BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G74030.1
Length=1753
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg926783 jgi|Araly1|926783|scaffold_202344.1 2431 0.0
> Ahg926783 jgi|Araly1|926783|scaffold_202344.1
Length=1474
Score = 2431 bits (1316), Expect = 0.0
Identities = 1420/1472 (96%), Gaps = 0/1472 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 21 ttttttAGGTATCGTGTAATGGCTTTGACTACAAAACCTCACCATCTTCAGAGATCTTTC 80
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3 TTTTTTAGGTATCGTGTAATGGCTTTGACTACAAAACCTCACCATCTTCAGAGATCTTTC 62
Query 81 CTCTCTCCGTCGCGTGTTTCCGGCGAACGATATTTGGAATCTGCGCCATCATGTCTGAGA 140
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 63 CTCTCTCCGTCGCGTGTTTCCGGCCAACGATATTTGGAATCTGCGCCGTCATGTCTGAGA 122
Query 141 TTCCGTCGCAGCGGTGTCCAATGCTCGGTGGTGGCTAAGGAGTGCAGAGTGAAAGGAGTG 200
||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||
Sbjct 123 TTCCGGCGCAGCGGTGTGCAATGCTCGGTGGTGGCTAAGGAGTGTAGAGTGAAAGGACTG 182
Query 201 AAAGCGAGACAGATTATTGATAGTAGAGGGAATCCGACGGTGGAGGTTGATCTGATTACC 260
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 183 AAAGCGAGGCAGATTATTGATAGTAGAGGGAATCCGACGGTGGAGGTTGATCTGATTACC 242
Query 261 GATGATCTGTATCGTTCGGCTGTTCCAAGTGGTGCATCTACCGGGATCTACGAAGCGCTT 320
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 243 GATGATCTGTATCGTTCGGCTGTTCCCAGTGGTGCATCGACCGGGATCTACGAAGCGCTT 302
Query 321 GAGCTTAGAGATGGAGACAAGAGCGTCTATGGTGGTAAAGGTGTATTACAGGCTATTAAA 380
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |
Sbjct 303 GAGCTTAGAGATGGAGATAAGAGCGTCTATGGTGGTAAAGGTGTCTTACAGGCTATTAGA 362
Query 381 AACATCAATGAACTTGTGGCTCCAAAACTCATTGGAGTTGACGTTAGGAACCAAGCTGAT 440
|| |||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 363 AATATCAATGAACTTGTCGCTCCAAAACTCATCGGTGTTGACGTTAGGAACCAAGCTGAT 422
Query 441 GTCGATGCTCTTATGCTGGAACTGGATGGGACCCCAAACAAGTCGAAACTCGGGGCTAAT 500
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 423 GTCGATGCTCTTATGCTGGAACTGGATGGGACCCCGAACAAGTCGAAACTCGGGGCTAAT 482
Query 501 GCGATATTAGGAGTGTCATTGAGCGTTTGCAGGGCAGGTGCTGGAGCTAAAGGAGTGCCT 560
|| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 483 GCTATATTAGGAGTATCACTGAGCGTTTGCAGGGCAGGTGCTGGAGCTAAAGGAGTGCCT 542
Query 561 TTGTACAAACACATCCAGGAAACATCAGGAACAAAGGAGCTTGTCATGCCAGTTCCTGCA 620
|||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 543 TTGTACAAACACATCCAGGAGATATCGGGAACAAAGGAGCTTGTTATGCCAGTTCCTGCA 602
Query 621 TTCAATGTGATCAATGGAGGCAGTCATGCTGGGAATAGTTTGGCTATGCAAGAGTTTATG 680
|||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 603 TTCAATGTTATCAATGGAGGCAGTCACGCTGGGAATAGTTTGGCTATGCAAGAGTTTATG 662
Query 681 ATACTACCTGTAGGAGCTACCTCATTCTCGGAGGCCTTCCAGATGGGAAGTGAAGTTTAT 740
||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 663 ATACTACCTGTAGGAGCAACCTCATTCTCAGAGGCCTTCCAGATGGGAAGTGAAGTTTAT 722
Query 741 CATACATTGAAGGGGATAATCAAAACTAAGTATGGTCAAGATGCTTGTAATGTCGGAGAT 800
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 723 CATACATTGAAGGGGATAATCAAAACTAAGTACGGTCAAGATGCTTGTAATGTTGGAGAT 782
Query 801 GAAGGAGGGTTTGCGCCGAATGTTCAAGATAACAGAGAGGGACTAGTTCTGCTCATAGAT 860
|||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 783 GAAGGAGGCTTTGCACCAAATGTTCAAGATAACAGAGAGGGACTAGTTCTGCTCATTGAT 842
Query 861 GCAATTGAAAAGGCCGGTTACACTGGAAAGATCAAAATAGGAATGGATGTTGCTGCATCA 920
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 843 GCAATTGAAAAGGCCGGTTACACTGGAAAGATCAAAATAGGAATGGATGTTGCTGCATCA 902
Query 921 GAATTTTTCATGAAAGATGGTAGATACGATTTGAACTTCAAGAAACAGCCAAACGATGGA 980
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 903 GAATTTTTCATGAAAGACGGTAGATACGATTTGAACTTCAAGAAACAGCCAAACGATGGA 962
Query 981 GCTCACGTACTGTCAGCCGAGAGTCTTGCTGACCTCTACAGAGAATTCATCAAGGATTTC 1040
||||| || || ||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 963 GCTCATGTTCTATCAGCTGAGAGTCTCGCTGATCTCTACAGAGAATTCATCAAGGATTTC 1022
Query 1041 CCAATTGTCTCTATCGAAGATCCTTTTGACCAGGATGATTGGAGCTCATGGGCTTCATTG 1100
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1023 CCAATTGTCTCTATCGAAGATCCTTTTGACCAGGATGATTGGAGCTCATGGGCTTCATTG 1082
Query 1101 CAATCCTCTGTGGATATCCAACTCGTGGGAGATGACTTGTTAGTCACTAACCCGAAGAGG 1160
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1083 CAAGCCTCTGTGGATATCCAACTCGTGGGAGATGACTTGTTGGTCACTAACCCGAAGAGG 1142
Query 1161 ATAGCTGAAGCTATTAAGAAACAGTCTTGCAATGCTCTACTCTTGAAGGTTAACCAGATT 1220
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1143 ATAGCTGAAGCTATTAAGAAAAAGTCTTGCAATGCTCTACTTTTGAAGGTTAACCAGATT 1202
Query 1221 GGGACAGTCACTGAGTCAATTCAAGCAGCACTTGACTCAAAAGCTGCAGGCTGGGGTGTG 1280
|||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1203 GGGACAGTGACCGAGTCAATTCAAGCAGCACTTGACTCAAAAGCTGCAGGCTGGGGTGTG 1262
Query 1281 ATGGTTAGTCACAGGAGTGGCGAGACAGAGGATAACTTCATCGCAGATCTCTCTGTTGGT 1340
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1263 ATGGTTAGTCACAGGAGTGGCGAGACAGAGGATAACTTCATCGCAGATCTTTCTGTTGGT 1322
Query 1341 TTAGCAAGCGGACAGATCAAAACTGGTGCTCCATGCCGAAGTGAACGATTGTCAAAATAC 1400
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1323 TTAGCAAGCGGACAGATCAAAACTGGTGCTCCATGCCGAAGTGAACGATTGTCAAAATAC 1382
Query 1401 AACCAGCTTCTCCGTATCGAAGAGGAACTCGGCAATGTGCGCTACGCCGGTGAAGCTTTC 1460
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||
Sbjct 1383 AACCAGCTTCTCCGTATCGAAGAGGAACTCGGCAATGTGCGGTACGCCGGAGAAGCTTTC 1442
Query 1461 CGATCACCATGAGAAATTCGAGAAAGGCACTC 1492
|||||||| |||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1443 CGATCACCGTGAGAATTTCGAGAAAGGCACTC 1474
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 65781853115
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5