAAGTGAGTGTGCCAGATATTGGTATAGT 180
Query 184 GGGACTACACGCAGAGAACTTGGGAATTGAGAGTGTTTTGGTAGATGGGGAACCTACTGT 243
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 GGGACTACACGCAGAGAACTTGGGAATTGAGAGTGTTTTGGTAGATGGGGAACCTACTGT 240
Query 244 ATTTGAGTACTATCCGCACCATCAGAACTCTGAAACTGAAAGTAACTGGAACTCGGTCTC 303
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| |
Sbjct 241 ATTTGAGTACTATCCGCACCATCAGAACTCTGAAACTGAGAGTAATTGGAACTCGGTCAC 300
Query 304 TGACCC-AGCTTCAGCAGCTGATGCTGCGGCCATGGAATATGTCGGGGTTCTTAAGAGAG 362
||||| | |||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 301 AGACCCTA-CTTCAGCAGCTGATGCCGCGGCCATGGAATATGTTGGGGTTCTTAAGAGAG 359
Query 363 AAGACACTGCAAATTTACTGATCAACTGTTGCAAGCCTTCTAAGGATTTATCTGAACAGC 422
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||
Sbjct 360 AAGACACTGCAAATTTACTGATCAATTGTTGCAAGCCCTCTAAGGATCTATCTGAACAGC 419
Query 423 TGGACAGTGTGACTTTAGAAAACGGTTCCCAATCTTCAGGGGAGGCAAAACAGAATGTTA 482
|||| | ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||
Sbjct 420 TGGATAATGTGACTTTAGAAAATGGTTCCCAATCTTCCGGGGAGGTAAAACAGAATGTTA 479
Query 483 AATTGATTCGGATTAACTACTGGGTAGAGAAAATAGAGTCAGGAATTCATTTTGATGGGA 542
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 480 AATTGATTCGGATTAACTACTGGGTAGAGAAAATAGAGGCAGGAATTCATTTTGATGGGA 539
Query 543 ACATTGTACATACTGATAACCAGATGAGACGTGCTCGTTGTTGGTTTCCTTGTATTGATG 602
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||
Sbjct 540 ACATTGTACATACTGATAACCAGATGAGACGTGCCCGTTGTTGGTTTCCTTGCATAGATG 599
Query 603 ATGAGTACCATCGTTGCAGTTTCGATTTGGAATTCACTGTTCCGCACAACTTTGTGGCTG 662
|||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 600 ATGAGTACCATCGTTGCAGTTTCGATTTAGAATTTACTGTTCCGCACAACTTTGTGGCTG 659
Query 663 TTAGTGTTGGGAAATTACTCTACCAGGTTATGTGCAAAGAAGATACTACTCAAAAAACGT 722
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 660 TTAGTGTTGGGAAACTACTCTACCAGGTTATGTGCAAAGAAGATACTACTCGTAAAACGT 719
Query 723 ATGTTTATGAACTAGCTATTCCTATTGCACCGCGGTGGGTGTCTTTAGTTGCAGGACCAT 782
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 720 ATGTTTATGAACTAGCTATTCCTATCGCACCGCGGTGGGTGTCTTTAGTCGCAGGACCAT 779
Query 783 TGGAAATCCTTCCAGATCAGACCAACTTTCTCATATCTAACTTGTGTTTGCCGCATGATC 842
||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 780 TGGAAGTCCTTCCAGATCGGACCAACTTTCTCATATCTAACTTGTGTTTACCGCATGATC 839
Query 843 TCTCGAGGCTTCGTAATACAATGGAATTTTTCCATGAAGCTTATAGCTACTATGAGGATT 902
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 840 TCTCGAGGCTTCGTAATACAATGGAATTTTTCCATGAAGCTTATAGCTACTATGAGGATT 899
Query 903 ATTTAAGTGCGAACTTTCCATTTGGATTCTACAAGCAAGTATTTTTACCTCCTGAAATGG 962
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 900 ATTTAAGCGCGAACTTTCCATTTGGATTCTACAAGCAAGTTTTTTTACCTCCTGAAATGG 959
Query 963 TTGTTACTTCGTCGACTTCGGGAGCTTCCTTGAGTATCTTTAGCTCCCACATACTATATG 1022
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 960 TTGTTACCTCGTCGACTTCGGGAGCTTCCTTGAGTATCTTTAGCTCCCACATGCTATATG 1019
Query 1023 ATGAGAGGGTTATTGATCAGACAATAGATACACGCATTAAACTTGCTTCTGCGTTAGCAA 1082
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1020 ACGAGAGGGTTATTGATCAGACAATAGATACACGCATTAAACTTGCTTCTGCGTTAGCAA 1079
Query 1083 AACAGTGGTTTGGAGTTTATATTACTCCTGAATCACCAAATGATGATTGGCTCCTTGATG 1142
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1080 AACAGTGGTTTGGAGTTTATATTACTCCTGAATCACCAAATGATGATTGGCTCCTCGATG 1139
Query 1143 GTCTTGCTGGTTTCTTAACGGATATGTTTATCAAGCAGTTTTTGGGAAATAATGAAGCAC 1202
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1140 GTCTTGCTGGTTTCTTAACGGATATGTTTATCAAGCAGTTTTTGGGAAATAATGAAGCAC 1199
Query 1203 GATATCGGAGATACAAGGCAAATTGTGCTGTCTGTAAAGCTGATGATAGTGGTGCAATGT 1262
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1200 GATACCGGAGATACAAGGCAAATTGTGCTGTCTGTAAAGCTGATGATAGTGGTGCAATGT 1259
Query 1263 GCTTGAGCTCATCTCCTTCTTGCAGGGACCTATTTGGAACTCATTCTATTGGAATGCATG 1322
|||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1260 GCTTGAGCGCATCTCCTTCTTGCAAGGACCTATTTGGAACTCATTCTATTGGGATGCATG 1319
Query 1323 GGAAGATACGATCATGGAAATCAGGAGCAGTCCTTCAGATGTTGGAGAAGCAAATGGGCT 1382
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1320 GGAAGATACGATCATGGAAATCAGGAGCAGTCCTTCAGATGTTGGAGAAGCAAATGGGCT 1379
Query 1383 CAGACTCGTTTCGTAAAATATTGCAGAAAATTATTTCTCGAGCCAAGGATCCATCTAATT 1442
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1380 CAGACTCGTTTCGTAAAATATTGCAGAAAATTATTTCTCGAGCCAAGGATCCATCTAATT 1439
Query 1443 CTATACGGTCTCTTAGCACGAAGGAGTTCCGGCAATTTGCTAATAAGATTGGAAATCTTG 1502
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1440 CTATACGGTCTCTTAGCACGAAGGAGTTCCGGCAATTTGCTAATAAGATTGGAAATCTTG 1499
Query 1503 AGCGTCCATTTCTTAAAGAATTTTTTCAGCGATGGGTTGCATCTTATGGTTGTCCCGTGC 1562
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||
Sbjct 1500 AGCGTCCATTTCTTAAAGAATTTTTTCAGCGATGGGTTTCATCTTGTGGTTGTCCCGTGC 1559
Query 1563 TAAGGATTGGGTTGTCTTACAACAAAAGGAAAAACAATGTTGAAATGGCTGCTCTGCGAG 1622
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1560 TAAGGATTGGGTTGTCTTACAACAAAAGGAAAAACAATGTTGAAATGGCTGCTCTGCGCG 1619
Query 1623 AATGCACGGCTGCACTGGATGCAAGATTATCAGTTATAGGGGCTACTTCTGATTCAGAAA 1682
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1620 AATGCACGGCTGCACTGGATGCAAGGTTATCAGTTATTGGGGCTACTTCTGATTCAGAAA 1679
Query 1683 GCCGGGATGTGGATGCTGGCTGGCCGGGTATTATGAGTATAAGGGTTTATGAACTCGATG 1742
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1680 GCCGGGATGTGGATGCTGGCTGGCCGGGTATTATGAGTATAAGGGTTTATGAACTCGATG 1739
Query 1743 GAATGTCTGATCATCCAAAGTTGCCTATGGCTGGAGATAGATGGCAGCTACTGGAATTAC 1802
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1740 GAATGTCTGATCATCCAAAGTTGCCTATGGCTGGAGATAGATGGCAGCTACTGGAATTAC 1799
Query 1803 CATGTCATTCTAAACTTGCTGCTAAACGCTATCAAAAACCAAAGAAGGGAGGGAAACCTG 1862
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1800 CATGTCATTCTAAACTTGCTGCTAAACGCTATCAAAAACCAAAGAAGGGAGGGAAACCTG 1859
Query 1863 ATGGGGCTGAAGACAATGTTGATGCTATAGCACCGTTAGAAAATAAAACGAGCATTGAAT 1922
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1860 ATGGGGCTGAAGACAATGTTGATGCTATAGCACCGTTAGAAAATAAATCGAGCATTGAAT 1919
Query 1923 CTCCCTTGGCTTGGATTAAAGCTGACCCTGAGATGGAATATATTGCTGAGATTCACCTTC 1982
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1920 CTCCCTTGGCTTGGATTAAAGCTGACCCTGAGATGGAATATATTGCTGAGATTCACCTTC 1979
Query 1983 ATCAGCCCCTACAAATGTGGGTCAATCAACTAGAGAAGGACGGAGATGTTGTTGCTCAGG 2042
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1980 ATCAGCCCCTACAAATGTGGGTCAATCAACTAGAGAAGGATGGAGATGTTGTTGCTCAGG 2039
Query 2043 CACAAGCAATTGCGTCACTTGAAGCCTTAAAACAACACTCCTTTTCCATTGTGAATGCAC 2102
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2040 CACAAGCAATTGCGTCACTTGAAGCCTTAAAACAACACTCCTTTTCCATTGTGAATGCGC 2099
Query 2103 TCAAAAATGTCCTCACTGACTCCAAGGTCTTCTGGAGAATACGTATTGCGGCAGCGTTTG 2162
|||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2100 TCAAAAATGTTCTCTCTGACTCCAAGGTCTTCTGGAGAATACGTATTGGGGCAGCGTTTG 2159
Query 2163 CATTGGCTAAAACAGCATCAGAGGAGTCTGACTGGGCGGGTTTGCAACATCTAATAAAGT 2222
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2160 CATTGGCTAAAACAGCATCAGAGGAGACTGACTGGGCGGGTTTGCAACATCTAATAAAGT 2219
Query 2223 TTTATAAGAGTAGAAGATTTGATGCAGAGATTGGACTCCCCAAGCCGAATGACTTCCGCG 2282
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2220 TTTATAAAAGTAGAAGATTTGATGCAGAGATTGGACTCCCCAAGCCGAATGACTTCCACG 2279
Query 2283 ATTTCCCAGAATATTTTGTGCTTGAGGCCATTCCACATGCCATTGCAATAGTTAGGGGTG 2342
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2280 ATTTCCCAGAATATTTTGTGCTTGAGGCCATTCCACATGCCATTGCAACAGTTAGGGGTG 2339
Query 2343 CTGAGGGGAAAAGCCCTAGAGAAGCTGTTGAATTTATCTTACAGCTTCTGAAGTACAATG 2402
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2340 CTGAGGGGAAAAGCCCTCGAGAAGCTGTTGAATTTATCTTACAGCTTCTGAAGTACAATG 2399
Query 2403 ACAACAGTGGGAATTCG-TATTCTGATGTATTCTGGCTTGCTGTGCTTGTTCAGTCAGTT 2461
|||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2400 ACAACAGTGGGAAT-CGGTATTCTGATGTATTCTGGCTTGCTGTGCTTGTTCAGTCAGTT 2458
Query 2462 GGTGATCTCGAATTCTGTCAGCAGAGTCTAACGTTTTTGGCCCCTCTTCTGAAGCGCATT 2521
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2459 GGTGATCTCGAATTCTGTCAGCAGAGTCTAACGTTTTTGGCCCCTCTTCTGAAGCGCATT 2518
Query 2522 GACAGACTCTTGCAGTTTGACAGGTTGATGCCAAGCTACAATGGCATCTTGACAATTAGC 2581
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2519 GACAGACTCTTGCAGTTTGACAGGTTGATGCCAAGCTACAATGGCATCTTGACAATTAGC 2578
Query 2582 TGCATCCGAACATTGGCACAGACTGCTCTCAAGCTTTCTGATTCCATCAGTTTCGATCAC 2641
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2579 TGCATCCGAACATTGGCACAGACTGCTCTCAAGCTTTCTGATTCCATCAGTTTCGATCAC 2638
Query 2642 ATCTGTAAACTTATTGAACCTTTCCGGAATTCGGATACAATATTGCAAATTCGTATAGAA 2701
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2639 ATCTGTAAACTTATTGAACCTTTCCGAAATTCGGATACAATATTGCAAATTCGTATAGAA 2698
Query 2702 GGAAGTAGGGCACTTCTTGACATCGAGTACCAATCCAAAGGCATAAGTTCCGCACTTTTG 2761
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2699 GCAAGTAGGGCACTTCTTGACATCGAGTACCAATCCAAAGGCATAAGTTCCACACTTTTG 2758
Query 2762 TTGTTTATGAAATATTTGGTAGAAGAATCATCTTTGAGAGGGCAGGTAAAATTGTGTGTA 2821
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2759 TTGTTTATGAAATATGTGGTAGAAGAATCATCTTTGAGAGGGCAGGTAAAATTGTGTGTA 2818
Query 2822 CACACAATGCGGTTATGTCAAATAGCAGTTGGATGTGACTCAGACGATTGTGTCGACACT 2881
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2819 CACACAATGCGGTTATGTCAAATAGCAGTTGGGTGTGACTCAGACGATTGTGTCGACACT 2878
Query 2882 GTTACTCTTCTGGATTTGCTGCATCTATTCAAGAGCCATGTAGTATTTAACAATGAACTT 2941
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2879 GTTAGTCTTCTGGATTTGCTGCATCTATTCAAGAGCCATGTAGTATTCAACAATGAACTT 2938
Query 2942 CTTCGCTACTACTTGTTCTGCATTTTTCAAATCCTCGCTGGAAGACCCCCAACGTTGTTC 3001
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2939 CTTCGCTACTACTTGTTCTGCATTTTTCAAATTCTCGCGGGAAGACCCCCAACGTTGTTT 2998
Query 3002 GGAGTTCCCAAAGAAAAACCTTTGCAGCTTGTTGATGTGGAGGCCTGCATTGAACCGAAA 3061
|| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2999 GGTGTGCCCAAAGAAAAACCTTTGCAGCTTGTTGATGTGGAGGCCTGCATTGAGCCGAAA 3058
Query 3062 AATGTATTTTTGGTTCCCGGAGCAGAGGCAGGGGAGCCTTCACTTTCGGCACTTGGAGAT 3121
|||||||||| |||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 3059 AATGTATTTTCGGTTCCGGGAACAGAGGCAGGGGAGCCTTCACT---GGCACTTGGAGAT 3115
Query 3122 GCCAAAGGACAATCGCTGGATGTTGCTCCTTATGGTGTTCCAATAATACCACAGGAAATG 3181
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 3116 GCCAACGGACAATCGCTGGATGTTGCTCCTTATGGTGTTCCAATAAGACCACAGGAAATG 3175
Query 3182 TTCATGCCTATTGTTCCTGAACTGATGTTGCCAGAACCTGTTGCAGCGTATGATGAGACA 3241
||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3176 TTCATGCCTATTGTTCCTGAACTAAAGTTGCCAGAACCTGTTGCAGCGTATGATGAGACA 3235
Query 3242 CAGCATCTTGAACCTCGCATGGAAAGTCAAAACCAACCTTCACATGAAAATCCCATCGTT 3301
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3236 CAGCATCTTGAACCTCGCATGGAAAGTCAAAACCAACCTTCACATGAAAATCCCATCGTT 3295
Query 3302 CATGAGATTCCATCAGATGTTGAAGGTCCAACAGAAGAATTAGCTCATAGGGAAGCAAAC 3361
||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||
Sbjct 3296 CATGAGATTCCGTCGGATGGTGAAGGTCCAACAGAAGAATTCGCTAATAGGGAAGCAAAC 3355
Query 3362 CCTCCAACAAAGGAACCTCAAAAAGAACCTGATGTGGTTTCTGTGTCTGTTAGTCATGAG 3421
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3356 CCTCCAACAAAGGAACCTCAAAAAGAACCTGATGTGGTTTCTGTGTCTGTTAGTCATGAG 3415
Query 3422 GTGAAGAAGTCTGTTATACGGATCAAGGTCAGACCATCTGGGGCAACCAGCAGAGCGGAA 3481
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||
Sbjct 3416 GTGAAGAAGTCTGTTATACGGATCAAGGTCAGACCATCTGGTGCAACCAGCAGAGCCGAG 3475
Query 3482 GGATCAGCACGAACTATAGAAAGATCTCAAGGGATTGTGGTACGCCATGATATAGACCGA 3541
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 3476 GGATCAGCACGAACCATAGAAAGATCTCAAGGGATTGTGGTACGCCATGATATAGACAGA 3535
Query 3542 GGTCAAACTAGTTCAGCTTCAGTGGACGCCCCACAGAGAATCTCAACTGACGCTGTGAGC 3601
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 3536 GGACAAACTAGTTCAGCTTCAGTGGACGCCCCACAGAGAATCTCAACTGATGCTGTGAGC 3595
Query 3602 ATAAGCAATCAGAATCACGTGGAGGAAGTAAATTCGTGTCACGATGTTGGTTCTCGCATG 3661
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3596 ATAAGCAATCAGAATCACGTGGAGGAAGTAAACTCGTGTCACGATGTTGGTTCTCGCATG 3655
Query 3662 ACTGCAAGCATCGGCAGTGTAAAATTTGCAAGCGAAGGCGATATTTTTGGGAAAGAGTTG 3721
||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 3656 ACTGCGAGTATCGGCAGTGTAAAATTTGCAAGCGAAGGCGATACTTTTGGGAAAGAGTTG 3715
Query 3722 CAATGCACTGCTGAGTCTGGGAAACCTTCGACAAGCCAGAAAGCAGATAATAACAACCGA 3781
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 3716 CAATGCACTGCTGAGTCTGGGAAAACTTCGACAAGCCAGAAAGCAGATAATAACAACCAA 3775
Query 3782 ACTGTACCACCTAGCTTCTTACCACTAGACCACAGTATGGAAAACGAGGCGCAGCAGAAA 3841
|| ||| | |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 3776 ACAGTAGCGCCTAGCATCTTACCACTAGACCATAGTATGGAAAACGAGGCACAGCAGAAA 3835
Query 3842 TACGCGAGCCTCCAAACACTTTCGATTGGTaaagaaaaggaaaagaagaaagacaaggaa 3901
||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3836 TACGCGAGCCTTCAAACACTTTCGGTTGGTAAAGAAAAGGAAAAGAAGAAAGACAAGGAA 3895
Query 3902 aagaaagagaagaagaggaaaagagaagatcccgtttatctagagaagaaacggttaaag 3961
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||
Sbjct 3896 AAGAAAGAGAAGAAGAGGAAAAGAGAAGACCCCGTTTATCTAGAGAAGAAAAGATTAAAG 3955
Query 3962 aaagagaagaaacgaaaggagaaggaaaTGGCGAAGCTCGTGAGCAGCACTACGGATCCA 4021
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||
Sbjct 3956 AAAGAGAAGAAACGAAAGGAGAAGGAAATGGCGAAGCTCGTGAGCAGCTCTTCAGATCCA 4015
Query 4022 GCTAAAAAGAAGATAGAGAGTGTTGCGGAGGTTAAAGAAGAAGAACCAAGTGATGGTGCC 4081
|||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||
Sbjct 4016 GCTACAAAGAAGATAGAGAGTGTAGCGGAGGCTAAAGCAGAAGAAGCAAGTGATGGTGCC 4075
Query 4082 ATGTTGATTAAGGTTGAACCAAAGACTGAACCATCAACAGCA---GAAGCTAGACCGCTT 4138
|||||||||||||||||||||||| |||| |||||| ||||| |||||| | ||||||
Sbjct 4076 ATGTTGATTAAGGTTGAACCAAAGGCTGAGCCATCAGCAGCAACAGAAGCTCGTCCGCTT 4135
Query 4139 CCCAAATTCCGAATCAAACTGAAAAGCAAAGCGTTCAACAACTCATAAGGTTAGATCCGA 4198
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 4136 CCCAAATTCAGAATCAAACTGAAAAGCAAAGCGTTCAACAACTCATAAGGTAAGATCCGA 4195
Query 4199 GCCAGTCCCTCCCCGCCAAAATCTGAGTAGTAACTTTTATTTCCAAAAGCTTTGTTGTTA 4258
||||||| ||||| || || |||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 4196 GCCAGTCTCTCCC-GCGAATATCTGAGTAGTA-CTTAGATTTCCAAAAGCTTTGTTGTTG 4253
Query 4259 CAACTTGCAAGGTGT 4273
|||||||||||||||
Sbjct 4254 CAACTTGCAAGGTGT 4268
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 163152815451
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5