BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G73980.1
Length=2211
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg926777 jgi|Araly1|926777|scaffold_202338.1 3236 0.0
> Ahg926777 jgi|Araly1|926777|scaffold_202338.1
Length=1979
Score = 3236 bits (1752), Expect = 0.0
Identities = 1902/1977 (96%), Gaps = 0/1977 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 110 TTCTTCTTCATTTGCAACTTTGAGGCAATGGCGCTCGATAGTTCTGTTGCTCTGTCACCT 169
|||||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1 TTCTTCTTCATTTGAAACTTTGGGGCAATGGTGCTCGATAGTTCTGTTGCTCTGTCGCCT 60
Query 170 CGCCGGCGGCATGGCTTGTTGCGAGATCAGGTTCAGCTTATAAAAAGAAAGGACTCTGGA 229
||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 61 CGCCGGCGGCATGGCCTGTTGCGGGATCAGGTTCAGCTTATTAAAAGAAAGGACTCTGGA 120
Query 230 AGATATGAGATAGTTCCAATAGAGGATCCATTGTCTTTTGAAAAAGGTTTCTACGCTGTT 289
|||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 AGATATGAAATAGTTCCAATTGAGGATCCATTGTCTTTTGAAAAAGGTTTCTACGCTGTT 180
Query 290 ATTCGTGCTTGTCAATTATTGGCTCAGAAGAACGATGGGCTCATTTTGGTTGGGTTAGCT 349
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 ATTCGTGCTTGTCAATTATTGGCTCAGAAGAACGATGGGCTCATTTTGGTTGGGTTAGCT 240
Query 350 GGTCCTTCTGGAGCTGGCAAAACCATTTTCACTGAGAAGATTCTCAATTTTATGCCTAGT 409
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 241 GGTCCTTCTGGAGCTGGCAAAACCATTTTCACTGAGAAGATCCTCAATTTTATGCCTAGT 300
Query 410 ATTGCTATCATTAACATGGACAACTATAATGATGGTACTCGTGTTATCGATGGAAACTTT 469
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 301 ATTGCTATCATTAACATGGACAACTATAATGATGGTACTCGTGTGATCGATGGAAACTTT 360
Query 470 GATGATCCAAGGTTGACTGACTATGATACACTTCTTGACAATATACATGGTCTAAGGGAT 529
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 361 GATGATCCACGGTTGACTGACTATGATACACTTCTTGACAATATACATGGCCTAAGGGAT 420
Query 530 GGAAAACCTGTTCAGGTTCCAATATATGACTTCAAGTCGAGTTCTCGAATAGGTTACAGA 589
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 421 GGAAAACCTGTTCAGGTTCCAATATATGACTTTAAGTCGAGTTCTCGAATTGGTTACAGA 480
Query 590 ACGCTTGAGGTGCCTAGCTCTCGCATTGTTATTCTAGAAGGCATATATGCTTTGAGTGAG 649
|| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 481 ACACTTGAGGTGCCTAGCTCTCGCATTGTTATTCTTGAAGGCATATACGCTTTGAGTGAG 540
Query 650 AAGCTACGGCCTTTGCTAGATCTTCGTGTCTCTGTCACTGGTGGAGTGCATTTTGATCTT 709
|| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 AAACTACGGCCTTTGCTCGATCTTCGTGTCTCTGTCACTGGTGGAGTGCATTTTGATCTT 600
Query 710 GTTAAGCGTGTTTTGCGGGACATTCAACGTGCTGGCCAGGAACCTGAAGAAATAATCCAT 769
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||
Sbjct 601 GTCAAGCGTGTTTTGCGGGACATTCAACGTGCTGGCCAGGAACCTGAAGAAATTATTCAT 660
Query 770 CAGATATCTGAGACGGTTTATCCTATGTACAAGGCGTTTATTGAACCTGATCTGAAGACA 829
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 CAAATATCTGAGACGGTTTATCCTATGTACAAGGCGTTTATTGAACCTGATCTGAAGACA 720
Query 830 GCTCAGATTAAGATCCTTAATAAGTTCAACCCATTCAGTGGCTTTCAGAACCCAACATAT 889
||||| ||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 GCTCAAATTAAGATCCTCAATAAGTTTAACCCCTTCAGTGGCTTTCAGAACCCAACATAT 780
Query 890 ATTTTAAAGTCATCAAAGGCTGTAACACCCGAACAAATGAAGGCAGCTCTATCTGAAGAT 949
|||||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||
Sbjct 781 ATTTTAAAGTCAACAAAGGCTGTAACACCAGAACAAGTGAAGGCAGCTCTGTCTGAAGAC 840
Query 950 TTCAAGGAACGTACAGAGGAAACTTATGACATCTATCTGTTACCACCAGGCGAGGATCCT 1009
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 841 TCCAAGGAACGTACAGAGGAAACTTATGACATCTATCTGCTACCACCAGGCGAGGATCCT 900
Query 1010 GAAGCATGCCAATCATACCTCAGAATGAGGAACCGAGATGGAAAATACAATCTCATGTTT 1069
|||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 901 GAAGCATGCCAATCCTACCTCAGAATGAGGAACCGGGATGGAAAATACAATCTCATGTTT 960
Query 1070 GAGGAGTGGGTTACAGATCGTCCATTTATTATATCACCCAGAATAACTTTTGAAGTTAGT 1129
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 961 GAGGAGTGGGTTACAGATCGTCCATTTATTATATCACCCAGAATAACTTTTGAAGTTAGT 1020
Query 1130 GTTCGTCTTCTTGGAGGATTAATGGCACTGGGTTATACCATTGCAACAATCCTGAAAAGA 1189
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||
Sbjct 1021 GTTCGTCTTCTCGGAGGATTAATGGCACTGGGTTATACCATTGCAACAATCTTAAAAAGA 1080
Query 1190 AAGAGTCATATCTTTGATGATGACAAGGTAATTGTGAAAACTGATTGGTTGGAACAACTG 1249
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1081 AAGAGTCATATCTTTGATGATGACAAGGTAATTGTGAAGACTGATTGGTTGGAACAACTG 1140
Query 1250 AATCGGACATATGTACAGGTACAAGGTAAAGACCGTACCTTTGTCAAAAATGTGGCAGAC 1309
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1141 AATCGGACATATGTTCAGGTACAAGGTAAAGACCGTACCTTCGTCAAAAATGTGGCAGAC 1200
Query 1310 CAACTTGGACTGGAAGGTTCATATGTTCCACATACATATATTGAACAGATACAGCTGGAG 1369
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1201 CAACTTGGACTGGAAGGTTCATATGTTCCACATACATATATTGAACAGATACAGCTGGAG 1260
Query 1370 AGGCTTGTGAATGATGTTTTGGCTTTGCCAGATGACTTAAAAACAAAACTTAGCTTAGAT 1429
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||
Sbjct 1261 AGGCTTGTGAATGATGTTTTGGCTTTGCCAGATGACTTGAAAACAAAGCTTAGCTTAGAT 1320
Query 1430 GATGATACAGTTTCTAGCCCTAAAGAAGCCCTCTCAAGAGCTTCTGTTGATAGTAGAATG 1489
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1321 GATGATACAGTTTCTAGCCCTAAAGAAGCCCTCTCAAGAGCTTCTGTTGATAGTAGAATG 1380
Query 1490 AAATATCTTCACGGCGGCGTATCAAAGTCTTACACAAACCCAAGACACAAAGTCTTGCCT 1549
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1381 AAATATCTTCACGGCGGTGTATCAAAGTCTTACACAAACCCAAGACACAAAGCCTTGCCT 1440
Query 1550 AACTTGACAAGACTTGCTGTTAACAATAGAATGTTAGATGCCAGAGCCCCTGCTTCACCG 1609
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1441 AACTTGACAAGACTTGCTGTTAACAATAGAATGTTAGATGCCAGAGCCCCTGCTTCACCG 1500
Query 1610 GCCACTCTTCCAAATCAGGGTTTTATCACTCAACTTTCAGACCAAATATCAACACTGAAC 1669
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1501 GCCACTCTTCCAAATCAGGGTTTTATCACTCAGCTTTCAGACCAAATATCAACACTGAAC 1560
Query 1670 GAGAGGATGGATGAATTCACATCCCGCATTGAAGAGTTGAATTCCAAGATCCCGAACAGG 1729
||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1561 GAGAGGATGGATGAATTTACATCTCGCATTGAAGAGTTGAATTCCAAGATCCCGAACAGG 1620
Query 1730 ATAGCTCCTTCAGGTAGTCAACATAACTTGGCTTTACCAATCGAAAACGGTAATGGGTCT 1789
|||||| |||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1621 ATAGCTGCTTCAGGTAGCCAACATAACTTGGCATTACCAATCGAAAATGGTAATGGGTCC 1680
Query 1790 GTCTTATCATTCTCCGCATCCGCATCTCAGCTCGTAAGGGAATCTCCTCTGATGGAAGAG 1849
||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1681 GTCTTATCACTCTCCTCATCCGCATCTCAGCTCGTAAGGGAATCTCCTTTGATGGAAGAG 1740
Query 1850 GTCGTACTGGTTGCTCGTGGACAGCGTCAGATAATGCATCAAATGGACACACTGAGTAAT 1909
||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||
Sbjct 1741 GTCATACTCATTGCTCGTGGACAGCGTCAGATAATGCTTCAAATGGACACACTGAGCAAT 1800
Query 1910 CTTCTTCGGGAGTATGTTGGAGAAAAGACTCGCATAGAGAGACTCGACAGCAGCAGAACA 1969
||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| ||||||||||||| |||||||
Sbjct 1801 CTTCTTCGGGAGTATGTTGGAGAAAGGTCTCGCATAGAAAGACTCGACAGCAACAGAACA 1860
Query 1970 AACAGTACAACACAAAACCTCGAATCCTCTACTGTACCGATTCTTCTTGGTTTGGCCATT 2029
||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1861 AACAGTAAAACACAAAACCTCGAATCCTCTACAGTACCTATTCTTCTTGGTTTGGCCATA 1920
Query 2030 GGCTGTGTGGGCATCTTTGCCTACAGTCGTCTGAAATAGTTGCTCTAACTGTGGAAA 2086
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||
Sbjct 1921 GGCTGTGTGGGCATTTTTGCCTACAGTCGTCTGAAATAGTTGCTGTAACTATGAAAA 1977
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 83227185325
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5