BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G74360.1
Length=3592
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg926817 jgi|Araly1|926817|scaffold_202378.1 5332 0.0
> Ahg926817 jgi|Araly1|926817|scaffold_202378.1
Length=3352
Score = 5332 bits (2887), Expect = 0.0
Identities = 3197/3349 (95%), Gaps = 12/3349 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 61 GGAGGACGATGACTATGGTGACGCGTGTGATCATGACGGATGATGATTCTCAGTCACTTT 120
||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||
Sbjct 7 GGAGGACGACGACTATGGTGACGCGTGTGATCATGGCGGATAATGATTCTGAGTCACTTT 66
Query 121 GCTTTCTTTGTTTCTTACTCTTCT-TTTTCATCACTGCTATAGCAGTGGCTGGAGATTCT 179
||||| |||||||||||||||| | |||| |||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 67 GCTTTGTTTGTTTCTTACTCTT-TGTTTTGATCACTGCCATAGCAGTGGCTGGAGATTCT 125
Query 180 CTGGACAGTGATAGAGAAGTCTTGTTAAGCCTAAAATCGTACCTTGAATCACGGAACCCA 239
||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||| |||| | ||| |||
Sbjct 126 CTGGACAGTGATAGACAAGTCTTGCTAAGCCTGAAATCGTACCTCAAATCGCAGAATCCA 185
Query 240 CAGAACCGAGGACTATACACGGAATGGAAAATGGAGAACCAAGATGTTGTGTGTCAATGG 299
||||||| |||| | ||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 186 CAGAACCAAGGAATGTACTCAGAATGGAAAATGGAGAACCAAGA---TGTGTGTCAATGG 242
Query 300 CCTGGAATCATATGTACACCTCAGAGAAGTAGAGTTACAGGGATCAATCTAACTGATTCC 359
||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| |||||||
Sbjct 243 TCTGGAATCAAATGTACACCTCAGAGAAGTAGAGTCACAGGGATAAATCTAAGTGATTCC 302
Query 360 ACCATTTCAGGTCCTCTATTCAAGAACTTCTCCGCTTTAACGGAGCTCACATATCTCGAT 419
|||||| | ||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||
Sbjct 303 ACCATTGCTGGTCCTCTATTCAGGAACTTCTCCGCCTTAACTGAGCTCACGTATCTCGAT 362
Query 420 TTATCAAGGAATACGATCGAAGGGGAGATTCCAGATGACTTGAGCCGTTGTCACAACTTA 479
||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 363 TTATCAAGGAACACGATCCAAGGGGAGATTCCGGATGACTTGAGCCGTTGTCACAACCTA 422
Query 480 AAGCATCTGAATCTTTCTCATAATATCCTTGAAGGAGAGCTAAGTTTACCCGGGTTGTCA 539
|||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| || ||| |||||||||||
Sbjct 423 AAGCATCTGAATCTTTCTCATAATATTCTTGTAGGAGAGCTTAGCTTATCCGGGTTGTCA 482
Query 540 AATCTTGAGGTTCTTGATCTTTCGTTGAATAGGATTACGGGTGATATTCAGTCTAGCTTC 599
|||||||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 483 AATCTTGAGGTTCTTGATCTGTCGTTGAACAGGATTGCGGGTGATATTCAGTCTAGCTTC 542
Query 600 CCATTGTTCTGCAACAGTTTGGTTGTTGCAAATCTGTCGACCAACAACTTTACTGGAAGA 659
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 543 CCATTGTTCTGCAACAGCTTGGTTGTTGCAAATCTGTCGACCAACAATTTTACTGGAAGA 602
Query 660 ATCGATGACATCTTCAACGGGTGTAGGAATCTCAAGTATGTTGACTTCAGTTCCAATAGA 719
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 603 ATCGATGACATCTTCAACGGGTGTAGGAATCTCAAGTATGTTGACTTCAGTTCCAATGGA 662
Query 720 TTCAGTGGAGAAGTGTGGACTGGTTTTGGGAGGCTGGTCGAGTTTTCAGTTGCTGATAAT 779
|||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 663 TTCAGTGGAGAAGTGTGGGCTGGTTTTGGCAGGCTGGTCGAGTTTTCAGTTTCTGATAAT 722
Query 780 CATCTCTCCGGGAATATCTCTGCTTCAATGTTCAGGGGGAACTGTACTTTGCAAATGTTG 839
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 723 CATCTCTCTGGGAATATCTCTGCTTCAATGTTCAGGGGGAACTGCACTTTGCAAATGTTG 782
Query 840 GATTTGTCTGGGAACGCTTTTGGTGGGGAATTTCCAGGCCAAGTTTCGAATTGCCAGAAT 899
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |
Sbjct 783 GATTTGTCTGGGAACGATTTTGGTGGGGAATTTCCAGGCCAAGTTTCAAATTGCCAGAGT 842
Query 900 CTAAATGTACTGAATCTTTGGGGAAACAAGTTCACAGGGAACATTCCAGCTGAGATTGGT 959
|||| |||| ||||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 843 CTAAGTGTATTGAATCTGTGGGGAAACAACTTCATAGGGAACATTCCAGCTGAGATAGGT 902
Query 960 TCCATATCCTCTCTCAAAGGTTTGTACTTGGGGAATAATACATTTTCTCGAGACATACCG 1019
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 903 TCCATATCCTCTCTCAGAGGTTTGTACTTGGGGAATAATACATTTTCTCGAGACATACCA 962
Query 1020 GAAACTCTCCTGAACTTGACCAACTTGGTGTTTCTGGATTTGAGCAGAAACAAATTTGGA 1079
||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 963 GAAACTCTCCTGAACCTGAGCAACTTGGTGTTTCTGGATTTGAGCAGAAACAATTTTGGA 1022
Query 1080 GGAGACATTCAAGAAAT-CTTTGGGAGATTCACGCAAGTAAAGTATCTAGTCTTGCATGC 1138
||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1023 GGAGACATTCAAGAAATAC-TTGGGAGATTCACTCAAGTAAAGTATCTAGTCTTGCATGC 1081
Query 1139 AAACTCATACGTAGGAGGCATCAATTCTTCCAACATCCTCAAGTTACCCAATCTTTCAAG 1198
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||
Sbjct 1082 GAACTCTTACGTAGGAGGCATCAATTCTTCCAACATCCTCAAGTTACCTAATCTTTTAAG 1141
Query 1199 GCTAGATTTGGGCTACAACAA-TTTCTCGGGACAGTTACCTACTGAAATTTCTCAGATAC 1257
||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||| |||||||||| ||||| |
Sbjct 1142 GCTAGATTTGGGCTACAACAACTTT-TCGGGACGGTTACCTGCTGAAATTTCCCAGATCC 1200
Query 1258 AGAGTTTGAAGTTCTTGATTCTTGCTTATAATAACTTCAGTGGCGATATACCACAGGAGT 1317
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1201 AGAGTTTAAAGTTCTTGATTCTTGCTTATAATAACTTTAGTGGCGATATACCACAGGAGT 1260
Query 1318 ATGGGAACATGCCGGGGCTTCAAGCACTTGATCTCTCCTTTAACAAGCTGACCGGTTCGA 1377
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1261 ATGGGAACATGCCGGGGCTTCAAGCACTCGATCTCTCCTTTAACAGGCTGACCGGTTCGA 1320
Query 1378 TACCAGCTTCATTTGGGAAATTGACCTCTCTTTTGTGGCTAATGCTTGCAAACAACTCTC 1437
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1321 TACCAGCTTCATTTGGGAAATTGACCTCTCTTTTGTGGCTAATGCTTGCAAATAACTCTC 1380
Query 1438 TATCAGGAGAAATCCCTCGAGAGATTGGCAACTGCACA-AGCCTTTTGTGGTTTAACGTG 1496
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||
Sbjct 1381 TATCAGGAGAAATCCCTCGAGAGATTGGCAACTGCA-AGAGCCTTTTGTGGTTTAACGTG 1439
Query 1497 GCAAACAACCAGCTCTCTGGTAGATTCCATCCTGAATTGACTAGAATGGGGAGTAATCCT 1556
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||
Sbjct 1440 GCAAACAACCAGCTCTCTGGTAGATTCCATCCTGAATTGACTAGAATGGGTAGTGATCCT 1499
Query 1557 TCTCCAACATTTGAAGTGAATAGGCAAAACAAAGACAAGATAATTGCTGGTTCTGGTGAA 1616
||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1500 TCTTCAACATTTGAAGTGAATAGGCAAAACAACGACAAGATAATTGCTGGTTCCGGTGAA 1559
Query 1617 TGCTTGGCGATGAAGAGATGGATTCCAGCGGAGTTCCCTCCGTTCAACTTTGTATACGCA 1676
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1560 TGCTTGGCAATGAAGAGATGGATTCCAGCGGAGTTCCCTCCGTTCAACTTTGTATACGCA 1619
Query 1677 ATTCTAACCAAAAAGAGTTGCAGAAGCCTATGGGACCATGTTCTCAAAGGGTACGGTCTC 1736
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1620 ATTCTTACCAAAAAGAGTTGCAGAAGCCTATGGGACCATGTTCTCAAAGGGTACGGTCTC 1679
Query 1737 TTTCCTGTCTGTTCTGCTGGTTCCACGGTACGCACGCTTAAAATTTCAGCCTATCTTCAG 1796
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1680 TTTCCTGTCTGCTCTGCTGGTTCCACGGTACGCACGCTTAAAATTTCAGCCTATCTTCAG 1739
Query 1797 CTCAGTGGAAATAAGTTTTCAGGTGAGATTCCTGCAAGCATCTCTCAGATGGACAGGCTG 1856
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1740 CTCAGTGGAAATAAGTTTTCAGGTGAGATTCCTGCAAACATCTCTCAGATGGACAGGCTG 1799
Query 1857 AGCACACTACATTTGGGTTTCAATGAGTTTGAGGGGAAACTGCCTCCAGAGATAGGACAA 1916
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| |
Sbjct 1800 AGCACACTACATTTGGGTTTCAATGAGTTTGAGGGGGAACTGCCTCCAGAAATAGGACGA 1859
Query 1917 TTGCCTCTTGCATTCCTCAACCTTACTCGAAACAATTTCTCGGGCGAGATTCCTCAAGAA 1976
|||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||| ||||||||||||||
Sbjct 1860 TTGCCTCTTGCATTCCTCAACCTTACCCGGAACAATTTCTCAGGCCAGATTCCTCAAGAA 1919
Query 1977 ATCGGAAATCTGAAGTGCCTGCAGAATCTTGATCTGTCTTTCAACAATTTCTCTGGAAAC 2036
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || |||
Sbjct 1920 ATCGGAAATCTGAAGTGCCTGCAGAATCTTGATCTGTCTTACAACAATTTCTCAGGCAAC 1979
Query 2037 TTTCCAACGAGTTTGAATGACTTGAATGAGCTGAGTAAGTTCAACATCTCATATAACCCT 2096
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1980 TTTCCGACGAGTTTGAATGACTTGAATGAGCTGAGTAAGTTCAACATCTCATATAACCCT 2039
Query 2097 TTCATTTCTGGCGCGATACCAACAACAGGACAAGTAGCAACCTTTGACAAAGACTCCTTT 2156
|||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2040 TTCATTTCTGGCGCGATACCAACAACGGGACAAGTGGCAACCTTTGACAAAGACTCCTTT 2099
Query 2157 CTTGGAAATCCGCTGCTGCGGTTTCCTAGTTTCTTCAACCAATCAGGGAACAACACGAGG 2216
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2100 CTTGGAAATCCGCTGCTGCGGTTTCCTAGTTTCTTCAACCAATCAGGGAACAACACGAGG 2159
Query 2217 AAGATTTCCAACCAAGTCCTAGGAAACAGGCCAAGAACTCTTCTTTTGATTTGGATTTCC 2276
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2160 AAGATTTCCAACCAAGTCCTAGGAAACAGGCCAAGAACTCTTCTTTTGATTTGGATTTCC 2219
Query 2277 TTGGCTCTTGCATTGGCGTTTATTGCATGTTTAGTGGTATCAGGTATTGTACTTATGGTT 2336
| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2220 TCGGCTCTTGCATTGGCGTTTATCGCATGTTTAGTGGTATCAGGAATTGTACTTATGGTT 2279
Query 2337 GTTAAGGCTTCAAGGGAAGCAGAAATCGATCTCTTAGATGGGTCGAAAACCAGACATGAC 2396
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2280 GTTAAGGCTTCAAGGGAAGCCGAAATCGATCTCTTAGATGGGTCGAAAACCAGACATGAC 2339
Query 2397 ATGACTTCCAGTTCAGGTGGATCATCGCCATGGCTATCAGGAAAAATCAAGGTCATTCGC 2456
| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2340 ACGACTTCCAGTTCAGGCGGATCATCGCCATGGCTATCAGGAAAAATCAAGGTCATTCGC 2399
Query 2457 TTAGACAAATCAACTTTCACATACGCTGACATTCTGAAAGCAACCAGTAACTTCTCTGAG 2516
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2400 TTAGACAAATCAACTTTCACATACGCTGACATTCTGAAAGCAACCAGTAACTTCTCTGAG 2459
Query 2517 GAGAGAGTGGTAGGTAGGGGAGGCTATGGAACTGTTTACAGAGGCGTATTGCCTGATGGA 2576
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2460 GAGAGAGTGGTAGGTAGGGGAGGATATGGAACTGTTTACAGAGGTGTATTGCCTGATGGA 2519
Query 2577 AGAGAAGTTGCAGTCAAGAAGCTTCAGAGGGAAGGCACAGAAGCAGAGAAAGAGTTCAGA 2636
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2520 AGAGAAGTTGCAGTCAAGAAGCTGCAGAGGGAAGGCACAGAAGCAGAGAAAGAGTTCAGA 2579
Query 2637 GCTGAAATGGAAGTTCTAAGTGCCAACGCATTTGGAGATTGGGCACATCCGAACCTCGTG 2696
|| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2580 GCCGAAATGGAAGTTCTAAGTGCCAACGCATTTGGTGATTGGGCACATCCGAACCTCGTG 2639
Query 2697 AGGCTATATGGATGGTGCCTAGATGGGTCAGAGAAAATCTTGGTGCACGAATACATGGGA 2756
||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2640 AGGCTGTATGGGTGGTGCCTAGATGGGTCAGAGAAAATCTTGGTGCACGAATACATGGGA 2699
Query 2757 GGCGGGAGCTTAGAGGAGCTCATCACAGACAAAACAAAACTTCAATGGAAGAAACGTATT 2816
|||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2700 GGCGGGAGCTTAGAAGAGCTTATCACAGACAAAACAAAACTTCCATGGAAGAAACGTATC 2759
Query 2817 GATATAGCCACAGATGTAGCAAGGGGATTAGTGTTTTTACACCACGAATGCTACCCTTCC 2876
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2760 GATATAGCCACAGATGTAGCACGGGGATTAGTGTTTTTACACCACGAATGCTACCCTTCC 2819
Query 2877 ATCGTTCACAGAGACGTCAAAGCCAGTAACGTTCTTTTGGATAAACACGGGAATGCGAGA 2936
||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||| | |||||||||||| |||
Sbjct 2820 ATCGTTCACAGAGACGTGAAAGCAAGCAACGTTCTTTTGGACAGACACGGGAATGCAAGA 2879
Query 2937 GTGACGGATTTTGGACTAGCAAGACTCTTAAATGTAGGAGATAGCCATGTGAGCACAGTG 2996
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2880 GTGACAGATTTTGGACTAGCAAGACTCTTAAATGTAGGAGATAGCCATGTGAGCACGGTG 2939
Query 2997 ATTGCAGGCACAATCGGGTATGTAGCTCCCGAGTATGGACAAACTTGGCAAGCCACCACA 3056
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2940 ATTGCAGGCACAATCGGGTATGTAGCTCCTGAGTATGGACAAACTTGGCAAGCCACCACA 2999
Query 3057 AGAGGAGATGTTTACAGCTACGGAGTATTGACCATGGAACTCGCGACGGGTAGAAGAGCT 3116
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 3000 AGAGGAGATGTTTACAGCTACGGAGTACTGACCATGGAACTTGCGACGGGTAGAAGAGCT 3059
Query 3117 GTTGATGGAGGAGAAGAGTGTTTGGTCGAATGGGCAAGACGTGTAATGACAGGTAACATG 3176
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||
Sbjct 3060 GTTGATGGAGGAGAAGAGTGTTTGGTCGAATGGGTTAGACGTGTAATGACAGATAACATG 3119
Query 3177 ACAGCCAAAGGTTCACCAATAACCCTGTCAGGGACCAAACCAGGGAACGGAGCTGAGCAA 3236
|| ||||||||||| ||| | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 3120 ACGGCCAAAGGTTCGCCATTTACCCTGTCAGGGACCAAACCGGGGAACGGAGCTGAGCAA 3179
Query 3237 ATGACTGAGCTACTAAAGATTGGTGTGAAGTGTACAGCTGATCATCCTCAGGCAAGACCA 3296
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3180 TTGACTGAGCTACTAAAGATTGGTGTGAAGTGTACAGCTGATCATCCTCAGGCAAGACCA 3239
Query 3297 AACATGAAAGAAGTTCTAGCTATGTTGGTTAAGATATCCGGTAAAGCAGAGCTCTTCAAT 3356
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3240 AACATGAAAGAAGTTCTAGCTATGTTGGTTAAGATATCCGGTAAAGCAGAGCTCTTCAAT 3299
Query 3357 GGCTTATCTTCACAAGGTTACATAGAAATGTAAAAAtctttcttt-ctt 3404
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 3300 GGCTTATCTTCACCAGGTTACATAGAAATGTAAAAATCTTTCTTTTCTT 3348
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 135675247745
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5