BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G74190.1
Length=2898
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg476558 jgi|Araly1|476558|fgenesh2_kg.2__1688__AT1G74190.1 4255 0.0
> Ahg476558 jgi|Araly1|476558|fgenesh2_kg.2__1688__AT1G74190.1
Length=2900
Score = 4255 bits (2304), Expect = 0.0
Identities = 2711/2908 (93%), Gaps = 25/2908 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGAAGGGAAGGTGTTCTTGGGTCACAACCTGATATGGGTGATGCTACTGATGGGGCAG 60
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGGAAGGGAAGGTGTTCTTGGGTCAAAACCTGATATGGGTGATGCTACTGATGGGGCAG 60
Query 61 TTACATGGATACAAAAGTTGTATTGATGAAGAAAAGATCGCTTTGTTTGAGCTCAGGAAA 120
||||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||||| ||||||||||||
Sbjct 61 TTACATGGATACAAAAGTTGTATTGATAAAGAAAGGAACGCTTTGTTCGAGCTCAGGAAA 120
Query 121 CACATGATCTCAAGAACT------G---AATCCGAGTCTGTTCTCCCTACTTGGACCAAT 171
||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 TACATGATCTCAAGAACTGAAGAAGACCAATCCGACTCTGTTCTCCCTACTTGGACCAAT 180
Query 172 GATACAACGAGCGATTGCTGTCGATGGAAGGGCGTTGCTTGCAATCGTGTAAGCGGACGG 231
|||||||| || |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 181 GATACAACCAGTGATTGCTGCCGATGGAAGGGCGTTGCGTGCAATCGTGTAAGCGGACGG 240
Query 232 GTGACCGAGATTTCCTTTGGTGGACTGAGCCTAAAAGATAATTCTCTCCTAAATCTTTCT 291
||||||||| || ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| || |||
Sbjct 241 GTGACCGAGCTTGCCTTTGGTGGATTGAGCCTGAAAGATAATTCTCTCCTAAACCTCTCT 300
Query 292 TTGTTGCATCCCTTTGAAGATGTTCGAAGTTTGAACTTATCAAGCTCCAGATGCAGTGGC 351
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 301 TTGTTGCATCCCTTTGAAGATGTTCGAAGTCTGAACTTATCAAGCTCCAGATTCAGTGGC 360
Query 352 TTGTTTGATGATGTGGAAGGTTATAAAAGCCTCAGAAAATTAAGAAAGTTGGAGATTCTG 411
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 TTGTTTGATGATGTGGAAGGTTATAAAAGCCTCAGAAGATTAAGAAAGTTGGAGATTCTG 420
Query 412 GAT-TTGGCTTCAAATAAATTCAACAACAGTATATTTCATTTTCTTAGTGCCGCTACATC 470
||| || |||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 GATCTT-TCTTCAAATAAATTCAATAACAGCATCTTTCATTTTCTTAGTGCCGCTACATC 479
Query 471 ACTCACAACTCTGTTTCTTAGGTCCAACAACATGGATGGCTCTTTTCCTGCTAAAGAACT 530
||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 480 ACTCACAACTCTGTTTCTTAGGTCCAATAACATGGTTGGCTCTTTTCCTGCTAAAGAACT 539
Query 531 TAGAGATTTGACAAACTTGGAATTACTAGACCTGAGTAGAAACAGATTTAACGGCTCCAT 590
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 540 TAGAGATTTGACAAACTTGGAATTACTAGACCTGAGTAGAAACAGATTTAACGGCTCCAT 599
Query 591 ACCAATACAAGAGTTATCTAGCCTAAGGAAGCTGAAAGCTCTTGATCTAAGTGGCAATGA 650
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |
Sbjct 600 ACCAATACAAGAGTTATCTAGTCTAAGGAAGCTGAAAGCTCTGGATCTAAGTGGCAATAA 659
Query 651 ATTTTCTGGCTCAATGGAATTACAAGGAAAGTTCTGCACTGATCTT--TTA-TTTTCCAT 707
||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||| |||| ||||| | | | |||
Sbjct 660 ATTTTCTAGCTCAATGGAATTGCAAGGCAAGTTCTCCACTAATCTTCAAGAGTGGTGCAT 719
Query 708 CCAGAGTGGGATTTGTGAATTGAATAATATGCAAGAGCTTGATCTCAGTCAAAACAAACT 767
| | ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 720 TC--A-CGGGATTTGTGAATTGAAGAATACGCAAGAGCTTGATCTCAGTCAAAACCAACT 776
Query 768 CGTAGGCCATCTCCCCTCATGTTTAACTAGCTTGACTGGCCTTCGAGTTCTTGACCTTTC 827
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||
Sbjct 777 CGTAGGCCATTTCCCCTCATGTTTAACTAGCTTGACTGGACTTCGAGTTCTTGATCTTTC 836
Query 828 ATCGAACAAATTAACTGGGACGGTTCCTTCTTCTCTCGGTAGCCTACAATCCCTTGAGTA 887
||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| | ||||||||||||
Sbjct 837 ATCGAACCAATTAACTGGGACGGTTCCATCTACTCTCGGTAGCCTTCCATCCCTTGAGTA 896
Query 888 CTTATCGTTGTTTGATAACGACTTTGAAGGTTCTTTCTCATTTGGTTCACTCGCCAACCT 947
||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 897 CTTGTCGTTGTTTGATAACGACTTTGAAGGTTCCTTCTCATTTGGTTCACTCGCCAACCT 956
Query 948 CTCAAACCTAATGGTGTTGAAACTTTGCTCAAAGTCCAGCTCTCTTCAAGTACTGTCCGA 1007
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||
Sbjct 957 CTCAAACCTAATGGTGTTGAAACTTTGCTCAAAATCCAGCTCTCTTCAAGTATTGTCAGA 1016
Query 1008 AAGTTCTTGGAAGCCAAAATTTCAGCTGAGTGTTATTGCGCTACGATCATGCAACATGGA 1067
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||
Sbjct 1017 AAGTTCTTGGAAGCCAAAATTTCAGCTGAGTGTTATCGCGCTACGCTCTTGCAACATGGA 1076
Query 1068 GAAGGTTCCTCATTTTCTCCTACACCAGAAGGATTTGCGTCATGTTGATCTCTCCGACAA 1127
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1077 GAAGGTTCCTCATTTTCTCATACACCAGAAGGATTTGCGTCATGTTGATCTCTCAAACAA 1136
Query 1128 TAATATCTCTGGAAAGCTTCCTTCTTGGTTATTGGCAAACAATACAAAACTCAAAGTTCT 1187
||| |||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1137 TAAAATCTCTGGAAAGCTTCCTTCTTGGCTGTTGGCGAACAATACAAAACTCAAAGTTCT 1196
Query 1188 GCTTCTACAGAATAATCTCTTTACAAGCTTTCAGATACCTAAATCTGCTCATAATCTGCT 1247
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1197 GCTTCTACAGAATAATTTCTTTACAAGCTTTCAGATACCTAAATCTGCTCATGATCTGCT 1256
Query 1248 TTTCCTCGATGTGTCAGCTAATGACTTCAACCATCTTTTTCCTGAGAACATTGGATGGAT 1307
||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1257 TTTCCTCGATGCGTCAGCTAATGAATTCAACCATCTTTTTCCTGAGAACATTGGGTGGAT 1316
Query 1308 CTTTCCTCATTTACGATATCTGAATACATCCAAGAATAATTTTCA-GGAGAACCTGCCAT 1366
|||||||||||||| ||| |||||| || |||||| ||||||| ||| || |||||||
Sbjct 1317 TTTTCCTCATTTACGGTATATGAATATATATAAGAATGATTTTCAGGGA-AATCTGCCAT 1375
Query 1367 CTTCTCTTGGTAACATGAATGGTATCCAATATATGGACCTATCTCGCAACAGTTTCCACG 1426
||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||
Sbjct 1376 CTTCTCTTGGTAACATGAAGGGTCTCCAATATCTGGACCTGTCTCACAACAGTTTCCACG 1435
Query 1427 GGAA-TCTACCAAGAAGTTTTGTGAATGGTTGTTATTCCATGGCGATCTTGAAGCTGTCA 1485
|||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||||||| |||||
Sbjct 1436 GGAAGT-TACCAAGAAGTTTTGTGAATGGTTGTTATTCCATGACAACCTTGAAGTTGTCA 1494
Query 1486 CATAACAAACTAAGTGGAGAGATTTTTCCAGAATCAACCAACTTTACTAATATATTGGGG 1545
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||
Sbjct 1495 CATAACAAACTAAGTGGAGAGATTTTTCCAGAATCAACCAACTTAACTAGTATATTGGGG 1554
Query 1546 TTGTTTATGGATAACAATCTCTTTACAGGAAAGATTGGACAAGGTTTGCGGAGCTTGATA 1605
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1555 TTGTTTATGGATAACAATCTGTTTACAGGAAAGATTGGACAAGGTTTGCGGAGATTGATA 1614
Query 1606 AACTTGGAACTGCTTGACATGTCAAACAACAATCTCACTGG-TGTTATTCCAAGTTGGAT 1664
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||
Sbjct 1615 AACTTGGAACTGCTTGACATGTCAAACAACAATCTCAC-GGATGTTATTCCAAGTTGGAT 1673
Query 1665 TGGCGAGCTTCCATCCTTAACTGCACTTCTGATTTCAGACAACTTCTTGAAAGGTGACAT 1724
|||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||
Sbjct 1674 TGGCGAGCTTCCATCCTTGACTGCGCTTCTGATTTCAGATAACTTCTTGAAAGGTGAAAT 1733
Query 1725 ACCTATGTCGTTGTTCAACAAATCAAGTCTCCAGCTGCTAGACCTCTCAGCAAACAGTTT 1784
||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1734 ACCAACGTCGTTGTTCAACAAATCAAGTCTCCAGCTGCTAGACCTCTCAACAAACAGTTT 1793
Query 1785 ATCTGGGGTCATACCTCCACAGCATGATTCAAGAAACGGGGTTGTCTTACTCCTACAAGA 1844
|||||||| |||||||||||| || ||||| ||| ||||||| || ||| |||| |||||
Sbjct 1794 ATCTGGGGGCATACCTCCACACCACGATTCCAGAGACGGGGTAGTGTTATTCCTGCAAGA 1853
Query 1845 CAATAAGTTATCAGGTACTATTCCAGACACATTGCTTGCAAATGTAGAAATTCTTGATCT 1904
|||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||
Sbjct 1854 CAATAATTTATCAGGTACTATTGCAGACACATTGCTTGTAAATGTCGAAATACTTGATCT 1913
Query 1905 GAGAAACAACAGATTCTCTGGAAAGATTCCGGAGTTCATCAACATTCAAAATATTAGTAT 1964
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||
Sbjct 1914 GAGAAACAACAGATTCTCTGGAAATATTCCGGAGTTCATCAACACCCAAAACATTAGTAT 1973
Query 1965 TCTTCTTCTACGGGGGAATAACTTTACAGG-CCAGATTCCTCACCAGTTGTGTGGTCTAA 2023
|||||| ||||| |||||||| || ||||| | | |||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1974 TCTTCTACTACGAGGGAATAAGTTAACAGGTCGA-ATTCCTCACCAGTTGTGTGGCCTAA 2032
Query 2024 GTAACATCCAACTTCTTGATCTTTCCAACAACAGATTGAATGGAACCATACCTTCATGTC 2083
| |||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2033 GCAACATCCAACTTCTGGATCTTGCTAACAACAGATTGAATGGATCCATACCTTCATGTC 2092
Query 2084 TCAGTAATACATCATTTGGTTTTGGTAAAGAATGTACATCATATGATTATGATTTCGGCA 2143
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2093 TCAGCAATACATCATTTGGTTTTGGTAAAGAATGTACATCATATGATTATGATTTCGGCA 2152
Query 2144 TTTCTTTCCCTTCTGATGTCTTCAATGGTTTTTCTCTGCATCAAGACTTCTCTTCCAACA 2203
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||
Sbjct 2153 TTTCTTTCCCTTCTGATGTCTTCAATGGTTTTTCTCTGCATCAAGACCTCTCCTCCAACA 2212
Query 2204 AAAATGGTGGTATATATTTCAAATCTCTGCTTACGCTTGATCCGTTAAGTATGGACTACA 2263
||||| | ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2213 AAAATAGCGGTATATATTTCAAATCTCTGCTCATGCTTGATCCGTTTAGTATGGACTACA 2272
Query 2264 AGGCAGCCACACAGACGAAAATCGAATTTGCAACAAAACACAGATATGATGCCTACATGG 2323
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2273 AGGCAGCCACACAGACGAAAATTGAATTTGCAACAAAACACAGATATGATGCCTACATGG 2332
Query 2324 GTGGAAATCTCAAGTTATTGTTTGGAATGGATCTCTCAGAAAATGAGCTGAGTGGTGAGA 2383
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2333 GTGGAAATCTCAAGTTATTGTTTGGAATTGATCTCTCAGAAAATGAGCTGAGCGGTGAGA 2392
Query 2384 TACCAGTAGAGTTTGGAGGTCTTTTGGAACTACGAGCTCTAAATCTATCTCACAACAACT 2443
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||
Sbjct 2393 TCCCAGTAGAGTTTGGAGGTCTTTTGGAACTACGAGCTCTTAATCTTTCTCACAACAACT 2452
Query 2444 TATCAGGTGTGATACCAAAAAGCATTTCAAGTATGGAGAAAATGGAAAGCTTTGATCTTT 2503
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2453 TATCAGGTGTGATACCAAAAAGCTTTTCAAGTATGGAGAAAATGGAAAGCTTTGATCTTT 2512
Query 2504 CTTTCAACAGATTACAAGGCCGGATCCCATCACAACTAACAGAGCTGACCAGCCTCTCTG 2563
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2513 CTTTCAACAGATTACAAGGCCGGATCCCAACACAACTAACAGAGCTGACCAGCCTCTCGG 2572
Query 2564 TATTCAAAGTCTCACACAACAACTTATCAGGAGTCATTCCACAGGGAAGACAGTTTAACA 2623
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||
Sbjct 2573 TATTCAAAGTCTCACACAACAACTTATCAGGAGTCATTCCAGAGGGACGACAGTTTAACA 2632
Query 2624 CCTTTGATGCAGAAAGCTACTTTGGTAATCGTCTCCTCTGTGGACAACCAACCAACAGAA 2683
| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |
Sbjct 2633 CATTTGATGCAGAAAGCTACTTAGGTAATCGTCTCCTCTGTGGACAACCAACCAACCGTA 2692
Query 2684 GCTGCAACAATAATAGCTATGAAGAAGCAGATAATGGAGTGGAAGCTGATGAATCCATAA 2743
|||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||| | ||||||||| ||
Sbjct 2693 GCTGCAACAATAATAGCTTTGAAGAAGCAGATGATGAAGTGGAAGATAATGAATCCACAA 2752
Query 2744 TCGACATGGTATCTTTCTACTTGAGTTTTGCTGCTGCTTATGTGACAATACTTATTGGAA 2803
||||||||| ||||||||||| |||||||| ||| || ||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2753 TCGACATGGGATCTTTCTACTGGAGTTTTGGTGCAGCCTATGTGACAATACTTGTTGGAA 2812
Query 2804 TATTGGCATCTCTATCTTTTGATTCTCCTTGGAGCAGATTTTGGTTCTACAAGGTTGATG 2863
||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||| |||||||
Sbjct 2813 TATTGGCATCTCTATCTTTTGATTCACCTTGGAAAAGATTTTGGTTCGACACCGTTGATG 2872
Query 2864 CTTTCATCAAAAAGGTGAGGAATTTATT 2891
|||||||| | |||||||||||||||||
Sbjct 2873 CTTTCATCCACAAGGTGAGGAATTTATT 2900
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 109395183640
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5